A. Par acte déposé le 14 mars 2011 au greffe de la Cour de justice, époux X.______(ci-après : les époux X.______) appellent d'un jugement rendu le 20 janvier 2011, reçu le 11 février 2011, aux termes duquel le Tribunal de première instance a condamné Y.______ SA (ci-après : Y.______ SA) à leur verser 3'000 fr. plus intérêts à 5% dès le 26 mai 2006 (ch. 1 du dispositif) et 3'228 fr. plus intérêts à 5% dès le 15 décembre 2006 (ch. 2 du dispositif), Y.______ SA étant condamnée à la moitié des dépens comprenant une indemnité de procédure de 5'000 fr. en faveur des époux X.______ (ch. 3 du dispositif), ceux-ci étant condamnés à payer une indemnité de procédure de 10'000 fr. en faveur de Z.______ SA (ci-après : Z.______ SA) (ch. 4 du dispositif) et les parties étant déboutées de toutes autres conclusions (ch. 5 du dispositif).

Les époux X.______ concluent à l'annulation des ch. 1 et 2 du dispositif du jugement entrepris en tant qu'il les déboute de leurs conclusions prises à l'encontre de Z.______ SA et à l'annulation de ses ch. 3 à 5. Cela fait, ils demandent à la Cour de condamner Y.______ SA et Z.______ SA, conjointement et solidairement à leur payer 53'100 fr. avec intérêts à 5% dès le 29 octobre 2002, 3'000 fr. avec intérêts à 5% dès le 24 mai 2006, 521 fr. 85 avec intérêts à 5% dès le 2 novembre 2001, 2'000 fr. avec intérêts à 5% dès le 4 novembre 2002, 3'228 fr. avec intérêts à 5% dès le 15 novembre 2006 et 5'000 fr. avec intérêts dès le 6 février 2007, Y.______ SA et Z.______ SA devant être déboutées de toutes autres conclusions et le jugement querellé devant, pour le surplus, être confirmé. Si mieux n'aime la Cour, les époux X.______ ont demandé qu'après l'annulation des chiffres selon la teneur de leurs conclusions susmentionnées, le jugement soit confirmé pour le surplus et la cause renvoyée au Tribunal pour nouvelle décision dans le sens des considérants de l'arrêt à rendre, Y.______ SA et Z.______ SA devant être déboutées de toutes autres conclusions, avec suite de dépens.

Par actes déposés le 23 juin 2012 au greffe de la Cour, Z.______ SA et Y.______ SA ont conclu au déboutement des époux X.______, avec suite de dépens. Y.______ SA a formé un appel joint, demandant à la Cour d'annuler le ch. 2 du jugement querellé, celui-ci devant être confirmé pour le reste, avec suite de dépens.

Sur appel joint, les époux X.______ et Z.______ SA ont conclu au déboutement d'Y.______ SA, avec suite de dépens.

B. a) Y.______ SA (ci-après : Y.______ SA) est une société sise à Genève, active dans le courtage et la promotion immobilière.

A. ______ en est l'administrateur unique et B. ______ en a été l'employé en qualité d'architecte jusqu'en 2006.

Z.______ SA (ci-après : Z.______ SA), dont le siège principal est à C. ______ (VD), exploite une succursale genevoise à D. ______. Z.______ SA exploite une entreprise générale du bâtiment et de travaux publics, ainsi qu'un bureau d'ingénieurs et d'architectes, ce à quoi s'ajoute une activité de commerce en gros liée à l'industrie du bâtiment et des opérations commerciales, financières ou immobilières.

Elle est administrée notamment par E. ______, qui dispose de la signature individuelle.

b) En 1998, Y.______ SA a promu la construction de cinq villas situées route ______, à F. ______.

La plaquette de promotion de Y.______ SA du 7 janvier 1998 prévoyait la construction d'une maison comprenant un rez-de-chaussée avec garage et un étage, la réalisation d'un sous-sol (complet ou partiel) étant possible en option.

Selon cette plaquette de promotion, la villa B - dont les époux X.______ deviendront les propriétaires par la suite - coûtait un prix total de 663'520 fr., comprenant le terrain (243'520 fr,), la construction (362'000 fr.), l'équipement (35'000 fr.), les taxes diverses (18'000 fr.) et les honoraires d'architecte (5'000 fr.).

B. ______ a établi les plans des villas précitées et a requis du Département de l'aménagement, de l'équipement et du logement (ci-après: DAEL) l'autorisation de construire y relative au nom de Y.______ SA - qui sera délivrée le 22 juillet 1998 sous le n° 1***.

Le 2 avril 1998, à la demande de 'Y.______ SA, Z.______ SA a établi un "descriptif de construction - devis" pour les villas précitées, indiquant qu'elles étaient livrables "clés en mains", frais de notaire, frais de mutation, frais intercalaires et assurance et honoraires de cadastration non compris. Le sous-sol était prévu en option; un garage en sous-sol n'était pas prévu, pas plus qu'une rampe d'accès.

A. ______ et B. ______ présentaient le projet de maison aux acquéreurs potentiels et discutaient avec eux des modifications possibles, B. ______ se montrant très souple sur ce point. Les aspects techniques étaient discutés en amont de la signature du contrat de vente des terrains.

Dans un deuxième temps, Y.______ SA présentait Z.______ SA pour la construction des maisons (tém. G. ______, PV d'enquêtes du 11.06.08, p. 11, décl. X. ______, PV de comparution personnelle du 18.12.07, p. 2). E. ______ et les époux X.______ ont eu leur premier contact direct environ deux jours avant la signature du contrat d'entreprise (décl. E. ______ et X. ______, PV de comparution personnelle du 26 février 2008, p. 8 et 9).

Selon A. ______, Y.______ SA a obtenu pour cette opération une rémunération sous forme de courtage - couvrant l'établissement des plans initiaux par B. ______ et la demande d'autorisation -, une facture lui ayant été adressée personnellement à ce titre en tant que vendeur du bien immobilier. En revanche, ni Y.______ SA ni lui-même n'avaient reçu un quelconque montant de la part de Z.______ SA, notamment des commissions (décl. A. ______, PV de comparution personnelle du 18.12.07, p. 3).

c) Ayant eu connaissance de cette promotion immobilière en passant à proximité des terrains, H. ______a contacté Y.______ SA pour fixer un rendez-vous auquel il s'est rendu avec les époux X.______ dont il était proche.

Les époux X.______ ont immédiatement émis le souhait d'intégrer un garage double en sous-sol.

Les négociations précédant la signature du contrat de vente d'un terrain aux époux X.______ et/ou aux époux H. ______ ont nécessité une dizaine de séances auxquelles B. ______ a participé, sur une durée d'environ deux mois. Il s'agissait de discuter des aspects techniques, soit des plans de la villa. B. ______ a affirmé aux époux X.______ que la réalisation d'un garage en sous-sol était possible et a effectué un croquis de ces modifications du projet initial (tém. B.______, PV d'enquêtes du 6.05.08, p. 3). A. ______, qui était également présent à une ou deux reprises, n'a pas émis d'objection à la réalisation d'un garage en sous-sol (tém. H. ______, PV d'enquêtes du 6.05.08, p. 7). Il était clair, au moment de la signature du contrat intervenue par la suite, que les époux X.______ allaient construire ce garage (tém. B.______, PV d'enquêtes du 6.05.08, p. 3).

Le 22 juillet 1998, l'autorisation de construire la villa a été délivrée sous le
n° 1***. Bien que la possibilité de réaliser un sous-sol y était prévue, cette autorisation ne portait pas sur des garages en sous-sol ni sur une rampe d'accès.

Le 16 septembre 1998, les époux X.______ ont informé leur banque de la concrétisation de leur projet, qui comprenait notamment un sous-sol complet et l'aménagement d'un double garage en sous-sol avec rampe d'accès.

Le 21 septembre 1998, indiquant faire suite à un entretien téléphonique avec Dame X. ______, Z.______ SA a envoyé à celle-ci une copie de l'autorisation de construire la villa B au 29, chemin ___ à F. ______ ainsi que le lotissement. Z.______ SA indiquait dans sa lettre que le dossier de plans prévoyait l'excavation complète du sous-sol, de sorte que la conception de deux garages en sous-sol ne posait aucun problème. Selon elle, la banque des époux X.______ pouvait donc financer leur maison sur la base de l'autorisation de construire susmentionnée.

d) Par acte notarié intitulé "Opération Chemin ______ /Vente-Achat" des 18 et 30 septembre 1998, les époux X.______ ont acquis d'A. ______ - en copropriété, pour moitié chacun - la parcelle n° 2*** (n° 3***), feuille 16, de la commune de F. ______, pour la somme de 243'520 fr., qui a été payée.

Le 18 septembre 1998, les époux X.______ ont signé un contrat d'entreprise SIA pour la réalisation de la villa B sur la parcelle susmentionnée pour un prix de 420'000 fr., TVA comprise, montant qui a été payé. Ce contrat précisait que le descriptif de construction du 2 avril 1998 en faisait partie intégrante, tout comme la demande d'autorisation de construire n° 1*** avec certaines modifications techniques. Il prévoyait en outre que toutes modifications du descriptif devaient faire l'objet de devis contresignés par les deux parties avant toute exécution donnant lieu à une plus-value ou à une moins-value. Un "devis global" adressé aux époux X.______, comprenant un garage en sous-sol et une rampe, a été établi le 18 septembre 1998 par Z.______ SA.

Le 1^er octobre 1998, Z.______ SA a écrit un courrier à Y.______ SA, aux termes duquel à la suite de la demande des clients des villas A et B de concevoir des garages en sous-sol, "il a été convenu que vous déposiez un complément d'autorisation de construire avec les modifications suivantes :

villa A […]

villa B déplacée en aval de 3 m avec une altitude du rez-de-chaussée à 426, 60 m".

Z.______ SA indiquait prendre acte "qu'il n'y a pas de problème avec les gabarits et vis-à-vis du DTP et que nous pouvons exécuter l'équipement et le gros-œuvre des villas".

Le 16 novembre 1998, Z.______ SA a établi les plans de la villa des époux X.______ avec les modifications convenues. La villa des époux X.______ avait désormais un rez-de-chaussée, un étage et un sous-sol comprenant deux garages. Le plan de coupe montrait la voie d'accès à ces derniers. Ces plans d'exécution ont été établis par Z.______ SA sur la base des plans déposés en vue de la délivrance de l'autorisation de construire et des discussions ultérieures entre Y.______ SA et les époux X.______ (décl. E. ______, PV de comparution personnelle du 18.12.07, p. 5).

Z.______ SA a réalisé quatre villas, dont celle acquise par les époux X.______, la cinquième villa de la promotion ayant été construite par Y.______ SA, sous la direction de B. ______. Celui-ci se trouvait dès lors très souvent sur le chantier, toutefois sans participer aux rendez-vous de chantier intervenus entre Z.______ SA et ses sous-traitants (décl. E. ______, PV de comparution personnelle du 26.02.08, p. 11).

Les travaux de la villa se sont terminés en 1999. Le 20 juillet 1999, les époux X.______ ont reçu les plans définitifs des aménagements extérieurs de leur villa comprenant le sous-sol, les garages et la rampe d'accès. Ils ont pu emménager le 1^er octobre 1999.

Les époux X.______ n'ont pas encouru d'honoraires d'architecte s'ajoutant aux montants payés aux titres des contrats qu'ils ont signés.

e) Le 16 mai 2000, un inspecteur de la police des constructions, procédant à une visite sur place en vue de la délivrance du permis d'habiter, a constaté que les travaux réalisés sur la parcelle des époux X.______ ne correspondaient pas au permis délivré, car ce dernier ne comportait pas de garage en sous-sol avec rampe d'accès. La villa voisine (villa A), acquise par H. ______, se trouvait dans la même situation, car un escalier extérieur menant au sous-sol avait été construit sans autorisation.

Si la demande d'autorisation n'a pas été déposée avant la construction du garage, c'est parce que le chantier a démarré immédiatement et parce que B. ______ a omis de le faire tout de suite (tém. B.______, PV d'enquêtes du 6.05.08, p. 3). B. ______ s'est considéré responsable de "ce qui s'est produit" parce que "le mandataire était le répondant de l'autorisation" (tém. B.______, PV d'enquêtes du 6 mai 2008, p, 5).

Afin de régulariser la situation, Y.______ SA a requis auprès du DAEL, le 16 juin 2000, une autorisation complémentaire de construire portant sur la rampe d'accès au garage de la villa B et le mur de soutènement au sud de celle-ci. Cette demande portait par ailleurs sur le dégagement devant le sous-sol et un escalier d'accès au sous-sol de la villa A.

Par courrier du 17 juillet 2000, Y.______ SA a indiqué aux époux X.______ que les frais inhérents à cette demande complémentaire seraient à leur charge et que les modifications éventuellement demandées par le DAEL ne seraient en aucun cas supportées par elle, leur demandant de contresigner ce courrier pour accord.

Par courrier adressé le 19 juillet 2000 à Y.______ SA - dont une copie a été envoyée à Z.______ SA pour information - les époux X.______ s'y sont refusés, s'étonnant de l'absence d'autorisation pour la rampe d'accès aux garages.

Le 2 novembre 2001, I. ______- Ingénieurs géomètres - a envoyé aux époux X.______ une facture de 521 fr. 85 correspondant à la moitié des honoraires relatifs à ses prestations décrites comme suit: selon les instructions de Y.______ SA, relevé état des lieux du talus exécuté côté Est des villas A et B conformément aux exigences du 19 mai 2000 de la Police des constructions; établissement du plan de situation et des coupes no 1 à 4 correspondants. Les époux X.______ ont payé cette facture, en précisant qu'ils considéraient ne pas devoir ce montant.

Le 18 août 2000, le DAEL a refusé de délivrer l'autorisation complémentaire sollicitée et a ordonné la suppression des travaux non autorisés. B. ______ s'est vu infliger une amende administrative (art. 137 al. 1 et 3 LCI) dont le montant (10'000 fr.) était motivé par la gravité de l'infraction commise. En sa qualité de mandataire professionnellement qualifié, il ne pouvait ignorer que les travaux entrepris devaient préalablement lui être soumis pour approbation.

Dans un courrier adressé le 23 août 2000 au Conseiller d'Etat alors en charge du DAEL, B. ______ a déclaré assumer l'entière responsabilité de la situation, à l'exclusion de Y.______ SA.

B. ______, agissant au nom et pour le compte de H. ______et des époux X.______, a formé recours auprès de la Commission cantonale de recours en matière de construction (ci-après Commission) le 14 septembre 2000.

Par décision du 18 octobre 2001, la Commission a annulé la décision du DAEL et a ordonné la délivrance de l'autorisation sollicitée.

Saisi d'un recours du DAEL, le Tribunal administratif a rendu un arrêt, le 29 octobre 2002, aux termes duquel il a annulé la décision de la Commission s'agissant de la rampe d'accès aux garages - précisant dans ses considérants que celle-ci n'était pas autorisable - et a renvoyé à la cause à la Commission pour qu'elle statue sur la question de l'escalier d'accès au sous-sol de la villa A. H. ______et les époux X.______ ont été condamnés conjointement et solidairement au paiement d'un émolument de 2'000 fr., qu'ils ont refusé de payer, seule Y.______ SA étant, selon eux, responsable de la situation.

f) Le 9 avril 2003, les époux X.______ ont requis auprès DAEL le maintien à titre précaire de la construction de la rampe d'accès au garage double situé en sous-sol.

Le 12 novembre 2003, le DAEL a délivré une autorisation de construire pour le dégagement devant le sous-sol et l'escalier d'accès de la villa A ainsi que pour le muret de soutènement de la villa B.

Par arrêté du 24 mai 2006, le Conseil d'Etat a autorisé le maintien à titre précaire du garage et de la rampe d'accès réalisés sans autorisation sur la parcelle 2035, pour une durée de 10 ans, moyennant le paiement d'une redevance annuelle de 300 fr., payable globalement par un versement de 3'000 fr. L'arrêté précisait qu'il était accédé à la demande des époux X.______ car la situation illicitement créée ne relevait pas directement de leur responsabilité, mais de celle de leur mandataire. La mention de précarité de l'immeuble a été inscrite au Registre foncier le 8 février 2007.

La montant peu élevé de la redevance fixée par le Conseil d'Etat a été motivé par le fait que les époux X.______ subissaient une situation dont personne ne voulait assumer les conséquences, étant relevé qu'Y.______ SA et B. ______ étaient déjà connus du Département pour des problèmes du même ordre (tém. J. ______, PV d'enquêtes du 11.11.08, p. 15).

Selon la pratique du département compétent, la démolition n'est pas exigée à l'issue de la période d'autorisation précaire; la situation n'est pas non plus régularisée par une autorisation définitive. Il y aura en quelque sorte une prolongation tacite de l'autorisation précaire, l'autorisation d'habiter n'étant pas non plus délivrée. Cette manière de procéder n'a jamais posé de problème. Cette précarité peut toutefois provoquer un amoindrissement de la valeur du bien immobilier concerné (tém. J. ______, PV d'enquêtes du 11.11.08, p. 15).

g) Les époux X.______ ont mis en œuvre un expert privé en la personne d'K. ______ afin d'établir un rapport relatif au coût des travaux pour la remise en état de la villa sans l'accès au garage souterrain, conformément à l'autorisation de construire, et des travaux de construction, après autorisation de construire, de deux garages préfabriqués en béton.

Le rapport établi le 15 novembre 2006 par K. ______, facturé 3'228 fr. TTC (pièce 38 dem.) aux époux X.______, est basé sur une visite sur place, K. ______ n'ayant pas pu obtenir les plans, ceux-ci se trouvant alors auprès du département compétent. K. ______ a évalué les travaux sur la base de son expérience et en collaboration avec certaines entreprises spécialisées. Les éléments utiles suivants résultent de ce rapport :

L'obturation de la rampe d'accès au garage double, intervention estimée à environ 40'000 fr. HT, implique les prestations suivantes : A) préparation (soit dépose barrière murs rampe, découpe arasée murs rampe, découpe haut de rampe pour remblayage, préparation sol rampe, obturation portes de garage, imprévus : 20'370 fr. HT), B) obturation de la rampe (remblayage rampe - terre végétale, remblayage rampe - bidim, remblayage rampe - tout-venant compacté, remblayage rampe - terre végétale/sable compacté, imprévus : 9'513 fr. HT), C) aménagement extérieur (réglage des terres sur rampe + alentours, fraisage + engazonnement rampe et alentours, complément barrières, imprévus : 3'806 fr. 25 HT), D) honoraires (direction des travaux : 5'100 fr. HT);

La construction de garages préfabriqués, intervention estimée à 43'000 fr. HT implique les prestations suivantes: G) garages à recréer en surface (préparation, garages préfabriqués en béton armé, complément barrières, imprévus : 33'600 fr. HT), H) honoraires (pour autorisation de construire et direction des travaux : 8'100 fr. HT).

h) Par courrier du 6 février 2007, les époux X.______ ont mis en demeure Y.______ SA de l'indemniser à concurrence des montants suivants: 521 fr. 85 (nouveau cadastrage pour la requête en autorisation accélérée, soit frais concernant l'établissement des plans par I. ______pour les sous-sols), 2'000 fr. (émolument du jugement du Tribunal administratif), 3'000 fr. (redevance pour le maintien à titre précaire), 3'228 fr. (frais d'expertise K.______), 89'308 fr. (dévaluation du bien immobilier selon l'expertise K.______) et 5'000 fr. (participation aux honoraires d'avocat). Ils ont considéré qu'il appartenait à Y.______ SA d'assumer la responsabilité des frais découlant de la non conformité de l'autorisation de construire, ainsi que de la dévaluation de leur bien immobilier, tous les montants précités étant réclamés avec des intérêts.

Des mises en demeure identiques ont été adressées à B. ______ et à Z.______ SA (pièce 41 dem.), lesquels ont contesté les reproches qui leur étaient faits et devoir quelque montant que ce soit aux époux X.______. Z.______ SA s'étonnait, de surcroît, de ne pas avoir été informée de la situation auparavant (pièce 43 dem.).

Par courrier du 22 février 2007, Y.______ SA S.A. a remis aux époux X.______ une déclaration de renonciation à invoquer la prescription à leur égard en relation avec la construction de leur villa et ceci jusqu'au 29 février 2008. La déclaration précisait que la renonciation n'était valable que pour autant que la prescription n'ait pas déjà été acquise au 6 février 2007 (pièce 46 dem.).

C. a) Par acte déposé au greffe du Tribunal de première instance le 9 mars 2007, Époux X.______ ont assigné Y.______ SA et Z.______ SA en paiement.

Ils ont conclu à ce que le Tribunal les condamne, conjointement et solidairement, à leur payer les sommes de 89'308 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 24 mai 2006 (dévaluation du bien immobilier), 3'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 24 mai 2006 (redevance pour le maintien à titre précaire), 521 fr. 85 avec intérêts à 5% l'an dès le 2 novembre 2001 (frais I. ______relatifs au cadastrage en vue de la requête en autorisation complémentaire), 2'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 4 novembre 2002 (émolument du Tribunal administratif), 3'228 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 15 novembre 2006 (honoraires de l'expert K.______), et 5'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 6 février 2007 (honoraires d'avocat).

Y.______ SA a conclu à ce que le Tribunal rende un jugement sur partie la mettant hors de cause. Subsidiairement, elle a conclu au rejet de la demande avec suite de dépens. Elle soutenait, en substance, ne s'être occupée que de la commercialisation d'un projet de construction ne comportant ni rampe d'accès, ni garage au sous-sol. Les demandeurs avaient eux-mêmes entrepris des travaux n'ayant pas fait préalablement l'objet d'une autorisation, Y.______ SA n'ayant jamais pris d'engagement dans ce sens.

Z.______ SA a conclu au déboutement des époux X.______ avec suite de dépens, motifs pris de la prescription quant au prétendu défaut de l'ouvrage et, subsidiairement, de ce qu'il ne lui appartenait pas de requérir une autorisation complémentaire pour les modifications souhaitées par les époux X.______.

b) Le Tribunal a désigné L.______ en qualité d'expert pour répondre notamment aux questions suivantes :

déterminer les travaux nécessaires pour supprimer la rampe d'accès au garage en sous-sol de la villa des époux X.______, cas échéant le comblement du sous-sol et la remise en l'état des alentours, de manière à rétablir une situation conforme à celle autorisée par décision du 22 juillet 1998, dossier DD 1***, ainsi qu'en évaluer le prix aux coûts d'octobre 2002 (1);

déterminer le coût de construction d'un garage préfabriqué de deux places en béton en se référant à des modèles préexistants, planification et émoluments administratifs compris, aux coûts d'octobre 2002 (2);

déterminer la diminution ou la modification de la valeur vénale de la villa des époux X.______, aux valeurs d'octobre 2002, en cas de suppression de la rampe d'accès et de la construction d'un garage en superficie par rapport à sa valeur dans l'état actuel, si elle avait été autorisée telle qu'elle existe (3);

déterminer la différence de valeur vénale en 2002 de la villa dans l'hypothèse d'une part, où elle aurait été conforme à une autorisation de construire en force et, d'autre part, dans l'hypothèse, qui correspond au cas d'espèce, où la construction n'est pas conforme à l'autorisation et n'est tolérée que sous l'angle d'un maintien précaire (4);

dire si la confection du rapport du 15 novembre 2006 par K. ______ pouvait raisonnablement justifier une note de frais et honoraires de 3'228 fr. (5).

L'expert L.______ a rendu son rapport le 13 mai 2009, répondant comme suit aux questions posées :

La suppression de la rampe d'accès au garage en sous-sol impliquait la dépose "des plots à planter constituant les murs de soutènement de part et d'autre de la rampe sur une hauteur d'environ 1 mètre", la dépose "des portes de garage et l'obturation en maçonnerie avec application d'une étanchéité à l'extérieur", la "pose d'un géotextile sur les aco-drains existants", le "remblayage en tout-venant damé par couches de 30 cm jusqu'au niveau - 40 cm par rapport au fini extérieur", et "l'adjonction d'une couche de terre végétale de 40 cm ainsi que la remise en état des abords et engazonnement". Le coût de ces travaux a été évalué à 30'000 fr. TTC, valeur novembre 2006. En octobre 2002, ce coût aurait représenté 28'000 fr. TTC (question 1).

La fourniture et la pose d'un garage double préfabriqué a été estimée à 42'000 fr. TTC valeur novembre 2006, et à 39'100 fr. TTC valeur octobre 2002, évaluation comprenant les travaux préparatoires, les honoraires pour demande d'autorisation, la direction des travaux et les émoluments administratifs (question 2).

L'expert a noté qu'un garage double situé à l'extérieur de la maison permettrait l'augmentation de la surface nette utile en sous-sol de 36 m2 et de la surface de jardin de 80 m2 (surface de la rampe). Il a toutefois pour inconvénient d'occuper une surface de jardin d'environ 30 m2 et de supprimer le confort que constitue le fait de pouvoir se garer directement à l'intérieur de la maison. L'expert est parti du principe que la valeur du garage extérieur était compensée par la valeur du garage en sous-sol et a estimé empiriquement le confort que représentait le fait de se garer à l'intérieur de la maison qu'il a considéré compensé par la surface de jardin supplémentaire (50 m2). Il en découle que la plus-value nette est constituée par la surface nette utile supplémentaire en sous-sol de 36 m2. Et de conclure que la réalisation de la variante garage extérieur aurait constitué une plus-value de 59'000 fr. valeur 2002 (question 3). En l'absence de surface à vendre en sous-sol de maison, il s'est fondé sur une surface équivalente en PPE en sous-sol qui vaudrait environ 2'500 fr. le m2 et sur un taux de capitalisation de 5% pour 2009.

Il a réinterprété la 4^ème question du Tribunal de la manière suivante : "quelle aurait été la moins-value de la villa à la vente en 2002 induite par le fait que la rampe n'est tolérée qu'à titre précaire?". A teneur de sa réponse à cette question, "si l'on se met à la place d'un acquéreur éventuel, il semblerait logique que la moins-value corresponde au coût de mise en conformité des ouvrages (soit suppression de la rampe et réalisation d'un garage double à l'extérieur) dont la valeur a été estimée à 67'100 fr. (28'000 fr. + 39'100 fr.) Tenant compte du fait que les travaux de comblement de la rampe et de réalisation d'un garage double à l'extérieur engendraient une plus-value d'environ 59'000 fr., la moins-value de la villa à la vente en 2002 serait de 8'100 fr. (67'100 fr. - 59'000 fr.), arrondis à 10'000 fr. pour tenir compte de divers désagréments administratifs.

S'agissant des frais et honoraires facturés aux demandeurs par K. ______, l'expert L.______ a affirmé que le montant de 3'228 fr. correspondait à la nature et à l'ampleur du travail effectué (8 h (architecte propriétaire du bureau) à 240 fr. + 8 h (technicien) à 130 fr.).

Entendu par le Tribunal le 12 octobre 2009, l'expert L.______ a confirmé le contenu de son rapport. Les parties ont accepté sa réinterprétation de la question 4 précitée. Au sujet de la troisième question, il a expliqué avoir utilisé le terme "empiriquement" car l'évaluation du confort (agrément de pouvoir entrer dans le véhicule à l'intérieur de la maison) constitué par le fait de se garer en sous-sol est difficile à faire par une réponse analytique. Il a en outre justifié son choix de valeur de surface PPE par le fait qu'il n'existait pas sur le marché de surface à louer ou à vendre en sous-sol de maison individuelle et donc pas de chiffre de comparaison. Le prix de 2'500 fr. au m2, découlait de son expérience du marché - il n'existait pas dans la profession de tabelles à cet égard -, étant toutefois précisé qu'il pouvait y avoir des disparités en fonction de la localisation de l'immeuble. Il a indiqué qu'il aurait dû appliquer le taux de capitalisation 2002 au-lieu de celui afférent à 2009, précisant qu'à son avis ce taux était le même en 2002. La Banque cantonale de Genève n'avait en tout cas pas modifié ses recommandations pour le taux de rendement entre 2002 et 2009. La méthode de pondération utilisée, qui était usuelle, devait, selon sa pratique professionnelle, s'appliquer au présent cas.

Le Tribunal a invité l'expert à compléter ses réponses aux questions 1 et 2 en détaillant ses calculs à la manière de l'expert privé K.______ et d'indiquer les motifs des différences qui pourraient exister entre ces 2 modes de calcul d'ici au 30 octobre 2009.

L'expert L.______ a complété son expertise le 20 mai 2009. S'agissant de la dépose des plots à planter, la différence entre son expertise et l'expertise privée tenait au fait que selon son expérience, pour des raisons de coût et de stabilité du terrain, il suffisait de démolir ce mur constitué de bacs à planter sur une hauteur de 1 mètre sous le niveau du terrain et non dans sa totalité, impliquant une moins- value de 5'850 fr. HT par rapport à une démolition totale. Il détaillait par ailleurs les chiffres qu'il avait avancés dans son expertise.

c) Les demandeurs, critiquant le rapport de l'expert L.______, ont demandé au Tribunal, le 5 novembre 2009, d'ordonner un complément d'expertise à confier à un expert en transactions immobilières, familier avec la méthode hédoniste. Il convenait de lui demander de "déterminer la différence de valeur vénale en 2002 de la villa dans l'hypothèse, d'une part, où elle aurait été conforme à une autorisation de construire en force et, d'autre part, dans l'hypothèse, qui correspond au cas d'espèce, où la construction n'est pas conforme à l'autorisation et n'est tolérée que sous l'angle du maintien précaire".

Y.______ SA et Z.______ SA se sont déterminées sur le fond et ont persisté dans leurs conclusions en rejet de la demande.

Par ordonnance rendue le 24 septembre 2010, le Tribunal a rejeté la demande en complément d'expertise, au motif que la méthode hédoniste pouvait être écartée par appréciation anticipée des preuves car elle apparaissait impossible à mettre en œuvre.

Les demandeurs ont persisté dans leurs conclusions - y compris, subsidiairement, en complément d'expertise -, réduisant néanmoins à 53'100 fr. leur conclusion en paiement tirée de la dévaluation de leur bien immobilier. Ils ont contesté le bien-fondé de l'expertise judiciaire notamment sur le montant retenu au titre de la dévaluation de leur villa.

d) Les éléments pertinents suivants résultent, en outre, des enquêtes :

E. ______ a indiqué qu'au moment de la signature du contrat d'entreprise, le projet de la rampe était définitivement retenu, ce dont A. ______ et B. ______ étaient informés. E. ______ s'était fondé sur des affirmations de B. ______ pour dire aux époux X.______ que tout était en ordre pour les garages au sous-sol. Il n'avait que l'autorisation sur le plan initial et un croquis de la rampe mais il avait été question avec Y.______ SA que l'autorisation complémentaire nécessaire serait obtenue. A cet égard, B. ______ lui avait dit avoir reçu des assurances du département compétent sur le fait que cette autorisation serait octroyée.

e) A l'appui de son jugement, le Tribunal a retenu, en substance, que la moins-value de la villa des époux X.______ résultant de l'expertise judiciaire était, en l'état, hypothétique. Le lien de causalité faisait défaut entre l'omission d'Y.______ SA de demander l'autorisation complémentaire en temps utile et les frais de cadastrage, respectivement l'émolument fixé par le Tribunal administratif.

C. a) Dans leur appel, avec lequel ils ont produit une pièce nouvelle (pce 55, soit une "liste des time-sheet" du 14 mars 2011 de l'Etude du conseil des époux X.______ pour les années 2005 à 2007), les époux X.______ ont reproché au Tribunal d'avoir retenu comme moins-value de la villa le montant résultant du rapport d'expertise judiciaire. Selon eux, si l'on acceptait, "faute de mieux", les suppositions fondant la méthode de l'expert L.______ dans sa réponse à la question 4, il convenait néanmoins d'en modifier les paramètres. En effet, la mise en conformité coûtait 73'100 fr. et la plus-value à déduire s'élevait à 20'000 fr., de sorte que la moins-value à la vente induite par le fait que la rampe n'était tolérée qu'à titre précaire était de 53'000 fr.

Les époux X.______ ont émis les critiques suivantes à l'égard de l'expertise judiciaire :

- ad question 1: contrairement à ce que préconisait l'expert L.______, le mur de soutènement devait être détruit entièrement, l'argument de la stabilité du terrain n'étant pas convainquant car le terrain était stable, avant l'excavation, nonobstant l'absence de ce mur; en outre, rien n'indiquait que le département compétent accepterait le mur enterré et les époux X.______ ne pouvaient être obligés de le tolérer (sur ce point, l'expert L.______ a ramené à 30'000 fr. - valeur 2006 - le coût de remblayage de la rampe estimé à 43'040 fr. par l'expert K.______, valeur novembre 2006). S'agissant du remblayage de la rampe, l'expert L.______ ne tenait pas compte du coût de 26m3 de sable - sans l'expliquer -, pas plus que des travaux de comblement des ouvertures du mur du sous-sol et de réétanchéification des façades. Enfin, les honoraires de mandataire étaient ramenés à 10% sans expliquer en quoi il serait erroné de retenir 15% comme l'expert K.______. La vérité se situait, dès lors, à mi-chemin entre les montants retenus respectivement par chacun des experts, soit 34'000 fr. valeur octobre 2002 compte tenu de la décote;

- ad question 3: outre le fait qu'il avait évalué des éléments empiriquement, soit sans base analytique, l'expert n'avait pas tenu compte, dans la délimitation de la plus-value pertinente de la plus-value esthétique que représentait un garage caché à l'intérieur, ni du fait que le différenciel positif de la surface de jardin étant dénué de valeur car il s'agissait d'une mince bande de terre devant un mur, à côté du garage extérieur, sans ensoleillement et sans intérêt. Le calcul de la plus-value due à la surface nette utile supplémentaire en sous-sol (36m2) était affecté de plusieurs erreurs. La valeur d'un m2 dans le sous-sol sans fenêtre d'une villa qui ne pouvait être vendu indépendamment et ne permettait que de faire du stockage était inférieure à une surface PPE. De plus, le prix de 2'500 fr./m2 était arbitraire et non documenté. La méthode alternative visant à déterminer la valeur de rendement n'était pas fiable. Le taux de capitalisation devait être de 6% environ (ce qui menait à une valeur de rendement de 38'300 fr.). La pondération utilisée surévaluait la valeur de PPE de manière injustifiée. Ainsi, la surface supplémentaire en sous-sol devait être estimée à 40'000 fr. au maximum, dont il convenait de déduire une moins-value de 20'000 fr. découlant du déplacement du garage en surface, de sorte que la plus-value nette de la villa était de 20'000 fr. (au lieu de 59'000 fr.);

- ad question 4: Selon la méthode de calcul de l'expert L.______, appliquée par les époux X.______ aux chiffres invoqués, la moins-value de leur villa s'élevait à 53'100 fr.

b) La Cour a convoqué les parties personnellement pour une audience fixée au 17 avril 2012 dans l'optique de trouver un accord transactionnel au litige.

Le 17 avril 2012, A. ______ s'est présenté, assisté de son avocat. Z.______ SA était représentée par son conseil. Les époux X.______ n'étaient ni présents, ni représentés. La Cour a gardé la cause à juger.

Dans un courrier adressé deux jours plus tard à la Cour, A. ______ a fait part à celle-ci de ses doléances quant au fait qu'il avait pris des dispositions et engagé des frais en relation avec l'audience précitée, alors que les époux X.______, impunément, ne s'étaient pas déplacés.

D. L'argumentation des parties sera reprise, pour le surplus et dans la mesure utile, dans la partie en droit ci-dessous.

1. 1.1. Aux termes de l'art. 405 al. 1 CPC entré en vigueur le 1er janvier 2011 (RS 272), les recours sont régis par le droit en vigueur au moment de la communication de la décision entreprise. S'agissant en l'espèce d'un appel dirigé contre un jugement notifié aux parties après le 1er janvier 2011, la présente cause est régie par le nouveau droit de procédure.

L'appel a été interjeté dans le délai de trente jours et suivant la forme prescrite par la loi (art. 130, 131, 308 al. 1 let. a et 311 al. 1 CPC). Il est ainsi recevable.

Les conclusions de première instance portant sur une valeur litigieuse supérieure à 10'000 fr. en capital, la Cour connaît de la présente cause avec un plein pouvoir d'examen (art. 310 CPC).

1.2. En appel, les faits et moyens de preuve nouveaux ne sont pris en compte que s'ils sont invoqués ou produits sans retard alors qu'ils ne pouvaient être invoqués ou produits devant la première instance bien que la partie qui s'en prévaut ait fait preuve de la diligence requise (art. 317 al. 1 CPC).

Par conséquent, la pce 55, que les appelants auraient pu produire sans difficulté en première instance, est irrecevable.

2. Il convient de rechercher quelle est la nature des relations juridiques nouées entre les parties afin de déterminer quelles dispositions régissent les questions de responsabilité soulevées par la cause.

2.1. Le mandat est un contrat par lequel le mandataire s'oblige, dans les termes de la convention, à gérer l'affaire dont il s'est chargé ou à rendre les services qu'il a promis (art. 394 CO).