A. a) X.________ AG est une société anonyme inscrite au registre du commerce du canton de Zoug. Elle est active à divers titres dans le secteur de l’immobilier. La société avait une succursale à Z.________, inscrite au registre du commerce du canton de Neuchâtel et dirigée par A.________, vice-directeur.

b) Y.________ SA était une société anonyme inscrite au registre du commerce du canton de Berne. Son but était le suivant, selon le registre du commerce : « Transport en tout genre de marchandises et de personnes, prise en charge de services communaux et de manutentions, de travaux de terrassements, déconstructions, démolitions, concassage, traitement et commerce de matériaux de chantier et de construction, ainsi que toute opération liée au conditionnement, au transport, à l’élimination de déchets ; exploitation de gravières et décharges ; exploitation de garages, location de machines et engins de manutention, ainsi qu’achat, vente et location de biens immobiliers […] ». B.________ a exercé diverses fonctions dans cette société ; dès avril 2013, il en était seul administrateur et directeur, avec signature individuelle. La faillite de la société a été prononcée le 11 novembre 2013. B.________ a ensuite poursuivi certaines activités en tant que responsable d’une société C.________ Sàrl.

B. Par contrat de bail du 17 mai 2010 et avenant à ce contrat, du 22 décembre 2010, X.________ AG, agissant par sa succursale de Z.________, a remis à bail à Y.________ SA, à partir du 1^er juillet 2010 et pour une durée minimale de trois ans, renouvelable tacitement, un terrain nu d’une surface de 5'000 m²au lieu-dit D.________, à W.________ (on parle aussi de « site E.________ »). Le loyer était fixé à 48'420 francs. Le terrain loué était situé sur la parcelle [11111] du cadastre de W.________, provenant de ce qui était initialement la parcelle [22222] du même cadastre (non contesté). Pour l’usage du terrain par le locataire, le contrat de bail prévoyait ceci : « Utilisation : Stationnement de véhicules lourds, bennes et traitement de matériel de chantier ». Selon l’article 3 du contrat de bail, « [l]’autorisation d’exercer ser[ait] obligatoirement requise auprès de l’autorité compétente avant le début de toute activité sur le terrain ». L’article 11 du contrat de bail avait la teneur suivante : « La chose louée sera restituée complètement débarrassée et propre à 12.00 heures au plus tard le lendemain du jour où expire le contrat de bail ». L’avenant au contrat de bail, du 22 décembre 2010, modifiait la localisation de la surface louée, en relation avec un projet de mise en commun de certaines installations entre Y.________ SA et F.________ SA, et précisait que la localisation définitive serait déterminée d’entente entre les parties si ce projet se réalisait.

C. a) Depuis 2010 environ, Y.________ SA et la société F.________ SA, qui est devenue ultérieurement propriétaire des parcelles voisines, articles [33333] et [44444] du cadastre de W.________ (promesse de vente en 2010, puis vente en 2015), ont formé le projet de créer et/ou exploiter en commun, sur les terrains dont il est question ici, des installations destinées au tri des déchets de chantier. Le projet comprenait celui de créer avec B.________ une société anonyme dédiée à cette activité de tri.

b) Y.________ SA a fait usage du terrain qui lui était loué par X.________ AG, en y déployant certaines activités ; le 1^er septembre 2010, le Service cantonal de l’énergie et de l’environnement (ci-après : SENE) lui a écrit que ses activités étaient soumises à autorisation, laquelle dépendait de l’aménagement du site, qui devait faire l’objet d’un permis de construire, et qu’une activité provisoire avait été admise par le SENE, à des conditions que la société n’avait pas respectées.

c) F.________ SA a obtenu un permis de construire en 2012, pour l’aménagement de la parcelle [55555] du cadastre de W.________ qu’elle occupait, ainsi que de la parcelle [11111] louée par Y.________ SA ; les aménagements étaient une condition pour l’autorisation d’exploitation relative au tri de déchets ; Y.________ SA devait se charger des aménagements sur sa parcelle, ce qu’elle n’a pas fait ; F.________ SA a, quant à elle, aménagé sa parcelle et été autorisée à effectuer du tri et du stockage provisoire de déchets de chantier.

d) Après une étude de marché et le constat, par F.________ SA, que l’activité envisagée en commun avec Y.________ SA n’était pas rentable, elle a abandonné l’ensemble du projet avec cette entreprise.

D. a) Y.________ SA a stocké des déchets sur la parcelle qui lui était louée.

b) Le 1^er juillet 2013, la Commune de W.________ a signifié à Y.________ SA l’arrêt immédiat de toute activité sur le site des E.________ ; elle précisait que l’activité était considérée comme illégale et serait dénoncée aux services étatiques et que tous les frais relatifs à l’arrêt des travaux, ainsi qu’à l’évacuation et à la remise en état du terrain, seraient supportés par la société.

c) Par courrier du 10 juillet 2013, X.________ AG a résilié le bail au 31 du même mois, en raison du fait que Y.________ SA ne respectait pas « la condition fixée à l’article 3 [du contrat de bail] qui stipul[ait] que le droit d’exercer [son] activité [était] obligatoirement soumis à l’accord de l’autorité ». La bailleresse faisait à Y.________ SA « interdiction avec effet immédiat de décharger du matériel sur le site » et constatait « d’autre part » que la locataire « utilis[ait] une surface supplémentaire au moins aussi importante que les 5'000 m² faisant l’objet du bail ». Elle priait Y.________ SA « de remettre sans tarder cette surface adjacente dans l’état initial et de débarrasser tout [son] matériel sur l’ensemble du terrain d’ici au 31 juillet 2013 ».

d) Le 14 novembre 2013, le SENE a écrit à Y.________ SA qu’une décision serait rendue sous peu « pour exiger la cessation immédiate de toutes activités d’exploitation illégale d’une installation de traitement des déchets sur le site des E.________, biens-fonds No [66666] et [11111] du cadastre de W.________, l’évacuation de tous les déchets figurant sur le site, selon la filière requise par leur nature, vers des installations de reprise autorisées et la remise du terrain en l’état antérieur ».

e) Le 26 novembre 2013, le SENE a encore écrit à X.________ SA qu’il était prévu d’inscrire la parcelle [11111] dans le cadastre neuchâtelois des sites pollués, l’activité déterminante étant « Remblai de déchets de chantier minéraux, dépôt de déchets de chantier divers et bennes de déchets », le volume des déchets étant de « 1-4'000 m³ » pour la « Période d’exploitation / de stockage de 2011 environ à 2013 ». La lettre précisait que les équipements nécessaires au stockage temporaire et sécurisé de déchets n’avaient pas été réalisés, « suivant les exigences du permis de construire communal SATAC 14082 du 6 février 2012 » et qu’on ne s’attendait « à aucune atteinte nuisible ou incommodante pour l’environnement ; dès lors, aucune investigation du site ne ser[ait] demandée par le Canton en l’état de la situation ».

E. Une procédure pénale a été ouverte contre B.________ en raison de l’activité de stockage de déchets et d’exploitation d’une décharge, exercée sans autorisation. Une ordonnance pénale a été rendue le 19 février 2016, condamnant le prévenu pour des infractions à la législation sur la protection de l’environnement et le traitement des déchets et lui reprochant, en fait, d’avoir, du 19 juillet au 13 décembre 2013 à tout le moins, exercé – en qualité de gérant de Y.________ SA, puis de C.________ Sàrl – une activité de stockage de déchets alors qu’il n’était pas au bénéfice des autorisations nécessaires. Le prévenu a fait opposition. Par jugement du Tribunal de police de Neuchâtel du 8 septembre 2016, B.________ a été condamné à une peine pécuniaire avec sursis et à une amende, pour les infractions qui lui étaient reprochées. Suite à des recours du prévenu, ce jugement a été confirmé par la Cour pénale, puis par le Tribunal fédéral.

F. a) Selon une promesse de vente immobilière conditionnelle du 30 juin 2016, X.________ SA a promis de vendre la parcelle [11111] à G.________ SA, sous la condition que la seconde obtienne un permis de construire des locaux, « avec place de stockage et valorisation de matériaux » ; G.________ SA s’engageait à déblayer les déchets présents et à partiellement assainir le sous-sol, pour des montants forfaitaires d’environ 610'000 francs au total, qui pourraient être compensés avec le prix de vente (acte notarié ; « déblaiement des déchets en surface », pour un montant forfaitaire de 467'345.60 francs selon une offre de G.________ SA, et 172'654.40 francs pour « un assainissement partiel, en sous-sol, de la plateforme », comprenant « le débarras des matériaux pollués », selon une estimation de la même ; le montant de 610'000 francs est celui qui a été allégué par X.________ SA, mais il résulte apparemment d’une lecture erronée de l’acte, car les 610'000 francs sont le prix de vente, après déduction des montants forfaitaires mentionnés plus haut pour l’assainissement, soit 640'000 francs en tout).

b) Le 2 octobre 2015, G.________ SA avait déjà adressé à X.________ SA une facture de 183'470.40 francs pour la « Dépollution de la parcelle [66666] – W.________ », en surface.

c) Le 17 décembre 2015, X.________ SA avait en outre vendu la parcelle [33333] à F.________ SA, le règlement du prix intervenant en partie par « Paiement par compensation de créance de la facture de F.________ SA du 17.12.2015 […] pour la remise en état de la parcelle », pour un montant de 165'570 francs.

G. a) Dans l’intervalle, la faillite de Y.________ SA a été prononcée le 11 novembre 2013.

b) Dans le cadre de la faillite, X.________ AG a obtenu l’admission en troisième classe de l’état de collocation d’une créance en sa faveur d’un montant total de 2'008'151 francs.

c) La même a ensuite obtenu la cession en sa faveur de droits de la masse, selon position no 27 de l’inventaire (estimée « pour mémoire ») : « Action en responsabilité pour un montant indéterminé – contre tous les organes et toutes les personnes responsables – qui lors de la fondation, l’administration, la gestion ou la révision de la société, ont causé un dommage en manquant intentionnellement ou par négligence à leurs devoirs, selon les articles 752 et suivants du CO ».

H. Le 22 novembre 2016, X.________ AG a engagé une procédure de preuve à futur. Par ordonnance du 21 février 2017, le Tribunal civil a désigné un expert pour dresser l’état des matériaux se trouvant en surface et dans le sous-sol des bien-fonds [11111] et [33333] du cadastre de W.________. L’expert a déposé un rapport du 29 mai 2017 et un complément du 20 décembre 2017.

Selon l’estimation de l’expert, les coûts « pour la dépollution en surface et en sous-sol » des parcelles [11111] et [33333] s’élevaient « à environ CHF 2 millions à 2,5 millions », dont « environ CHF 1,2 millions à 1,4 millions » pour la dépollution en surface (les frais d’assainissement des dépôts étaient chiffrés à 1'414'475 francs et les coûts estimés pour l’assainissement du sous-sol s’élevaient à 1'207'882 francs, soit au total 2'622'357 francs). L’expert indiquait que le volume de certains tas n’avait pas pu être calculé, car « ils [étaient] actuellement presque entièrement recouverts par des tas de l’entreprise F.________ SA », et que lorsqu’il avait effectué les relevés en avril 2017, sur la parcelle [11111], « certains tas étaient presque entièrement recouverts par des tas qui étaient déposés à la base sur la parcelle de l’entreprise F.________ SA. Il n’était pas possible de déterminer les appartenances et les qualités exactes des tas en question ». Dans les dépôts, la présence de polluants, soit des métaux lourds, des hydrocarbures et une « somme des HAP et benzo(a)pyrène », avait été constatée. L’expert écrivait en outre : « Dans le cadre de la preuve à futur […] nous ne pouvons constater l’état du site avant l’arrivée de Y.________ SA ».

I. X.________ SA a agi en conciliation contre B.________, devant la Chambre de conciliation du Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers. Elle concluait à ce que le défendeur soit condamné à lui verser 2'622'357 francs, plus intérêts, sous suite de frais et dépens. Le défendeur a conclu au rejet de la demande. La conciliation a été tentée, sans succès, et une autorisation de procéder a été délivrée le 5 novembre 2018.

J. a) Le 20 décembre 2018, X.________ SA a déposé devant le Tribunal civil une demande contre B.________, en concluant à la condamnation de celui-ci à lui verser la somme de 2'000'000 francs, plus intérêts à 5 % dès le 10 juillet 2013, ainsi qu’à lui rembourser les frais de la procédure de preuve à futur, par 21'595.95 francs, et ceux de la procédure de conciliation, par 500 francs, sous suite de frais et dépens. Elle alléguait, en substance, les faits déjà résumés plus haut.

b) Dans sa réponse du 24 mai 2019, B.________ a conclu au rejet de la demande, avec suite de frais et dépens. Il alléguait notamment qu’au 22 décembre 2010, le terrain dont il était question était déjà saturé de tas de déchets provenant des chantiers de la demanderesse, que des gravats avaient aussi été déplacés sur le site exploité par Y.________ SA et que, sur place, se trouvaient déjà des cuves de rétention d’eaux de surface mises sous terre par F.________ SA. La situation avait toujours été tolérée par tous les intervenants, y compris les autorités, qui avaient autorisé les activités du projet de centre de regroupement et de tri des matériaux de chantier, sous réserve de quelques aménagements faisant partie du permis de construire délivré à F.________ SA. Le défendeur rappelait sa faillite et les courriers du SENE des 14 et 26 novembre 2013. Le contrat passé par la demanderesse avec G.________ SA ne mentionnait pas le temps, les emplacements et les travaux effectués. F.________ SA, propriétaire des parcelles [33333] et [44444], avait déjà entrepris des travaux d’aménagements et la limite entre les parcelles n’avait jamais pu être définie, à mesure que chacun des intéressés utilisait la place approximativement prévue. La confirmation des travaux de G.________ SA sur la parcelle [33333], voisine de la [11111], ne permettait pas de déterminer l’origine des déchets se trouvant sur ces parcelles. D’autres déchets avaient été évacués par F.________ SA, sans qu’on puisse savoir depuis où. En procédure pénale, il n’avait été reproché au défendeur d’avoir exercé une activité sans autorisation que pour la période du 19 juillet au 31 décembre 2013. Le coût de remise en état allégué par la demanderesse portait sur une dépollution totale d’un site en zone industrielle et qui était déjà pollué. Il était impossible de déterminer la provenance des déchets, tout comme qui les aurait déposés, quand et selon quels volumes, de nombreuses entreprises ayant aussi eu accès au terrain. La demanderesse n’avait pas prouvé avoir subi un quelconque préjudice.

c) La demanderesse n’a pas déposé de réplique, mais des explications sur les faits de la réponse, le 7 juin 2019.

K. a) À l’audience du Tribunal civil du 30 août 2019, les parties ont confirmé leurs mémoires et renoncé aux premières plaidoiries.

b) Le Tribunal civil a entendu le témoin H.________, conseiller communal à W.________ depuis 2008, qui a notamment déclaré qu’au départ, il y avait eu une demande de permis de l’entreprise F.________, pour un site de concassage de matériaux de chantier en vue de leur utilisation comme matériaux de construction de routes ; l’entreprise Y.________ était venue se greffer sur ce projet ; la Commune de W.________ s’y était montrée favorable, puis il y avait eu un désaccord entre les deux entreprises concernées ; la Commune avait ensuite demandé la mise en conformité du site, puis dénoncé le cas au SENE ; le site des E.________ était en zone industrielle « depuis pas mal d’années avant le projet de décharge », et le terrain se trouvait « donc dans un périmètre à fort risque opan » ; à la connaissance du témoin, il n’y avait pas eu, sur le terrain, d’autres entreprises que F.________ et Y.________.

c) La témoin I.________, hydrogéologue au SENE depuis 2006, a été entendue à la même audience. Elle a notamment expliqué que le SENE avait reçu, pour préavis, une demande de permis de construire pour le site des E.________ ; la demande était faite par l’entreprise F.________, mais il y avait un arrangement avec l’entreprise Y.________ ; cette dernière devait aménager l’une des parcelles, laquelle devait servir au concassage de matériaux ; le permis de construire avait été accordé et l’entreprise Y.________ s’était mise à traiter des déchets, toutefois sans autorisation et sans avoir aménagé le site selon le permis de construire ; l’autorisation de traiter des déchets, qui était nécessaire, n’aurait été accordée qu’après l’aménagement du site ; l’installation n’avait pas été réalisée ; lors d’une séance, il avait été indiqué à B.________ ce qui était attendu de lui ; on avait évoqué des problèmes entre celui-ci et l’entreprise F.________, mais cela ne concernait pas le SENE ; par la suite, plusieurs rappels avaient encore été adressés à B.________, jusqu’en 2014 où une décision avait été rendue, le sommant de cesser ses activités et de remettre le terrain en état ; le cas avait été dénoncé au Ministère public ; depuis lors, l’affaire était un peu restée en suspens, pour le SENE.

L. a) Le défendeur a ensuite renoncé à l’expertise qu’il avait proposée, informant le Tribunal civil de cette renonciation par lettre du 9 mars 2020.

b) Des dossiers pénaux ainsi que celui de la procédure de preuve à futur ont été édités devant le Tribunal civil. Le SENE a produit des pièces.

M. a) À l’audience du 27 août 2020, le Tribunal civil a entendu le témoin J.________, directeur commercial et immobilier de F.________ SA de 2006 à 2012, puis retraité. Il a notamment déclaré que son entreprise avait l’intention de créer un centre de tri de déchets de chantier et avait acquis à cet effet un terrain auprès de la demanderesse. Par la suite, il y avait eu des contacts avec le défendeur, qui avaient abouti à la création d’une société simple, dans l’idée de créer ensuite une société anonyme ; après cela, F.________ SA avait constaté que le tri des déchets, dans le canton de Neuchâtel, se faisait désormais déjà sur les chantiers et il avait été renoncé au projet, qui n’était pas rentable ; F.________ SA avait conservé le terrain et y avait installé des bureaux, ainsi qu’un dépôt de machines et de véhicules.

b) A.________ a été interrogé à la même audience, pour la demanderesse. Il a notamment déclaré qu’avant que l’entreprise Y.________ s’installe sur la parcelle qu’elle avait louée, il y avait déjà eu des dépôts sur le terrain, mais, à sa connaissance, pas d’activité de tri ou de recyclage de déchets de chantier ; en particulier, F.________ SA y avait déposé des matériaux provenant d’un chantier réalisé dans les années 1990, mais cela ne concernait pas la parcelle louée à Y.________ SA ; F.________ SA avait en outre autorisé un dépôt temporaire à l’entreprise K.________, qui avait ensuite été entièrement débarrassé ; la comparaison entre les courbes de niveau du terrain entre 2010 et 2015 montrait une différence entre les deux états et l’entreprise Y.________ avait au surplus étendu son activité au-delà de la surface de location prévue ; cette entreprise avait remblayé une plateforme et constitué quatorze tas de matériaux ; quand on lui a montré des photographies, prises en 2016, de matériaux déposés, le témoin a indiqué qu’il supposait que F.________ SA avait fait un dépôt de déchets sur ses parcelles, sans cependant pouvoir en préciser l’emplacement exact ; la société avait peut-être autorisé le dépôt de véhicules sur le terrain.

c) Également interrogé, le défendeur a notamment déclaré que quand son entreprise avait loué le terrain en 2010, la parcelle était déjà saturée de déchets ; il n’avait alors rien dit à la demanderesse, car il avait « pris les choses comme ça » ; les mouvements de terrain sur la parcelle louée s’expliquaient, déjà, par le fait qu’il avait fallu faire des creusages pour implanter les perches des gabarits des deux immenses halles pour lesquelles il était prévu de demander un permis de construire, ainsi que par la construction, par F.________ SA, d’un énorme bassin de rétention, lequel avait provoqué un déplacement des 5'000 m² revenant à Y.________ SA vers le sud et vers l’ouest.

N. Les parties ont plaidé à l’audience du Tribunal civil du 6 novembre 2020.

O. Par jugement motivé du 15 décembre 2021, adressé aux parties le même jour, le Tribunal civil a rejeté la demande, arrêté les frais de la cause à 78'284.20 francs et mis ceux-ci à la charge de la demanderesse, condamnant en outre celle-ci à payer au défendeur une indemnité de dépens de 10'024.70 francs. Les considérants seront repris plus loin, dans la mesure utile.

P. a) Le 26 janvier 2022, X.________ AG appelle du jugement susmentionné. Elle conclut à son annulation et, en conséquence, à la condamnation de B.________ à lui verser la somme de 2'000'000 francs, plus intérêts à 5 % dès le 10 juillet 2013, ainsi qu’à lui rembourser les frais de la procédure de preuve à futur, par 21'595.95 francs, et ceux de la procédure de conciliation, par 500 francs, sous suite de frais et dépens des deux instances.

b) Dans sa réponse du 3 mars 2022, l’intimé conclut au rejet de l’appel, dans la mesure de sa recevabilité, et à la confirmation du jugement entrepris, sous suite de frais et dépens.

c) Par courrier du 7 mars 2022, le juge instructeur a indiqué aux parties qu’un second échange d’écritures ne lui paraissait pas nécessaire et qu’il serait statué ultérieurement, sur pièces et sans débats, sous réserve du droit de réplique inconditionnel à exercer dans les dix jours, le cas échéant.

d) L’appelante n’a pas répliqué dans le délai fixé.

C O N S I D E R A N T

1. Interjeté dans les formes et délai légaux, dans une affaire patrimoniale dans laquelle la valeur litigieuse est plus que largement supérieure à 10'000 francs, l’appel est recevable (art. 311 ss CPC).

2. a) Le mémoire d’appel comprend une deuxième partie intitulée « Éléments factuels », dans laquelle l’appelante expose divers faits en rapport avec la cause, parfois en se référant à des pièces du dossier.

b) L’intimé relève que, dans cet exposé, on ne sait pas exactement s’il s’agit de faits nouveaux ou si l’établissement des faits du jugement entrepris est contesté. Selon l’intimé, l’appelante se borne ainsi à tenter de substituer sa propre version des faits à celle du Tribunal civil, sans exposer précisément en quoi celui-ci aurait retenu des faits de manière inexacte, ni sur quels moyens elle se fonderait, et elle ne précise pas quels passages du jugement seraient inexacts. L’intimé en conclut que la partie intitulée « Éléments factuels » est irrecevable, faute d’une motivation suffisante.

c) L’appel doit être motivé (art. 311 al. 1 CPC). L'appelant doit démontrer le caractère erroné de la motivation (ou des motivations alternatives) de la décision attaquée par une argumentation suffisamment explicite pour que l'instance d'appel puisse la comprendre, ce qui suppose une désignation précise des passages de la décision qu'il attaque et des pièces du dossier sur lesquelles repose sa critique. Même si l'instance d'appel applique le droit d'office (art. 57 CPC), le procès se présente différemment en seconde instance. L'appelant doit tenter de démontrer que sa thèse l'emporte sur celle de la décision attaquée. Il ne saurait se borner à reprendre des allégués de fait ou des arguments de droit présentés en première instance, mais il doit s'efforcer d'établir que, sur les faits constatés ou sur les conclusions juridiques qui en ont été tirées, la décision attaquée est entachée d'erreurs. Il ne peut le faire qu'en reprenant la démarche du premier juge ou en mettant le doigt sur les failles de son raisonnement. Si la motivation de l'appel est identique aux moyens qui avaient déjà été présentés en première instance, si elle ne contient que des critiques toutes générales de la décision attaquée, ou encore si elle ne fait que renvoyer aux moyens soulevés en première instance, elle ne satisfait pas aux exigences de l'article 311 al. 1 CPC et l'instance d'appel ne peut pas entrer en matière (arrêt du TF du 19.08.2021 [4D_9/2021] cons. 3.3.1).

d) En l’espèce, il est vrai que, dans la partie intitulée « Élements factuels » de son mémoire d’appel, l’appelante se contente d’un exposé qui s’écarte de l’établissement des faits par le Tribunal civil, sans expliquer en quoi le raisonnement du premier juge aurait été erroné à ce sujet. La simple affirmation, au chiffre 23 du mémoire d’appel, selon laquelle le premier juge aurait rejeté la demande « aux termes (sic) d’un raisonnement contesté découlant d’une violation de l’art. 8 CC et 42 CO (sic) ainsi que d’une appréciation arbitraire des preuves » ne suffit pas pour respecter les exigences en matière de motivation de l’appel. Des explications figurent cependant dans la partie « En droit » du même mémoire, l’appelante tentant alors de dire en quoi des faits auraient été établis de manière erronée par le Tribunal civil. L’examen des exigences de motivation doit se faire à la lumière de l’ensemble du mémoire d’appel et il n’y a pas lieu de déclarer irrecevable la partie « Éléments factuels » de ce mémoire.

3. a) Dans les procès soumis à la maxime des débats (art. 55 al. 1 CPC), il incombe aux parties, et non au juge, de rassembler les faits du procès. Les parties doivent alléguer les faits sur lesquels elles fondent leurs prétentions (fardeau de l'allégation subjectif), produire les moyens de preuve qui s'y rapportent (art. 55 al. 1 CPC) et contester les faits allégués par la partie adverse, le juge ne devant administrer les moyens de preuve que sur les faits pertinents et contestés (art. 150 al. 1 CPC). Le demandeur supporte le fardeau de l'allégation objectif (objektive Behauptungslast) et le fardeau de la preuve (objektive Beweislast d'un fait ; art. 8 CC), en ce sens qu’il supporte les conséquences de l'absence d'allégation d’un fait, respectivement celles de l'absence de preuve de celui-ci (arrêt du TF du 01.09.2021 [4A_606/2020] cons. 4.2.3, qui se réfère aux ATF 144 III 519 cons. 5.1 et 143 III 1 cons. 4.1).

b) Les faits pertinents allégués doivent être suffisamment motivés (charge de la motivation des allégués) pour que, d'une part, le défendeur puisse dire clairement quels faits allégués dans la demande il admet ou conteste et que, d'autre part, le juge puisse, en partant des allégués de fait figurant dans la demande et de la détermination du défendeur dans la réponse, dresser le tableau exact des faits admis par les deux parties ou contestés par le défendeur, pour lesquels il devra procéder à l'administration de moyens de preuve et ensuite appliquer la règle de droit matériel déterminante. Les exigences quant au contenu des allégués et à leur précision dépendent du droit matériel, soit des faits constitutifs de la norme invoquée, ainsi que de la façon dont la partie adverse s'est déterminée en procédure : dans un premier temps, le demandeur doit énoncer les faits concrets justifiant sa prétention, de manière suffisamment précise pour que la partie adverse puisse indiquer lesquels elle conteste, voire présenter déjà ses contre-preuves ; dans un second temps, si la partie adverse a contesté des faits, le demandeur est contraint d'exposer de manière plus détaillée le contenu de l'allégation de chacun des faits contestés, de façon à permettre au juge d'administrer les preuves nécessaires pour les élucider et appliquer la règle de droit matériel au cas particulier (arrêt du TF du 03.06.2019 [4A_535/2018] cons. 4.2.1).

c) Les faits doivent être allégués en principe dans la demande, respectivement dans la réponse pour les faits que doit alléguer le défendeur, et ils peuvent l'être dans la réplique et la duplique si un deuxième échange d'écritures est ordonné, ou, s'il n'y en a pas, par dictée au procès-verbal lors des débats d'instruction (art. 226 al. 2 CPC) ou à l'ouverture des débats principaux, avant les premières plaidoiries (arrêt du TF du 03.06.2019 [4A_535/2018] cons. 4.2.1).

d) En l’espèce, les arguments de l’appelante, dans la partie du mémoire d’appel intitulée « En droit », s’appuient très largement sur des faits que la demanderesse n’a pas allégués en temps utile, soit dans sa demande du 20 décembre 2018, étant rappelé qu’elle n’a ensuite pas déposé de réplique, mais seulement des explications succinctes sur les faits de la réponse, puis qu’elle n’a pas allégué d’autres faits avant les premières plaidoiries, auxquelles les parties ont au demeurant renoncé. Par exemple, s’agissant de ce qu’elle prétend tirer de la promesse de vente immobilière conditionnelle du 30 juin 2016, qu’elle avait conclue avec G.________ SA, l’appelante, en première instance, n’a allégué que le fait qu’elle avait dû y inclure un coût d’assainissement partiel de 610'000 francs dû à la pollution provoquée par le défendeur sur la parcelle [11111] du cadastre de W.________. Le problème est le même en rapport avec les faits mentionnés dans le mémoire d’appel au sujet de l’acte de vente de la parcelle [33333], du 17 décembre 2015, la demanderesse n’ayant allégué en première instance que le fait qu’elle avait payé par compensation, dans le cadre de cet acte de vente, une facture de 165'570 francs à F.________ SA, montant correspondant à l’assainissement de l’article [33333] du cadastre de W.________ sur lequel le défendeur avait exercé son activité illicite. Rien n’a été allégué en temps utile au sujet d’une mise en demeure du 22 janvier 2015. La demande du 20 décembre 2018 ne fait aucune mention, ni même allusion, à des relevés de terrain repris sur des plans d’un géomètre, ou à un examen de courbes de niveau. Au sujet des constatations de l’expert intervenu dans la procédure de preuve à futur, la demande mentionne seulement qu’il découle des conclusions de cet expert que le site avait subi une importante pollution et qu’un volume extrêmement important de déchets s’y trouvait toujours, le coût de la dépollution, calculé par l’expert, étant de 2'622'357 francs, alors que l’appelante se prévaut en appel de divers autres faits tirés des rapports d’expertise. L’appelante ne peut pas prétendre – et elle ne le fait d’ailleurs pas – que les faits qu’elle n’a pas allégués en première instance et qu’elle mentionne dans son mémoire d’appel seraient nouveaux, soit postérieurs à la clôture des débats de première instance, et qu’ils pourraient, à ce titre, être retenus en procédure d’appel (art. 317 al. 1 CPC). Il ne sera donc pas tenu compte des allégués nouveaux, qui sont irrecevables à ce stade et c’est sur la base des allégués formulés en temps utile qu’il conviendra d’examiner les critiques que l’appelante adresse au jugement entrepris.

4. a) Un créancier et une société peuvent être l'un et l'autre lésés par des actions ou omissions des organes de cette société ; dans ce cas, pour éviter la compétition de leurs actions respectives lors de la faillite de la société, la jurisprudence a posé que le créancier ne peut qu'exceptionnellement agir en réparation de son dommage direct ; il le peut notamment lorsque le comportement de l'organe était illicite aux termes de l'article 41 CO (arrêt du TF du 05.02.2019 [4A_407/2018] cons. 2).

b) Dans le cas d’espèce, l’appelante agit tant en qualité de cessionnaire des droits de la masse en faillite qu’en tant que créancière directement lésée par un acte illicite de l’intimé, au sens de l’article 41 CO. Ce cumul est admissible.

5. a) Le Tribunal civil a retenu qu’en tant que la demanderesse agissait en qualité de cessionnaire des droits de la masse, en application des articles 754 CO et 260 LP, le dommage ne pouvait pas être tenu pour établi par la seule admission à l’état de collocation de la créance produite par la demanderesse, admission que le défendeur n’avait aucun moyen de contester. Le bien-fondé matériel de la créance du cessionnaire admis à l’état de collocation ne pouvait certes pas être examiné par le tribunal dans le cadre du procès en responsabilité, mais cela ne dispensait pas le créancier de la charge d’alléguer et prouver que les éléments constitutifs de l’action en responsabilité étaient réalisées, en particulier quant à la preuve de l’existence et de l’importance du dommage que l’organe, en manquant à ses devoirs, aurait causé à la société et du lien de causalité entre le manquement et le dommage.

b) L’appelante soutient, en se fondant sur les arrêts ATF 132 III 342 et 132 III 564, que le défendeur ne pouvait pas remettre en cause, dans le cadre de l’action en responsabilité, le bien-fondé et la quotité de la créance figurant à l’état de collocation.

c) L’intimé se réfère aux considérants du jugement entrepris.

d) En vertu de l'article 754 al. 1 CO, les membres du conseil d'administration et toutes les personnes qui s'occupent de la gestion ou de la liquidation répondent à l'égard de la société, de même qu'envers chaque actionnaire ou créancier social, du dommage qu'ils leur causent en manquant intentionnellement ou par négligence à leurs devoirs.

e) Le bien-fondé matériel de la créance du cessionnaire admis définitivement à l'état de collocation ne peut pas être examiné par le tribunal dans le cadre du procès en responsabilité, fondé sur l’article 754 al. 1 CO (ATF 132 III 342 cons. 2). Cela ne concerne cependant que la qualité de créancier du cessionnaire, soit sa légitimation active, que le juge de l’action en responsabilité n’a pas à examiner, dans la mesure où il appartient aux autorités de surveillance en matière de poursuites et faillites de déterminer la légalité de la cession (même arrêt), et il n’en reste pas moins qu’il appartient au demandeur à l’action en responsabilité de prouver (art. 8 CC) la réalisation des conditions cumulatives de la responsabilité des administrateurs envers la société fondée sur l’article 754 al. 1 CO, soit la violation d'un devoir, une faute (intentionnelle ou par négligence), un dommage et l'existence d'un rapport de causalité (naturelle et adéquate) entre la violation du devoir et la survenance du dommage (arrêt du TF du 26.10.2021 [4A_133/2021] cons. 7.1, qui se réfère à l’ATF 132 III 342 cons. 4.1).

f) En conséquence et contrairement à ce que soutient l’appelante, le simple fait que la créance qu’elle fait valoir a été admise à l’état de collocation suffit certes à lui donner la légitimation active, mais pas à démontrer le bien-fondé de la créance et encore moins sa quotité. C’est à juste titre que le premier juge a considéré que la demanderesse devait, malgré l’inscription de sa créance à l’état de collocation et sa qualité de cessionnaire, prouver l’existence et l’importance du dommage que le défendeur aurait causé à la société en manquant à ses devoirs, ainsi que le lien de causalité entre le manquement et le dommage. Ainsi, le fait qu’une créance d’un peu plus de 2 millions de francs a été inscrite à l’état de collocation ne suffit pas à sceller le sort du procès.

6. a) Il faut dès lors examiner si les conditions d’une responsabilité de l’intimé sont réalisées.

b) Les conditions de l’action fondée sur les articles 754 al. 1 CO et 260 LP ont déjà été rappelées ci-dessus. Elles sont équivalentes, en tant qu’elles sont relevantes pour le cas d’espèce, à celles de la responsabilité aquilienne au sens de l’article 41 al. 1 CO, lequel prévoit que celui qui cause, d’une manière illicite, un dommage à autrui, soit intentionnellement, soit par négligence ou imprudence, est tenu de le réparer.

c) Comme on l’a vu plus haut, l’argumentation de l’appelante s’appuie en grande partie sur des faits qu’elle a omis d’alléguer en temps utile. Elle sera examinée dans la limite des allégués formulés en première instance.

6.1. Il est clair – et d’ailleurs non contesté – que l’intimé a commis des actes illicites, consistant dans le dépôt non autorisé de matériaux sur le terrain qu’il louait à l’appelante, voire sur un terrain adjacent ; il a d’ailleurs été condamné pénalement pour ses agissements. Il est tout aussi clair qu’il a agi intentionnellement. Il ne l’est pas moins qu’il a commis ces actes en sa qualité d’organe de Y.________ SA, jusqu’à la faillite de cette entreprise, ni qu’ils constituaient une violation de ses devoirs d’organe de la société.

6.2. a) Le dommage se définit comme une diminution involontaire de la fortune nette, qui peut consister en une diminution de l'actif, une augmentation du passif ou un gain manqué. Il correspond à la différence entre le montant actuel du patrimoine du lésé et le montant que ce même patrimoine aurait atteint si l'événement dommageable ne s'était pas produit. En principe, le lésé doit prouver avec certitude non seulement l'existence du dommage, mais aussi son montant, de manière chiffrée (art. 42 al. 1 CO ; arrêt du TF du 22.07.2021 [4A_66/2021] cons. 5.3.1).

b) La causalité naturelle entre deux événements est réalisée lorsque, sans le premier, le second ne se serait pas produit ; il n'est pas nécessaire que l'événement considéré soit la cause unique ou immédiate du résultat. La constatation de la causalité naturelle relève du fait. Un fait constitue la cause adéquate d'un résultat s'il est propre, d'après le cours ordinaire des choses et l'expérience générale de la vie, à entraîner un résultat du genre de celui qui s'est produit (arrêt du TF du 29.06.2021 [4A_342/2020] cons. 7.1.1).

c) Selon l'article 8 CC, chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit. D’après la jurisprudence (arrêt du TF du 21.12.2021 [4A_254/2021] cons. 4.1), en l'absence de disposition spéciale contraire, l'article 8 CC répartit le fardeau de la preuve et détermine quelle partie doit assumer les conséquences de l'échec de la preuve. S’il convient en principe de rapporter la preuve stricte d'un allégué, la certitude absolue n'est pas requise ; de légers doutes peuvent subsister. La partie chargée de la preuve doit alléguer et prouver, dans la mesure du possible et du raisonnable, toutes les circonstances qui plaident en faveur de la réalisation des faits allégués.

6.3. a) Le Tribunal civil a retenu que le dossier et les débats ne permettaient pas de contredire le défendeur quand il contestait l’existence d’un lien de causalité entre ses agissements et l’entier du dommage, en tant qu’il soutenait qu’avant et pendant le temps qu’avait duré le bail, des matériaux provenant d’autres entreprises que la sienne avaient été amenés sur le site. Le premier juge a considéré qu’il n’y avait rien à déduire à cet égard du contrat de bail et de son avenant (le terrain était loué « dans l’état »), ni du rapport d’expertise (les questions se rapportaient à l’état de la parcelle [11111], accessoirement de la parcelle voisine [33333], dans l’état où l’expert les avait trouvées en 2017), ni du rapport d’expertise complémentaire (dans lequel l’expert disait notamment qu’il ne pouvait pas se prononcer sur l’état du terrain et la pollution du sous-sol avant l’arrivée de l’entreprise du défendeur et qu’en l’absence d’une expertise historique – à laquelle il n’avait pas procédé –, il n’était pas possible d’identifier les quantités de déchets et gravats en lien avec l’activité de cette entreprise). Par ailleurs, les décisions rendues au pénal, qui s’appuyaient sur le constat que le défendeur avait stocké des déchets et exploité une décharge sans autorisation, du 19 juillet 2013, à tout le moins, au 14 novembre 2013, ne contenaient pas d’évaluation quantitative, même grossière, du volume des matériaux abandonnés par le défendeur sur le site. Rien de quantifiable ne pouvait être déduit des témoignages recueillis et les propos du seul responsable de la demanderesse qui avait été interrogé en procédure ne pouvaient pas être opposés au défendeur. Le premier juge n’estimait ainsi pas pouvoir juger établie, dans son ampleur sinon dans son principe, la condition de l’existence d’un dommage.

b) L’appelante a allégué, en substance, que l’intimé avait commencé dès 2010 à déposer des déchets de chantier sur les parcelles dont il est question.

Le 1^er septembre 2010, le SENE a écrit à Y.________ SA que ses activités étaient soumises à autorisation, laquelle dépendait de l’aménagement du site, qui devait faire l’objet d’un permis de construire, et qu’une activité provisoire avait été admise par le SENE, à des conditions que la société n’avait pas respectées. La lettre ne précisait pas de quelle activité il était question, mais il est possible qu’il s’agissait de traiter des déchets de chantier.

Dans sa lettre du 26 novembre 2013 à X.________ SA, le SENE évoquait, s’agissant de la parcelle [11111], un « Remblai de déchets de chantier minéraux, dépôt de déchets de chantier divers et bennes de déchets », avec un volume de déchets de « 1-4'000 m³ » pour la « Période d’exploitation / de stockage de 2011 environ à 2013 ».

La témoin I.________, hydrogéologue au SENE, a déclaré : « Le permis [de construire] a été accordé, et l’entreprise [Y.________] s’est mise à traiter des déchets, toutefois sans autorisation et sans avoir aménagé le site selon le permis de construire ». On sait que le permis de construire a été accordé le 6 février 2012 à F.________ SA.

Selon les jugements pénaux, la période durant laquelle l’intimé a déployé une activité illicite de dépôt de déchets de chantier s’étendait, à tout le moins, du 19 juillet 2013 au 14 novembre 2013, étant cependant relevé que la première date a été retenue comme étant le moment à partir duquel le prévenu pouvait se rendre compte du fait que son activité était illicite, car il avait à cette date reçu une mise en demeure du SENE de cesser cette activité (cf. le jugement rendu le 26 octobre 2017 par la Cour pénale). Le 19 juillet 2013 n’est donc pas la date à laquelle l’intimé a commencé à déposer des déchets de chantier sur le site.

En fonction de ces éléments, il n’est pas possible de déterminer exactement à partir de quand l’intimé a déposé des déchets de chantier sur les terrains dont il est question.

c) L’intimé, qui a allégué que le terrain était déjà saturé de matériaux en 2010 et que des entreprises tierces avaient aussi, par la suite, déposé des déchets sur ce terrain, ne peut s’appuyer que sur peu de preuves de ces allégués.

Le conseiller communal H.________ n’a pas eu connaissance de l’activité d’autres entreprises que F.________ et Y.________ sur les terrains dont il est question, mais indiqué que ceux-ci étaient en zone industrielle depuis plusieurs années déjà.

A.________, interrogé pour la demanderesse, a notamment déclaré ceci : « À ma connaissance, avant que les Y.________ ne s’installent sur la parcelle, il n’y avait pas eu sur celle-ci d’activité de tri ou de recyclage de déchets de chantier. Vous me demandez s’il y a eu des dépôts. Oui, il y en a eu. [Des courbes de niveau sur la parcelle de 7'000 m² de F.________] montrent le dépôt de matériaux que nous y avons fait lors de la construction de notre bâtiment à V.________ dans les années 90. Cela ne concerne donc pas la parcelle louée à Y.________. S’agissant des dépôts toujours, nous en avons autorisé un à la société K.________. C’était un dépôt temporaire, de quelques mois peut-être, qui a été entièrement débarrassé » (le témoin se référait ensuite à des relevés de courbes de niveau effectués en 2010 et 2015 pour en déduire que ce qu’on avait « trouvé sur la parcelle » provenait de l’entreprise Y.________, laquelle avait aussi étendu son activité « au-delà de la surface de location prévue »). L’intéressé a donc admis que son entreprise avait elle-même, dans les années 1990, déposé des matériaux sur un terrain du secteur, sans qu’il précise exactement sur lequel (était-ce sur la parcelle [33333], vendue ensuite à F.________ SA ?), et que l’appelante avait accepté qu’une entreprise tierce effectue des dépôts temporaires sur un terrain non spécifié (même si l’intéressé soutient que le dépôt a ensuite été « entièrement débarrassé », on peut envisager qu’il ne l’a pas été jusqu’au dernier gravier). Par ailleurs, l’activité de l’intimé sur les terrains a cessé au plus tard en 2014 et les relevés de courbes de niveau effectués en 2015 ne sont donc pas déterminants.

L’expert qui a examiné le site en avril 2017 a indiqué que le volume de certains tas de matériaux censés provenir de l’entreprise Y.________ n’avait pas pu être calculé, car « ils [étaient] actuellement presque entièrement recouverts par des tas de l’entreprise F.________ SA », et que lorsqu’il avait effectué les relevés en avril 2017, sur la parcelle [11111], « certains tas étaient presque entièrement recouverts par des tas qui étaient déposés à la base sur la parcelle de l’entreprise F.________ SA. Il n’était pas possible de déterminer les appartenances et les qualités exactes des tas en question ». Cela va dans le sens d’activités de F.________ SA comprenant le dépôt de matériaux par cette entreprise, à un moment ou à un autre, sur les terrains en question, notamment sur la parcelle louée par l’intimé, ceci avant l’examen des lieux par l’expert en avril 2017. Par ailleurs, l’expert n’avait pas constaté l’état du site avant l’arrivée de Y.________ SA et ne pouvait pas se prononcer « sur l’état de propreté voire celui de pollution du sous-sol existant avant l’arrivée de Y.________ ». Il ne pouvait en outre « pas déterminer si la proximité de la raffinerie et de ses activités principales et annexes (telles que stationnement de véhicules) est une source de pollution pour le sous-sol du site ».

On sait aussi que le terrain se trouvait « en zone industrielle depuis pas mal d’années avant le projet de décharge » (témoin H.________), ce qui amène à envisager la possibilité qu’avant la location à l’intimé, en 2010, il a pu s’y dérouler des activités qui ont pu causer une pollution, en particulier du sous-sol.

Au vu de ces éléments, il faut retenir que l’intimé n’a certes pas établi que le terrain qu’il a loué aurait déjà été, en 2010, « saturé » de matériaux déposés par d’autres entreprises, ni que d’autres entreprises que la sienne et F.________ SA auraient ensuite été actives sur ce terrain, mais aussi que les allégués de l’appelante, selon lesquels, en substance, l’intégralité des dépôts constatés par l’expert sur les parcelles [11111] et [33333] et de la pollution du sous-sol proviendraient de l’intimé ne sont pas strictement prouvés. Un certain flou entoure la mesure dans laquelle le dommage éventuel peut être imputé à l’intimé.

d) En ce qui concerne maintenant la preuve du dommage lui-même, on peut relever en préambule que l’estimation par l’expert des coûts d’assainissement des parcelles [11111] et [33333] se basait « sur l’évacuation de tous les déchets de la surface (dépôts) et de tous les déchets du sous-sol, sans prendre en compte une utilisation future spécifique du terrain ».

Le dossier ne renseigne pas entièrement sur l’utilisation prévue pour les terrains en question. Selon la promesse de vente immobilière conditionnelle du 30 juin 2016, portant sur la parcelle [11111], X.________ SA promettait de vendre le terrain à G.________ SA, sous la condition que la seconde obtienne un permis de construire des locaux, « avec place de stockage et valorisation de matériaux ». En outre, on sait qu’un terrain appartenant à F.________ SA aurait été utilisé pour installer des bureaux et un dépôt de machines et véhicules de cette entreprise (témoin J.________), mais il est probable que les déclarations du témoin ne concernent pas la parcelle [33333], puisqu’il a quitté l’entreprise en 2012 et que la parcelle [33333] n’a été acquise par celle-ci qu’en 2015.

La situation des terrains en cause fait qu’il « est exclu [d’y] ériger des bâtiments d’habitation » et que « la vocation industrielle s’impose » (témoin H.________).

Le dossier ne permet pas de déterminer si, en fonction de l’utilisation prévue – ou même possible – pour le terrain et d’éventuelles exigences du SENE, un assainissement total – au sens prévu par l’expert – est nécessaire, voire même utile au propriétaire. Pour des parcelles qui se trouvent depuis longtemps en zone industrielle et qui, selon toute vraisemblance, le resteront, le coût de l’assainissement calculé par l’expert ne correspond donc pas forcément à un dommage subi par les propriétaires de ces terrains.

On peut d’ailleurs le déduire aussi du fait que G.________ SA a, le 30 juin 2016, promis d’acquérir le bien-fonds [11111] pour un prix dont il fallait déduire 610'000 francs (au sens des allégués de l’appelante ; en fait, le montant était plus élevé) pour les travaux d’assainissement du site, soit une évacuation de déchets de surface et de sous-sol, que F.________ SA a acquis le 17 décembre 2015 le bien-fonds [33333], l’appelante lui consentant alors une réduction de prix de 165'570 francs, correspondant à une facture de l’acheteuse du même jour, l’acte de vente indiquant que cette somme était « un montant forfaitaire pour la remise en état de la parcelle », « admis par les parties », et disant qu’elle « couvr[ait] les éventuels frais de traitement et d’évacuation des déblais restants ». Quant à la facture adressée le 2 octobre 2015 par G.________ SA à X.________ SA, se montant à 183'470.40 francs pour la « Dépollution de la parcelle [66666] – W.________ », en surface, en rapport avec le « Projet : 80185-Parcelles [11111] et [66666], 2088 W.________ NE », on sait que la parcelle [33333] provenait de la parcelle [66666], dont on croit comprendre qu’elle avait été divisée ; il est bien possible que l’enlèvement de déchets par G.________ SA concerne spécifiquement la parcelle devenue [33333], puisque le contrat de vente passé le 17 décembre 2015 pour cette parcelle laisse entendre que des déblais auraient alors déjà été évacués (cf. plus haut), mais on manque tout de même de certitudes quant à la relation directe entre les travaux de G.________ SA et les actes illicites de l’intimé, le dossier ne contenant au surplus pas la preuve que le montant indiqué dans la facture aurait effectivement été payé par l’appelante.

En fonction de ce qui précède, on peut envisager que l’appelante, d’une part, et les acquéreur et promettant-acquéreur des parcelles [11111] et [33333], d’autre part, ont considéré qu’un investissement de l’ordre de 950'000 francs au grand maximum, comprenant l’ensemble des montants mentionnés ci-dessus (environ 610'000 + 165'000 + 183'000), suffisait en tout cas pour un assainissement des terrains permettant aux futurs propriétaires d’en faire l’usage qu’ils souhaitaient. On est donc, de toute manière, loin des 2 millions de francs de dommage dont l’appelante demande le paiement, et encore plus des 2,6 millions de francs estimés par l’expert, en 2017, pour un assainissement total des parcelles [11111] et [33333].

Les montants articulés dans la promesse de vente immobilière conditionnelle du 30 juin 2016 avec G.________ SA pour le bien-fonds [11111] et le contrat du 17 décembre 2015 par lequel l’appelante a vendu le bien-fonds [33333] à F.________ SA doivent aussi être relativisés : on ne sait pas si la parcelle [11111] a finalement été vendue à G.________ SA et ne peut donc pas exclure que, dans l’affirmative, les conditions de la vente aient différé de celles prévues dans la promesse, du fait d’arrangements que les parties pourraient avoir conclus dans l’intervalle ; quant aux 165'570 francs de rabais prévus dans le contrat avec F.________ SA, ils ont été fixés forfaitairement, d’entente entre les parties, sur des bases qui ne résultent pas du dossier. La mention de ces montants dans les contrats ne peut pas constituer la preuve stricte d’un dommage causé à l’appelante par l’intimé.

À cela s’ajoute le fait que G.________ SA envisageait, pour le terrain qu’elle promettait d’acquérir, d’y installer des locaux « avec place de stockage et valorisation de matériaux », ce dont on peut déduire que la présence préalable d’une certaine quantité de déchets ne lui posait pas forcément de problème.

e) Au vu de ce qui précède, on ne peut pas retenir que l’appelante aurait fait la preuve stricte, qui lui incombait, d’un dommage chiffré que l’intimé lui aurait causé par le dépôt de déchets de chantier sur les parcelles [11111] et [33333]. Cela entraînerait le rejet de la demande, sous réserve d’une éventuelle application de l’article 42 al. 2 CO, qui sera examinée ci-après.

7. a) Pour la première fois en appel, l’appelante invoque l’article 42 al. 2 CO. Cette disposition prévoit que lorsque le montant exact du dommage ne peut être établi, le juge le détermine équitablement en considération du cours ordinaire des choses et des mesures prises par la partie lésée.

b) L’instance d’appel applique le droit d’office (art. 57 CPC). Tant qu’elle demeure ancrée dans l’objet du litige – ce qui présuppose que la subsomption nécessitée par une nouvelle argumentation juridique puisse s’opérer avec les faits de la cause – la nouvelle motivation juridique peut être invoquée sans restriction devant l’instance d’appel (Jeandin, in : CR CPC, 2^e éd., n. 9c ad art. 317). Par ailleurs, le Tribunal fédéral retient que parce que le juge applique la loi d’office et que savoir si la preuve est excessivement difficile à rapporter est affaire d'appréciation, l’état de nécessité quant à la preuve n’est pas un fait qui devrait être allégué, ni l’article 42 al. 2 CO spécialement invoqué (arrêt du TF du 22.07.2021 [4A_66/2021] cons. 5.3.2). Il y a donc lieu d’examiner si les conditions de l’article 42 al. 2 CO sont réalisées et, dans l’affirmative, d’en tirer les conséquences.

c) Selon la jurisprudence, l’article 42 al. 2 CO instaure une preuve facilitée, réduite à la vraisemblance prépondérante, en faveur du demandeur qui se trouve dans un état de nécessité en matière de preuve (Beweisnot), c'est-à-dire lorsque le dommage est d'une nature telle qu'une preuve certaine est objectivement impossible à rapporter ou ne peut être raisonnablement exigée du lésé, en d’autres termes lorsqu'il est très difficile voire impossible d'apporter la preuve stricte du dommage ; le juge détermine alors le dommage équitablement en considération du cours ordinaire des choses et des mesures prises par la partie lésée. Cette preuve facilitée ne libère pas le demandeur de la charge de fournir au juge, dans la mesure où cela est possible et où on peut l'attendre de lui, tous les éléments de fait qui constituent des indices de l'existence du dommage et qui permettent ou facilitent son estimation ; elle n'accorde pas au lésé la faculté de formuler sans indications plus précises des prétentions en dommages-intérêts de n'importe quelle ampleur. Si le lésé ne satisfait pas entièrement à son devoir de fournir des éléments utiles à l'estimation du dommage, l'une des conditions de l'article 42 al. 2 CO n'est pas réalisée ; le lésé étant déchu du bénéfice de la preuve facilitée, le dommage n'est pas prouvé quand bien même, le cas échéant, son existence est certaine. Une réduction du degré de preuve à la vraisemblance prépondérante, présuppose ainsi qu'une preuve stricte n'est pas possible ou ne peut pas être exigée en raison de la nature de l'affaire. Par ailleurs, l'abaissement du degré de preuve ne doit pas conduire en fin de compte à un renversement du fardeau de la preuve (arrêts du TF du 22.07.2021 [4A_66/2021] cons. 5.3.1 et du 21.12.2021 [4A_254/2021] cons. 4.1 et 4.2). L'article 42 al. 2 CO – soit la détermination en équité – s'applique non seulement au montant du préjudice, mais aussi à son existence. Le préjudice doit être tenu pour établi lorsque les indices fournis par le dossier permettent, en considération du cours ordinaire des choses, de conclure à son existence (mêmes arrêts que ci-dessus).

d) En l’espèce, il faut admettre que la preuve stricte du dommage était très difficile, dans les circonstances particulières de l’affaire. Le fait est que l’intimé a, sur une certaine période, illicitement déposé des matériaux sur des parcelles appartenant à l’appelante et que ses agissements étaient susceptibles de causer un dommage à cette dernière, consistant en frais d’assainissement des terrains (enlèvement des déchets, voire dépollution), un assainissement étant sans doute nécessaire pour mettre ceux-ci dans un état permettant leur usage et étant d’ailleurs exigé par le SENE. Cela étant, la détermination exacte des frais d’assainissement directement imputables à l’intimé relevait pratiquement de l’impossible, dans la mesure notamment où la possibilité existait que les parcelles aient été polluées, d’une manière ou d’une autre, avant l’arrivée de l’entreprise de l’intimé sur les lieux, et où une évaluation précise de la quantité et de la qualité des matériaux que l’intimé y avait ensuite déposés – évaluation à laquelle tant le SENE que les autorités pénales ont prudemment renoncé – se heurtait, par exemple, au fait que des dépôts avaient aussi été effectués par F.________ SA. Il convient dès lors d’admettre que l’article 42 al. 2 CO peut s’appliquer et ainsi d’examiner la situation sous l’angle de la vraisemblance prépondérante, au sens de la jurisprudence rappelée ci-dessus.

e) Les indices fournis par le dossier permettent, en considération du cours ordinaire des choses, de conclure à l’existence d’un préjudice et d’un lien de causalité entre ce préjudice et les actes illicites de l’intimé, respectivement les manquements du même à ses devoirs en qualité d’organe de sa société (cf. plus haut).

f) Le dommage doit être déterminé équitablement, en considération du cours ordinaire des choses et des mesures prises par l’appelante. Le montant de 985'000 francs articulé plus haut constitue à cet égard un maximum absolu. Cela étant, il paraît difficile d’inclure dans l’estimation du dommage le montant de la facture adressée le 2 octobre 2015 par G.________ SA à X.________ SA, qui s’élève à 183'470.40 francs, dans la mesure où l’appelante n’a pas prouvé – ce qu’il lui aurait été facile de faire – qu’elle l’avait payée. Par ailleurs, des incertitudes subsistent quant à la présence de déchets sur le site avant le début des activités de l’intimé, ainsi qu’ensuite sur le dépôt de déchets par des tiers (soit, en l’occurrence, F.________ SA). Les abattements prévus en faveur de G.________ SA dans la promesse de vente totalisent 640'000 francs (mais 610'000 francs selon les allégués de l’appelante). Il est possible qu’ils soient exagérés : il aurait été facile, pour les parties à ce contrat, de prévoir des montants supérieurs à ce qui était nécessaire à l’assainissement et, parallèlement, d’augmenter en conséquence le prix de base, pour arriver au résultat que l’acte prévoirait des montants élevés pour l’assainissement du site, au détriment de l’intimé dans la perspective d’une future action en responsabilité, tout en fixant un prix final convenant aux parties (étant cependant relevé qu’une telle méthode aurait augmenté le gain imposable fiscalement, que les frais d’assainissement portés en déduction n’affectaient pas, car ce gain se mesure sur le prix de vente – qui aurait été artificiellement augmenté – et le prix d’acquisition, à l’époque, pour le vendeur, ce qui relativisait l’intérêt à ce procédé) ; en outre, si le « déblaiement des déchets en surface », pour un montant forfaitaire de 467'345.60 francs, résultait d’après l’acte d’une offre de G.________ SA (qui n’a au demeurant pas été produite), les 172'654.40 francs pour « un assainissement partiel, en sous-sol, de la plateforme », comprenant « le débarras des matériaux pollués », constituent, également d’après l’acte, une estimation faite par la même ; que le total de ces deux sommes fasse 640'000 francs montre bien que les parties sont en fait convenues d’un forfait, dont on ne sait pas comment il a été calculé et s’il a été – ou aurait été dans la même mesure – pris en compte dans un éventuel acte de vente, postérieur à la promesse de vente. Dans le même sens, le montant de 165'570 francs, correspondant à un abattement du prix de vente du bien-fonds [33333] à F.________ SA, selon l’acte du 17 décembre 2015, ne peut pas être repris tel quel : d’après l’acte, il correspondait à une facture de l’acheteuse du même jour, qui n’a pas été produite ; on ignore donc quels postes elle prenait en compte et comment les coûts avaient été calculés ; il n’est par ailleurs pas exclu que les parties soient convenues d’un montant excessif, compensant celui-ci avec une augmentation du prix de base fixé pour la vente de l’immeuble (cf. cependant la remarque formulée plus haut). Tout bien considéré et en tenant compte du fait que certaines incertitudes sont liées à des lacunes dans l’administration de preuves par l’appelante, il paraît équitable de fixer le dommage dont l’intimé répond à 500'000 francs, soit à peu près la moitié du maximum absolu mentionné plus haut.

8. L’appel doit ainsi être partiellement admis et l’intimé doit être condamné à verser à l’appelante la somme de 500'000 francs, cette somme portant intérêts à 5 % dès le 9 octobre 2018 (date à laquelle l’appelante a agi en conciliation ; le dossier ne contient pas de mise en demeure antérieure).

9. La répartition des frais de première instance doit être revue. Elle doit s’opérer en fonction du résultat de la procédure (art. 106 CPC).

Les frais judiciaires s’élèvent à 78'284.20 francs, selon la détermination faite par le Tribunal civil, que les parties ne contestent pas. La demanderesse obtient gain de cause pour 1/4 de ses prétentions. Elle assumera donc 3/4 des frais judiciaires, soit 58'713.15 francs, le solde de 1/4, soit 19'571.05 francs, étant mis à la charge du défendeur.

Les mêmes proportions doivent être appliquées à la répartition des dépens. La demanderesse a déposé un mémoire d’honoraires se montant à 17'612.20 francs, frais et TVA compris. Le défendeur a quant à lui produit un mémoire s’élevant à 10'024.70 francs. Aucune des parties n’a contesté la note d’honoraires de l’autre. En fonction de ces mémoires et de la répartition des dépens, la demanderesse doit 7'518.50 francs au défendeur (3/4 de 10'024.70) et le défendeur doit 4'403.05 francs à la demanderesse (1/4 de 17'612.20). Après compensation, la demanderesse sera condamnée à verser 3'115.45 francs au défendeur, à titre de dépens de première instance.

10. Les frais de deuxième instance seront répartis dans la même proportion que ci-dessus.

Les frais judiciaires, arrêtés à 20'000 francs, correspondant à l’avance de frais versée par l’appelante, seront ainsi mis pour 15'000 francs à la charge de celle-ci et 5'000 francs à celle de l’intimé.

Aucune des parties n’a produit de mémoire d’honoraires pour la procédure d’appel, ce qui impose une détermination en équité, sur la base du dossier. Les honoraires justifiés peuvent être fixés, de part et d’autre, à 3'000 francs. Après compensation, l’appelante devra donc verser 1'500 francs à l’intimé (2'250 – 750).

Par ces motifs,
LA COUR D'APPEL CIVILE

1. Admet partiellement l’appel.

2. Annule le jugement entrepris.

3. Condamne B.________ à verser à X.________ AG la somme de 500'000 francs, plus intérêts à 5 % l’an dès le 9 novembre 2018.

4. Rejette la demande pour le surplus.

5. Met les frais de première instance, arrêtés à 78'284.20 francs et avancés par X.________ AG pour 75'284.95 francs (21'951.95 + 53'333) et par B.________ pour 2'499.25 francs (2'298.25 + 201), par 58'713.15 francs à la charge de X.________ SA et 19'571.05 francs à la charge de B.________.

6. Condamne X.________ AG à verser à B.________, pour la procédure de première instance, une indemnité de dépens fixée à 3'115.45 francs, après compensation.

7. Met les frais de la procédure d’appel, arrêtés à 20'000 francs et avancés par X.________ AG, par 15'000 francs à la charge de celle-ci et 5'000 francs à la charge de B.________.

8. Condamne X.________ AG à verser à B.________, pour la procédure d’appel, une indemnité de dépens fixée à 1'500 francs, après compensation.

Neuchâtel, le 31 mars 2022

Art. 41 CO

Conditions de la responsabilité

¹ Celui qui cause, d’une manière illicite, un dommage à autrui, soit intentionnellement, soit par négligence ou imprudence, est tenu de le réparer.

² Celui qui cause intentionnellement un dommage à autrui par des faits contraires aux moeurs est également tenu de le réparer.

Art. 42 CO

Fixation du dommage

¹ La preuve du dommage incombe au demandeur.

² Lorsque le montant exact du dommage ne peut être établi, le juge le détermine équitablement en considération du cours ordinaire des choses et des mesures prises par la partie lésée.

³ Les frais de traitement pour les animaux qui vivent en milieu domestique et ne sont pas gardés dans un but patrimonial ou de gain font l’objet d’un remboursement approprié, même s’ils sont supérieurs à la valeur de l’animal.²⁵

²⁵ Introduit par le ch. II de la LF du 4 oct. 2002 (Animaux), en vigueur depuis le 1^er avr. 2003 (RO 2003 463; FF 2002 3885 5418).

Art. 754⁵⁴⁷ CO

¹ Les membres du conseil d’administration et toutes les personnes qui s’occupent de la gestion ou de la liquidation répondent à l’égard de la société, de même qu’envers chaque actionnaire ou créancier social, du dommage qu’ils leur causent en manquant intentionnellement ou par négligence à leurs devoirs.

² Celui qui d’une manière licite, délègue à un autre organe l’exercice d’une attribution, répond du dommage causé par ce dernier, à moins qu’il ne prouve avoir pris en matière de choix, d’instruction et de surveillance, tous les soins commandés par les circonstances.

⁵⁴⁷Nouvelle teneur selon le ch. I de la LF du 4 oct. 1991, en vigueur depuis le 1^er juil. 1992 (RO 1992 733; FF 1983 II 757).

Art. 8 CC

Fardeau de la preuve

Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu’elle allègue pour en déduire son droit.

Art. 55 CPC

Maxime des débats et maxime inquisitoire

¹ Les parties allèguent les faits sur lesquels elles fondent leurs prétentions et produisent les preuves qui s’y rapportent.

² Les dispositions prévoyant l’établissement des faits et l’administration des preuves d’office sont réservées.

Art. 311 CPC

Introduction de l’appel¹⁵³

¹ L’appel, écrit et motivé, est introduit auprès de l’instance d’appel dans les 30 jours à compter de la notification de la décision motivée ou de la notification postérieure de la motivation (art. 239).

² La décision qui fait l’objet de l’appel est jointe au dossier.

¹⁵³ Rectifié par la Commission de rédaction de l’Ass. féd. (art. 58, al. 1, LParl; RS 171.10).