A. X. est propriétaire du bien-fonds no [aaaa] du cadastre de La Chaux-de-Fonds, sur lequel se trouvait, jusqu'en 2010, une ancienne carrière remplie de déchets divers constituant un site pollué au sens de la législation sur les déchets. Dans le cadre de sa politique d'assainissement des dolines, carrières ou combes situées sur son territoire, la Ville de La Chaux-de-Fonds (ci-après : la Ville), par son Service d'urbanisme et de l'environnement (ci-après : le SUE), a informé X. par lettre du 24 avril 2007 que son bien-fonds devait être assaini dans le délai qu'il déterminerait. Par fax du 10 août 2010, le SUE a indiqué à X. vouloir entreprendre ce chantier dès que possible, diverses raisons (notamment météo) ayant empêché une intervention plus rapide. Il a notamment demandé à X. de quelle manière il pourrait aider à débarrasser le site, par la mise à disposition de matériel, tracteur ou autre, ou de personnel, de manière à diminuer les frais, qui seraient pris en charge par le SUE moyennant aide du propriétaire. Ce fax est resté sans réponse. En octobre 2010, le SUE a informé X. que le nettoyage commencerait le 18 octobre 2010 et donné des informations complémentaires sur le déroulement de cette intervention, en demandant en particulier que la barrière en bas du pré soit déplacée. L'intéressé n'a pas réagi.
Les travaux ont été exécutés sans la participation de X. du 18 au 22 octobre 2010. Celui-ci a été informé par lettre du 18 novembre 2010 du SUE des quantités de déchets éliminés et du fait qu'il lui était réclamé, pour n'avoir pas fourni son aide "pour diverses raisons", une participation financière équivalant à un tiers de la facture de nettoyage, soit 3'740 francs. Le SUE se déclarait prêt à en discuter pour autant que X. le rappelle jusqu'au 16 décembre 2010, après quoi il enverrait une facture. L'intéressé n'a pas réagi. Le 17 janvier 2011, le SUE l'a convoqué en ses locaux pour le 24 janvier 2011, sans susciter de réaction. Un courriel lui a été adressé le 15 février 2011, apparemment suite à un appel téléphonique de sa part, lui demandant une nouvelle fois de prendre contact pour une entrevue. Une lettre dans le même sens lui a été adressée le 21 février 2011. Selon une note manuscrite au dossier, X. a indiqué par téléphone le 24 février 2012 qu'il serait opéré le lendemain, ne paierait rien et prendrait contact avec son avocat. Il faisait valoir qu'il n'y avait pas eu de contrat dont découlerait une obligation à sa charge.
Le SUE a demandé par lettre du 11 juillet 2011 au Service cantonal de l'énergie et de l'environnement que l'Etat rende une décision de répartition des coûts d'assainissement de cette carrière, en mettant en évidence que la pratique observée avec les autres propriétaires et le respect du principe d'égalité de traitement commandaient de fixer la participation de X. au tiers des coûts d'intervention au minimum, compte tenu de l'absence de collaboration de l'intéressé. Le chef du Département de la gestion du territoire (DGT, actuellement DDTE) a rendu le 23 mars 2012 une décision fixant "la part de responsabilité de X. à un tiers", le solde des frais étant pris en charge par la Commune de La Chaux-de-Fonds, décision susceptible d'un recours auprès d'une autorité non précisée. L'intéressé était reconnu responsable en tant que perturbateur par situation de l'assainissement de la décharge sauvage sise sur sa parcelle et ne pouvait être exonéré des frais y relatifs, parce qu'il n'avait pu ignorer la présence illicite des déchets.
B. Par mémoire du 7 mai 2012, X. fait recours à l'encontre de cette décision devant la Cour de droit public du Tribunal cantonal. Il fait valoir que la carrière était déjà encombrée de déchets lorsqu'il l'a achetée en 1994, que l'assainissement décidé a tout d'abord été renvoyé sans explication, qu'il a été exécuté alors qu'il était en incapacité de travail jusqu'à fin novembre 2011, suite à un grave accident de cheval subi en juin 2010, qu'il se déplaçait en fauteuil roulant puis avec des béquilles lors de l'exécution des travaux auxquels il n'a pu participer. Il reconnait avoir eu du retard dans le traitement de ses affaires administratives et n'est pas certain d'avoir reçu le fax l'informant du début des travaux. Il admet sa responsabilité en tant que perturbateur par situation, laquelle ne devrait pas dépasser 20 %. Il invoque des motifs d'équité pour réduire sa part de frais puisqu'il était dans l'impossibilité non fautive de participer aux travaux, ce qu'il n'aurait jamais refusé. L'autorité aurait abusé de son pouvoir d'appréciation et constaté les faits de manière inexacte et incomplète pour fixer sa part à un tiers. La décision serait par ailleurs insuffisamment motivée sur ce point. Sa participation ne devrait pas excéder 5 %.
C. Dans sa détermination du 17 octobre 2012, le DGT déclare n'avoir pas d'observations à formuler sur le recours, sans prendre de conclusions. La Ville de La Chaux-de-Fonds se détermine le 4 juillet 2012. Elle prend acte que le recourant ne conteste pas avoir convenu d'apporter son aide pour l'assainissement du site, justifie par des chutes de neige le fait que les travaux n'aient pas été effectués fin 2009 sans qu'il soit fixé immédiatement une nouvelle date, estime que le recourant a bien reçu le fax l'informant du début des travaux puisque la barrière permettant l'accès au site avait été enlevée, s'étonne que le seul certificat médical déposé soit postérieur de plus d'un an aux faits qu'il recouvre et note que la gravité de l'atteinte médicale alléguée aurait pu être attestée par des certificats établis pendant la période d'incapacité de travail. Le recourant n'en avait rien dit au moment des travaux, ni avait délégué personne ni fourni d'explication sur les raisons de son absence, et il n'avait pris contact avec le SUE que le 24 février 2011, après une première demande de paiement, en déclarant alors qu'il ne paierait jamais et se montrant injurieux avec son interlocuteur. Le SUE précise que l'assainissement des décharges illégales sur le territoire communal, consistant en une quarantaine d'interventions, s'est fait dans un cadre collaboratif où la dispense totale ou partielle de la prise en charge des frais impliquait une aide en nature ou en matériel. L'accord conclu entre la collectivité publique et le propriétaire suppléait à l'absence de décision d'assainissement. Le site nettoyé était une décharge illégale, il s'y trouvait des "autres déchets" au sens de la loi sur le traitement des déchets, dont l'élimination est à la charge de leur détenteur, le recourant étant un perturbateur par situation. Il ne pourrait être exempté de toute participation que s'il n'avait pu avoir connaissance de la pollution, même en faisant preuve de la diligence requise, ce qui n'est pas le cas en présence d'une décharge tolérée pendant 16 ans. Son attitude pourrait même le faire qualifier de perturbateur par comportement passif. Dans la mesure où il ne désigne pas le propriétaire précédent ni un quelconque perturbateur par comportement, il est tenu de par la loi de supporter les frais d'assainissement puisque toute tentative d'identification des personnes responsables est pratiquement vouée à l'échec. Le Tribunal fédéral a admis une participation de 35 % aux frais d'assainissement pour un perturbateur par situation alors même que le perturbateur par comportement était connu, ce qui justifie une part d'un tiers in casu, parce que le recourant est le seul perturbateur connu et qu'il a passé un accord pour l'assainissement. Il importe peu de savoir si l'absence de prestation effective lui est imputable à faute ou non. Au regard de la loi fédérale sur la protection de l'environnement (LPE) du 7 octobre 1983 et de la proposition de base de l'accord, l'incapacité de travail n'est pas un motif de dispense des frais d'assainissement et celle-ci créerait une inégalité de traitement par rapport aux autres propriétaires qui avaient participé aux travaux. Le volume de déchets extrait de la propriété du recourant est le plus important de la commune et il serait choquant que le site soit assaini aux seuls frais de la collectivité. Le recourant aurait pu déléguer un tiers pour se faire remplacer, le paiement de la participation réclamée ne l'expose pas à la gêne ni ne l'empêche de vivre décemment. L'autorité n'a pas à constater d'office qu'il se trouvait en incapacité de travail. La décision est par ailleurs suffisamment motivée. Le SUE remet un lot de pièces pour le dossier: celles qu'il a remises au DGT avec sa requête et un tableau des frais supportés par les propriétaires des autres sites assainis.
D. Le dossier remis par le SUE étant incomplet, la Cour de céans requiert de cette autorité les pièces manquantes, sans succès, puis les demande aux parties. Le dossier est remis en circulation pour nouvelle détermination à la demande du recourant. Celui-ci fait notamment valoir qu'un autre agriculteur de A. n'a pas dû contribuer aux frais, quand bien même il n'a apporté aucune aide en matériel ou en travail pour l'assainissement d'un site. Le SUE conteste notamment ce dernier point.
C O N S I D E R A N T
en droit
1. La décision du 23 mars 2012 du chef du DGT attaquée contient des voies de droit incomplètes puisqu'elle laisse en blanc l'autorité de recours. Le recourant n'a toutefois pas subi de préjudice de cette irrégularité puisqu'il a interjeté recours auprès de la Cour de droit public en se fondant sur l'article 33 al. 3 de la loi concernant le traitement des déchets du 13 octobre 1986 (LTD; RSN 805.03). Interjeté dans les formes et délais légaux, le recours est recevable.
2. La décision attaquée se fonde sur la LPE et sur la loi cantonale concernant le traitement des déchets (LTD), du 13 octobre 1985, ainsi que son règlement d'exécution concernant le traitement des déchets solides (RLTD) dans sa version du 16 juillet 1980.
a) La loi sur la protection de l'environnement, en vigueur depuis le 1er janvier 1985, met en œuvre le principe de causalité, dit du pollueur-payeur, à son article 2. Elle qualifie d'atteintes portées au sol le dépôt de déchets, définis comme des choses meubles dont le détenteur se défait ou dont l'élimination est commandée par l'intérêt public (art. 7 al. 6 LPE) et prévoit une obligation d'assainir les installations qui ne satisfont pas aux prescriptions de la loi et aux dispositions d'autres lois fédérales en matière de protection de l'environnement (art. 16 al. 1 LPE). Avant d'ordonner d'importantes mesures d'assainissement, les autorités demandent au détenteur de l'installation de proposer un plan d'assainissement (art. 16 al. 3 LPE) et accordent des allégements lorsque l'assainissement au sens de l'article 16 al. 2 ne répond pas au principe de la proportionnalité (art. 17 al. 1 LPE). Les articles 32 ss LPE règlent le financement de l'élimination des déchets. Le principe est que le détenteur des déchets assume le coût de leur élimination, sauf dispositions particulières (art. 32 al. 1 LPE). Si le détenteur ne peut être identifié ou s'il est dans l'incapacité, pour cause d'insolvabilité, de satisfaire aux exigences au sens de l'alinéa 1, les cantons doivent assumer le coût de l'élimination (art. 32 al. 2 LPE). Depuis une modification du 16 décembre 2005, en vigueur depuis le 1er novembre 2006, la LPE impose aux cantons de veiller à l'assainissement, entre autres, des sites pollués par des déchets autres que les décharges contrôlées, lorsqu'ils engendrent des atteintes nuisibles ou incommodantes ou qu'il existe un danger concret que de telles atteintes apparaissent (art. 32c LPE). Les cantons établissent un cadastre, accessible au public, des sites pollués (art. 32c al. 2 LPE). Ils peuvent réaliser eux-mêmes l'investigation, la surveillance et l'assainissement de ces sites ou en charger des tiers dans trois hypothèses: si cela s'avère nécessaire pour prévenir la menace immédiate d'une atteinte (art. 32c al. 3 let. a), si celui qui est tenu d'y procéder n'est pas à même de veiller à l'exécution des mesures (let. b) ou si celui qui est tenu d'y procéder n'agit pas, malgré un avertissement, dans le délai imparti (let. c). L'article 32d LPE règle la prise en charge des frais d'assainissement. Celui qui est à l'origine des mesures nécessaires assume les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement du site pollué (art. 32d al. 1 LPE). Si plusieurs personnes sont impliquées, elles assument les frais de l'assainissement proportionnellement à leur part de responsabilité. Assume en premier lieu les frais la personne qui a rendu nécessaires les mesures par son comportement. La personne qui n'est impliquée qu'en tant que détenteur du site n'assume pas de frais si, même en appliquant le devoir de diligence, elle n'a pas pu avoir connaissance de la pollution (art. 32d al. 2 LPE). La collectivité publique compétente prend à sa charge la part de frais due par les personnes à l'origine des mesures qui ne peuvent être identifiées ou qui sont insolvables (art. 32d al. 3 LPE). L'autorité prend une décision sur la répartition des coûts lorsqu'une personne concernée l'exige ou qu'une autorité prend les mesures elle-même (art. 32d al. 4 LPE). Selon l'article 36 LPE, l'exécution de la loi incombe aux cantons.
b) L'ordonnance du Conseil fédéral du 26 août 1998 sur l'assainissement des sites pollués (OSites, actuellement Ordonnance sur les sites contaminés; RS 814.680) définit ces sites comme étant notamment des emplacements d'une étendue limitée pollués par des déchets, comprenant les décharges désaffectées ou encore exploitées (art. 2 al. 1 let. a). Les sites pollués nécessitant un assainissement sont ceux qui engendrent des atteintes nuisibles ou incommodantes ou s'il existe un danger concret que de telles atteintes apparaissent. L'autorité établit un cadastre des sites pollués (art. 5 al. 1) sur la base duquel elle les classe en deux catégories: les sites pour lesquels on ne s'attend à aucune atteinte nuisible ou incommodante (al. 4 let. a) et les sites pour lesquels il faut procéder à une investigation afin de déterminer s'ils nécessitent une surveillance ou un assainissement (art. 5 al. 4 let. b). L'exécution de l'OSites incombe aux cantons (art. 21). L'article 23 OSites impose une collaboration des autorités avec les personnes directement concernées, notamment sur les évaluations à effectuer et sur les mesures à prendre pour satisfaire aux exigences de l'ordonnance et dites autorités consultent à cet effet le plus tôt possible les personnes directement concernées (al. 2). Elles peuvent renoncer à rendre des décisions si l'exécution des mesures, notamment d'assainissement, requises, est assurée d'une autre manière (al. 3).
c) L'adaptation de la législation cantonale au droit fédéral en matière de protection de l'environnement s'est faite avec un certain décalage. La LTD se fonde, outre la LPE, sur la loi fédérale sur la protection des eaux du 8 octobre 1971. Ses articles 16a à 16h, introduits le 19 février 2008 avec effet au 15 août 2008, sont consacrés à l'assainissement des sites pollués. L'article 16a LTD impartit à l'Etat de veiller à l'assainissement notamment des sites pollués par des déchets (autres que des décharges contrôlées), conformément aux exigences du droit fédéral. Pour la prise en charge des frais, l'article 16b LTD pose le principe que celui qui est à l'origine des mesures nécessaires assume les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement d'un site pollué. Selon l'article 16c LTD, l'Etat prend une décision de répartition des coûts lorsqu'une personne concernée l'exige ou qu'une autorité prend des mesures elle-même. Il assume certains coûts, notamment les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement du site lorsque le détenteur n'assume pas de frais si, en appliquant le devoir de diligence, il n'a pu avoir connaissance de la pollution (art. 16d let. c et d LTD). L'exécution de la LTD incombe au Conseil d'Etat, qui détermine les déchets à valoriser ou à éliminer, leur mode d'élimination, les émoluments cantonaux et les bases de calcul des taxes et émoluments communaux (art. 24 al. 1 LTD). Les communes exécutent les tâches qui leur incombent en vertu de la loi et de ses dispositions d'exécution, peuvent fixer par voie de règlement les droits et obligations des administrés (art. 26 al. 2 let. a LTD) et percevoir des émoluments permettant de couvrir les frais de ramassage et de traitement des déchets (art. 26 al. 2 let. b LTD). Les décisions des autorités communales ou de l'autorité subordonnée au département peuvent faire l'objet de recours au département et les décisions du département d'un recours au Tribunal cantonal (art. 33 LTD).
d) Jusqu'au 31 décembre 2011, les dispositions d'exécution de la LTD figuraient dans le règlement d'exécution de la loi concernant le traitement des déchets solides du 16 juillet 1980 (aRLTD), qui se fondait sur l'ancienne loi cantonale concernant le traitement des déchets solides du 11 octobre 1978, sans égard à l'entrée en vigueur de la LTD au 1er février 1987. A teneur de ce règlement, il incombait aux communes de prendre les mesures nécessaires afin d'éliminer les décharges non autorisées (art. 6 let. a). Le règlement d'exécution de la loi concernant le traitement des déchets le 1er juin 2011 (RLTD) attribue aux communes la tâche de prendre les mesures nécessaires afin d'éliminer les décharges non autorisées (art. 12 let. a RLTD).
e) La compétence de la Commune de La Chaux-de-Fonds de décider d'assainir les dolines, carrières ou combes encombrées de déchets sur son territoire peut se fonder sur la LTD et ses dispositions d'exécution, cas échéant sur l'article 30 ch. 5 let. f de la loi sur les communes (LCo) du 21 décembre 1964 (RSN 171.1) (voirie).
3. En l'espèce, le dossier ne permet pas de déterminer avec certitude l'historique des démarches au niveau communal et/ou cantonal ayant amené à l'inscription de la décharge sise sur la parcelle no [a] du cadastre de La Chaux-de-Fonds au cadastre cantonal des sites pollués et à la décision de la commune de l'assainir. Ces éléments ne sont pas indispensables pour décider du sort de la présente cause à mesure qu'il est établi que la Ville de La Chaux-de-Fonds intervenait dans son domaine de compétence et en exécution de la législation fédérale et cantonale. L'autorité communale a entrepris l'exécution de cet assainissement sur un mode de collaboration avec les propriétaires. Le SUE a pris contact pour la première fois avec le recourant le 24 avril 2007 pour l'informer d'une décision des autorités communales d'assainir les dolines, carrières ou combes en 2007/2008 et que "l'objet No [bbbb], B. est (haut)" faisait partie des 23 objets qui méritaient une intervention de nettoyage et qui devait être assaini dans un délai que l'autorité déterminerait. Dans cette lettre, le SUE indiquait être conscient "que le dépôt des déchets n'est pas des plus récents et que le propriétaire peut, dans certains cas n'être qu'indirectement responsable, s'agissant probablement d'une initiative malencontreuse d'autres personnes (propriétaire précédent, locataire éventuel, tiers, etc.)", de sorte qu'il convenait de "trouver un arrangement pour une opération concertée et une répartition des frais avec ou sans une mise à disposition de main-d'œuvre". Le SUE a rappelé que le propriétaire est, selon la loi, responsable de l'assainissement du site et demandé au recourant un accord de principe pour collaborer à l'amiable et à bien plaire à cette action. Celui-ci était enjoint à communiquer, jusqu'au 21 mai 2007, "ses intentions et son accord de principe" à cette fin. Le SUE précisait qu'à réception de la réponse, il prendrait contact pour finaliser un accord souhaitable entre les différents partenaires et pour organiser les travaux. Il ne ressort pas du dossier que le recourant ait répondu à ce courrier, mais selon une note du SUE au dossier, en octobre 2009, ses représentants ont rencontré le recourant sur ses terres et passé un accord oral scellé par une poignée de mains. Le recourant aurait alors donné son accord de principe et précisé qu'il n'avait pas de tracteur, mais que les barrières nécessaires aux engins seraient abaissées sans problème par beau temps et terrain sec. Selon ce document, le SUE devait encore demander à l'intéressé de quelle façon il participerait au travail (financière, matériel, personnel), sans que des démarches précises aient été planifiées.
Prévus à l'origine pour l'automne 2008 ou 2009, les travaux ont été repoussés en raison des conditions météorologiques, sans que le SUE, à teneur du dossier, ne reprenne contact avec le propriétaire. La mise en exécution de l'assainissement n'a généré que peu d'échanges : le SUE a adressé au recourant le 10 août 2010 un courriel lui demandant notamment quand il pourrait déplacer la barrière pour permettre d'accéder au chantier et de quelle manière il pourrait aider à débarrasser le site, en indiquant qu'il pourrait diminuer un peu les frais, qui "seraient pris en charge par ses services à condition bien sûr que le propriétaire puisse aider d'une manière ou d'une autre". Il proposait une prise de contact pour déterminer une date et régler les autres détails. Un fax a été envoyé pour signaler que les travaux commenceraient dès le lundi 18 octobre 2010. Ces deux missives n'ont pas suscité de réaction. Le recourant n'est pas certain d'avoir reçu le fax, alors que le SUE en est persuadé du fait que la barrière avait été baissée. Les travaux ont été effectués pendant trois jours sans aucun contact entre le recourant et les intervenants.
4. a) Il est expressément prévu par la législation fédérale et cantonale que l'assainissement d'un site pollué puisse se faire en collaboration entre les autorités et le détenteur. L'article 23 OSites, intitulé "Collaboration avec les personnes concernées", dispose à son alinéa 2 que "les autorités s'attachent à s'entendre avec les personnes directement concernées sur les (….) mesures à prendre pour satisfaire aux exigences de la présente ordonnance". Selon la doctrine et la jurisprudence, une convention passée entre les parties sur un tel objet constitue un acte bilatéral fondant des obligations s'écartant, dans un cas particulier, de celles qui figurent dans la loi, quand bien même l'autorité agit dans un domaine où elle exerce un pouvoir de police, originaire ou par délégation, alors que le recourant est dans une position de subordination. Un tel accord doit être qualifié de contrat de droit administratif (sur cette question, Moor, Droit administratif, vol. II, Les actes administratifs et leur contrôle, 2ème éd., Berne 2002, no 3.1.2.3, p. 363 ss avec les nombreuses références citées) et il doit, en principe, être passé en la forme écrite, la doctrine relevant qu'il n'y aucune raison de se montrer plus laxiste pour les contrats que pour les décisions (Moor, op. cit. no 3.2.3.2, p. 389). En présence d'un contrat oral, la sanction est pour certains auteurs la nullité de la convention, pour d'autres l'annulabilité (Moor, op. cit., par renvoi à 2.2.8.1, p. 297 s concernant la forme des décisions). Dans la mesure où un contrat est oral et que la loi applicable ne contient aucune norme relative à son aménagement, il y a lieu de se fonder sur le code des obligations pour en interpréter les clauses sur lesquelles les parties s'accordent (Moor, op. cit., no 3.2.2, p. 388).
b) En l'espèce, les parties ont conclu un accord sur les modalités d'assainissement de la décharge située sur les terres du recourant. C'est à juste titre que le recourant ne le conteste plus devant l'Autorité de céans. Ont été convenus l'objet des travaux, la période d'exécution approximative et le principe d'une participation du propriétaire, mais celle-ci n'a pas été détaillée. Les pièces font uniquement ressortir une demande d'enlever la barrière et le recourant a signalé qu'il n'avait pas de tracteur. Les notes du SUE au dossier indiquent que la participation n'avait pas été déterminée, et l'autorité interroge le recourant sur ce point dans sa lettre du 10 août 2010, restée sans réponse.
En présence d'un accord oral, il n'est pas aisé de reconstituer les clauses sur lesquelles les parties sont susceptibles de s'être entendues. En particulier, on ne peut déterminer quelles obligations le recourant aurait pu accepter d'assumer en plus de l'abaissement de la barrière, et on n'en voit guère, si ce n'est sa participation manuelle aux travaux ou celle d'un tiers. Quoi qu'il en soit, la participation du recourant s'est limitée à la descente de la barrière. Le SUE et l'intimé y voient un motif suffisant pour s'écarter du contrat et rendre une décision de participation aux frais.
c) Une telle décision repose sur une base légale, ainsi qu'il a été indiqué au cons. 2 ci-dessus. Elle se substitue en l'espèce à la bonne et fidèle exécution d'une convention, ce qu'on peut admettre sur le principe parce qu'il n'est guère contestable qu'un propriétaire qui tire avantage d'une action de la collectivité (assainissement de sa propriété) à laquelle il devait participer soit mieux traité en raison d'un contrat que si l'autorité avait statué sur le même objet conformément à la loi. En d'autres termes, on ne saurait favoriser un administré en l'exonérant de toute charge parce qu'il a passé antérieurement une convention sur le même objet.
5. La décision, qui fait suite à l'exécution imparfaite du contrat, doit toutefois tenir compte de toutes les circonstances du cas d'espèce. On ne peut soutenir que dans le présent cas, le recourant n'a effectué aucune prestation. Certes, il n'a pas prêté main-forte aux ouvriers pour l'assainissement, mais il ressort du dossier que cette inaction n'était pas fautive en ce qui concerne son intervention personnelle, puisqu'accidenté plusieurs mois auparavant, il se déplaçait en fauteuil roulant ou avec des béquilles. Le SUE avait évoqué la possibilité qu'il délègue quelqu'un pour les opérations de nettoyage dans sa lettre du 10 août 2010. En s'abstenant de toute réaction, le recourant n'a pas permis à l'autorité de poursuivre sur la voie contractuelle utilisée jusqu'alors. Ainsi, quoique objectivement handicapé par les suites d'un accident, le recourant porte une part de responsabilité dans l'exécution imparfaite de ses obligations contractuelles.
Comme le relève l'intimé, même l'absence de toute faute ne permettrait pas d'aboutir à une exonération de tous les frais d'assainissement pour le propriétaire d'un site pollué. Le recourant lui-même admet une participation aux frais en tant que pollueur par situation, mais estime qu'elle ne devrait pas excéder 20 % sur le principe et, compte tenu de son état, 5 % dans son cas particulier. Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral (ATF 139 II 106), la part de frais attribuables au perturbateur par situation qui a acquis le bien-fonds alors qu'il était déjà pollué doit être fixée en prenant en particulier en considération s'il aurait pu éviter la pollution, s'il répond de la part de responsabilité de son prédécesseur, s'il retire un bénéfice économique de la pollution ou de l'assainissement. En l'absence de circonstances particulières, une participation aux frais de 10 % (alors qu'elle est généralement comprise entre 10 % et 30 % des frais), est largement surfaite en l'absence de tout élément permettant une répartition plus élevée.
Ainsi qu'il a été dit ci-dessus, il convient d'appliquer la loi, le contrat antérieur et son exécution partielle ne pouvant être pris en compte que comme l'un des éléments déterminants du calcul des frais d'assainissement à la charge du propriétaire. Le SUE constate avec raison que le recourant, propriétaire d'une parcelle abritant un site pollué, est un perturbateur par situation. Il dispose en effet de la maîtrise effective ou juridique de la chose ayant provoqué la situation contraire aux règles de police, parce qu'il a la faculté d'agir sur la chose perturbatrice (ATF 114 Ib 44 cons. 2c aa, p. 50s, cité par Tschannen/Frick, La notion de personne à l'origine de l'assainissement selon l'article 32d LPE, avis de droit à l'intention de l'Office fédéral de l'environnement, des forêts et du paysage, Berne 2002, p. 8). Le fait qu'il ait, en cette qualité, agi de manière fautive ou non ne joue aucun rôle en matière d'assainissement d'un site pollué, également lorsque la survenance de la situation illicite n'était pas prévisible (ATF 127 I 60 cons. 5c, p. 71, cité par Tschannen/Frick, op. cit., p. 8). Selon la doctrine et la jurisprudence, la répartition des frais doit toutefois être effectuée dans chaque cas d'espèce après avoir établi de manière aussi précise que possible le déroulement des événements et en tenant compte de toutes les circonstances objectives et subjectives (ATF 102 Ib 203 cons. 5c, p. 201 s., cité par Tschannen/Frick, op. cit., p. 20) ainsi que de la part de responsabilité de chaque personne concernée. Des raisons d'équité peuvent commander que l'on réduise ou augmente la part de frais telle qu'elle résulte de la part de responsabilité en fonction des intérêts économiques en présence et de ce que l'on peut attendre sur le plan économique (Tschannen/Frick, op. cit., p. 20). Généralement, la part de frais du simple propriétaire de la décharge sera fixée assez bas (Tschannen/Frick, op. cit., p. 21). Il est nécessaire de procéder, pour chaque cas, à une appréciation différenciée et individualisée pour fixer la part de frais que doit supporter le propriétaire d'un site contaminé (Schwarzenberer/Vischer, Altlastensanierung in SJN 23.09.2013).
Un tel examen n'a pas été fait en l'espèce. La lettre du SUE au recourant du 16 novembre 2010 combine un constat d'inexécution de la convention "pour diverses raisons", l'annonce d'une exécution par défaut (réalisée), la communication du coût de l'opération et la mise à la charge du recourant d'un tiers de 10'903.85 francs, soit 3'400 francs. Elle n'est pas motivée quant à la détermination de cette quote-part. La décision attaquée n'est pas plus étoffée et ne mentionne que la quote-part sans retenir de chiffres, ce qui démontre que le Département intimé a repris la part de coûts forfaitaire d'un tiers mise à la charge du recourant. On ne peut dans ces circonstances considérer que la décision tient compte des circonstances particulières du cas et qu'il a été procédé à une appréciation de la responsabilité du perturbateur par situation comme l'exigent la loi et la jurisprudence du Tribunal fédéral.
6. Le recours est admis. La décision du département du 23 mars 2012 est annulée et la cause lui est renvoyée pour nouvelle décision au sens des considérants.
7. L'Etat qui succombe ne payant pas de frais, il n'en sera pas perçu (art. 47 al. 2 LPJA). Le recourant qui obtient gain de cause et procède avec l'assistance d'un mandataire a droit à des dépens. En l'absence d'un état de frais et d'honoraires, ceux-ci sont fixés sur la base du dossier (art. 66 TFrais) à 1'500 francs, frais et TVA compris.
Par ces motifs,
la Cour de droit public
1. Admet le recours et annule la décision du 23 mars 2012.
2. Renvoie la cause à l'intimé pour nouvelle décision au sens des considérants.
3. Statue sans frais et ordonne la restitution de son avance de frais au recourant.
4. Alloue au recourant une indemnité de dépens de 1'500 francs, frais et TVA compris à la charge de l'intimé.
Neuchâtel, le 27 octobre 2014
1 Les installations qui ne satisfont pas aux prescriptions de la présente loi et aux dispositions d'autres lois fédérales qui s'appliquent à la protection de l'environnement seront assainies.
2 Le Conseil fédéral édicte des prescriptions sur les installations, l'ampleur des mesures à prendre, les délais et la manière de procéder.
3 Avant d'ordonner d'importantes mesures d'assainissement, les autorités demandent au détenteur de l'installation de proposer un plan d'assainissement.
4 S'il y a urgence, les autorités ordonnent l'assainissement à titre préventif. En cas d'impérieuse nécessité, elles peuvent décider la fermeture de l'installation.
1 Les autorités accordent des allégements lorsque l'assainissement au sens de l'art. 16, al. 2, ne répond pas en l'espèce au principe de la proportionnalité.
2 Néanmoins, les valeurs limites d'immissions s'appliquant aux pollutions atmosphériques et aux vibrations ainsi que la valeur d'alarme des immissions causées par le bruit ne peuvent être dépassées.
1 Les cantons veillent à ce que soient assainis les décharges contrôlées et les autres sites pollués par des déchets (sites pollués), lorsqu'ils engendrent des atteintes nuisibles ou incommodantes ou qu'il existe un danger concret que de telles atteintes apparaissent. Le Conseil fédéral peut édicter des dispositions sur la nécessité de l'assainissement, sur les objectifs et sur l'urgence des assainissements.
2 Les cantons établissent un cadastre, accessible au public, des sites pollués.
3 Ils peuvent réaliser eux-mêmes l'investigation, la surveillance et l'assainissement de sites pollués, ou en charger des tiers, si:
a. cela s'avère nécessaire pour prévenir la menace immédiate d'une atteinte;
b. celui qui est tenu d'y procéder n'est pas à même de veiller à l'exécution des mesures, ou
c. celui qui est tenu d'y procéder n'agit pas, malgré un avertissement, dans le délai imparti.
1 Celui qui est à l'origine des mesures nécessaires assume les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement du site pollué.
2 Si plusieurs personnes sont impliquées, elles assument les frais de l'assainissement proportionnellement à leur part de responsabilité. Assume en premier lieu les frais celle qui a rendu nécessaires les mesures par son comportement. Celle qui n'est impliquée qu'en tant que détenteur du site n'assume pas de frais si, même en appliquant le devoir de diligence, elle n'a pas pu avoir connaissance de la pollution.
3 La collectivité publique compétente prend à sa charge la part de frais due par les personnes à l'origine des mesures, qui ne peuvent être identifiées ou qui sont insolvables.
4 L'autorité prend une décision sur la répartition des coûts lorsqu'une personne concernée l'exige ou qu'une autorité prend les mesures elle-même.
5 Si l'investigation révèle qu'un site inscrit ou susceptible d'être inscrit au cadastre (art. 32c, al. 2) n'est pas pollué, la collectivité publique compétente prend à sa charge les frais des mesures d'investigation nécessaires.
1 Pour l'exécution de la présente ordonnance, les autorités collaborent avec les personnes directement concernées. Elles examinent en particulier l'opportunité d'appliquer, pour l'exécution de la présente ordonnance, les mesures prévues dans les accords conclus de plein gré par les secteurs économiques.
2 Les autorités s'attachent à s'entendre avec les personnes directement concernées sur les évaluations à effectuer et sur les mesures à prendre pour satisfaire aux exigences de la présente ordonnance. A cet effet, elles consultent le plus tôt possible les personnes directement concernées.
3 Elles peuvent renoncer à rendre des décisions si l'exécution des mesures d'investigation, de surveillance et d'assainissement requises est assurée d'une autre manière.