A. Par arrêté du 29 août 2001, le Conseil d'Etat a complété le plan directeur cantonal de l'aménagement du territoire par une fiche de coordination no [a] ayant pour objet la planification cantonale pour l'implantation de deux parcs d'éoliennes en vue de la production d'énergie électrique, l'un sur le site du Crêt-Meuron, l'autre en un endroit encore indéterminé.

Le 20 décembre 2001, le Département de la gestion du territoire (DGT) a adopté le plan d'affectation cantonal pour la réalisation d'un parc éolien au Crêt-Meuron sur le territoire des Communes de Fontaines et des Hauts-Geneveys (ci-après : le PAC), comprenant sept éoliennes constituées, chacune, d'un mât de 60 mètres de haut sur lequel est fixé un rotor à trois pales de 66 mètres de diamètre, pour une hauteur totale de 93 mètres au maximum (art. 5 al. 2 du règlement du PAC).

Mis à l'enquête publique du 11 au 31 janvier 2002, le PAC a suscité plusieurs oppositions que le DGT a levées par décisions du 18 février 2003. Par arrêt du 31 mars 2005, que le Tribunal fédéral a annulé le 31 août 2006, le Tribunal administratif avait admis les recours des opposants. Statuant à nouveau le 26 avril 2007, le Tribunal administratif les a, cette fois-ci, rejetés. Le PAC a été sanctionné par le Conseil d'Etat le 15 août 2007.

Par arrêté du DGT du 24 juillet 2009, le règlement du PAC a été modifié en ce sens que la hauteur totale d'une éolienne ne doit pas dépasser 99 mètres et le diamètre du rotor est limité à 82 mètres (art. 5 al. 2). Cette modification était motivée par le fait que les éoliennes de type W. qui devaient être installées n'étaient plus commercialisées. Mise à l'enquête publique du 4 septembre au 5 octobre 2009, cette modification a fait l'objet de plusieurs oppositions qui ont été soit déclarées irrecevables faute de qualité pour s'opposer (associations des Amis du Mont-Racine et des Amis de Tête-de-Ran-La Vue des Alpes), soit rejetées (oppositions de la Fondation suisse pour la protection et l'aménagement du paysage et X. et consorts par décisions du Conseil d'Etat du 10 novembre 2010.

B. Les opposants susmentionnés interjettent collectivement recours devant le Tribunal administratif contre ces décisions dont ils demandent l'annulation, concluant, sous suite de frais et dépens, à ce qu'il soit dit et constaté que les conditions pour une modification du PAC Crêt-Meuron ne sont pas réalisées et, partant, au refus de la modification envisagée, subsidiairement au renvoi du PAC au Département de la gestion du territoire et au promoteur pour études complémentaires et, en tout état de cause, à ce qu'il soit dit que le PAC Crêt-Meuron et sa modification ne pourront être adoptés qu'une fois intervenue la votation sur l'initiative populaire "Avenir des Crêtes – au peuple de décider". Tout d'abord, ils considèrent que la capacité pour recourir doit être reconnue aux associations des Amis du Mont-Racine et des Amis de Tête-de-Ran-La Vue des Alpes. Sur le fond, ils font valoir, en résumé, que la nécessité d'une révision du PAC n'est pas établie et que le concept éolien 2010, qui envisage désormais cinq sites, doit conduire à une nouvelle pesée des intérêts. Ils remettent par ailleurs en cause le choix du site du Crêt-Meuron, requérant une nouvelle étude paysagère, l'attribution du degré III de sensibilité au bruit au périmètre du parc éolien ou encore la sécurité des usagers du site notamment en ce qui concerne la projection de glace et la distance aux habitations. Ils déplorent l'absence d'une étude sur la projection d'ombres et ses conséquences, d'une étude sur l'impact des éoliennes sur les oiseaux et les chauves-souris ou encore de précisions relatives aux accès et au balisage.

C. Dans ses observations, le Conseil d'Etat propose le rejet du recours sous suite de frais.

Dans les siennes, la société Y SA conclut, sous suite de frais et dépens, à l'irrecevabilité du recours en ce qui concerne les associations des Amis du Mont-Racine, des Amis de Tête-de-Ran-La Vue des Alpes et la Fondation suisse pour la protection et l'aménagement du paysage, et en propose le rejet s'agissant des autres recourants.

La Communes de Fontaines et des Hauts-Geneveys ne se prononcent pas sur les mérites du recours.

C O N S I D E R A N T

en droit

1. Depuis le 1^er janvier 2011, la Cour de droit public du Tribunal cantonal a succédé au Tribunal administratif et traite les causes qui avaient été déférées à cette dernière instance (art. 47, 83 OJN).

2. a) Par deux décisions séparées du 10 novembre 2010, le Conseil d'Etat a déclaré irrecevables les oppositions au PAC modifié émanant de l'association des Amis du Mont-Racine. et de l'association des Amis de Tête-de-Ran-La Vue des Alpes, au motif que ces deux associations n'avaient pas la qualité pour agir. Celles-ci ont dès lors qualité pour contester ce refus d'entrer en matière.

b) Les plans d'affectation cantonaux sont établis par le service chargé de l'aménagement du territoire; ils sont signés par le département désigné par le Conseil d'Etat après avoir été mis en circulation auprès des communes concernées et des départements et des services intéressés (art. 25 al. 1 LCAT). Les plans d'affectation cantonaux et les demandes de décisions spéciales relatives à ces plans sont mis à l'enquête publique simultanément pendant trente jours au département compétent et dans les communes touchées par les plans (al. 2). Les intéressés et les communes touchées par le plan peuvent faire une opposition écrite et motivée au Conseil d'Etat (art. 26 al. 1 LCAT). Par analogie avec la qualité pour recourir fondée sur l'article 32 LPJA, on entend par intéressés et communes touchées, ceux qui peuvent faire valoir un intérêt digne de protection à ce que la décision contestée soit annulée ou modifiée (art. 32 let. a LPJA). Une association a qualité pour recourir (s'opposer) lorsqu'elle est directement touchée comme n'importe quelle personne privée par la décision attaquée, ou lorsqu'une majorité de ses membres sont lésés par la décision ou la loi visée et ont eux-mêmes qualité pour agir, à la condition que les statuts de l'association attribuent à celle-ci la tâche de défendre les intérêts en cause (Schaer, Juridiction administrative neuchâteloise, p. 140-141). En revanche, elle ne peut pas prendre fait et cause pour l'un de ses membres ou pour une minorité d'entre eux (ATF 134 II 120 cons. 2, 133 V 239 cons. 6.4). Elle a également qualité pour recourir (s'opposer) lorsque qu'une disposition légale l'y autorise (art. 32 let. b LPJA).

c) En l'espèce, tant l'association des Amis du Mont-Racine que l'association des Amis de Tête-de-Ran-La Vue des Alpes ne sont pas directement touchées dans leurs intérêts propres et dignes de protection. Rien n'indique que la décision à laquelle elles s'opposent les toucherait plus que la généralité des administrés. On ne voit pas quelle utilité pratique l'annulation de celle-ci leur procurerait, étant précisé que l'intérêt à une application correcte du droit est insuffisant en soi à leur reconnaître la qualité pour agir (ATF 135 II 12 cons. 1.2.1). Elles ne remplissent pas davantage les conditions du recours corporatif, la majorité de leurs membres n'ayant pas qualité de voisin immédiat du périmètre du PAC.

Certes, l'article 62 let. a de la loi cantonale sur la protection de la nature du 22 juin 1994 (LCPN; RSN 461.10) confère aux associations d'importance nationale, de même qu'aux associations d'importance cantonale reconnues par le Conseil d'Etat qui, aux termes de leurs statuts, se vouent à la protection de la nature et du paysage ou à des tâches semblables par pur idéal, la qualité pour faire opposition aux plans d'affectation destinés à assurer la protection de biotopes, d'objets géologiques ou de sites naturels. Cela étant, contrairement aux articles 17 et 21 du règlement du PAC, qui sont en vigueur et ne sont donc pas concernées par la révision en cours, l'article 5 du règlement du PAC, seul objet de la révision mise à l'enquête publique, ne poursuit pas un but de protection de biotopes, d'objets géologiques ou de sites naturels.

Il suit de ce qui précède que c'est dès lors à juste titre que le Conseil d'Etat a nié à ces deux associations la qualité pour faire opposition à la révision du PAC, et qu'il y a lieu de rejeter le recours sur ce point.

3. X. et consorts, ainsi que la Fondation suisse pour la protection et l'aménagement du paysage ont manifestement la qualité pour recourir au sens de l'article 32 LPJA. Ils sont touchés par la décision entreprise et ont un intérêt digne de protection à ce qu'elle soit annulée ou modifiée. La qualité pour agir de B., qui n'a pas participé à la procédure d'opposition devant le Conseil d'Etat, peut dès lors rester indécise et il y a lieu d'entrer en matière sur le recours, interjeté au surplus dans les formes et délai légaux.

4. a) Lorsque les circonstances se sont sensiblement modifiées, les plans d'affectation font l'objet des adaptations nécessaires (art. 21 al. 2 LAT). Le législateur fédéral a ainsi choisi une solution de compromis entre deux exigences contradictoires : d'une part, l'aménagement du territoire étant un processus continu, et la détermination des différentes affectations impliquant des pesées d'intérêts fondées sur des circonstances changeantes et des pronostics qui ne se confirment jamais entièrement, l'adaptation périodique des plans d'affectation est indispensable pour assurer, progressivement, leur conformité aux exigences légales; d'autre part, il faut tenir compte des intérêts privés et publics dont la protection nécessite une certaine sécurité juridique. Pour apprécier l'évolution des circonstances et la nécessité d'adapter un plan d'affectation, une pesée des intérêts s'impose. L'intérêt à la stabilité du plan, que les propriétaires fonciers peuvent invoquer dans certaines circonstances, doit être mis en balance avec l'intérêt à l'adoption d'un nouveau régime d'affectation, qui peut lui aussi être protégé par la garantie de la propriété. Selon les cas, des intérêts publics pourront également justifier soit la stabilité du plan, soit son adaptation. Il incombe donc à l'autorité appelée à statuer sur un projet de modification d'un plan en vigueur d'examiner, en fonction des circonstances concrètes, une pluralité d'intérêts (ATF 132 II 408 cons. 4.2). En principe, elle devra procéder à deux pesées des intérêts successives; les textes allemand et italien de l'article 21 al. 2 LAT expriment plus clairement que la version française la démarche en deux étapes qu'il prévoit : si les circonstances se sont sensiblement modifiées, les plans seront réexaminés ("überprüft", "riesaminati") et, si nécessaire, ils seront adaptés ("angepasst", adattati"). La première étape porte donc sur la nécessité d'entrer en matière sur une révision du plan d'affectation; la seconde porte sur le contenu même des adaptations envisagées et leurs effets. La pratique est cependant plus souple s'agissant de ce processus, tant il est difficile de procéder à la première évaluation sans avoir la seconde présente à l'esprit. Le Tribunal fédéral n'opère lui-même quelques fois qu'une seule pesée globale (Besse, Le régime des plans d'affectation, thèse, 2010, p. 240 et la référence à l'ATF 109 Ia 113, JT 1985 I 529).

b) Le besoin de stabilité des plans revêt une importance accrue pour les plans d'affectation spéciaux, qui définissent de façon détaillée les possibilités de construction (ATF 128 I 190 cons. 4.2; 116 Ib 185 cons. 4b; Tanquerel, in Commentaire de la Loi fédérale sur l'aménagement du territoire, 2010, n. 30 et 32 ad art. 21 LAT et les références citées). De même, plus un plan d'affectation est récent, plus on peut compter sur sa stabilité et plus les exigences permettant une modification seront élevées (ATF 128 I 190 cons. 4.2; 120 Ia 227 cons. 2c; 113 Ia 444 cons. 5b; arrêt du TF du 12.10.2009 [1C_202/2009] cons. 3.3). Les circonstances nouvelles dont il convient de peser l'importance peuvent être d'ordre factuel : modifications topographiques, mouvements démographiques, développement économique, mode de vie, ou encore situation des finances publiques. Un simple changement d'avis de la population ou une modification du rapport de force politique ne constituent en revanche pas une modification sensible des circonstances au sens de l'article 21 al. 2 LAT (ATF 128 I 190 cons. 4.2 et les références citées; Tanquerel, op.cit., n. 37 et 40). Quoi qu'il en soit, cette disposition ne trouve pas application si les circonstances ne se sont pas modifiées ou si les nouvelles circonstances étaient déjà connues lors de la première planification (arrêt du TF du 09.02.2011 [1C_172/2010] cons. 5.1 et les références citées).

5. a) En l'espèce, appelé à se prononcer sur le projet de modification du PAC, le Conseil d'Etat a retenu que des éoliennes plus petites auraient un rendement énergétique bien plus faible qui ne permettrait pas de produire les 25 GWh d'électricité par an, cible visée par le canton dans le cadre de sa politique énergétique exposée dans la fiche [a] de l'actuel plan directeur, en tenant compte de deux sites. Avec un parc de sept éoliennes de type W., le productible du site du Crêt-Meuron devait atteindre 14 GWh par année, ce qui ne serait pas possible, selon le Conseil d'Etat, avec des modèles plus petits. Il a conclu que la disparition du marché du modèle d'éolienne initialement prévu, dont les dimensions maximales sont inscrites dans le règlement du PAC constituait une modification sensible des circonstances au sens de l'article 21 LAT et que l'intérêt public à réaliser la politique énergétique du canton, considéré comme prépondérant par le Tribunal fédéral, commandait que lesdites dimensions puissent être légèrement augmentées par l'adaptation du PAC.

b) A teneur du rapport sur l'aménagement selon l'article 47 OAT du 15 juillet 2009 (ci-après : rapport OAT 2009), la modification du règlement du PAC est en effet motivée par l'adaptation du modèle d'éolienne envisagé pour le site du Crêt-Meuron (ch.1.1), celui initialement retenu (W.) n'étant plus commercialisé (courrier du 24.11.2009 de la société F. SAS). La société Y SA, l'auteur du projet, a donc sélectionné quatre autres modèles d'éoliennes, dont les dimensions (diamètre du rotor : de 71 mètres à 82 mètres / hauteur totale : de 92.5 mètres à 98.5 mètres) ne sont toutefois pas compatibles avec le règlement du PAC, qui fixe à 66 mètres le diamètre du rotor et à 93 mètres au maximum la hauteur totale d'une éolienne (art. 5 al. 2). Garantir l'approvisionnement et la fabrication du modèle d'éolienne choisi auprès de fabricants européens et profiter de l'importante avancée technologique sont les raisons données au choix opéré par la société Y SA (rapport OAT 2009 ch.2.1). Sur cette base, le DGT a pris un arrêté modifiant le règlement du PAC en ce sens que la hauteur totale d'une éolienne ne doit pas dépasser 99 mètres et le diamètre du rotor est limité à 82 mètres (art. 5 al. 2 du règlement du PAC). La disparition du modèle d'éolienne W. peut certes constituer une modification sensible des circonstances, mais elle ne rend pas forcément nécessaire une révision du règlement du PAC, celui-ci ne prescrivant pas l'installation d'un modèle déterminé d'éolienne mais se limitant à fixer les dimensions maximales du mât (60 mètres), du diamètre du rotor (66 mètres) et de la hauteur totale (93 mètres). Si l'installation d'éoliennes plus grandes est exclue par l'article 5 al. 2 du règlement – la proposition consistant à autoriser, cas échéant, des dimensions supérieures de 10 % qui figurait dans le projet de règlement du PAC du mois de mai 2001, n'avait pas trouvé grâce aux yeux de l'Etat – il n'en va pas de même en ce qui concerne l'implantation d'autres modèles d'éoliennes de dimensions égales ou d'éoliennes de plus petites dimensions. D'ailleurs, d'après le rapport sur l'aménagement selon l'article 47 OAT du 27 septembre 2001 (ci-après : rapport OAT 2001), les dimensions fixées dans le règlement du PAC correspondent à l'éolienne la plus grande (W.) parmi le type de modèles qui avait été retenu en fonction de la gamme de puissance possible (de 1.3 MW à 1.8 MW). Car, si la puissance des éoliennes les plus compétitives sur un site de taille moyenne se situait entre 1 MW et 2 MW, la puissance installée au Crêt-Meuron était, selon ce rapport, limitée par la configuration du site (rapport OAT 2001 ch.4.4.1). Dans le rapport OAT 2009 (ch. 2.1), les éoliennes potentiellement implantables ont été choisies par la société Y SA parce qu'elles améliorent considérablement le productible en comparaison du modèle W. (+ 60 % s'agissant du modèle P.), mais sans plus tenir compte de la gamme de puissance limitée par la configuration du site telle qu'elle avait été fixée dans le rapport OAT 2001 (entre 1.3 MW à 1.8 MW). A aucun moment, la possibilité d'installer des éoliennes, dont les dimensions respectent le règlement du PAC, n'a été envisagée et les conséquences sur l'objectif de production d'énergie électrique examinées. Il est par conséquent impossible, dans ces conditions, de procéder à une pesée sérieuse des intérêts en présence, l'intérêt à la stabilité du plan, d'une part, l'intérêt à son adaptation, de l'autre.

c) On observe par ailleurs que l'objectif en matière d'énergie éolienne pour le canton de Neuchâtel est, ou plus exactement était, de produire un total d'environ 25 GWh d'électricité par an sur deux sites pour les dix prochaines années (fiche no [a] du plan directeur). A elle seule, la production nette du parc du Crêt-Meuron, constitué de 7 éoliennes de type W., devait s'élever à 14.35 GWh/an (rapport OAT 2001 ch. 2.1). Avec des éoliennes plus petites, le productible serait probablement inférieur. Il n'est toutefois pas prétendu qu'une diminution de la production attendue sur ce site, qui n'a fait l'objet d'aucune étude chiffrée, ne pourrait pas être compensée par une production plus importante sur le second site prévu. En outre, au moment de réexaminer le PAC et, si nécessaire, de l'adapter, il ne saurait raisonnablement être fait abstraction du "concept éolien cantonal 2010". D'une part, parce que la fiche no [a] du plan directeur est entrée en vigueur, le 28 août 2001, pour une durée de 10 ans et qu'elle doit être abrogée par le biais d'une modification du plan directeur cantonal si, au terme de ce délai, aucune installation n'est réalisée (let. F), ce qui est le cas. D'autre part, parce que le Conseil d'Etat a adopté, au mois de juin 2011, la fiche "E_24 Valoriser le potentiel de l'énergie éolienne" du plan directeur cantonal, laquelle envisage la construction non plus de deux mais de cinq parcs éoliens, d'une production minimale de 10 GWh/par an et par parc, pour un total de 59 éoliennes, qui devraient atteindre un potentiel de production annuelle d'énergie électrique de 200 GWh à l'horizon 2035, ce qui correspond à 20 % de la consommation annuelle d'électricité du canton. Ce nouveau paramètre n'est pas sans incidence sur la question centrale du litige et, à ce stade, la nécessité d'entrer en matière sur une révision du PAC, respectivement sur son adaptation s'agissant des dimensions des éoliennes, n'est pas démontrée de manière suffisante. Il convient donc de réformer les décisions attaquées en ce sens que les oppositions de X. et consorts, d'une part, et de la Fondation suisse pour la protection et l'aménagement du paysage, d'autre part, sont admises et la cause renvoyée au Département de la gestion du territoire pour qu'il réexamine la nécessité d'une révision du règlement du PAC du Crêt-Meuron à la lumière de tous les éléments mis en exergue ci-avant. A ce stade, il n'y a pas lieu de se prononcer sur les autres arguments soulevés par les recourants.

3. Vu l’issue de la cause, les frais de celle-ci seront mis à la charge des associations recourantes d'une part, de la société Y SA, d'autre part. X. et consorts, qui obtiennent gain de cause ont droit à des dépens. Me D. fait valoir une rémunération, frais et TVA compris, de 12'105 francs dont 11'200 francs à titre d'honoraires, correspondant à 40 heures d'activité au tarif horaire de 280 francs. Eu égard au tarif usuellement appliqué par la Cour de céans, de l'ordre de 250 francs de l'heure, et du fait que Me D. représentait également les deux associations déboutées, il y a lieu de fixer les dépens à 10'000 francs, frais et TVA compris. Une indemnité de dépens, fixée ex aequo et bono à 1'800 francs, sera en outre allouée à la société Y SA, qui contestait, à bon droit, la qualité pour recourir des associations.

Par ces motifs,
LA COUR DE DROIT PUBLIC

1. Rejette le recours en ce qui concerne les associations des Amis du Mont-Racine et des Amis de Tête-de-Ran-La Vue des Alpes.

2. Admet le recours de X. et consorts, réforme les décisions attaquées les concernant en ce sens que leurs oppositions sont admises et la cause renvoyée au Département de la gestion du territoire au sens des considérants.

3. Met solidairement à la charge des deux associations recourantes un émolument de décision de 500 francs et les débours par 50 francs, montants compensés par l'avance de frais, dont le solde est restitué aux autres recourants.

4. Met à la charge de la société Y SA un émolument de décision de 1'000 francs et les débours par 100 francs.

5. Alloue à X. et consorts une indemnité de dépens de 10'000 francs à la charge par moitié de l'Etat, d'une part, et de la société Y SA, d'autre part.

6. Alloue à la société Y SA une indemnité de dépens de 1'800 francs à la charge des associations recourantes.

Neuchâtel, le 19 septembre 2012

Art. 21 LAT

Force obligatoire et adaptation

¹ Les plans d’affectation ont force obligatoire pour chacun.

² Lorsque les circonstances se sont sensiblement modifiées, les plans d’affectation feront l’objet des adaptations nécessaires.