TRIBUNAL CANTONAL

COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC

Arrêt du 30 juillet 2010

Composition

Mme Danièle Revey, présidente; M. Etienne Poltier, juge suppléant; Mme Silvia Uehlinger, assesseuse.

Recourants

Association des riverains de la rive sud du lac de Neuchâtel et du lac de Morat, ARSUD, à Chabrey,

Municipalité de Chabrey, à Chabrey,

François BOREL,

Esther BUSER,

Jean-Claude CURCHOD, Président interim ARSUD,

Marianne DELESSERT,

Marcel DELESSERT,

Claudine FISCHER,

Madeleine GRAND,

10.

Claudine HORISBERGER,

11.

Laurence JUNIER-VOUGA,

12.

Laurent JUNIER,

13.

Antoine KOHLER,

14.

Elvire KUNZ,

15.

Lisa LUGINBÜHL,

16.

Rosa MÜLLER,

17.

Claude REGAMEY,

18.

Jacques RIEDWEG,

19.

Ernst SAUVIN,

20.

Christine SCHÖNENBERGER,

21.

Philippe SCHINZ,

22.

Frédéric SCHOLL,

23.

Ruedi STUDER, par Félix Studer,

24.

Gérard UEBERSCHLAG,

25.

Suzy ZATTI, par Jean-Claude Zatti,

tous représentés par Me Edmond DE BRAUN, avocat à Lausanne,

26.

André BEYNER,

27.

Jacqueline BEYNER,

28.

Dieter SCHMID,

29.

Albert ROSSETTI,

30.

Claire-Lise SCHOLL,

31.

Michel SCHOLL,

32.

Jeannette JUNIER,

tous représentés par Me Benoît BOVAY, avocat à Lausanne,

33.

Association Intercantonale des Trois-Lacs (Aqua Nostra), représentée par Me Alain THEVENAZ, avocat à Lausanne.

Autorité intimée

Département de l'intérieur, représenté par le Service juridique et législatif, à Lausanne,

Autorité concernée

Département de la sécurité et de l'environnement, représenté par le Service des forêts, de la faune et de la nature, à Lausanne,

Tiers intéressés	1.	Association suisse pour la protection des oiseaux (ASPO/Bird-Life Suisse), à Zurich,
	2.	Pro Natura Suisse - Ligue suisse pour la protection de la nature, à Bâle,
	3.	WWF Suisse, à Zurich,
	4.	Pro Natura Vaud - Ligue vaudoise pour la protection de la nature, à Lausanne,

WWF Vaud, à Lausanne,

tous représentés par Me Raphaël DALLEVES, avocat à Sion,

Objet

plan de classement

Recours Association des riverains de la rive Sud du lac de Neuchâtel et du lac de Morat (ARSUD) et consorts, André BEYNER et consorts et Association Intercantonale des Trois-Lacs (Aqua Nostra) c/ décision du Département de l'intérieur du 30 octobre 2008 rejetant leurs recours formés contre la décision du DSE du 4 octobre 2001 adoptant le plan de classement des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel et son règlement, et, pour Aqua Nostra, contre la décision du DSE du 27 mars 2002 adoptant la modification du plan de classement de la réserve naturelle de Chevroux et les modifications du plan de classement des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel.

Vu les faits suivants

A. La rive sud du lac de Neuchâtel ("Grande Cariçaie") figure sur différents inventaires fédéraux, sur celui des paysages, sites et monuments naturels depuis 1983, sur celui des réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance internationale et nationale depuis 1991, sur celui des zones alluviales d'importance nationale depuis 1992, sur celui des bas-marais d'importance nationale depuis 1994 et sur celui des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale depuis 1996.

Depuis les années vingt jusqu'au début des années soixante, des chalets de vacances (maisonnettes de week-end) ont été érigés par des privés sur cette rive, dans le domaine des Etats de Vaud (plus précisément sur les parcelles inscrites au chapitre privé de l’Etat) et de Fribourg, sur la base de "droits de superficie" (DDP) ou d'autorisations à bien plaire. Des plans d'extension cantonaux (PEC) et autres mesures ont ensuite été adoptés, à savoir:

- PEC n° 196bis du 16 juillet 1968 concernant les rives du lac de Neuchâtel sur la Commune de Chabrey,

- PEC n° 206 du 2 avril 1965 concernant les rives du lac de Neuchâtel sur la Commune de Champmartin,

- PEC n° 207A du 2 avril 1965 concernant les rives du lac de Neuchâtel sur la Commune de Cudrefin,

- PEC n° 24 quater du 3 janvier 1967 (Chevroux),

- arrêté de classement du 20 mars 1970 concernant la réserve naturelle de Cudrefin,

- décision du département de l'agriculture, de l'industrie et du commerce du 5 juin 1990 limitant l'accès du public dans la réserve de Cudrefin-La Sauge.

Ces PEC prévoyaient des zones de protection des zones naturelles. Dans le périmètre de ces dernières, des zones de pavillons pour les chalets précités, soit des zones à bâtir adoptées avant l'entrée en vigueur de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l’aménagement du territoire (LAT; RS 700), ont été légalisées.

B. Les Conseils d'Etat de Fribourg et de Vaud ont conclu les 1^er et 9 juin 1982 respectivement un "accord sur la protection de la rive sud du lac de Neuchâtel et des rives du lac de Morat", fondé sur un plan directeur proprement dit (soit les cartes des périmètres approuvées par les Conseils d'Etat de Fribourg et de Vaud les 1^er juin et 29 mai 1982 respectivement) et sur un catalogue de mesures annexés à l'accord. L'exposé préliminaire et l'art. 1^er de l'accord indiquent:

"Exposé préliminaire

(…) Les Conseils d'Etat soussignés ont résolu d'adopter, à titre de plan d'intention, le plan directeur des rives et le catalogue de mesures qui lui est joint. Ces documents auront force obligatoire pour l'aménagement des terrains dont l'Etat est propriétaire au titre du domaine public ou privé. Ils feront par ailleurs office de directives liant les services de l'administration cantonale quant à la politique à suivre en matière d'aménagement des rives. Leur mise en œuvre interviendra dans le cadre des dispositions légales en vigueur; les signataires proposeront les modifications législatives nécessaires.

Convention

Article premier.- Les Conseils d'Etat du canton de Fribourg et du canton de Vaud s'engagent mutuellement, dans les limites de leurs attributions constitutionnelles et légales, à assurer la protection de la rive sud du lac de Neuchâtel et des rives du lac de Morat, conformément au plan directeur et à la liste de mesures annexés au présent accord."

L'accord de 1982 (ci-après: le plan directeur de 1982) vise des buts variés (protection des zones naturelles, des eaux et des forêts, lutte contre l’érosion, gestion des circulations et des résidences secondaires notamment) et énonce de nombreuses mesures pour leur mise en œuvre, à savoir des "mesures générales" (annexe I) et des "mesures particulières" (annexe II).

Ainsi, son annexe I (mesures générales) prévoit notamment que la protection légale des zones naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel devra être assurée, par leur affectation en zones protégées, selon les moyens définis par les législations cantonales (ch. 1.2); de même, les secteurs soumis au régime forestier devront être délimités dans les périmètres des zones naturelles (ch. 6.1). S'agissant des résidences secondaires, l'annexe I dispose (ch. 7):

7. Résidences secondaires

7.1 Ne pas renouveler les contrats à échéance pour les constructions sises sur le domaine de l'Etat à l'intérieur des périmètres considérés comme zones naturelles. Les propriétaires en seront informés dès maintenant.

7.2 Ne pas renouveler les contrats à échéance pour les constructions sises sur le domaine de l'Etat hors des périmètres considérés comme zones naturelles, mais dans des endroits en relation avec la protection de la végétation naturelle ou l'utilisation du domaine public pour le tourisme ou le délassement. Les propriétaires en seront informés dès maintenant.

7.3 Ne reconduire les contrats pour les constructions sises dans les endroits non préjudiciables à la végétation et à l'usage du domaine public que dans la mesure où, à échéance, un intérêt public supérieur ne prévaudra pas et à condition qu'elles soient incluses dans une zone à bâtir. Les propriétaires en seront informés dès maintenant.

En d'autres termes, les baux des résidences secondaires sises dans les zones naturelles - ou dans des endroits en relation avec la protection de la végétation naturelle ou l'utilisation du domaine public pour le tourisme ou le délassement -, sur les terrains des cantons, ne seront pas renouvelés à échéance (ch. 7.1 et 7.2). Le plan directeur de 1982 prévoit ainsi la suppression progressive, au fur et à mesure de l'expiration de la durée des autorisations d'utilisation du terrain public, de toutes les résidences secondaires sises dans les zones naturelles.

L'annexe II (mesures particulières) concrétise ces mesures générales commune par commune. S'agissant des communes vaudoises de Chabrey, Champmartin (unie à Cudrefin depuis le 1^er janvier 2002) et Cudrefin, le sort des chalets en zones naturelles est déterminé ainsi:

14. Chabrey

14.1. Zone naturelle

e. Suppression des résidences secondaires sur les terrains de l'Etat au terme des contrats.

15. Champmartin

15.1. Zone naturelle

e. Suppression des chalets sur les terrains de l'Etat au terme des contrats.

16. Cudrefin

16.1. Zone naturelle

e. Suppression des chalets sur les terrains de l'Etat au terme des contrats.

On précise qu'un rapport du Conseil d'Etat vaudois de mars 2007 sur le postulat André Delacour concernant les résidences secondaires sur la rive sud du lac de Neuchâtel et réponse à l'interpellation Jacqueline Rostan au sujet des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel (n° 407, cf. infra let. D), rappellera que ce "Plan directeur intercantonal prévoit la suppression des résidences en cause pour des raisons d'aménagement du territoire (séparation des différents types des zones, création de zones d'aménagements publics) ainsi que pour des motifs de protection de la nature (valeur écologique). Il s'agit d'un plan directeur sectoriel qui lie les autorités. Sa modification relève de la compétence des Conseils d'Etat respectifs" (rapport ch. 5 p. 6).

Pour être complet, on ajoutera enfin qu'en ce qui concerne Chevroux, les mesures particulières prévoient, à leur ch. 10.1. let. e, la transformation des baux à bien plaire en droits de superficie pour les huit constructions sises dans les zones naturelles, sur le domaine de l'Etat, dans la mesure où le périmètre aura été affecté en zone à bâtir.

C. a) Le Département de la sécurité et de l'environnement (DSE) a mis à l'enquête publique du 10 novembre au 11 décembre 2000 (prolongé au 13 décembre 2000) un projet de décision de classement (plan et règlement) des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel (communes d'Yverdon, Cheseaux-Noréaz, Yvonand, Chabrey, Champmartin et Cudrefin). Le dossier d’enquête comportait un rapport explicatif (non daté), signé par le chef du DSE. Ce rapport souligne la valeur du site de la Grande Cariçaie, d’importance nationale et internationale, et rappelle le plan directeur de 1982 ainsi que les inventaires fédéraux; il précise que le projet vise ainsi la mise en place d’un plan de protection approprié à la mise en oeuvre de ceux-ci. Plus de 15'000 oppositions et remarques ont été enregistrées. Un projet de classement, respectivement de modification de décision de classement, de la réserve naturelle de Chevroux a été mis simultanément à l'enquête publique et a fait l'objet d'un rapport explicatif du chef du DSE. Il a suscité plus de 5'000 oppositions et remarques.

Les 4 octobre 2001 et 25 mars 2002, le DSE a levé les oppositions et rendu une "décision de classement des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel (Communes d'Yverdon, Cheseaux-Noréaz, Yvonand, Chabrey, Champmartin et Cudrefin)". Le 4 octobre 2001 également, ce département a rendu une "décision de classement de la réserve naturelle de Chevroux".

Le règlement accompagnant la décision de classement des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel abroge, à son art. 22, les PEC et les mesures énumérées supra (let. A) pour les communes concernées et indique à ses art. 2, 4 et 13:

Art. 2 Plan et règlement de classement

Le classement des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel est assuré par un jeu de plans à l'échelle 1:5000 délimitant leur périmètre. Le jeu de plans est accompagné du présent règlement.

Art. 4 Champ d'application

La protection s'étend à tout le périmètre des réserves naturelles. Elle est assurée par des mesures différenciées, (…), applicables aux secteurs suivants: (…)

Art. 13 Secteurs terrestres

Les secteurs naturels comprennent les marais, les zones alluviales et les sites terrestres à préserver.

Dans les secteurs agricoles protégés, les transformations ou constructions nouvelles doivent être particulièrement bien intégrées dans le paysage et s'harmoniser avec les constructions existantes.

Il est interdit de construire en dehors des secteurs agricoles protégés.

Seuls sont autorisés les travaux d'entretien et de rénovation des bâtiments (tels que résidences secondaires), installations licites existantes et pour autant que les requérants soient au bénéfice d'un titre juridique suffisant.

Ainsi, s'agissant en particulier des résidences secondaires sises dans le périmètre des réserves naturelles (hors des secteurs agricoles protégés), cette décision de classement n'autorise que les travaux d'entretien et de rénovation, pour autant que les requérants soient "au bénéfice d'un titre juridique suffisant."

Toujours par souci de complétude, on ajoutera que l'art. 13 du règlement accompagnant la décision de classement de la réserve naturelle de Chevroux, abroge de même, à l'intérieur du périmètre de la zone protégée, le PEC n° 24 quater du 3 janvier 1967. Ce règlement prévoit en outre, en zone protégée, l'interdiction de toute construction; sont réservés les installations nécessaires à la gestion du secteur naturel, l'entretien et la réparation des installations et constructions existantes, ainsi que les constructions dans la partie agricole du secteur de transition (art. 2, 3 let. a, 4 let. a et 8).

b) Le 15 octobre 2001, l'Association des riverains de la rive sud du lac de Neuchâtel et du lac de Morat et les membres de cette association (ci-après: ARSUD et consorts) ont déféré devant le Département de l'intérieur (ci-après: DINT) la décision précitée du 4 octobre 2001 de classement des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel, concluant à l'annulation de la décision de classement et au renvoi du dossier au DSE afin qu'il procède aux adaptations du projet dans le sens des considérants. Le même jour, André et Jacqueline Beyner, Dieter Schmid, Albert Rossetti, Michel et Claire-Lise Scholl et Jeannette Junier (ci-après: André Beyner et consorts) ont également formé recours contre la même décision, concluant à l'annulation de la décision de classement. Les 15 octobre 2001 et 8 avril 2002, l'Association intercantonale des Trois-Lacs (ci-après: Aqua Nostra) a recouru à son tour contre les décisions précitées du DSE des 4 octobre 2001 et 25 mars 2002 relatives au classement des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel ainsi qu'au classement de la réserve naturelle de Chevroux. L'association concluait à la constatation que les décisions attaquées étaient nulles, subsidiairement annulées, plus subsidiairement à leur réforme dans le sens des considérants.

Le 16 novembre 2001, une première décision de refus d'effet suspensif a été rendue. Le 23 juin 2005, une nouvelle requête dans ce sens a été écartée.

Le DINT a rejeté ces recours par décisions du 30 octobre 2008.

c) Agissant par mémoires séparés le 20 novembre 2008, ARSUD et consorts, d'une part, André Beyner et consorts d'autre part, Aqua Nostra enfin, ont recouru auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: CDAP) contre les décisions du 30 octobre 2008 les concernant.

ARSUD et consorts concluent "à l'admission de leur recours en tant qu'il vise à la pérennisation des chalets et au maintien des zones de pavillons dans lesquelles ils se trouvent". André Beyner et consorts proposent l'annulation de la décision attaquée, le plan de classement, son règlement et l'abrogation des plans d'extensions cantonaux (PEC) n'étant pas adoptés; leurs moyens sont dirigés avant tout contre la suppression des zones à bâtir englobant leurs chalets. Aqua Nostra conclut d'abord à la réforme de la décision attaquée, en ce sens que les recours déposés par l'intéressée sont admis, puis à l'annulation des décisions de première instance attaquées, les oppositions y relatives étant admises.

On précisera que les chalets de vacances des recourants ARSUD et consorts et André Beyner et consorts se situent dans la réserve des Grèves de la Motte, sur les territoires des communes de Chabrey et Cudrefin (Champmartin). Le secteur précis de ces résidences est compris dans le site marécageux n° 416, dans la zone alluviale n° 207 et dans le site IFP n° 1208. Si l'on considère les abords des constructions, le périmètre comprend également les bas-marais n° 645.

Les trois causes ont été enregistrées sous la présente référence AC.2008.0302.

D. a) A la suite de l'introduction des inventaires fédéraux de protection et de la mise à l'enquête en 2000 des décisions de classement des réserves naturelles, deux postulats communs ont été déposés auprès des Grands Conseils respectivement de Vaud et Fribourg, préconisant l'adoption d'un "contrat nature" en faveur des chalets sis sur le domaine de l'Etat (André Delacour sur Vaud, Michel Losey et Charly Haenni sur Fribourg). Ces interventions ont débouché sur des rapports présentés par les Conseils d'Etat aux législatifs de chacun de ces deux cantons, à savoir, dans le canton de Vaud, le rapport n° 407 de mars 2007.

Selon le rapport vaudois, 63 chalets étaient concernés par le postulat, tous sis dans les périmètres des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel, répartis entre Chabrey (16) et Cudrefin (47); chacun d'entre eux bénéficiait d'un droit de superficie (DDP), actuellement échu. Les anciens titulaires n'étaient plus qu'au bénéfice d'autorisations à bien plaire renouvelées chaque année, dans l'attente de l'issue politique sur le sujet (rapport, ch. 4.1 et 4.2 p. 4 s.). Le Conseil d'Etat relevait que le plan directeur de 1982 prévoyait la suppression des résidences secondaires, que les chalets situés dans le périmètre des inventaires fédéraux pouvaient se trouver en conflit avec les objectifs de protection de ceux-ci, que la décision de classement des 4 octobre et 25 mars 2002 ne réglait pas le sort des chalets, que ceux-ci avaient été construits avant 1983, soit avant l'entrée en vigueur des dispositions relatives aux sites marécageux, que le cadre juridique fédéral laissait une certaine marge aux cantons quant à la mise en œuvre de la protection des sites, et qu'il y avait toutefois lieu de maintenir le principe d'une suppression à terme des chalets (rapport, ch. 5 p. 6 ss). Ainsi, à titre de solution comportant des avantages pour l'ensemble des intéressés (milieux de protection de la nature et propriétaires de chalets) et surtout pour la rive sud dans sa globalité, le Conseil d'Etat envisageait le système du contrat nature. Ce système permettait un maintien conditionnel des résidences et s'appuyait sur trois piliers relatifs aux privés, aux communes et au canton Le pilier privé comportait un contrat à deux volets, soit une convention sur le droit d'usage à bien plaire et un contrat déterminant le régime applicable à l'utilisation du fonds. Le pilier communal était réduit sur Vaud, dès lors que les chalets se trouvaient de toute façon dans une réserve naturelle, de sorte que les intérêts communaux étaient limités en raison de ce statut. Le pilier cantonal qui comportait une instance de coordination, soit la commission de gestion avec son organe d'exécution, concernait les moyens financiers mis à disposition pour les milieux naturels sur la rive sud du lac de Neuchâtel (rapport, ch. 7 p. 10 ss).

Le rapport comportait en annexe, d'une part un projet d'arrêté, dont l'art. 1^er précisait que l'arrêté avait pour but de régler la situation des chalets de vacances construits sur le domaine de l'Etat sur les communes "de Chabrey et de Cudrefin", dans le périmètre des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel. Le rapport incluait d'autre part un projet de modification du plan directeur de 1982. Au Grand Conseil vaudois, le débat a été très vif; néanmoins, ce dernier a en définitive "pris en considération" le rapport à une courte majorité (séance du mardi après-midi 19 juin 2007).

Par décision du 5 décembre 2007, le Conseil d'Etat vaudois a adopté les projets précités, soit l' "arrêté sur les chalets de vacances construits sur le domaine de l'Etat au bord du lac de Neuchâtel" (ACVNe; RSV 451.25.1). Conséquemment, les Conseils d'Etat de Fribourg le 27 novembre 2007 et de Vaud le 5 décembre 2007, ont conclu un accord modifiant celui du 1^er et du 9 juin 1982 "sur la protection de la rive sud du lac de Neuchâtel et des rives du lac de Morat" (soit le plan directeur de 1982).

En substance, l'ACVNe prévoit que les autorisations accordées à bien plaire dans les périmètres des réserves naturelles de la décision de classement, prennent fin le 31 décembre 2008, sous réserve de la conclusion d'un contrat nature entre l'Etat et le propriétaire de chalet. Celui-ci doit ensuite respecter le contrat nature, valable cinq ans; le contrat est résilié et le chalet détruit si les contrôles révèlent que les conditions d'utilisation et d'entretien ne sont pas respectées; enfin le chalet ne peut être transmis qu'en ligne directe et au conjoint/partenaire enregistré. La décision de modification du plan directeur de 1982 confirme l'obligation de suppression progressive des chalets de vacances, mais la complète par la mention "sous réserve de conclusion de contrats nature fondés sur l'arrêté du Conseil d'Etat du canton de Vaud du 5 décembre 2007".

b) Plus précisément, l'ACVNe dispose:

Art. 1 But

¹ Le présent arrêté a pour but de régler la situation des chalets de vacances construits sur le domaine de l’Etat sur les communes de Chabrey et de Cudrefin, dans le périmètre des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel.

Art. 2 Exclusion de nouvelles constructions à l'intérieur des périmètres des réserves naturelles

¹ Aucune nouvelle autorisation d’utiliser le domaine de l’Etat ne peut être accordée pour la construction de chalets de vacances, à l’intérieur des périmètres des réserves naturelles, selon le plan de la décision de classement des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel.

Art. 3 Constructions à l’intérieur des périmètres des réserves naturelles

¹ Les autorisations accordées, à bien plaire, d’utiliser le domaine de l’Etat pour des constructions existantes dans les périmètres des réserves naturelles de la décision de classement prennent fin le 31 décembre 2008.

² Au terme précité, sous réserve de la conclusion d’un contrat fondé sur les articles 4 et suivants du présent arrêté (ci-après: contrat nature), les chalets de vacances devront être enlevés aux frais des bénéficiaires des autorisations précitées, lesquels remettront aussi le terrain en état, conformément aux instructions du service compétent en matière de forêts, de faune et de protection de la nature et du service en charge de la gestion du patrimoine immobilier de l’Etat.

Chapitre I Contrat nature

Art. 4 Objet et compétence

¹ Le contrat nature est un contrat conclu entre l’Etat propriétaire du fonds, représenté par les départements en charge des forêts, de la faune et de la nature et de la gestion de son patrimoine immobilier, et un propriétaire de chalet de vacances (ci-après: le bénéficiaire). Il n’est pas soumis aux règles du Code des obligations relatives au bail.

² Il a pour objet la réglementation des droits et obligations des bénéficiaires qui demandent le maintien de leurs constructions au-delà du 31 décembre 2008.

Art. 5 Procédure

¹ Les propriétaires de chalets de vacances qui souhaitent conclure un contrat nature doivent adresser une demande au Département en charge des forêts, de la faune et de la nature dans les 6 mois suivant l’entrée en vigueur du présent arrêté.

Art. 6 Principes

¹ Le contrat nature est établi en respectant les principes suivants:

a. il comprend une convention personnelle d’usage à bien plaire du terrain et détermine le régime applicable à cet usage;

b. la redevance due par le bénéficiaire est fixée en fonction de la surface effectivement occupée par la construction, son importance et les aménagements extérieurs; elle est régulièrement indexée;

c. le contrat détermine les modalités conduisant, d’une part, à sa résiliation en cas de non paiement de la redevance ainsi que, d’autre part, au paiement de cette dernière entre le moment où le contrat prend fin et l’enlèvement effectif de la construction;

d. les frais pour assurer la conformité des équipements, la lutte contre l’érosion et la délimitation de la construction et de la surface louée sont à charge du bénéficiaire. Toute modification de la construction se fera conformément aux directives établies par les services de l'Etat compétents en matière de forêts, de faune et de protection de la nature et de gestion de son patrimoine immobilier. La nécessité de requérir, le cas échéant, les autorisations spéciales cantonales et un permis de construire est expressément réservée;

e. l'utilisation des constructions et des surfaces extérieures est notamment soumise aux restrictions suivantes:

– l’habitation à l’année est prohibée et la location à des tiers est interdite;

– les animaux de compagnie sont sous contrôle;

– aucune plantation n’est ajoutée en dehors de celles expressément autorisées. Les plantations existantes non conformes seront supprimées;

f. les aménagements existants seront régularisés, ou supprimés s'ils sont contraires au but de protection;

g. les aménagements visant à améliorer la connexion pour la faune entre la rive et l'arrière des chalets seront effectués lorsque cela est opportun;

h. les travaux sur les chalets et les aménagements extérieurs qui peuvent être effectués sans autorisation préalable des services compétents sont restreints aux travaux d'entretien. Il ne peut pas y avoir de reconstruction, de nouvelles constructions ou d'agrandissements. En cas de démolition partielle, la reconstruction peut être autorisée, pour autant qu'elle ne soit pas contraire au but de protection et qu'elle remplisse les conditions de la législation sur l'aménagement du territoire ainsi que les autres dispositions légales applicables. Les autorisations spéciales requises et le permis de construire communal sont expressément réservés;

i. le libre passage du public le long de la rive doit être garanti.

Art. 7 Durée et fin

¹ Le contrat nature est conclu pour une durée de 5 ans. Il peut être renouvelé sur demande du bénéficiaire s’il a été dûment respecté.

² Il prend fin en cas de dénonciation par l’Etat au sens de l’article 9, alinéa 1, ou de résiliation par le bénéficiaire, ainsi qu’à l’expiration de la durée prévue ou lors du décès du bénéficiaire si le renouvellement n’est pas demandé ou est refusé.

³ En cas de décès du bénéficiaire, ses héritiers ou, à défaut d’héritier, le Juge de paix, en informent le département en charge du patrimoine immobilier de l’Etat dans les plus brefs délais.

⁴ Seuls les descendants en ligne directe du bénéficiaire, son conjoint ou son partenaire enregistré peuvent demander le renouvellement du contrat dans le délai maximal de six mois à compter du décès, faute de quoi le contrat a définitivement pris fin.

⁵ Lorsque le contrat nature prend fin, la construction doit être enlevée aux frais du bénéficiaire qui remettra aussi le terrain en état, conformément aux instructions des services compétents de l'Etat. Ces travaux seront effectués au plus tard 3 mois après l'échéance du contrat.

⁶ Dans tous les cas de figure précités, aucune indemnité n’est due par l’Etat.

Art. 8 Contrôle

(…)

Art. 9 Exécution des mesures

(…)

Art. 10 Dispositions financières

(…)

Art. 11 Entrée en vigueur

(…)

c) La décision de modification du plan directeur de 1982, soit des annexes I (mesures générales) et II (mesures particulières), a notamment la teneur suivante:

Art. premier.- L'annexe I à l'accord (...) est modifiée de la manière suivante:

7. Résidences secondaires

7.1 Ne pas renouveler les contrats à échéance pour les constructions sises sur le domaine de l'Etat à l'intérieur des zones naturelles, sous réserve de conclusion de contrats nature entre l'Etat et le propriétaire de chalet.

7.2 Ne pas renouveler les contrats à échéance pour les constructions sises sur le domaine de l'Etat en dehors des zones naturelles, mais dans des endroits en relation avec la protection de la végétation naturelle ou l'utilisation du domaine public pour le tourisme ou le délassement sous réserve des dispositions dans l'annexe II (mesures particulières).

7.3 Ne reconduire les contrats pour les constructions sises dans les endroits non préjudiciables à la végétation et à l'usage du domaine public que dans la mesure où, à échéance, un intérêt public supérieur ne prévaudra pas et à condition qu'elles soient incluses dans une zone à bâtir. Sont réservées les conditions particulières fixées dans l'annexe II (mesures particulières).

Art. 2.- L'annexe II à l'accord (…) est modifiée de la manière suivante:

14. Chabrey

14.1. Zone naturelle

e. Suppression des résidences secondaires installées sur le domaine de l'Etat, sous réserve de conclusion de contrats nature fondés sur l'arrêté du Conseil d'Etat du canton de Vaud du 5 décembre 2007.

15. Champmartin abrogé

16. Cudrefin

16.1. Zone naturelle

e. Suppression des résidences secondaires installées sur le domaine de l'Etat, sous réserve de conclusion de contrats nature fondés sur l'arrêté du Conseil d'Etat du canton de Vaud du 5 décembre 2007.

d) Agissant le 3 janvier 2008 par l'intermédiaire de leur mandataire commun, l'Association suisse pour la protection des oiseaux (ASPO/Bird-Life Suisse), Pro Natura Suisse - Ligue suisse pour la protection de la nature, Pro Natura Vaud - Ligue vaudoise pour la protection de la nature, WWF Suisse, WWF Vaud (ci-après: ASPO et consorts) ont recouru contre cette décision, respectivement cet arrêté, auprès de la CDAP. Ils concluent, avec dépens, principalement à la constatation de la nullité, subsidiairement à l’annulation des actes précités.

La cause a été enregistrée sous la référence AC.2008.0004. ARSUD et consorts ont pris part à cette procédure, au titre de "propriétaires" des chalets en cause. Elle fait l’objet d’un arrêt de la cour de céans de ce jour, lequel annule l’arrêté du Conseil d’Etat du 5 décembre 2007.

E. Dans la présente cause AC.2008.0302, le DINT a renoncé à se déterminer et s'en est remis aux décisions attaquées le 5 janvier 2009. Le même jour, la Conservation de la nature, agissant au nom du DSE, a déposé ses observations, concluant au rejet du recours et à la confirmation de la décision du DINT du 30 octobre 2008 et de la décision de classement.

Par arrêt partiel du 9 juin 2009, le Tribunal cantonal a admis la requête d'ASPO et consorts tendant à participer à la procédure AC.2008.0302.

Le 21 juillet 2009, le mandataire d’ARSUD et consorts a déposé des procurations, confirmant ainsi le dépôt du recours au nom de 2 personnes morales et 23 personnes physiques, énumérées en tête du présent arrêt.

Le 17 août 2009, ASPO et consorts se sont exprimés sur les recours; ils ont confirmé que leur intervention se justifiait uniquement par l'obligation d'une coordination efficace entre les deux causes AC.2008.0004 et AC.2008.0302, et n'ont pas déposé de conclusions formelles. Aqua Nostra et consorts, André Beyner et consorts et ARSUD et consorts ont déposé des déterminations complémentaires notamment les 11 novembre 2009, 18 janvier 2010 et 21 janvier 2010 respectivement. A cette occasion, ARSUD et consorts ont modifié leurs conclusions en requérant qu'il soit "constaté que, au regard du droit actuel, les chalets ne sont pas à démolir et qu'ils peuvent être entretenus conformément au règlement, en conformité avec la décision de classement et au bénéfice de la situation de fait licitement acquise." Aqua Nostra et consorts et ASPO et consorts ont encore fourni des observations les 29 mars et 9 avril 2010 respectivement.

Le tribunal a statué par voie de circulation.

Considérant en droit

I. Questions de procédure

1. La procédure a pour objet une décision de classement des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel (Yverdon, Cheseaux-Noréaz, Yvonand, Chabrey, Cudrefin et Chevroux) soit un plan de classement, fondé sur les art. 20 ss de la loi vaudoise du 10 décembre 1969 sur la protection de la nature, des monuments et des sites (LPNMS; RSV 450.11). Plus précisément, la décision attaquée est celle rendue sur recours par le DINT confirmant la décision de classement. Quoi qu’il en soit, le présent pourvoi concerne un plan d’affectation (certes spécial; l’art. 24 LPNMS renvoie d’ailleurs, s’agissant de la procédure d’adoption d’une telle décision, à celle qui prévaut pour les plans d’affectation cantonaux: art. 73 de la loi du 4 décembre 1 985 sur l’aménagement du territoire et les constructions - LATC; RSV 700.11), soumis au régime de protection juridique prévu à l’art. 33 LAT). Par ailleurs, la décision du département, qui ne saurait être définitive (art. 86 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral - LTF; RS 173.10) constitue une décision administrative sujette à recours en application de l’art. 4 al. 1 de l'ancienne loi du 18 décembre 1989 sur la juridiction et la procédure administratives (aLJPA), abrogée dès le 1^er janvier 2009, soit après le dépôt du recours.

2. La question de la légitimation à recourir devrait être analysée de manière distincte pour les différents recourants, voire en fonction des éléments de la décision de classement qu’ils entendent contester. On rappelle ici, de manière toute générale, que le critère déterminant est celui de l’intérêt digne de protection (art. 37 aLJPA; art. 89 al. 1 LTF en relation avec l’art. 111 al. 1 de la même loi; art. 33 al. 3 let. a LAT); un recourant peut donc se contenter de faire valoir une atteinte à un intérêt de fait. Il reste que, en présence de décisions dont il n'est pas le destinataire (il apparaît alors comme un tiers), il doit démontrer que la décision en cause entraîne pour lui une atteinte directe, en relation étroite avec sa propre situation (des exigences similaires sont applicables en matière de décision collective; dans ce sens, Pierre Moor, Droit administratif, vol. II, 2^ème éd., Berne 2002, ch. 629 ss et les références).

a) La décision de classement définit de manière nouvelle le statut du sol des parcelles qui accueillent les chalets riverains. Les bénéficiaires de ces installations ne sont plus titulaires d’un droit réel (DDP, sur des parcelles privées de l’Etat), mais jouissent de ces fonds sur la base d’autorisations à bien plaire. Leur situation est dès lors analogue à celle de locataires. Or, la jurisprudence a admis la qualité pour recourir des locataires (RDAF 1997 I 234; mais non celle de squatters). Il en résulte que le recours formé par André Beyner et consorts ainsi que celui émanant d’ARSUD et consorts est recevable, dans la mesure à tout le moins où il émane de bénéficiaires de chalets riverains. On observera toutefois que les recourants dont les installations se situent sur le territoire des communes de Chabrey et de Cudrefin, sont habilités à contester l’affectation de la zone où elle se trouve, voire sur des secteurs avoisinants, mais non pour d’autres périmètres de la rive sud du lac de Neuchâtel; quoi qu’il en soit, les moyens de ces deux groupes de recourants ont trait exclusivement au statut des zones accueillant ces chalets, de sorte qu’ils sont recevables à cet égard.

Il est dès lors superflu d’examiner en outre la recevabilité de l’Association ARSUD elle-même ou encore celle de la Commune de Chabrey (on rappelle que, dans le cadre de l'art. 34 LAT et de l'art. 12 de la loi fédérale du 1^er juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage - LPN; RS 451 -, la commune a qualité pour recourir, mais ce "dans l’intérêt de la loi" applicable).

b) Par ailleurs Aqua Nostra est une association qui déclare agir dans l’intérêt de ses membres et non pour défendre un but d’intérêt idéal (on peut donc parler, selon une terminologie usuelle, s’agissant de la recourante, d’un pourvoi à but "égoïste" ou "corporatif", par opposition au recours formé dans l'intérêt de la loi par une organisation à but idéal). Aqua Nostra a rappelé dans son mémoire de recours au département les conditions qui doivent être remplies pour conduire à la recevabilité du recours d’une association. Parmi ces conditions, il faut que l’association compte un grand nombre de membres concernés par le projet et que ces membres aient eux-mêmes, à titre individuel, qualité pour recourir.

Le Tribunal administratif a été amené à trancher cette question dans la présente cause, dans un arrêt du 15 septembre 2004 (AC.2002.0146); dans ce cadre, il a annulé une décision du département qui avait dénié à Aqua Nostra la qualité pour recourir devant lui. La cour de céans ne saurait s’écarter de ce jugement, fondé, tout comme doit l’être le présent arrêt, sur l’art. 37 aLJPA. Les intimés ASPO et consorts ne contestent pas sérieusement ce point, tout en relevant que la solution retenue apparaît ici relativement large au regard de la jurisprudence (on observe en effet une grande ouverture de la qualité pour recourir lorsque la décision – à caractère collectif – attaquée concerne l’usage du domaine public: TA, arrêt AC.2002.0237 du 6 février 2003, concernant le plan d’affectation cantonal des Grangettes, à Noville; d’autres arrêts semblent au contraire beaucoup plus restrictifs: voir par exemple ATAF 2009/1 [A-2723/2007 du 30 janvier 2008] consid. 6 rendu en matière de protection de l’air et ATF 121 II 39 où le propriétaire – consommateur d’eau – n’a pas été considéré comme habilité à contester un plan de protection de captage d’eau).

Il convient ainsi, sur le principe, d’entrer en matière également sur le recours d’Aqua Nostra.

On observe cependant que les moyens soulevés dans ce recours présentent un "spectre" beaucoup plus large que celui des autres pourvois. Ils concernent en effet souvent la décision de classement dans son ensemble, sans être très précis. On note d’ailleurs que la recourante soulève apparemment le grief de l’inopportunité de la décision attaquée; or, ce motif n’est pas recevable, à moins que la loi spéciale ne le prévoie (art. 36 let. c aLJPA). Sans doute, il découle de l’art. 33 al. 3 let. b LAT que, en matière de plans d’affectation, une autorité de recours au moins doit bénéficier d’un libre pouvoir d’examen, ce qui englobe dans ce domaine le contrôle de l’opportunité. Toutefois, l'autorité intimée - le DINT - a elle-même statué sur recours, tant en légalité qu'en opportunité, en application de l'art. 60 al. 2 LATC dans sa teneur antérieure au 1^er janvier 2004. La cour de céans intervient comme deuxième instance de recours, de sorte qu’elle n’a pas à se pencher sur l’opportunité de la décision de classement querellée.

3. Les parties ont présenté par ailleurs diverses réquisitions d’instruction, destinées à compléter le dossier.

a) ASPO et consorts demandent la production du dossier relatif au recours parallèle formé par Aqua Nostra auprès du Tribunal administratif (depuis le 1^er janvier 2008 la section administrative du Tribunal cantonal) du canton de Fribourg. Il n’apparaît pas nécessaire d’ordonner une telle production. Même si Aqua Nostra a retiré son pourvoi fribourgeois, rien ne l’empêche de maintenir le recours formé auprès de la cour de céans, même si cela pourrait - selon ASPO et consorts - donner l’apparence d’un manque de cohérence de la recourante.

b) André Beyner et consorts demandent qu'une inspection locale soit aménagée lors d'une audience de débats publics. Ni l'inspection locale, ni l'audience ne sont susceptibles d'influer sur le sort du présent recours. Celui-ci porte pour l'essentiel sur des questions purement juridiques, pour le surplus sur des questions de fait ou d'appréciation ne pouvant être élucidées par une visite sur place. Enfin, les parties se sont exprimées par écrit à suffisance. Les mesures requises doivent ainsi être refusées.

c) Par ailleurs, Aqua Nostra requiert l’élaboration d’une expertise scientifique sur les aspects notamment de protection de la faune et de la flore, ainsi qu’une expertise socio-économique, qui devrait porter sur les effets de la décision attaquée. La recourante réclame également la production des éléments réunis par la Confédération pour arrêter les inventaires élaborés en application de la législation fédérale.

Il n’y a pas lieu de donner suite à ces requêtes. On observe tout d’abord que l’adoption des inventaires fédéraux repose sur des connaissances, notamment scientifiques, très étendues, dont une part importante est disponible sur le site de l’Office fédéral de l’environnement. Il n’est d’ailleurs pas contesté un instant que la Grande Cariçaie constitue tout à la fois un paysage et un site marécageux d’importance nationale, d’une très grande richesse quant au biotope qui s’y trouve ou quant à la faune et la flore qu’elle abrite. Là encore, les données, notamment scientifiques, sont nombreuses et aisément accessibles, notamment par voie électronique, de sorte qu’il apparaît superflu d’ordonner ici une nouvelle expertise sur cet aspect. On ne voit au surplus pas ce qui contraindrait les autorités, en l’état du droit positif, à ordonner en outre une expertise socio-économique, pour asseoir la pesée d’intérêts qui doit précéder l’adoption d’un tel plan (spécial) d’affectation.

Surtout, le dossier comporte un rapport au sens de l’art. 47 de l'ordonnance du 28 juin 2000 sur l’aménagement du territoire (OAT; RS 700.1; voir en effet le rapport explicatif du chef du DSE, pièce 7 de l’autorité intimée). On ne voit pas que ce document soit lacunaire au point de nécessiter un complément, voire une nouvelle enquête. On admettra certes avec la recourante que la procédure d’instruction du recours de première instance s’est prolongée; cela est dû notamment aux travaux liés à l’adoption par le Conseil d’Etat de son arrêté du 5 décembre 2007, qui allait dans le sens de certaines des revendications de la recourante et des autres groupements recourants. On admettra également avec Aqua Nostra que la situation a pu évoluer dans une certaine mesure depuis l’enquête publique. Cependant, l’évolution des sites naturels, du moins lorsqu’ils restent à l’abri de la pression urbaine, suit un rythme plus lent que celui d’une zone à bâtir, de sorte que la situation n’a aujourd’hui sans doute pas fondamentalement changé par rapport à celle qui prévalait en 2000 (tout au plus évoque-t-on une augmentation significative de la population de cormorans; mais on ne voit pas d’emblée quelle conséquence ce phénomène doit avoir sur la décision de classement). Au surplus, s'il est vrai que l’art. 73 al. 3 LATC exige que le département statue dans les huit mois sur les oppositions formées lors de l’enquête, cette disposition ne s’applique très clairement pas à l’autorité de recours (on notera d’ailleurs que le délai précité présente le caractère d’un délai d’ordre).

Quoi qu’il en soit, la recourante se borne à formuler des remarques d’ordre général, sans porter sa critique sur des points précis, ce qui aurait peut-être pu justifier, pour autant qu’elles soient étayées, des compléments d’instruction. L’approche globale retenue par la recourante amène ainsi la cour à retenir que le dossier dont elle dispose est complet et lui permet de statuer.

4. Aqua Nostra invoque encore des vices de la procédure d’enquête publique du 10 au 11 décembre 2000 (prolongé au 13 décembre 2000). D'abord en substance, l’avis d’enquête indiquait que les observations ou oppositions devaient être consignées sur la feuille d’enquête ou adressées aux autorités concernées sous pli recommandé. Cette dernière exigence va au-delà de ce que prévoient les textes légaux et c’est donc à tort qu’elle a été posée. En second lieu, les pièces concernant le classement n'ont été déposées au greffe de toutes les communes concernées que trois jours après la première publication de l'enquête publique dans la Feuille des avis officiels (ci-après: FAO). La recourante en déduit que la procédure d’enquête s’est déroulée de manière irrégulière et qu’il y a dès lors lieu de la renouveler.

Conformément à l’art. 24 LPNMS, la procédure d’enquête publique est régie par les art. 57 et 73 LATC. La question évoquée ici est abordée à l’art. 57 al. 3, lequel n’exige pas l’envoi postal par pli recommandé, le pli simple étant assurément admissible. Il reste que l’enquête publique n’est pas une fin en soi. Elle a au contraire un double but. D’une part, elle est destinée à porter à la connaissance de tous les intéressés, propriétaires voisins, associations à but idéal ou autres, les projets de plans d’affectation – au sens large du terme – qui pourraient affecter leurs intérêts ou les intérêts publics qu’ils défendent. D’autre part, elle doit permettre à l’autorité d’examiner la conformité du projet à la législation, voire son opportunité. Selon la jurisprudence, des irrégularités dans la procédure de mise à l’enquête ne sont susceptibles de conduire à une annulation de l’enquête que si elle présente une certaine gravité, par exemple si elles sont de nature à gêner les tiers dans l’exercice de leur droit d’être entendus (dans ce sens, avec des références, CDAP, arrêt AC.2009.0116 du 15 février 2010 consid. 1).

Dans le cas d’espèce, Aqua Nostra n’a pas été empêchée de former opposition, de sorte qu’elle a pu pleinement faire valoir son point de vue, non seulement dans le cadre de l’enquête publique, mais par la suite dans le cadre des deux procédures de recours successives. Il n’est certes pas exclu que l’avis d’enquête, en exigeant le dépôt d’une opposition sous la forme d’une lettre recommandée, ait pu dissuader telle ou telle personne de s’exprimer lors de l’enquête publique (étant néanmoins ajouté que le DSE a publié dans la FAO du 5 décembre 2000 un avis de complément d'enquête précisant que les observations et oppositions adressées sous pli simple seraient acceptées). Dans la mesure où Aqua Nostra invoque cet argument, ce qui ne ressort pas très clairement de son écriture, elle interviendrait alors pour défendre la position de tiers, écartés par hypothèse de la procédure d’enquête publique. On ne saurait la suivre sur ce terrain et conclure à l’annulation des enquêtes ici en cause (qui ont donné lieu à plus de 15'000, respectivement plus de 5'000 observations et oppositions) à raison d’un vice tout à fait mineur et qui n’a entraîné aucun préjudice pour elle. Il en va de même, a fortiori, du dépôt différé des pièces concernant le classement.

Ce moyen doit dès lors être écarté.

II. Les recours d’ARSUD et consorts et d’André Beyner et consorts

5. L’un et l’autre de ces recours se bornent à traiter la question des chalets riverains de Chabrey et Cudrefin et de leur sort dans le cadre de la décision de classement. D’ailleurs, on a vu ci-dessus que les recourants n’étaient légitimés à recourir qu’en relation avec la détention de ces pavillons; seules des conclusions susceptibles d’améliorer le statut de ces chalets apparaissent dès lors comme recevables. Celles d’ARSUD et consorts vont du reste dans ce sens puisqu’ils proposent l’admission de leur recours "en tant qu’il vise à la pérennisation des chalets et au maintien des zones de pavillons dans lesquels ils se trouvent". A vrai dire, ARSUD et consorts ont modifié leurs conclusions dans leur écriture du 21 janvier 2010; ils demandent désormais qu’il soit constaté que, au regard du droit actuel, les chalets ne sont pas à démolir et qu’ils peuvent être entretenus conformément au règlement, en conformité avec la décision de classement et au bénéfice de la situation de fait licitement acquise. On notera ici que ces conclusions, formées après l’échéance du délai de recours, ne sont pas recevables, à moins qu’elles ne constituent une précision, voire une réduction des conclusions initiales, ce qui n’est pas évident. Quant au recours formé par André Beyner et consorts, il conclut très largement à l’annulation de la décision du DINT et, par voie de conséquence, à la non-adoption du plan de classement et de son règlement, partant au maintien des plans d’extension cantonaux précédemment en vigueur. Cependant, à la lecture des moyens soulevés, force est de constater que ces recourants, bénéficiaires de chalets riverains, visent eux aussi la pérennisation de leurs installations. Là aussi, il est douteux que des conclusions qui vont au-delà du débat portant sur le statut de ces chalets soient recevables. Les deux groupes de recourants se rejoignent d'ailleurs pour demander le maintien des plans d'extension cantonaux antérieurement en vigueur et, plus précisément, des zones de pavillons (soit des zones à bâtir) dans lesquelles se trouvent ces chalets. De toute manière, le cadre de la présente cause est délimité par les décisions attaquées, qui ont trait au classement - contesté - de la rive sud du lac de Neuchâtel; la cour de céans doit ainsi se limiter aux questions de planification en écartant celles qui pourraient concerner la démolition (ou le maintien) de constructions individuelles.

a) La question de fond qui se pose ici est dès lors celle de l’adoption d’une zone à bâtir englobant ces chalets riverains. On constate que ces plans d’extension, mentionnés à l’art. 22 du règlement accompagnant la décision de classement contestée, sont tous antérieurs (outre à l'introduction des inventaires fédéraux) à l’entrée en vigueur le 1^er janvier 1980 de la LAT. Il s’agit dès lors de déterminer, pour la première fois depuis cette date, s’il y a lieu d’affecter les périmètres en cause en zone à bâtir. Il convient ainsi de vérifier si les conditions posées par l’art. 15 LAT sont remplies et si, par ailleurs, une pesée complète des intérêts, prenant en compte les buts et objectifs des art. 1 et 3 LAT, conduit à retenir une telle affectation.

aa) Comme indiqué dans la partie "En fait" (supra let. C/c), les chalets de vacances des recourants ARSUD et consorts et André Beyner et consorts se situent dans la réserve des Grèves de la Motte, sur les territoires des communes de Chabrey et Cudrefin (Champmartin). Le secteur précis de ces résidences est compris dans le site marécageux n° 416, dans la zone alluviale n° 207 et dans le site IFP n° 1208. Si l'on considère les abords des constructions, le périmètre comprend également les bas-marais n° 645. Les parcelles sont ainsi soumises notamment à la LPN, à l’ordonnance du 1^er mai 1996 sur la protection des sites marécageux d’une beauté particulière et d’importance nationale (RS 451.35), à l'ordonnance du 28 octobre 1992 sur la protection des zones alluviales d'importance nationale (RS 451.31), voire à l'ordonnance du 7 septembre 1994 sur les bas-marais d'importance nationale (RS 451.33) - respectivement à l'ordonnance du 21 janvier 1991 sur la protection des hauts-marais et des marais de transition d'importance nationale (RS 451.32).

bb) Les secteurs terrestres où se situent les chalets se présentent comme des bandes assez étroites, enserrées entre les secteurs de marais et la rive du lac elle-même (cf. décision de classement, réserve naturelle des Grèves de la Motte). Cette description sommaire permet d’exclure d’emblée que l’on se trouve en présence de "terrains largement bâtis" au sens de l’art. 15 let. a LAT. Par ailleurs, dans la situation actuelle, l’existence d’un besoin lié à la construction de ces surfaces n’est à l’évidence pas établie. A supposer même que tel soit le cas, encore faudrait-il qu’une pesée globale des intérêts conduise à délimiter des zones à bâtir autour de ces chalets. Or, les bandes étroites où se trouvent ces chalets sont également comprises, soit à l’intérieur même d’objets figurant dans des inventaires fédéraux, soit à proximité immédiate; on ne conçoit donc pas que des parcelles sises dans un site marécageux d’importance nationale, dans une zone alluviale d'importance nationale, ou encore dans un bas-marais d’importance nationale, puissent être classées en zone à bâtir. Les milieux naturels présentent d’ailleurs des valeurs par l’ensemble qu’ils forment, de sorte qu’il n’est guère approprié d’y ménager des brèches, qui seraient réservées à la construction; il convient bien plutôt de prévoir des transitions adéquates, notamment en délimitant des zones tampons entre les secteurs voués à la nature et les secteurs bâtis. En définitive, la suppression des zones de pavillons, conçues comme zones à bâtir, dans la décision de classement, apparaît pleinement conforme à une pesée adéquate des intérêts en présence. En tous les cas, rien ne permet de retenir à cet égard un excès ou un abus du pouvoir d’appréciation des autorités intimées. La solution apparaît en outre conforme à la planification directrice intercantonale; cette dernière n’a sans doute pas la valeur attribuée à un plan directeur intercantonal, mais elle permet de montrer la cohérence dans la ligne suivie par les cantons de Fribourg et de Vaud dans l’adoption de mesures de protection de la rive sud du lac de Neuchâtel, cela pour mettre en œuvre les inventaires fédéraux. On retiendra en définitive sur ce point que l’art. 22 du règlement accompagnant la décision de classement - abrogeant les PEC - doit être maintenu.

b) Les deux recours précités sont liés en partie à l’imprécision de la règle figurant à l’art. 13 al. 4 du règlement accompagnant la décision de classement. On rappelle que celle-ci autorise les travaux d’entretien et de rénovation des bâtiments (on vise ici précisément les chalets riverains, et l’on exclut des travaux de plus grande ampleur) pour autant que les requérants soient "au bénéfice d’un titre juridique suffisant". En substance, les recourants cherchent, par le biais de leur pourvoi, à préserver leurs droits, face à une disposition dont la portée leur paraît incertaine.

aa) Le rapport explicatif du chef du DSE ne fournit guère de précision à ce propos, puisqu'il se borne à indiquer que la possibilité d’entretenir et de rénover les résidences secondaires existantes ne vaut que jusqu’à l’échéance des droits. Le document n'indique pas s’il s’agit de l’échéance des DDP, aujourd’hui acquise, ou éventuellement de celle des autorisations accordées à bien plaire.

Selon la décision attaquée, seule l'affectation du sol dans les secteurs des résidences secondaires est modifiée - par l'abrogation des PEC, partant l'abandon des zones de pavillons - afin que les plans cantonaux tiennent compte des objectifs de protection imposés par le droit fédéral. Toujours d'après le prononcé querellé, l'abandon des zones de pavillons n'empêche pas le maintien des chalets et résidences secondaires, mais leur statut est désormais soumis aux conditions fixées par l'art. 13 al. 4 du règlement. Enfin, le département déclare qu'il ne peut que constater le bien-fondé de l'art. 13 al. 4 précité au regard des prescriptions imposées par le droit fédéral, mais qu'il ne lui appartient pas de statuer sur le principe même du maintien des chalets dans la mesure où les décisions de classement ont pour principal objectif, non celui de se préoccuper du sort de ces derniers, mais celui de régler l'utilisation du sol afin de répondre aux objectifs d'intérêts publics fixés par le droit fédéral s'agissant de la protection des biotopes.

bb) Effectivement, l'art. 13 al. 4 du règlement n’est pas d’une extrême clarté. Ainsi, il ne précise pas la nature des titres juridiques suffisants permettant le maintien d’un chalet existant (DDP selon ARSUD et consorts, ou contrats nature selon l'arrêté du Conseil d'Etat du 5 décembre 2007). De plus, il est muet sur les conditions auxquelles un tel titre juridique pourrait être renouvelé, voire accordé (voir aussi arrêt AC.2008.0004 de ce jour, consid. 4b/bb).

Cela étant, il faut opérer une distinction entre d'une part la modification de l'affectation du sol - soit l'abandon des zones de pavillons au profit des zones naturelles hors zone à bâtir - et d'autre part le sort des chalets proprement dits.

D'une manière générale, une modification de l'affectation du sol ne signifie pas nécessairement que les constructions existantes, contraires à la nouvelle destination, doivent nécessairement être détruites, ou maintenues, mais uniquement que leur sort doit désormais être apprécié en tenant compte de leur non-conformité à la zone.

En l'espèce, l'art. 13 al. 4 du règlement précité ne va pas à l'encontre de ce principe général: il ne règle pas le sort des chalets de manière définitive, que ce soit dans le sens de leur maintien ou de leur destruction, mais les soumet à l'existence d'un "titre juridique suffisant".

Par ailleurs, on ne saurait dire d'emblée que le maintien de la totalité de ces ouvrages - sous réserve d'un "titre juridique suffisant" - irait manifestement à l'encontre des lois fédérales, notamment dans l'hypothèse où ceux-ci ont été érigés avant le 1^er juin 1983 (cf. art. 25b al. 1 LPN, selon lequel les cantons désignent les installations, les bâtiments et les modifications de la configuration du terrain réalisés après le 1^er juin 1983 dans les marais et les sites marécageux d’une beauté particulière et d’importance nationale, qui sont contraires aux buts visés par la protection et qui n’ont pas été autorisés avec force de chose jugée sur la base de zones d’affectation conformes à la LAT; voir aussi l'art. 5 al. 2 let. f de l'ordonnance sur les bas-marais - respectivement l'art. 5 al. 1 let. d de l'ordonnance sur les hauts-marais -, selon lequel toute installation ou construction entreprise après le 1^erjuin 1983 doit être démantelée). Sous cet angle, il sied également de prendre en considération, entre autres dispositions, l'art. 23d al. 2 let. b LPN, ainsi que l'art. 5 de l'ordonnance sur les sites marécageux et l'art. 5 de l'ordonnance sur les zones alluviales.

Inversement, on ne discerne pas d'emblée en quoi la démolition de la totalité de ces ouvrages - fondés sur des DDP échus - serait contraire au droit.

cc) Pour le surplus, la cour de céans n’a pas à donner dans le cadre de la présente procédure (qui peut être comparée dans une certaine mesure à un contrôle abstrait de l’art. 13 al. 4 du règlement précité) une interprétation de la notion de "titre juridique suffisant" utilisée par cette disposition; il convient au contraire de laisser le soin aux autorités compétentes d’appliquer ce texte et, cas échéant, de prendre des mesures concrètes sur cette base. Les nouvelles conclusions d’ARSUD et consorts du 21 janvier 2010, qui visent précisément à obtenir de la CDAP une décision en constatation en ce sens (confirmant qu'au regard du droit actuel, les chalets ne sont pas à démolir et qu’ils peuvent être entretenus conformément au règlement, en conformité avec la décision de classement et au bénéfice de la situation de fait licitement acquise), sortent dans cette mesure du cadre du présent litige et sont dès lors irrecevables.

c) Les développements qui précèdent conduisent en conclusion au rejet de ces deux recours, dans la mesure où ils sont recevables.

III. Le recours d’Aqua Nostra

6. On l’a déjà indiqué plus haut, le recours d'Aqua Nostra s’en prend à la décision de classement dans son ensemble, sans se concentrer, contrairement aux deux pourvois évoqués ci-dessus, sur la problématique des chalets, qu'il évoque néanmoins.

a) La recourante conteste la position prise par le département intimé, lorsqu’il retient que les inventaires fédéraux lient les autorités cantonales qui adoptent la décision de classement mettant en œuvre ces inventaires.

On admettra tout d’abord avec la recourante que la portée des inventaires fédéraux ne résulte pas toujours très clairement du droit positif (sur ce problème, voir Arnold Marti, Bundesinventare: eigenständige Schutz– und Planungsinstrumente des Natur– und Heimatschutzrechts, DEP 2005, p. 619 ss). Il reste que les inventaires fédéraux qui ont trait aux biotopes, aux marais, ainsi qu’aux sites marécageux d’importance nationale, s’imposent aux cantons, ces inventaires ayant en quelque sorte la valeur de plan sectoriel au sens de l’art. 13 LAT (Marti, op. cit., p. 631 s. et 637 s., voir aussi Karin Sidi-Ali, La protection des biotopes en droit suisse, étude de droit matériel, thèse Lausanne 2008, p. 140 ss, spéc. p. 143). Cette solution résulte des dispositions de la LPN, spécialement de ses art. 18a al. 2 et 23c al. 2. Le Tribunal fédéral l'a d’ailleurs confirmée (ATF 127 II 184 consid. 3 et 4 p. 188 ss). En substance, il découle de cet arrêt que l’inventaire fédéral (il s’agissait d’un objet figurant à l’inventaire des sites marécageux d’importance nationale), adopté par le Conseil fédéral sur la base de l’art. 23b LPN, lie les autorités cantonales; il appartient néanmoins à ces dernières de transposer l’inventaire dans un plan d’affectation, déployant des effets obligatoires pour les propriétaires; lors de cette opération, l’autorité cantonale bénéficie d’une certaine marge d’appréciation, liée à l’imprécision des cartes d’inventaire, établies généralement à l’échelle 1: 25'000. De plus, dans la mesure où l’inventaire adopté par le Conseil fédéral n’est pas sujet à recours, le Tribunal fédéral retient que l’autorité judiciaire a la faculté de procéder à un contrôle préjudiciel de la conformité de l’inventaire au droit supérieur (étant précisé que le juge doit respecter la marge de manœuvre accordée par la loi au Conseil fédéral; ATF 127 II 184 consid. 5 p. 190 ss; voir aussi Sidi-Ali, op. cit., p. 142).

Il en découle, pour le cas d’espèce, que le DSE était bel et bien lié par les inventaires fédéraux, relatifs aux sites marécageux, aux zones alluviales et aux marais d'importance nationale; il bénéficiait sans doute d’une certaine marge de manœuvre dans la détermination précise de la limite des différents objets inventoriés; il ne devait en revanche pas s’en écarter de manière significative (dans le même sens, TA, AC.1998.0067 du 10 décembre 1998, notamment consid. 3). Pour le surplus, la cour de céans est bien sûr habilitée à vérifier à titre préjudiciel la validité des inventaires fédéraux ici en cause; toutefois, la recourante ne mentionne pas de violation du droit fédéral dans la délimitation retenue par ces inventaires, ni de parcelles particulières où la protection arrêtée ne serait pas conforme au droit supérieur.

On laissera au surplus de côté ci-après la question de la portée des autres inventaires (inventaire fédéral des paysages, notamment; sur ce point, Marti, op. cit., p. 634 ss). En effet, l’essentiel des surfaces concernées par la décision de classement est déjà inclus dans les inventaires "contraignants" évoqués ci-dessus.

En résumé, rien n’indique donc que la délimitation du périmètre des réserves naturelles de la rive sud du lac de Neuchâtel viole le droit fédéral, contrairement à ce qu’affirme la recourante. Quant aux mesures prévues dans le règlement qui accompagne cette décision, la recourante ne précise pas non plus en quoi elles violeraient les dispositions des ordonnances applicables ici. En définitive, la recourante se borne à présenter diverses remarques qui relèvent de l’observation (plus ou moins précise) de la situation de fait, censées démontrer l’inutilité des mesures prises, voire des inventaires fédéraux eux-mêmes. En l’état, la cour retient au contraire qu’elle n’est pas en mesure, sur la base des critiques ponctuelles de la recourante, de remettre en cause le bien-fondé, tant des inventaires fédéraux que des règles prévues par les ordonnances précitées et concrétisées par la décision de classement. D’ailleurs, au-delà d’une annulation pure et simple de celle-ci, l’on voit mal sur quoi devraient porter les modifications souhaitées par la recourante.

b) Il résulte des développements qui précèdent que le recours d’Aqua Nostra doit également être rejeté, dans la mesure où il est recevable.

IV. Frais et dépens

7. Vu ce qui précède, les recours doivent être rejetés dans la mesure de leur recevabilité et les décisions du DINT doivent être confirmées. Les frais de la cause seront ainsi mis à la charge des recourants. Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à ASPO et consorts, qui n'ont pas pris de conclusions formelles ni n'ont réclamé de dépens.

Par ces motifs
la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:

I. Les recours formés respectivement par ARSUD et consorts, André Beyner et consorts, ainsi qu’Aqua Nostra, sont rejetés dans la mesure de leur recevabilité.

II. Les décisions rendues sur recours le 30 octobre 2008 par le Département de l’intérieur sont confirmées.

III. Un émolument judiciaire, fixé globalement à 4'800 (quatre mille huit cents) francs, est mis à la charge de:

– ARSUD et consorts, solidairement entre eux, à concurrence de 1'600 (mille six cents) francs;

– André Beyner et consorts, solidairement entre eux, à concurrence de 1'600 (mille six cents) francs;

– Aqua Nostra, à concurrence de 1'600 (mille six cents) francs.

Lausanne, le 30 juillet 2010

La présidente:

Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint, ainsi qu'à l'Office fédéral de l'environnement.

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.