A. La société X. SA, à [...] NE, selon le registre du commerce, a été constituée le 17 mai 1974. Son but est l'exécution de tous travaux dans les domaines de la pose de matières lumineuses et de vernis, le développement, la construction et la vente de machines, outils et instruments. Son administrateur depuis 1997 est R., qui en est l'actionnaire unique depuis cette date. Il est également l'associé gérant de la société G. Sàrl, située à […] VD, constituée le 30 mai 2007 et dont le but est la création de logiciels, la cession de licences et toutes activités dans le domaine de l'informatique, ainsi que la gestion d'entreprise. Jusqu'en 2006, R. était administrateur unique de la société M. SA, à [...] NE, une société qu'il a vendue et qui a ensuite déplacé son siège à [...] ZH. Le but de cette société était la production, la commercialisation et la vente de produits électroniques ainsi que des travaux d'étude et d'engineering dans le domaine électronique.

Dans ses comptes de l'exercice 2007, la société X. SA a fait valoir une charge de 117'260 francs au titre de frais et redevances de licences. Sur requête du Service des contributions, Office de taxation des personnes morales et de révision (ci-après OTPM), la société a précisé en substance, par son mandataire, que cette charge correspondait à une prestation anciennement assurée par la société M. SA et désormais par la société G. Sàrl en fonction du but de cette société. Requis, le 13 janvier 2009, de produire des éléments supplémentaires sur les travaux et service fournis, les factures y afférentes, une copie des contrats de la société X. SA avec la société G. Sàrl et les comptes de cette société, le mandataire a porté au dossier, par lettre du 29 janvier 2009, une convention du 1^er octobre 2007 entre la société X. SA et la société G. Sàrl, une facture de 110'400 francs de celle-ci en application de cette convention et précisé que jusqu'à fin 2005, la société X. SA avait payé environ 120'000 francs par année à la société M. SA avant d'orienter ses activités différemment. Il n'a pas remis les comptes de la société G. Sàrl. L'OTPM a relevé, le 30 avril 2009, que les redevances avaient été payées pour toute l'année 2007 alors que la société G. Sàrl avait été inscrite au registre du commerce le 30 mai 2007 et que son bilan (apparemment requis du canton de siège) ne faisait pas état d'actifs immobilisés, de droits de licence ou de logiciels informatiques, que son compte de pertes et profits ne contenait aucune charge salariale ou frais se référant à une maintenance informatique, que R. avait signé la convention du 1^er octobre 2007 à la fois pour la société X. SA et la société G. Sàrl, de sorte que cette société n'avait apparemment pas les moyens de fournir des prestations de maintenance facturées durant l'exercice 2007. La propriété effective des logiciels n'avait pas été établie, de sorte que les frais et redevances représentaient une charge non justifiée commercialement qui devait être ajoutée au bénéfice imposable de la société X. SA comme prestation à une société sœur ou à l'actionnaire. Informé de l'intention du canton de Neuchâtel de procéder au redressement des bénéfices de la société X. SA, l'administration fiscale du canton de Fribourg a répondu, le 11 mai 2009, que la taxation 2007 de la société G. Sàrl était en force et ne serait pas modifiée. Dans le délai fixé pour exercer son droit d'être entendue, la société X. SA a fait valoir, le 18 mai 2009, que les programmes informatiques de gestion d'entreprise qu'elle utilisait étaient la propriété de R. et qu'elle était disposée, tout comme celui-ci, à ce qu'un expert de l'autorité ou externe vérifie sa qualité de propriétaire. R. avait cédé à la société G. Sàrl les droits de licence d'utilisation et de maintenance de ces logiciels en vue de leur exploitation. La société avait commencé ses activités dès le 1^er janvier 2007, avant même son inscription au registre du commerce. N'étant pas propriétaire des programmes, elle ne pouvait comptabiliser ses droits d'exploitation, limités dans le temps et susceptibles de lui être retirés d'année en année. La société X. SA a évoqué un accord passé en 1997 avec l'autorité fiscale neuchâteloise aux termes duquel le salaire de R. avait été plafonné, en faisant valoir qu'il avait été respecté quand bien même les résultats de la société X. SA et sa rentabilité s'étaient nettement améliorés. La société a demandé à être taxée selon sa déclaration d'impôt. Une décision de taxation a été notifiée le 21 juillet 2009, pour l'impôt direct cantonal et communal. La notification de taxation pour l'impôt fédéral direct n'est justifiée que par un extrait informatique au dossier. Le 14 août 2009, le mandataire de la société a demandé à l'autorité fiscale si le salaire convenu avec R. était maintenu compte tenu des changements législatifs survenus au niveau fédéral. La réponse ne figure pas au dossier. Le 31 août 2009, la société X. SA a fait réclamation à l'encontre de la décision de taxation, en soutenant qu'elle n'aurait pu continuer ses activités de manière à pérenniser les emplois sans s'associer les services de la société G. Sàrl. Son bénéfice n'avait cessé d'augmenter depuis dix ans, elle utilisait des logiciels propriété de R., qui avait cédé certains droits à la société G. Sàrl, laquelle pouvait les utiliser avant même son inscription au registre du commerce. L'objectif était de commercialiser ces logiciels envers d'autres entreprises. La société X. SA a rappelé ses offres de preuve pour établir la propriété effective des logiciels et reconnaître qu'ils ne pouvaient être pleinement utiles si leur maintenance n'était pas assurée. Cette tâche était assumée par la société G. Sàrl et cette société n'avait aucune obligation de verser des salaires ou un dividende. La société X. SA a conclu à la reconnaissance du caractère de charge commercialement justifiée des frais et redevances de licence.

L'OTPM a rejeté la réclamation le 14 septembre 2009. Il a retenu que les logiciels étaient intimement liés à l'exploitation de la société X. SA. S'ils avaient été développés par R., c'était dans le cadre de son activité de salarié, de sorte que leur propriété effective revenait à la société X. SA. Les comptes de la société G. Sàrl ne contenaient aucune mention de ces droits ni de charge de salaire et la société X. SA avait exercé ses activités sans l'assistance de la société G. Sàrl par le passé. Les frais et redevances de 117'260 francs comptabilisés correspondaient, à concurrence de 110'400 francs versés à la société G. Sàrl pour des services informatiques, à une distribution dissimulée de bénéfice à mesure qu'elle n'avait pas les moyens de fournir les prestations facturées et que la propriété effective des logiciels n'était pas établie. Il s'agissait d'une prestation envers un proche de l'actionnaire.

B. La société X. SA défère cette décision au Tribunal fiscal par recours du 15 octobre 2009, en demandant son annulation et une taxation conforme à sa déclaration. Elle fait valoir que dans la mesure où le redressement effectué ne tient pas compte d'une provision pour impôt, la décision doit de toute manière être annulée, mais qu'elle doit également l'être du fait que les bases de l'intervention de la société G. Sàrl et de sa rémunération ont été dûment établies et ne constituent pas une distribution dissimulée de bénéfice. Elle reproche à l'autorité intimée d'avoir fixé les bases du redressement en se fondant sur la seule réunion chez R. de la qualité d'actionnaire de la société X. SA et d'associé gérant de la société G. Sàrl, sans accepter les preuves proposées, et signale verser des redevances pour l'utilisation d'autres logiciels à des sociétés tierces. Elle en utilise six mis à disposition par la société G. Sàrl en respectant le cadre contractuel convenu. La recourante demande une médiation et conclut, en cas d'échec, à l'octroi de l'effet suspensif de manière à assurer la restitution de la part d'impôt afférente au redressement.

C. L'intimé, dans sa détermination du 27 novembre 2009, admet une provision de l'ordre de 25'000 francs mais maintient le principe du redressement. En rapport avec l'accord de 1997 relatif à la rémunération de R., il précise qu'il s'agit d'une note manuscrite du taxateur pour l'année 1998. L'organe de contrôle demandait alors d'augmenter le salaire annuel à 360'000 francs compte tenu d'une rémunération de 125'000 francs versée par la société M. SA. Le bénéfice de la société X. SA s'élevait en 1998 à 213'662 francs et le dividende escompté était de 140'000 francs. Rien n'indiquait une activité de R. à temps partiel. Depuis 2007, suite au départ du canton de la société M. SA, R. n'était salarié que de la recourante, avec un salaire brut de 306'000 francs pour 2007 et 2008 respectivement. L'autorité fiscale se réfère pour le surplus à sa décision sur réclamation et propose le rejet du recours, sous réserve de la provision, sous suite de frais.

La recourante réplique qu'un accord a été passé avec l'intimé concernant le salaire de R. et produit copie d'une correspondance de sa part du 5 mai 1997 à l'administrateur-adjoint fixant les modalités de la rémunération convenue. Elle produit également copie d'une lettre de l'OCTM à son mandataire du 12 septembre 2000, faisant état de divers redressements sur ses résultats 1997 et 1998, notamment des redevances de licence versées à la société M. SA. Il y est précisé que R. ne désire pas modifier l'accord sur son salaire et que celui-ci restera fixé à 300'000 francs par an.

L'intimé duplique et nie avoir elle-même limité définitivement le salaire de R. Il produit l'annexe à la déclaration d'impôt fribourgeoise de l'intéressé qui indique, pour ses frais professionnels, exercer son emploi à 100 % pour la société X. SA.

La recourante produit un courriel de sa fiduciaire à l'autorité fiscale expliquant que le système informatique impose l'indication d'un emploi à 100 %, une information que l'intimé aurait celé. Comme la société G. Sàrl ne verse aucun salaire à R., l'indication d'un salaire à 100 % auprès de la société X. SA aurait été adéquate. Elle précise que c'est suite au départ dans le canton de Zurich de la société M. SA que R. a constitué la société G. Sàrl pour développer et commercialiser des logiciels informatiques. Elle reproche à l'intimé de ne pas avoir rétrocédé la part d'impôt litigieuse et à ses yeux perçue à tort et demande l'application d'un taux d'intérêt rémunératoire plus élevé. Elle requiert à nouveau l'effet suspensif et propose l'audition des parties.

D. Lors d'une audience le 4 juin 2010, les parties sont entendues et leurs déclarations verbalisées. Dans le délai imparti pour des preuves complémentaires éventuelles, pour préciser les preuves requises et, pour la recourante, confirmer sa requête d'expertise et fournir les références d'experts potentiels, l'intimé fait valoir par lettre du 18 juin 2010 que les développements informatiques réalisés par R. ne peuvent être qualifiés juridiquement de droits de propriété intellectuelle et qu'aucune demande ne paraît avoir été déposée auprès de l'Institut fédéral de la propriété intellectuelle. Ces développements ne pourraient du reste pas bénéficier de la protection d'un brevet. Les seules allégations de la recourante ou une attestation authentique ne suffisent pas pour admettre que les redevances payées constituent la contre-partie de l'utilisation de droits immatériels. L'autorité fiscale estime qu'il conviendrait dans un premier temps de définir sur le plan technique les développements faits par R. qui, s'ils relevaient de la propriété intellectuelle, devaient faire l'objet de demandes de protection conformément à la loi sur les brevets ou les droits d'auteur. Il signale que certaines redevances sont versées directement à R. et non à la société G. Sàrl selon la déclaration d'impôt fribourgeoise de l'intéressé, sans que les raisons en soient connues, et maintient pour le surplus ses conclusions. Le 24 juin 2010, la recourante signale par son mandataire n'avoir eu aucun contact avec l'intimé pour déterminer les points sur lesquels une déclaration sous serment complémentaire permettrait d'éclaircir la situation de fait, en déduit que l'intimé considère que les pièces déposées sont suffisantes et propose le nom d'un expert au cas où le Tribunal jugerait utile d'en désigner un. Le 7 juillet 2010, répondant à la lettre de l'intimé du 18 juin 2010, la recourante fait valoir que l'existence de logiciels informatiques ne dépend pas de leur enregistrement auprès de l'institut fédéral de la propriété intellectuelle et précise que les "redevances USA" touchées par R. n'ont aucun rapport avec la procédure pendante. Le 15 juillet 2010, l'intimé informe le Tribunal que l'attestation authentique produite ou toute autre attestation authentique complémentaire ne sera pas considérée comme déterminante. Il estime que l'autorité judiciaire dispose de tous les éléments pour apprécier le cas, qu'une expertise ne modifiera pas ses conclusions et renvoie à ses observations complémentaires du 18 juin 2010.

E. Après s'être assuré qu'il n'existait pas de motifs de récusation, le Tribunal fiscal désigne comme expert par ordonnance du 6 octobre 2010 T., professeur à l'Ecole A., pour répondre à un questionnaire soumis antérieurement aux parties. Les questions complémentaires de la recourante sont prises en compte, l'intimé ne s'exprime pas. Le dossier est transmis à l'expert le 22 octobre 2010 et le rapport d'expertise rendu le 31 janvier 2011. Un double est transmis aux parties pour contre-questions le 17 février 2011, sans susciter de réaction. Un délai pour détermination sur l'expertise est octroyé par lettre du 10 novembre 2011, sans susciter de remarques additionnelles des parties.

C O N S I D E R A N T

en droit

1. a) Atteinte par la décision attaquée, la recourante a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 32 let. a de la loi sur la procédure et la juridiction administratives du 27.06.1979, LPJA). Interjeté dans les formes et délai légaux (art.35 LPJA, 216 al.2 LCdir), le recours est recevable.

b) Le Tribunal fiscal ayant été dissous avec effet au 31 décembre 2010 par la loi du 27 janvier 2010 portant adoption d'une nouvelle organisation judiciaire neuchâteloise et adaptation de la législation cantonale à la réforme de la justice fédérale, la Cour de droit public du Tribunal cantonal est compétente pour traiter du présent recours (art. 216 al. 1 LCdir dans sa teneur selon la nouvelle loi du 27.01.2010, annexe 7).

c) La taxation pour l'exercice 2007 a été notifiée, selon les extraits informatiques au dossier, pour l'impôt direct cantonal et communal et pour l'impôt fédéral direct le 21 juillet 2009. La recourante a fait réclamation le 31 août 2009 en rapport avec "la" taxation fiscale 2007 et ne se réfère qu'à une décision reçue le 10 août 2009. Ses conclusions portent sur la rectification de "la" taxation. La décision sur réclamation admet la réclamation en raison des féries (sic) et ne se prononce pas sur l'impôt concerné. Le recours ne se réfère pas non plus à un impôt déterminé, mais on peut inférer du montant d'impôt dont la recourante demande la rétrocession qu'elle considère que l'impôt fédéral direct est également litigieux. Or, les féries judiciaires ne s'appliquent pas en matière d'impôt fédéral direct (Archives vol. 56, p. 643 = RDAF 1989, p. 352, cons. 2b, RF 2004, p. 140, cons. 2.2 cités par Casanova in Yersin / Noël, Commentaire romand, LIFD, Bâle 2008, ad art. 133 no 9, p. 2833 et ad art. 140 no 22, p. 1311) et jusqu'à une jurisprudence récente de la Cour de céans (arrêt du 05.09.2011 [CDP.2008.376] modifiant la jurisprudence du Tribunal fiscal) pas non plus au niveau de la réclamation en matière d'impôt direct cantonal et communal. Néanmoins, l'intimé a admis la réclamation sur le plan cantonal et communal, en faveur de la recourante, et il n'y a pas lieu d'y revenir. Par contre, en matière d'impôt fédéral direct, à mesure que la réclamation aurait été tardive, que la décision sur réclamation et le recours, ce dernier interjeté par un mandataire professionnel, ne se prononcent pas sur cet impôt, il y a lieu de considérer qu'il n'est pas visé par la présente procédure.

d) La loi sur les contributions directes du 20 mars 2000 (LCdir) est applicable. Toutefois, lorsque sur le plan fiscal le droit cantonal a instauré le même système d'imposition que le système fédéral et qu'il s'agit d'un domaine soumis à la loi d'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 (LHID), le droit cantonal doit être interprétée en tenant compte du fait que la LHID tend, pour les impôts directs, aussi bien à une harmonisation horizontale que verticale en vue de laquelle la loi sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 (LIFD) constitue un élément d’interprétation important (RF 59/2004, p. 346, cons. 6 et références citées), sans qu’il soit strictement obligatoire (RF 60/2005, p. 129 = StE 2005 A 23.31 no 9). En matière d'imposition des bénéfices des sociétés anonymes, le droit cantonal a la même teneur que le droit fédéral, de sorte que l'exposé des dispositions applicables peut se faire pour les deux impôts. Les références jurisprudentielles et doctrinales de droit fédéral s'appliquent également en matière d'impôt direct cantonal et communal.

2. La recourante demande que le recours soit assorti de l'effet suspensif et que le Tribunal fiscal, respectivement la Cour de droit public qui l'a absorbé, ordonne à l'autorité fiscale la rétrocession de l'impôt qu'elle estime avoir payé à tort. Le recours a un effet suspensif (art. 40 al. 1 LPJA) et il ne peut pas être retiré aux recours dirigés contre une décision portant sur une prestation en argent (art. 40 al. 4 LPJA).

Contestée, une décision de taxation ne déploie donc pas d'effet contraignant à mesure qu'elle n'est pas entrée en force. L'impôt ne pourra dans ce cas qu'être perçu à titre provisoire et n'est pas susceptible d'être encaissé par voie de poursuites. L'autorité pourra cas échéant demander des sûretés (dans ce sens, cf. Oberson in OREF 2005, Les procédures en droit fiscal, p. 728). Si toutefois le contribuable décide de son propre chef d'acquitter l'impôt, il ne peut ensuite requérir de l'instance judiciaire qu'elle ordonne durant la procédure de recours le remboursement du montant qu'il a librement versé. Et ce même si les taux d'intérêts rémunératoire lui paraissent trop bas. La conclusion du recourant portant sur la rétrocession des montants payés en trop est rejetée.

3. Le bénéfice net imposable de la société est imposé sur le plan cantonal (impôt direct cantonal et communal; art. 83 ss LCdir) et fédéral (impôt fédéral direct; art. 57 ss LIFD). La loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) ne donne qu'un cadre général à la détermination du bénéfice imposable, en disposant que les charges justifiées par l'usage commercial peuvent être portées en déduction des recettes (art. 24 al. 1 LHID). Les règles de la LCdir et de la LIFD sont plus précises et ont une teneur identique. Conformément aux articles 58 LIFD et 84 LCdir, le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent (lit. a) et tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, notamment les amortissements et les provisions (let. b, deuxième tiret).

Le droit fiscal se fonde, pour l'imposition du bénéfice des personnes morales, sur les résultats tels qu'ils ressortent des comptes (art. 84 LCdir, qui correspond à l'article 58 LIFD; principe de la force obligatoire du bilan commercial à des fins fiscales ou "Massgeblichkeitsprinzip"). Les autorités fiscales sont donc tenues de se fonder sur les comptes annuels approuvés par les organes de la société, sauf si elles sont autorisées à s'en écarter en application d'une norme fiscale particulière (Blumenstein / Locher, System des Steuerrechts, Zurich 2002, p. 269 et réf. jurisprudentielles citées, sp. Archives vol. 63, p. 208, 215 et autres références).

L'article 58 al. 1, let. b, 5^ème tiret LIFD et l'article 84 al. 1, let. b, 6^ème tiret LCdir permettent de réintégrer au bénéfice imposable des charges qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, en particulier les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial. La justification commerciale d'une dépense dépend de son contexte et de toutes les circonstances du cas d'espèce. Selon la jurisprudence constante, une dépense dûment comptabilisée est justifiée par l'usage commercial lorsqu'il existe entre celle-ci et l'activité commerciale exercée par l'entreprise une connexité objective. En l'occurrence, cette connexité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial. Peu importe en revanche que la dépense soit effectuée dans l'intérêt de l'entreprise, ou soit même réellement nécessaire. Pour en juger, l'administration ne saurait substituer sa propre appréciation à celle du contribuable (Danon in Yersin / Noël, Commentaire romand, LIFD, Bâle 2008, ad art. 57-58 no 65, p. 735).

En principe, une société peut conclure des contrats de droit privé avec ses actionnaires comme elle le ferait avec n'importe quel tiers. Dans la mesure où le bénéfice d'une société anonyme est imposé à la fois dans le chef de la personne morale, puis dans celui de son actionnaire lors de sa distribution, il y a double imposition économique. L'actionnaire peut être tenté d'effectuer avec la société des transactions à des conditions s'écartant des valeurs du marché afin de réduire le bénéfice de la personne morale. Une prestation entre la société et son actionnaire doit être qualifiée de distribution dissimulée de bénéfice lorsqu'il apparaît qu'elle repose en réalité sur le rapport de participation. Dans la mesure où une société accorde à un actionnaire ou à une personne le touchant de près des avantages qu'elle n'aurait pas consentis à des tiers, et qu'elle s'écarte ce faisant des prix de pleine concurrence qui doivent régir les rapports entre eux (principe dit "at arm's length"), elle effectue en faveur de l'actionnaire une prestation appréciable en argent qui doit être réintégrée dans son bénéfice imposable (art. 84, let. b, 6^ème tiret LCdir, 58 al. 1 let. b, 5^ème tiret LIFD). La prestation constituera ensuite, dans le chef de l'actionnaire bénéficiaire, un revenu de participation. Tel est le cas, selon le Tribunal fédéral, lorsqu'une attribution est faite par la société sans contre-prestation équivalente, à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près et qui n'aurait pas été consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 131 II 593, cons. 5.1, p. 607); il faut encore que le caractère insolite de cette prestation soit reconnaissable par les organes de la société (ATF 119 Ib 431, cons. 2b, p. 435 et autres références citées dans l'arrêt du TF du 11.01.2010 [2C_421/2009], cons. 3.1) et qu'elle ne s'explique que par la position de l'actionnaire (RF 2005, p. 24). La mesure de la disproportion doit s'apprécier en tenant compte de toutes les circonstances du cas concret (Brülisauer / Kuhn, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Bâle 2002, no 110 ad art. 58, p. 676, qui mentionne la pratique zurichoise d'une différence minimale de 25 %). Selon le Tribunal fédéral, la valeur du marché est la mesure objective de la contre-prestation à laquelle aurait consenti le bénéficiaire de la prestation. S'il existe un prix du marché et que des transactions similaires ont été conclues avec un tiers, ce sont les conditions de ces transactions qui sont déterminantes. Si aucune comparaison avec des données disponibles n'est possible, il convient de déterminer une valeur fictive de comparaison (Danon, op. cit., ad art. 57-48, no 111 et 112, p. 747). L'intention d'octroyer une distribution dissimulée de bénéfice n'est pas toujours déterminante. L'élément subjectif de la prestation appréciable en argent est incorporé dans le caractère "manifeste" ou reconnaissable de la disproportion entre prestation et contre-prestation (Danon, op. cit. ad art. 57-58 no 140, p. 754 s., avec références à Locher, Kommentar DBG, Bâle et Therwil 2004, II^ème partie, ad art. 58 no 100, p. 283). Le contribuable conserve toujours la faculté de démontrer que la prestation octroyée est, au regard du cas d'espèce, conforme au principe de la pleine concurrence.

Le versement d'un salaire disproportionné accordé à un actionnaire-directeur constitue une situation classique de distribution dissimulée de bénéfice. L'employeur dispose certes d'une liberté d'appréciation étendue dans la fixation du salaire de son personnel et, pour déterminer si malgré cette liberté, l'on a affaire à une rémunération excessive constituant une distribution dissimulée de bénéfice, il convient de prendre en compte l'ensemble des circonstances du cas d'espèce, étant précisé qu'il n'appartient pas à l'administration fiscale de substituer sa propre appréciation en matière de salaire à celle de la société (conditions rappelées dans l'arrêt du TF du 19.05.2010 [2C_30/2010], cons. 2.2).

Le droit fiscal suisse ne connaît pas de régime spécial pour les groupes des sociétés. Les opérations entre les sociétés d'un groupe doivent intervenir comme si elles étaient effectuées avec des tiers dans un environnement de libre concurrence (principe du "dealing at arm's length"). Cela vaut tant pour le choix des formes juridiques que pour la fixation des montants (ATF 119 Ib 116, cons. 2, p. 119 cité dans l'arrêt du TF du 09.06.2009 [2C_895/2008]). La prestation entre deux sociétés ne peut pas être appréciée du point de vue du groupe dont fait ou font partie la ou les personnes morales concernées (Locher, op. cit., ad art. 58, no 98, p. 281).

En principe, en présence de transactions entre deux sociétés-sœurs qui s'écartent des règles de la pleine concurrence, le bénéficiaire de la prestation est l'actionnaire bénéficiaire et non la société sœur (théorie du bénéficiaire direct applicable en matière d'impôts directs, la théorie du triangle étant applicable en matière d'impôt anticipé [Danon, op. cit., ad art. 57-58 no 172 ss, p. 764 ss]). Il incombe en principe aux autorités fiscales d'apporter la preuve qu'une prestation de la société a été effectuée sans contre-prestation ou sans contre-prestation correspondante. Si elles ne peuvent apporter cette preuve, elles doivent en supporter les conséquences (RF 64/2009 p. 834 avec renvoi). Si par contre l'autorité fiscale a établi une disproportion entre la prestation et la contre-prestation, il appartient à la société contribuable de renverser la présomption ainsi fondée et de prouver le caractère commercialement justifié du poste de charge concerné. Si elle ne peut l'apporter, elle en supporte les conséquences (arrêt précité du TF du 19.05.2010 [2C_30/2010], cons. 2.3, avec nombreuses références).

4. En l'espèce, selon les déclarations de R. en audience, il a repris en 1996 la direction de la société X. SA, anciennement D. SA, une entreprise familiale dont il avait acquis une partie des actions en 1982/83. Il avait acquis simultanément une partie des actions de la société M. SA, dont l'activité consistait en l'élaboration de logiciels pour des serrures de sécurité pour une entreprise tierce. D'entente avec l'autorité fiscale lors de la reprise de la totalité des actions de la société X. SA et de la société M. SA, selon lettre de ces deux sociétés à l'autorité fiscale du 5 mai 1997 contresignée le 13 mai 1997 par l'administrateur adjoint du Service des contributions, il a été convenu qu'il bénéficierait d'un salaire annuel brut de 300'000 francs de la société X. SA. L'accord prévoyait d'autres modalités, notamment la réalisation d'un bénéfice annuel d'environ 60'000 à 70'000 francs imposables pour la société X. SA. Le 9 mars 1999, le mandataire de la société X. SA et de R. a demandé à l'autorité fiscale que celui-ci puisse porter son salaire de la société X. SA à 400'000 francs par année compte tenu du développement de l'entreprise et de l'augmentation de son bénéfice. Le mandataire a précisé que l'intéressé recevait de la société M. SA un salaire annuel de 124'000 francs net environ. La demande porte une mention manuscrite de l'administrateur adjoint du Service des contributions du 9 mars 1999 indiquant que le salaire est plafonné à 360'000 francs brut compte tenu du salaire de 125'000 francs versé par la société M. SA. Il ressort d'une lettre de l'OTPM du 12 septembre 2000 concernant les rapports entre la société X. SA, la société M. SA et R., que les redevances de licences versées à la société M. SA ont fait l'objet d'un examen fondé sur des éléments de fait objectifs complétés par des réquisitions, notamment le contrat de travail entre R. et la société M. SA, avec diverses informations relatives à l'invention rémunérée. Le salaire de 300'000 francs versé par la société X. SA y est mentionné et l'autorité fiscale prend note que l'intéressé ne souhaite pas le modifier.

En 2002, R. a transféré son domicile de [...] NE à […] VD. En 2006, il a vendu la société M. SA à un tiers et la société a déplacé son siège hors de [...] NE. En mai 2007, il a constitué la société G. Sàrl à […] VD. Le 1^er octobre 2007, la société X. SA et la société G. Sàrl ont conclu une convention portant sur l'utilisation par la première de logiciels dont la seconde assumait la gérance et la maintenance, liste non exhaustive et pouvant s'étendre à d'autres programmes développés dans le futur. La société G. Sàrl a cédé à la société X. SA les droits de licence d'exploitation et de maintenance des logiciels précités, pour un montant de 9'200 francs par mois, coût comprenant la maintenance ainsi que toutes les interventions nécessaires à celle-ci. Cette somme ne couvrait pas les demandes de modifications importantes qui ne pouvaient être raisonnablement liées à une maintenance ordinaire et qui seraient rémunérées sur la base d'un taux horaire fixé par le tarif SIA, sauf convention contraire. Par déclaration devant notaire du 8 octobre 2009 remise à l'autorité fiscale, R. a déclaré qu'il développait des programmes informatiques liés à la gestion d'entreprise, en dehors de ses activités d'administrateur au sein de la société X. SA et d'associé gérant au sein de la société G. Sàrl, sur lesquels il détenait les droits de propriété intellectuelle et de licences. En audience, il a indiqué avoir choisi de mettre à disposition des logiciels de production et d'organisation qu'il développait comme hobby, non pas directement envers la société X. SA qui l'aurait rémunéré de ce fait, mais par l'intermédiaire de la société G. Sàrl, à laquelle il avait cédé certains droits lui appartenant personnellement. Ces logiciels seraient théoriquement utilisables par toutes les entreprises qui font de la pose de matière lumineuse et pourraient être adaptés à d'autres activités. Selon les explications de R., son intention était de séparer l'élaboration et la gestion des logiciels de l'activité industrielle, dans l'optique d'une reprise de l'entreprise par un tiers lorsqu'il arrêterait ses activités. Il pourrait alors soit décider de vendre également la société G. Sàrl, soit la conserver et y continuer le développement des logiciels. Il a indiqué que les activités des deux sociétés étaient liées en ce sens que l'une ne pouvait travailler avec la qualité et l'organisation qui avaient toujours été les siennes que si l'autre était associée à ces activités, ce lien n'existant qu'en exécution de la décision de leur propriétaire commun. Il était toutefois possible d'aliéner une entreprise sans l'autre. R. a indiqué avoir développé dans un premier temps les programmes mis à disposition de la société X. SA sans être rémunéré, une pratique qu'il a affirmé avoir suivie également envers d'autres clients, et d'avoir ensuite facturé ses interventions une fois que les logiciels s'étaient révélés efficaces. Il a confirmé que la société G. Sàrl ne possédait pas la propriété des logiciels, mais uniquement le droit de les exploiter.

Dans son exercice 2007, la société X. SA a fait valoir au titre de frais généraux un montant de 117'260 francs comme frais et redevances de licences, contre 1'236 francs l'année précédente. Cette somme a bénéficié à la société G. Sàrl à concurrence de 110'400 francs.

Considérant que l'issue du litige dépend de l'appréciation de la valeur des prestations fournies par la société G. Sàrl, par l'intermédiaire de R., le Tribunal fiscal a confié à un expert neutre le soin de répondre à un questionnaire élaboré par l'instance judiciaire et complété par les questions des parties. Il a été convenu de procéder à un examen sur le site de la recourante et que l'expert entende R. en sa qualité personnelle, comme concepteur et réalisateur des logiciels confiés sous licence à la société G. Sàrl, qui les a elle-même implantés, par son intermédiaire, chez la société X. SA.

5. L'expert a rencontré R. lors d'une réunion avec les parties sans le magistrat instructeur, dans les bureaux de la société X. SA. Il a veillé à distinguer à quel titre R. s'exprimait dans le cadre de l'expertise. Il a conclu que ce dernier lui paraît bien être l'auteur-propriétaire des logiciels mis à disposition de la société X. SA à mesure qu'il les connaît bien et les maîtrise, peut répondre lui-même aux questions posées et effectuer les démonstrations proposées. L'expert a détaillé sept logiciels utilisés et les fonctions qu'ils permettent d'assurer et conclu que la couverture fonctionnelle assurée est très complète et permet d'assurer la gestion de la production assistée par ordinateur (GPAO), le système d'information de gestion des ressources humaines (SIGRH) et une partie de la gestion financière, et que deux logiciels "métiers" complètent le système d'information informatisé de la recourante. Il a estimé que l'existence des logiciels sous licence la société G. Sàrl auprès de la société X. SA était établie, que la convention entre les deux sociétés pouvait constituer un cadre de licence de type CLUF (contrat d'utilisateur final), selon le modèle d'activité des entreprises éditrices de logiciels consistant en la vente de droits d'utilisation (d'exploitation) des fichiers exécutables qui représentent le logiciel. Selon l'expertise, il s'agit de fichiers créées à partir de fichier(s)s source(s) et constitués d'instructions machines nécessaires à l'exécution du logiciel. L'expert a précisé que la maintenance logicielle visait à maintenir ou à rétablir un logiciel dans un état spécifié afin qu'il soit en mesure d'assurer un service déterminé, la maintenance regroupant les actions de dépannage (redémarrage) et de réparation, de réglage, de révision (adaptation d'une version en fonction d'une nouvelle version de système d'exploitation), de contrôle et de vérification (rapport d'expertise, p. 6 et 7). De l'avis de l'expert, en se fondant sur la présomption de la loi fédérale sur les droits d'auteur selon laquelle celui qui est désigné par auteur l'est effectivement jusqu'à preuve du contraire, R. est le concepteur et le réalisateur de ces logiciels (rapport d'expertise, p. 8, 9, 10 et 11), de par l'expérience, l'historique, les réponses fournies et surtout la connaissance très pointue de toutes les fonctionnalités des produits examinés. La valeur vénale de la prestation fournie a été estimée par l'expert à un coût de production initial de 665'600 francs et la facturation de 90'000 francs par année a été jugée correcte, compte tenu de l'expérience de R., voire inférieure à ce que pourrait facturer la société G. Sàrl au vu des fonctionnalités et du nombre de logiciels installés dans l'entreprise. L'expert a estimé (p. 13 du rapport d'expertise) que les logiciels étaient très adaptés et optimisaient l'outil de production de la société X. SA, laquelle ne pourrait pas atteindre un rendement aussi élevé et verrait sa productivité affaiblie s'ils venaient à manquer. L'importance de ces logiciels était aussi démontrée par le fait que les données manipulées étaient soumises à un plan de sauvetage sérieux. L'expert a estimé qu'il était vraisemblable que pour atteindre la couverture fonctionnelle des sept logiciels fournis par la société G. Sàrl, il faudrait au minimum deux ans de paramétrage/développement sur une autre solution logicielle du marché, avec les coûts et les risques y afférents. Les frais de 100'400 francs n'étaient pas surdimensionnés par rapport à la prestation fournie, ceux-ci étant généralement estimés à 4 % du chiffre d'affaires, montant à pondérer en fonction des investissements, du secteur d'activité de l'entreprise et de l'état de son outil informatique. L'outil informatique de la société X. SA était conforme à une entreprise de type PME et le coût pour faire réaliser une solution semblable par des tiers était supérieur au montant standard des frais qui pourraient être facturés par exemple au titre de frais de licence logiciel et support logiciel, sans compter l'intervention d'un consultant informatique pour paramétrer correctement les produits et répondre aux besoins de la société X. SA (rapport d'expertise p. 16).

L'expert a procédé à un examen fouillé des circonstances de fait justifiant le paiement de redevances par la société X. SA à la société G. Sàrl et ses conclusions, qui n'ont du reste donné lieu à aucune demande ou observation additionnelles des parties, sont convaincantes et seront reprises par la Cour de céans. Il y a lieu d'admettre que le paiement pour l'année 2007 des frais et licences à la société G. Sàrl a bien une contre-partie effective, utile à l'entreprise, que ce paiement est adéquat et conforme aux prix du marché, de sorte que la charge est commercialement justifiée. Ce paiement rémunère une prestation effective, utile à l'entreprise, dans une mesure adéquate par rapport aux conditions du marché. On ne se trouve pas en présence d'une attribution faite par la société sans contre-prestation équivalente, en faveur d'une société sœur, et qui n'aurait pas été consentie à des tiers dans les mêmes circonstances. Il n'y a pas de prestation appréciable en argent au sens de la jurisprudence du Tribunal fédéral mentionnée au considérant 4 ci-dessus.

6. Le Service intimé estime cependant en substance que même si le paiement se rapporte à une prestation effective de R., il devrait être compris dans le salaire versé par la société X. SA, de l'ordre de 300'000 francs brut par année. Il faut relever en préambule que cette approche, qui vise à compenser entre elles les diverses prestations entre actionnaire et société, dans une approche globale, n'est généralement pas admise par le Tribunal fédéral qui applique le principe de l'évaluation individuelle (Danon, op. cit. ad art. 57-58 no 116, p. 749 et références citées). Une appréciation globale est toutefois possible lorsqu'il existe une connexité directe entre les deux prestations et que la compensation concerne des actes juridiques accomplis durant le même exercice, ce que le Tribunal fédéral a admis dans une affaire concernant une prestation appréciable en argent et un apport dissimulé. Dans le présent cas, il n'existe pas de connexité entre le salaire versé, qui a été fixé d'entente avec l'autorité fiscale sur des critères à première vue purement économiques, et les redevances de licence payées. Ce salaire a été fixé en pleine connaissance de l'activité concurrente auprès de la société M. SA, ce qui ressort des documents produits. On ne peut donc présumer, quand bien même le salaire versé par la recourante est élevé, qu'il doit couvrir toutes les prestations que R. pourrait effectuer, à quelque titre que ce soit, en sa faveur. Le salaire fixé au moment de la reprise de toutes les actions de la société n'impose pas de conditions particulières, et comme la recourante le relève à juste titre, les chiffres d'affaires et bénéfice de l'entreprise ont massivement augmenté depuis sa détermination. Or, selon les différentes méthodes utilisées pour calculer un salaire adéquat, la taille de l'entreprise et sa situation financière, notamment l'évolution de son chiffre d'affaires, de ses bénéfices et de ses fonds propres, peuvent justifier une modification de salaire, une augmentation des résultats de l'entreprise pouvant en effet commander de revoir à la hausse la rémunération des cadres dirigeants (Danon, op. cit. ad art. 57-58 no 143, p. 756). Quoi qu'il en soit, et sans se prononcer sur le montant qui serait adéquat pour rémunérer R., la Cour de céans estime qu'en l'espèce et pour l'année 2007, compte tenu des engagements pris antérieurement aussi bien que du principe d'appréciation individuelle qui doit gouverner les relations entre actionnaire et société, il n'y a pas lieu d'effectuer une compensation entre le salaire de R. et les redevances payées à la société G. Sàrl.

7. Le recours est admis et le redressement de 110'400 francs effectué sur le résultat de la société X. SA pour l'exercice 2007 doit être annulé pour l'impôt direct cantonal et communal. Les frais d'expertise seront supportés par l'Etat. La recourante a droit à une indemnité de dépens au sens de l'arrêté temporaire du Conseil d'Etat du 22 décembre 2010, fixant les tarifs des frais, des émoluments de chancellerie et des dépens en matière civile, pénale et administrative. Le mandataire de la recourante a déposé un mémoire d'honoraires global pour la période du 10 août 2009 au 3 novembre 2011 portant sur des honoraires de 3'530.90 francs, des débours par 100 francs et la TVA par 290.80 francs. Or, seule la procédure de recours, consécutive à la réception de la décision sur réclamation du 14 septembre 2009, peut faire l'objet de dépens. La Cour de céans l'estimera ex æquo et bono pour la rédaction du recours, la participation à une longue audience et les démarches liées à l'expertise, à 3'250 francs d'honoraires correspondant à 13 heures d'activité, les frais à raison de 10 % des honoraires [art 42 de l'arrêté] ainsi que 7,6 % de TVA, les activités s'étant déroulées majoritairement avant fin 2010), à un montant arrondi de 3'850 francs. L'avance de 3'000 francs pour l'expertise effectuée par le recourant lui sera remboursée, ainsi que son avance de frais pour la procédure par 550 francs.

Par ces motifs,
la Cour de droit public

1. Admet le recours et annule la décision sur réclamation du 14 décembre 2009 et la taxation pour l'impôt direct cantonal et communal du 21 juillet 2009.

2. Rejette toute autre conclusion.

3. Ordonne le remboursement à la recourante de son avance de 550 francs et de l'avance de frais pour l'expertise de 3'000 francs.

4. Alloue à la recourante une indemnité de dépens de 3'850 francs.

5. Dit que les frais d'expertise seront supportés par l'Etat.

Neuchâtel, le 15 décembre 2011

Art. 57 LIFD

L’impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net.

Art. 58 LIFD

En général

¹ Le bénéfice net imposable comprend:

le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l’exercice précédent;

tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l’usage commercial, tels que:

–

les frais d’acquisition, de production ou d’amélioration d’actifs immobilisés;

–

les amortissements et les provisions qui ne sont pas justifiés par l’usage commercial;

–

les versements aux fonds de réserve;

–

la libération du capital propre au moyen de fonds appartenant à la personne morale, à condition qu’ils proviennent de réserves constituées par des bénéfices qui n’ont pas été imposés;

–

les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l’usage commercial;

les produits qui n’ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l’art. 64. Le transfert à l’étranger du siège, de l’administration, d’une entreprise ou d’un établissement stable est assimilé à une liquidation.

² Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n’établissent pas de compte de résultats se détermine d’après l’al. 1 qui est applicable par analogie.

³ Les prestations que des entreprises d’économie mixte remplissant une tâche d’intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d’une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d’une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.