A. A.a Le 12 février 2003, X______, propriétaire, a remis à bail à A______ , par l'intermédiaire de B______ , gérant immobilier, une villa mitoyenne non meublée de cinq pièces, avec garage fermé et deux places de parc extérieur, sise ______ à Versoix (Genève).

Le loyer a été convenu à 4'800 fr. par mois, frais accessoires, notamment de chauffage, eau chaude et d'abonnement au téléréseau, non compris. Le locataire, auquel l'avis de fixation du loyer initial n'a pas été notifié, a fourni une garantie en compte bancaire de 14'400 fr.

Le bail, conclu pour une durée de trois ans et seize jours, soit du 13 février 2003 au 29 février 2006, était ensuite renouvelable par tacite reconduction d'année en année.

A.b Parallèlement, selon convention établie à la même date, X______ a confié à B______ , inscrit au Registre du commerce de Genève sous la raison individuelle W______ depuis le 21 janvier 1997, à l'adresse de ______ à Versoix (Genève), la gérance du bien immobilier durant le bail. A l'échéance du 29 février 2006, le contrat de gérance se renouvelait ensuite tacitement de six mois en six mois, sauf dénonciation par lettre recommandée trois mois à l'avance.

Les parties ont fait élection de for à Genève (art. 9).

A.c Le 10 novembre 2006, A______ a souhaité mettre un terme au contrat de bail, de manière anticipée.

L'état des lieux de sortie a ainsi été établi le 18 janvier 2007. Le bailleur a néanmoins exigé et obtenu du locataire le paiement du loyer jusqu'au 31 mai 2007.

Par lettre-signature du 30 mars 2007 à W______ et à B______ à Versoix, X______ a résilié, avec effet au 31 mai 2007, le mandat de gérance de la villa.

Le 8 mai 2007, X______ a contesté, à l'adresse de Y______ SA, à l'attention de B______ , rue ______ à Genève, le décompte-propriétaire 2006. N'ayant pas commandé de travaux, il s'est opposé à leur imputation sur les revenus locatifs 2006 et a réclamé le paiement du solde des loyers pour la période de janvier à mai 2007. Le montant de 10'373 fr. 05 lui restait dû à cette date.

Le 18 octobre 2007, X______ a vendu le bien immobilier.

A.d Entretemps, par convention du 18 décembre 2006, Y______ SA, inscrite dans le Registre du commerce de Lausanne depuis le ______ 1962, avait repris, au 1^er janvier 2007, le "portefeuille de gérance et d'administration de copropriétés" de W______ , ainsi que la photocopieuse, le fax et les imprimantes, "de même que quelques mobiliers et matériels utiles" (art. 1). A compter de cette date, "tous les mandats de gérance et d'administration de W______ (entraient) dans le portefeuille de Y______ SA " (art. 8). La reprise était payée en deux fois, soit 50'000 fr. au 1^er janvier 2007 et le solde au 1^er janvier 2008 (art. 3), qui correspondait au total des honoraires annuels des mandats (selon contrats de gérance) subsistant au 1^er janvier 2008, selon la situation établie au 1^er janvier 2007 (art. 4). Le bail des locaux ______ avait été résilié au 31 janvier 2007; Y______ SA prenait en charge, dès le 1^er janvier 2007, le loyer et les frais accessoires, les frais de téléphone, d'électricité, les taxes diverses, couvertures d'assurance et frais de fonctionnement (art. 6).

Le 31 mai 2007, Y______ SA à Lausanne a adressé à X______ le décompte des honoraires de gestion pour la période du 1^er janvier au 31 mai 2007.

Le 7 mai 2008, Y______ SA a fait inscrire une succursale, rue François-Bonivard 8, au Registre du commerce de Genève, avec comme but la gestion d'immeubles "sur le canton de Genève et sur la région de la Côte dans le canton de Vaud". B______ est devenu directeur de la succursale, avec signature individuelle, limitée aux affaires de la succursale.

L'entreprise individuelle de B______ a été radiée du Registre du commerce le 21 décembre 2007 à la suite de cessation d'exploitation.

B. Le 16 juillet 2007, A______ a saisi la Commission de conciliation en matière de baux et loyers d'une requête en contestation du loyer initial, en fixation de loyer, en réduction de la garantie bancaire et en paiement notamment du montant de 104'810 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 15 décembre 2005, au titre de trop-perçu de loyer. La cause (C/18439/2007) a été plaidée devant la Chambre d'appel des baux et loyers le 15 juin 2009.

Le 15 juillet 2008, X______, invoquant le défaut de notification par B______ de l'avis de fixation du loyer initial et le devoir de diligence du mandataire, a dirigé contre Y______ SA, "pour sa succursale de Genève", une demande en paiement de 200'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 15 décembre 2005.

Non conciliée le 9 septembre 2008, l'affaire a été déposée au Tribunal de première instance en vue d'introduction, le 7 octobre 2008.

A l'audience du 22 janvier 2009, Y______ SA a soulevé des incidents de nullité de l'assignation, en l'absence d'indication de son domicile élu, et d'incompétence ratione loci, son siège social se trouvant à Lausanne. Elle a excipé également de défaut de légitimation passive.

Le 7 mai 2009, le Tribunal, après avoir ordonné la rectification des qualités de la partie défenderesse, prise en sa succursale de Genève, mais dont le siège social était à Lausanne, a, sur incidents, débouté Y______ SA de ses conclusions et, au fond, débouté X______ de ses conclusions, retenant le défaut de légitimation passive de Y______ SA.

Interprétant la convention de reprise de portefeuille et se référant à l'inscription au Registre du commerce de W______ qui a été radiée à la suite de cessation d'exploitation, le Tribunal a écarté la cession de l'entreprise individuelle de B______ à l'intimée, avec reprise des actifs et des passifs, au sens de l'art. 181 CO, en particulier de son alinéa 4, et de la loi du 3 octobre 2003 sur la fusion. Il a ensuite qualifié la convention de cession de portefeuille de contrat de vente mobilière et a retenu que Y______ SA n'en était pas partie.

Le jugement a été communiqué par le greffe pour notification le 7 mai 2009.

C. Par acte déposé à la Cour de justice le lundi 8 juin 2009, X______ forme appel de ce jugement, qu'il a reçu le 8 mai 2009 et dont il réclame l'annulation. Il reprend, à titre principal, ses conclusions de première instance.

L'appelant reproche au Tribunal d'avoir qualifié la cession du portefeuille d'immeubles en gérance de contrat de vente, sans avoir pris en considération le transfert conventionnel de contrat qu'il avait "vivement" soutenu en première instance, ce qui constituait un déni de justice.

Dans sa réponse du 14 septembre 2009, Y______ SA propose la confirmation du jugement attaqué.

1. L'appel a été interjeté, par le bais de l'art. 29 al. 3 LPC, dans le délai (art. 296 LPC) et la forme (art. 300 LPC) prévus par la loi.

Le Tribunal a statué en premier ressort au sujet d'une prétention de 200'000 fr. (art. 22 LOJ). S'agissant d'un appel ordinaire (art. 291 LPC), la Cour revoit la cause avec un plein pouvoir d'examen (art. 291 LPC).

2. Est seule litigieuse la légitimation passive de la partie intimée, dont l'appelant soutient qu'elle a pris la place dans la convention de gérance de la villa de la précédente régie.