A. X. Sàrl est une société à responsabilité limitée, active dans le secteur agricole, constituée en 1999 et inscrite au registre du commerce. A. y détient une participation majoritaire. La société exploite le domaine agricole de X. Sàrl, propriété de B., époux de A., avec lequel cette dernière a conclu un contrat de bail à ferme et duquel elle vit séparée de fait depuis 1996. A. est domiciliée dans le canton de Bâle-Campagne.

B. Depuis 1999, X. Sàrl a présenté chaque année, à l'aide de la formule officielle, une demande de paiements directs. Par décision du 9 juillet 2001, le Service de l'économie agricole (actuellement : Service de l'agriculture), a refusé le droit aux paiements directs généraux à X. Sàrl, pour l'année 2000, au motif que les revenus et la fortune de A. devaient également comprendre ceux de son époux B. et que les limites fixées à cet égard pour le droit aux paiements directs étaient ainsi dépassées. En revanche, le droit aux compensations écologiques et aux contributions à la culture des champs ainsi que celles pour prairies extensives sur terres assolées gelées a été admis. Le 1^er octobre 2001, le service a rejeté l'opposition formée par X. Sàrl et confirmé sa décision du 9 juillet 2001. Le Département de l'économie publique a rejeté le recours par décision du 27 mars 2002. En date du 25 avril 2002, X. Sàrl, par l'intermédiaire de l'Union Suisse des Paysans, a interjeté recours devant le Tribunal administratif contre la décision dudit département. Par arrêt du 31 août 2004, le Tribunal administratif (TA.2002.150) a annulé les décisions du Service cantonal de l'économie agricole et du Département de l'économie publique en renvoyant la cause audit service pour instruction complémentaire et nouvelle décision. L'Office fédéral de l'agriculture (ci-après : l'office fédéral) a recouru contre cette décision auprès de la Commission de recours du Département fédéral de l'économie qui a rejeté le recours par décision du 14 juillet 2005.

C. Par décision du 11 mai 2006, le Service de l'agriculture a octroyé rétroactivement à X. Sàrl des paiements directs agricoles pour les années 1999 à 2005 à concurrence d'une somme de 249'617.90 francs – montant comprenant des paiements directs généraux, des contributions pour prestations écologiques, ainsi que des contributions pour la culture des champs. Ce service a toutefois refusé de verser des intérêts moratoires sur ces subventions en rappelant que les aides financières et indemnités de la Confédération étaient majorées d'un intérêt moratoire annuel de 5 % à l'expiration d'un délai de 60 jours à compter du terme de paiement. Il a notamment considéré que ce terme correspondait à la date à laquelle une décision formelle d'octroi des paiements directs était entrée en force, et qu'en l'espèce, l'exploitante n'était pas au bénéfice d'une telle décision avant le 11 mai 2006. Par mémoire du 2 juin 2006, X. Sàrl, a recouru contre cette décision devant le Département de l'économie (actuellement : Département du développement territorial et de l'environnement, ci-après : DDTE) en contestant uniquement le refus de lui verser des intérêts moratoires. Elle a fait valoir que si son droit aux paiements directs généraux a fait l'objet d'une longue procédure, son droit aux contributions pour prestations écologiques et pour la culture des champs a toujours été admis. Sachant que l'ordonnance sur les paiements directs fixe le terme de paiement au 31 décembre de l'année des contributions, elle estime que les contributions pour prestations écologiques et pour la culture étaient exigibles 60 jours plus tard, soit au 1^er ou 2 mars de l'année de contributions suivantes. Elle a dès lors prétendu au versement d'un intérêt moratoire à 5 % sur le montant de chacune des contributions pour les années 1999 à 2005.

Le DDTE a rejeté le recours par décision du 16 avril 2014. Il a fait valoir qu'on ne pouvait considérer, en vertu du droit public ou en s'inspirant du droit privé, que les paiements directs constituaient des subventions exigibles au sens de la loi sur les subventions tant qu'une procédure était encore pendante et qu'une décision formelle n'avait pas été rendue.

D. En date du 21 mai 2014, X. Sàrl, défère cette décision à la Cour de droit public du Tribunal cantonal, concluant à son annulation en tant qu'elle refuse l'octroi d'intérêts moratoires sur les contributions pour prestations écologiques et pour la culture des champs. Reprenant pour l'essentiel les arguments développés devant le département, la recourante rappelle qu'aucun élément ne faisait obstacle aux versements des contributions dès leur échéance légale.

E. Par courrier du 19 juin 2014, le département déclare n'avoir pas d'observations à formuler, et conclut au rejet du recours.

C O N S I D E R A N T

en droit

1. Interjeté dans les formes et délai légaux, le recours est recevable.

2. a) En l'occurrence, au terme d'une longue procédure, le Service de l'économie agricole (ci-après : SEA) a octroyé rétroactivement à X. Sàrl des paiements directs agricoles pour les années 1999 à 2005. Le service intimé a néanmoins refusé de verser des intérêts moratoires sur ces subventions. Le calcul des montants octroyés n'est pas contesté par la recourante qui conclut toutefois au versement d'intérêts sur les prestations arriérées allouées à titre de compensation écologique et pour la culture des champs, motif pris qu'aucun élément ne faisait obstacle à leurs versements dès leur échéance. Elle a par contre renoncé à revendiquer des intérêts moratoires sur les paiements directs généraux.

Il convient de revenir sur les éléments ayant conduit à ladite procédure. Depuis 1999, X. Sàrl a déposé annuellement une demande pour l'octroi de paiements directs dans les formes et délais prescrits. Dans une décision du 27 septembre 1999 du SEA, confirmée sur réclamation puis sur recours par le Département de l'économie publique le 3 février 2000, X. Sàrl s'est vu octroyer le droit aux contributions à la surface et à la transformation dans la culture des champs pour la campagne de paiements directs 1999. Le droit aux paiements directs généraux selon l'ordonnance sur les paiements directs a par contre été refusé dans la mesure où le domaine agricole était constitué en la forme d'une personne morale. Ensuite de cela, par décision du 9 juillet 2001 confirmée sur opposition, le SEA a refusé le droit aux paiements directs généraux à X. Sàrl pour l'année 2000, aux motifs que les revenus et la fortune de A. devaient également comprendre ceux de son époux et que les limites fixées à cet égard pour le droit aux paiements directs généraux étaient dépassées. Toutefois, le droit aux compensations écologiques et aux contributions à la culture des champs ainsi qu'à celles pour prairies extensives sur terres assolées gelées a été reconnu. Dans la procédure de recours qui s'en est suivie, seule était ainsi litigieuse la question du cumul de la fortune ou non des époux, vivant séparés, pour l'octroi des paiements directs généraux. La situation physique et juridique du domaine pour les paiements généraux n'a toutefois été problématique que durant les années 1999 à 2001 dans la mesure où depuis 2002, le domaine agricole s'est limité à revendiquer l'octroi des subventions pour les compensations écologiques et la culture des champs. Cependant, si X. Sàrl a déposé annuellement une demande de paiements directs depuis 1999, l'office des paiements directs n'a versé aucune contribution en attendant l'issue de la procédure relative à la campagne de paiements directs de l'année 2000.

b) Selon le Tribunal fédéral, l'obligation de verser des intérêts moratoires lorsque le débiteur d'une obligation pécuniaire est en demeure ne découle pas seulement du droit privé (art. 104 CO), mais constitue un principe général du droit, également applicable au droit public. Il s'agit donc d'un principe général, de droit non écrit, auquel la loi peut certes déroger (arrêt du TF du 11.10.2007 [2C_191/2007] cons. 3.2; ATF 101 Ib 252 cons. 4b).

Aux termes de l'article 70 al. 1 de la loi fédérale sur l'agriculture du 29 avril 1998 (ci-après : LAgr) dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2003, la Confédération octroie aux exploitants d'entreprises paysannes cultivant le sol des paiements directs généraux et des contributions écologiques s'ils prouvent qu'ils fournissent les prestations écologiques requises. Le Conseil fédéral arrête les dispositions d'exécution nécessaires, à moins que loi ne réglemente autrement cette compétence. Il peut déléguer la tâche d'édicter des dispositions dont le caractère est avant tout technique ou administratif au Département fédéral de l'économie ou à des offices qui lui sont subordonnés (art. 177 al. 1 et 2 LAgr). Se fondant sur cette dernière disposition, le Conseil fédéral a promulgué l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur les paiements directs versés dans l'agriculture (ordonnance sur les paiements directs; OPD) ainsi que l'ordonnance sur les contributions à la surface et à la transformation dans la culture des champs (Ordonnance sur les contributions à la culture des champs, OCCCh1). Ces dispositions sont en outre complétées par celles de la loi fédérale du 5 octobre 1990 sur les aides financières et les indemnités (loi sur les subventions; LSU) qui s'applique à toutes les aides financières et indemnités prévues par le droit fédéral.

A la teneur de l'article 24 LSU, à l’expiration d’un délai de 60 jours à compter du terme du paiement, les aides ou indemnités non versées sont majorées d’un intérêt moratoire annuel de 5 %. Il ressort des travaux préparatoires (FF 1987 p. 369 ss, p. 415) relatifs à la LSU que le moment à partir duquel la créance en matière d'aide financière porte intérêt est l'expiration d'un délai de 60 jours à compter du terme du paiement fixé par la loi, par décision ou par contrat. Aux termes de l'article 68 al. 3 OPD, le canton verse les contributions aux requérants jusqu’au 31 décembre de l’année de contributions. Il peut payer un acompte au milieu de l’année, jusqu’à concurrence de 50 % du montant total ou de celui de l’année précédente et demander à l’office de lui avancer les fonds nécessaires à cet effet. A préciser que dorénavant, l'article 109 OPD prévoit trois échéances par année pour le versement des contributions aux exploitants agricoles, un acompte en milieu d'année, un versement en novembre et le solde en décembre.

c) Visant une application uniforme des dispositions de l'ordonnance, l'Office fédéral de l'agriculture a édicté un document intitulé "Commentaire et instructions relatifs à l'ordonnance sur les paiements directs versés dans l'agriculture" (ci-après : commentaire OPD). D'après la jurisprudence, les ordonnances administratives destinées à orienter les activités de l'administration visent à garantir une application uniforme et égalitaire du droit en donnant des indications sur l'exercice du pouvoir d'appréciation et sur la signification de normes formulées de manière indéterminée. Les ordonnances administratives s'adressent aux fonctionnaires et aux employés publics; elles ne définissent en revanche pas de droits ou de devoirs pour les citoyens (ATF 128 I 167 cons. 4.3 et les références citées). Elles n'ont donc pas force de loi et ne lient ni les administrés, ni les tribunaux, ni même l'administration. Elles ne dispensent pas cette dernière de se prononcer à la lumière des circonstances du cas d'espèce. Par ailleurs, elles ne peuvent sortir du cadre fixé par la norme supérieure qu'elles sont censées concrétiser. En d'autres termes, à défaut de lacune, elles ne peuvent prévoir autre chose que ce qui découle de la législation ou de la jurisprudence (ATF 133 II 305 cons. 8.1 et les références citées). S'il est vrai que les ordonnances administratives interprétatives ne lient en principe ni les tribunaux ni les administrés, il n'en reste pas moins que les uns et les autres en tiennent largement compte. Par ailleurs, dans la mesure où ces directives assurent une interprétation correcte et équitable des règles de droit, le juge les prendra en considération (ATAF 2007/48 cons. 6; arrêts du TAF du 09.11.2010 [B-1796/2009] cons. 3.3.1 et du 13.11.2009 [B‑3133/2009] cons. 4.4.4; Moor, Droit administratif, vol. I, Les fondements généraux, 2^ème éd., Berne 1994, n 3.3.5.4, p. 271).

Dans sa version de mai 2013, le commentaire OPD précise ce qui suit à propos de l'article 68 relatif au versement des paiements directs :

" On respectera ici les exigences contenues dans les Directives de l’OFAG pour le versement des acomptes ainsi que pour les décomptes principaux et définitifs des paiements directs, des contributions à la culture des champs et des contributions d'estivage. En vue de garantir l’obligation de surveillance et de contrôle, on n’effectuera aucun versement si les données requises ne sont pas fournies.

Les cantons sont tenus de verser immédiatement (dès réception) aux ayants droit les contributions reçues de l’OFAG. Les sommes touchées en trop doivent être restituées à l’office sans délai.

Selon l’art. 24 de la loi sur les subventions, un intérêt moratoire de 5 % doit être accordé si les aides financières ne sont pas versées dans les 60 jours à compter de leur échéance. Celle-ci prend effet avec l’entrée en force de la décision. Cette règle s’applique aussi bien aux versements qu’aux restitutions."

Ces directives posent dès lors le principe selon lequel un intérêt moratoire doit être accordé si l'aide financière n'est pas versée dans les 60 jours après l'entrée en force d'une décision. Aussi, si la date de versement fixée au 31 décembre de l'année des contributions contenue dans l'article 68 al. 3 OPD ne saurait, à proprement parler, représenter un point de départ pour le calcul d'intérêts moratoires, elle constitue toutefois une échéance temporelle impérative que le législateur a voulu imposer aux cantons pour le versement des paiements directs aux exploitants.

3. Cela étant, il sied d'examiner si la recourante peut se prévaloir d'une décision entrée en force s'agissant des paiements directs durant les campagnes 1999 à 2005.

a) Il appert du dossier que, par décision du 27 septembre 1999, confirmée sur réclamation le 26 novembre 1999 puis sur recours par le Département de l'économie le 3 février 2000, le Service de l’agriculture a refusé l’octroi des paiements directs généraux pour l'année 1999 en octroyant néanmoins le droit aux contributions prévues par l'ordonnance sur les contributions à la surface et à la transformation dans la culture des champs. L'intéressée n'a pas recouru contre la décision du Département de l'économie.

Dans sa décision du 9 juillet 2001, confirmée sur réclamation le 3 octobre 2001, le SEA a refusé le droit aux paiements directs généraux pour l'année 2000 en application de l'article 23 al. 2 OPD mais a, dans un même temps, reconnu le droit aux contributions pour les compensations écologiques et les contributions à la culture des champs, ainsi qu'à celles pour prairies extensives sur terres assolées gelées. L'intéressée a recouru contre cette décision en concluant à l'octroi des paiements directs généraux selon l'ordonnance sur les paiements directs sans toutefois remettre en question l'octroi en sa faveur des autres contributions.

b/aa) L'objet du litige dans la procédure administrative subséquente est le rapport juridique qui – dans le cadre de l'objet de la contestation déterminé par la décision – constitue, d'après les conclusions du recours, l'objet de la décision effectivement attaqué. D'après cette définition, l'objet de la contestation et l'objet du litige sont identiques lorsque la décision administrative est attaquée dans son ensemble. En revanche, lorsque le recours ne porte que sur une partie des rapports juridiques déterminés par la décision, les rapports juridiques non contestés sont certes compris dans l'objet de la contestation, mais non pas dans l'objet du litige (ATF 125 V 414 cons. 1b et 2 et les références citées; pour la procédure d'opposition : ATF 119 V 347; cf. également l'arrêt D. du 08.10.2003, U 152/01, cons. 3; Meyer-Blaser, Streitgegenstand im Streit – Erläuterungen zu BGE 125 V 413, in Schaffhauser/Schlauri [édit.], Aktuelle Rechtsfragen der Sozialversicherungspraxis, St-Gall 2001, p. 19). Les questions qui – bien qu'elles soient visées par la décision administrative et fassent ainsi partie de l'objet de la contestation – ne sont plus litigieuses, d'après les conclusions du recours, et qui ne sont donc pas comprises dans l'objet du litige, ne sont examinées par le juge que s'il existe un rapport de connexité étroit entre les points non contestés et l'objet du litige (ATF 122 V 245 cons. 2a, 117 V 295 cons. 2a, 112 V 99 cons. 1a, 110 V 51 cons. 3c et les références; cf. également ATF 122 V 36 cons. 2a).

Aussi, c'est le recourant qui est appelé à définir l'objet du litige par le biais des conclusions de son recours, les points non contestés de la décision attaquée acquérant force exécutoire formelle. Le recourant ne peut que réduire l'objet du litige par rapport à l'objet de la contestation; il ne peut l'élargir ou le modifier, puisque cela amènerait à une violation de la compétence fonctionnelle de l'autorité supérieure (Candrian, Introduction à la procédure administrative fédérale […], Bâle 2013, ch. 182, 184 et les références citées; cf. également Moser/Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2013, ch. 2.8; cf. encore ATF 136 II 457 cons. 4.2; 131 II 200 cons. 3.2; arrêt du TAF du 14.02.2013 [A‑545/2012] cons. 2.5, du 28.01.2011 [A-1626/2010 ] cons. 1.2.1).

bb) Au cas particulier, dans sa décision du 9 juillet 2001, le SEA a examiné la demande de contributions directes de la recourante pour l'année 2000 en considérant que X. Sàrl n'avait pas droit aux paiements directs généraux en application de l'article 23 al. 3 OPD dans la mesure où l'addition du revenu imposable et de la fortune déterminante des deux conjoints dépassait les limites autorisées (dispositif chiffre 1). Le SEA a, par contre, reconnu le droit aux compensations écologiques sur la base de l'article 43 al. 1 OPD ainsi que le droit aux contributions à la culture des champs ainsi qu'à celle pour prairies extensives sur terres assolées gelées (chiffre 2). Enfin, l'établissement d'un décompte final des contributions dues pour la campagne de paiements directs 2000 a été réservé (chiffre 3).

Dans sa décision, le service intimé s'est prononcé sur l'octroi de deux subventions distinctes, et c’est d'ailleurs à juste titre qu’elles ont fait l’objet d’un chiffre séparé dans le dispositif. Sur ce point, il sied de préciser que l'octroi des compensations écologiques (art. 1 al. 3 OPD) est indépendant de l'octroi des paiements directs généraux (art. 1 al. 2 OPD) dans la mesure où les exploitants qui sont exclus des paiements directs en vertu des articles 22 ou 23 OPD ou dont les paiements directs sont réduits en vertu desdits articles touchent au moins les contributions pour la compensation écologique (art. 43 al. 1 OPD). Ce faisant, lesdites contributions devaient dans tous les cas être allouées à la recourante indépendamment de l'octroi ou non des paiements directs en application de l'article 23 al. 3 OPD. Le même constat doit être fait s'agissant du droit aux contributions à la culture des champs en application de l'OCCCh1. Ce droit aux contributions est en effet reconnu à la recourante depuis 2000 et n'a fait l'objet d'aucune contestation ou remarque ni du service intimé ni de la recourante. Il découle de ce qui précède que la décision du SEA du 9 juillet 2001 admet, sur le principe et pour l'année 2000, le droit de la recourante aux compensations écologiques et aux contributions à la culture des champs, ainsi qu'à celles pour prairies extensives sur terres assolées gelées, et renvoie à un décompte à établir par l'office des paiements directs pour leur montant. Comme exposé ci-dessus, c'est le recourant qui est appelé à définir l'objet du litige par le biais des conclusions de son recours; les points non contestés de la décision attaquée acquérant force exécutoire formelle. A cet égard, il convient de retenir que la réclamation de la recourante élevée à l'encontre de la décision concernée ne portait que sur le refus d'octroi des paiements directs généraux (art. 1 al. 2 OPD) en application de l'article 23 al. 3 OPD limitant ainsi l'objet du litige à cette seule question. Il ressort en tous les cas du dossier que le droit aux contributions écologiques et à la culture des champs n'a pas été contesté et n'a pas fait l'objet des différentes procédures de recours successives – en dernier lieu devant la Commission de recours du Département fédéral de l'économie, de telle sorte que ces derniers points ont acquis force exécutoire formelle. Il s'ensuit que la recourante pouvait se prévaloir d'une décision entrée en force pour l'année 2000 lui permettant d'exiger le versement desdites contributions dans les 60 jours en application de l'article 24 LSU.

cc) Ce qui vient d'être dit pour l'année 2000 vaut à fortiori pour l'année 1999. En effet, il appert du dossier que, par décision du 27 septembre 1999, le SEA a admis le droit de la recourante aux contributions prévues par l'ordonnance sur les contributions à la surface et à la transformation dans la culture des champs, indépendantes des paiements directs généraux. Aussi, comme l'admet justement le département, cette décision a garanti le droit de la recourante aux compensations écologiques et à la culture de champs, principe qui n'a pas fait l'objet de la décision sur réclamation puis du recours devant le département. Il s'ensuit que le droit aux prestations écologiques et à la culture des champs a acquis force exécutoire formelle et que lesdites contributions étaient également dues dans les 60 jours sur la base de l'article 24 LSU.

4. Il s'agit enfin d'examiner la situation relative aux campagnes de paiements directs pour les années 2001 à 2005. Sur ce point, on doit constater qu'aucune décision n'a été rendue par le service intimé pour les années en cause jusqu'à l'issue de la procédure relative à l'année 2000. Aussi, il sied de déterminer si un comportement dilatoire et contraire au droit peut être reproché au service intimé.

a) L'article 29 al. 1 Cst. dispose que toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. A l'instar de l'article 6 § 1 CEDH – qui n'offre, à cet égard, pas une protection plus étendue – cette disposition consacre le principe de la célérité, autrement dit prohibe le retard injustifié à statuer. L'autorité viole cette garantie constitutionnelle lorsqu'elle ne rend pas la décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans un délai que la nature de l'affaire ainsi que toutes les autres circonstances font apparaître comme raisonnable (ATF 135 I 265 cons. 4.4; 129 V 416 cons. 1, 126 V 249 cons. 4a, 124 I 139, 119 III 1, 117 Ia 117 cons. 3a, 197 cons. 1c; cf. aussi Auer/Malinverni/Hottelier, Droit constitutionnel suisse, vol. II, Les droits fondamentaux, p. 594-595 nos 1244-1245).

Le caractère raisonnable de la durée de la procédure s'apprécie en fonction des circonstances particulières de la cause, lesquelles commandent généralement une évaluation globale. Entre autres critères sont notamment déterminants le degré de complexité de l'affaire, l'enjeu que revêt le litige pour l'intéressé ainsi que le comportement de ce dernier et celui des autorités compétentes (ATF 124 I 142 cons. 2c, 119 Ib 325 cons. 5b et les références indiquées). A cet égard, il appartient au justiciable d'entreprendre ce qui est en son pouvoir pour que l'autorité fasse diligence, que ce soit en l'invitant à accélérer la procédure ou en recourant, le cas échéant, pour retard injustifié (ATF 107 Ib 155 cons. 2b et c p. 158-159). Cette obligation s'apprécie toutefois avec moins de rigueur en procédure pénale et administrative (Haefliger/Schürmann, Die Europäische Menschenrechtskonvention und die Schweiz, Berne 1999, p. 203-204; Auer/Malinverni/Hottelier, op. cit., n°1243). On ne saurait par ailleurs reprocher à une autorité quelques temps morts; ceux-ci sont inévitables dans une procédure (ATF 124 I 142 cons. 2c, 119 Ib 325 cons. 5b et les références indiquées). Une organisation déficiente ou une surcharge structurelle ne peuvent cependant justifier la lenteur excessive d'une procédure (ATF 122 IV 111 cons. I/4); il appartient en effet à l'Etat d'organiser ses juridictions de manière à garantir aux citoyens une administration de la justice conforme aux règles (ATF 119 III 3 cons. 3; Haefliger/Schürmann, op. cit., p. 204-205; Auer/Malinverni/Hottelier, op. cit., nos 1244 ss).

b) Pour de nombreux exploitants à titre principal, les paiements directs sont devenus une source importante de revenus. La planification des liquidités, qui est un enjeu majeur, notamment durant les périodes de faiblesse des prix à la consommation, est donc basée sur les échéances annuelles de versement des paiements directs. Le Tribunal fédéral a reconnu cette importance en considérant que les paiements directs agricoles ne servaient pas uniquement à l'agriculture écologique, mais indemnisaient les paysans pour les prestations qu'ils fournissaient à la collectivité, si bien qu'ils participaient également à assurer le revenu des paysans. De nombreuses exploitations ne pourraient pas survivre sans paiements directs. Par conséquent, leur objectif ne pouvait pas être réduit exclusivement à la fourniture de prestations en faveur de la nature et leur portée s'en trouvait donc élargie (ATF 134 II 287). La suppression d'une partie ou de la totalité des paiements directs peut donc menacer l'existence de la famille paysanne. Une existence remise au plus tard en question lorsque les paiements directs sont retenus, en raison d'un litige, non seulement pour l'année concernée par le contrôle mais également les années suivantes (Koller, Etre correct dans l'exécution, in : Revue UFA 2012, p. 10).

En vertu de l'article 70 al. 1 LAgr, la Confédération octroie aux exploitants d'entreprises paysannes cultivant le sol des paiements directs généraux, des contributions écologiques et des contributions éthologiques, à condition qu'ils fournissent les prestations écologiques. Ces dernières englobent une détention des animaux conforme aux dispositions en vigueur, un bilan de fumure équilibré, une part équitable de surfaces de compensation écologique, un assolement régulier, une protection appropriée du sol (art. 70 al. 2 LAgr). Aux termes de l'article 16 al. 1 OPD, l'exploitant qui demande l'octroi des paiements directs doit fournir à l'autorité cantonale la preuve qu'il exploite l'ensemble de son exploitation conformément aux exigences des prestations requises (ci-après : PER) ou à d'autres règles reconnues par l'office. Est considérée comme preuve, l'attestation établie par un organe d'inspection accrédité par l'office fédéral (art. 16 al. 2 OPD).

Depuis quelques années, le système des paiements directs est devenu une jungle de dispositions légales, d'ordonnances, d'instructions, d'aide-mémoires, de programmes de calcul ayant comme conséquence une augmentation des exigences en matière de contrôle. En principe, un contrôle périodique est effectué auprès des exploitations agricoles percevant des paiements directs pour s’assurer qu’elles remplissent les exigences relatives à l’exploitation. Lorsque des manquements sont constatés, les paiements directs sont réduits. Le versement des paiements directs et des contributions à des cultures particulières est lié à des charges et conditions dont l’observation est contrôlée lors du traitement des demandes par le canton et lors des inspections d’exploitations agricoles. La responsabilité des contrôles incombe au canton.

Aux termes de l'article 11 al. 1 du Règlement d'exécution de la loi sur la promotion de l'agriculture du 17 décembre 1997, chaque commune désigne, avec l'accord du service, un préposé à la culture des champs, ainsi que son suppléant. Les communes peuvent s'unir pour désigner un préposé dont le champ d'activité s'étend au territoire de plusieurs d'entre elles (al. 2). Selon l'article 12 al. 1 dudit règlement, le préposé à la culture des champs accomplit les tâches qui lui sont confiées par le service, notamment dans les domaines de l'application des ordonnances fédérales sur les paiements directs, les contributions écologiques, l'orientation de la production végétale, les contributions à l'exploitation agricole du sol, les contributions aux détenteurs de vaches, les contributions aux frais des détenteurs de bétail et les données d'exploitations agricoles. Il contrôle les données fournies par l'exploitant et vérifie le respect des conditions et des charges prévues par le droit fédéral (al. 2). Il retourne au service, dans les délais prescrits par ce dernier, les formules officielles dûment contrôlées. Il lui communique tous les renseignements utiles (al. 3). Enfin, le service détermine si le requérant a droit à la contribution requise et, le cas échéant, il en fixe le montant (art. 23 al. 1).

c) Au cas particulier, il n'est pas contesté que la recourante a déposé chaque année de 1999 à 2005, une demande de paiements directs dans les délais et selon les formes requises. Si l'exigence de la célérité de la procédure ne saurait l'emporter sur la nécessité d'une instruction complète (ATF 119 Ib 325 cons. 5), il n'en demeure pas moins que la durée d'instruction du cas d'espèce (sept ans entre le moment du dépôt de la première demande de paiements directs et le prononcé de la décision litigieuse), considérée dans son ensemble, apparaît sans nul doute excessive. Il est certain que la procédure relative à la campagne de paiements directs pour l'année 2000 a été prolongée en raison de l'examen du droit par plusieurs instances successives et aucun manquement ne saurait à cet égard être reproché au service intimé. Il n'en demeure pas moins que l'intimé ne pouvait se dispenser d'examiner et d'instruire les demandes de paiements directs relatives aux années 2001 à 2005 et de rendre une décision pour chaque année concernée. Dans la mesure où, comme exposé ci-dessus, la décision 9 juillet 2001 admettait le droit de la recourante aux contributions écologiques et à la culture des champs, il y a lieu de considérer que l'instruction de la procédure sur ces contributions était suffisamment étayée pour permettre au service de statuer en connaissance de cause, ce qu'il n'a pas fait. L'inaction du Service de l'agriculture est d'autant plus incompréhensible eu égard au fait que seules les contributions pour les compensations écologiques ainsi qu'à la culture des champs étaient revendiquées depuis 2002. L'octroi des paiements directs généraux n'était dès lors plus litigieux et aucun élément ne pouvait faire obstacle à l'examen desdites demandes de paiements directs. De surcroît, et comme exposé plus en avant, le législateur fédéral a mis en place un système de paiements directs répondant au principe de la rétribution des prestations. En d'autres termes, en tant que paiements orientés sur la prestation, ils sont versés en application du principe de "prestations – contre-prestations". A ce titre, il incombe aux cantons, respectivement au service intimé dans le cas particulier de déterminer si un requérant a droit aux contributions et le cas échéant d'en fixer le montant. La mise en place d'un contrôle des exploitations par le préposé permet de vérifier les données fournies par l'exploitant et d'examiner le respect des conditions et des charges prévues par le droit fédéral. En l'occurrence, rien au dossier ne permet de vérifier que la recourante a bien fait l'objet des contrôles requis par la législation fédérale et cantonale durant les années en cause. Néanmoins, aucun élément ne permettait au service intimé de retarder l'examen de l'octroi des subventions et d'attendre l'issue de la procédure relative à la campagne de paiements directs de l'année 2000 pour établir un décompte final relatif aux années 1999 à 2005. Comme déjà relevé, l'octroi et le versement des paiements directs annuellement aux échéances prévues par le droit fédéral est un enjeu majeur permettant d'assurer l'existence des exploitations paysannes. En l'espèce, en attendant l'issue de la procédure litigieuse, l'intimé a occasionné des lenteurs inutiles et un retard injustifié, au demeurant non imputables à la recourante qui a toujours respecté les obligations qui lui incombaient. Dans ces circonstances, le service n'a pas statué dans un délai raisonnable au vu de la nature de l'affaire, du degré de complexité de celle-ci ainsi que de l'enjeu que le litige revêtait pour l'intéressée. Il y a ainsi lieu d'admettre l'existence d'un retard injustifié à statuer que l'on peut assimiler à un acte illicite de l'administration (cf. Egli, L'activité illicite du juge, cause de responsabilité pécuniaire à l'égard des tiers, in Hommage à Raymond Jeanprêtre, Neuchâtel 1982, p. 18 ch. 4.3). Partant, il convient d'admettre dans le cas particulier, le versement d'intérêts moratoires à compter du 31 décembre de l'année des prestations pour les années 2001 à 2005 au taux usuel de 5 % l'an. Il appartiendra à l'intimé, auquel la cause est renvoyée, d'en opérer le calcul.

5. Les considérations qui précèdent conduisent à admettre le recours et à annuler les décisions du 11 mai 2006 du Service de l'agriculture et celle du département du 16 avril 2014. Il y a lieu de renvoyer la cause au Service de l'agriculture pour qu'il procède au calcul des intérêts moratoires relatifs aux années 1999 à 2005 et rende une nouvelle décision au sens des considérants.

Vu l'issue de la cause, il est statué sans frais. La recourante a droit à des dépens dans la mesure fixée par le tribunal; leur montant est déterminé sans égard à la valeur litigieuse d'après l'importance et la complexité du litige (art. 61 let. g LPGA; Bovay, Procédure administrative, 2000, p. 464; Schaer, Juridiction administrative neuchâteloise, ad art. 48 LPJA, p. 190). Me C. n'ayant pas déposé un état des honoraires et des frais (art. 66 al. 1 TFrais), la Cour de céans fixera les dépens sur la base du dossier (art. 66 al. 2 TFrais). Tout bien considéré, le temps consacré à la cause par un avocat diligent et expérimenté (étude du dossier, rédaction d’un recours ainsi que les diverses correspondances) ne paraît pas devoir dépasser ici 6 heures soit, eu égard au tarif usuel de l'ordre de 250 francs de l'heure, 1'500 francs, auxquels s'ajoutent les débours par 150 francs et la TVA à 8 % par 132 francs, soit au total 1'782 francs.

Par ces motifs,
LA Cour de DROIT PUBLIC

1. Admet le recours, annule la décision du Service de l'agriculture du 11 mai 2006 ainsi que la décision du département du 16 avril 2014 et renvoie la cause au Service de l'agriculture pour instruction complémentaire et nouvelle décision au sens des considérants.

2. Statue sans frais et ordonne la restitution à la recourante de son avance.

3. Alloue à la recourante une indemnité de dépens de 1'782 francs à la charge de l'intimé.

Neuchâtel, le 30 avril 2015

Art. 70 LAgr

Principe et conditions

1 La Confédération octroie aux exploitants d’entreprises paysannes cultivant le sol des paiements directs généraux et des contributions écologiques s’ils prouvent qu’ils fournissent les prestations écologiques requises.

2 Sont requises les prestations écologiques suivantes:

a. une détention des animaux de rente conforme aux dispositions en vigueur;

b. un bilan de fumure équilibré;

c. une part équitable de surfaces de compensation écologique;

d. un assolement régulier;

e. une protection appropriée du sol;

f. une sélection et une utilisation ciblées des produits de traitement des plantes.

3 La Confédération encourage les modes de production particulièrement en accor avec la nature et respectueux de l’environnement et des animaux, en allouant des contributions écologiques présentant un intérêt économique.

4 Les agriculteurs souhaitant recevoir des paiements directs doivent respecter les dispositions de la législation sur la protection des eaux, de l’environnement et des animaux applicables à l’agriculture.

5 Le Conseil fédéral fixe, en vue de l’octroi des paiements directs et des contributions écologiques:

a. la taille minimale de l’exploitation;

b. une charge de travail minimale dans l’entreprise exploitée;

c. une limite d’âge;

d. la surface ou le nombre d’animaux par exploitation au-delà desquels les

contributions sont réduites;

e. des valeurs limites par unité de main-d’oeuvre standard;

f. le revenu et la fortune imposables des exploitants au-delà desquels les contributions

sont réduites ou refusées.

6 Il peut:

a. moduler les paiements directs selon la difficulté des conditions de production;

b. subordonner l’octroi des contributions à des charges.

Art. 24 LSu

Intérêts moratoires

A l'expiration d'un délai de 60 jours à compter du terme du paiement, les aides ou indemnités non versées sont majorées d'un intérêt moratoire annuel de 5 %.

Art. 1 OPD

1 Les paiements directs comprennent les paiements directs généraux et les contributions

écologiques.

2 Par paiements directs généraux, on entend les:

a. contributions à la surface;

b. contributions pour la garde d’animaux consommant des fourrages grossiers;

c. contributions pour la garde d’animaux dans des conditions difficiles;

d. contributions pour des terrains en pente.

3 Par contributions écologiques, on entend les:

a. contributions pour la compensation écologique;

b. contributions pour la culture extensive de céréales et de colza;

c. contributions pour la culture biologique;

d. contributions pour la garde d’animaux de rente particulièrement respectueuse de l’espèce

Art. 23 OPD

Plafonnement des paiements directs en fonction de la fortune déterminante

1 Par fortune déterminante, on entend la fortune imposable diminuée de 120 000 francs par unité de main-d’oeuvre standard.

2 La somme des paiements directs est réduite à partir d’une fortune déterminante de 800 000 francs jusqu’à une fortune déterminante de 1 million de francs. La déduction équivaut à un dixième de la différence entre la fortune déterminante de l’exploitant et le montant de 800 000 francs.

3 L’exploitant dont la fortune déterminante dépasse 1 million de francs n’a pas droit aux paiements directs.

4 Pour calculer la limite de fortune d’une exploitation gérée par une société de personnes, on additionnera la fortune déterminante de chacun des exploitants, puis on divisera cette somme par le nombre d’exploitants.

5 Par fortune déterminante de l’exploitant au sens de l’art. 2, al. 3, on entend la fortune imposable et le capital propre de la société de capitaux calculé proportionnellement à sa participation, déduction faite du capital actions ou du capital social et de la réduction prévue à l’al. 1.

Art. 43 OPD

Autres exploitants ayant droit aux contributions

1 Les exploitants qui sont exclus des paiements directs en vertu de l’art. 2 ont droit aux contributions pour la compensation écologique.

2 Les exploitants qui sont exclus des paiements directs en vertu des art. 22 ou 23 ou dont les paiements directs sont réduits en vertu desdits articles touchent au moins les contributions pour la compensation écologique.

3 Les contributions pour la compensation écologique sont versées pour au maximum 50 % de la surface agricole utile de ces exploitations.

Art. 68 OPD

Versement des paiements directs

1 L’office contrôle la liste des paiements établie par le canton et lui verse la somme totale approuvée.

2 Les contributions qui n’ont pu être versées sont prescrites après cinq ans. Le canton doit les rembourser à l’office.

3 Le canton verse les contributions aux requérants jusqu’au 31 décembre de l’année de contributions. Il peut payer un acompte au milieu de l’année, jusqu’à concurrence de 50 % du montant total ou de celui de l’année précédente et demander à l’office de lui avancer les fonds nécessaires à cet effet.

4 Le canton transmet avant le 1er décembre de l’année de contributions le décompte principal accompagné de la liste récapitulative et avant le 1er mars de l’année suivante le décompte final accompagné des listes des paiements.

Art. 109 OPD

Versement des contributions aux exploitants

¹ Le canton peut verser un acompte aux exploitants au milieu de l'année.

² Il verse les contributions au plus tard le 10 novembre de l'année de contributions, à l'exception des contributions dans la région d'estivage et de la contribution de transition.

³ Il verse les contributions dans la région d'estivage et la contribution de transition au plus tard le 20 décembre de l'année de contributions.

⁴ Les contributions qui n'ont pu être versées sont prescrites après cinq ans. Le canton doit les restituer à l'OFAG.

⁵ Les contributions d'estivage, les contributions pour les surfaces herbagères et les surfaces à litière riches en espèces dans la région d'estivage et les contributions à la qualité du paysage dans la région d'estivage peuvent être versées au consortage ou à la coopérative d'alpage si cela permet de simplifier notablement le travail administratif. Lorsque les contributions sont versées à une collectivité de droit public (commune, bourgeoisie), au moins 80 % du montant sont reversés aux détenteurs de bétail titulaires d'un droit d'estivage.