A. Par arrêté du 29 août 2001, le Conseil d'Etat a complété le plan directeur cantonal de l'aménagement du territoire par une fiche de coordination no [a] ayant pour objet la planification cantonale pour l'implantation de deux parcs d'éoliennes en vue de la production d'énergie électrique, l'un sur le site du Crêt-Meuron, l'autre en un endroit encore indéterminé.

Le 20 décembre 2001, le Département de la gestion du territoire (DGT) a adopté le plan d'affectation cantonal pour la réalisation d'un parc éolien au Crêt-Meuron sur le territoire des Communes de Fontaines et des Hauts-Geneveys (ci-après : le PAC), comprenant sept éoliennes constituées, chacune, d'un mât de 60 mètres de haut sur lequel est fixé un rotor à trois pales de 66 mètres de diamètre, pour une hauteur totale de 93 mètres au maximum (art. 5 al. 2 du règlement du PAC).

Mis à l'enquête publique du 11 au 31 janvier 2002, le PAC a suscité plusieurs oppositions que le DGT a levées par décisions du 18 février 2003. Par arrêt du 31 mars 2005, que le Tribunal fédéral a annulé le 31 août 2006, le Tribunal administratif a admis les recours des opposants. Statuant à nouveau le 26 avril 2007, le Tribunal administratif les a, cette fois-ci, rejetés. Le PAC a été sanctionné par le Conseil d'Etat le 15 août 2007.

Par arrêté du DGT du 24 juillet 2009, le règlement du PAC a été modifié en ce sens que la hauteur totale d'une éolienne ne doit pas dépasser 99 mètres et le diamètre du rotor est limité à 82 mètres (art. 5 al. 2). Mise à l'enquête publique du 4 septembre au 5 octobre 2009, cette modification a fait l'objet de plusieurs oppositions, dont celle émanant du Conseil communal de la Ville de La Chaux-de-Fonds. Par décision du 10 novembre 2010, le Conseil d'Etat a levé cette opposition dans la mesure où elle est recevable et l'a déclarée irrecevable pour le surplus. Il a considéré que l'opposant ne pouvait pas invoquer une violation de son autonomie communale dans la mesure où le périmètre du PAC n'empiétait pas sur son territoire et qu'en tant que tiers, il n'était pas plus touché qu'une autre commune ou qu'un autre citoyen pour qui les éoliennes seraient visibles. Il a en revanche examiné le grief de l'opposant relatif au droit d'être consulté lors de la procédure d'adoption du plan et a nié celui-ci pour le motif que la Commune de La Chaux-de-Fonds. n'était pas concernée territorialement par le PAC.

B. Le Conseil communal de la Ville de La Chaux-de-Fonds recourt devant le Tribunal administratif contre cette décision en concluant, sous suite de frais, à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité chargée de l'élaboration du PAC. Il fait valoir que la Commune de La Chaux-de-Fonds est touchée et concernée au sens des articles 25 et 26 LCAT, de sorte qu'elle aurait dû faire partie des communes auprès desquelles le PAC devait être mis en circulation et qu'elle a qualité pour s'opposer à celui-ci.

C. Sans formuler d'observations, le Conseil d'Etat conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.

D. Dans ses observations sur le recours, la société Y SA conclut, sous suite de frais et dépens, principalement, à son irrecevabilité, subsidiairement à son rejet.

E. Les communes de Fontaines et des Hauts-Geneveys ne se prononcent pas sur les mérites du recours.

C O N S I D E R A N T

en droit

1. Interjeté dans les formes et délai légaux, le recours est recevable.

Depuis le 1^er janvier 2011, la Cour de droit public du Tribunal cantonal a succédé au Tribunal administratif et traite les causes qui avaient été déférées à cette dernière instance (art. 47, 83 OJN).

2. a) Les plans d'affectation cantonaux sont établis par le service chargé de l'aménagement du territoire; ils sont signés par le département désigné par le Conseil d'Etat après avoir été mis en circulation auprès des communes concernées et des départements et des services intéressés (art. 25 al. 1 LCAT). Les plans d'affectation cantonaux et les demandes de décisions spéciales relatives à ces plans sont mis à l'enquête publique simultanément pendant trente jours au département compétent et dans les communes touchées par les plans (al. 2). L'information à la population est assurée par le département (al. 4). Les intéressés et les communes touchées par le plan peuvent faire une opposition écrite et motivée au Conseil d'Etat (art. 26 al. 1 LCAT).

b) Par analogie avec la qualité pour recourir fondée sur l'article 32 litt. a LPJA, on entend par intéressés et communes touchées, ceux qui peuvent faire valoir un intérêt digne de protection à ce que la décision contestée soit annulée ou modifiée. S'agissant de la qualité pour recourir des communes, le Tribunal administratif a considéré qu'il convenait de reconnaître ce droit aux communes lorsqu'elles défendent l'autonomie communale garantie par la loi ou la constitution cantonale (RJN 2002, p. 325 et les références). Selon le Tribunal fédéral, il n'est pas nécessaire que la commune soit réellement autonome pour bénéficier de la qualité pour recourir fondée sur l'article 89 al. 2 let. c LTF ("intérêt digne de protection"). Il suffit pour cela qu'elle allègue une violation de son autonomie communale et qu'elle soit touchée par l'acte cantonal en tant que détentrice de la puissance publique. Savoir si la commune est réellement autonome dans le domaine litigieux, et si cette autonomie a été violée en l'espèce, sont des questions qui ressortissent au fond (ATF 135 I 43).

Dans le cas particulier, le recourant ne prétend pas défendre son autonomie communale en s'opposant au PAC, si bien qu'il y a lieu d'examiner si le droit d'opposition peut lui être reconnu à un autre titre.

c) Une collectivité publique peut également se prévaloir de sa qualité pour recourir, respectivement pour s'opposer, si l'acte attaqué l'atteint de la même manière qu'un particulier ou de façon analogue, dans sa situation matérielle (patrimoine administratif ou financier) ou juridique et qu'elle a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Un intérêt général à une correcte application du droit n'est cependant pas suffisant. Selon la jurisprudence, le voisin a qualité pour agir lorsque son terrain jouxte celui du constructeur ou se trouve à proximité immédiate de celui-ci (ATF 121 II 171 cons. 2b, 115 Ib 508 cons. 5c). La distance par rapport à l'objet du litige ne constitue toutefois pas l'unique critère pour déterminer la qualité pour agir du voisin. S'il est certain ou très vraisemblable que l'installation litigieuse sera à l'origine d'immissions – bruit, vibrations, lumières ou autres – touchant spécialement les voisins, même situés à quelque distance, ces derniers peuvent avoir qualité pour recourir (cf. ATF 125 II 10 cons. 3a). Le voisin doit en outre retirer un avantage pratique de l'annulation ou de la modification de la décision contestée qui permette d'admettre qu'il est touché dans un intérêt personnel se distinguant nettement de l'intérêt général des autres habitants de la collectivité concernée de manière à exclure l'action populaire; il doit ainsi invoquer des dispositions du droit public des constructions susceptibles d'avoir une incidence sur sa situation de fait ou de droit (ATF 137 II 30 cons. 2.2.3 et 2.3, 133 II 249 cons. 1.3.1, 468 cons. 1, arrêt du TF du 14.02 2012 [1C_362/2011] cons. 2.3 et 2.3.1).

En l'occurrence, le recourant se considère comme une commune touchée par le PAC au motif, d'une part, que son territoire est limitrophe des deux communes sur le territoire desquelles le parc éolien doit être implanté, ce qui aurait, de son point de vue, des effets directs sur son territoire et, d'autre part, que les éoliennes seront visibles depuis le quartier du Lycée Blaise-Cendrars, ce qui n'est pas le cas de la quasi totalité des autres communes neuchâteloises. Or, il est établi que 5 km séparent ce quartier de La Chaux-de-Fonds du parc éolien litigieux, ce qui conduit déjà à douter de la qualité de la Ville de La Chaux-de-Fonds pour s'opposer au PAC; ce d'autant qu'elle n'exemplifie nullement les effets directs que les installations prévues pourraient avoir sur son territoire. Elle ne démontre en particulier pas que, en dépit de leur éloignement, celles-ci généreraient des nuisances susceptibles de l'atteindre spécialement permettant de retenir qu'elle est touchée plus que la généralité de ses habitants.

C'est dès lors à juste titre que le Conseil d'Etat a considéré que la Ville de La Chaux-de-Fonds n'était pas une commune touchée par le PAC au sens de l'article 26 al. 1 LCAT et qu'elle n'avait pas, par conséquent, la qualité pour faire opposition au PAC. Cette qualité étant une condition d'entrée en matière par l'autorité saisie, c'est en revanche manifestement à tort que le Conseil d'Etat a examiné une partie des griefs soulevés, en se prévalant de sa qualité d'autorité exerçant la haute surveillance en matière d'aménagement du territoire selon l'article 3 al. 1 LCAT. Cette circonstance n'ouvre en effet pas aux administrés une autre voie juridictionnelle que celle de l'opposition, laquelle n'est en l'espèce pas recevable.

3. Il suit des considérants qui précèdent que, mal fondé, le recours doit être rejeté, sans frais (art. 47 al. 2 LPJA). Une indemnité de dépens sera allouée à la société Y SA, qui procède avec l'aide d'un mandataire professionnel (art. 48 LPJA). Me G. n'ayant pas, en dépit de la demande de la Cour de céans, déposé un état des honoraires et des frais qui permette de distinguer l'activité menée pour cette cause (art. 55 al. 1 de l'arrêté temporaire du Conseil d'Etat du 22.12.2010 fixant le tarif des frais, des émoluments de chancellerie et des dépens en matière civile, pénale et administratif), les dépens seront fixés sur la base du dossier (art. 55 al. 2 de l'arrêté). Tout bien considéré, et singulièrement le fait que la cause portait (presque) exclusivement sur la qualité pour recourir de la Commune de La Chaux-de-Fonds, les dépens peuvent être équitablement fixés à 1'800 francs, frais et TVA compris.

Par ces motifs,
la Cour de droit public

1. Rejette le recours.

2. Statue sans frais.

3. Alloue une indemnité de dépens à la société Y SA de 1'800 francs à charge du recourant.

Neuchâtel, le 19 septembre 2012