A. a) La société X. SA est propriétaire des articles [aaa], [bbb] et [ccc] du cadastre d'Hauterive (ci-après : les parcelles), sises sur un emplacement utilisé par la Ville de Neuchâtel et la commune d'Hauterive entre 1932 et 1954 comme décharge publique destinée à recueillir des ordures ménagères (jusqu'en 1948), puis des matériaux tout-venant. X. SA a acquis ces immeubles en 2001 de l'entreprise de construction A. SA, implantée sur le site depuis 1985. Les parcelles et quatre autres propriétés limitrophes constituent, avec un parking public, l'ancienne décharge de Champréveyres-Dessous et ont été inscrites au cadastre des sites pollués du canton, probablement en 2005. Les trois articles propriété de X. SA sont situés en zone industrielle.

b) A une date indéterminée, X. SA a envisagé la construction d'un immeuble d'habitation sur l'article [aaa] (cet élément est mentionné plusieurs fois dans les pièces du dossier, mais pas spécialement documenté). D'entente avec le Service de l'énergie et de l'environnement (ci-après : SENE) du Département de la gestion du territoire (DGT, actuellement Département du développement territorial et de l'environnement [DDTE]), X. SA a fait effectuer en 2011 par le bureau B. SA (Neuchâtel) une investigation quant à la nature du sous-sol et demandé au service une décision de répartition des coûts. Cette demande ne figure pas au dossier. B. SA a remis un rapport daté du 6 mai 2011 (ci-après : le rapport 1 − pour le distinguer des deux autres rapports établis ultérieurement par B. SA en rapport avec la décharge de Champréveyres-Dessous ) que le SENE a considéré comme un rapport d'investigation préalable constituant un rapport d'enquête historique au sens de l'article 7 al. 1 et 2 OSites. Il a estimé sur cette base que des lacunes subsistaient sur la nature des déchets industriels et les polluants encore présents dans la décharge ainsi que sur l'existence et le mode de mobilisation et de transport de polluants en direction du lac. Dans la mesure où le rapport 1 concluait à la nécessité d'une investigation technique en relation avec les eaux souterraines et de surface et proposait une investigation avec forages, sondages et analyse pour qualifier les déchets, le SENE a informé X. SA que sur la base de l'article 7 al. 3 OSites, aucun permis de construire ne pourrait être octroyé avant la validation par ses soins des conclusions de l'investigation technique qui devait être effectuée. Il en a élaboré le cahier des charges en précisant que ses remarques et demandes visaient exclusivement à réunir les données nécessaires pour apprécier si le site (sans précision), pollué, nécessitait une surveillance ou un assainissement (art. 8 OSites). Il a ajouté qu'il incombait au détenteur d'un site pollué de prendre les mesures d'investigation nécessaires, sans toutefois qu'il doive nécessairement en assumer finalement le coût. Après avoir consulté les autres propriétaires, ainsi que donné à X. SA, à sa demande, le droit de s'exprimer sur le projet d'une décision de répartition des coûts, le SENE a rendu une décision le 2 avril 2013 mettant à la charge de l'Etat de Neuchâtel 65 % des frais, chaque propriétaire devant en supporter 5 % par parcelle, donc 15 % pour X. SA.

c) X. SA a déféré cette décision au DGT [actuellement DDTE]. Elle a conclu, sous suite de frais et dépens, à son annulation et, principalement, à ce que le DGT, statuant lui-même, fasse supporter à l'Etat de Neuchâtel l'intégralité des frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement du site de Champréveyres-Dessous, incluant ses parcelles et les quatre autres immeubles, sous réserve de la participation financière fédérale. Ces frais devaient inclure les opérations figurant dans les rapports et devis de B. SA et trois factures en relation avec le dossier. La société a conclu subsidiairement à ce que l'Etat prenne en charge 90 % des frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement, le reste étant ventilé à parts égales entre les propriétaires concernés, sous réserve d'une couverture intégrale par la collectivité publique selon l'article 32 al. 5 LPE. La société a conclu accessoirement au renvoi du dossier au SENE pour réexamen au sens des considérants. Reprenant les arguments développés dans le cadre de son droit d'être entendue avant le prononcé de la décision, X. SA a estimé que l'article 16d al. 1 let. a de la loi cantonale concernant le traitement des déchets du 13 octobre 1986, qui impose à l'Etat de prendre à sa charge, sous déduction des montants versés par la Confédération, les frais relatifs aux sites pollués ayant servi au stockage définitif de déchets urbains, pour l'investigation, la surveillance et l'assainissement de ces sites, lui imposait de supporter l'intégralité des frais afférents à l'ancienne décharge. Subsidiairement et en substance, la société a demandé à ne pas devoir supporter davantage que la quote-part de 5 % des frais mis à la charge des autres propriétaires, s'estimant injustement désavantagée du fait qu'elle détenait trois parcelles et devait en conséquence s'acquitter de 15 %. Elle a soutenu que, dans la mesure où la législation fédérale prévoit que la Confédération finance à 40 % le coût d'investigation, de surveillance et d'assainissement d'une décharge de déchets urbains désaffectée, il incombait au canton d'assumer la part incombant au perturbateur par comportement par rapport au détenteur du site, perturbateur par situation en l'espèce. Elle a reproché à la décision de se limiter à la prise en charge de la part des collectivités communales et non celle du canton et relevé que les pourcentages de répartition paraissaient, à tort, se limiter au devis de B. SA portant sur l'analyse des eaux.

d) Le SENE a fait valoir dans sa détermination devant le DGT qu'il existe deux inscriptions de X. SA au cadastre des sites pollués, à savoir pour la décharge de Champréveyres-Dessous et l'entreprise de construction A. SA, dont seule la première nécessite une investigation pour déterminer la nécessité de procéder à un assainissement. Il a fait valoir que la société confondait l'inscription d'un immeuble au cadastre d'un site pollué et la nécessité d'y mener des investigations. Le rapport de B. SA visait à documenter le sous-sol pour les besoins du projet immobilier, compte tenu du fait qu'il devait se réaliser sur une ancienne décharge. Il y avait lieu d'effectuer l'investigation prévue par la législation fédérale, concrétisée par deux ordonnances, soit l'ordonnance du Conseil fédéral sur l'assainissement des sites pollués / contaminés [OSites] et l'ordonnance du Conseil fédéral sur le traitement des déchets [OTD], ce qui expliquait l'établissement de deux devis. Le SENE a contesté que l'Etat soit seul responsable pour déterminer le besoin d'assainissement ou de surveillance d'un site pollué. Il a fait valoir que le rapport de B. SA n'avait pas à se prononcer sur le sol, qui relève de la loi sur la protection de l'environnement, alors que la gestion des déchets est réglée par une législation ad hoc, et qu'il n'y avait pas lieu de se prononcer sur la surveillance ou l'assainissement d'un site alors qu'aucune investigation technique n'en établissait le besoin. Il incombait bien au détenteur du site d'engager les mesures nécessaires, indépendamment des coûts finaux qu'il pourrait se faire rembourser par d'éventuels tiers responsables. Le SENE a estimé que les frais d'assainissement ne pouvaient être fixés à ce stade, et que la répartition qu'il avait effectuée visait à assurer à parts égales et minimales la responsabilité entre les biens-fonds impliqués dans le site pollué, à défaut de critère plus objectif. Il s'est déclaré disposé à fixer une répartition différente pour les perturbateurs par situation s'il recevait des autorités juridiques (sic) des instructions permettant de respecter les articles 9 Cst. et 32d LTD [recte: LPE]. Il a conclu au rejet du recours.

e) Le DDTE a rejeté le recours par décision du 15 octobre 2013. Il a rappelé la distinction à opérer entre un site pollué et un site contaminé au sens de la législation fédérale et le rôle de l'investigation historique d'un site. Celle-ci doit permettre d'identifier les causes probables de la pollution et, si elle est avérée, de confirmer la nécessité d'une investigation technique préalable pour déterminer les besoins de surveillance et d'assainissement et évaluer la mise en danger de l'environnement. L'investigation technique peut aboutir à l'inscription du site, inscrit au cadastre des sites pollués, au cadastre des sites contaminés ou au contraire à l'apposition de la mention "ne nécessite ni surveillance ni assainissement" au cadastre des sites pollués. L'investigation de détail n'est effectuée que si le site (pollué) nécessite un assainissement. Quant à la répartition des frais de ces différentes mesures, le DDTE a rappelé que le détenteur du site supporte les frais d'investigation, mais qu'il pourra les reporter ensuite en tout ou en partie sur les tiers dont il serait établi qu'ils ont contribué à la pollution ou à la contamination (perturbateurs par comportement). Il a retenu que dans le cadre d'un projet de construction sur une parcelle inscrite au cadastre des sites pollués, l'élimination des matériaux d'excavation pollués doit être assurée par le détenteur seul. Il peut néanmoins demander à certaines conditions aux personnes à l'origine de la pollution et aux anciens détenteurs du site d'assumer 2/3 des coûts supplémentaires. Si le site est contaminé et non seulement pollué, les frais sont répartis entre les divers perturbateurs. Les anciennes décharges, inscrites systématiquement au cadastre des sites pollués, doivent faire l'objet de phases d'investigation et d'assainissement à la charge des détenteurs, qui pourront éventuellement les répercuter sur autrui et c'est à cette fin que l'autorité fixe les quote-parts de chaque perturbateur concerné. Le rapport 1 de B. SA avait permis de valider l'inscription des parcelles au cadastre des sites pollués. Les travaux de démolition et de terrassement produiraient des déchets qui devraient être triés conformément à l'ordonnance cantonale sur le traitement des déchets. X. SA n'étant, jusqu'à preuve du contraire, que perturbatrice par situation et astreinte pour cette raison à supporter une part des frais, il était adéquat de répartir les frais d'investigation en pourcentages, celui de 5 % pour chaque propriétaire correspondant à la pratique. Une nouvelle décision serait rendue une fois les coûts totaux déterminés, dans laquelle il serait tenu compte de l'avantage que la société retirerait potentiellement de l'assainissement de ses parcelles. Tout en admettant que la motivation de la décision attaquée était succincte, le DDTE estime qu'elle se tenait dans les limites du pouvoir d'appréciation du SENE et qu'elle pouvait être confirmée.

B. X. SA recourt à l'encontre de cette décision devant la Cour de droit public. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation et, principalement, à ce que la Cour de droit public, statuant elle-même, charge l'Etat de Neuchâtel de supporter l'intégralité des frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement du site, sous réserve de la participation financière de la Confédération. Elle énumère les différents composants de ces frais et, subsidiairement, réduit sa conclusion principale à 90 %, le solde étant ventilé à parts égales entre les autres propriétaires concernés. Accessoirement, elle conclut au renvoi du dossier au DDTE pour réexamen au sens des considérants. Elle fait valoir que le site sur lequel se trouvent ses parcelles contient des substances qui devront être évacuées comme déchets souillés, ce qu'on ignorait au jour du recours devant le département. Elle invoque une violation du droit, une constatation incomplète de faits pertinents et une inégalité de traitement. Elle maintient que la législation cantonale prescrit à l'Etat de supporter les frais relatifs aux sites pollués ayant servi au stockage définitif des déchets urbains et qu'il n'est pas conforme à la loi de soutenir que l'Etat se substitue aux personnes autorisées à déposer des déchets à l'époque, pour autant qu'une autorisation ait été nécessaire. La recourante critique le fait que le DDTE entende soumettre l'analyse des eaux à l'OSites alors que les résidus de la décharge seront examinés selon l'OTD, alors que la loi n'opère aucune distinction entre les substances aqueuses et les déchets solides. Elle estime que l'Etat doit prendre en charge les coûts d'analyse des matériaux et les autres dépenses d'investigation. Elle considère qu'il est de son intérêt de connaître le risque financier auquel elle s'expose, surtout si le site est contaminé. La clé de répartition fixée par le SENE est arbitraire et doit être réformée et fixer la part de chaque perturbateur séparément et pour toute la procédure. Elle conteste retirer un bénéfice économique des mesures prises parce que les parcelles n'étaient pas inscrites au cadastre des sites pollués lorsqu'elle les a acquises et que le prix n'a fait l'objet d'aucune décote. La recourante joint à son mémoire un rapport de B. SA du 23 septembre 2013 intitulé "Projet N., Analyses OTD du sous-sol", qui porte sur l'article [aaa] uniquement (ci-après : rapport 2).

C. Dans sa détermination du 11 décembre 2013, le service juridique du Département de la justice, de la sécurité et de la culture (DJSC), qui répond pour le chef du DDTE, relève que la recourante a reconnu sa responsabilité par situation à l'exclusion de toute responsabilité par comportement dans un document signé le 12 octobre 2012 pour le projet N. (pièce qui ne figure pas au dossier). Il considère que la décision attaquée fixe la répartition des coûts des diverses étapes du traitement d'un site contaminé, soit l'investigation préalable, l'investigation de détail et cas échéant l'assainissement, mais non le coût des mesures que le détenteur doit prendre s'il veut construire sur un site pollué, une problématique qui relève de l'ordonnance sur le traitement des déchets. Il invoque le rapport 2 de B. SA produit par la recourante en annexe à son recours devant la Cour de droit public, dont il ressort que le tri et le traitement des déchets dus aux travaux de démolition et de terrassement sur la parcelle no [aaa] seront nécessaires, au sens de l'ordonnance sur le traitement des déchets (OTD), ce qui générera un surcoût. Il déplore ne pas en avoir eu connaissance antérieurement et rappelle que les investigations techniques relevant de l'ordonnance sur les sites contaminés sont en cours. Il maintient que la notion de sol n'est pas identique en droit de la protection de l'environnement et en droit de la construction. Il estime que seule la répartition par quote-parts des frais liés au site pollué peut être discutée dans le cadre de la procédure en cours, domaine pour lequel ce n'est pas la pollution du sous-sol qui est déterminante, mais ses potentielles atteintes à l'environnement. Il répète qu'en présence d'un projet de construction sur un site constitué par une ancienne décharge, c'est l'ordonnance sur le traitement des déchets qui est applicable et non l'ordonnance sur l'assainissement des sites pollués. Il conclut au rejet du recours et à la confirmation de la décision attaquée, sans frais ni dépens.

D. La recourante dépose le 2 avril 2014 un "Rapport d'investigation technique OSites" de B. du 20 mars 2014 (ci-après : rapport 3). Il en ressort que le site investigué présente des concentrations en ammonium et nitrite dépassant le taux maximal admis par l'OSites, et qu'un assainissement est nécessaire. Ce ne sont donc pas seulement les frais d'investigation qui doivent être pris en considération dans la répartition, mais l'ensemble des coûts, y compris de confinement ou de décontamination, selon les mesures envisagées par l'expert dans son rapport.

E. Le service juridique du DJSC considère qu'il s'agit d'un moyen de preuve nouveau mais qu'il doit être soumis au SENE pour que celui-ci détermine si le site nécessite une surveillance ou un assainissement.

F. Ayant pris connaissance du rapport 3 transmis par la Cour de droit public, le SENE conteste la qualification de site contaminé nécessitant un assainissement de Champréveyres-Dessous et relève que les émissions des polluants ne sont pas connues à l'aval à proximité du site, ni leur écoulement dans les eaux du lac, de sorte qu'il faudrait établir un suivi de l'évolution des teneurs des substances dans les eaux pour déterminer si un assainissement sera finalement nécessaire. Une investigation de détail sera encore menée pour établir les buts et l'urgence avant qu'un projet d'assainissement à élaborer définisse les mesures d'intervention. Il fait valoir que seules les mesures nécessaires selon le droit des sites pollués doivent être réparties entre les responsables en droit et se réfère aux directives de l'OFEV quant à la répartition des frais pour l'investigation, la surveillance et l'assainissement d'un site pollué et les frais engagés pour construire sur un tel site. Ces frais ne sont répartis que s'ils sont nécessaires en vertu du droit sur les sites contaminés, pour l'investigation préalable ou la surveillance d'un site devant faire l'objet d'un examen ou pour l'investigation de détail ou l'assainissement d'un site devant être assaini. Le financement de mesures allant au-delà de ce qui est requis par le droit sur les sites contaminés et liées uniquement au projet de construction ne doit pas être réparti, mais supporté uniquement par le détenteur du bien-fonds. Le site de Champréveyres-Dessous n'étant pas contaminé et ne nécessitant pas un assainissement selon les résultats de l'investigation technique, les coûts d'assainissement et de surveillance ne doivent pas être répartis. Le SENE maintient ses conclusions quant au recours.

G. X. SA fait valoir que ses recherches se situent bien dans le cadre de ce qui avait été prévu pour l'investigation technique et que les forages ont même été déplacés pour tenir compte des desiderata du SENE. Elle soutient qu'il ressort des investigations de B. SA des concentrations supérieures aux normes, en basses comme en hautes eaux, et qu'il est nécessaire d'assainir le site. C'est à tort que le SENE estime que ces dépassements doivent encore être confirmés dans une seconde campagne. Il convient donc de confiner ou d'évacuer les matériaux contaminés. La recourante demande que les factures émises par B. SA ainsi que toutes les autres dépenses qu'elle a engagées pour connaître la nature et les taux des substances polluantes sur ses parcelles, comme désormais l'entier des coûts d'excavation, de transport et de traitement des matériaux souillés, soient mis à la charge de l'Etat de Neuchâtel.

C O N S I D E R A N T

en droit

1. Interjeté dans les formes et délai légaux, le recours est recevable.

2. La décision du 2 avril 2013 rendue par le SENE se fonde sur la loi fédérale sur la protection de l'environnement (LPE) du 7 octobre 1983, l'ordonnance du Conseil fédéral sur l'assainissement des sites pollués (ordonnance sur les sites contaminés, OSites) du 26 août 1998, la loi cantonale sur la protection et la gestion des eaux du 2 octobre 2012 (LPGE) et son règlement d'exécution du 10 juin 2014 (RLGPE), la loi cantonale concernant le traitement des déchets (LTD) du 13 octobre 1985. La décision du département prend principalement en considération les dispositions de la LPE, de l'OSites et de la LTD.

a) La loi fédérale sur la protection de l'environnement (LPE), en vigueur depuis le 1^er janvier 1985, met en œuvre le principe de causalité, dit du pollueur-payeur, à son article 2. Elle qualifie d'atteintes portées au sol le dépôt de déchets, définis comme des choses meubles dont le détenteur se défait ou dont l'élimination est commandée par l'intérêt public (art. 7 al. 6 LPE) et prévoit une obligation d'assainir les installations qui ne satisfont pas aux prescriptions de la loi et aux dispositions d'autres lois fédérales en matière de protection de l'environnement (art. 16 al. 1 LPE). Entré en vigueur le 1^er novembre 2006, l'article 32c LPE impose aux cantons de veiller à l'assainissement, entre autres, des sites pollués par des déchets (…) lorsqu'ils engendrent des atteintes nuisibles ou incommodantes ou qu'il existe un danger concret que de telles atteintes apparaissent. On parle alors de sites contaminés (définis à l'art. 2 al. 2 et 3 de l'ordonnance du 26.08.1998 OSites). Les sites pollués ne peuvent être modifiés par la création ou la transformation de constructions et d'installations que s'ils ne nécessitent pas d'assainissement et si le projet n'engendre pas de besoin d'assainissement (art. 3 OSites). L'annexe 1 à l'OSites énumère les valeurs de concentration déterminantes pour l'évaluation des atteintes portées aux eaux par les sites pollués, l'annexe 3 énumère les valeurs de concentration pour l'évaluation du besoin d'assainissement de sols en distinguant entre les sols utilisés à des fins agricoles ou horticoles et les sols affectés à des jardins privés et familiaux, des places de jeux et d'autres lieux où des enfants jouent régulièrement. Les valeurs sont différentes, certaines substances ne sont énumérées que dans le cadre de la protection des eaux.

b) En résumé, un site peut être pollué sans être contaminé, c'est à-dire qu'il ne cause pas d'atteintes ou ne présente pas des risques d'atteintes aux biens protégés, par exemple parce que les substances polluantes qui se trouvent dans le sous-sol sont emprisonnées et ne peuvent pas migrer vers les eaux souterraines. Un tel site, pollué, ne doit pas être assaini en vertu des articles 32 ss LPE. Si toutefois les valeurs de pollution dépassent celles qui seraient admissibles pour un autre usage, par exemple un champ cultivé passant en zone d'habitation, il y aura lieu de le rendre propre à son nouvel usage, par un assainissement. Cet assainissement portera généralement sur l'élimination des substances non admises, en sous-sol, mises à jour par les terrassements. La doctrine relève que si le sous-sol est pollué, il sera soumis au régime des déchets en cas d'excavation (Romy in Moor/Favre/Flückiger (éd.), Loi sur la protection de l'environnement (LPE), ad art. 32c no 12), mais c'est le cas quelle que soit sa nature, les matériaux de déblai provenant de constructions devant faire l'objet d'un tri et être éliminés en fonction de leurs caractéristiques dans un lieu d'entreposage approprié (cf. let. C. et D. ci-dessus).

c) En matière de frais, il incombe en principe au propriétaire d'un site de supporter les frais de terrassement et d'élimination des déchets de chantier en décharge. La LPE contient une disposition applicable aux immeubles pollués, mais non contaminés, acquis entre 1972 et 1997. L'article 32b bis LPE permet au détenteur, pour les sites pollués, mais non contaminés, qui ne nécessitent pas un assainissement, de demander par voie d'action aux personnes à l'origine de la pollution et aux anciens détenteurs d'assumer deux tiers des coûts supplémentaires d'investigation et d'élimination des matériaux en particulier lorsque cela est nécessaire pour la construction ou la transformation des bâtiments. Cette disposition ne s'applique pas en l'espèce, la recourante ayant acquis ses parcelles en 2001.

d) La prise en charge des frais lorsqu'un site est pollué par des déchets, qu'il soit pollué ou contaminé, est réglée à l'article 32d LPE. Cette disposition est placée dans la section 4 de la loi, intitulée "Assainissement de sites pollués par des déchets". Le chapitre 4, intitulé "Déchets", reprend la règle de causalité, dite du pollueur-payeur, figurant à l'article 2 LPE, selon laquelle celui qui est à l'origine des mesures nécessaires assume les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement d'un site pollué (art. 32d al. 1 LPE). Si plusieurs personnes sont impliquées, elles assument les frais de l'assainissement proportionnellement à leur part de responsabilité, soit en premier lieu la personne qui a rendu nécessaires les mesures par son comportement, le détenteur n'en assumant aucun si, même en appliquant le devoir de diligence, il n'a pu avoir connaissance de la pollution (art. 32d al. 2 LPE). La collectivité publique compétente prend à sa charge la part de frais due par les personnes à l'origine des mesures qui ne peuvent être identifiées ou qui sont insolvables (art. 32d al. 3 LPE). L'autorité prend une décision sur la répartition des coûts lorsqu'une personne concernée l'exige ou qu'une autorité prend les mesures elle-même (art. 32d al. 4 LPE). Si l'investigation révèle qu'un site inscrit ou susceptible d'être inscrit au cadastre des sites pollués ne l'est pas, la collectivité publique compétente prend à sa charge les frais des mesures d'investigation nécessaires (art. 32d al. 5 LPE).

L'article 32d LPE est, selon son libellé, applicable aux cas où un assainissement est nécessaire, mais le fait qu'il réglemente les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement d'un site permet d'admettre qu'il s'applique sans distinction aux cas où aucune pollution n'est constatée (selon l'art. 32d al. 5 LPE), aux démarches d'investigation lorsqu'un site pollué est confirmé, mais également à l'assainissement lorsque celui-ci est nécessaire. La nécessité d'assainir est toutefois restreinte dans la LPE aux cas d'atteinte ou de risque d'atteintes nuisibles ou incommodantes aux biens protégés par la loi. En d'autres termes, les décharges polluées mais non contaminées n'ont pas besoin d'être assainies.

e) Les dispositions d'exécution fédérales apportent les précisions suivantes : l'OSites définit les sites pollués comme étant notamment des emplacements d'une étendue limitée pollués par des déchets, comprenant entre autres les décharges désaffectées (art. 2 al. 1 let. a OSites). L'autorité établit un cadastre des sites pollués (art. 5 al. 1) sur la base duquel elle les classe en deux catégories: les sites pour lesquels on ne s'attend à aucune atteinte nuisible ou incommodante (al. 4 let. a) et les sites pour lesquels il faut procéder à une investigation afin de déterminer s'ils nécessitent une surveillance ou un assainissement (art. 5 al. 4 let. b).

f) L'adaptation de la législation cantonale au droit fédéral en matière de protection de l'environnement s'est faite avec un certain décalage. La loi sur le traitement des déchets (LTD) se fonde, outre sur la LPE, sur la loi fédérale sur la protection des eaux du 8 octobre 1971. Ses articles 16a à 16h, en vigueur dès le 15 août 2008, sont consacrés à l'assainissement des sites pollués. Ils peuvent être rattachés aux articles 32 ss LPE. L'article 16a LTD impartit à l'Etat de veiller à l'assainissement notamment des sites pollués par des déchets (autres que des décharges contrôlées), conformément aux exigences du droit fédéral. Pour la prise en charge des frais, l'article 16b LTD pose le principe que celui qui est à l'origine des mesures nécessaires assume les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement d'un site pollué. Selon l'article 16c LTD, l'Etat prend une décision de répartition des coûts lorsqu'une personne concernée l'exige ou qu'une autorité prend des mesures elle-même. Il assume certains coûts, notamment les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement du site lorsque le détenteur n'assume pas de frais si, en appliquant le devoir de diligence, il n'a pu avoir connaissance de la pollution (art. 16d let. c et d LTD). L'exécution de la LTD incombe au Conseil d'Etat, qui détermine les déchets à valoriser ou à éliminer, leur mode d'élimination, les émoluments cantonaux et les bases de calcul des taxes et émoluments communaux (art. 24 al. 1 LTD).

3. En l'espèce, le SENE a rendu la décision du 2 avril 2013 objet de la présente procédure suite à la remise par B. SA de son rapport du 6 mai 2011 (rapport 1) établi au sens de l'article 7 al. 1 et 2 OSites. Il s'agit des résultats d'une investigation préalable à la demande de l'autorité, établie suite à une demande liée à l'article [aaa], mais portant sur tout le site de l'ancienne décharge de Champréveyres-Dessous. Comme le relève la décision attaquée, un tel rapport comprend généralement une investigation historique et une investigation technique pour identifier les données nécessaires pour apprécier les besoins de surveillance et d'assainissement et estimer la mise en danger que fait courir un site. L'investigation technique sert à identifier le type et la quantité de substances présentes sur le site, leur possibilité de dissémination ainsi que l'importance des domaines de l'environnement concernés (art. 7 al. 4 OSites). Dans le cadre de la procédure, le SENE a plusieurs fois mentionné une demande du mandataire de la recourante pour obtenir une décision de constatation sur la situation de ses biens-fonds et la répartition des frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement du site, mais aucune pièce ne figure au dossier. On peut toutefois comprendre de l'état de fait que le SENE a considéré qu'une investigation technique était nécessaire sur le site de l'ancienne décharge de Champréveyres-Dessous, pour tous les propriétaires concernés, en rapport avec un projet de construction limité à l'article [aaa] du cadastre d'Hauterive. Les résultats de cette investigation figurent dans les rapports 1 et 3 de B. SA.

Dans sa décision de répartition, le SENE a fixé des pourcentages applicables aux "frais", sans précisions. Il a déclaré prépondérante la responsabilité des perturbateurs par comportement que sont les communes de Neuchâtel et d'Hauterive, anciens exploitants de la décharge et affirmé que l'Etat de Neuchâtel prenait cette part de responsabilité à sa charge selon l'article 16d al. 1 let. a LTD, qui met à la charge de l'Etat les frais relatifs aux sites pollués ayant servi au stockage définitif de déchets urbains (…) pour l'investigation, la surveillance et l'assainissement. Il a fixé les pourcentages à raison de 65 % pour l'Etat, les propriétaires se partageant le solde par parcelle. La recourante, qui possède trois parcelles, est ainsi astreinte à supporter 15 % des coûts.

La recourante conteste cette décision sur deux points principaux : le taux et la nature des frais auxquels il s'applique. Concernant le taux, la recourante estime que l'Etat de Neuchâtel doit supporter la totalité des frais, subsidiairement 90 %, et que sa propre part, de 15 %, est en tous les cas trop élevée. En ce qui concerne la nature des frais, il s'agit selon elle de l'intégralité des frais qu'elle a engagés pour l'investigation voulue par le SENE, qui sont le préalable nécessaire à déterminer dans quelle mesure un assainissement est nécessaire, ainsi que les frais de surveillance et d'assainissement ultérieurs. Elle fonde ce point de vue sur l'article 16 al. 1 LPE, qui prescrit, sous la note marginale "Obligation d'assainir", d'assainir les installations qui ne satisfont pas aux prescriptions du droit fédéral qui s'appliquent à la protection de l'environnement.

4. Concernant le taux, l'article 32d LPE met les frais en premier lieu à la charge de celui qui est à l'origine des mesures nécessaires (al. 1) et, en présence de plusieurs perturbateurs par comportement, à la charge de chacun d'entre eux proportionnellement à sa responsabilité objective et subjective (al. 2; cf. également ATF 131 II 743, cons. 3.1). Celui dont le comportement est la cause première du résultat doit supporter la plus grande partie des frais des mesures nécessaires. Pour l'assainissement des décharges de déchets, la question est discutée de savoir qui revêt la qualité de perturbateur par comportement, notamment si les déposants des déchets peuvent être considérés comme tels (Romy, op. cit. ad art. 32d no 33), mais l'article 16d let. a LTD résout la question en mettant à la charge de l'Etat les frais relatifs au stockage définitif de déchets urbains pour l'investigation, la surveillance ou l'assainissement de ces sites, dans le cadre de sa mission de veiller à l'assainissement des sites pollués par les déchets selon les exigences du droit fédéral.

5. Il incombe par principe au détenteur de répondre de l'état contraire au droit dans lequel se trouve son bien-fonds et il est tenu en règle générale d'exécuter les mesures d'investigation et d'assainissement requises par l'OSites. Lorsqu'il n'est que perturbateur par situation et n'a pas contribué lui-même à la pollution, le détenteur assume une part des coûts qui varie, selon les pratiques cantonales, entre 5 % et 25 % de la totalité de ces frais. Il n'y a pas d'échelle précise quant à une répartition des frais entre plusieurs propriétaires. L'imposition d'une quote-part forfaitaire, telle qu'elle se pratique dans certains cantons, est critiquée par un auteur, qui se réfère à la jurisprudence du Tribunal fédéral et rappelle qu'il convient de tenir compte de toutes les circonstances du cas d'espèce, sur la base des principes d'équité et de proportionnalité, en particulier la mesure dans laquelle la pollution de la parcelle a été reportée sur le prix de vente (Romy, ad art. 32d no 44). La jurisprudence du Tribunal fédéral a fixé à 10 % au maximum la part de frais d'investigation que devait supporter le propriétaire du site, en relevant qu'une attribution de 10 % à 30 % de ces coûts au perturbateur par situation qui n'a commis aucune faute ne se justifie que si d'autres circonstances contribuent à cette appréciation, par exemple lorsque la personne concernée était déjà responsable du site au moment de la pollution et qu'elle aurait pu l'empêcher, si elle répond de la situation en raison de la position de son prédécesseur ou si elle a obtenu ou obtiendra un avantage spécifique du fait de la pollution ou de l'assainissement prévu (ATF 139 II 106).

6. En l'espèce, le SENE part bien d'un taux de 5 à 10 %, mais sans le justifier, et l'applique à chaque propriétaire. La clé de répartition ainsi déterminée a pour effet que la responsabilité prépondérante des pouvoirs publics (communaux, mais dont les conséquences sont prises en charge par le canton) pour l'ancienne décharge se traduit par un taux de 65 % (dont 40 % sont susceptibles d'être financés par la Confédération). Ce calcul s'avère inéquitable en l'espèce, et il est de surcroît insuffisamment fondé. Comme le relève la recourante, la part de l'Etat ne peut pas varier en fonction du nombre de propriétaires concernés par la surveillance d'un site pollué. Il suffirait que plusieurs propriétaires répondent de la détention d'un site pour que l'Etat, pollueur par comportement, n'encoure à l'extrême aucun frais, alors même qu'il serait l'unique responsable. Dans la mesure où la jurisprudence prescrit de tenir compte de toutes les particularités du cas, la fixation du taux de 5 % s'avère lacunaire si l'on sait que l'ancienne décharge a été utilisée par différentes entreprises pour stocker des matériaux (probablement non polluants), mais également pour l'exploitation d'un ball-trap qui a laissé des restes sur la parcelle [aaa], selon le rapport 3, et que les parts de tous les perturbateurs par comportement doivent être recherchées pour tenir compte des particularités d'un cas.

Il ressort du dossier que les rapports 1 et 3 de B. SA ont été établis pour toute la décharge de Champréveyres-Dessous, et non pas seulement en rapport avec la parcelle no [aaa]. Il est donc admissible que les frais des investigations qu'ils concernent soient mis à la charge de tous les propriétaires actuels des articles composant l'ancienne décharge. Leur part ne doit pas excéder 10 %, ainsi que le rappelle la décision attaquée, mais cette part doit être supportée par eux en fonction de l'ensemble des circonstances qui leur sont propres, soit la surface de leur parcelle, l'éventuel avantage qu'ils ont retiré des investigations et leur participation active à la pollution constatée. L'Etat supportera ainsi 90 % des coûts d'investigation en tant qu'ils sont liés à l'exploitation de la décharge. Le recours est d'ores et déjà admis pour ce point.

7. Concernant les frais sur lesquels les pourcentages ainsi déterminé devront s'appliquer, il y a lieu de déterminer l'objet de la décision du SENE au moment où elle a été rendue. Comme il s'agissait à ce moment de répartir des frais d'investigation, il était correct de tenir compte de la totalité des propriétaires actuels du site. Ces pourcentages ne pourront toutefois être appliqués à l'ensemble des démarches visant à établir, sur l'ensemble du site, quelles sont les parties qui nécessitent un assainissement. En effet, la nécessité d'assainir dans son ensemble doit être évaluée, et non seulement la part de matériaux contaminés ou pollués qui se trouvent sur la parcelle [aaa]. Le rapport 3 contient des conclusions quant à la protection des eaux que le SENE conteste. On ne saurait dans ces circonstances fixer des parts de mesures d'assainissement que l'autorité compétente ne juge pas nécessaires.

Sous l'angle procédural par ailleurs, l'objet du litige est limité par la décision du SENE, qui portait sur des frais d'investigation effectués et à faire (rapport historique et rapport technique) et ne saurait s'étendre en cours de procédure à d'éventuels frais d'assainissement. La recourante ne peut que réduire l'objet du litige par rapport à l'objet de la contestation; elle ne peut l'élargir ou le modifier, puisque cela amènerait à une violation de la compétence fonctionnelle de l'autorité supérieure (Candrian, Introduction à la procédure administrative fédérale […], Bâle 2013, ch. 182, 184 et les références citées; cf. également Moser/Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2013, ch. 2.8; cf. encore ATF 136 II 457 cons. 4.2; 131 II 200 cons. 3.2; arrêt du TAF du 14.02.2013 [A‑545/2012] cons. 2.5, du 28.01.2011 [A-1626/2010 ] cons. 1.2.1).

Alors que les rapports 1 et 3 de B. SA portent sur des investigations pour l'ensemble du site, le rapport 2 porte spécifiquement sur l'article [aaa] et l'évacuation des matériaux pollués, respectivement contaminés qui composent son sous-sol. Une répartition des coûts de ce rapport entre les différents propriétaires du site de CHAMPRÉVEYRES-DESSOUS n'entre pas en ligne de compte, ne serait-ce que parce qu'ils n'y ont aucun intérêt. Seul le partage de la responsabilité entre l'Etat, en lieu et place des communes de Neuchâtel et d'Hauterive qui ont constitué la décharge, les pollueurs ultérieurs par comportement (l'exploitant du Ball-trap, notamment) entre en ligne de compte, et il devra faire l'objet d'une évaluation ad hoc tenant compte de toutes les particularités du cas.

8. Ainsi, il convient d'admettre que la décision attaquée ne portait que sur les frais d'investigation pour l'ensemble de la décharge de Champréveyres-Dessous, et non sur l'élimination des matériaux d'excavation de la parcelle no [aaa] dans le cadre de la réalisation d'un projet immobilier. Les frais d'architecte et de mandataire, non chiffrés ni détaillés, devront être répartis en tant qu'ils ont trait à l'investigation préalable du site de Champréveyres-Dessous et non au projet de construction sur la parcelle no [aaa]. La recourante fournira à l'intimé les détails et explications nécessaires à une telle répartition dans le cadre de l'examen de la cause qu'elle doit effectuer suite au renvoi.

9. Le recours est admis. Les décisions du SENE du 2 avril 2013 et du DDTE confirmant celle-ci du 15 octobre 2013 en matière de répartition de frais d'investigations techniques sont annulées. Le dossier est renvoyé au SENE pour qu'il procède à une nouvelle répartition des frais d'investigation engagés par la recourante sur le site de Champréveyres-Dessous au sens des considérants.

10. L'Etat qui succombe n'étant pas astreint aux frais, il n'en sera pas perçu (art. 47 LPJA). La recourante qui obtient gain de cause sur le principe et procède avec l'assistance d'un mandataire a droit à des dépens partiels. En l'absence d'un état de frais et honoraires, ceux-ci sont fixés sur la base du dossier (art. 66 TFrais) à 3'000 francs, frais et TVA compris.

Par ces motifs,
la Cour de droit public

1. Admet le recours et annule la décision du SENE du 2 avril 2013 et celle du DDTE du 15 octobre 2013.

2. Renvoie la cause au SENE pour nouvelle décision au sens des considérants.

3. Statue sans frais et ordonne la restitution de son avance de frais à la recourante.

4. Alloue à la recourante une indemnité de dépens de 3'000 francs, frais et TVA compris, à la charge de l'intimé.

Neuchâtel, le 26 octobre 2015

Art. 2 LPE

Principe de causalité

Celui qui est à l'origine d'une mesure prescrite par la présente loi en supporte les frais.

Art. 4 LPE

Prescriptions d'exécution fondées sur d'autres lois fédérales

¹ Les prescriptions relatives aux atteintes à l'environnement par les pollutions atmosphériques, le bruit, les vibrations et les rayons, qui se fondent sur d'autres lois fédérales doivent être conformes au principe de la limitation des émissions (art. 11), aux valeurs limites d'immissions (art. 13 à 15), aux valeurs d'alarme (art. 19) et aux valeurs de planification (art. 23 à 25).¹

² Les prescriptions sur l'utilisation de substances et d'organismes qui se fondent sur d'autres lois fédérales doivent être conformes aux principes applicables à l'utilisation de substances (art. 26 à 28) ou d'organismes (art. 29a à 29h).²

¹ Nouvelle teneur selon le ch. I de la LF du 21 déc. 1995, en vigueur depuis le 1^er juil. 1997 (RO 1997 1155; FF 1993 II 1337).
² Nouvelle teneur selon le ch. 4 de l'annexe à la LF du 21 mars 2003 sur le génie génétique, en vigueur depuis le 1^er janv. 2004 (RO 2003 4803; FF 2000 2283).

Art. 32d LPE

Prise en charge des frais

¹ Celui qui est à l'origine des mesures nécessaires assume les frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement du site pollué.

² Si plusieurs personnes sont impliquées, elles assument les frais de l'assainissement proportionnellement à leur part de responsabilité. Assume en premier lieu les frais celle qui a rendu nécessaires les mesures par son comportement. Celle qui n'est impliquée qu'en tant que détenteur du site n'assume pas de frais si, même en appliquant le devoir de diligence, elle n'a pas pu avoir connaissance de la pollution.

³ La collectivité publique compétente prend à sa charge la part de frais due par les personnes à l'origine des mesures, qui ne peuvent être identifiées ou qui sont insolvables.

⁴ L'autorité prend une décision sur la répartition des coûts lorsqu'une personne concernée l'exige ou qu'une autorité prend les mesures elle-même.

⁵ Si l'investigation révèle qu'un site inscrit ou susceptible d'être inscrit au cadastre (art. 32c, al. 2) n'est pas pollué, la collectivité publique compétente prend à sa charge les frais des mesures d'investigation nécessaires.

Art. 3 OSites

Création et transformation de constructions et d'installations

Les sites pollués ne peuvent être modifiés par la création ou la transformation de constructions et d'installations que:

a. s'ils ne nécessitent pas d'assainissement et si le projet n'engendre pas de besoin d'assainissement; ou

b. si le projet n'entrave pas de manière considérable l'assainissement ultérieur des sites ou si ces derniers, dans la mesure où ils sont modifiés par le projet, sont assainis en même temps.

Art. 7 OSites

Investigation préalable

¹ Sur la base de la liste de priorités, l'autorité demande qu'une investigation préalable des sites nécessitant une investigation soit effectuée dans un délai approprié; cette opération comprend généralement une investigation historique et une investigation technique. Celles-ci permettent d'identifier les données nécessaires pour apprécier les besoins de surveillance et d'assainissement (art. 8) et de les évaluer du point de vue de la mise en danger de l'environnement (estimation de la mise en danger).

² L'investigation historique permet d'identifier les causes probables de la pollution du site, en particulier:

a. les événements ainsi que l'évolution des activités sur le site dans l'espace et le temps;

b. les procédés au cours desquels des substances dangereuses pour l'environnement ont été utilisées.

³ Un cahier des charges mentionnant l'objet et l'ampleur de l'investigation technique ainsi que les méthodes utilisées est établi sur la base de l'investigation historique. Il est soumis à l'autorité pour avis.

⁴ L'investigation technique sert à identifier le type et la quantité de substances présentes sur le site, leur possibilité de dissémination ainsi que l'importance des domaines de l'environnement concernés.

Art. 20 OSites

¹ Les mesures d'investigation, de surveillance et d'assainissement doivent être exécutées par le détenteur du site pollué.

² L'autorité peut obliger des tiers à procéder à l'investigation préalable, à exécuter les mesures de surveillance ou à effectuer l'investigation de détail lorsqu'il y a lieu de penser que leur comportement est à l'origine de la pollution du site.

³ Elle peut, avec l'accord du détenteur, obliger des tiers à élaborer le projet d'assainissement et à exécuter les mesures d'assainissement lorsque leur comportement est à l'origine de la pollution du site.