Par acte déposé au greffe de la Cour de justice le 10 juillet 2009, X______ AG appelle du jugement rendu par le Tribunal de première instance le 20 mai 2009, qui a ordonné au conservateur du Registre foncier d’inscrire Y______ SA en qualité de propriétaire du droit distinct et permanent no a... de la commune de A______, en lieu et place de X______ AG, à la condition que Y______ SA apporte la preuve du paiement de 14'148'362 fr. à X______ AG, sous déduction de divers montants totalisant 4'053'465 fr. 40 et correspondant aux loyers versés par Y______ SA à X______ AG depuis le 1er juin 2005. Le Tribunal a par ailleurs condamné Y______ SA à verser à X______ AG la somme de 1'109 fr. et levé à due concurrence l’opposition faite au commandement de payer, poursuite no 1..., notifié à Y______ SA sur requête de X______ AG.

X______ AG conclut à l'annulation du jugement, au déboutement de Y______ SA de toutes ses conclusions et à la condamnation de celle-ci à lui payer la somme de 31'323 fr. 70, la mainlevée définitive de l'opposition au commandement de payer, poursuite no 1..., devant être prononcée et ladite poursuite aller sa voie.

Y______ SA conclut à la confirmation du jugement entrepris, les montants à déduire devant cependant être augmentés des loyers qu'elle a versés à X______ AG pour les mois de novembre 2008 à août 2009 inclusivement (10 fois 72'630 fr.), ainsi que du complément de loyer sur le chiffre d'affaires de 2008 payé le 13 mai 2009 (514'880 fr. 05), ce qui correspond à une somme supplémentaire totale de 1'241'180 fr. 05.

Les faits pertinents suivants résultent du dossier soumis à la Cour :

A. X______ AG est une société anonyme basée à B______ ayant pour but le commerce, le courtage, le financement ainsi que l'administration de biens immobiliers.

Par contrat de superficie des 4 juin et 11 juillet 2002, conclu devant Me C______, notaire, l'ETAT DE GENEVE a octroyé à X______ AG un droit de superficie échéant le 30 juin 2082 sur la parcelle no 2... dont il est propriétaire à A______. Le but du contrat était de conférer à X______ AG, qui était déjà en possession du terrain depuis le 14 janvier 2002, le droit de construire et d'exploiter un hôtel sur cette parcelle, conformément à des plans ayant fait l'objet d'une autorisation de construire délivrée le 14 décembre 2001 (art. 5 du contrat). En contrepartie de son droit de superficie, X______ AG s'engageait à verser à l'ETAT DE GENEVE, à compter du 1er septembre 2003 (terme prévu pour l'achèvement des travaux de construction de l'hôtel), une rente annuelle de 162'384 fr. (art. 6).

L’art. 8 du contrat stipulait que le droit de superficie était cessible, la cession étant subordonnée au consentement préalable de l'ETAT DE GENEVE, auquel le prix devait être indiqué. L'ETAT DE GENEVE ne pouvait toutefois refuser de consentir à la cession que si les obligations personnelles qui incombaient au superficiaire n'étaient pas reprises par l’acquéreur (lit. a) ou si le cessionnaire n’offrait pas des garanties suffisantes de solvabilité et ne s’engageait pas à maintenir l’affectation de l’immeuble telle qu’elle résultait du contrat de superficie (lit. b) […].L'ETAT DE GENEVE avait l’obligation de se prononcer dans un délai de six mois dès la réception de la requête du superficiaire faite par pli recommandé; en l’absence de toute réponse à l’expiration du délai, le consentement à la cession était présumé. Enfin, en cas de cession, l'ETAT DE GENEVE pouvait exercer son droit de préemption légal.

L'art. 9 du contrat autorisait X______ AG à louer ou mettre à disposition de tiers tout ou partie de ses locaux, après avoir soumis à l'ETAT DE GENEVE les conditions de la location ou de la mise à disposition, afin que ce dernier s'assure du respect de certaines conditions énumérées (prix, durée, échéance, affectation).

Ce droit distinct et permanent a été immatriculé comme immeuble au Registre foncier sous le feuillet no a..., X______ AG en étant la propriétaire.

B. Y______ SA est une société genevoise avec pour but la détention, la location, l'exploitation et le financement d'hôtels, de restaurants, de cafés et de bars, ainsi que la prise de participations à de telles entreprises et à tout autre établissement du secteur gastronomique.

Le 7 juin 2002, X______ AG et Y______ SA ont signé un protocole d’accord. Celui-ci prenait acte de la signature entre les parties, ce même jour, d'un contrat de bail relatif à l'exploitation de l'hôtel à construire sur la parcelle no 2.... En outre, compte tenu de leurs volontés, pour la première, de céder cet hôtel, pour la seconde, de l'acquérir une fois en exploitation, elles se sont engagées à conclure, avant le 31 décembre 2002, un pacte d’emption et de préemption du droit de superficie immatriculé au Registre foncier sous le feuillet no a.... Trois prix de vente différents, de 13'000'000 fr., 13'500'000 fr. et de 14'000'000 fr. étaient prévus en fonction de la date d'exercice du droit d'emption, avec indexation du dernier montant indiqué. Selon E______, signataire pour X______ AG de ce protocole d’accord, s'il avait été décidé d'indexer le prix d’achat, la question de la TVA n’avait en revanche pas été abordée.

Ce 7 juin 2002, les parties ont donc également signé un contrat de bail pour l’exploitation de l’hôtel prévu sur la parcelle no 2..., entrant en vigueur dès la fin des travaux, ici prévue le 31 mai 2003. Selon l'art. 7 de ce contrat, Y______ SA avait la possibilité de sous-louer tout ou partie de l’exploitation de l'hôtel, moyennant accord écrit de X______ AG. Le loyer annuel convenu dépendait du chiffre d’affaires, mais s'élevait au minimum à 750'000 fr. plus TVA pour les deux premières années, 810'000 fr. plus TVA pour les deux années suivantes et 855'000 fr. plus TVA dès la 5ème année (art. 8).

Le 2 avril 2003, X______ AG a donné son accord à la sous-location de l'hôtel, par Y______ SA, à la société F______ A______ SA, qui l'exploite, depuis son ouverture, sous l’enseigne "G______".

C. Le 2 avril 2003 également, Y______ SA et X______ AG ont signé, sous la forme authentique par devant Me C______, un pacte d’emption et de préemption sur le droit de superficie dont X______ AG était propriétaire.

Les articles 2 et 3 consacrés aux conditions du pacte d'emption stipulaient que Y______ SA devait notifier son intention d’acquérir l’immeuble en respectant un préavis de trente jours ouvrables, par lettre recommandée adressée à X______ AG, avec copie au notaire, lequel devait alors immédiatement préparer l’acte de transfert définitif. X______ AG s’obligeait, au plus tard dans les dix jours suivant la réception de cette notification, à signer l’acte translatif de la propriété de l’immeuble objet du présent droit d’emption. Y______ SA entrerait en possession et jouissance de l’immeuble le jour de la signature de l’acte de vente, contre le paiement simultané du prix de vente convenu. L'art. 14 faisait interdiction à X______ AG, pendant la durée du pacte fixée au 31 mai 2008, de conférer à des tiers tout droit réel, de jouissance, ou tout autre droit sur l'immeuble.

Le prix de vente devait être acquitté en mains du notaire et s'élevait à 13'000'000 fr. en cas de levée de l'option avant le 31 mai 2003, à 13'500'000 fr. en cas de notification de l'exercice du droit d'emption effectuée entre le 1er juin 2003 et le 31 mai 2004, et à 14'000'000 fr. si le droit d'emption était exercé entre le 1er juin 2004 et le 31 mai 2008. Le cas échéant, seul ce dernier prix devait être indexé, à partir d'un indice de référence de mai 2000, ainsi que des indices de mai 2004 et du mois précédent la vente. Il était encore précisé que le pacte indiquait l'intégralité du prix, celui-ci n'étant modifié par aucun autre arrangement.

Le pacte réservait encore à Y______ SA un droit de préemption, en cas de vente de l'immeuble par X______ AG à un tiers, entre le 1er juin 2005 et le 31 mai 2008.

Devant le Tribunal, Me C______ a déclaré avoir fixé dans le pacte d'emption ses éléments essentiels. Néanmoins, certaines clauses, dont celles sur le prix de vente, avaient été préparées par les parties.

Les droits d'emption et de préemption ont été annotés au Registre foncier le 17 avril 2003.

D. Au cours de l’exploitation de l’hôtel, Y______ SA s’est plainte auprès de X______ AG de plusieurs défauts, ce qui a donné lieu à des litiges entre les parties.

Notamment, Y______ SA a commandé des travaux supplémentaires, en relation avec la climatisation, dont la facture s'est élevée à 578'284 fr. 25. Dans un courrier du 24 janvier 2005 adressé à Y______ SA, X______ AG indiquait que ce montant était exigible depuis le 19 février 2004, de sorte que des intérêts de 5% depuis cette date devaient y être ajoutés. Dans sa réponse du 18 février 2005, Y______ SA a contesté l'exigibilité de cette somme.

Le 5 avril 2005, Y______ SA a payé à X______ AG le montant de 578'284 fr. 25.

E. Par courrier du 7 avril 2005 adressé au conseil de X______ AG, avec copie à Me C. ______, Y______ SA a déclaré exercer son droit d’emption avec effet au 31 mai 2005 à minuit. Dans un second courrier du même jour, à l'attention exclusive de X______ AG, Y______ SA déclarait avoir, par gain de paix et sans reconnaissance d'une obligation quelconque, procédé au versement de 578'284 fr. 25; par ailleurs, elle invitait X______ AG à s'assurer du consentement de l'ETAT DE GENEVE à la cession du droit de superficie.

Le 12 avril 2005, le notaire Me C______ a informé le Département de l’aménagement, de l’équipement et du logement (ci-après : DAEL) de l’exercice de son droit d’emption par Y______ SA, sollicitant l’accord de l'ETAT DE GENEVE ainsi qu'une déclaration de renonciation à son droit de préemption légal. Ce courrier faisait mention d’un prix de vente de 14'000'000 fr., sous réserve d’indexation.

Par courrier du 19 avril 2005 adressé au conseil de Y______ SA, X______ AG, par son conseil, a accusé réception de la somme de 578'284 fr. 25, rappelant toutefois que 31'323 fr. 70 restaient dus au titre d'intérêts; à cet égard, elle mentionnait avoir précisément introduit une poursuite, selon réquisition datée du 5 avril 2005, reçue le 8 avril 2005 à l'Office des poursuites de Genève, pour le montant de 578'284 fr. 25 avec intérêts de 5% à compter du 1^er mars 2004. Le conseil de X______ AG déclarait en outre, pour le surplus, prendre acte du courrier du 7 avril 2005 de Y______ SA, au sujet duquel il se prononcerait après s'en être entretenu avec sa mandante.

Le 20 avril 2005, X______ AG a déclaré à Y______ SA que ses courriers du 7 avril 2005, ainsi que d'autres lettres de Me C______, soulevaient "quelques questions techniques"; elle proposait une réunion pour les régler. Par courrier du même jour adressé à Me C______, X______ AG précisait qu'en raison de l’indexation du prix de vente, sur la base de l’indice du mois de mars 2005, son montant s'élevait à 14'053'950 fr.

Le 21 avril 2005, le DAEL a fait part à Me C______ de son étonnement, pour n’avoir jamais été avisé par X______ AG de ses intentions d'inscrire un droit d’emption sur son immeuble et de céder celui-ci. Conformément à l'art. 8 du contrat de constitution du droit de superficie du 11 juillet 2002, il sollicitait une demande officielle de la part de X______ AG pour le transfert du droit de superficie.

Par courrier du 26 avril 2005 adressé au DAEL, X______ AG a pris note que le transfert de propriété devait s'effectuer dans le respect de l'art. 8 du contrat de superficie et qu'elle fournirait ultérieurement plus d'informations, de manière à permettre à l'ETAT DE GENEVE de prendre position.

F. Une entrevue s'est tenue entre les parties et leur notaire le 4 mai 2005. Selon les déclarations de ce dernier, cette réunion avait été organisée dans le but de régler notamment des problèmes de défauts de construction, de TVA, ainsi que de remise d'une cédule hypothécaire grevant le droit de superficie. Me C______ a indiqué que X______ AG n’avait alors pas fait état de problèmes de paiement de la part de Y______ SA.

Le 11 mai 2005, ensuite de la réunion précitée, Me C______ a adressé aux conseils respectifs des parties un avant-projet d’acte de vente du droit de superficie, pour le prix de 14'000'000 fr., sous réserve d'indexation. Il demandait en particulier à X______ AG de se munir, le jour de la signature, de l’original de la police d’assurance dégâts des eaux ainsi que de la cédule hypothécaire au porteur au capital de 2'200'000 fr.

Le 24 mai 2005, Y______ SA a établi une déclaration relative à son actionnariat et à ses ressources financières, à l’intention de l’ETAT DE GENEVE, qu'elle a transmise au conseil de X______ AG le 30 mai 2005.

X______ AG a adressé au conseil de Y______ SA, le 9 juin 2005, un projet de courrier à l’attention du DAEL, qui faisait état d’un prix de vente de 14'000'000 fr. indexé au coût de la vie, soit 14'159'135 fr., plus TVA. Ce courrier fut envoyé le 27 juin 2005 au DAEL par X______ AG, après que Y______ SA lui eut indiqué, le 23 juin 2005, qu’elle n'avait pas à se prononcer à son sujet, sollicitant toutefois deux rectifications de forme sans rapport avec le prix de vente indiqué.

G. X______ AG a fait notifier à Y______ SA, le 27 juin 2005, un nouveau commandement de payer, poursuite no 1..., pour le montant de 578'284 fr. 25, portant intérêts à 5% dès le 1er mars 2004. Y______ SA a formé opposition à cet acte de poursuite.

Par courrier du 8 août 2005, le Conseiller d’Etat Laurent Moutinot a informé X______ AG que les conditions de la cession étaient conformes aux stipulations de l’art. 8 du contrat de droit de superficie, de sorte qu'il donnait son accord de principe pour la transaction, sous réserve de l’approbation finale du Conseil d’Etat. A cet effet, il restait dans l'attente d'une copie de l’acte de cession signé par les deux parties. Ce courrier de Laurent Moutinot n'a jamais été transmis à Y______ SA par X______ AG.

X______ AG a par ailleurs exigé, à diverses reprises, le paiement des loyers, la première fois par une mise en demeure de Y______ SA du 20 décembre 2005, pour les loyers des mois de juillet à décembre 2005. X______ AG a assorti ses mises en demeure successives d'une menace de résiliation du contrat de bail, fondée sur l'art. 257d CO. En réponse au courrier du 20 décembre 2005, Y______ SA s'est ainsi acquittée du montant réclamé de 435'780 fr., précisant toutefois que "ce paiement [était] fait de manière involontaire et qu’il interv[enait] sous la réserve expresse d’en demander la restitution". Sur requête de Y______ SA, un commandement de payer ce même montant a été notifié à X______ AG le 6 février 2006, poursuite no 6005619; cette dernière a formé opposition à cet acte de poursuite.

Ce schéma de mise en demeure de Y______ SA par X______ AG pour le paiement des loyers, accompagnée de la menace de l'art. 257d CO, suivie du paiement, effectué sous la réserve d'en demander la restitution, puis d'une poursuite frappée d'opposition, s'est par la suite répété, pendant toute la durée de la procédure.

H. Le transfert de propriété n’ayant pas été opéré, Y______ SA a déposé, le 8 mars 2006, une action fondée sur l’art. 665 CC, à l’encontre de X______ AG, tendant à l’attribution en sa faveur de la propriété du droit distinct et permanent no a... de la commune de A______, ainsi qu’à son inscription au Registre foncier en qualité de propriétaire, moyennant le versement par elle du prix de vente prévu dans le pacte du 2 avril 2003, valeur au 1er juin 2005. En déduction du prix de vente, Y______ SA invoquait différents montants en compensation, sous réserve d'amplification, à savoir un montant à déterminer au jour du jugement représentant la perte entre le taux SWAP au jour de la levée de l’option (1er juin 2005, taux de 1,8%) et le taux SWAP au jour du jugement, sur une somme de 15'000'000 fr., 15'000 fr. pour les frais de dossier bancaire, 16'413 fr. 05 pour les frais d’expertise immobilière, 23'964 fr. 70 pour les frais d’avocats liés au prêt bancaire et 581'040 fr. pour les loyers indument payés durant les mois de juin 2005 à janvier 2006 inclusivement.

Y______ SA a également pris des conclusions subsidiaires en inscription au Registre foncier en qualité de propriétaire du droit distinct et permanent n° a... de la commune de A______, en condamnation de X______ AG au paiement des différents montants susmentionnés, et en mainlevée de l’opposition formée le 6 février 2006 par X______ AG au commandement de payer, poursuite no 6005619, sous réserve d’amplification.

En substance, Y______ SA exigeait l’exécution, par X______ AG, du pacte d’emption du 2 avril 2003, soit le transfert de la propriété. Elle a allégué que X______ AG avait violé ses obligations contractuelles, d’une part, en grevant l’immeuble objet du pacte de deux cédules hypothécaires, dont l'une en faveur de sa maison mère Z______ AG, et, d’autre part, en tardant à requérir l’accord de l’ETAT DE GENEVE au transfert de propriété. Elle estimait que X______ AG était en demeure de s’exécuter depuis le 1er juin 2005, date à laquelle le droit d’emption devait prendre effet. En conséquence, elle invoquait, en compensation du prix de vente dû par elle, différents montants relatifs à la perte entre le taux SWAP au jour de la levée de l’option et celui au jour du jugement, aux frais de dossier bancaire, d’expertise immobilière et d’avocat, ainsi qu’aux loyers versés depuis la levée de l’option.

I. X______ AG s'est opposée à la demande et a conclu, reconventionnellement, à la condamnation de Y______ SA à lui payer 31'323 fr. 70 au titre d’intérêts sur le montant de 578'284 fr. 25, ainsi qu'au prononcé de la mainlevée de l'opposition formée par cette dernière au commandement de payer poursuite no 1... L, portant sur un montant de 578'284 fr. 25 avec intérêts à 5% dès le 1er mars 2004, sous déduction du montant de 578'284 fr. 25 versé le 5 avril 2005. X______ AG a, par ailleurs, soulevé un incident de suspension fondé sur l’art. 107 LPC, la cause dépendant d’une procédure ayant une portée préjudicielle. Subsidiairement, elle a requis du Tribunal de proposer le recours à la médiation et d’impartir à Y______ SA un délai de 30 jours pour se prononcer sur la question.

A l'appui de sa position, X______ AG a allégué avoir contesté, devant les tribunaux bâlois, la validité d’un contrat de prêt conclu durant l'été 2004 entre son ancien conseil d’administration et sa maison mère Z. ______ AG, en exécution duquel trois cédules hypothécaires avaient été inscrites au Registre foncier le 19 août 2004 sur les droits distincts et permanents de A______, dont une de 2'200'000 fr. grevant l’immeuble no a.... Le 8 février 2006, le Tribunal civil de Bâle-Ville avait jugé, conformément à ce que soutenait X______ AG, d’une part, que les membres de son ancien conseil d’administration avaient agi dans l’intérêt unique de Z______ AG, ce qui était contraire à leur devoir de fidélité et de diligence, et que, d’autre part, le contrat de prêt avait été conclu par une personne ayant agi en qualité de double représentant, étant à la fois organe de Z______ AG et de X______ AG. Le nouveau conseil d’administration ayant refusé de ratifier le contrat de prêt, sa nullité avait ainsi été constatée et la restitution des cédules à X______ AG avait été ordonnée. Z______ AG avait appelé de ce jugement, de sorte que X______ AG estimait opportun de suspendre la présente procédure, jusqu'à droit définitivement jugé sur la validité du contrat de prêt et, par voie de conséquence, sur le sort réservé aux cédules hypothécaires. A défaut, il risquait d'en résulter des problèmes d’exécution du jugement à rendre, dans la mesure où le transfert de propriété ne pouvait s’effectuer franc de tout gage. En tous les cas, X______ AG contestait sa demeure, invoquant au contraire celle de Y______ SA pour avoir tardé à exécuter ses propres obligations, en particulier celle de payer ou d'offrir de payer le prix de vente de 14'000'000 fr., plus indexation et TVA.

La conclusion subsidiaire en médiation de X______ AG découlait du fait qu’un accord amiable pouvait encore être trouvé entre les parties.

J. Y______ SA a conclu au déboutement de X______ AG des fins de sa demande reconventionnelle et de l'incident de suspension. Subsidiairement, elle a invoqué la compensation des montants exigés par X______ AG avec ceux faisant l’objet de la demande principale. Elle a par ailleurs refusé la proposition de médiation, pour le motif que X______ AG avait elle-même agi en violation du pacte.

Par jugement du 2 novembre 2006, le Tribunal a débouté X______ AG de ses conclusions sur incident de suspension et a ordonné un second échange d’écritures.

Dans sa réplique, Y______ SA a sollicité la déduction, en sus des montants déjà invoqués, de divers montants correspondant aux loyers des mois de février à novembre 2006, ainsi que le supplément de loyer sur le chiffre d’affaires pour l’année 2005, sous réserve d’amplification; elle a également requis, en sus de ses précédentes conclusions subsidiaires, le paiement des nouveaux montants susmentionnés ainsi que la mainlevée de l’opposition formée le 14 mars 2006 par X______ AG au commandement de payer poursuite no 6….

K. Devant le premier juge, H______ a confirmé que la société I______, qui l’employait alors, avait été mandatée par Y______ SA pour trouver le financement de l’achat du droit de superficie. Il a confirmé diverses pièces produites par Y______ SA, aux termes desquelles deux banques avaient donné leur accord, l'une de principe, l'autre définitif, pour le financement de l’acquisition du droit de superficie. Cela signifiait, selon le témoin, que si le contrat se faisait "dans les normes convenues", le crédit aurait été automatiquement octroyé. Dans le cadre de ces démarches, Y______ SA avait versé 15'000 fr. le 25 août 2005 à l'une des banques pour ses frais de dossier, ainsi que 16'413 fr. 05 pour une expertise et 23'964 fr. 70 pour les frais d’avocat liés au prêt bancaire. Selon H______, les conditions de crédit de juin 2005 n'étaient plus les mêmes qu'à l'époque de son audition, car le taux de refinancement avait augmenté, et il n’était pas certain d’obtenir un crédit avec la même marge.

L. Le 10 avril 2008, le Tribunal a ordonné, sur mesures provisionnelles sollicitées par Y______ SA, l’annotation, sur le feuillet du droit distinct et permanent no a... de la commune de A______, propriété de X______ AG, d’une restriction au droit d’aliéner, avec effet jusqu’au prononcé du jugement définitif et exécutoire dans la présente procédure, au plus tard le 31 mai 2013.

En cours de procédure, X______ AG a précisé qu’en 2004, J______, actionnaire à 80% de X______ AG, avait pris le contrôle de son conseil d’administration. Cette dernière n'avait découvert qu'après l’exercice de son droit d’emption, par Y______ SA, que des cédules hypothécaires avaient été créées à son insu. Lorsque Y______ SA avait fait valoir son droit d’emption, le problème de la cédule s’était donc posé et avait donné lieu à des discussions. Les propositions de X______ AG, consistant à remettre la cédule à un notaire pour la somme de 3 millions, ainsi que de consigner cette somme auprès du Tribunal de Bâle, avaient été refusées par Y______ SA.

Le 7 octobre 2008, Y______ SA a encore amplifié sa demande en invoquant, en déduction du prix de vente et en sus des autres postes, la valeur des loyers de novembre 2006 à octobre 2008, ainsi que les suppléments de loyers sur le chiffre d'affaires pour les années 2006 et 2007. Elle a sollicité, subsidiairement, le paiement de ces montants, ainsi que la mainlevée de l’opposition formée le 7 novembre 2007 par X______ AG au commandement de payer poursuite no 1….

X______ AG a conclu à l’irrecevabilité des conclusions en amplification de la demande formées par Y______ SA, pour cause de tardiveté, subsidiairement à leur rejet.

La procédure bâloise en contestation de la validité du contrat de prêt intentée par X______ AG, suspendue devant le Tribunal fédéral le 19 janvier 2009, a été retirée par la recourante Z______ AG, un accord ayant été trouvé entre les parties. Le Tribunal fédéral a néanmoins requis de Z. ______ AG qu'elle restitue les cédules hypothécaires à X______ AG, dont la cédule litigieuse de 2'200'000 fr.

M. Le Tribunal a considéré que les amplifications successives de la demande de Y______ SA étaient recevables, ni la réalité des loyers versés, ni les montants invoqués n'étant au demeurant contestés. En outre, Y______ SA avait levé l’option conformément au pacte d'emption, par déclaration du 7 avril 2005, avec effet au 31 mai 2005; elle était ainsi en droit de s’attendre, dix jours après la réception de la notification de la levée d'option par X______ AG, à se voir proposer l’acte translatif de la propriété de l’immeuble signé par cette dernière et se trouver liée par un contrat de vente, qui devait déployer ses effets au 1er juin 2005. Après avoir procédé à l'interprétation de la volonté des parties au sujet du prix de vente, le Tribunal a retenu que celui-ci s'entendait sans la TVA et devait être arrêté sur la base de l'indice suisse des prix à la consommation du mois de mai 2005, soit 104,9; le prix de vente ainsi indexé, valeur au 1er juin 2005, s'élevait à 14'148'362 fr.

Par conséquent, X______ AG était en demeure de s’exécuter depuis le 1er juin 2005 et devait, en application de l’art. 103 al. 1 CO, des dommages-intérêts pour cause d’exécution tardive, Y______ SA devant être placée dans la situation qui aurait été la sienne si X______ AG avait exécuté son obligation à temps. Or, dans ce cas, Y______ SA, en tant que propriétaire, n’aurait plus eu à lui verser de loyers. Dès lors, les montants versés à ce titre pouvaient être compensés (art. 120 CO) avec le prix de vente à verser. En revanche, les autres montants invoqués dans les dommages de Y______ SA n'étaient pas établis à satisfaction de droit, faute d'avoir démontré que les démarches auxquelles ils correspondaient étaient devenues inutiles à celle-ci.

Concernant la demande reconventionnelle de X______ AG, cette dernière n'avait pas démontré avoir interpellé Y______ SA avant son courrier du 21 mars 2005, de sorte que les intérêts dont elle demandait le paiement ne pouvaient courir qu'à compter de cette date; en conséquence, la demande ne pouvait être admise que pour 1'109 fr. Le Tribunal a ainsi levé l’opposition formée au commandement de payer, poursuite no 1..., à concurrence de ce dernier montant.

N. En appel, X______ AG soutient que l'action en attribution de propriété de Y______ SA, en tant qu'elle était fondée sur l'art. 665 CC, n'accordait à celle-ci aucun droit à des dommages et intérêts pour exécution tardive. De plus, X______ AG maintient que le prix de vente du droit de superficie convenu entre les parties ne comprenait pas la TVA. En raison du litige survenu sur ce point essentiel du contrat, ainsi qu'à propos de la cédule hypothécaire, Y______ SA ayant abusivement refusé les propositions de X______ AG, cette dernière était fondée à refuser la signature de l'acte de vente. Elle ne pouvait par conséquent pas être considérée comme ayant été en demeure d'exécuter ses obligations. De son côté, Y______ SA n'avait ni effectué sa propre prestation, qui consistait à payer le prix de la vente, ni même offert de le payer.

Enfin, la décision du premier juge était "choquante", dès lors qu'elle permettait à Y______ SA de retirer tous les bénéfices liés au droit de superficie depuis juin 2005, sans en assumer aucune charge. A cet égard, il ressortait des pièces produites que si Y______ SA était devenue propriétaire le 1er juin 2005, elle aurait dû assumer dès cette date des frais relatifs aux intérêts et à l'amortissement des emprunts bancaires contractés pour l'achat, à la rente de superficie due à l'ETAT DE GENEVE, aux impôts, aux primes d'assurances et à divers frais d'entretien, à concurrence de 4'442'501 fr. 83. Produisant de nouvelles pièces, X______ AG allègue que ses propres charges liées au droit de superficie, durant la période litigieuse, se sont élevées à 847'132 fr., auxquelles se sont ajoutés 35'347 fr. 45 de frais d'entretien.

Y______ SA réfute les arguments de X______ AG, les pièces et allégués nouveaux de l'appelante étant de surcroît irrecevables, pour n'avoir pas été soumis au premier juge.

L'argumentation des parties sera pour le surplus examinée dans la partie ci-dessous, dans la mesure utile à la solution du litige.

1. L'appel a été formé dans le délai utile et selon la forme prescrite par la loi (art. 296 et 300 LPC). Il est, partant, recevable.

Compte tenu de la valeur litigieuse supérieure à 8'000 fr., la cognition de la Cour est complète (art. 22 al. 2 LOJ, art. 291 LPC).

2. La qualité de titre d'acquisition valable du droit de superficie, conférée par le Tribunal à l'exercice du droit d'emption de l'intimée, est contestée en appel.