A. a. Par ordonnance du 12 mars 2013, le Tribunal de première instance a ordonné un second échange d'écritures sur la liquidation du régime matrimonial des parties (chiffre 1 du dispositif), fixé un délai unique au 24 avril 2013 aux parties pour signifier leurs écritures, remettant la cause au 2 mai 2013 pour plaider (ch. 2 et 3), et ordonné à chacune des parties de s'acquitter d'un montant de 40'000 fr. au titre de sûretés sur complément d'émolument et/ou émolument complémentaire en leur fixant un délai au 2 mai 2013 pour ce faire (ch. 5). La suite de la procédure a été réservée (ch. 6).

b. Par acte déposé au greffe de la Cour de justice le 25 mars 2013, A______ recourt contre cette ordonnance et conclut à son annulation et au déboutement de B______ de toutes autres conclusions, dépens compensés.

c. B______ conclut principalement à ce que le recours soit déclaré irrecevable et, subsidiairement, à ce que A______ soit débouté de toutes ses conclusions, avec suite de frais et dépens.

d. Les parties ont été informées, par plis du 2 mai 2013, de la mise en délibération de la cause.

B. Le recours s'inscrit dans le contexte procédural suivant :

a. Les époux A______, né le ______ 1964 à ______ (GE), et B______, née C______ le ______ 1966 à ______ (GE), ont contracté mariage le ______ 1994 à ______ (GE).

De cette union sont issus trois enfants, soit D______, née le ______ 1998, E______, né le ______ 1999, et F______, né le 31 octobre 2001.

Les parties vivent séparées depuis le 3 novembre 2008, date à laquelle A______ a quitté le domicile conjugal.

Les conditions de la vie séparée ont été régies par différentes décisions rendues sur mesures protectrices de l'union conjugale, mesures provisoires et provisionnelles. La séparation des biens a été prononcée sur mesures protectrices de l'union conjugale le 26 mai 2011.

b. Le 7 décembre 2010, B______ a formé une requête unilatérale en divorce. Elle n'a pas pris de conclusions chiffrées en liquidation du régime matrimonial et a notamment conclu à pouvoir compléter ses conclusions à cet égard, après l'obtention des informations sollicitées et après expertise sur la valeur de la villa sise à ______ (Genève). B______ s'est acquittée d'un émolument de mise au rôle fixé à 2'003 fr.

c. Par mémoire du 6 mai 2011, A______ a répondu à la demande de divorce. Il a sollicité une indemnité de 300'000 fr. conformément à l'art. 165 CC. Il a en outre pris des conclusions en liquidation du régime matrimonial, sollicitant notamment la vente du bien immobilier sis ______ (Genève) à défaut de rachat de sa part par B______ au prix de 2'540'677 fr. Il a pour le surplus fait valoir différentes créances en récompense en faveur de ses acquêts consécutives à des investissements consentis en faveur de biens immobiliers de B______, qui devaient faire l'objet d'expertises. Il s'est enfin réservé la possibilité de compléter et d'amplifier ses conclusions après production de pièces et expertises sollicitées.

d. Par ordonnance du 8 mars 2012, vu les demandes des parties en vue de la production de pièces, le Tribunal leur a ordonné de produire un certain nombre de documents au 16 avril 2012.

e. Après la production de nombreuses pièces complémentaires, par ordonnance du 6 août 2012, le Tribunal a débouté A______ de sa requête en reddition de comptes du 17 avril 2012. Le premier juge a en outre fixé un délai aux parties au 12 octobre 2012 pour qu'elles se déterminent par écrit sur la liquidation du régime matrimonial et prennent des conclusions à ce sujet.

f. Par mémoire du 12 octobre 2012, sur liquidation du régime matrimonial, A______ a en substance conclu à la condamnation de B______ à restituer des meubles et au partage des cadeaux de mariage (sans mentionner la valeur de ces biens). Il a en outre conclu à ce que le Tribunal ordonne la vente aux enchères de l'immeuble sis ______ (Genève) et réserve le partage du produit de la vente, lui attribue la propriété de trois appartements dont les parties sont copropriétaires situés ______ à Genève, à charge pour lui de dédommager B______ à concurrence de la valeur résiduelle de sa part de copropriété déduction faite du prêt hypothécaire, condamne B______ à lui payer la somme de 1'200'000 fr. plus intérêts à 5% dès le 1er février 2009 au titre d'indemnité convenue pour "la valorisation du ______" ainsi qu'à un montant de 120'000 fr. plus intérêts à 5% dès le 16 juin 2009 au titre d'indemnité convenue pour "la liquidation de la succession de feu G______". Il s'est enfin réservé la possibilité d'amplifier ses conclusions après expertises.

g. Par écriture du 12 octobre 2012, B______ a pris de nouvelles conclusions en liquidation du régime matrimonial, en partie chiffrées. Elle a préalablement conclu à ce que le Tribunal ordonne un second échange d'écritures ainsi qu'une expertise immobilière portant sur les biens immobiliers dont les parties sont copropriétaires.

h. Par écriture spontanée du 22 octobre 2012, A______ s'est déterminé sur le mémoire précité de B______.

i. Le 12 mars 2013, le Tribunal a rendu l'ordonnance présentement querellée, à teneur de laquelle il a en particulier considéré que les parties avaient allégué des faits nouveaux et produit des pièces nouvelles à l'appui de leurs dernières écritures et qu'il était partant conforme à une saine administration de la justice de permettre aux parties de se déterminer une nouvelle fois sur la liquidation de leur régime matrimonial, afin de clarifier l'état de fait avant de passer à la phase de l'administration des preuves. Même s'il s'agissait d'un troisième échange d'écritures, celui-ci ne paraissait pas prohibé par l'ancienne Loi genevoise de procédure civile applicable (aLPC).

Il a en outre retenu que la valeur des actifs à partager était supérieure à 10'000'000 fr. et que l'administration des preuves, qui impliquait plusieurs expertises et audition de témoins, s'annonçait longue. Il a ajouté que la situation juridique était complexe et nécessitait un travail important. Il était ainsi très vraisemblable qu'au terme de la procédure un complément d'émolument et/ou un émolument complémentaire de 80'000 fr. soit fixé, de sorte qu'il se justifiait de garantir le paiement de celui-ci.

C. Les arguments des parties devant la Cour seront repris ci-après dans la mesure utile.

1. L'ordonnance querellée ayant été notifiée aux parties après le 1er janvier 2011, la voie de recours est régie par le nouveau droit de procédure (art. 405 al. 1 CPC).

2. 2.1 Le recours est recevable contre les autres décisions et ordonnances d'instruction de première instance, dans les cas prévus par la loi (art. 319 let. b
ch. 1 CPC) ou lorsqu'elles peuvent causer un préjudice difficilement réparable (art. 319 let. b ch. 2 CPC).

2.2 La Cour examine d'office si les conditions de recevabilité du recours sont remplies (art. 59 et 60 CPC; REETZ, in Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, SUTTER-SOMM/HASENBÖHLER/LEUENBERGER [éd.], 2ème éd. 2013, no 50 ad Vorbemerkungen zu den Art. 308-318 CPC; TAPPY, Les voies de droit du nouveau Code de procédure civile, in JdT 2010 III p. 115 ss, p. 141; CHAIX, Introduction au recours de la nouvelle procédure civile fédérale, in SJ 2009 II p. 257 ss, p. 259).

2.3 En l'espèce, la décision querellée, qui ordonne un deuxième échange d'écritures, remet la cause pour plaider et réserve la suite de la procédure, est une ordonnance d'instruction, laquelle entre dans le champ d'application de l'art. 319 let. b CPC (JEANDIN, in CPC, Code de procédure civile commenté, BOHNET/HALDY/JEANDIN/SCHWEIZER/TAPPY [éd.], 2011, no 14 ad art. 319 CPC; FREIBURGHAUS/AFHELDT, in Kommentar zur Schweizerischen Zivil-prozessordnung, op. cit., no 11 ad art. 319 CPC).

La loi ne prévoyant aucun recours contre cette décision, l'ordonnance entreprise est ainsi susceptible d'un recours immédiat stricto sensu dans les dix jours à compter de sa notification (art. 321 al. 2 CPC), pour autant que le recourant soit menacé d'un préjudice difficilement réparable au sens de l'art. 319 let. b ch. 2 CPC.

En revanche, la décision relative au paiement de sûretés en garantie d'émoluments constitue une décision relative à une avance de frais au sens de l'art. 98 CPC susceptible d'un recours immédiat dès lors qu'il est prévu par la loi (art. 103 et 319 let. b ch. 1 CPC).

3. 3.1 La notion de préjudice difficilement réparable est plus large que celle de préjudice irréparable consacré par l'art. 93 al. 1 let. a LTF (HOHL, Procédure civile, Tome II, Berne 2010, n. 2485, p. 449). Ainsi, elle ne vise pas seulement un inconvénient de nature juridique, mais toute incidence dommageable, y compris financière ou temporelle, pourvu qu'elle soit difficilement réparable (STAEHELIN/GROLIMUND, Zivilprozessrecht, Zurich/Bâle/Genève, 2008, n. 31 p. 446; BLICKENSTORFER, in Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], BRUNNER/GASSER/SCHWANDER [éd.], 2011, no 39 ad art. 319 CPC). L'instance supérieure devra se montrer exigeante, voire restrictive, avant d'admettre la réalisation de cette condition (JEANDIN, op. cit., no 22 ad art. 319 CPC et les références citées).

3.2 Lorsque la condition du préjudice difficilement réparable n'est pas remplie, la décision incidente ne pourra être attaquée qu'avec le jugement rendu au fond (Message du Conseil fédéral relatif au CPC, FF 2006 6841, p. 6984; BRUNNER, in Schweizerische Zivilprozessordnung, Paul Oberhammer [éd.], 2010, no 13 ad art. 319 ZPO; BLICKENSTORFER, op. cit., no 40 ad art. 319 CPC).

De l'avis de certains auteurs, le fait de devoir attendre l'issue de la procédure de première instance, qui peut durer longtemps, pour se plaindre, par exemple, du refus arbitraire d'entendre des témoins du fait d'une application à la légère de l'appréciation anticipée des preuves pourrait constituer, selon les circonstances, un préjudice difficilement réparable (RETORNAZ, L'appel et le recours, in Procédure civile suisse, Neuchâtel 2010, no 54 p. 368).