TRIBUNAL CANTONAL

COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC

Arrêt du 23 avril 2010

Composition

M. Eric Brandt, président; M. Bertrand Dutoit et M. Georges Arthur Meylan, assesseurs; Mme Marie Wicht, greffière.

Recourants

Bruno LACHAT, à Lausanne, Mario LACHAT, à Zürich, et Remo LACHAT, à Eggersriet, tous trois représentés par Frank TIECHE, avocat à Lausanne.

Autorité intimée

Municipalité de Lausanne, représentée par Daniel PACHE, avocat à Lausanne.

Autorités intimées et concernées

Service des eaux, sols et assainissement, à Lausanne,

Service des forêts, de la faune et de la nature, à Lausanne,

Etablissement cantonal d'assurance contre l'incendie et les éléments naturels, à Pully,

Service de l'environnement et de l'énergie, à Epalinges,

Service de la consommation et des affaires vétérinaires, à Lausanne,

Service de la santé publique, à Lausanne,

Police cantonale du commerce, à Lausanne,

Service des routes, à Lausanne,

Service de la mobilité, à Lausanne,

10.

Office fédéral des routes (OFROU), à Estavayer-le-Lac.

Constructrices

Boas Immobilier SA, à Lonay, et Grisoni Zaug SA, à Bulle, toutes deux représentées par Denis SULLIGER, avocat à Vevey.

Propriétaire

Commune de Lausanne, représentée par sa municipalité au nom de qui agit Daniel PACHE, avocat à Lausanne.

Tiers intéressés

OFFICE FEDERAL DES TRANSPORTS, à Berne,

CHEMINS DE FER FEDERAUX SUISSES, à Berne.

Objet

Permis de construire

AC.2009.0276: Recours Bruno, Mario et Remo LACHAT c/ décision de la Municipalité de Lausanne des 9 et 16 septembre 2009 autorisant la construction du bâtiment A du projet AcquaEcopôle (musée aquarium avec restaurant et panneaux solaires en toiture), parcelle n° 20'349.

Dossier joint AC.2009.0277: Recours Bruno, Mario et Remo LACHAT c/ décision de la Municipalité de Lausanne des 9 et 16 septembre 2009 autorisant la construction du bâtiment B du projet AcquaEcopôle (hôtel, centre médical, commerces et rehaussement de la ligne HT des CFF), parcelle n° 20'349.

Vu les faits suivants

A. a) Le Département des infrastructures a approuvé le 14 février 2001 le plan d'affectation cantonal No 309 "Vennes" (ci-après: PAC Vennes) touchant le territoire des Communes de Lausanne et d'Epalinges. Le périmètre du plan est limité au sud par la route nationale A9 et la bretelle de sortie en direction de Lausanne. Il est longé au nord-ouest par la route de Berne (RC 601b) et à l'est par la rive boisée du cours d'eau "La Vuachère". Dans l'angle ouest du périmètre, entre la bretelle de sortie de l'autoroute et la route de Berne, le plan prévoit un secteur constructible désigné "G1", dont le nombre de niveaux maximum autorisé est fixé à "R +3" avec une surface brute de plancher de 8'000 m2 dans l'hypothèse de la réalisation du métro M2.

b) L'art. premier du règlement du PAC Vennes (RPAC) précise que le plan est destiné à promouvoir l'aménagement d'un pôle de développement économique d'intérêt cantonal appelé "Bio Pôle" (ci-après: biopôle). Selon l'art. 23 al. 1 RPAC, les différents secteurs du plan sont destinés à l'ensemble des activités liées au biopôle. Des activités sont également autorisées dans le secteur G1 pour autant qu'elles soient réalisées en couverture du parking-relais. L'art. 40 du règlement précise que le parking-relais existant de 400 places peut être maintenu mais que son aménagement peut être modifié afin de garantir le bon fonctionnement du site (al. 1). Des constructions sont possibles en couverture afin d'augmenter la capacité de l'équipement et d'édifier des bâtiments d'activités liés au biopôle (al. 2).

c) Le rapport d'impact mis à l'enquête publique prévoit une augmentation de trafic de l'ordre de 1'370 véhicules sur le tronçon de la route de Berne compris entre la jonction nord de l'autoroute A9 et le carrefour avec le chemin de Valmont dans un pronostic de trafic fixé en 2020 avec la réalisation des 650 places de parc prévues par le PAC Vennes sur l’ensemble du site.

B. a) A la suite de l'approbation du PAC Vennes et de l'acceptation en votation populaire du métro M2, la Ville de Lausanne a souhaité augmenter la capacité totale du parking-relais (P+R), prévue initialement à 800 places, pour la porter à 1'200 places. Une nouvelle étude de trafic a été effectuée à cet effet en 2004 par le bureau d'études RGR, Ingénieurs-conseils à Lausanne. Par ailleurs, la Ville de Lausanne avait lancé un appel d'offres pour la réalisation du parking et du programme en couverture sur la base d'un concours d'architecture ; il était toutefois nécessaire de modifier les dispositions du PAC Vennes concernant le périmètre G1 pour disposer d'une plus grande souplesse. Aussi, l'ouverture de l'autoroute A1 entre Yverdon et Payerne en 2001 avait entraîné une diminution importante du trafic sur la route de Berne (1’600 véhicules par jour); la charge du trafic journalier en 2003 étant comparable à celle de 1997.

b) Un projet d'addenda au PAC Vennes a été étudié en vue d'augmenter l'emprise du périmètre d'implantation des constructions dans le secteur G1, de porter la capacité du parking-relais à 1’200 places et d'augmenter la surface brute de plancher de 8’000 m2 à 12'500 m2 tout en élargissant la définition des différentes affectations admissibles. Le complément au rapport d'impact précise que les nouvelles affectations prévues sur le parking-relais devaient permettre d'utiliser les places de parc du parking-relais aux heures et durant les jours de faible occupation, soit pendant les soirées et les week-ends. Selon le complément au rapport d'impact, la génération de trafic provoquée par le parking-relais de 1’200 places et par les activités prévues sur la plateforme s'élèverait à 3'600 véhicules par jour. Ce calcul se fonde sur un coefficient de rotation de 1,5 (3 mouvements par place de parc) pour les 1'200 places en tenant compte de 150 places réservées pour les activités propres au périmètre de construction G1.

De cette manière, les impacts liés à l'extension du parking-relais et des nouvelles activités ne devaient pas dépasser les impacts pronostiqués en 2000 en raison de la diminution du trafic sur la route de Berne et la réduction du trafic en direction de La Sallaz par la mise en service du métro M2.

c) L’addenda au PAC Vennes a été mis à l'enquête publique avec le rapport d'impact complémentaire sur le territoire des Communes de Lausanne et d'Epalinges du 17 juin au 17 juillet 2005. Il n'a pas soulevé d'opposition et il a été approuvé par le Département des institutions et des relations extérieures le 27 septembre 2006.

C. a) L'Etat de Vaud est propriétaire de la parcelle n° 7’311 qui comprend l'ensemble des terrains compris dans le périmètre du PAC Vennes sur le territoire de la Commune de Lausanne (163'862 m2). Un projet de parking d'échange de 1'190 places a été mis à l'enquête publique du 8 décembre 2006 au 8 janvier 2007 sur la parcelle n° 7’311. Une demande d'autorisation préalable d'implantation a également été mise à l'enquête publique pendant la même période pour la construction de deux bâtiments (bâtiments A et B) sur la plateforme du parking-relais.

Le projet AcquaEcopôle prévu dans le bâtiment A est un projet de musée scientifique proposant aux visiteurs différents écosystèmes sur les thèmes de l'eau douce; (par exemple, l'environnement naturel du Rhône, des grands lacs africains, des rivières australiennes et de l'Amazone). Le bâtiment B était destiné d'une part, à un hôtel de 117 chambres dans l'aile sud du bâtiment et d'autre part, à un centre médical dans l'étage supérieur de l'aile nord avec un magasin de proximité et un kiosque au rez-de-chaussée. Une partie du bâtiment B pouvait aussi être utilisée pour le développement d'une halte-garderie ouverte de 7 heures à 19 heures les jours ouvrables, qui permettrait de jouer un rôle incitatif pour l'utilisation du parking-relais.

b) Un rapport d'impact de deuxième étape traite à la fois des impacts du parking-relais et ceux des constructions prévues en surface. Les 1’200 places du parking-relais sont réparties de la manière suivante: 700 places pour les abonnés du parking-relais, 300 places pour les tickets journaliers du parking-relais et 150 places réservées aux activités se déroulant sur la plateforme et faisant l'objet de la demande préalable d'implantation (musée AcquaEcopôle, hôtel, centre médical et magasin de proximité), réparties de la manière suivante : 120 places dans le parking et 30 places à l'air libre sur la plateforme du parking. La totalité des places de stationnement (1’190) sont incluses dans l'enveloppe des 1’200 places prévues par l'addenda au PAC Vennes.

c) Selon l'étude de trafic RGR de juillet 2004, à l'heure de pointe du soir, les véhicules sortant du parking-relais à destination de l'autoroute représentent la grande majorité (70 %). Ceux qui partent en direction d'Epalinges et de Berne représentent le 25 % des véhicules alors que seuls 5 % des véhicules se dirigent au centre-ville de Lausanne. Selon le rapport d'impact, la plateforme supérieure devient une véritable interface entre le parking, la station du M2 et les activités proposées en surface. Toute la plateforme se situe au niveau 695.00 m. Selon le rapport d'impact, l'augmentation du niveau sonore généré par le projet ne dépassera pas 0.2 dB(A). En outre, la réalisation du PAC Vennes et l'extension du parking-relais n'auraient que des impacts atmosphériques faibles; l'augmentation des concentrations moyennes annuelles de NO2 ne dépasserait pas 1 µg/m3 sur le périmètre du PAC Vennes.

D. a) Remo Lachat, Mario Lachat et Bruno Lachat sont ensemble propriétaires en société simple de la parcelle n° 7’320 du cadastre de la Commune de Lausanne, sise à la route de Berne 143. D'une superficie de 527 m2, le terrain comporte une habitation d'une surface bâtie au sol de 80 m2 ainsi qu'un garage de 36 m2. Le terrain est en outre grevé depuis le 1^er mars 1995 d'une servitude d'usage et de maintien d'une paroi anti-bruit en faveur de l'Etat de Vaud. La parcelle est située sur le côté nord du tronçon de la route de Berne, compris entre la sortie nord de l'autoroute A9 et l'accès sur le chemin de Valmont. Remo Lachat, Mario Lachat et Bruno Lachat se sont opposés à la fois au projet de construction du parking-relais de 1’190 places et à la demande préalable d'implantation pour les activités prévues sur la plateforme du parking-relais (projet AcquaEcopôle).

b) Le Service de l'aménagement du territoire (actuellement Service du développement territorial) a rendu le 29 juin 2007 une décision finale concernant l'étude de l'impact sur l'environnement en délivrant l'autorisation spéciale requise pour la réalisation du projet. La Municipalité de Lausanne (ci-après: la municipalité) a délivré
le 11 juillet 2007 le permis de construire le parking-relais de 1’190 places ainsi que l'autorisation préalable d'implantation pour les bâtiments A et B sur la plateforme du parking-relais (musée AcquaEcopôle, projet d'hôtel, et de centre médical). Par décision du 20 juillet 2007, elle a levé l'opposition de Remo, Mario et Bruno Lachat au projet de construction du parking-relais de 1’190 places et par une nouvelle décision du
23 juillet 2007, elle a également levé l'opposition à la demande préalable d'implantation des bâtiments destinés aux activités associées au parking-relais.

c) Remo, Mario et Bruno Lachat ont recouru auprès du Tribunal administratif (actuellement Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal) le 10 août 2007 à la fois contre la décision municipale du 20 juillet 2007 levant leur opposition au parking-relais, contre la décision finale sur l'étude d'impact sur l'environnement du 29 juin 2007 rendue par le Service de l'aménagement du territoire et contre la décision municipale du 23 juillet 2007 levant leur opposition à la demande préalable d'implantation des bâtiments associés au parking d'échange ainsi que contre toutes les autres autorisations cantonales spéciales en rapport avec les deux enquêtes. Ils concluent à l'admission du recours et à ce que la décision de la Municipalité du 20 juillet 2007, levant leur opposition à la demande de permis de construire le parking-relais, soit annulée. Ils demandaient également que la décision municipale du 23 juillet 2007 levant leur opposition à la demande préalable d'implantation concernant les bâtiments associés au parking d'échange soit annulée avec la décision finale sur l’étude d'impact rendue le 29 juin 2007 par le Service de l'aménagement du territoire ainsi que toutes les autres autorisations cantonales spéciales en relation avec les enquêtes.

E. a) Par arrêt du 18 janvier 2008, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal a rejeté le recours formé par Remo, Mario et Bruno Lachat. Le tribunal a considéré en substance que le principe de coordination avait été respecté, dès lors que l’étude d’impact de deuxième étape avait permis d’apprécier autant les effets sur l’environnement du projet de parking d’échange que ceux de l’exploitation des bâtiments nécessaires aux activités associées, tels que le musée AcquaEcopôle, l’hôtel et le centre médical. Ainsi, l’étude d’impact de deuxième étape permettait de constater que le projet respectait l’ensemble des dispositions du droit fédéral de la protection de l’environnement, notamment celles concernant la protection contre le bruit, la protection de l’air, ainsi que celles relatives au respect des valeurs limites des rayons non ionisants. Le tribunal a aussi constaté que la procédure avait été coordonnée de manière satisfaisante avec le projet de rehaussement de la ligne de transport CFF et les exigences de l’Office fédéral des routes concernant l’intégration des trafics de sortie de parking sur la bretelle de sortie de l’autoroute Lausanne-Vennes étaient respectées. Le tribunal a également jugé que les dérogations de minime importance de l’implantation du parking étaient admissibles et compatibles avec le droit cantonal et communal et que les dispositions réglementaires communales concernant la fixation de la hauteur des bâtiments avaient été respectées.

b) Le recours formé contre l’arrêt de la Cour de droit administratif et public par Remo, Mario et Bruno Lachat a été rejeté dans la mesure où il était recevable par arrêt du Tribunal fédéral du 10 juillet 2008. Le Tribunal fédéral a relevé tout d’abord que les griefs concernant l’autorisation préalable d’implantation étaient irrecevables en précisant notamment que le complexe de bâtiments regroupant le musée scientifique, l’hôtel et le centre médical, ainsi que deux petits commerces, n’était en lui-même pas soumis à une étude d’impact sur l’environnement (consid. 2.2.2). Le Tribunal fédéral a aussi considéré que l’étude d’impact par étapes réalisée pour le projet de parking était appropriée et que les critiques des recourants concernant le contenu de l’étude d’impact n’étaient pas fondées, notamment en ce qui concerne les pronostics de trafic, la protection de l’air et la protection contre les rayonnements non ionisants. Le Tribunal fédéral a également écarté les critiques des recourants concernant l’octroi de la dérogation relative à l’implantation du parking-relais empiétant sur la limite des constructions.

F. a) Dans l’intervalle, la Commune de Lausanne a acquis le 28 avril 2008 de l’Etat de Vaud la parcelle n° 20'349, qui a été détachée de la parcelle n° 7'311. La nouvelle parcelle n° 20'349, d’une superficie de 15'560 m², est longée au nord par la route de Berne, à l’ouest par la bretelle de sortie de l’autoroute Lausanne-Vennes, à l’est par la nouvelle assiette du chemin de Valmont comprenant l’entrée au parking d’échange et, au sud-est, par la voie de sortie du parking d’échange rejoignant la bretelle de sortie de l’autoroute.

b) La Commune de Lausanne a fait étudier les plans de la demande de permis de construire des bâtiments A (musée AcquaEcopôle) et B (hôtel, centre médical et commerces) destinés aux activités associées au parking d’échange. Le bâtiment A (musée) comprend un niveau inférieur avec les différentes installations techniques nécessaires à l’exploitation du musée (filtres mécaniques, filtres biologiques, vestiaires, locaux de quarantaine, réservoirs d’eau, locaux de ventilation ainsi qu’un laboratoire, une cafétéria et un local container). Le niveau du rez-de-chaussée comprend l’entrée du musée, donnant de plain-pied sur une cafétéria, de laquelle on peut accéder au premier niveau du musée correspondant à la dalle recouvrant le niveau technique inférieur, mais située à environ 2 m 40 au-dessus du niveau de l’entrée. L’entrée permet encore d’accéder de plain-pied à la serre aménagée au centre du musée et bénéficiant d’un éclairage zénithal. Le deuxième niveau du musée est accessible par différentes circulations verticales ainsi que par la serre et comprend notamment un amphithéâtre, une surface d’exposition temporaire et un local pour les travaux pratiques. La toiture du musée comprend les différents monoblocs nécessaires à la ventilation et à la climatisation du musée et de l’eau des aquariums, ainsi que les aménagements de l’éclairage zénithal de la serre et des panneaux photovoltaïques. Les monoblocs des ventilations sont entourés à l’est, au nord et à l’ouest de parois de protection pour éviter la diffusion du bruit en direction de la route de Berne.

Le bâtiment B, comprenant un rez-de-chaussée et trois niveaux, se divise en deux corps de bâtiments entourant à l’est et au sud-est le bâtiment A du musée. Le premier corps de bâtiments comprend au rez-de-chaussée un kiosque, deux commerces d’une surface de 200 m² environ chacun, ainsi que l’entrée du centre médical. On trouve au premier étage du centre médical, les différents locaux d’une permanence médicale comprenant une réception, une salle d’attente, les bureaux des médecins, ainsi que les différentes salles de soins et les locaux administratifs ; le deuxième étage est réservé aux cabinets médicaux avec des locaux d’archives. Le troisième étage, situé en retrait par rapport aux façades nord et ouest, est affecté à la partie hôtelière dont la réception se trouve au rez-de-chaussée du second corps de bâtiments implanté parallèlement à la voie de sortie du parking d’échange. Le rez-de-chaussée comprend donc l’entrée de l’hôtel avec les espaces nécessaires à l’accueil à la réception, ainsi qu’un restaurant et des salles de séminaires. Le premier et le deuxième étages de l’hôtel comprennent chacun 40 chambres et le troisième étage comporte également 40 chambres, mais se prolonge, comme déjà indiqué, sur la partie du corps de bâtiments situé sur le centre médical et comprend onze chambres, soit un total de 131 chambres. Les installations techniques sont aménagées dans les superstructures situées en attique avec une toiture recouverte de panneaux photovoltaïques.

En ce qui concerne les aménagements extérieurs, le projet prévoit un couvert sur le rez-de-chaussée (mall) reliant la sortie du métro, l’entrée du musée, l’accès aux commerces, l’entrée du centre médical, ainsi que l’entrée de l’hôtel.

c) Le projet comporte une étude acoustique du 7 avril 2009 ainsi qu’un rapport de la société ER Energies Rationnelles SA concernant le respect des exigences de la norme SIA 380/1 (édition 2009); pour le bâtiment A, le besoin de chaleur pour le chauffage est estimé à 150 MJ/m², avec une valeur limite des besoins à 176 MJ/m²; pour le bâtiment B, le besoin de chaleur pour le chauffage est estimé à 104 MJ/m²avec une valeur limite des besoins de 121 MJ/m². En outre, l’optimalisation de l’enveloppe thermique des bâtiments permet d’atteindre les exigences primaires Minergie 2009. Un descriptif technique prévoit aussi pour le musée tout le dispositif du traitement de l’eau avec un système de filtration et de stérilisation des eaux avant le rejet dans le réseau des eaux usées. Le dossier comporte également le projet de remplacement des mâts n^os 34 et 35 de la ligne de transport des CFF à haute tension à 132 KW Puidoux-Bussigny, avec le dossier de mise à l’enquête publique de cette modification, le rapport technique, le rapport de sécurité, ainsi que la notice explicative "ORNI".

G. a) Le dossier de la demande de permis de construire a été mis à l’enquête publique du 8 mai au 8 juin 2009. Il a soulevé notamment l’opposition de Remo, Mario et Bruno Lachat le 7 juin 2009. Les opposants estiment que les dossiers de l’enquête publique sont incomplets, que l’ensemble des études ne sont pas abouties, que la sécurité des alentours et du projet n’est pas garantie, de même que la viabilité du projet; ils se plaignent essentiellement du bruit, de la pollution, de la poussière et des fissures qui apparaissaient dans la maison. Les travaux de construction du M2 auraient notamment provoqué des dommages sur leur propriété et un déplacement de la paroi antibruit sur la route de Berne, avec une fissure des canalisations. L’opposition a été transmise à la centrale des autorisations (CAMAC), qui a communiqué à la municipalité le 31 août 2009 la synthèse des différentes autorisations cantonales nécessaires au projet des bâtiments A et B.

b) Par décisions des 9 et 16 septembre 2009, la municipalité a délivré le permis de construire pour le bâtiment A, sous réserve de l’inscription au Registre foncier d’un droit de superficie en faveur du maître de l’ouvrage et des sociétés constructrices. La décision municipale réserve les différentes conditions particulières des autorités cantonales figurant dans la synthèse de la centrale des autorisations du 31 août 2009. Sont également réservées les conditions de l’approbation des Chemins de fer fédéraux du 6 avril 2009 ainsi que l’approbation des Transports publics de la région lausannoise du 6 mai 2009. La municipalité a en outre fixé la condition suivante :

"L’installation de panneaux solaires en toiture n’est pas admise. Celle-ci sera rendue végétalisée conformément à l’art. 31 du plan d’affectation cantonal (PAC) n° 309. Un plan de toiture ainsi que les modifications liées aux aspects énergétiques nous seront remis avant exécution en deux exemplaires dûment datés et signés.

Le projet sera complété par une augmentation de l’espace dévolu au parking deux roues dont le nombre devra répondre au PGA (art. 61 et annexe 1) ainsi qu’à la norme TSS n°640065. Un plan détaillé sur ce point est à nous remettre en deux exemplaires datés et signés avant exécution."

c) La municipalité a également délivré le permis de construire pour le
bâtiment B en dates des 9 et 16 septembre 2009, en fixant les mêmes conditions que celles concernant le bâtiment A. La municipalité a décidé ainsi de lever l’opposition, et sa décision a été notifiée aux opposants le 21 octobre 2009.

H. a) Bruno Lachat, Mario Lachat et Remo Lachat ont contesté la décision municipale concernant le bâtiment A, ainsi que les décisions figurant dans la synthèse de la centrale des autorisations du 31 août 2009, par un recours auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal. Ils concluent à la réforme de la décision municipale en ce sens que le permis de construire est refusé, ainsi qu’à la réforme de la décision du Service de l’économie, du logement et du tourisme – SELT – figurant dans la synthèse CAMAC du 31 août 2009, en ce sens que l’autorisation spéciale est refusée, subsidiairement subordonnée à un horaire d’exploitation de 9h00 à 19h00, ainsi qu’à la réforme des autres décisions figurant dans la synthèse CAMAC du 31 août 2009 en ce sens que les autorisations spéciales sont refusées.

Bruno Lachat, Mario Lachat et Remo Lachat ont également recouru contre la décision municipale levant leur opposition et délivrant le permis de construire pour le bâtiment B, ainsi que contre la décision du Service de l’économie, du logement et du tourisme figurant dans la synthèse du 31 août 2009 et les autres décisions mentionnées dans la synthèse de la centrale des autorisations du 31 août 2009, dont notamment la décision du Service des eaux, sols et assainissement, du Service de l’environnement et de l’énergie, de l’Etablissement cantonal d’assurance contre l’incendie et les éléments naturels (l'ECA), et celle de l’Office fédéral des routes. Ils concluent à la jonction des causes ayant trait au bâtiment A et au bâtiment B ainsi qu’à la réforme de la décision municipale, en ce sens que le permis de construire sollicité est refusé. Ils concluent également à la réforme de la décision du Service de l’économie, du logement et du tourisme de la synthèse CAMAC du 31 août 2009 en ce sens que l’autorisation spéciale est refusée, subsidiairement subordonnée à un horaire d’exploitation de 9h00 à 19h00. Ils concluent aussi à la réforme de toutes les autres décisions figurant dans la synthèse CAMAC du 31 août 2009 en ce sens que les autorisations spéciales sont refusées.

Le recours formé contre le bâtiment A a été enregistré sous la référence AC.2009.0276 et le recours concernant le bâtiment B sous la référence AC.2009.0277. Par décision du 28 décembre 2009, l’instruction des deux causes a été jointe pour le jugement.

b) Les différents services concernés de l’administration cantonale et de l’administration fédérale se sont déterminés sur le recours ; en particulier, le Service des routes le 14 décembre 2009, le Service de la mobilité le 15 décembre 2009, les CFF le
17 décembre 2009, l’Office fédéral des routes le 21 décembre 2009 et le Service de l’économie, du logement et du tourisme le 21 décembre 2009.

L’ECA s’est déterminé le 18 décembre 2009, le Service de la consommation et des affaires vétérinaires le 21 décembre 2009, l’Office fédéral des transports le
8 janvier 2010, le Service des forêts, de la faune et de la nature le 5 janvier 2010, le Service des eaux, sols et assainissement le 11 janvier 2010, le Service de l’environnement et de l’énergie le 14 janvier 2010, le Service de la santé publique le
15 janvier 2010 et la municipalité a déposé un mémoire réponse le 25 janvier 2010. Les sociétés constructrices ont renoncé à déposer des observations sur le recours.

c) Les recourants ont déposé un mémoire complémentaire le 19 mars 2010 et produit un avis donné par le Service de l’environnement et de l’énergie dans une autre procédure (AC.2009.0233), selon lequel les comptages qui venaient d’être effectués par le Service des routes indiquaient "un TJM approximatif de 29'900 vhc/j". Le Service de l’environnement et de l’énergie a encore produit une correspondance le 16 avril 2010, qui n’est pas de nature à influencer la décision du tribunal.

Considérant en droit

1. Les recourants se réfèrent à l’art. 104 al. 4 de la loi sur l’aménagement du territoire et les constructions du 4 décembre 1985 (LATC; RSV 700.11) en se plaignant du fait que la Commune de Lausanne était devenue propriétaire de la parcelle en cause sans qu’ils en aient été informés. Ils soulèvent la question de la péremption de l’autorisation préalable d’implantation et invoquent le fait que la rubrique "propriétaire" dans le formulaire de la demande de permis de construire ne comporte aucune signature.

a) L’art. 104 al. 4 LATC précise que le permis de construire est personnel et que la municipalité doit être avisée sans délai en cas de changement de titulaire. La jurisprudence a précisé que si le permis de construire présente un caractère personnel au sens de l’art. 104 al. 4 LATC, un changement de titulaire est possible, pour autant que la municipalité en soit avisée. L’objectif recherché par le législateur concernant le caractère personnel du permis de construire consiste à permettre à la municipalité de connaître tout changement de titulaire du permis avant et pendant les travaux autorisés par le permis. Le permis est donc transmissible (voir arrêt AC.2005.0281 du 15 février 2007), ce qui ne signifie toutefois pas encore qu’il présente un caractère réel. En effet, l’octroi du permis de construire peut être lié à des qualités personnelles du titulaire, ce qui est notamment le cas pour les constructions hors des zones à bâtir (voir arrêt AC.1993.0287 du 1^er juillet 1994, consid. 3c).

En l’espèce, il est vrai que la Commune de Lausanne est devenue propriétaire de la parcelle de base n° 20'349 après l’octroi de l’autorisation préalable d’implantation. En sa qualité de représentante du propriétaire du terrain et d’autorité compétente en matière de permis de construire, la municipalité ne pouvait faire autrement que d’être informée du changement de titulaire de l’autorisation préalable d’implantation auquel elle doit de plus accorder un droit de superficie pour la réalisation des deux bâtiments A et B du centre AcquaEcopôle. L’autorisation préalable d’implantation n’imposait par ailleurs pas de conditions personnelles liées au propriétaire ou à l’exploitant des bâtiments projetés. Il en résulte que l’autorisation préalable d’implantation a bien été transférée au nouveau propriétaire en conformité des conditions de l’art. 104 al. 4 LATC.

b) L'art. 119 LATC permet au constructeur de requérir avant la mise à l'enquête publique du projet de construction une autorisation préalable d'implantation
(al. 1). L'autorisation préalable est périmée si elle n'est pas suivie d'une demande de permis de construire dans les deux ans qui suivent sa délivrance (al. 2). Elle ne couvre que les éléments mis à l'enquête publique (al. 3). En statuant sur une demande préalable d'implantation, l'autorité communale doit alors trancher des questions de principe liées à l'édification de la construction en particulier le droit de construire, l'emplacement, le type d'ouvrage et les rapports de surface. L'octroi du permis d'implantation a les mêmes effets juridiques en ce qui concerne les éléments contenus dans cette autorisation que ceux du permis de construire (arrêt AC.2007.0196 du 18 janvier 2008). Ce dernier doit alors être délivré si la demande en est faite dans le délai de deux ans et si le projet de construction est conforme aux conditions fixées par le permis d'implantation. En revanche, si le propriétaire laisse son permis d'implantation se périmer ou s'il présente un projet qui ne respecte pas les conditions fixées par cette autorisation ou qui diffère du projet faisant l'objet de l'autorisation, l'autorité communale, le cas échéant l'autorité de recours, examine librement toutes les questions que soulève le projet sans être liée par le permis d'implantation (ATF 101 Ia 213, consid. 3a, p. 215-216). L'autorisation préalable ne lie ainsi la municipalité lors de la procédure définitive de la demande de permis de construire que dans la mesure où la situation de fait et de droit déterminante qui a conduit à son octroi reste pour l'essentiel inchangée (arrêt AC.2001.0157 du 22 mai 2002).

En l’espèce, l’autorisation préalable d’implantation pour les bâtiments A et B du complexe AcquaEcopôle a été délivrée le 11 juillet 2007. Les effets de cette autorisation ont été paralysés par le dépôt du recours formé par les recourants le
23 juillet 2007 jusqu’à l’arrêt rendu par la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal le 18 janvier 2008. L’effet suspensif ayant été refusé au recours déposé contre cet arrêt auprès du Tribunal fédéral, le délai de deux ans a commencé à courir dès l’entrée en force de la décision délivrant le permis de construire et arrive ainsi à échéance au mois de janvier 2010. La demande de permis de construire ayant été déposée le 8 avril 2009, le délai de deux ans fixé à l’art. 119 al. 2 LATC est respecté.

c) Les recourants se plaignent aussi du fait que le formulaire et les plans du dossier de la demande de permis de construire ne comportent pas la signature du propriétaire du bien-fonds.

L'art. 108 al. 1 LATC prévoit que la demande de permis doit être signée par le propriétaire du fonds, lorsqu'il s'agit de travaux à effectuer sur le fonds d'autrui. A défaut, la municipalité ne peut délivrer le permis de construire. Cette exigence peut se comprendre en relation avec les articles 671 et ss CC; elle est une des conséquences du principe civil de l'accession qui veut que le droit du propriétaire s'étende à tout ce qui est incorporé au sol, dont les constructions (art. 667 al. 2 CC; v. Robert Haab/August Simonius/Werner Scherrer/Dieter Zobl, in Commentaire zurichois, IV, 1, no 18 ad art. 667 CC; Paul-Henri Steinauer, Droits réels II, 2ème édition, Berne 1994, no 1622). La signature des plans par le propriétaire du fonds déploie donc des effets concrets sur le plan du droit public; la jurisprudence de la Commission cantonale de recours en matière de construction a en effet rappelé que cette exigence n'était pas une prescription de pure forme (prononcé 6802 du 18 février 1991, T. S.A. c/Lausanne, rés. in RDAF 1992, 220). Elle permet à la municipalité de vérifier que celui qui entreprend une construction a obtenu l'accord de celui qui a la maîtrise juridique du bien-fonds et que ce dernier consent aux travaux et à tous les effets de droit public qui en découlent le cas échéant (révision de l'estimation fiscale, taxe de raccordement, diminution des possibilités d'utilisation de l'immeuble). Indirectement, cette règle a aussi pour effet de prévenir des conflits ultérieurs de droit privé lorsqu'ils interviennent une fois les travaux achevés (voir RVJ 1999 p. 203 et ss). Il est cependant admis que l'absence de signature du propriétaire sur les plans mis à l'enquête publique et sur le formulaire de la demande de permis de construire peut être réparée en principe par la signature subséquente, notamment dans le cadre de la procédure de recours (RDAF 1972 p. 281, RDAF 1993 p. 127, voir aussi AC.1993.0010 du 20 janvier 1994), ou même par la production d'une procuration du propriétaire en faveur de l'auteur des plans (arrêt AC.2000.0051 du 10 avril 2001).

En l’espèce, la municipalité, représentée par Mme Silvia Zamora, Conseillère municipale en charge de la culture, du logement et du patrimoine, a donné procuration à Jacques Richter, architecte à Lausanne, pour la signature de tout document nécessaire à la procédure visant à obtenir un permis de construire à la fois pour le musée AcquaEcopôle (bâtiment A) et à la fois pour l’hôtel, le centre médical et les commerces (bâtiment B). La procuration, délivrée le 23 avril 2009, fait partie des documents qui ont été soumis à l’enquête publique du 8 mai au 8 juin 2009. Par ailleurs, la municipalité a adopté le 15 mai 2003 la décision suivante:

"Pour les projets où la commune est maître de l’ouvrage, tous les documents pouvant être publics sont signés par le conseiller municipal chargé de la culture, des sports et du patrimoine ou de son remplaçant.

Pour les projets où un tiers est maître de l’ouvrage sur une parcelle privée communale, les documents pour l'enquête publique ne sont plus signés par le conseiller municipal; une procuration a été établie selon l’art. 73 RATC, qui autorise le mandataire à mettre à l’enquête un projet sur une parcelle privée communale. La procuration, dont un exemplaire est donné en annexe, réserve expressément les aspects du droit privé et du droit public, ainsi que la décision finale de la municipalité.

(…)"

Il apparaît ainsi que la Conseillère municipale Silvia Zamora, en charge de la culture, du logement et du patrimoine, bénéficie des pouvoirs nécessaires pour conférer à l’architecte Jacques Richter la procuration de signer au nom du propriétaire la demande de permis de construire et les plans du dossier de l’enquête publique. La procuration réserve conformément à la décision municipale du 15 mai 2003 les droits privés de la Commune de Lausanne et les ratifications légales pouvant se révéler nécessaires ainsi que la décision sur la demande de permis de construire. La procuration, mise à l’enquête publique avec le dossier de la demande de permis de construire, est en outre conforme aux exigences de l’art. 73 du règlement d’application du 19 septembre 1986 de la loi sur l’aménagement du territoire et les constructions (RLATC; RSV 700.11.1).

2. Les recourants invoquent aussi le principe de coordination. Ils relèvent que le concept du musée comprendra des bassins d’eau douce et d’eau de mer accueillant différentes espèces, où des vertébrés et des invertébrés seraient accueillis avec des espèces animales provenant d’élevages ainsi que des espèces sauvages. Les recourants relèvent également que le musée AcquaEcopôle comprendra des grands animaux avec des aquariums circulaires, des bassins de quarantaine avec des volumes d’eau douce de 2'300 m³ et des volumes d’eau salée de 230 m³. Ils mentionnent en outre que l’aquarium sera pourvu d’un laboratoire, équipé notamment du matériel nécessaire aux autopsies, avec aussi un local plongeur prévu pour l’équipe de soigneurs pouvant accéder à l’ensemble des bassins. Les recourants relèvent encore que le bâtiment B accueille un hôtel de 131 chambres de catégorie 3 étoiles avec un centre de séminaire, un centre médical, un service d’urgences et un regroupement de cabinets médicaux, ainsi qu’une pharmacie, un kiosque et un magasin de proximité. Les recourants soulignent que l’ensemble des surfaces brutes de plancher s’élèverait à 12'300 m² et que la fréquentation du musée serait de l’ordre de 340'000 visiteurs par an, avec une estimation de 30 % utilisant les transports publics. Il s’agirait ainsi d’examiner avec soin toutes les implications légales liées à la création du musée.

a) Les recourants soutiennent que le projet n’aurait pas été examiné sous l’angle de la législation fédérale sur la protection des animaux. Ils invoquent à cet égard les dispositions de l’ordonnance sur la protection des animaux du 23 avril 2008 (OPAn; RS 455.1), en particulier les articles 89, 90, 95 et 98 OPAn. Ils estiment que le vétérinaire cantonal n’aurait pas été directement consulté et que les autorisations requises par la réglementation fédérale en matière de protection des animaux n’auraient pas été accordées, ce qui ferait obstacle à une prise de décision "raisonnée". Les recourants considèrent en particulier que les art. 104 al. 1 et 120 LATC n’auraient pas été respectés. A leur avis, le laboratoire prévu dans le musée répondrait à la définition de la clinique vétérinaire au sens de la loi sur la santé publique par le fait que des autopsies seraient pratiquées. Ils relèvent qu’une telle affectation ne bénéficierait pas des autorisations requises par une telle législation.

aa) La loi fédérale sur la protection des animaux du 16 décembre 2005 (LPA; RS 455) a pour but de protéger la dignité et le bien-être de l’animal (art. 1). Elle s’applique aux vertébrés (art. 2 al. 1 LPA) et pose le principe selon lequel toute personne qui s’occupe d’animaux doit tenir compte au mieux de leurs besoins et veiller à leur bien-être dans la mesure où le but de leur utilisation le permet (art. 4 al. 1 LPA). La Confédération peut encourager la formation continue des personnes qui s’occupent d’animaux et elle veille aussi à l’information du public en matière de protection des animaux (art. 5 LPA). L’art. 7 LPA précise que le Conseil fédéral peut rendre obligatoire l’annonce de certaines formes de détention et l’annonce de la détention de certaines espèces animales, ou les soumettre à autorisation (al. 1); la détention, à des fins lucratives ou à titre privé, d’animaux sauvages qui requièrent des soins particuliers ou des conditions de détention spéciale est soumise à autorisation (al. 3).

bb) L’ordonnance précitée sur la protection des animaux (OPAn) règle notamment la manière de traiter, de détenir, d’utiliser les animaux vertébrés ainsi que les céphalopodes et les décapodes marcheurs, et de pratiquer des interventions sur eux (art. 1 OPan). L’art. 90 OPAn précise que les établissements détenant des animaux sauvages à titre professionnel doivent disposer d’une autorisation (al. 1). Il s’agit notamment des jardins zoologiques, des cirques, des parcs de passage, des parcs d’animaux, des delphinariums et des aquariums (al. 2 let. a). Selon l’art. 91 OPAn, un vétérinaire spécialisé dans les maladies des animaux sauvages doit surveiller régulièrement l’état de santé des animaux et prendre des mesures de prophylaxie dans des établissements détenant des animaux sauvages à titre professionnel ouverts au public (let. a); un professionnel ayant des connaissances en biologie des jardins zoologiques doit conseiller la direction de l’établissement avant qu’elle n’acquiert de nouvelles espèces animales, sur la question de détention des animaux, de soins aux animaux, de planification des effectifs et de contrôle de l’aménagement des enclos (let. b). Selon l’art. 92 OPAn, l’autorité cantonale ne peut autoriser la détention d’animaux sauvages dont la garde et les soins sont particulièrement difficiles que si l’expertise d’un spécialiste indépendant et reconnu conclut que les enclos et les installations prévus permettent de remplir toutes les conditions d’une détention conforme aux besoins de l’espèce. Le requérant et l’autorité cantonale choisissent ensemble le spécialiste (al. 1). La garde et les soins prodigués sont réputés particulièrement difficiles pour les cétacés, les siréniens, les loutres de mer, les phoques, les otaries, les morses, l’ornithorynque, les pingouins, les tortues de mer, tous les crocodiles, les sphénodons, les iguanes marins, les caméléons, les requins, toutes les raies, les grenouilles Goliath et les salamandres géantes (al. 2 let. a, e, f, g et h). Selon l’art. 93 OPAn, les établissements soumis à autorisation qui détiennent des animaux sauvages doivent tenir un registre qui doit comporter notamment les indications suivantes: les augmentations d’effectif (date de naissance, provenance, nombre d’animaux) et les diminutions d’effectif (date, acheteur ou mort). L’art. 94 OPAn précise que la demande d’autorisation doit être déposée au moyen du formulaire prévu par l’art. 209 al. 4 OPAn et adressée à l’autorité du canton où il est prévu de détenir les animaux. L’art. 95 OPAn fixe les conditions d’octroi de l’autorisation, laquelle ne peut être délivrée que si les locaux et les installations répondent aux besoins de l’espèce et sont adaptés au nombre des animaux, sont conformes au but de l’exploitation et aménagés de telle façon que les animaux ne puissent pas s’en échapper (let. a). Il faut aussi que la surveillance vétérinaire régulière des animaux puisse être attestée. L’autorisation peut alors être délivrée pour une durée maximale de dix ans pour les établissements détenant des animaux à titre professionnel et peut être assortie de conditions et de charges (art. 96 OPAn).

L’art. 98 OPAn précise que les enclos dans lesquels les poissons et les décapodes marcheurs sont détenus ou placés temporairement doivent présenter une qualité d’eau qui satisfasse au besoin de l’espèce animale en question (al. 1). Pour les espèces de poissons mentionnées à l’annexe 2, tableau 7, la qualité de l’eau des établissements de détention et des élevages professionnels doit remplir les exigences minimales prescrites par l’annexe en question (al. 2). Aussi, les poissons ne doivent pas être exposés à des vibrations excessives pendant une longue durée (al. 4). L’art. 99 OPAn précise que la manipulation des poissons et des décapodes marcheurs doit être limitée au strict nécessaire et ne pas "stresser" les animaux inutilement (al. 1). L’art. 209 OPAn attribue à l’Office vétérinaire fédéral (OVF) la compétence d’élaborer des modèles de formulaires pour les demandes d’autorisation, qui doivent contenir notamment les rubriques suivantes:

a) la personne responsable et son domicile ou son siège social;

b) l’adresse du lieu où les animaux sont détenus et le but de la détention;

c) les espèces animales et le nombre maximum d’animaux;

d) les dimensions, le nombre et la nature des unités de détention;

e) les équipements et la densité d’occupation des locaux et des enclos;

f) l’effectif et le degré de formation du personnel qui prend soin des animaux.

cc) Le règlement vaudois sur la protection des animaux du 2 juin 1982 (RPA; RSV 922.05.1) attribue au vétérinaire cantonal la compétence de statuer sur les demandes d’autorisation de détention d’animaux sauvages (art. 6 à 8 RPA). La synthèse de la centrale des autorisations (CAMAC) du 31 août 2009 concernant la construction du bâtiment A, comprenant le musée aquarium, reprend les conditions posées par le Service de la consommation et des affaires vétérinaires, formulées de la manière suivante:

"Le Service de la consommation et des affaires vétérinaires – Vétérinaire cantonal (SCAV/SVET) délivre l’autorisation spéciale requise aux conditions impératives ci-dessous:

Si les installations sont conformes aux exigences de l’ordonnance sur la protection des animaux ainsi qu’aux directives de l’Office vétérinaire fédéral.

Si les personnes chargées de la garde des animaux ont une formation conforme aux exigences de l’ordonnance sur la protection des animaux ainsi qu’aux directives de l’Office vétérinaire fédéral.

Si une demande d’autorisation formelle est demandée avant le début des travaux."

L’autorisation requise par les art. 7 al. 3 LPA et 94 à 96 OPAn n’a pas encore été formellement délivrée, mais le Service de la consommation et des affaires vétérinaires a posé les conditions auxquelles l’autorisation pouvait être accordée. Il convient de déterminer si une telle manière de procéder est compatible avec le principe de coordination, tel qu’il est formulé à l’art. 25a de la loi fédérale sur l’aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT; RS 700). Selon l’art. 25a LAT, une autorité chargée de la coordination est désignée lorsque l’implantation ou la transformation d’une construction ou d’une installation nécessite des décisions émanant de plusieurs autorités (al. 1). L’autorité chargée de la coordination peut alors prendre les dispositions nécessaires pour conduire les procédures (al. 2 let. a); veiller à ce que toutes les pièces du dossier de requête soient mises en même temps à l’enquête publique (al. 2 let. b); recueillir les avis circonstanciés relatifs au projet auprès de toutes les autorités cantonales et fédérales concernées par la procédure (al. 2 let. c); veiller à la concordance matérielle ainsi que, en règle générale, à une notification commune ou simultanée des décisions (al. 2 let. d). Les décisions ne doivent pas être contradictoires (al. 3). L’art. 25a LAT vise en première ligne toutes les autorisations spécifiques à l’implantation ou la transformation d’un bâtiment ou d’une installation. Sont donc comprises au sens de cette disposition, outre les autorisations ordinaires de construire, toutes les éventuelles autorisations prévues par les législations spéciales. Mais le texte allemand de l’art. 25a LAT exige explicitement une coordination suffisante (ausreichende Koordination). On peut donc déduire du texte légal que les éventuelles autorisations spéciales de moindre portée peuvent être isolées et traitées séparément, mais cela uniquement lorsqu’il est clair que la coordination avec ces autres décisions n’est pas nécessaire pour exclure des contradictions, que les droits du requérant ou des tiers touchés ne sont pas atteints et que la séparation est admise par le droit cantonal (Marti, Commentaires LAT, ad art. 25a n° 17). Ainsi, il n’est pas nécessaire, respectivement pas possible, de coordonner des décisions qui présentent bien un lien avec le projet de construction, mais qui n’ont aucune influence directement contraignante sur la construction de l’ouvrage ou de l’installation planifiés, comme les examens techniques, ou les autorisations qui, pour des raisons matérielles, ne peuvent être rendues qu’après la construction, respectivement la transformation du bâtiment ou de l’installation concernés, telles que les autorisations d’exploitation (Marti, op. cit. n° 19).

dd) En l’espèce, l’autorisation du Service de la consommation et des affaires vétérinaires exige un niveau de précision et de détail qu’il n’est pas possible de satisfaire au stade de la demande de permis de construire. Il s’agit notamment de la personne responsable et de son domicile (art. 209 al. 4 let. a OPAn), du nom des spécialistes indépendants et reconnus chargés de se prononcer sur la conformité des enclos et des installations prévus pour satisfaire les conditions d’une détention conforme aux besoins de l’espèce, du type exact des différentes espèces envisagées, des conditions de la surveillance vétérinaire, du nombre exact et des différentes espèces d’animaux, et de la formation des gardiens d’animaux qui seront engagés (art. 195 OPAn). Ces différentes questions ne remettent pas en cause le principe de la construction, ni l’affectation, mais posent des exigences strictes quant au mode d’exploitation, au nombre d’espèces qu’il est prévu de présenter dans le musée et aux conditions de détention durant l’exploitation du musée. La coordination matérielle requise par l’art. 25a al. 2 let. c LAT a été respectée en ce sens que l’avis du Service de la consommation et des affaires vétérinaires a été requis, service qui a fixé les exigences essentielles à respecter en vue de l’octroi de l’autorisation prévue aux art. 94 à 96 OPAn ; aussi, l’autorisation prévue par les art. 7 LPA et 94 à 96 OPan s’apparente plutôt à une autorisation d’exploiter au sens des art. 128 et 129 LATC, la municipalité ne pouvant délivrer le permis d’utiliser si le Service de la consommation et des affaires vétérinaires n’a pas délivré l’autorisation prévue à cet effet ou si les conditions fixées par cette autorisation ne sont pas remplies. Il y a lieu encore de relever que cette manière de faire n’est pas préjudiciable aux droits des recourants qui ne sont pas atteints par les conditions de détention et de soin des différents animaux dans le musée AcquaEcopôle et que ces conditions n’affectent pas la coordination avec les autres autorisations spéciales requises pour la réalisation du projet contesté. Au surplus, le droit cantonal admet la distinction entre l’autorisation spéciale cantonale requise par les art. 113 et 120 LATC et les autorisations liées au permis d’habiter ou d’utiliser prévues par les art. 128 et 129 LATC. Ainsi, la possibilité de dissocier la coordination des autorisations de construire nécessaires au projet avec l'autorisation spéciale requise en matière de protection des animaux est admissible. Le principe de l’autorisation est exigé dans la synthèse de la centrale des autorisations, et elle peut donc être réservée dans le permis de construire par une réforme de la décision attaquée.

b) Les recourants estiment que le laboratoire qui serait aménagé à l’étage technique du rez-inférieur du musée devrait être assimilé à une clinique vétérinaire répondant à la définition de l’art. 109 de la loi sur la santé publique du 29 mai 1985 (LSP; RSV 800.01).

L’art. 109 LSP fait partie du chapitre 7 de la loi sur la santé publique, lequel régit les professions de la santé et réglemente notamment l’autorisation de pratiquer à titre indépendant. L’art. 109 LSP est formulé de la manière suivante :

"1 Par clinique vétérinaire, on entend une institution dans laquelle des animaux malades, accidentés ou opérés sont gardés en traitement et en pension, et qui fonctionne 24 heures sur 24, tous les jours de l'année, sous la surveillance permanente du personnel soignant.

2 Les cliniques vétérinaires sont soumises par analogie aux dispositions des articles 145 à 151."

Les art. 145 à 151 LSP règlent la procédure d’autorisation de construire et d’exploiter les établissements sanitaires ; ces dispositions fixent de manière détaillée les conditions requises pour l’octroi de l’autorisation (art. 147 à 149b LSP). Mais le laboratoire prévu au niveau technique du musée ne répond pas à la notion de clinique vétérinaire au sens de l’art. 109 LSP. Ce laboratoire, d’une surface de l’ordre de 23 m², fait partie des locaux et installations nécessaires aux soins à donner aux poissons en détention dans le musée. Les conditions à respecter dans le cadre de l’exploitation du laboratoire relèvent de l’autorisation prévue par les art. 94 à 96 OPAn qui sera délivrée par le Service de la consommation et des affaires vétérinaires. La notion de clinique vétérinaire au sens de l’art. 109 LSP répond à la définition de l’établissement sanitaire en principe ouvert au public et dans lequel les compétences des médecins vétérinaires peuvent être exercées; à savoir : donner des soins médicaux aux animaux, prescrire les médicaments vétérinaires et établir les ordonnances à cet usage (art. 106 LSP). L’art. 109 LSP a été modifié en 1991 pour les motifs suivants : il ne pouvait être exigé des médecins vétérinaires autorisés à pratiquer à titre indépendant d’assurer un service de garde tous les jours de l’année 24 heures sur 24. De telles exigences s’appliquaient en revanche aux cliniques vétérinaires et partiellement aux permanences vétérinaires, qui nécessitaient une réglementation spécifique (sur ce point voir BGC printemps 1991 p. 319). Cette modification montre bien que le laboratoire prévu au niveau technique du musée ne peut être assimilé à une clinique vétérinaire. Il s’agit plutôt d’un équipement destiné à satisfaire les exigences spécifiques des art. 91 et 92 OPan concernant la garde et les soins à donner aux animaux, en particulier pour permettre à un vétérinaire spécialisé dans les maladies des animaux sauvages de surveiller régulièrement l’état de santé des animaux et prendre les mesures de prophylaxie nécessaires (art. 91 al. 1 OPan).

c) Les recourants estiment également que la question de l’évacuation des eaux usées des aquariums n’aurait pas été suffisamment étudiée. Les recourants se réfèrent à la loi fédérale sur les eaux. Ils invoquent aussi la loi fédérale sur la protection de l’environnement en faisant état d’une éventuelle menace pour l’homme et l’environnement et pour la diversité biologique. Ils estiment qu’aucun service n’a examiné le risque pour la biodiversité locale, s’agissant notamment des cas de rejet d’eau contenant des organismes étrangers ou des dangers liés à la dispersion d’eau contenant éventuellement des bactéries étrangères résistant aux filtres et aux rayons ultraviolets.

aa) La loi fédérale sur la protection des eaux du 24 janvier 1991 (LEaux; RS 814.20) a pour but de protéger les eaux contre toute atteinte nuisible (art. 1); elle vise notamment à préserver la santé des êtres humains, des animaux et des plantes (let. a) et à sauvegarder les biotopes naturels abritant la faune et la flore indigènes (let. c). L’art. 6 LEaux pose le principe selon lequel il est interdit d’introduire directement ou indirectement dans une eau des substances naturelles polluées, l’infiltration de telles substances étant également interdite (al. 1). C’est ainsi que les eaux polluées doivent être traitées (art. 7 al. 1 LEaux). L’art. 3 de l’ordonnance sur la protection des eaux du 28 octobre 1998 (OEaux; RS 814.201) prévoit que l’autorité détermine si les eaux à évacuer sont considérées comme polluées ou non en fonction du type, de la quantité, des propriétés et des périodes de déversement, des substances susceptibles de polluer les eaux et présentes dans les eaux à évacuer, et de l’état des eaux réceptrices (al. 1). L’art. 7 OEaux attribue à l’autorité la compétence d’autoriser le déversement dans les égouts publics des eaux industrielles visées dans l'annexe 3.2 ou d’autres eaux mentionnées dans l’annexe 3.3 lorsque les exigences qui résultent desdites annexes sont respectées. L’annexe 3.3 précise que l’autorité fixe, cas par cas, les exigences applicables au déversement, en tenant compte des caractéristiques des eaux polluées, de l’état de la technique et de l’état du milieu récepteur. Elle tient compte également ce faisant des normes internationales ou nationales, des directives publiées par l’office et des normes élaborées par la branche industrielle concernée en collaboration avec l’office. Dans le canton de Vaud, cette compétence est attribuée au Département de la sécurité et de l’environnement par l’art. 16 de la loi sur la protection des eaux contre la pollution du 17 septembre 1974 (LPEP; RSV.814.31).

bb) En l’espèce, le Service des eaux, sols et assainissement, agissant par délégation du Département de la sécurité et de l’environnement, a délivré l’autorisation requise pour l’évacuation des eaux des aquariums et bassins :

"Nous prenons note que les eaux résiduaires qui seront évacuées sur le réseau d’eaux usées représentent un volume journalier de l’ordre de 50 m³. Il s’agit:

- des eaux de trop-plein des réseaux aquariologiques (eaux douce et de mer excédentaires)

- des eaux de lavage des filtres

- des eaux de rinçage des écumeurs

Ces eaux seront filtrées, puis stérilisées aux UV avant rejet aux eaux usées. Ces eaux seront régulièrement analysées, à des fréquences hebdomadaires ou bi-annuelles, selon les paramètres.

Les eaux de transport d’animaux, de quarantaine et de soins, ainsi que les eaux de lavage des containers ayant servi au transport, seront désinfectées avant rejet aux eaux usées.

Les eaux résiduaires provenant du laboratoire devront respecter en tout temps les valeurs limites fixées par l’ordonnance sur la protection des eaux (OEaux du 28.10.1998).

Les déchets spéciaux (médicaments usagés, produits chimiques divers, solvants usagés, etc.) seront remis à une entreprise d’élimination autorisée, afin d’être éliminés conformément à l’ordonnance sur les mouvements de déchets (OMoD du 22.06.2005 )."

cc) Les recourants font état d’éventuelles bactéries étrangères résistant au mode de traitement envisagé ou traversant les filtres préconisés. Il s’agit toutefois d’une simple hypothèse et ils ne démontrent pas en quoi le système imposé par le Service des eaux, sols et assainissement serait insuffisant.

d) Les recourants soulèvent aussi des problèmes liés aux espèces étrangères sur les espèces indigènes, notamment en ce qui concerne les écrevisses.

aa) Selon l’art. 6 de la loi fédérale sur la pêche du 21 juin 1991 (LFSP; RS 923.0), une autorisation de la Confédération est nécessaire pour importer et introduire dans les eaux suisses des espèces, des races ou des variétés de poissons ou d’écrevisses étrangères au pays ou à la région (al. 1). L’autorisation est accordée si le requérant apporte la preuve que la faune et la flore indigènes ne seront pas mises en péril et qu’il n’en résultera pas une modification indésirable de la faune (al. 2). L’art. 16 LFSP prévoit des sanctions pénales pour celui qui, intentionnellement, aura nui au peuplement de poissons ou d’écrevisses ou en aura compromis l’existence, en important ou en introduisant sans autorisation dans les eaux des espèces, des races ou des variétés de poissons et d’écrevisses étrangères au pays ou à la région (al. 1 let. c). L’art. 7 de l’ordonnance relative à la loi fédérale sur la pêche du 24 novembre 1993 (OLFP; RS 923.01) précise les conditions à remplir pour l’importation et l’introduction de poissons et d’écrevisses étrangers. L’art. 6 OLFP définit les poissons d’aquarium comme les poissons et les écrevisses qui sont introduits uniquement dans des aquariums dont l’exutoire éventuel est raccordé au réseau des canalisations relié à une station d’épuration et qui ne sont utilisés ni comme appât, ni à des fins de consommation (al. 3). L’étang de jardin est défini comme de petits plans d’eau artificiels sans exutoire ni affluent, dans lesquels les poissons et écrevisses ne sont destinés ni à être consommés ni à servir d’appât (al. 4) et, par le terme "introduire", l’ordonnance entend l’immersion des poissons et des écrevisses dans des eaux naturelles ou artificielles, publiques ou privées, y compris les installations de pisciculture, les étangs de jardins et les aquariums (al. 5). L’art. 7 OLFP précise que les conditions de l’autorisation sont en général remplies lorsque les poissons et les écrevisses étrangers au pays, qui figurent à l’annexe 3 de l’ordonnance, sont introduits dans des aquariums dont l’exutoire éventuel est raccordé au réseau de canalisation relié à une station d’épuration et d’où ils ne peuvent s’échapper pour gagner une autre eau, lorsqu’ils sont destinés à des expositions publiques et à des zoos ainsi qu’à la recherche (let. d).

L’art. 9 OLFP indique la procédure applicable à l’octroi de l’autorisation:

L’autorisation pour l’importation et la première introduction d’espèces, de races et de variétés de poissons et d’écrevisses étrangers au pays ou à la région est régie par l’art. 12 de l’ordonnance du 18 avril 2007 sur la conservation des espèces (al. 1).

Une autorisation de l’Office fédéral de l’environnement est nécessaire pour l’introduction d’espèces, de races et de variétés de poissons et d’écrevisses étrangères au pays et à la région (al. 2).

Les demandes d’autorisation pour l’introduction doivent être dûment motivées et adressées à l’autorité cantonale. Cette dernière se charge de les transmettre à l’Office fédéral de l’environnement avec son préavis (al. 3).

L’art. 9a OLFP prévoit que les cantons prennent des mesures pour que les poissons et écrevisses étrangers au pays, énumérés dans l’annexe 3, qui sont parvenus dans les eaux, ne se propagent pas; dans la mesure du possible, ils les retirent (al. 1).

bb) Par ailleurs, la loi vaudoise sur la faune du 28 février 1989 (LFaune; RSV 922.03) prévoit que le département peut autoriser à des fins scientifiques, didactiques ou pour des raisons d’hygiène ou d’aménagement, des personnes qualifiées à capturer, tenir en captivité ou tuer des animaux de toutes espèces, en fixant dans chaque cas les conditions d’autorisation. Le règlement d’exécution du 7 juillet 2004 de la loi sur la faune (RLFaune; RSV 922.03.1) attribue au Centre de Conservation de la faune et de la nature la compétence de contrôler en tout temps les élevages et les installations de détention d'animaux sauvages indigènes (art. 6 RLFaune). Enfin, le règlement précité sur la protection des animaux (p.16 ci-dessus) précise que les demandes d’autorisation de détenir des animaux sauvages doivent être adressées au vétérinaire cantonal (art. 6 al. 1 RPA), la tenue d'un registre de contrôle de l'effectif étant obligatoire (art. 7 al. 1 RPA).

cc) En l’espèce, dans la synthèse de la centrale des autorisations du
31 août 2009, le Service des forêts, de la faune et de la nature, Centre de conservation de la faune, a délivré l’autorisation prévue par l’art. 6 RPA dans les termes suivants :

"Le projet prévoit la construction d’un musée-aquarium, dans lequel il est prévu de détenir des espèces de poissons indigènes et exotiques (selon liste indicative transmise le 5 juin 2009 par le requérant).

Détention de poissons en aquarium:

La détention des espèces sauvages nécessite une autorisation au sens du Règlement du 20 octobre 2004 sur la protection des animaux, art. 6. Après examen du dossier, l’Inspection de la pêche est en mesure de délivrer l’autorisation.

L’inspection de la pêche émet un préavis positif pour la détention des espèces exotiques, sous réserve des conditions suivantes:

- les bassins extérieurs n’hébergeront pas de poissons, afin d’éviter tout risque de propagation dans la nature, conformément à l’article 9a de l’OLFP.

- le rejet des eaux usées sera réalisé conformément au descriptif technique joint au dossier (filtrage et stérilisation sur UV des eaux avant acheminement dans le réseau d’eaux usées).

L’autorisation formelle à cet égard est délivrée par le SVET."

Les conditions posées par l’autorité compétente en matière de législation fédérale sur la pêche sont de nature à éviter tout risque de propagation d’espèces étrangères dans les eaux publiques suisses, notamment par l’interdiction d’héberger des poissons dans les bassins extérieurs. Il reste toutefois que la liste des espèces étrangères à introduire doit encore faire l’objet d’une autorisation par l’Office fédéral de la protection de l’environnement. Le recours doit donc être très partiellement admis sur ce point et la décision du Service des forêts, de la faune et de la nature, Centre de conservation de la faune et de la nature, complétée en ce sens que la demande de l’autorisation doit être transmise par le Centre de conservation de la faune et de la nature à l’Office fédéral de l’environnement selon la procédure prévue par l’art. 9 al. 3 OLFP. Toutefois, de la même manière que l’autorisation prévue par les art. 94 à 96 OPan est une autorisation de niveau technique, qui peut être traitée séparément des autres autorisations cantonales, l'autorisation requise par l'art. 9 al. 2 OLFP présente aussi un caractère technique secondaire qui ne remet pas en cause le principe même du projet (art. 7 let. d OLFP). Il faut toutefois que l’exigence de cette autorisation soit réservée dans le permis de construire. Le tribunal pouvant statuer en réforme (art. 90 de la loi sur la procédure administrative du 28 octobre 2008, LPA-VD ; RSV 173.36), il peut compléter le permis sur ce point. Au demeurant, l’importation d’espèces étrangères est de toute manière soumise à une autorisation de l’Office vétérinaire fédéral en application de l’art. 8 de l’ordonnance
sur la conservation des espèces du 18 avril 2007 (OCE ; RS 453), qui concrétise au niveau du droit interne les obligations résultant de la convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacées d’extinction, conclue à Washington le 3 mars 1973 (RS 0.453) ; il s’agit toutefois d’une formalité douanière concernant l’importation des espèces qui n’a pas à figurer comme une autorisation à coordonner dans le cadre de la demande de permis de construire.

e) Les recourants soutiennent encore que le laboratoire prévu à l’étage technique du musée AcquaEcopôle serait soumis au règlement sur les laboratoires d’analyses vétérinaires et sur les cliniques vétérinaires.

Le règlement sur les laboratoires d’analyses vétérinaires et sur les cliniques vétérinaires du 29 avril 1987 (RLabV ; RSV 811.41.1) est toutefois une disposition d’exécution des art. 109 et 152 à 154 LSP. Il soumet la construction ou la transformation d’un laboratoire d’analyses vétérinaires ou d’une clinique vétérinaire à l’approbation du Département de la santé et de l’action sociale (art. 2 RLabV). L’art. 3 RLabV pose l’exigence d’une autorisation d’exploiter délivrée par le département sur préavis du pharmacien cantonal et du Service vétérinaire (al. 1). Le Service vétérinaire procède à une inspection de l’établissement en collaboration avec le pharmacien cantonal avant de donner son préavis sur la demande d’autorisation (al. 2); l’autorisation peut être assortie de conditions dont la non observation peut entraîner le retrait de l’autorisation (al. 3). Selon l’art. 5 RLabV, les locaux doivent être aménagés et équipés en fonction de l’activité déployée dans l’établissement (al. 1); les mesures nécessaires doivent être prises pour assurer un bon éclairage, une ventilation suffisante des locaux et l’évacuation des gaz. Les installations de chauffage et d’éclairage doivent convenir au genre d’activités de l’établissement (al. 2). Enfin, toutes les mesures nécessaires doivent être prises pour assurer la sécurité, l’ordre et l’hygiène (al. 3). La demande d’autorisation d’exploiter doit être adressée au Service vétérinaire avec les renseignements sur le propriétaire de l’établissement, la raison sociale, la personne responsable de l’exploitation, l’effectif du personnel et sa qualification, le descriptif des locaux, l’installation et la liste des analyses pratiquées pour les laboratoires (art. 7). Le chap. 2 du règlement prévoit des exigences complémentaires pour les laboratoires d’analyses vétérinaires qui doivent être exploités par un vétérinaire ou sous sa surveillance (art. 8 al. 2 RLabV). Le responsable de l’exploitation est tenu de diriger le laboratoire personnellement, les modalités de son remplacement étant fixées par le Service vétérinaire (art. 10 al. 1).

bb) Mais en l’espèce, le grief soulevé par les recourants est comparable à celui concernant la clinique vétérinaire au sens de l’art. 109 LSP. Le laboratoire prévu à l'étage technique du musée n’est pas une installation qui fait partie d’un établissement sanitaire au sens des art. 109 et 145 ss LSP et il est donc douteux qu’il soit soumis au règlement sur les laboratoires d’analyses vétérinaires et sur les cliniques vétérinaires. Comme le tribunal l’a déjà relevé, le laboratoire est plutôt un équipement destiné à satisfaire les exigences des art. 91 et 92 OPan concernant la garde et les soins à donner aux animaux, permettant de surveiller régulièrement l’état de santé des animaux et prendre les mesures de prophylaxie nécessaires (art. 91 al. 1 OPan). Au surplus, l’autorisation prévue par le règlement sur les laboratoires d’analyses vétérinaires et sur les cliniques vétérinaires s’apparente à une autorisation d’exploiter, de nature technique, et qui peut être réservée par le permis de construire dans la mesure où une telle autorisation serait nécessaire.

cc) Aussi, l’autorisation requise par les art. 94 à 96 OPan devra porter précisément sur les conditions et locaux permettant d’assurer les soins et la surveillance nécessaires des poissons; le laboratoire fait partie des équipements et des installations techniques nécessaires à l’exploitation du musée. L’activité du laboratoire n’est pas liée à une clinique vétérinaire et il n’a pas non plus la vocation d’établir des analyses à la demande de vétérinaires indépendants, mais son but et sa seule fonction est de satisfaire aux exigences des art. 91 et 92 OPan pour donner les moyens à l’exploitant du musée de procéder aux soins et aux traitements appropriés de l’ensemble des poissons du musée de manière conforme au droit fédéral applicable en matière de détention de poissons et d’animaux sauvages.

f) Les recourants soutiennent aussi que la création du musée AcquaEcopôle nécessiterait un préavis de l’Université de Lausanne, des hospices cantonaux et du Centre hospitalier universitaire vaudois. Ils relèvent que le projet de construction aurait pour vocation de renforcer l’image de la Ville de Lausanne comme pôle de compétence dans les domaines de la recherche médicale et des biotechnologies ainsi que de l’environnement et du développement durable. Il serait à leur avis étonnant de ne pas avoir associé l’Université de Lausanne, les hospices cantonaux et le Centre hospitalier universitaire vaudois à ce projet, si ce n’est en leur demandant simplement un préavis, puisque ces institutions gèrent ensemble le domaine de l’enseignement et de la recherche en biologie et en médecine dans le canton. Selon les recourants, le pôle scientifique constitué par l’Université de Lausanne, les hospices cantonaux et le CHUV aurait pu participer à l’élaboration du projet en l’améliorant et, surtout, en le documentant là où il ne l’est pas en ce qui concerne le laboratoire, le musée, la clinique vétérinaire et le centre médical du bâtiment B.

Il n’est pas douteux que les différents organismes mentionnés par les recourants peuvent apporter des préavis intéressants et contribuer à la mise en valeur de ce nouveau pôle scientifique, mais il ne s’agit pas d’une exigence légale et les futurs exploitants gardent toujours la possibilité d’associer ou de consulter l’un ou l’autre de ces organismes, soit au stade de la mise en place définitive des différentes attractions, soit à l’occasion de manifestations occasionnelles liées à l’exploitation du musée.

3. a) Les recourants formulent encore différents griefs concernant la création d’un centre médical avec service d’urgences et le regroupement de cabinets médicaux prévus dans le bâtiment B, avec une pharmacie. Les recourants relèvent que la construction d’établissements sanitaires et d’institutions de soins ambulatoires nécessite l’octroi d’une autorisation du Département de la santé et de l’action sociale et invoquent le règlement sur les établissements sanitaires et les établissements apparentés de droit privé dans le canton de Vaud. Ils soutiennent notamment que les conditions d’exploitation imposées aux pharmacies par ce règlement ne seraient pas remplies. Ils demandent aussi si un service médical est ouvert la nuit et si, en particulier, un service d’urgences fonctionnerait de manière diurne et nocturne ; ils se posent la question de savoir si des mesures de sécurité ont été précisées contre le vol de produits thérapeutiques pouvant être assimilés à des drogues. Ils estiment aussi que le centre médical et la pharmacie pourraient attirer des véhicules ambulanciers générant un trafic bruyant supplémentaire.

aa) L’art. 97 LSP prévoit que les cabinets groupant plus de trois médecins sont des établissements sanitaires au sens de l’art. 144 LSP. Selon cette disposition, sont considérés comme établissements sanitaires, les institutions dans lesquelles des soins sont dispensés à des personnes non hospitalisées, dans la mesure où le caractère thérapeutique des prestations fournies l’emporte sur tout autre aspect. L’art. 145 LSP prévoit que la construction, la reconstruction, la transformation ou l’agrandissement d’un établissement sanitaire doit faire l’objet d’une autorisation préalable du Département de la santé et de l’action sociale, dont les conditions sont fixées par un règlement du Conseil d’Etat. La loi distingue à cet égard l’autorisation de construire et de transformer régie par l’art. 145 LSP, de l’autorisation d’exploiter également soumise à l’autorisation préalable du Département de la santé et de l’action sociale, qui est délivrée à la personne responsable de l’exploitation (art. 146 à 151 LSP). Le règlement sur les établissements sanitaires et les établissements apparentés de droit privé dans le canton de Vaud du 16 juin 2004 (RES; RSV 810.03.1) fixe les conditions de l’autorisation d’exploiter des établissements sanitaires de droit privé sans toutefois faire expressément la distinction entre l’autorisation de construire ou de transformer un tel établissement et l’autorisation de l’exploiter. C’est ainsi que l’art. 4 al. 1 RES fixe les conditions à l’octroi de l’autorisation en posant d’une part des exigences relatives à la personne de l’exploitant et du personnel (let. a et c) ainsi qu’à l’organisation (let. c) qui doivent être examinées au moment de l’octroi de l’autorisation d’exploiter, et d’autre part, des conditions concernant les locaux, leur situation, leur environnement et les mesures de défense contre l’incendie (let. d à f), qui peuvent être examinées au stade de l’autorisation de construire. La procédure définie aux art. 12 ss RES, en particulier, la liste des documents à présenter avec la demande d’autorisation mentionnée à l’art. 12 RES, se rapporte pour l’essentiel à l’autorisation d’exploiter (art. 12 al. 1 let. a à f RES), mais comporte aussi des éléments liés à l’autorisation de construire, notamment en ce qui concerne les plans de l’immeuble accompagnés d’un descriptif des locaux (let. g), ainsi que le descriptif des installations et des équipements (let. h). Il résulte de la systématique légale et réglementaire que le Département de la santé et de l’action sociale intervient au stade de la procédure de permis de construire pour délivrer une autorisation que l’on peut qualifier de préalable, qui s’applique essentiellement à la situation, à la disposition des locaux et à leur accès, soit aux éléments mentionnés à l’art. 4 let. d à f RES, qui nécessitent la production des documents mentionnés à l’art. 12 let. g et h RES. Cette autorisation préalable réserve l’autorisation définitive d’exploiter qui reprend une analyse complète des conditions relatives aux locaux, avec les précisions nécessaires concernant les équipements médicaux (art. 4 al. 1 let. e RES), qui ne peuvent être apportées au stade de l’autorisation de construire. L’autorisation spéciale du Département de la santé et de l’action sociale prévue par l’art. 145 LSP ne préjuge donc pas de l’autorisation d’exploiter qu’elle doit réserver, même en ce qui concerne la disposition des locaux, mais constitue une sorte de préavis ou d’autorisation préalable dont la portée serait comparable à l’autorisation préalable d’implantation selon l’art. 119 LATC.

bb) En l’espèce, le Service de la santé publique s’est déterminé sur le projet de bâtiment B dans la synthèse de la centrale des autorisations (CAMAC) du 31 août 2009 en le préavisant favorablement et en fixant les conditions suivantes :

"1^er étage:

Stérilisation: définir le circuit des dispositifs médicaux: zone sale/propre

Intervertir la salle de brillance et le stock méd (on imagine que ce local servira également au stock de matériel)

Salle op cabinet: définir le type d’intervention prévue et le type d’équipement prévu."

Le Service de la santé publique a encore formulé différentes remarques ou questions de la manière suivante :

" Ne serait-il pas judicieux en fonction des interventions prévues d’utiliser le local non encore affecté comme SAS ?

Box (réa): modifié la dénomination de ce box

Prévoir des WC pour le personnel (…)"

Le Service de la santé publique a en outre précisé le contenu de son préavis dans ses déterminations du 15 janvier 2010 dans les termes suivants:

"Nous avons préavisé favorablement à la demande de permis de construire, au sein du Bâtiment B du projet AquaEcopôle, d’un centre médical, avec service d’urgences et un regroupement de cabinets médicaux pour les raisons suivantes:

▪ Les exigences de juillet/octobre 1989 du Département de la santé et de l’action sociale en matière d’organisation et d’équipement des locaux (voir document en annexe) stipulent que les établissements qui assurent une prise en charge ambulatoire font l’objet d’un examen simplifié. Ceci a été respecté.

▪ En l’état, les surfaces des pièces, l’affectation et la répartition des locaux (pour les patients et le personnel), la présence des points d’eau nécessaires ont été jugées adéquates et suffisantes, à l’exception de l’absence de toilettes pour le personnel qu’il s’agira de prévoir.

▪ Nous relevons que les exigences en matière d’hygiène dépendent notamment du type d’interventions pratiquées. Or, le projet n’offrait pas de descriptif à ce sujet. Toutefois, nous relevons que ces exigences, dans leur grande majorité, concernent soit des installations (contrôle de la qualité de l’air), du matériel ou des "bonnes pratiques" (hygiène des mains, circuit des personnes, etc.) et n’influencent donc que marginalement la construction des locaux. Ces exigences font donc l’objet d’un contrôle ultérieur à cette construction

▪ Certaines activités particulières, comme le retraitement des dispositifs médicaux, doivent respecter des procédures spécifiques. Il s’agira, par exemple, d’agencer la prise en charge du matériel afin que les exigences en matière d’hygiène soient respectées, notamment la séparation du propre et du sale. Là aussi, ces exigences n’influencent que marginalement la construction des locaux et font l’objet d’un contrôle ultérieur à celle-ci.

En ce qui concerne la pharmacie, le service constate qu’il n’a pas été consulté sur un projet de pharmacie distincte du centre médical en question. Or, la construction d’une telle installation est effectivement soumise à autorisation spéciale du Département. Les plans doivent donc être soumis au Pharmacien cantonal."

cc) Il résulte de ces prises de position que le principe même de la construction et de l’aménagement de l’établissement sanitaire de droit privé, constitué par le centre médical avec service d’urgences et un regroupement de cabinets médicaux est admis, même si des adaptations sont encore nécessaires. Il appartiendra aux sociétés constructrices de présenter un nouveau dossier de plans tenant compte des remarques formées par le Service de la santé publique avec la demande d’autorisation d’exploiter, qui devra encore être présentée selon les formes requises par l’art. 12 RES. Il s’agit de conditions qui nécessitent des adaptations de peu d’importance, qui ne remettent pas en cause le projet directement et qui peuvent être satisfaites dans le cadre de ces modifications que la municipalité peut imposer en application de l’art. 117 LATC. En ce qui concerne les horaires d’exploitation, la loi ne fixe pas d’exigences spécifiques à cet égard, mais elle n’impose en tous les cas pas une ouverture 24 heures sur 24. Il est toutefois vraisemblable qu’une ouverture en soirée jusqu’à 21h00 voire 23h00 puisse se justifier; de tels horaires correspondent d’ailleurs à ceux des permanences médicales à Lausanne (http://www.lausanne.ch/viewInt.asp?DocId=20285), mais la clientèle en soirée reste moins importante que celle pendant la journée. Il n’est pas exclu non plus que des ambulances puissent transporter des patients au centre d’urgences, mais de tels transports restent peu fréquents, l’essentiel des urgences étant conduites au CHUV, qui dispose de toute l’infrastructure nécessaire. Aussi, l’entrée du centre médical est située à environ 40 m en retrait de la route de Berne avec une clientèle constituée pour l’essentiel des usagers du parking d’échange ou qui utilisera le métro M2. Il résulte de ces circonstances que par sa conception et sa situation, le centre médical permet de limiter les émissions de bruit et les inconvénients pour le voisinage de manière conforme au principe de prévention. Au demeurant, l’activité sur le parking d’échange est liée aux horaires d’exploitation du métro M2, dont les dernières rames s’arrêtent à la station de Vennes à 00h24 du lundi au jeudi ainsi que les dimanches et jours de fête, à 00h47 le vendredi et à 00h58 le samedi.

b) Les recourants relèvent aussi les problèmes posés par l’aménagement de la pharmacie.

aa) Selon l’art. 116 LSP, l’installation et l’exploitation des pharmacies sont subordonnées à l’autorisation du département (al. 1). La pharmacie doit être exploitée sous la direction d’un pharmacien autorisé à pratiquer à titre indépendant, lequel doit exercer personnellement et effectivement une surveillance sur les actes pharmaceutiques qui s’y déroulent (al. 2). L’autorisation d’exploiter est délivrée au pharmacien responsable. Elle est personnelle et intransmissible. Ainsi, l’art. 116 LSP comporte également deux types d’autorisation sous le même titre: "autorisation d’exploiter". Il s’agit tout d’abord de l’autorisation pour l’installation d’une pharmacie, autorisation liée à la procédure d’autorisation de construire dans laquelle l’autorité doit examiner si la disposition des locaux est conforme aux dispositions du règlement concernant l’exercice des professions de la santé du 10 septembre 2003 (REPS; RSV 811.01.1), en particulier l’art. 28 REPS qui fixe des dispositions concernant les locaux de la pharmacie. L’art. 116 LSP prévoit aussi l’exigence de l’autorisation d’exploiter, qui est délivrée au pharmacien responsable de l’exploitation et qui est personnelle et intransmissible. Si l’autorisation d’exploiter reste indépendante des autorisations principales sur le permis de construire et peut être délivrée parallèlement à la procédure d’octroi du permis d’habiter au sens de l’art. 128 LATC, l’autorisation d’installer, d’aménager ou de transformer une pharmacie est en principe rattachée à la procédure de permis de construire.

bb) En l’espèce, les sociétés constructrices n’ont pas déposé une demande d’autorisation auprès du Service de la santé publique pour l’aménagement d’une pharmacie. Les plans de la demande de permis de construire pour le bâtiment B ne précisent d’ailleurs pas les aménagements définitifs des commerces. Les plans du rez-de-chaussée du bâtiment B délimitent deux surfaces commerciales, dont l’une pourrait effectivement être réservée à une pharmacie. Les exigences réglementaires posées à l’art. 28 REPS concernent essentiellement la disposition des aménagements intérieurs de la pharmacie et ne remettent pas en cause le principe même de l’emprise et la structure de la surface commerciale qui fait l’objet du permis de construire. Ainsi, les dispositions de détail concernant l’aménagement intérieur de la pharmacie peuvent faire l’objet d’une procédure ultérieure, lorsqu’une décision définitive aura été prise sur l’affectation de la surface commerciale en cause, les sociétés constructrices pouvant alors déposer une demande complémentaire d’autorisation de construire pour la pharmacie avec les aménagements intérieurs conformes à l’art. 28 REPS. Le permis complémentaire relatif à la pharmacie ne remet pas en cause le principe même du projet en ce sens qu’il n’a aucune influence directement contraignante sur la construction de l’ouvrage autorisé; il s’agit juste des détails de l’aménagement intérieur de l’une des surfaces commerciales autorisées par la municipalité. Il est donc tout à fait admissible de réserver la décision du Département de la santé et de l’action sociale au sens de l’art. 116 al. 1 LSP, ce d’autant plus que l’autorisation définitive d’exploiter qui sera délivrée au pharmacien responsable de la pharmacie comportera aussi la vérification de la conformité de l’ensemble des aménagements aux exigences réglementaires résultant de l’art. 28 REPS. Le tribunal statuant en réforme peut compléter le permis de construire sur ce point en réservant l’autorisation nécessaire à un aménagement éventuel d’une pharmacie dans l’une des surfaces commerciales.

4. Les recourants contestent la conformité du projet contesté à l’autorisation préalable d’implantation, au PAC Vennes et à son addenda. Les recourants contestent dans un premier grief la condition imposée par la municipalité dans la décision relative au permis de construire concernant l’aménagement d’une toiture végétalisée à la place des panneaux solaires envisagés. Les recourants invoquent les dispositions de la loi vaudoise sur l’énergie et de son règlement d’application en estimant que la municipalité est revenue à tort sur une dérogation au sens de l’art. 85 LATC ; à leur avis, les concepts énergétiques n’auraient pas été suffisamment examinés et la suppression d’une source d’énergie se traduirait par une exposition plus grande à la pollution générée par les énergies fossiles. Les aspects énergétiques des bâtiments A et B seraient des éléments essentiels du projet qui ne pourraient être laissés de côté.

a) La décision municipale des 9 et 16 septembre 2009 délivrant le permis de construire comporte une condition formulée dans les termes suivants :

" L’installation de panneaux solaires en toiture n’est pas admise. Celle-ci sera rendue végétalisée conformément à l’art. 31 du plan d’affectation cantonal (PAC). Un plan de toiture ainsi que les modifications liées aux aspects énergétiques nous seront remis avant exécution, en deux exemplaires dûment datés et signés."

aa) La Constitution fédérale répartit de la manière suivante les compétences en matière de politique énergétique entre les cantons et la Confédération. Le mandat législatif accordé à la Confédération est limité aux principes. L’art. 89 Cst. prévoit que la Confédération fixe les principes applicables à l’utilisation des énergies indigènes et des énergies renouvelables et à la consommation économe et rationnelle de l’énergie (al. 2). Elle a la compétence de légiférer sur la consommation d’énergie des installations, des véhicules et des appareils, et elle favorise le développement des techniques énergétiques, en particulier dans les domaines des économies d’énergie et des énergies renouvelables (al. 3). En revanche, les mesures concernant la consommation d’énergie dans les bâtiments sont en premier chef du ressort des cantons (al. 4).

bb) La loi fédérale sur l’énergie du 26 juillet 1998 (LEne; RS 730.0) a notamment pour but d’assurer une production et une distribution de l’énergie économiques et compatibles avec les impératifs de la protection de l’environnement et de promouvoir l’utilisation économe et rationnelle de l’énergie en encourageant le recours aux énergies indigènes et renouvelables (art. 1^er al. 2 LEne). L’utilisation économe et rationnelle de l’énergie doit répondre aux impératifs suivants: consommer le moins d’énergie possible, utiliser l’énergie le mieux possible, investir le moins possible d’énergie pour obtenir un résultat donné, soit un rendement énergétique élevé, et enfin récupérer les rejets de chaleur utilisables (art. 3 al. 2 LEne). En ce qui concerne les bâtiments, l’art. 9 LEne pose les principes suivants: les cantons doivent créer dans leur législation des conditions générales favorisant une utilisation économe et rationnelle de l’énergie ainsi que le recours aux énergies renouvelables (al. 1); ils édictent des dispositions sur l’utilisation économe et rationnelle de l’énergie dans les bâtiments existants et à construire, et soutiennent l’application de normes de consommation. Ils tiennent compte de l’état de la technique et évitent de créer des entraves techniques au commerce non justifiées (al. 2). Selon l’art. 9 al. 4 LEne, les cantons doivent édicter des dispositions concernant : la part maximale d’énergie non renouvelable destinée au chauffage et à l’eau chaude (let. a); l’installation de chauffage électrique fixe à résistance et le remplacement de telles installations (let. b); la définition d’objectifs convenus avec des grands consommateurs (let. c) et le décompte individuel des frais de chauffage et d’eau chaude pour les nouvelles constructions et les rénovations d’envergure (al. 3).

b) L’art. 1er de la loi vaudoise sur l’énergie du 6 mai 2006 (LVLEne; RSV 730.01) précise que la loi a pour objet de promouvoir un approvisionnement énergétique suffisant, diversifié, sûr, économique et respectueux de l’environnement (al. 1) ; elle encourage, à cette fin, l’utilisation des énergies indigènes, favorise le recours aux énergies renouvelables, soutient les technologies nouvelles permettant d’atteindre ses objectifs et renforce les mesures propres à la réduction des émissions de CO₂ et autres émissions nocives (al. 2). L’art. 5 LVLEne prévoit que toute nouvelle installation doit permettre une utilisation rationnelle de l’énergie, de prendre en compte les possibilités de récupérer la chaleur et de recourir aux énergies renouvelables (al. 1). L’art. 28 al. 1 LVLEne délègue au Conseil d’Etat la compétence de fixer par voie réglementaire les mesures de construction permettant de réduire la consommation d’énergie et de favoriser l’apport de sources d’énergies renouvelables dans les bâtiments nouveaux et existants. Selon l’art. 28 al. 2 LVLEne, le règlement d’exécution doit fixer notamment les dispositions applicables aux indices énergétiques à atteindre (let. a) ; à la part minimale d’énergies renouvelables ou de récupération à mettre en œuvre, tout nouveau bâtiment devant prévoir au moins 30 % d’énergie provenant du solaire, de la mini-hydraulique, de la biomasse, du bois, de l’éolien, de la géothermie profonde ou des déchets pour la préparation de l’eau chaude sanitaire (let. b). L’art. 29 LVLEne prévoit que les communes encouragent l’utilisation de l’énergie solaire: "Elles peuvent dans ce sens accorder des dérogations aux règles communales." (al. 1). Afin de garantir une bonne intégration de ces installations au regard de la loi sur la protection de la nature, des monuments et des sites, le Conseil d’Etat peut instituer une commission consultative à disposition des communes (al. 2).

Le règlement d’application du 4 octobre 2006 de la loi sur l’énergie (RLVLEne; RSV 730.01.1) fixe les exigences générales applicables à l’utilisation rationnelle de l’énergie dans les bâtiments. L’art. 18 RLVLEne précise à cet égard que "dans les limites des contraintes architecturales et urbanistiques", les bâtiments sont conçus de manière à favoriser l’utilisation de l’énergie solaire, notamment par l’orientation de la construction, la répartition et la production des ouvertures vitrées, ainsi que par le choix des matériaux (al. 1). Afin d’éviter le recours à une installation de rafraîchissement, les pièces sont protégées d’un échauffement excessif dû au rayonnement solaire par des mesures appropriées sur l’enveloppe du bâtiment (al. 2). Pour les bâtiments à construire sur une surface supérieure à 2'000 m², le maître d’œuvre fournit par écrit au maître de l’ouvrage une estimation des consommations énergétiques du bâtiment (combustibles et électricité) dans des conditions standards d’utilisation clairement définies (al. 3). L’art. 19 RLVLEne rend applicables les exigences requises en matière d’isolation thermique des constructions prévues par la norme SIA 380/1. L’art. 23 RLVLEne prévoit que, dans les grands bâtiments de plus de 2'000 m² affectés à des activités de service ou des activités commerciales, les besoins spécifiques d’électricité pour l’éclairage, la ventilation et la réfrigération doivent respecter les valeurs limites fixées par la recommandation SIA 380/4.

Pour les nouvelles constructions, les énergies non renouvelables ne doivent pas dépasser plus du 80 % des besoins de chaleur admissibles pour le chauffage (art. 25 RLVLEne). Les systèmes de production de chaleur pour les besoins de chauffage et d’eau chaude du bâtiment doivent globalement être dimensionnés et exploités de manière à minimiser l’utilisation de combustibles et d’électricité. Les installations de production de chaleur doivent être dimensionnées selon les normes et recommandations établies par la SIA et les autres associations professionnelles reconnues (art. 29 al. 2 RLVLEne). Les installations de capteurs solaires doivent être adaptées aux constructions par le choix des matériaux, la position et la proportion des capteurs, ainsi que par leur traitement architectural. Les capteurs solaires actifs ne sont pas assimilables à des lucarnes ou à des ouvertures rampantes (art. 30 RLVLEne). La réglementation cantonale fixe encore les dispositions concernant les installations de ventilation et de rafraîchissement ou d’humidification (art. 35 et 36 RLVLEne).

c) En l’espèce, le dossier de la demande de permis de construire comporte un rapport d’un bureau d’ingénieurs spécialisés, portant sur les éléments du concept énergétique global pour chacun des bâtiments projetés. Il ressort de ce rapport que le site présente la caractéristique d’être alimenté par le chauffage à distance des Services industriels lausannois. La source de chaleur à disposition (110°) offre des possibilités pour la production de chaleur et la production de froid par absorption. La chaleur du chauffage à distance lausannois est obtenue, dans le secteur de La Sallaz-Vennes, à raison de 50% par l’usine d’incinération des ordures Tridel. Cette seule caractéristique permet déjà de répondre à l’art. 28 al. 2 let. b LVLEne, exigeant que la préparation d’eau chaude sanitaire dans les nouveaux bâtiments soit couverte par au moins 30 % d’énergies renouvelables provenant notamment de la combustion des déchets. L’utilisation du chauffage à distance permet de répondre également à la condition de l’art. 25 RLVLEne selon laquelle les énergies non renouvelables ne doivent pas couvrir plus du 80 % des besoins de chaleur admissibles pour le chauffage. Le rapport sur les éléments du concept énergétique permet de constater que les exigences requises en matière d’isolation thermique sont respectées, de même que les exigences techniques concernant les installations de ventilation ainsi que celles pour la réfrigération et l’humidification. Par ailleurs, il ressort du même rapport que plusieurs analyses et évaluations énergétiques sont en cours. Il s’agit notamment de l’analyse des possibilités de raccordement électrique du site en basse ou moyenne tension, d’une utilisation maximale du "free-cooling" par les installations de ventilation et par l’utilisation des aéro-refroidisseurs des groupes frigorifiques à absorption, ainsi que d’une évaluation des énergies renouvelables pouvant s’intégrer dans les éléments de l’enveloppe du bâtiment, en particulier le solaire photovoltaïque. Aussi, l’optimalisation de l’enveloppe thermique des bâtiments, que ce soit en régime de chauffage ou en régime de rafraîchissement, permet d’atteindre les exigences primaires Minergie 2009 pour les deux bâtiments. En outre, le regroupement de la production de froid pour l’ensemble du site est proposé sur le bâtiment B. Le rapport comprend en outre le justificatif du respect des valeurs limites de la recommandation SIA 380/4 concernant les besoins spécifiques d’électricité pour l’éclairage, la ventilation et la réfrigération. Il ressort en outre des rapports du bureau spécialisé que les cœfficients énergétiques applicables à chacun des bâtiments A et B sont largement respectés ; ainsi, les exigences légales et réglementaires concernant l’utilisation rationnelle de l’énergie dans les deux projets de bâtiments sont respectées, même avec la suppression des panneaux solaires prévus en toiture.

d) Cela étant précisé, le projet de la demande de permis de construire mis à l’enquête publique comporte d’importantes surfaces de toiture aménagées par des capteurs solaires, alors que la réglementation (RPAC) du PAC Vennes, approuvé par le Département des infrastructures le 14 février 2001, prévoit des toitures végétalisées. L’art. 31 RPAC est formulé de la manière suivante:

"Pour l’ensemble des secteurs destinés à la construction d’activités, seules les toitures plates sont autorisées. Sur préavis favorable de l’organe de gestion, d’autres formes de toiture peuvent être autorisées pour des raisons objectivement fondées (qualité du projet, nature du programme).

La végétalisation extensive des toitures plates est obligatoire. Les recommandations en la matière sont notamment contenues dans le cahier de l’environnement de l’OFEFP, Berne 1995."

La végétalisation des toitures présente de nombreux avantages favorables à la protection de l’environnement. Elle apporte une réduction des réflexions et des radiations thermiques ou solaires sur les toitures, une rétention des eaux pluviales et un rafraîchissement par évaporation entraînant la réduction des effets de réflexion et d’irradiation thermique et solaire. La végétalisation des toitures compense ou augmente la diversité floristique et faunistique par la création de biotopes de substitution dans les zones urbanisées; elle améliore l’aspect esthétique des toitures plates tout en protégeant l’étanchéité contre les chocs thermiques (variations thermiques pouvant atteindre des écarts de 60°) et contre les rayons ultraviolets et en apportant aussi une amélioration du confort thermique et de la protection contre le bruit (voir notamment le Cahier de l’environnement N° 216 publié par l’Office fédéral de l’environnement). Par ailleurs, une toiture végétalisée peut comporter aussi des panneaux solaires; certains fabricants proposent en effet des supports de panneaux solaires combinés à une toiture végétalisée (http://www.batiproduitsmaison.com/bpm/FicheProdRecherche2.do?id=1684831440) mais la densité de panneaux solaires sur une toiture végétalisée peut être moins importante que celle envisagée par le projet contesté. La loi sur l’énergie confie par ailleurs aux communes la tâche d’encourager l’utilisation de l’énergie solaire et elle leur attribue la compétence d’accorder des dérogations aux règles communales sur les constructions (art. 29 LVLEne). L’installation de capteurs solaires répond aussi à l’exigence de l’art.
5 LVLEne prévoyant que toute nouvelle installation doit permettre une utilisation rationnelle de l’énergie et de prendre en compte les possibilités de récupérer la chaleur et de recourir aux énergies renouvelables. Aussi, l’aménagement des toitures avec des capteurs solaires est conforme à l’art. 18 RLVLEne, précisant que les bâtiments sont conçus de manière à favoriser l’utilisation de l’énergie solaire. Mais il n’existe pas à proprement parler une obligation d’installer des capteurs solaires sur les toitures des bâtiments A et B du centre AcquaEcopôle, car la loi tend plutôt à favoriser de telles installations par des mesures incitatives (art. 7 al. 1 LVLEne); l’octroi de la dérogation prévue par l’art. 29 al. 1 LVLEne pour les capteurs solaires fait précisément partie de ces mesures.

Il se pose donc la question de savoir si la municipalité pouvait accorder une dérogation au sens de l’art. 29 al. 1 in fine LVLEne. Contrairement à l'art. 85 LATC, qui soumet l’octroi de la dérogation à la condition qu’elle soit prévue par le règlement communal, l’art. 29 al. 1 LVLEne attribue directement aux communes la compétence d’accorder des dérogations aux règles communales en matière de construction. Mais l'autorité qui statue sur une demande de dérogation doit encore respecter certains principes: tout d'abord, elle n'est pas tenue d'accorder la dérogation et elle dispose d'un pouvoir d'appréciation ; il n’existe pas un droit à l’obtention d’une dérogation (Ruch, Commentaire LAT, ad. art. 23 N° 17, voir aussi ATF 99 Ia 471 consid. 3a; André Grisel, Traité de droit administratif, vol. I p. 413). Ensuite, l'octroi de la dérogation doit respecter les buts recherchés par la loi et elle sert avant tout à éviter des solutions trop rigoureuses en présence d'une situation spéciale (Ruch op. cit. ad. art. 23 N° 11 ; ATF 107 Ia 212 ss; DFJP/OFAT, Etude relative à la loi fédérale sur l'aménagement du territoire, ad art. 23 No 6 et 7 p. 278); aussi, la dérogation ne peut porter atteinte à des intérêts publics importants ou heurter des intérêts privés prépondérants; elle doit résulter d'une pesée globale d'intérêts, prenant en compte l'ensemble des circonstances (Augustin Macheret, La dérogation en droit de la construction, règles et exceptions, séminaire du droit de la construction, Fribourg 1983). Enfin, la dérogation doit s'inscrire dans le processus de planification défini par le droit fédéral selon lequel la destination du sol est fixée par les plans d'affectation (art. 14 LAT) dans une procédure assurant la protection juridique (art. 33 LAT) et la participation de la population (Ruch op. cit. ad. art. 23 N° 9; voir arrêt AC.2000.0087 du 6 mars 2001 consid. 1b, voir aussi ATF 116 Ib 53-54 consid. 3a, ATF 1C 196/2007 du 27 février 2008 consid. 5.3).

Pour décider si l’octroi d’une dérogation au sens de l’art. 29 al. 1 LVLEne se justifie, il convient de comparer, d’une part, l’intérêt énergétique des panneaux solaires photovoltaïques projetés et, d’autre part, l’intérêt au respect de la réglementation du plan d’affectation cantonal visant à assurer une forme d’intégration esthétique des toitures par une végétalisation et à satisfaire aussi à des exigences spécifiques de protection de l’environnement propres à ce type de toiture; la végétalisation des toitures répond en effet à différents objectifs très favorables en matière de protection de l’environnement, notamment en ce qui concerne la rétention des eaux de toiture, la compensation biologique des surfaces de verdure et l’atténuation des chocs thermiques en milieu urbain, ainsi que l’amélioration de l’effet visuel depuis les propriétés en amont. Les problèmes importants d’esthétique et d’intégration que pose l’installation de panneaux solaires doivent aussi être pris en compte. La municipalité bénéficie d’un pouvoir d’appréciation relativement important dans le cadre de l’octroi d’une telle dérogation et elle pouvait considérer que l’intérêt public au respect de la réglementation du PAC Vennes, avec l’ensemble des avantages de l’aménagement d’une toiture végétalisée, permettait de refuser la dérogation prévue par l’art. 29 al. 1 LVLEne ; ce d’autant plus que le concept énergétique global des deux bâtiments reste très favorable, notamment par l’apport du chauffage à distance des Services industriels de la Ville de Lausanne. Au demeurant, il est douteux que les recourants puissent se prévaloir d’un intérêt digne de protection à contester la condition spécifique de la municipalité refusant l’installation des panneaux solaires et imposant une toiture végétalisée, dès lors que cette mesure est au moins autant favorable à l’environnement que l’installation de capteurs solaires et qu’elle améliore la qualité de l’environnement immédiat dans lequel se trouve la parcelle des recourants par rapport à la solution d’une toiture avec capteurs.

e) Les recourants contestent aussi la dérogation autorisant une légère modification de l’implantation du bâtiment du parking d’échange vers l’ouest ; ils estiment que cette dérogation aurait pour effet de compromettre la vue dont ils bénéficient depuis le premier étage de la villa construite sur la parcelle n° 7'320. Toutefois, la dérogation a été accordée en vue de la construction du parking d’échange et était assortie au permis de construire qui a fait l’objet de l’arrêt AC.2007.0196 du 18 janvier 2008. Les recourants ont alors contesté le principe de l’octroi de la dérogation, par leur recours au Tribunal fédéral qui a examiné la question de la validité de l’octroi de la dérogation (voir ATF 1C 86/2008 du 10 juillet 2008 consid. 5.2). La décision accordant la dérogation concernant l’implantation du parking d’échange est ainsi entrée en force et ne fait pas partie des décisions attaquées de sorte que le grief des recourants sur ce point est irrecevable.

5. Les recourants contestent aussi la conformité du projet contesté aux règles du plan d’affectation cantonal fixant la hauteur des bâtiments. Ils reprennent le grief qu’ils avaient soulevé dans la procédure AC.2007.0196 en relevant que le Tribunal fédéral n’était pas entré en matière sur cette question. Les recourants soutiennent en substance que la réglementation du PAC Vennes ne serait pas assez précise pour déterminer la hauteur admissible. A leur avis, les trois niveaux du parking-relais devraient être pris en compte dans le calcul du nombre d'étages autorisés.

a) Le règlement du PAC Vennes ne fixe pas une hauteur maximale des constructions mais détermine sur le plan et pour chaque secteur considéré, le nombre de niveaux admissibles (art. 34). C'est ainsi que pour le secteur G1, le nombre de niveaux est fixé de la manière suivante "R+3", c'est-à-dire: un niveau de rez-de-chaussée auquel s'ajoutent trois niveaux habitables. Le règlement ne comporte toutefois pas de dispositions précises sur la manière de calculer le rez-de-chaussée par rapport au terrain naturel. Les recourants relèvent que les trois niveaux du parking sont dégagés sur trois côtés de sorte qu'ils ne pourraient être assimilés à une construction souterraine et que seul un niveau supplémentaire serait admissible sur la plateforme. La municipalité soutient de son côté que la dalle de couverture du parking-relais doit être assimilée au rez-de-chaussée. La jurisprudence de l'ancienne Commission de recours en matière de construction a précisé qu'il n'est pas possible d'arrêter une définition générale et précise de la notion de rez-de-chaussée qui soit applicable en tous lieux et sous l'empire de tous les règlements (RDAF 1978 p. 248 et 1975 p. 211). La notion de rez-de-chaussée s'apprécie avant tout en fonction des dispositions réglementaires communales applicables au projet.

b) Selon l'art. 74 LATC, les plans d'affectation cantonaux et les zones réservées l'emportent sur les plans d'affectation communaux ou intercommunaux. Cette règle ne signifie pas que le plan d'affectation cantonal annule ou abroge le plan d'affectation communal dans le périmètre qu’il délimite, mais qu'il prime sur toutes les dispositions communales qui lui sont contraires. Le nouveau règlement du plan général d'affectation de la Commune de Lausanne, approuvé par le département compétent le
4 mai 2006 (RPGA), fixe à son art. 21 les règles permettant de déterminer le niveau de référence. Selon l'art. 21 RPGA, le niveau de référence est défini en fonction de la position du bâtiment. Si le bâtiment est implanté sur une limite des constructions et jusqu'à une distance de 6.00 m en retrait de celle-ci, le niveau de référence est fixé par la municipalité. Il correspond au niveau de la voie ou du trottoir existant ou projeté, calculé sur la limite des constructions. Les autres façades peuvent bénéficier de la hauteur de la corniche ainsi obtenue (let. b). Lorsque la voie publique est en pente, la jurisprudence a précisé que la municipalité peut fixer le niveau de référence au milieu de la façade longeant la voie en cause (arrêt AC.2006.0237 du 30 juillet 2007). Une telle règle n'est pas contraire aux dispositions du PAC Vennes mais comble plutôt une lacune de ce plan et elle peut être appliquée pour fixer le niveau du rez-de-chaussée.

c) En l'espèce, en statuant sur le recours formé contre la demande de permis de construire du parking d’échange, le tribunal avait constaté que la façade (enterrée) du parking longeant la route de Berne formait un décrochement et qu’elle était implantée dans la limite des 6.00 m en retrait de la limite des constructions fixée par l'addenda au PAC Vennes. Selon la coupe CC du parking-relais (plan N° ACP 221), le niveau de la voie publique au milieu de la façade le long de la route de Berne se situe à la cote 695.00 m. Or, le niveau de la plateforme du parking-relais est précisément fixée à la cote 695.00 m (voir la coupe EE du plan N° APP AAC 211). La municipalité a ainsi déterminé le niveau de référence de manière conforme à l'art. 21 let. b RPGA en fixant l'altitude du rez-de-chaussée à la cote 695.00 m. Il est vrai que cette solution a pour effet de dégager pratiquement sur trois des côtés les façades du parking, mais cette conséquence est précisément voulue par le législateur communal, puisque la disposition réglementaire précise expressément que les autres façades peuvent bénéficier de la hauteur fixée depuis la voie publique (art. 21 let. b RPGA). C'est donc à juste titre que la municipalité a fixé le niveau "R" à la cote 695.00 m à partir de laquelle le nombre de niveaux "R+3" doit être calculé pour les bâtiments A et B. La hauteur à la corniche du bâtiment A s’élève à 14.14 m (altitude 709.14 m) et la volumétrie respecte le gabarit fixé par l'autorisation préalable d'implantation qui est de 14.14 m à la corniche et de 18.10 m au faîte et reste dans la limite correspondant à l’indication "R+3" avec l’étage technique constituant le "rez-inférieur"; le niveau de l’entrée correspond à celui de la plateforme (695.00 m), puis le premier étage du musée se situe au dessus de l’étage technique et dont l’altitude varie très légèrement entre 697.38 m, 697.44 m et 697.53 m et enfin, le second niveau du musée à l’altitude de 702.33 m. Le projet de bâtiment B s’inscrit aussi dans le cadre de la définition réglementaire "R+3" avec un rez-de-chaussée comprenant les commerces, l’entrée du centre médical ainsi que l’entrée et la zone d’accueil de l’hôtel, le restaurant et les salles de séminaires. Les deux niveaux du centre médical et de l’hôtel, le troisième étage réservé à l’hôtel avec une hauteur à la corniche de 15.30 m (altitude 710.30 m), ainsi que les installations techniques en superstructure s’inscrivent dans la volumétrie des gabarits fixés par l’autorisation préalable d’implantation, qui détermine une hauteur de 15.60 m à la corniche et de 18.10 m au faîte pour le bâtiment B (arrêt AC.2007.0196 du 18 janvier 2008, p. 39 consid. cc).

6. Les recourants estiment aussi que l’art. 12 RPAC ne serait pas respecté. A l’appui de ce grief, ils invoquent un préavis du Service des parcs et promenades sollicitant la production d’une étude paysagère.

a) L’art. 12 RPAC règlemente les aménagements extérieurs dans le secteur destiné "au dégagement, à la verdure et au stationnement." Ce secteur apparaît en vert foncé dans la légende du PAC Vennes. Les dispositions réglementaires régissant le secteur destiné au dégagement, à la verdure et au stationnement (ci-après : secteur de verdure) sont formulées de la manière suivante:

"Article 11 – Destination

Ce secteur est réservé aux espaces de dégagement des aires constructibles, aux aménagements extérieurs, ainsi qu’à l’aménagement de places de stationnement. Ces dernières doivent être réalisées avec des aménagements paysagers (notamment pavés gazon, plantations ornementales, etc).

Article 12 – Conditions d’aménagement

L’ensemble des aménagements extérieurs relatifs à chaque projet compris dans ce secteur doit faire l’objet d’un plan spécifique à l’échelle du 1 : 200, soumis préalablement à l’organe de gestion du Biopôle, qui en fixe les conditions de mise en œuvre (coordination, étapes de réalisation, utilisation, gestion, etc…).

Article 13 – Plantations existantes

Les arbres, cordons boisés, boqueteaux et haies vives sont protégés par les dispositions relatives à l’article 5 LPNMS.

Au surplus, l’abattage et le remplacement des arbres à haute tige sont réglés par les dispositions réglementaires en vigueur des communes concernées.

Article 14 – Plantations nouvelles

Dans les aménagements extérieurs des secteurs constructibles, seuls les arbres et buissons de la liste annexée au présent règlement peuvent être plantés. Il s’agit d’essences indigènes et d’essences fruitières adaptées au site, à l’exclusion de toute essence exotique.

Article 15 – Plantations obligatoires

Les plantations obligatoires sont définies par le plan. Les essences sont fixées conformément aux dispositions de l’article 14.

Au surplus, les dispositions de l’article 49 sont applicables."

b) L’addenda au PAC Vennes a augmenté la surface de l’emprise du secteur constructible G1 sur le secteur de verdure, longeant la bretelle de sortie de l’autoroute ainsi que la route de Berne. L’emprise du secteur de verdure sur la parcelle n° 20’349 est finalement réduite à une bande de terrain d’une largeur variant entre
5 m et 8 m, située le long de la bretelle de sortie de l’autoroute avec un espace de forme triangulaire sur le carrefour de la jonction de la bretelle avec la route de Berne ; en outre, l’addenda au PAC Vennes ne prévoit aucune plantation obligatoire. Il n’y a pas non plus de plantation existante. Le secteur de verdure est en fait un espace de transition, un solde de terrain, compris entre le parking d’échange et la bretelle de l’autoroute. Le plan des aménagements extérieurs de la demande de permis de construire prévoit toutefois la plantation de sept arbres dans l’espace triangulaire situé à la jonction de la bretelle avec la route de Berne, le choix des espèces pour les plantations nouvelles étant par ailleurs fixé de manière précise par l’annexe au RPAC. Par ailleurs, le plan des aménagements extérieurs précise surtout les aménagements sur la dalle de toiture du parking d’échange avec des espaces de verdure, des plans d’eau/biotope entourant le musée et des espaces de circulation des piétons avec quelques arbres prévus sur les surfaces de verdure. La condition fixée par le Service des parcs et promenades dans le permis de construire est formulée de la manière suivante:

"Une étude paysagère tenant compte des aspects esthétiques, écologiques est nécessaire. L’architecte fournira les documents nécessaires en deux exemplaires à l’approbation du projet avant le début des travaux."

Cette exigence ne résulte vraisemblablement pas de l’art. 12 RPAC, car cette disposition tend essentiellement à assurer une certaine harmonisation et une coordination dans la transition entre les différents secteurs de verdure prévus par le PAC Vennes. Mais sur la parcelle communale n° 20'349, l’espace de verdure ne présente pas de continuité avec les autres secteurs du périmètre du PAC Vennes, de sorte que les questions de coordination des étapes de réalisation ne posent pas de difficultés particulières qui nécessiteraient un traitement spécial pour ce secteur. L’exigence d’une étude paysagère tenant compte des aspects esthétiques et écologiques peut concerner les aires de verdure qu’il est prévu d’aménager sur la dalle de toiture du parking d’échange et, le cas échéant, sur les toitures végétalisées. Il s’agit d’une condition qui peut être liée à l’octroi du permis de construire au sens de l’art. 117 LATC, qui ne remet pas en cause les principes mêmes du projet de construction, mais permet une amélioration dans le choix des détails des différents aménagements et plantations des espaces de verdure compris dans le projet.

7. Les recourants soutiennent encore que le projet contesté ne serait pas conforme à l’art. 40 de l’addenda au PAC Vennes.

a) Les recourants relèvent que selon le descriptif du projet, la fréquentation du musée serait de l’ordre de 340'000 visiteurs par an, dont le 30% utiliserait les moyens de transports publics, et que le mall central verrait défiler environ 600'000 personnes par année. Ils estiment que l’on serait en présence de "grandes surfaces commerciales" non conformes à l’addenda du PAC Vennes en raison du fort potentiel commercial d’une telle fréquentation. Aussi, en raison de la proportion élevée de visiteurs qui se rendraient au musée en véhicules à moteur (70% de 340'000, soit 238'000), les recourants estiment que les places mises à disposition (10 à 15% des 1'200 places dont 50 réservées aux personnes handicapées) seraient insuffisantes ; à leur avis, les visiteurs et le personnel occupés dans les bâtiments A et B utiliseraient les places du parking-relais en détournant ainsi sa fonction. Les recourants se réfèrent aussi au préavis du Service cantonal de la mobilité faisant état d'une politique du stationnement spécifique au site actuellement à l'étude; la Ville de Lausanne étudiant d’une part, la mise en place de conditions d’octroi des places du parking-relais et d’autre part, le régime du stationnement nécessaire aux visiteurs et au personnel du centre. Ils estiment que l’octroi du permis de construire serait précipité à défaut d’une telle étude. Les recourants font état du préavis de l'Office fédéral des routes mentionnant le fait que les nouveaux aménagements prévus vont provoquer une augmentation importante du trafic au droit de la jonction autoroutière de Vennes déjà fortement chargée, alors que le canton de Vaud devrait établir un plan de gestion du trafic pour cette jonction selon l’annexe 3 de l’ordonnance sur les routes nationales. Les recourants estiment que le projet ne prendrait pas suffisamment en compte ces différents éléments de gestion des places de parc qui seraient étroitement liés à la gestion du trafic de la région.

b) L'art. 40 RPAC, modifié par l'addenda du 27 septembre 2006, a la teneur suivante:

"Article 40 – Parking-relais

Le parking-relais existant peut être maintenu. Son aménagement peut être modifié afin de garantir le bon fonctionnement du site.

Des constructions sont possibles en couverture ou en juxtaposition du parking-relais:

- afin d'augmenter la capacité de l'équipement;

- afin d'édifier des bâtiments dont l'affectation et l'exploitation sont compatibles avec le fonctionnement du parking-relais, à l'exclusion de grandes surfaces commerciales."

Par ailleurs, l'art. 42 al. 3 et 4 RPAC modifié selon l'addenda de 2006 est formulé de la manière suivante:

" Les besoins en places de stationnement générés par les secteurs C, D, F et G2 (hors atelier dépôt: 6'000 m² SPB) sont de 0,49 place / 50 m² SPB, 10% de ces places étant consacrées aux visiteurs, conformément au tableau de l'article 35. En outre, 50% au moins des placés exigées doivent être aménagées en parking souterrain.

Au surplus, pour les secteurs G1 et G2, 150 places de stationnement exigées conformément aux dispositions de l'alinéa précédent sont prises en charge par le parking-relais, ceci exclusivement pour les activités en couverture ou directement attenantes à ce parking."

L’art. 35 RPAC, modifié selon l'addenda de 2006, fixe pour le secteur G1 une surface de plancher admissible à 12'500 m²; selon les critères de l'art. 42 al. 3 RPAC, cette surface correspond à un besoin de 123 places de parc. L'art. 35 RPAC prévoit toutefois entre 134 et 150 places de stationnement à réserver dans le parking-relais pour les activités associées prévues en surface. L'estimation des besoins en stationnement pour les utilisateurs et visiteurs du centre AcquaEcopôle, située entre 10 et 15% des 1'200 places, correspond à une fourchette allant de 120 places (10%) à 180 places (15%). Le chiffre de 150 places qui a été retenu s'inscrit au milieu de cette fourchette et correspond aux exigences réglementaires.

c) Par ailleurs, le tribunal avait constaté dans l’arrêt AC.2007.0196 du
18 janvier 2008, que le nombre de 150 places réservées aux activités associées au parking d’échange était probablement surdimensionné. D’une part, l’application des normes VSS aboutissait à un besoin réduit de 108 places en tenant compte des possibilités d’un transport public performant à proximité directe (p. 19 consid. eee), et d’autre part, le nombre de véhicules par tranche horaire résultant d’une étude de faisabilité économique correspondait à un total de 260 voitures par jour ce qui représentait un besoin de 104 places de stationnement compte tenu d’un taux de rotation admis à cinq mouvements par jour (260 : 2.5); il est vrai que l’étude de faisabilité économique sur laquelle le tribunal s’est basé pour une telle estimation mentionnait une occupation de 150 véhicules par jour pour les visiteurs du musée et que ce chiffre peut paraître insuffisant par rapport aux nouvelles données mentionnées dans le descriptif du projet faisant état de 340'000 visiteurs par an dont seul le 30% utiliserait les transports publics, ce qui aboutit à une proportion de 70% de visiteurs utilisant un véhicule privé, soit 238'000 visiteurs. En prenant un taux d’occupation des véhicules de 2.5 (voir réponse du Conseil d’Etat au Grand Conseil à l’interpellation Ginette Duvoisin et consorts sur les déplacements en véhicules privés), on aboutit à une fréquentation de 260 véhicules par jour correspondant à un besoin de 104 places de stationnement avec le taux de rotation correspondant à cinq mouvements par jour. Par ailleurs, le tribunal avait relevé dans l’arrêt AC.2007.0196 du 18 janvier 2008 (p. 22 consid. ddd) que la fréquentation de la clientèle de l’hôtel et du centre médical et les besoins du personnel de l’ensemble des activités associées correspondaient à un trafic de 118 véhicules par jour, soit 47 places de stationnement avec le taux de rotation de cinq mouvements par jour (118 : 2.5), ce qui donne un total de 151 places (104 + 47) pour l’ensemble des activités du centre AcquaEcopôle, très proche de la limite réglementaire de 150 places. De plus, d’autres facteurs d’évaluation des besoins permettent de considérer que la limite de 150 places est suffisante. Tout d’abord, il y a une complémentarité entre la clientèle de l’hôtel, utilisant les places de stationnement de nuit, et la clientèle du musée, pouvant utiliser les mêmes places de jour. Il en va de même pour la clientèle du centre médical en soirée. Aussi, l’estimation des besoins pour la clientèle du musée se base sur l’hypothèse selon laquelle une proportion de 70% des 340'000 visiteurs pronostiqués utiliserait des véhicules privés, alors qu’une partie de cette clientèle peut aussi utiliser des autocars ; les recourants relèvent d’ailleurs à juste titre que des emplacements de stationnement sont prévus pour les autocars. Enfin, il faut aussi tenir compte du fait que la fréquentation du musée sera vraisemblablement plus importante les week-ends où le parking d’échange est nettement moins fréquenté, ce qui diminue ainsi les besoins en places de stationnement pour le musée en semaine.

En définitive, l'ensemble du programme des activités associées au parking-relais ne saurait être assimilé à une grande surface commerciale. Les surfaces de vente sont limitées à 500 m²et il a toujours été considéré, à juste titre, que la clientèle des commerces de proximité était constituée essentiellement des usagers du parking-relais, comme par exemple, la clientèle des commerces de stations service. De plus, le musée, l'hôtel et le centre médical ne correspondent pas aux activités caractéristiques des grandes surfaces de vente, générant un trafic bien plus important.

8. a) Les recourants invoquent aussi une violation de la loi sur les routes nationales (LRN). Ils se prévalent de l'avis donné par l'Office fédéral des routes, dans la synthèse de la centrale des autorisations (CAMAC) du 31 août 2009. Ils disent craindre un engorgement sur la bretelle de sortie de l'autoroute débouchant sur la route de Berne créant des bouchons, du bruit et des nuisances. Ils invoquent également le fait que la nouvelle construction empiéterait sur les alignements des routes nationales et estiment que la sortie du parking sur la bretelle d'autoroute pourrait créer des dangers et que la partie basse de l'immeuble A, qui empiète sur l'alignement, ne pourrait être acceptée.

b) Le léger empiètement de l'implantation du parking d'échange sur la limite des constructions et sur l'alignement de la route nationale concerne l'implantation et la construction du parking-relais qui a été admis par l'arrêt de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du 18 janvier 2008 (AC.2007.0196). Les décisions prises en application des art. 23 et 24 LRN pour le parking-relais sont entrées en force et devenues définitives par l'arrêt du Tribunal fédéral du 10 juillet 2008 (ATF 1C_86/2008). Il est vrai que le préavis de l’Office fédéral des routes, repris par la synthèse de la centrale des autorisations du 31 août 2009, aborde la question du trafic généré par le parking-relais, et celle du léger empiètement sur l’alignement de la route nationale est à nouveau examinée, alors même que la construction du parking ne faisait pas l’objet de la demande de permis de construire. Mais l’Office fédéral des routes a de toute manière confirmé la validité de la dérogation déjà accordée, en précisant toutes les conditions nécessaires à l’octroi d’un préavis positif, notamment en ce qui concerne la priorité absolue accordée au trafic quittant l’autoroute et en fixant les différentes étapes et modalités de la procédure de contrôle après la mise en service de l’installation. Les recourants n’indiquent pas en quoi ces conditions ne seraient pas suffisantes et leur grief est de toute manière irrecevable.

9. Les recourants estiment que l'autorisation de construire nécessiterait la mise en œuvre d'une étude d'impact complémentaire. Ils relèvent que le rapport d'impact de 2^ème étape n'aurait pas tenu compte d’un éventuel surcroît de visiteurs du musée AcquaEcopôle ni de l'augmentation du trafic lié à l'hôtel, au centre de séminaires et au centre médical. Ils soutiennent aussi que la présence d’autocars touristiques et de véhicules d’approvisionnement n’aurait pas été examinée. Ils disent également craindre que le bruit soit canalisé entre les bâtiments A et B pour être projeté par réflexion sur leur parcelle.

a) L'annexe de l'ordonnance relative à l'étude d'impact sur l'environnement du 19 octobre 1988 (OEIE; RS 814.011) prévoit une étude d'impact pour les parcs de stationnement de plus de 500 voitures, alors que le besoin en places de stationnement du musée, de l'hôtel, du centre médical et des commerces est de l’ordre de 150 voitures. Par ailleurs, seuls les parcs d'attraction d'une superficie supérieure à 75'000 m² ou d'une capacité de plus de 4'000 visiteurs par jour font l'objet d'une étude d'impact sur l'environnement (ch. 60.6 de l'annexe à l'OEIE) ; or, le pronostic des visiteurs du musée AcquaEcopôle s'élève à 340'000 visiteurs par année, soit une capacité de moins de 950 visiteurs par jour. Enfin, seuls les centres commerciaux et magasins spécialisés d'une surface de vente supérieure à 7'500 m² sont soumis à une étude d'impact sur l'environnement (ch. 80.5 de l'annexe à l'OEIE) alors que les surfaces de vente dans le projet contesté sont limitées à 500 m². L'ensemble des activités associées au parking-relais dans le centre AcquaEcopôle ne nécessite dès lors pas une étude d’impact sur l’environnement.

b) Aussi, les activités associées au parking-relais ont été prises en considération dans le cadre de l'étude d'impact de 2^ème étape de novembre 2006. Leurs effets sur le trafic du parking-relais ont fait l'objet d'une étude détaillée reprise dans l'arrêt du tribunal AC.2007.0196 du 18 janvier 2008, et dont le bien-fondé a été confirmé par le Tribunal fédéral (ATF 1C_86/2008 du 10 juillet 2008).

c) Les recourants invoquent encore le pronostic de fréquentation du musée avec des véhicules privés, qui résulte du descriptif technique, ainsi que les derniers comptages réalisés en juin 2009 sur la route de Berne, qui révéleraient un trafic journalier moyen de plus de 29'000 véhicules.

aa) Le pronostic de fréquentation du musée à raison de 340'000 visiteurs par année dont le 30% utiliserait les moyens de transports publics modifie légèrement les pronostics de trafic pris en considération dans l’arrêt du 18 janvier 2008. En effet, comme déjà indiqué, 238'000 visiteurs par année utilisant un véhicule privé correspondent à 260 véhicules par jour avec un taux d’occupation des véhicules de 2.5, alors que le tribunal avait retenu un nombre de 150 véhicules par jour (voir consid. 7c ci-dessus), ce qui représente un trafic supplémentaire de 110 véhicules par jour, soit 220 mouvements par jour en plus sur la route de Berne. Alors que le tribunal avait retenu que l’ensemble des activités associées au parking d’échange pouvait provoquer un trafic supplémentaire de l’ordre de 520 à 540 véhicules par jour (p. 22 consid. ddd de l’arrêt AC.2007.0196), le nouveau pronostic de fréquentation du musée porte ce trafic entre 740 et 760 véhicules par jour. Ajouté aux 2'100 trajets du parking d’échange (1'050 x 2), le trafic probable s’établirait entre 2'840 et 2'860 véhicules par jour alors que l’étude d’impact de 2006 avait retenu une augmentation prévisible globale de 3'600 véhicules par jour, jugée admissible et conforme par le Tribunal fédéral (ATF 1C_86/2008 du 10 juillet 2008 consid. 4.2.3), qui ne tenait d’ailleurs pas compte du trafic généré par le parking d’échange existant. Le tribunal avait alors constaté que l’augmentation du trafic au droit de la parcelle des recourants provoquée par le parking d’échange et par les activités associées, s’élevait à environ 1'292 véhicules par jour (AC.2007.0196 p. 22-23 consid. eee), et pouvait entraîner une augmentation de bruit de l’ordre de 0.2 dB(A). Avec la nouvelle estimation des visiteurs du musée utilisant un véhicule privé, le pronostic de trafic déterminant est augmenté au plus de 110 véhicules par jour, soit un total de l’ordre de 1'402 véhicules par jour, ce qui correspond à une augmentation de 5.2 % par rapport au trafic de 27'000 véhicules par jour pris en considération dans l’étude d’impact de 2^ème étape en 2006.

bb) Les recourants ont produit une correspondance du Service de l’environnement et de l’énergie selon laquelle les derniers comptages effectués à la route de Berne faisaient état d’un trafic journalier moyen de 29'900 véhicules par jour. Cette dernière estimation ne modifie pas les conclusions de l’étude d’impact de 2^ème étape selon lesquelles l’augmentation prévisible du trafic reste dans les limites admissibles fixées par l’ordonnance sur la protection contre le bruit. En effet, l’augmentation de trafic de 1'402 véhicules correspond, avec les données de trafic mises à jour, seulement à une proportion de 4.7% du trafic journalier moyen de 29'900 véhicules par jour. De plus, la procédure d’autorisation de construire en cause concerne seulement les bâtiments nécessaires aux activités associées du centre AcquaEcopôle, et le trafic du parking d’échange intervient comme une donnée de trafic; seule la part d’augmentation propre aux activités associées du centre AcquaEcopôle doit être prise en considération et elle correspond à environ 370 véhicules par jour sur le tronçon concerné de la route de Berne, soit une proportion insignifiante par rapport à l’ensemble du bruit généré par le trafic existant.

cc) L’estimation du bruit provoqué par l’effet de réflexion des nouveaux bâtiments projetés est fondée sur les données de l’étude d’impact de 2^ème étape de 2006, qui prévoit 27'000 véhicules par jour avec une augmentation de 1'800 véhicules sur le tronçon concerné (arrêt AC.2007.0196 p. 12-13 consid. ccc résumant le rapport d’impact de novembre 2006); elle prévoit une augmentation de bruit de l’ordre de 0.2 à 0.3 dB(A). Il se pose donc la question de savoir si les derniers comptages dont les recourants font état (29'900 véhicules par jour) ont une influence sur l’effet de réflexion des immeubles projetés. A cet égard, l’estimation de l’augmentation du bruit lié à l’effet de réflexion résulte d’un modèle de calcul qui prend en considération la configuration des lieux (par modélisation 3D), qui est indépendant de la densité du trafic et donc du niveau de bruit. Tout comme l’effet d’obstacle, l’effet de réflexion reste identique quel que soit le trafic sur la route de Berne. C’est ainsi qu’une augmentation de 0.2 à 0.3 dB(A) du bruit de réflexion sera la même pour un niveau de bruit correspondant à un trafic de 27’000 véhicules par jour que pour un niveau de bruit correspondant à un trafic de 29’900 véhicules par jour, même si le nombre de véhicules est plus important. Or, l’augmentation de 0.2 à 0.3 dB(A) est admissible, dès lors qu’elle n’est pas perceptible.

10. Les recourants invoquent encore une violation des dispositions du droit fédéral sur la protection de l'environnement en ce qui concerne la limitation préventive des émissions et l'obligation d'assainissement.

a) Ils soutiennent tout d'abord que le projet litigieux entraînerait des travaux relativement importants sur la route de Berne qui nécessiteraient un assainissement simultané. L'art. 18 de la loi fédérale sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 (LPE; RS 814.01) prévoit que la transformation ou l'agrandissement d'une installation sujette à assainissement est subordonnée à l'exécution simultanée de celui-ci. Il n’est pas contesté que la route de Berne nécessite une procédure d’assainissement au bruit routier, ce que le tribunal avait déjà constaté dans l’arrêt du 18 janvier 2008 (AC.2007.0196 p. 25 et 26 consid. bbb). Toutefois, le projet contesté ne touche que de manière indirecte la route de Berne. Seul le débouché du chemin de Valmont sur la route de Berne est l'élément modifié. La décision municipale délivrant les permis de construire n’implique pas directement des travaux à réaliser sur la route de Berne. A supposer
qu’un réaménagement de la route de Berne soit nécessaire, ce qui n’est actuellement pas le cas et ce qui ne ressort pas du dossier, cette procédure devrait alors impliquer un permis de construire distinct fondé sur l'art. 13 al. 2 de la loi sur les routes du 10 décembre 1991 (LRou; RSV 725.01). C'est dans le cadre de cette procédure que la question d'un éventuel assainissement simultané de la route de Berne pourrait être examinée, le cas échéant par une réduction de la vitesse maximale autorisée de 60 à
50 km/h (voir l’arrêt du 18 janvier 2008 AC.2007.0196, p. 25 consid. bbb relevant notamment que les conditions de l'art. 22 al. 3 de l'ordonnance sur la signalisation routière du 5 septembre 1979 [OSR; RS 741.21] sont remplies pour une réduction de la vitesse à 50 km/h).

b) Les recourants estiment aussi que les exigences de l'art. 11 LPE ne seraient pas remplies notamment pour les installations techniques qui impliquent un dépassement des valeurs limites fixées par l'annexe 6 à l'ordonnance sur la protection contre le bruit du 15 décembre 1986 (OPB; RS 814.41).

aa) Le rapport acoustique du 7 avril 2009 relève que le bruit des installations techniques engendre un dépassement de 6 dB(A) pour l'habitation des recourants pendant la période de nuit. Le rapport acoustique préconise différentes solutions techniques afin de respecter les valeurs de planification de l'annexe 6 pour la période de nuit. Ces propositions sont formulées de la manière suivante:

"- Réduction des émissions sonores de ces installations: soit d'appareils moins bruyants, pose de silencieux au sortie/entrée Berne, caissons insonorisés autour de la partie centrale des monoblocs.

- Limitation de l'utilisation de ces installations de nuit et/ou réglages sur des vitesses plus faibles.

- Construction de locaux techniques fermés sur trois côtés et un toit autour de ces installations avec aération du local du côté opposé aux voisins.

- La combinaison de ces différentes mesures de réduction des niveaux sonores permettra de garantir le respect des valeurs de planification pour les voisins les plus exposés. Ces choix doivent faire l'objet d'une analyse acoustique plus détaillée en fonction des possibilités techniques constructives".

Le Service de l'environnement et de l'énergie a ainsi fixé dans son préavis, figurant dans la synthèse de la centrale des autorisations du 31 août 2009, les conditions suivantes concernant le bruit des installations techniques:

"L'annexe n° 6 de l'OPB fixe les valeurs limite d'exposition au bruit de l'industrie et des arts et métiers (bruits d'exploitation). Ces valeurs limites sont aussi valables pour le bruit causé par les installations techniques des immeubles (chauffage, ventilation, climatisation), par les parcs à voitures situés hors des routes et par le trafic sur l'aire d'exploitation.

Dans le cas de cette nouvelle construction, les niveaux d'évaluation mesurés dans le voisinage ne devront pas dépasser les valeurs de planification (art. 7 OPB).

Pour le calcul, l'étude acoustique a tenu compte de parois de protection d'une hauteur de 3 et 2 mètres, suivant les installations techniques.

L'étude acoustique montre un dépassement des valeurs limites fixées par l'annexe 6 pour les voisins les plus exposés. Notamment pour la période nocturne.

L'étude acoustique propose plusieurs solutions d'assainissement (choix d'appareils plus silencieux, limitation des heures de fonctionnement, construction de locaux techniques).

Le SEVEN demande qu'une mesure de contrôle lui soit fournie au moins
3 mois après la mise en service des installations techniques (art. 12 OPB).

Cette mesure de contrôle permettra de vérifier le respect des exigences de l'annexe 6 pour les voisins les plus exposés, dans le cas contraire, les solutions d'assainissement devront être proposées et soumises au SEVEN pour approbation."

Par ailleurs, la municipalité a précisé dans le permis de construire que les déterminations cantonales assorties des conditions particulières contenues dans la synthèse de la centrale des autorisations du 31 août 2009 font partie intégrante du permis de construire. Il résulte de cette décision que les conditions posées par le Service de l'environnement et de l'énergie sont contraignantes; elles permettent d'assurer le respect des valeurs de planification pour la période de nuit concernant les installations techniques de ventilation ; de plus, ces conditions instaurent une procédure de contrôle trois mois après la mise en service des installations. Cette mesure de contrôle est une garantie pour les recourants, leur permettant de s'assurer que les valeurs limites applicables à ces installations seront effectivement respectées.

bb) Les recourants estiment aussi que la surélévation de la ligne à haute tension des CFF engendrait des nuisances qui n'ont pas été évaluées. Toutefois, il ressort des déterminations de l'entreprise des CFF du 17 décembre 2009 que le remplacement des deux mâts n° 34 et 35 entraînera respectivement une surélévation de la ligne de
6 m et de 4.50 m. Le dossier concernant le remplacement des deux mâts, en particulier le rapport ORNI, montre bien que les impacts de la modification ont été évalués ; il en résulte que le rehaussement de la ligne n'augmentera pas le rayonnement non ionisant dans les lieux à utilisation sensible à proximité. L'augmentation des distances de la ligne par rapport à l'habitation des recourants entraînera une diminution des émissions et donc une amélioration de la situation actuelle. Il s’agit d’une forme d’assainissement, quand bien même le tribunal avait déjà constaté que les valeurs limites admissibles en matière de rayonnement non ionisant n’étaient pas dépassées pour l’habitation des recourants (voir arrêt AC.2007.0196 du 18 janvier 2008 p. 35 consid. ddd).

cc) Les recourants se plaignent également de la forme et de l'implantation des bâtiments A et B en ce sens qu'ils pourraient apporter, par un effet de "cornet acoustique", une augmentation du bruit sur leur parcelle. L'étude acoustique a cependant analysé toutes les conséquences de l'implantation des nouveaux bâtiments A et B du centre AcquaEcopôle sur le bâtiment des recourants sur la base d'une modélisation en trois dimensions permettant de tenir compte de la position topographique des bâtiments existants et projetés, du bruit provenant à la fois de l’autoroute et de la route de Berne ainsi que des parois anti-bruit déjà construites dans le secteur. Ainsi, l’éventuel effet de "cornet acoustique" a aussi été pris en compte dans l’étude de bruit, mais semble insignifiant par rapport à l’effet de réflexion des bâtiments projetés, dont il a été constaté qu’il était admissible (voir aussi consid. 9c/bb ci-dessus p. 45).

dd) Les recourants se plaignent aussi du fait que le bruit provenant des places de parc extérieures n’aurait pas été évalué. Ils invoquent le fait que des cars et des bus pourraient laisser tourner leur moteur pendant les visites. Ils parlent également de la présence éventuelle de guides munis de mégaphones pour conduire les groupes de visiteurs dans le musée. Ils se plaignent aussi du bruit du démarrage de motocycles. A cet égard, le tribunal relève que l’essentiel du bruit perceptible depuis la propriété des recourants provient de la circulation sur la route de Berne et indirectement du trafic de l’autoroute. Les places de stationnement pour véhicules à l’extérieur sont situées à l’arrière du bâtiment B et elles ne sont pratiquement pas visibles depuis la propriété des recourants. Les douze places les plus proches, situées à l’arrière des petites surfaces commerciales, sont situées à une distance de plus de 100 m de la parcelle des recourants, et le solde des places à l’arrière de l’hôtel est protégé par le bâtiment B. Dans sa pratique, le tribunal avait constaté que l’exploitation de quatorze places de stationnement situées directement en limite d'une propriété voisine avec une habitation construite en contiguïté respectait les valeurs limites d’immission pour un degré de sensibilité II (voir arrêt AC.1996.0209 du 2 octobre 2000). Il est dès lors douteux que les douze places de stationnement les plus proches de l’habitation des recourants, mais à plus de 100 m de distance, puissent entraîner un dépassement des valeurs limites d’immission. Au demeurant, il est vrai que le projet prévoit une zone de dépose d'autocars directement le long de la route de Berne donnant sur une place de stationnement pour véhicules deux roues de vingt-cinq places environ, et dont la municipalité a demandé d’augmenter la capacité. Toutefois, le bruit pouvant résulter de la zone de dépose des autocars et l'utilisation de la place de stationnement pour véhicules deux roues sera largement couvert et absorbé par le bruit du trafic sur la route de Berne, qui provoque l'essentiel des nuisances actuelles sur la parcelle des recourants. A supposer même que par intermittence, le bruit provoqué par le trafic sur la route de Berne soit moins important, la paroi anti-bruit dont bénéficient les recourants constitue une protection largement suffisante et efficace pour le bruit qui serait provoqué par le stationnement des cars et des véhicules deux roues.

ee) Les recourants critiquent également le mode d'évacuation de l’air des parkings en relevant que le préavis du Service de l'environnement et de l'énergie mentionne une cheminée d'évacuation située sur le toit de l'immeuble attenant au parking. Toutefois, ce préavis ne tient pas compte du concept de ventilation utilisé pour le parking et rappelé dans l'arrêt AC.2007.0196 du 18 janvier 2008. Le parking d'échange est en effet réparti sur trois niveaux avec trois façades ouvertes alors que seule la façade nord est enterrée du côté de la route de Berne. Le dispositif de ventilation consiste à pulser l'air depuis le fond du parking pour créer un mouvement d'air en direction des façades ouvertes du parking et éviter la stagnation de l'air dans le fond du parking où les effets de la ventilation naturelle sont trop limités. C'est la raison pour laquelle le dossier ne comporte pas de cheminée de sortie d'évacuation de l'air vicié du parking mais seulement une ventilation naturelle renforcée par un système de pulsion d'air (arrêt AC.2007.0196 du 18 janvier 1008 p. 42 consid. dd).

ff) Les recourants relèvent le fait que l'installation frigorifique projetée en superstructure du bâtiment B contiendra plus de 3 kg de fluide réfrigérant. A cet égard, le tribunal constate que les sociétés constructrices ont rempli le formulaire 75 concernant les installations de refroidissement, de climatisation et de pompe à chaleur contenant plus de 3 kg de fluide réfrigérant stable dans l'air (HFC) en fournissant les données techniques de l’installation frigorifique (type York-Suisse SA d’une puissance de 2 x 700 kW). Cette installation est d’ailleurs prise en considération dans l’étude du concept énergétique global. Le Service de l'environnement et de l'énergie a relevé dans la synthèse de la centrale des autorisations du 31 août 2009 que ce type d'installation doit encore faire l'objet d'une autorisation spéciale selon les dispositions de l'ordonnance fédérale sur la réduction des risques liés à l'utilisation de substances, de préparations et d'objets particulièrement dangereux du 18 mai 2005 (ordonnance sur la réduction des risques liés aux produits chimiques, ORRChim; RS 814.81). Il ressort de cette situation que l'autorisation déjà requise par les sociétés constructrices n'a pas encore été délivrée par le Service de l'environnement et de l'énergie. Mais les conditions de cette autorisation ne remettent pas en cause le principe du projet et elle peut faire l'objet d'une condition au permis de construire au sens de l'art. 117 LATC.

11. Les recourants critiquent également l'exploitation du restaurant d'environ 200 places prévu dans le musée du centre AcquaEcopôle. Ils relèvent que cette activité serait de nature à aggraver la gêne pour le voisinage. Ils rappellent que pour l'évaluation du bruit causé par un restaurant, il faut aussi tenir compte des émissions secondaires, c'est-à-dire du bruit provoqué par les clients qui accèdent ou ressortent du restaurant. Les recourants critiquent le fait que le Service de l'économie, du logement et du tourisme ne se serait pas prononcé sur le nombre de personnes autorisées dans l'établissement et que le dossier ne comporte aucun élément sur les heures d'ouverture du restaurant. Ils demandent dans leurs conclusions subsidiaires que l’horaire d’exploitation soit fixé de 9h00 à 19h00.

a) Le Service de l'économie, du logement et du tourisme s'est déterminé de la manière suivante dans la synthèse des autorisations cantonales du 31 août 2009 concernant le bâtiment A du projet AcquaEcopôle:

"(…)

La capacité demandée sur le questionnaire n° 11 est de 150 personnes pour la salle de consommation et 80 personnes pour la terrasse ouverte.

Le nombre de personnes autorisées dans cet établissement sera défini lorsque les services compétents auront été contrôler les locaux, soit avant l'ouverture de l'établissement.

La licence qui sera délivrée pour l'exploitation de l'établissement en cause sera une licence de café-restaurant au sens de l'art. 12 de la loi du
26 mars 2002 sur les auberges et les débits de boissons (LADB).

(…)"

Par ailleurs, le permis de construire comporte une décision du Service communal de la Police du commerce du 12 mai 2009 fixant les conditions d'exploitation du restaurant projeté dans le bâtiment A du centre AcquaEcopôle. La décision est formulée dans les termes suivants:

"La terrasse comme l'ensemble des locaux pourra être exploitée chaque jour de 05h00 à 24h00, avec la possibilité d'obtenir, sur demande préalable à la Direction de la sécurité publique et des sports, une autorisation exceptionnelle permettant d'ouvrir jusqu'à 01h00 du matin du dimanche au jeudi et jusqu'à 02h00 les vendredis et samedis, moyennant le paiement d'une taxe.

Une fermeture avancée est susceptible d'être exigée. Il appartient à l'exploitant de prendre toutes les dispositions utiles, afin que le voisinage ne soit pas gêné par le bruit, plus particulièrement dès 22h00.

Aucune diffusion de musique n'est autorisée sur la terrasse selon l'art. 13 du règlement municipal sur les établissements du 10 avril 2003 entré en vigueur le 1^er mai 2003.

Si la terrasse devait occuper le domaine public, une taxe sera perçue pour l'occupation du domaine public conformément au chapitre 4, chiffre II du règlement et tarif municipal d'occupation du domaine public en matière de police du commerce du 11 mai 2006, entré en vigueur le 1^er janvier 2007."

Il s'agit de dispositions qui sont conformes à la réglementation communale sur les établissements publics du 10 avril 2003, en particulier à l'art. 4 du règlement fixant les horaires d'ouverture pour les établissements de jour. En l’absence d’une gêne prévisible qui ne serait pas compatible avec les exigences du principe de prévention, le tribunal n’a pas de raison de s’écarter de ces horaires.

Le tribunal relève en effet que le restaurant et la terrasse du musée sont situés dans la partie sud du bâtiment A, soit à l’opposé de l’habitation des recourants, et bénéficient ainsi de la protection du bâtiment, tout comme le bar et le restaurant de l’hôtel dans le bâtiment B, encore plus éloignés de l’habitation des recourants et sans aménagements de terrasses. Dans la mesure où les horaires d’exploitation autorisés par la réglementation communale seraient de nature à provoquer des nuisances et des inconvénients incompatibles avec la réglementation fédérale sur la protection contre le bruit, une modification des horaires pourrait alors être ordonnée par le Service de l’économie, du logement et du tourisme selon les indications du Service de l’environnement et de l’énergie. Au demeurant, le tribunal constate que les recourants bénéficient aussi de la protection de la paroi anti-bruit concernant les éventuels bruits de comportement que pourrait générer l’exploitation des établissements publics, et ces activités sont de toute manière en relation avec les horaires d’exploitation du métro et l’activité qui en résulte sur la plateforme et le parking d’échange.

12. a) Il apparaît ainsi que les différentes mesures d’instruction requises par les recourants ne sont pas nécessaires. Le droit d’être entendu ne peut en effet être exercé que sur les éléments qui sont déterminants pour décider de l'issue du litige. Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes, lorsque le fait dont les parties veulent rapporter l'authenticité n'est pas important pour la solution du cas, qu'il résulte déjà de constatations versées au dossier, lorsque le juge parvient à la conclusion qu'elles ne sont pas décisives pour la solution du litige ou qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion. Ce refus d’instruire ne viole le droit d’être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d’arbitraire (ATF 125 I 127 consid. 6c/cc in fine p. 135, 417 consid. 7b p. 430, 124 I 208 consid. 4a p. 211, 241 consid. 2 p. 242, 274 consid. 5b p. 285). Ces principes s'appliquent également à la tenue d’une inspection locale (ATF 120 Ib 224 consid. 2b p. 229, 112 Ia 198 consid. 2b).

b) A cet égard, l’inspection locale requise par les recourants n’apparaît pas nécessaire à la solution du litige et la section du tribunal, qui a statué dans le cadre du premier arrêt du 18 janvier 2008, a de toute manière déjà eu connaissance des lieux pendant l’inspection locale lors de l’instruction du recours AC.2007.0196. Par ailleurs, les recourants ont aussi requis dans leur mémoire complémentaire une expertise sur la question du trafic et des nuisances sonores. Mais l’essentiel du trafic résulte de l’exploitation du parking d’échange, déjà autorisé, alors que le trafic engendré par les activités associées au parking a une importance secondaire et représente environ le 2.5% du trafic actuel (740 à 760 véhicules pour un trafic journalier de 29'900 véhicules). Aussi, le tribunal a constaté que l’augmentation du trafic sur la route de Berne ne modifie pas l’appréciation juridique des effets qui en résulte pour les recourants; d’une part, l’augmentation du trafic provoquée par le centre AcquaEcopôle uniquement au droit de leur parcelle (370 véhicules) paraît insignifiante et imperceptible par rapport au trafic général, et d’autre part, elle n’a pas d’influence en ce qui concerne les effets de réflexion des nouveaux bâtiments (voir ci-dessus consid. 9c bb et cc p. 45-46). Enfin, la dernière correspondance spontanée du Service de l’environnement et de l’énergie du 16 avril 2010 n’apporte pas d’éléments nouveaux déterminants sur ces constats en se limitant pour l’essentiel à montrer la différence entre la cause AC.2009.0233 et la présente affaire, ce qui n’a pas influence sur l’issue du litige; elle n'apporte en outre pas de données chiffrées en ce qui concerne l’application de l’art. 9 OPB, contrairement aux considérants de l’arrêt (consid. 9 p. 43 à 46). Les remarques du même service sur les installations techniques du projet n'influencent et ne modifient pas non plus les considérants du tribunal sur ce point, qui ont trait au caractère contraignant que la décision municipale sur le permis de construire donne aux conditions posées dans le préavis du service figurant dans la synthèse des autorisations (consid. 10b p. 47-48 ci-dessus).

En définitive, le projet AcquaEcopôle n'apporte qu'une incidence mineure sur le trafic au droit du bâtiment des recourants tout en permettant de vitaliser ce secteur de la ville actuellement déserté et affecté par les transports individuels; il permet une forme de mise en valeur de l'ensemble du quartier dont les recourants bénéficieront aussi.

c) Il résulte ainsi des considérants qui précèdent que le recours doit être très partiellement admis dans la mesure où il est recevable. La décision municipale délivrant le permis de construire pour le bâtiment A est réformée en ce sens que les autorisations spéciales suivantes sont encore réservées :

a) Autorisation spéciale du Service de la consommation et des affaires vétérinaires – Vétérinaire cantonal (SCAV/SVET), avec préavis du Service des forêts, de la faune et de la nature, Centre de conservation de la faune et de la nature (SFFN/CCFN), pour la détention d’animaux sauvages (art. 7 LPA, 94 à 96 OPan, 6 RPA et 6 RLFaune) ;

b) Autorisation spéciale de l’Office fédéral de l’environnement (OFEV), avec préavis du Service des forêts, de la faune et de la nature, Centre de conservation de la faune et de la nature (SFFN/CCFN), pour l’importation de poissons d’espèces étrangères (art. 9 OLFP) ;

c) Autorisation spéciale du Département de la santé et de l’action sociale (DSAS) selon le règlement sur les laboratoires d’analyses vétérinaires et sur les cliniques vétérinaires du 29 avril 1987 (art. 2 et 3 RLabV).

La décision étant maintenue pour le surplus. Par ailleurs, la décision municipale délivrant le permis de construire pour le bâtiment B est réformée en ce sens que les autorisations spéciales suivantes sont encore réservées :

d) Autorisation spéciale du Département de la santé et de l’action sociale (DSAS) pour l’aménagement éventuel d’une pharmacie dans l’un des commerces du rez-de-chaussée (art. 116 LSP et 28 REPS);

e) Autorisation spéciale du Service de l’environnement et de l’énergie (SEVEN) prévue par l’ordonnance sur la réduction des risques liés aux produits chimiques (ORRChim).

La décision étant maintenue pour le surplus. Dès lors que l’essentiel des griefs des recourants sont rejetés, il convient de mettre à leur charge un émolument de justice arrêté à 2'500 fr. La Commune de Lausanne, qui a consulté un avocat et qui obtient pour l’essentiel gain de cause, a droit aux dépens qu’elle a requis, arrêtés à 1'500 fr. Enfin, les sociétés constructrices n’ont pas requis l’allocation de dépens.

Par ces motifs
la Ière Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:

I. Le recours est très partiellement admis dans la mesure où il est recevable.

II. La décision de la Municipalité de Lausanne des 9 et 16 septembre 2009 délivrant le permis de construire le bâtiment A (P-132-37-4-2009) est réformée en ce sens que les autorisations spéciales suivantes sont encore réservées :

a. Autorisation du Service de la consommation et des affaires vétérinaires – Vétérinaire cantonal (SCAV/SVET), avec préavis du Service des forêts, de la faune et de la nature, Centre de conservation de la faune et de la nature (SFFN/CCFN), pour la détention d’animaux sauvages (art. 7 LPA, 94 OPan, 6 RPA et 6 RLFaune);

b. Autorisation de l’Office fédéral de l’environnement (OFEV), avec préavis du Service des forêts, de la faune et de la nature, Centre de conservation de la faune et de la nature (SFFN/CCFN), pour l’importation de poissons d’espèces étrangères (art. 9 OLFP);

c. Autorisation du Département de la santé et de l’action sociale (DSAS) prévue par le règlement sur les laboratoires d’analyses vétérinaires et sur les cliniques vétérinaires du 29 avril 1987 (art. 2 et 3 RLabV).

Elle est maintenue pour le surplus avec les autres autorisations et préavis figurant dans la synthèse de la Centrale des autorisations du 31 août 2009 (synthèse CAMAC n° 96546), y compris l’autorisation spéciale du Service de l’économie, du logement et du tourisme – Police cantonale du commerce (SELT/PCC).

III. La décision de la Municipalité de Lausanne des 9 et 16 septembre 2009 délivrant le permis de construire le bâtiment B (P-132-37-3-2009) est réformée en ce sens que les autorisations spéciales suivantes sont encore réservées :

a. Autorisation spéciale du Département de la santé et de l’action sociale (DSAS) pour l’aménagement éventuel d’une pharmacie dans l’un des commerces du rez-de-chaussée (art. 116 LSP et 28 REPS) ;

b. Autorisation spéciale du Service de l’environnement et de l’énergie (SEVEN) prévue par l’ordonnance sur la réduction des risques liés aux produits chimiques (ORRChim).

Elle est maintenue pour le surplus avec les autres autorisations et préavis figurant dans la synthèse de la Centrale des autorisations du 31 août 2009 (synthèse CAMAC n°96547), y compris l’autorisation spéciale du Service de l’économie, du logement et du tourisme – Police cantonale du commerce (SELT/PCC).

IV. Un émolument de justice de 2'500 (deux mille cinq cents) francs est mis à la charge des recourants solidairement entre eux, lesquels sont en outre débiteurs de la Commune de Lausanne d’une indemnité de 1'500 (mille cinq cents) francs à titre de dépens.

Lausanne, le 23 avril 2010

Le président:

Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint, ainsi qu’à l’Office fédéral de l’environnement.

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.