A. X., à […] NE, a déclaré depuis l'année fiscale 1999 au moins des revenus et une fortune immobiliers provenant de biens situés dans le canton de Neuchâtel et, en corrélation avec ceux-ci, des intérêts passifs et des dettes envers sa famille qu'il a intitulés "Emprunt famille I" et "Emprunt famille II" et, depuis l'année 2000, un nouvel "Emprunt famille III". La dette globale indiquée dans sa déclaration fiscale 1999 se monte à 1'550'000 francs et son dossier fiscal de l'année 2000 contient copie d'un acte notarié espagnol de 1997 lui donnant mandat, par sa mère et sa sœur, de gérer un capital de 90'000'000 pesetas. Au cours de l'année 2000, un nouveau prêt de 480'0000 francs a été consenti et l'intéressé s'est également endetté auprès d'un tiers à raison de 40'000 francs. Le montant des engagements envers la famille est par la suite resté inchangé. X. a porté en déduction au titre d'intérêts passifs, 60'000 francs dans la déclaration d'impôt 1999, 82'008 francs pour l'année 2000, 100'008 francs dans la déclaration 2000 bis, 100'010 francs dans la déclaration d'impôt 2001, 100'000 francs dans la déclaration d'impôt 2002, 2003, 2004, 2005 et 2006. Le montant des dettes a également été déduit de sa fortune imposable. Les taxations ont été effectuées selon les chiffres déclarés, sous réserve d'une correction du taux de rémunération des emprunts pour les années 2002 et 2003.
Le 7 mars 2005, le Service des contributions a requis copie des contrats de prêt avec l'indication des parties et du taux convenu. X. a répondu le 18 avril 2005 qu'il n'y avait pas de contrat, que l'intérêt convenu était de 100'000 francs par année et que le prêteur était sa mère. Il est apparu ultérieurement que les parents de l'intéressé étaient décédés respectivement en 1992 et 2001. Le 26 septembre 2006, X. a indiqué n'avoir reçu de ses frères, avec lesquels il serait en mauvais termes, aucun document relatif à ces prêts, notamment pas d'inventaire successoral ni de compte de succession. Il a proposé à l'autorité fiscale de retenir qu'il détenait une part correspondant à 1/6 du revenu et de la fortune nets découlant de l'investissement des montants prêtés, en fonction du nombre de cohéritiers. Le dossier a été repris par l'office de contrôle et des tâches spéciales du service des contributions (ci-après OCTS) selon communication du 1er juin 2007. L'OCTS a requis copie de l'acte de décès de la mère du contribuable, de l'inventaire de succession et du tableau de répartition des biens. X. a produit un acte notarié espagnol attestant de la répartition ab intestat de la succession de ses deux parents, copie de l'acte de décès de sa mère et un certificat d'hérédité. Diverses pièces additionnelles ont été requises sans succès. Un rappel-sommation a été adressé à X. le 15 mai 2008 avec menace d'amende d'ordre en cas d'inexécution, relevant qu'à défaut de justificatifs, toute déduction des intérêts passifs serait refusée, ainsi que la dette, et qu'une procédure en soustraction serait engagée pour l'impôt direct cantonal et communal dès l'année 2001 et pour l'impôt fédéral direct dès les périodes fiscales 1997/98. X. a demandé plusieurs reports du délai pour produire les documents requis, l'OCTS l'a menacé d'une amende pour soustraction. Par décisions du 12 septembre 2008, l'OCTS a notifié les taxations des années 2002, 2003, 2004, 2005 et 2006, pour l'impôt fédéral direct et l'impôt direct cantonal et communal, en refusant de tenir compte des emprunts auprès de la famille, et deux décisions en matière de soustraction fiscale consommée pour les années 1999, 2000 et 2001, fixant le montant du rappel d'impôt, des intérêts moratoires et une amende de 100 % du montant soustrait, pour l'impôt fédéral direct et l'impôt direct cantonal.
Après avoir vainement demandé à l'autorité fiscale de recevoir des témoignages écrits de ses frères et sœurs, X. a fait réclamation à l'encontre de ces décisions en concluant à ce que les taxations soient effectuées conformément aux déclarations d'impôt déposées. Il a produit divers documents. Par deux décisions sur réclamation du 9 février 2009, l'OCTS a rejeté les réclamations. Il a estimé que la reconnaissance de l'existence des prêts sur le plan fiscal n'impliquait pas que la taxation reste fondée sur les mêmes bases pour les années ultérieures, que le fait de cacher l'existence d'une succession non partagée justifiait la procédure en soustraction, que le contribuable avait fourni des indications contradictoires de sorte qu'il n'était pas exclu que la totalité des prêts fassent partie de son patrimoine personnel.
B. Par mémoire du 12 mars 2009, X. défère ces décisions au Tribunal fiscal. Il conclut à leur annulation, sous suite de frais et dépens. Il réitère ses offres de preuve. Le Service intimé conclut au rejet du recours sous suite de frais et au maintien des taxations définitives et des décisions en soustraction. Les parties répliquent et dupliquent et sont entendues lors d'une audience d'instruction le 27 avril 2010. Des pièces sont requises. Le Service intimé se détermine sur une attestation bancaire déposée par le recourant et renonce à préciser les moyens de preuve qu'il requiert pour changer son appréciation. Le Tribunal fiscal examine les modalités d'audition d'un ou plusieurs membres de la famille du recourant et le dossier est repris par la Cour de droit public du Tribunal cantonal dans le cadre de la réorganisation judiciaire cantonale. Le 24 septembre 2012, un document notarié espagnol relatant les déclarations du frère du recourant est porté au dossier. L'intimé ne présente pas d'observations complémentaires, le recourant reçoit copie de sa détermination pour information.
C O N S I D E R A N T
en droit
1. Interjeté dans les formes et délai applicables au jour de son dépôt, le recours est recevable. La compétence de la Cour de céans, qui a succédé au Tribunal fiscal, le 1er janvier 2011, ressort de l'article 216 de la loi sur les contributions directes du 20 mars 2000 (LCdir) et de l'article 2 de la loi d'introduction de la loi sur l'impôt fédéral direct du 22 mars 2000 (LILIFD).
2. Le recours porte sur un rappel d'impôt, la perception d'intérêts moratoires et le prononcé d'une amende en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal pour les années 1999 à 2001 et sur la taxation pour l'impôt fédéral direct et l'impôt direct cantonal et communal des années fiscales 2002 à 2006. La loi sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 (LIFD) et la LCdir sont applicables; l'ancienne loi cantonale sur les contributions directes du 9 juin 1964 (aLCdir) reste applicable aux années 1999 et 2000. La LCdir, promulguée après l'entrée en force obligatoire de la loi fédérale d'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 (LHID) doit être interprétée, compte tenu de l'harmonisation horizontale et verticale, en tenant compte de la LIFD (RF 59/2004, p. 346, cons. 6 et références citées et 60/2005, p. 129 = StE 2005 A 23.31 no 9) lorsqu'elle a la même teneur. L'ancienne loi cantonale doit également être interprétée dans ce sens (RJN 1986, p. 165).
3. a) Le rappel d'impôt est réglé aux articles 151 ss LIFD, 221 ss LCdir et 53 LHID et fait partie, selon les notes marginales, des actes permettant la "modification des décisions et des prononcés entrés en force". L'autorité fiscale peut y procéder lorsque, notamment, des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus d'elle lui permettent d'établir qu'une taxation entrée en force est incomplète. Le rappel d'impôt porte sur l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Le rappel peut être effectué même en l'absence d'une faute du contribuable, il est soumis aux conditions objectives que sont l'insuffisance ou l'absence erronée de taxation, entraînant pour la collectivité une perte fiscale, et l'existence d'un motif de rappel (Casanova in Yersin/Noël, Commentaire romand LIFD, ad art. 151 LIFD no 1 ss, spécialement 5 et 7). Constituent un motif de rappel d'impôt les faits ou moyens de preuves nouveaux, soit ceux qui étaient inconnus de l'autorité fiscale et qui lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète. Doivent être considérés comme nouveaux les faits et moyens de preuves qui existaient au moment de la taxation déjà, mais qui parviennent à la connaissance de l'autorité fiscale seulement après l'entrée en force de la taxation (Casanova, op. cit., no 9 ad art. 151 LIFD). Est déterminant l'état du dossier au moment de la taxation.
L'ancien droit cantonal, applicable jusqu'à l'année fiscale 2001, range le rappel d'impôt sous la révision. L'article 140 al. 2 aLCdir la réserve au désavantage du contribuable lorsqu'il est découvert des faits importants ou trouvé des preuves concluantes que l'autorité qui a pris la décision ne pouvait connaître auparavant, même en usant de l'attention commandée par les circonstances. Le délai pour introduire la procédure de rappel est de trois ans suivant l'expiration de l'année au cours de laquelle la décision attaquée est devenue exécutoire (art. 141 aLCdir).
b) La soustraction d'impôt est réglée aux articles 175 ss LIFD, 250 ss LCdir et 56 ss LHID. Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte (notamment) qu'une taxation entrée en force soit incomplète est puni d'une amende. En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (art. 175 al. 2 LIFD; 250 al. 2 LCdir; sans disposition correspondante de la LHID). Selon l'article 183 LIFD, dans sa teneur suite à la loi fédérale du 20 décembre 2006 portant modification de la procédure de rappel d'impôt et de la procédure pénale pour soustraction d'impôt en matière d'imposition directe en vigueur depuis le 1er janvier 2008, l'ouverture d'une procédure pénale pour soustraction d'impôt est communiquée par écrit à la personne concernée, celle-ci est invitée à s'exprimer sur les griefs retenus à son encontre et informée de son droit de refuser de déposer et de collaborer. Un nouvel alinéa 1bis précise que les moyens de preuve rassemblés dans le cadre de la procédure en rappel d'impôt ne peuvent être utilisés dans la procédure pénale pour soustraction d'impôt que s'ils n'ont été rassemblés ni sous la menace d'une taxation d'office avec inversion du fardeau de la preuve, ni sous la menace d'une amende en cas de violation d'une obligation de procédure. L'article 57a LHID a la même teneur que l'article 183 al. 1 et 1bis LIFD. Le droit cantonal n'a pas été adapté à la LHID et prévoit seulement, à l'article 258 LCdir, que l'ouverture d'une procédure pénale pour soustraction doit être communiquée par écrit à l'intéressé et que celui-ci est invité à s'exprimer sur les griefs retenus à son encontre, ce qui correspond à l'ancienne teneur de l'article 183 LIFD. Compte tenu du caractère obligatoire de la LHID, la procédure cantonale doit suivre celle de l'impôt fédéral direct. L'ancienne loi cantonale réglait la soustraction à l'article 129 aLCdir, qui prévoit que celui qui, intentionnellement ou par négligence, se soustrait totalement ou partiellement à l'impôt en éludant les obligations qui lui incombent selon les dispositions de la loi ou en celant des éléments essentiels à la détermination de l'existence ou de l'étendue de son obligation fiscale ou en donnant à ce propos des indications inexactes, est passible d'une amende (al. 1, let. a et b). L'impôt soustrait doit être payé en sus de l'amende (art. 129 al. 3). Ainsi, selon l'ancien droit, la procédure en soustraction incluait celle de rappel.
La procédure en soustraction étant une procédure pénale, menée par une autorité administrative, elle doit respecter les droits de la défense au sens de la procédure pénale, qui protège la personne contre les risques d'abus et d'erreurs et est destinée à garantir un procès loyal et équitable au sens du droit international et du droit constitutionnel (art. 6 ch. 3 CEDH et Pacte international relatif aux droits civils et politiques [Pacte II] de la CEDH; 29-32 de la Constitution fédérale du 18.04.1999 [RS 101] et art. 28-32 de la Constitution cantonale neuchâteloise du 24.09.2000, RSN 101). Une personne prévenue a le droit de garder le silence et de ne pas contribuer à sa propre incrimination, et elle a le droit d'être informée de ses droits. Cette obligation d'informer a été déduite de l'article 31 al. 2 Cst. par la jurisprudence du Tribunal fédéral et elle vaut pour toutes les phases du procès pénal, même si aucune disposition cantonale ne le prévoit. Le prévenu a également droit à la connaissance des charges qui pèsent à son encontre, le droit de se défendre lui-même ou avec l'assistance d'un défenseur et le droit de disposer du temps et des facilités nécessaires à la préparation de sa défense. Le domaine d'application du droit de garder le silence et de ne pas contribuer à sa propre incrimination inclut une procédure fiscale pour soustraction d'impôts, et inclut le droit de se taire pendant les interrogatoires de police (Piquerez, Traité de procédure pénale suisse, 2ème édition refondue et augmentée, Zurich 2006, § 67, no 480 ss, p. 304 ss, p. 305).
4. Il convient tout d'abord d'examiner si dans le présent cas le droit d'introduire les procédures de rappel et en soustraction est prescrit.
Sur le plan cantonal, la LCdir ne contient pas de disposition spécifique relative à la prescription en matière de rappel d'impôt. La Cour de céans estime qu'il y a lieu d'y appliquer la même règle que pour le droit de procéder à la taxation, et de s'aligner cas échéant sur le droit fédéral. La prescription du droit de taxer est réglée aux articles 120 LIFD et 47 LHID. Selon le droit fédéral, le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la période fiscale, et la prescription ne court pas ou est suspendue pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision. La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale. L'article 186 LCdir reprend les mêmes délais et conditions que le droit fédéral.
La poursuite de la soustraction d'impôt consommée se prescrit, selon l'article 184 al. 1 let b LIFD et l'art. 159 LCdir, par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation a été effectuée de façon incomplète. Selon l'alinéa 2 de cette disposition, la prescription peut être interrompue par tout acte de procédure tendant à la poursuite du contribuable et un nouveau délai commence à courir; elle ne peut être prolongée de plus de la moitié de sa durée initiale. Selon l'article 333 al. 6 CP, qui règle la relation entre le code pénal et les lois fédérales et cantonales, dans sa teneur postérieure au 1er janvier 2002, les délais de prescription de l'action pénale, pour les lois fédérales en général, sont augmentés d'une fois la durée ordinaire pour les délais qui dépassent un an (let. b), et les règles sur l'interruption et la suspension de la prescription de l'action pénale sont abrogées (let. c). La prescription de l'action pénale ne court plus si, avant son échéance, un jugement de première instance a été rendu (let. d). Selon le nouveau droit, le délai unique de prescription est de vingt ans pour la soustraction consommée, sans qu'il y ait possibilité de suspension ou d'interruption des délais de prescription (Torrione, Les procédures en droit fiscal, 2ème éd., OREF 2008, p. 1050 s.; contra: 15 ans pour Sansonetti, Commentaire romand, LIFD, ad art. 184 no 18, p. 1543). Pour l'ancien droit, l'article 137 aLCdir dispose que le droit d'engager la procédure s'éteint cinq ans après la clôture de l'année de taxation, ce qui correspond à la teneur de l'article 134 de l'arrêté fédéral du 9 décembre 1940 concernant la perception d'un impôt pour la défense nationale (AIFD). La période de taxation correspond à l'année civile concernée, par exemple 1999, la période de calcul correspondant, en règle générale, à l'année précédente dont les résultats servaient à fixer l'impôt selon le système praenumerando.
En l'espèce, la procédure en matière de soustraction et de rappel d'impôt a été introduite, pour l'impôt fédéral direct, pour les périodes fiscales 1997/98 et suivantes par lettre de l'intimé du 15 mai 2008, puis réduite aux périodes fiscales 1999/2000 et 2001 par la suite. Le rappel porte sur les années 2002 à 2006, selon lettre de l'intimé du 10 septembre 2008 (annexe 16) et la décision en matière de soustraction du 12 décembre 2008 (annexe 18). Le droit d'ouvrir une procédure en soustraction pour l'impôt direct cantonal et communal des années 1999 et 2000 était prescrit dès l'année 2005. A noter que dans la mesure où la soustraction est fondée sur le décès de la mère du recourant, en 2001, les taxations 1999 et 2000 ne pouvaient de toute manière pas faire l'objet d'un redressement fondé sur ce seul fait, à fortiori pas d'une procédure pénale fiscale.
Pour les périodes fiscales 1999/2000 et suivantes sur le plan de l'impôt fédéral direct et dès l'année 2001 sur le plan cantonal, la prescription n'est pas acquise. En effet, la soustraction d'impôt consommée étant passible d'une amende, elle constitue une contravention au sens de l'art. 103 CPS et la prescription doit être estimée en tenant compte de la loi fédérale du 13 décembre 2002 (nouvelle partie générale du CP) en vigueur dès le 1er janvier 2007. Selon l'article 333 al. 6 CP, qui règle la relation entre le CP et les lois fédérales et cantonales, les délais de prescription de l'action pénale, pour les lois fédérales en général, sont augmentés pour les contraventions du double de la durée ordinaire (let. a) et d'une fois la durée ordinaire pour les délais qui dépassent un an (let. b), et les règles sur l'interruption et la suspension de la prescription de l'action pénale sont abrogées (let. c). La prescription de l'action pénale ne court plus si, avant son échéance, un jugement de première instance a été rendu (let. d). Selon la doctrine, le délai unique de prescription en matière fiscale selon le nouveau droit doit être fixé à vingt ans pour la soustraction consommée, sans qu'il y ait possibilité de suspension ou d'interruption (Torrione, Les procédures en droit fiscal, 2ème éd., OREF 2008, p. 1050 s.). La procédure en soustraction ayant été introduite en 2008 pour les années 1999 à 2001, la prescription n'était pas acquise, que l'on applique l'ancien ou le nouveau droit pénal, en fonction de la lex mitior.
5. Il ne ressort pas du dossier pour quelles raisons la procédure pénale n'a été menée que pour les années 1999 à 2001. Cette question peut rester ouverte. Les taxations des années 1999, 2000 et 2001 tiennent compte, au titre de déduction pour l'impôt sur la fortune et le revenu, d'une dette envers des tiers (Emprunt Famille I et Emprunt famille II) de 1'550'000 francs (déclaration 1999 fondée sur les chiffres de 1998), augmentée à 2'030'000 francs dès la déclaration 2000bis (fondée sur les revenus 1999 et brèche de calcul). Les intérêts passifs sont portés en déduction. Le taxateur a repris sans modification les indications figurant sur les déclarations d'impôt. Pour les années 2003 et 2004, une correction a été effectuée sur le taux de rémunération. Les prêts ont été admis.
L'ouverture d'une procédure en soustraction comme d'un rappel d'impôt présuppose un fait nouveau qui fait ressortir l'insuffisance d'une taxation. L'intimé fait valoir que le décès de la mère du recourant, dont il a eu connaissance en 2007, constitue un tel fait nouveau par rapport à ce qui était connu lors de la taxation. Il en tire argument pour réfuter la réalité de la totalité des "Emprunts famille" et en refuser la déduction pour l'impôt sur la fortune et le revenu, en faisant valoir que la réalité des prêts n'est pas établie. Le recourant objecte que la connaissance du décès de sa mère ne doit pas permettre de dénier toute réalité à des prêts qu'il a justifiés antérieurement. Selon le dossier, une créance envers la famille est mentionnée dans la déclaration d'impôt des années 1999, 2000 et 2001 et ultérieurement. Comme il s'agit d'un élément réduisant l'obligation fiscale, le fardeau de la preuve appartient en principe au contribuable, même si l'autorité de taxation doit établir d'office les faits déterminants pour une taxation conforme et correcte (Berdoz / Bugnon in OREF, Les procédures en droit fiscal, 2ème éd., Berne 2005, § 4 IV, p. 591).
L'autorité de taxation doit apprécier les preuves avec soin et conscience. Sous cette réserve, elle forme librement sa conviction en analysant la force probante des preuves administrées, en choisissant entre les preuves contradictoires ou entre les indices contraires qu'elle a elle-même recueillis. Cette liberté d'appréciation n'est limitée que par l'arbitraire (Berdoz / Bugnon, op. cit. §4, IV, p. 592, let. g). A cette obligation d'instruire correspond une obligation de collaborer du contribuable pour les demandes supplémentaires de renseignements faites par l'autorité fiscale. Le contribuable peut être amené dans ce cadre à solliciter des attestations de tiers qu'il doit remettre à l'autorité fiscale (art. 127 LIFD; 43 al. 1 LHID, LCdir), par exemple des attestations, des documents contractuels dans la forme écrite ou notariée, pour autant qu'ils se trouvent en sa possession ou qu'il ait la possibilité de les obtenir (dans ce sens Berdoz / Bugnon, op. cit. § 4, IV, ch. 3.1, p. 629). Ces exigences sont limitées par le principe de la proportionnalité.
Dans sa réclamation, le recourant a indiqué avoir bénéficié d'un prêt de 50 millions de pesetas le 26 juillet 1990, de 90 millions de pesetas le 18 août 1997 et de 50 millions de pesetas le 2 décembre 1999, en alléguant avoir produit au titre de justificatifs une reconnaissance de dette signée, un acte notarié du 18 août 1997 et un contrat de prêt du 2 décembre 1999. Le dossier du recourant produit par l'intimé contient effectivement, en rapport avec l'année 2000, copie d'un acte notarié espagnol dont il ressort que la mère et la sœur du recourant lui ont confié un mandat de gestion sur 90 millions de pesetas. Par la suite, c'est en vain que l'intimé a réclamé au recourant copie des contrats de prêt. Le recourant a produit des pièces relatives à la succession de sa mère et s'est limité à requérir l'audition des membres de sa famille par voie rogatoire, avant de réduire son offre de preuve à l'audition de son frère A. Il a allégué qu'il ne pouvait réunir les pièces compte tenu de mésentente avec ses frères et sœurs et régulièrement soutenu qu'il avait déjà remis les pièces antérieurement. Il n'est cependant pas possible de vérifier ce point à mesure que les dossiers de l'autorité fiscale des années antérieures ne sont plus disponibles. Finalement, le recourant a produit des copies avec sa réclamation. Un notaire espagnol, apparemment successeur de celui qu'avait contacté la Cour sur proposition du recourant, Me R., a adressé au recourant un acte notarié portant sur l'audition de son frère selon un questionnaire préparé par la Cour de céans. Ce document a été porté au dossier par les soins de son mandataire, sans que le recourant produise, avec le document notarié, l'attestation de la Chambre des notaires de […] en Espagne certifiant la qualité du notaire instrumentant, comme requis le 19 juillet 2012. Le dossier contient la photocopie d'un acte notarié de Me L. du 14 juin 2006 certifiant que la succession des parents du recourant s'est effectuée ab intestat et que les héritiers de la mère du recourant sont ses six enfants, dont le recourant lui-même, la photocopie d'un acte de mariage concernant les parents du recourant, la photocopie des actes de naissance de ses frères et sœurs et de leur carte d'identité, l'attestation qu'un montant équivalant environ à 100'000 francs suisses a été versé chaque année sur le compte ouvert auprès de la Banque S: à […] E (dont les références figurent sur une attestation D.1/41) au nom de A., la photocopie d'un acte notarié passé par Me M. le 18 août 1997 et portant sur l'octroi d'un mandat de gestion, par Mmes Z. et F., respectivement la mère et la sœur du recourant, en la faveur de celui-ci sur un montant de 90 millions de pesetas, la photocopie d'un contrat de prêt du 2 décembre 1999 portant sur un prêt de 50 millions de pesetas moyennant un intérêt de 5 % entre le recourant et sa mère ainsi que la photocopie d'une reconnaissance de dettes du 16 juillet 1990 du recourant envers son frère et sa sœur pour un montant de 50 millions de pesetas. Hormis le dernier acte notarié établi en 2012, ces informations étaient connues du Service intimé au jour où il a statué sur réclamation. La déposition de A. en confirme une partie, en particulier le fait que la succession de feu Z. n'a pas été partagée, que les héritiers ont tous leurs intérêts en commun, qu'aucune pièce relative au partage n'a été établie (réponse à la question 5 et 6), que les avoirs de la succession sont effectivement détenus par le recourant (question 7), que les fonds déposés sur le compte auprès de la Banque S. appartiennent personnellement à A. et que c'est lui qui les répartit entre ses frères et sœurs (question 11), que de l'argent a été prêté à X. à condition de payer des intérêts de 5 %, équivalant à un montant de 100'000 francs suisses par an (réponse à la question 12) et que les prêts avaient été consentis à raison de 50 millions de pesetas par lui-même et sa sœur et à raison de 140 millions de pesetas par sa mère (réponse à la question 13). Le frère du recourant a déclaré que celui-ci dispose ainsi d'une part de 1/6 sur le montant de 140 millions de pesetas, le reste étant réparti entre les autres frères et sœurs à parts égales (réponse à la question 14). A. a expressément refusé, "pour des raisons personnelles et pour les problèmes qu'il peut avoir en Espagne", d'indiquer la date d'ouverture du compte, s'il remplaçait un autre compte ouvert antérieurement, les noms et références de la ou des personnes qui en avaient été titulaires ou bénéficiaires depuis 2002 à ce jour et de produire les revenus annuels (mensuels s'ils existent) de ce compte depuis 2002.
En présence d'une relation contractuelle établie par des documents, certes disponibles à ce jour uniquement en photocopie, mais dont la conformité à des originaux ne paraît pas avoir été mise en doute antérieurement et dont la teneur est confirmée par le bénéficiaire (civil) du compte sur lequel sont versés les intérêts passifs, la Cour de céans considère qu'on ne saurait se montrer trop strict quant à l'exigence de preuve pour admettre la réalité du prêt. Le décès du principal bailleur de fonds, l'origine probablement cachée des fonds envers le fisc étranger, l'existence de tensions au sein de la famille en rapport avec le placement durable des fonds prêtés ainsi que la production de justificatifs jugés suffisants au cours des procédures antérieures, dont on ne dispose plus aujourd'hui, doivent conduire à admettre la réalité des prêts invoqués. On ne saurait en particulier, sans élément de fait précis, partir du point de vue que la totalité des sommes annoncées comme emprunts constitue la fortune personnelle du recourant. Il y a également lieu d'admettre que les intérêts versés sur le compte ouvert auprès de la Banque S. sont bien destinés à rémunérer les prêts consentis à concurrence de 140 millions de pestas par la mère du recourant. La dette et les intérêts passifs y afférents doivent être admis en déduction à concurrence de 5/6, la part de 1/6 restante devant être attribuée au recourant. Cette clé de répartition s'appliquera à l'entier de la dette et des intérêts, étant admis que les créanciers A. et Z., respectivement frère et sœur du recourant, peuvent apporter, au cas où les intérêts sur leur prêt personnel doivent être calculés différemment, les preuves nécessaires en établissant les attestations requises à l'attention de leur frère.
Il découle de ce qui précède que le recourant a commis une soustraction en matière d'impôt direct cantonal et communal et d'impôt fédéral direct, dès l'année 2001 qui marque l'entrée en jouissance de sa part à la succession de sa mère, pour un montant correspondant à 1/6 de la dette et des intérêts passifs qu'il a fait valoir en déduction, et doit être sanctionné par le prononcé d'une amende, d'un rappel d'impôt avec calcul des intérêts moratoires, mais pour un montant réduit à 1/6 des sommes retenues dans les décisions querellées. Il y a lieu par ailleurs de procéder à un rappel d'impôt pour les années 2002 à 2006 et à la perception d'intérêts moratoires, également pour un montant réduit à concurrence de 1/6. Le recours doit donc être partiellement admis, dans ce sens.
6. Pour la fixation des frais, la Cour de céans tiendra compte du fait que le recourant, s'il obtient partiellement gain de cause, est largement responsable de la longueur inhabituelle de la procédure devant l'intimé et devant l'instance judiciaire. Les preuves qu'il a lui-même offertes depuis 2007 n'ont pu être administrées qu'à grand peine et sans qu'il paraisse avoir cherché personnellement à remédier à ce qu'il qualifie d'une violation de son droit d'être entendu. Au contraire, ses multiples demandes de prolongation de délai, ses déclarations contradictoires quant aux rapports avec ses cohéritiers, la laborieuse mise en place de l'audition de son frère pourtant réclamée haut et fort depuis la réclamation, ont contribué à compliquer et ralentir l'administration de preuves qui lui incombe. Compte tenu de la valeur litigieuse, l'émolument de décision sera fixé à 2'000 francs, dont le recourant supportera les trois quarts par 1'500 francs, somme à laquelle s'ajoutent les frais de traduction par 934 francs. Cette somme sera imputée sur ses avances de frais de 550 francs et 3'000 francs, dont le solde lui sera restitué.
Compte tenu de la difficulté d'administration des preuves depuis le début de la procédure, les dépens sont limités à une indemnité réduite de 100 francs.
Par ces motifs,
LA COUR DE DROIT PUBLIC
1. Admet partiellement le recours et annule les décisions sur réclamation du 9 février 2009 et les décisions de taxation et en soustraction du 12 septembre 2008 pour l'impôt direct cantonal et communal et pour l'impôt fédéral direct des années 1999 à 2006.
2. Renvoie le dossier au Service intimé pour qu'il procède à la taxation desdites années au sens des considérants.
3. Met à la charge du recourant un émolument de décision de 1'500 francs et les débours par 934 francs, montants imputés sur son avance de frais dont le solde lui sera restitué.
4. Alloue au recourant une indemnité de dépens de 100 francs.
Neuchâtel, le 18 février 2013
1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
celui qui, tenu de percevoir un impôt à la source, ne le retient pas ou ne retient qu'un montant insuffisant, que ce soit intentionnellement ou par négligence,
celui qui, intentionnellement ou par négligence, obtient une restitution d'impôt illégale ou une remise d'impôt injustifiée,
est puni d’une amende.
2 En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
3 Lorsque le contribuable dénonce spontanément la soustraction, avant que l'autorité fiscale en ait connaissance, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait.