A. X1________ et X2________ détiennent une exploitation agricole sise à [….], à Z.________, comprenant notamment des vaches laitières. Lors de nombreux contrôles de la part du Service de la consommation et des affaires vétérinaires (ci- après : SCAV), des non-conformités importantes à la législation sur la protection des animaux ont été constatées si bien que les intéressés ont fait l’objet de diverses décisions rendues par ce service (décisions des 03.07.2012, 12.02.2016, 07.06.2017, 03.10.2017 et 20.06.2019). Par ailleurs, le Service de l’agriculture (ci-après : SAGR), après avoir prononcé un avertissement (décision du 16.11.2016) a réduit les paiements directs relatifs aux années 2017, 2018 et 2019 (décisions des 9 et 27.11.2017 pour manquement à la loi sur la protection des animaux et du 03.07.2019 pour le manquement à la loi sur la protection des eaux). Lors d’un contrôle effectué le 30 novembre 2020, le SCAV (décision du 16.12.2020) a constaté diverses infractions dont l’absence de litière dans 54 logettes où sont détenues des vaches laitières et a décidé notamment que les intéressés devaient garantir que tous les bovins bénéficient d’une litière appropriée, suffisante, propre et sèche en tout temps. Ces derniers étaient par ailleurs rendus attentifs au fait que les paiements directs pouvaient être diminués ou supprimés en cas de non-respect de la législation sur la protection des animaux. Sur cette base, l’Office des paiements directs du SAGR a, par décision du 7 juin 2021, en raison de diverses infractions, fixé à 125.16 la somme des points de réduction avec récidive ce qui l’a amené à révoquer le droit aux paiements pour l’année de contributions 2020, vu qu’elle était supérieure à la somme de 110 points fixée par l’annexe 8 de l’ordonnance fédérale sur les paiements directs versés dans l’agriculture du 23 octobre 2013 (RS 910.13; ci-après : OPD).
Les intéressés ont déposé une réclamation contre cette décision contestant les manquements reprochés et relevant, concernant l’absence de litière, ce qui suit :
" A nouveau, compte tenu de notre rythme d’activité vers 9h30 du matin pour le début des travaux à l’étable ne nous laisse pas la possibilité d’être jugé lorsque le travail a été fait et se termine vers 12h. De plus, en prenant l’ensemble des logettes qui sont dépourvues de matière et compte tenu des photos il apparaît clairement que l’ensemble des logettes ne sont pas dans l’état de la photo".
Ils estimaient faire l'objet de pressions exercées excessivement et que les efforts entrepris n'étaient pas pris en considération.
Par décision du 26 juillet 2021, le SAGR a confirmé sa décision. Il a indiqué, en se référant à l'annexe 8 de l’OPD, que, lors du contrôle, les exploitants détenaient 84 vaches laitières. 30 places étant disponibles dans des aires de repos dans les tunnels, il restait 54 logettes disponibles si bien que 54 vaches laitières ont été retenues pour le manque de litière dans les logettes. Il constatait par ailleurs que l'essentiel des arguments développés par les exploitants portait sur l'établissement et l'appréciation des faits tels qu'ils ressortent de la décision du SCAV du 16 décembre 2020 qui n'a pas été contestée.
X1________ et X2________ ont déféré cette décision auprès du Département du développement territorial et de l'environnement (ci-après : DDTE). Ce dernier a retenu que le fait que les 54 logettes où étaient détenues des vaches laitières étaient dépourvues de litière ressortait de la décision du SCAV du 16 décembre 2020 et que, même à supposer qu'il n'y avait que 48 vaches dans les logettes, ce que soutenaient les intéressés, le nombre de points serait supérieur à 110 si bien qu'aucun paiement direct ne pourrait être versé durant l'année de contribution.
B. X1________ et X2________ interjettent recours devant la Cour de droit public du Tribunal cantonal contre cette décision en concluant à son annulation ainsi qu'à celle du SAGR du 26 juillet 2021, sous suite de frais et dépens. Par ailleurs, ils concluent principalement à l'annulation de la décision du 7 juin 2021 de l'Office des paiements directs ainsi qu'à ce qu'il soit dit que le droit auxdits paiements pour l'année 2020 ne doit pas être révoqué et, subsidiairement, à la modification de la lettre g (logettes dépourvues de litière; récidive) de ladite décision en ce sens qu'aucun point de réduction avec récidive n'est retenu et à ce que le montant des paiements devant être restitués soit arrêté à 6'942 francs. Ils invoquent une violation du droit d'être entendu au motif que les autorités inférieures ne pouvaient baser leur décision sur un fait retenu par le prononcé du SCAV du 16 décembre 2020 au sujet duquel ils n'ont pu se prononcer étant donné que seul le dispositif de ce dernier pouvait être entrepris et non ses motifs. Ils estiment de plus que la maxime inquisitoire a été violée au motif que les autorités inférieures devaient instruire l'état réel des 54 logettes vu que les photos du SCAV démontrent que la litière était en réalité présente dans ces dernières. Ils se réfèrent par ailleurs à un jugement de la Cour pénale du Tribunal cantonal (jugement d'appel du 06.09.2022 [CPEN.2021.90]) selon lequel les intervenants du SCAV sont assimilés aux agents de la police judiciaire et devaient être au bénéfice d'un mandat de perquisition écrit, délivré par le vétérinaire cantonal et les autorisant à inspecter une exploitation agricole. En l'absence d'un tel mandat, le contrôle du SCAV était selon eux illicite soit violait leur sphère privée ainsi que leur droit à un procès équitable, si bien que les constatations dudit service ne pouvaient être prises en considération. Enfin, ils invoquent une constatation inexacte ou incomplète des faits contestant que, selon les photos prises par le SCAV, les logettes étaient totalement dépourvues de litière et faisant valoir que rien n'indique que les 54 logettes étaient toutes occupées et que les 2 tunnels disponibles de 153 m2 n'étaient pas suroccupés si bien que les autorités inférieures se sont basées non pas sur des faits réels et avérés mais sur des suppositions.
C. Dans ses observations, le SAGR indique, en substance, que la constatation relative à l'état des 54 logettes aurait pu faire l'objet d'une contestation dans le cadre d'un recours contre la décision du SCAV du 16 décembre 2020 et que les recourants ne sauraient tirer avantage de leur inaction en contestant des éléments de fait établis par une décision entrée en force; que le SCAV est la seule autorité chargée de l'application de la réglementation relative à la protection des animaux; que le recours qu'ils ont déposé dans le cadre d'une affaire pénale portant sur des faits intervenus postérieurement ne saurait déployer d'effet sur la décision du SCAV du 16 décembre 2020, que les recourants se contentent d'allégations sur leur absence de consentement au contrôle et sur l'absence de mandat et qu'à supposer mise en cause la validité de la décision du SCAV, l'intérêt public à la cessation de violations répétées et graves de la réglementation sur la protection des animaux prévaudrait sur l'intérêt privé. Enfin, il relève que les logettes constituent une installation exploitée en stabulation libre et donc par définition accessible au bétail en tout temps, si bien qu'elles doivent toutes être garnies d'une litière adéquate, le nombre exact et la localisation précise des vaches laitières sur l'exploitation au moment du contrôle n'étant pas relevant. Il conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, sous suite de frais.
D. Le DDTE conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, sans formuler d'observations.
C O N S I D E R A N T
en droit
1. Interjeté dans les formes et délai légaux, le recours est recevable.
2. Dans un premier grief de nature formelle, les recourants se plaignent d'une violation de leur droit d'être entendus au motif qu'ils n'auraient pas été associés à l'établissement du fait invoqué pour supprimer les paiements directs. Or, l’office des paiements directs du SAGR n'était pas tenu d'entendre les recourants avant de rendre sa décision initiale, dans la mesure où le règlement général d’exécution de la loi sur la promotion de l’agriculture du 22 juin 2019 prévoit une procédure de réclamation (art. 23 et 24 RELPAgr), qui permet à l'auteur de la décision de revoir lui-même celle-ci en fonction des arguments du destinataire de l'acte. Cette façon de procéder est en effet conforme à la règle de l'article 21 al.2 let. b LPJA, selon lequel l'autorité n'est pas tenue d'entendre les parties avant de prendre une décision susceptible d'être frappée d'opposition (cf. également arrêt de la Cour de céans du 20.03.2017 [CDP.2016.237] cons. 3b/bb publié sur le site de jurisprudence.ne). La procédure suivie par l'intimé ne consacre dès lors pas une violation du droit d'être entendu des recourants et il ne se justifie pas d'annuler la décision contestée pour ce motif, ce d'autant plus que les recourants ont également pu exercer leur droit d'être entendus avant que soit prise la décision du SCAV du 16 décembre 2020.
3. a) Aux termes de l'article 70 al. 1 de la loi fédérale sur l'agriculture du 29 avril 1998 (RS 910.1; ci-après : LAgr), des paiements directs sont octroyés aux exploitants d’entreprises agricoles dans le but de rétribuer les prestations d’intérêt public. Les paiements directs sont octroyés pour autant, notamment que les prestations écologiques requises (ci-après : PER) soient fournies (art. 70a al. 1 let. b LAgr). Seuls ont droit au versement de l’intégralité des paiements directs les agriculteurs qui remplissent entièrement les conditions liées aux PER, telles que notamment une détention des animaux de rente conforme aux besoins de l’espèce (art. 70a al. 2 let. a LAgr). Le Conseil fédéral fixe les exigences concrètes concernant les PER (art. 70a al. 3 let. a LAgr). Les contributions sont versées lorsque ces exigences, visées aux articles 12 à 25 de l’OPD, sont satisfaites dans l'ensemble de l'exploitation (art. 11 OPD). Selon l’article 12 OPD, les prescriptions de la législation sur la protection des animaux applicables à la production agricole doivent être respectées. Le respect de ces dispositions fait ainsi partie intégrante des PER.
b) La loi fédérale sur la protection des animaux du 16 décembre 2005 (RS 455; ci-après : LPA) vise à protéger la dignité et le bien-être de l'animal (art. 1 LPA). Le bien-être est notamment réalisé lorsque la détention et l'alimentation des animaux sont telles que leurs fonctions corporelles et leur comportement ne sont pas perturbés et que leur capacité d'adaptation n'est pas sollicitée de manière excessive, lorsqu'ils ont la possibilité de se comporter conformément à leur espèce dans les limites de leur capacité d'adaptation biologique, lorsqu'ils sont cliniquement sains, ainsi que lorsque les douleurs, les maux, les dommages et l'anxiété leur sont épargnés (art. 3 let. b LPA). Toute personne qui s'occupe d'animaux doit tenir compte au mieux de leurs besoins et veiller à leur bien-être dans la mesure où le but de leur utilisation le permet (art. 4 al. 1 LPA). Selon l'article 6 al. 1 LPA, toute personne qui détient des animaux ou en assume la garde doit, d'une manière appropriée, les nourrir, en prendre soin, leur garantir l'activité et la liberté de mouvement nécessaires à leur bien-être et, s'il le faut, leur fournir un gîte; l'alinéa 2 de cette disposition confie au Conseil fédéral la tâche d'édicter des dispositions sur la détention d'animaux, en particulier des exigences minimales, en tenant compte des connaissances scientifiques, des expériences faites et de l'évolution des techniques, ceci après avoir consulté les milieux intéressés; cette autorité interdit les formes de détention qui contreviennent aux principes de la protection des animaux (cf. aussi arrêt du TF du 12.12.2018 [2C_482/2018] cons. 2.1).
Faisant usage de cette compétence, le Conseil fédéral a adopté l’ordonnance fédérale sur la protection des animaux du 23 avril 2008 (RS 455.1; ci-après : OPAn), dont l’article 3 stipule que les logements et les enclos doivent être munis de mangeoires, d'abreuvoirs, d'emplacements de défécation et d'urinement, de lieux de repos et de retraite couverts, de possibilités d'occupation, de dispositifs pour les soins corporels et d'aires climatisées adéquats (al. 2); que l'alimentation et les soins sont appropriés s'ils répondent aux besoins des animaux à la lumière de l'expérience acquise et des connaissances en physiologie, éthologie et hygiène (al. 3); que les animaux ne doivent pas être détenus en permanence à l'attache (al. 4). Concernant les bovins, l'article 39 OPAN mentionne que l'aire de repos des vaches doit être pourvue d'une litière suffisante et appropriée (al. 1).
c) Il existe deux types de contributions s'agissant du bien-être des animaux, soit la contribution pour les systèmes de stabulation particulièrement respectueux des animaux (contribution SST) et la contribution pour les sorties régulières en plein air (contribution SRPA) (art.72 al. 1 OPD). L'annexe 6 de l'OPD prévoit notamment que les animaux doivent avoir accès en permanence à une aire de repos munie d'un matelas de paille ou d'une couche équivalente pour l'animal (let. a) ainsi qu'à une aire non recouverte de litière (let. b; chiffre 2.1).
d) Les contributions peuvent être réduites ou refusées si le requérant viole la LAgr, ses dispositions d’exécution ou les décisions qui en découlent. Les contributions sont réduites ou refusées au moins pour les années où le requérant a violé les dispositions. En cas de non-respect des dispositions de la législation sur la protection des eaux, de l’environnement et des animaux applicables à la production agricole, les réductions et les refus peuvent concerner tous les types de paiements directs. Le Conseil fédéral règle les réductions applicables en cas de violation de dispositions relatives aux paiements directs et à la production végétale (art. 170 LAgr). Ce faisant, il a adopté l’article 105 OPD, aux termes duquel les cantons réduisent ou refusent les paiements directs conformément à l’annexe 8. Le chiffre 2.3 de cette annexe relatif à la protection des animaux, indique comment doivent être calculées les réductions en cas notamment d'infractions aux prescriptions de construction et de qualité en matière de protection des animaux (chiffre 2.3.1 let. a).
4. a) Selon l'article 14 LPJA, l'autorité constate d'office les faits et elle procède, s'il y a lieu, à l'administration des preuves. Cette disposition consacre le principe inquisitoire, lequel régit plus particulièrement l'activité de la juridiction administrative primaire. Il signifie que l'autorité administrative, tenue de veiller à la correcte application de la loi, doit fonder sa décision sur des faits suffisamment établis et dont la réalité repose sur des preuves suffisantes (Moor/Flückiger/Martenet, Droit administratif, vol. I, 3e éd., 2012, ch. 6.3.2.4 let. c; Schaer, Juridiction administrative neuchâteloise, 1995, p. 82). L'administration des preuves à laquelle procède l'autorité va ainsi de pair avec l'obligation de constater les faits, car l'application correcte du droit implique la connaissance des faits déterminants, dont la réalité doit être établie. L'autorité doit établir spontanément les faits pertinents de la manière la plus objective possible en procédant aux investigations nécessaires (Moor/Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., 2011, ch. 2.2.6.3).
b) Selon la jurisprudence publiée de la Cour de céans (jurisprudence.ne.ch; arrêt de la CDP du 15.02.2019 [CDP.2018.341]) le SAGR peut se fonder sur les constatations ressortant d'une décision entrée en force du SCAV, pour retenir des manques de soins aux animaux. En effet, le SAGR est l'organe d'exécution du département en matière agricole, exerçant toutes les compétences et prenant toutes les décisions qui ne sont pas expressément réservées à une autre autorité (art. 2 RELPAgr en lien avec l’art. 8 de la loi cantonale sur la promotion de l'agriculture du 28.01.2009 [RSN 910.1; ci-après : LPAgr]). Il détermine ainsi en particulier si un requérant a droit à la contribution requise et, le cas échéant, il en fixe le montant (art. 22 RELPAgr). Relevons à cet égard que les préposés régionaux agricoles sont chargés d'effectuer les contrôles prévus par la législation fédérale, notamment en matière de paiements directs, l'Etat pouvant confier certaines tâches en relation avec les contrôles effectués par les préposés régionaux agricoles à des organisations indépendantes (art. 9 LPAgr en lien avec les art. 20 et 21 RELPAgr). Cela étant, force est de constater que le SCAV, service placé sous la responsabilité du vétérinaire cantonal, est – en tant qu’organe d’exécution du département – chargé des tâches découlant de la législation en matière de protection des animaux (art. 2 du règlement cantonal d'application de la loi d'introduction de la législation fédérale sur la protection des animaux du 20.06.2012 [RSN 465.01; ci-après : RELILPA] en lien avec l’art. 2 al. 4 de la loi cantonale d'introduction de la législation fédérale sur la protection des animaux du 24.01.2012 [RSN 465.0; ci-après : LILPA]), soit notamment de la poursuite et de la sanction des contraventions à la législation fédérale et cantonale en matière de protection des animaux (art. 8 LILPA). Le vétérinaire cantonal est d’ailleurs chargé d'exécuter et d'ordonner les mesures prévues dans ces législations, en étant pour ce faire secondé par les agents de la protection des animaux (art. 3 RELILPA en lien avec l’art. 4 RELILPA).
Il s'ensuit que le SCAV était compétent pour ordonner par décision du 16 décembre 2020, des mesures en lien avec la protection des animaux suite aux constatations qu'il avait faites. Faute de toute contestation, cette décision est entrée en force et est donc opposable aux recourants et le SAGR pouvait ainsi se fonder sur les constatations de ce prononcé pour supprimer les paiements directs (cf à cet égard arrêt précité de la CDP cons. 4a). L'on ne saurait dès lors reprocher au SAGR une violation de l'article 14 LPJA, voire une constatation manifestement inexacte ou incomplète des faits pertinents. Par ailleurs, comme le relève avec pertinence ce service dans ses observations à la Cour de céans, les logettes constituent une installation exploitée en stabulation libre qui est accessible au bétail en tout temps. Dès lors, chacune doit être garnie d'une litière adéquate si bien que le nombre exact et la localisation précise des vaches laitières sur l'exploitation au moment du contrôle ne sont pas relevants et que les arguments y relatifs des recourants doivent être rejetés.
5. Il est douteux que les recourants puissent se prévaloir maintenant d'une éventuelle absence de mandat qui aurait rendu illicites les preuves permettant d'établir les faits objet de la décision du 16 décembre 2020 puisque cette dernière n'a pas été attaquée. Quoi qu'il en soit, les preuves obtenues par des moyens illégaux peuvent être utilisés si elles auraient pu être recueillies d'une façon légale ou si un intérêt public le justifie (Bovay, Procédure administrative, 2015, p. 239; Moor/Poltier, op.cit. ch. 2.2.6.4, p. 297).
En l'occurrence, il y a manifestement un intérêt public à ce que les violations graves et répétées de la réglementation sur la protection des animaux cessent et à ce que les recourants ne puissent bénéficier de prestations financées par les deniers publics alors qu'ils ne remplissent pas les conditions posées par la législation. Force est de constater à cet égard qu'à diverses reprises ils ne se sont pas conformés à cette dernière et que les paiements directs des années précédentes ont régulièrement fait l'objet de réductions. Ce grief est dès lors également mal fondé.
6. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté et les frais mis à la charge des recourants (art. 47 al. 1 LPJA). Vu le sort du recours, ceux-ci ne peuvent prétendre à des dépens (art. 48 al. 1 LPJA a contrario).
Par ces motifs,
la Cour de droit public
1. Rejette le recours.
2. Met à la charge des recourants solidairement les frais de procédure par 880 francs, montant compensé par leur avance.
3. N'alloue pas de dépens.
Neuchâtel, le 6 avril 2023