TRIBUNAL CANTONAL

COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC

Arrêt du 27 octobre 2016

Composition

M. André Jomini, président; M. François Kart, juge, et Mme Renée-Laure Hitz, assesseur; Mme Cécile Favre, greffière.

Recourante

A.________ à ******** représentée par Me Benoît BOVAY, avocat à Lausanne,

Autorités intimées		1.		Département du territoire et de l’environnement (DTE), représenté par le Service du développement territorial, à Lausanne,
	2.		Conseil communal d'Yverdon-les-Bains, représenté par Me Yves NICOLE, avocat à Yverdon-Les-Bains,

Objet	plan d'affectation
	Recours A.________ c/ décisions du Département du territoire et de l’environnement du 20 février 2014 et du Conseil communal d'Yverdon-les-Bains du 5 septembre 2013 (plan partiel d'affectation "PST - Parc scientifique et technologique")

Vu les faits suivants :

A. Le Conseil d'Etat du canton de Vaud a approuvé et mis en vigueur le 19 septembre 1995 le plan partiel d'affectation "Parc scientifique et technologique Y-Parc" sur le territoire de la commune d'Yverdon-les-Bains. Ce plan avait été établi et adopté en 1994 par les autorités de cette commune. Son périmètre couvre une surface d'environ 50 ha, à l'entrée Sud de la ville.

En 2007, les autorités de la commune et du canton (Groupe opérationnel des pôles de développement, GOP) ont estimé nécessaire de revoir le projet d'urbanisme dans ce secteur "dans le but de répondre au mieux aux enjeux stratégiques de développement du PST [Parc scientifique et technologique]" (document cadre du 3 décembre 2007, cité dans le rapport sur le processus d'aménagement selon l'art. 47 OAT [rapport 47 OAT], p. 5 – cf. infra). Parmi les objectifs spécifiques définis à ce stade figuraient les points suivants (ibid.):

"– renforcer l'image, l'identité et le rayonnement du PST (image technologique de pointe, identité de l'excellence high-tech, rayonnement national et international);

– proposer un concept paysager fort pour les espaces publics et privés (voiries, parkings, espaces de rencontres, entrées, eaux, jardins, limites de parcelle, espaces de transitions) et susceptible d'être intégré au futur programme d'équipement (pré-paysagement);

– renforcer la liaison transports collectifs et mobilité douce entre le PST et le centre ville (gare CFF);

– localiser et aménager des interfaces de transports (arrêts TP, parking d'échange, etc.);

– proposer un concept de circulation et de stationnement à l'échelle du PST;

– élaborer une stratégie de développement par étapes."

B. Un projet de nouveau plan partiel d'affectation (PPA), intitulé "PST – Parc scientifique et technologique" a alors été élaboré. Son périmètre général correspond à celui du plan de 1995. Selon le rapport 47 OAT (version pour enquête publique, juin 2012), un des principes à la base de la nouvelle conception d'aménagement est "l'augmentation de la capacité d'accueil du site par une simplification et une élévation significative de la mesure d'utilisation du sol" (p. 16). Le PPA de 1995 autorisait un coefficient d'utilisation du sol (CUS) compris entre 0.5 et 1, tandis que le projet de nouveau PPA augmente cette densité à 1.5, ce qui permet la construction au total de 480'000 m² de surface brute de plancher (+ 320'000 m²). Théoriquement, si l'ensemble du périmètre était construit, les entreprises installées dans le PST pourraient compter plus de 9'600 places de travail (cf. rapport 47 OAT, p. 29; rapport d'impact sur l'environnement, p. 4). En 2010, 1'400 personnes étaient employées par les entreprises du PST (cf. site internet de l'Etat de Vaud, http://www.vd.ch/themes/economie/developpement-economique/economie-regionale/poles-de-developpement/y-parc-pst/).

Dans sa description du projet, le rapport 47 OAT mentionne l'"approche multimodale du stationnement". Il relève à ce propos que le site du PST, attenant à la sortie autoroutière d'Yverdon-Sud, est particulièrement facile d'accès en transport individuel motorisé (TIM) mais qu'en raison de la nature des activités économiques devant s'y déployer, les emplois sont facilement compatibles avec une accessibilité en transports publics. Les principes de planification suivants sont donc retenus (p. 17-18):

"Un espace central stratégique est réservé pour une interface de transport devant accueillir un garage centralisé pour les véhicules privés ainsi que les arrêts de bus de l'axe fort TP [transports publics] reliant le PST à la gare et au centre ville. Cet espace est au croisement des axes majeurs de voirie et de mobilité douce qui desservent tout le site: l'avenue des Sciences et l'avenue des Trois-Lacs. Il est à valoriser sous forme de place publique animée par des activités et services qui prendront place dans les bâtiments attenants. La multimodalité prend ainsi une valeur d'image forte au centre du site.

Un réseau de mobilité douce attractif et généreux est prévu sur tout le site, sous forme de promenades ombragées le long de plans d'eau ou de noues paysagères ainsi que sur un ancien chemin agricole qui se prolonge au sud dans la plaine. Ce réseau sera bien connecté aux quartiers voisins et au maillage urbain par les mesures prévues dans le projet d'agglomération.

Une part significative du stationnement sera délocalisée des parcelles privées et regroupée dans quelques parkings collectifs. Ce procédé ne sera pas sans effet sur la pratique individuelle en terme de mobilité et devrait renforcer l'attrait des TP et MD [mobilité douce] auprès des employés du PST."

Le projet de nouveau PPA délimite des aires de construction (aires d'activités et de services) ainsi que des aires d'aménagement (aires de circulation, place publique, bassin/canal, etc.). Dans chaque aire de construction, il fixe une surface de plancher déterminante (SPd) maximale. La plus grande partie du périmètre général a l'affectation d'aire d'activités. Le projet de règlement du PPA (RPPA) définit l'affectation de cette zone, qui est destinée à l'implantation d'entreprises relevant de la recherche, du développement de la production – à l'exclusion des activités commerciales et artisanales – et aux centres de formation complémentaires à ces activités (art. 7.1 al. 1 RPPA). Ce règlement comporte par ailleurs notamment les dispositions suivantes:

"Art. 1.3 Capacité constructive

1. La SPd maximale par aire d'activités ou de services est indiquée sur le plan.

2. En cas de fractionnement, la SPd est répartie proportionnellement aux surfaces des nouvelles parcelles.

Art. 2.2 Stationnement

1. Les besoins en stationnement voitures et deux-roues légers sont calculés au moyen de la dernière version de la norme VSS applicable.

2. Le besoin en stationnement voitures se base au plus sur la SPd indiquée sur le plan.

3. Les équipement collectifs liés aux deux-roues mentionnés à l'art. 32 RLATC sont dimensionnés au moyen de la dernière version de la norme VSS applicable.

Art. 6.5 Stationnement voitures

1. Dans le périmètre du PPA, au plus 4000 cases de stationnement peuvent être autorisées, P+R non compris.

2. Au maximum 50 % des cases autorisées peut être implanté sur la parcelle. Le solde ne peut être localisé que dans un parking collectif centralisé.

3. Ces règles s'appliquent aussi aux agrandissements de constructions existantes.

4. La totalité de la SPd existante et projetée, ainsi que la totalité des cases existantes, sont déterminantes pour le calcul.

Art. 6.6 Parkings collectifs centralisés

1. Les parkings collectifs centralisés sont des silos à voitures destinés à l'ensemble du périmètre du PPA.

2. Les places y sont remises à titre onéreux et sont garanties par un droit réel restreint dont l'inscription au Registre foncier est une condition du permis de construire."

C. Le projet de PPA a été mis à l'enquête publique du 11 août au 9 septembre 2012. Le dossier comprenait aussi un rapport d'impact sur l'environnement (RIE), étant donné que le PPA prévoit plus de 500 places de stationnement dans son périmètre (p. 1 du RIE).

La société A.________ a formé opposition, en critiquant différentes mesures dans la nouvelle réglementation du PPA – en particulier le régime des places de stationnement. Cette société est propriétaire des parcelles n° 5231 (6'372 m²) et n° 5304 (10'654 m²), dans le périmètre du PST. Il se trouve un bâtiment industriel sur la première parcelle; la seconde, qui est adjacente, n'est pas bâtie. La société exploite une entreprise de production industrielle comptant 80 collaborateurs (effectif 2014).

Ces deux parcelles forment ensemble une aire d'activités (compartiment de terrain séparé des autres aires d'activités par une "aire de noue" et des routes). Le plan indique, pour cette aire d'activités, une surface de plancher déterminante maximale de 22'000 m².

D. Dans un préavis (rapport au Conseil communal) du 29 avril 2013, la Municipalité d'Yverdon-les-Bains (ci-après: la municipalité) a proposé le rejet de l'opposition, en répondant aux arguments développés, ainsi que l'adoption du PPA, avec la décision finale concernant l'étude d'impact sur l'environnement (EIE).

Le préavis municipal explique les motifs pour lesquels il a été décidé de modifier le PPA de 1995, afin de faire du PST d'Yverdon-les-Bains "potentiellement l'un des plus grands de Suisse"; à 100 % de sa capacité, il permettrait la construction de 560'000 m² de surfaces de plancher, ce qui correspond à un quartier de près de 10'000 employés (1'150 actuellement, d'après les données de la municipalité - p. 3). Ces motifs sont les suivants (p. 4 du préavis):

"Les études conduites de 2008 à 2010 ont identifié les principales faiblesses du PST.

1. Déficit d'image

Les espaces publics sont les éléments clé de l'identité. Des aménagements complémentaires privés sont également possibles, mais ils ne suffisent pas. Les espaces publics doivent donc avoir une valeur d'usage et une valeur paysagère fortes.

Pour assurer leur cohérence à long terme, ils gagnent à être en mains publiques et réalisés dans le cadre des équipements de base. Il est en effet difficile de garantir la pérennité des aménagements à l'intérieur des lots privés et encore plus difficile de maîtriser la qualité architecturale pour les bâtiments. Le paysage sur l'emprise publique est en revanche une structure que l'on mène à maturité et qui reste pérenne.

En 2008, le PST manquait d'espaces conviviaux: omniprésence des routes et parkings, pas de structure paysagère forte, pas de prise en compte des mobilités douces ni d'espace public central ou identitaire, pas d'interface de mobilité.

Pour y remédier, la Municipalité a développé le projet d'équipement simultanément au projet de PPA

2. Utilisation non mesurée du sol

Le plan actuel induit un "gaspillage" du sol, en raison d'une part, de densités bâties trop faibles et d'autre part, des importantes surfaces utilisées pour le stationnement. Avec le PPA actuel, le PST se couvre de bâtiments bas et de parkings, si bien qu'à terme il faudra étendre encore la zone à bâtir au détriment de la zone agricole.

Le nouveau PPA augmente la densité.

3. Incohérence de la gestion du stationnement par entreprise

La gestion des cases par entreprise conduit à une mauvaise répartition de l'offre, alors que l'offre globale suffirait amplement à couvrir la demande de l'ensemble des usagers du PST.

En effet, 1'000 cases sont actuellement disponibles au PST. Les relevés d'occupation réalisés en 2008 montrent que, globalement, l'occupation des places de stationnement ne dépasse jamais 50 % de l'offre totale, même à 10 heures, période de pointe.

Le nouveau PPA mutualise une partie du stationnement.

4. Complexité de la réglementation

Le plan actuel prévoit 10 secteurs avec chacun un régime distinct: modes de calculs différents (indice d'utilisation du sol ou indice de masse ou indice d'occupation du sol), hauteurs maximales variables, nombre de niveaux maximums variables, indice de verdure de 15%, etc.

Le nouveau PPA prévoit une densité unique sur tout le site.

5. Obsolescence du plan

Le plan actuel, qui date de 1998, ne correspond plus aux besoins:

- les axes sont dédoublés […] et les dessertes en impasses, peu compatibles avec un quartier urbain;

- les équipements sont surdimensionnés, comme le bassin de rétention et le parc central;

- le découpage des secteurs ne permet pas un fractionnement rationnel des futures parcelles et risque de multiplier les dessertes supplémentaires;

- le projet est introverti, sans liaison avec les autres quartiers;

- il ne prévoit aucune "centralité" qui animerait le quartier et désignerait un lieu d'échange entre modes de déplacement.

Le nouveau PPA simplifie et rationalise le plan d'urbanisme."

A propos de la réglementation de l'art. 6.5 al. 1 RPPA, le préavis municipal retient notamment ce qui suit (p. 8):

"Il ressort de l'étude d'impact (EIE) que la génération de trafic supportable par le réseau est de 14'000 véhicules/jour et cela même après son adaptation par la mise à double sens du ch. Pré-aux-Oies et par la transformation des carrefours.

Ce chiffre correspond au trafic généré par 4'000 cases de stationnement, lequel représente le besoin du nouveau PPA calculé selon la norme actuelle (VSS SN 640 281 de 2006).

[…]

Le besoin du PST construit à 100% est de 4'390 cases, soit 3'603 pour les employés et 787 cases pour les clients. La construction du PST à 100 % est toutefois irréaliste, c'est pourquoi le besoin réel est plutôt de l'ordre de 4'000 cases, ce qui correspond à environ 80% des possibilités de construire.

Ce chiffre ne comprend pas le futur P+R (150 cases dans un premier temps), qui viendra donc s'ajouter à l'offre en stationnement du PST.

Ces calculs sont validés par les autorités cantonales tous services confondus, ainsi que par l'Office fédéral des routes (OFROU). Ce dernier s'est tout d'abord opposé au nouveau PPA, craignant d'aggraver la surcharge de la jonction sud de l'autoroute. Il a ensuite exigé de la Municipalité une garantie formelle de maîtriser l'augmentation du trafic induite par le PPA, sous peine de maintenir son opposition au stade de l'enquête.

C'est pourquoi le Canton a imposé un maxima de 4'000 cases de stationnement dans le règlement […]."

A propos des parkings collectifs, le préavis municipal expose ce qui suit (p. 9):

"50% des cases de stationnement – soit environ 2'000 cases – prendra place dans des parkings collectifs. Ce regroupement permet de valoriser pleinement les droits à bâtir augmentés du nouveau PPA. A défaut, il faudrait:

Soit réaliser des parkings en surface au lieu de nouveaux bâtiments;

Soit réaliser des parkings souterrains et augmenter les coûts de construction.

En résumé, le regroupement:

- libère les parcelles privées de la moitié des cases nécessaires;

- mutualise les coûts de construction d'un parking en bâtiment;

- garantit une gestion qualitative par des aménagements groupés inscrits dans le concept des espaces publics, plutôt que répartis autour des constructions de manière aléatoire;

- permet de gérer la période intermédiaire entre les besoins actuels et les besoins futurs, en fonction du développement du PST et de l'amélioration de l'offre en transports publics;

- permet d'attribuer au fur et à mesure à d'autres entreprises les places devenues excédentaires;

- garantit une gestion plus efficace des cases (plusieurs utilisateurs répartis dans le temps).

Les parkings centralisés sont prévus sur les 2 aires de services, qui regrouperont autour d'une place publique et polyvalente: P+R, silos à voitures, arrêt de bus, taxis, vélos en libre service et commerces de proximité.

Il s'agira d'une véritable interface de transports digne d'un parc technologique. A terme, les parkings seront également reliés à la future halte RER prévue au nord-est du PST.

Conformément aux art. 118 et 119 du règlement du plan général d'affectation (RPGA), les propriétaires participeront aux coûts de réalisation, lesquels sont très largement couverts par l'augmentation de la valeur des biens-fonds."

Les art. 118 et 119 RPGA, qui font partie du chapitre "stationnement" de ce règlement entré en vigueur en 2003, ont la teneur suivante (étant précisé que l'art. 11.2 al. 1 RPPA dispose que "le plan général d'affectation [PGA] s'applique à titre supplétif"):

"Article 118 - Obligation de participer à une installation commune

La Municipalité peut imposer à un propriétaire de participer à une installation commune privée, pour un montant équivalent à la couverture financière de l’installation qu’il doit réaliser :
- dans le cas où il est impossible d’aménager tout ou partie des places de stationnement sur le fonds concerné;
- dans le cas où la réalisation de places de stationnement sur fonds concerné entraîne des dépenses disproportionnées;
- dans le cas où l’aménagement de places de stationnement entre en contradiction avec des prescriptions de droit public, notamment celles qui concernent l’aménagement du territoire.

Article 119 - Contribution de remplacement

1 La Municipalité peut dispenser un propriétaire de son obligation d’aménager tout ou partie des places de stationnement requises lorsqu’il ne peut:
- ni les réaliser sur son propre fonds;
- ni participer à une installation commune.

2 Dans ce cas le propriétaire versera une contribution compensatoire de Fr. 5000 .- par place manquante. Le montant de cette taxe peut être révisé tous les 5 ans.

3 Cette contribution est exigible lors de la délivrance du permis de construire. Si le permis n’est pas utilisé, le montant versé ne sera restitué que lorsque le dit permis sera périmé ou sur renonciation écrite du bénéficiaire.

4 La contribution sera affectée à la construction par la Commune de places de stationnement accessibles au public et ne crée aucune prétention à leur utilisation.

5 Cette contribution sera versée au «fonds pour l’aménagement de places de parc pour véhicules» dont la comptabilité est tenue spécialement."

E. A sa séance du 5 septembre 2013, le Conseil communal d'Yverdon-les-Bains (ci-après: le conseil communal) a adopté le PPA "PST – Parc scientifique et technologique", les réponses aux oppositions et la décision finale concernant l'EIE.

F. Le 20 février 2014, le Département du territoire et de l'environnement (DTE) a approuvé préalablement le nouveau PPA "PST – Parc scientifique et technologique".

G. Le 31 mars 2014, A.________ a déposé un recours de droit administratif dirigé contre les décisions du conseil communal et du Département du territoire et de l'environnement. Dans ses conclusions, la recourante demande principalement l'annulation de ces deux décisions et le renvoi du PPA aux autorités communales pour modifications dans le sens des considérants. A titre subsidiaire, elle conclut à la réforme de la décision du conseil communal en ce sens que son opposition est acceptée, les autorités communales étant invitées à modifier le PPA et son règlement au sujet des capacités de stationnement sur les parcelles privées et sur les autres points évoqués dans ses interventions et dans son recours.

Dans sa réponse du 17 juin 2014, le conseil communal conclut au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable.

Le Service du développement territorial, pour le DTE, a déposé des déterminations le 16 juin 2014, en se prononçant dans le sens du rejet du recours.

La recourante a répliqué le 13 octobre 2014, en produisant un rapport du bureau d'ingénieurs-conseils B.________, d'octobre 2014, intitulé "Plan partiel d'affectation PST – Parc scientifique et technologique, Examen des données de base du RIE et des articles du règlement relatifs au stationnement".

Le conseil communal et le SDT se sont déterminés à ce propos les 5 et 6 janvier 2015. Le conseil communal a produit une prise de position du 24 décembre 2014 du bureau d'ingénieurs C.________, auteur du volet "circulation" du RIE. La recourante a, le 11 mars 2015, déposé des observations à ce propos.

H. La recourante ayant demandé des débats publics, les parties ont été convoquées à une audience fixée au 30 avril 2015. Cette audience a été renvoyée, la recourante ayant annoncé que des pourparlers transactionnels avaient été engagés avec la commune. La cause a été suspendue par le juge instructeur. Le 21 avril 2016, le conseil communal a informé le tribunal que les pourparlers n'avaient pas abouti. Le 2 mai 2016, la procédure a été reprise.

Les parties ont comparu à l'audience du 1^er juillet 2016. La recourante a modifié ou précisé ses conclusions dans ce sens qu'elle demande une réforme du règlement du PPA par la suppression de l'art. 2.2 al. 2 RPPA; l'annulation de l'art. 1.3 RPPA pour l'aire d'activités; la réforme de l'art. 6.5 al. 1 RPPA en ce sens que le nombre maximal de casses de stationnement est de 5'150 places; la suppression de l'art. 6.5 al. 2 RPPA; l'annulation de l'art. 6.6 RPPA.

A l'audience, la commune et le département cantonal ont conclu au rejet de ces conclusions.

I. Par décision du 17 juillet 2014, le juge instructeur a levé l'effet suspensif du recours, à la requête du conseil communal.

Considérant en droit :

1. Le recours est dirigé contre les décisions d'adoption, par le conseil communal, et d'approbation préalable, par le département cantonal, du PPA "PST – Parc scientifique et technologique". Ces deux décisions, qui ont été notifiées simultanément à la recourante en sa qualité d'opposante, peuvent faire l'une et l'autre l'objet d'un recours de droit administratif au Tribunal cantonal (cf. art. 60 al. 1 et 61 al. 2 de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions [LATC; RSV 700.11]). La recourante, propriétaire d'immeubles compris dans le périmètre du plan spécial litigieux, a manifestement qualité pour recourir (art. 75 let. a de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD; RSV 173.36], par renvoi de l'art. 99 LPA-VD). Elle a agi en temps utile (art. 95 LPA-VD) et en respectant les exigences légales de motivation (art. 79 LPA-VD), les conclusions du recours (cf. art. 79 al. 1 LPA-VD) étant celles que la recourante a précisées à l'audience. Il y a donc lieu d'entrer en matière.

2. Vu les conclusions du recours, le Tribunal cantonal n'a pas à examiner si le maintien en zone à bâtir du périmètre de l'ancien plan d'affectation spécial de 1995 (PPA "Parc scientifique et technologique Y-Parc"), avec une augmentation significative de la densité d'utilisation du sol, est conforme aux normes actuelles de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire (LAT, RS 700) concernant le dimensionnement de la zone à bâtir (cf. art. 15 LAT). La décision du DTE relative à l'approbation du nouveau PPA "PST – Parc scientifique et technologique" est intervenue avant l'entrée en vigueur, le 1^er mai 2014, des nouveaux art. 15 ss LAT, et la recourante ne demande pas l'annulation pure et simple de la planification litigieuse, ni la réduction du périmètre ou des possibilités de construire. Dans ces circonstances, l'application des dispositions transitoires de la révision de la LAT du 15 juin 2012 n'entre pas en considération (cf. à ce propos arrêt TF 1C_630/2015 du 15 septembre 2016, consid. 6.3).

3. La recourante demande l'annulation de plusieurs dispositions du RPPA tout en exposant, dans la motivation de son recours, qu'elle vise "la problématique du stationnement", qui est le "noyau dur des interventions" qu'elle a faites dans cette procédure de planification. Selon elle, il est indispensable pour son entreprise d'être bien dotée en places de stationnement pour accueillir ses employés selon leurs horaires spécifiques. En substance, elle fait valoir que le nombre de places de stationnement à réaliser dépend de la surface de plancher déterminante (SPd) et que le PPA consacre une "approche restrictive de la question du stationnement", le ratio place de parc/place de travail étant insuffisant. Elle critique par ailleurs le système des parkings collectifs centralisés.

Pour traiter ces griefs, il convient d'examiner en premier lieu si le PPA est conforme au droit supérieur et aux principes de l'aménagement du territoire en tant qu'il fixe une règle générale sur le nombre de places de stationnement à réaliser en cas de construction ou de transformation d'un bâtiment (consid. 4). Les critiques de la recourante contre le plafond de 4'000 places de stationnement dans le périmètre du PPA seront ensuite examinées (consid. 5), puis ses critiques contre le système des parkings collectifs centralisés (consid. 6).

4. La recourante soutient que la réglementation du PPA ne lui permettrait pas, en cas de construction d'un nouveau bâtiment industriel, ou en cas de transformation de son bâtiment existant, de créer suffisamment de places de stationnement pour ses employés.

a) Aux termes de l'art. 2.2 RPPA, le besoin en stationnement voitures, calculé au moyen de la dernière version de la norme VSS applicable, se base au plus sur la SPd indiquée sur le plan. En se référant à la norme VSS SN 640 281 "Stationnement – Offre en cases de stationnement pour les voitures de tourisme" (version de 2006, d'après le RIE, volet circulation, p. 5), les auteurs du plan ont fait un calcul global, pour l'ensemble du périmètre du PPA (terrains bâtis et non bâtis), en additionnant les surfaces de plancher déterminantes (SPd – notion définie par des normes SIA auxquelles renvoie l'art. 2.1 RPPA) de toutes les aires d'activités. Ce nombre global, de 4'000 places de stationnement, P+R (park and rail) non compris, est en vertu de l'art. 6.5 al. 1 RPPA, un nombre maximum.

Selon l'art. 47 al. 2 ch. 6 LATC, les règlements des plans d'affectation communaux peuvent contenir des dispositions relatives à la création de garages et de places de stationnement et à la perception de contributions compensatoires, destinées à couvrir les frais d'aménagement de places de stationnement, à défaut de terrain privé disponible. L'art. 40a al. 1 du règlement d'application de la LATC du 19 septembre 1986 (RLATC; RSV 700.11.1) prévoit que la réglementation communale fixe le nombre de places de stationnement dans le respect des normes VSS et en fonction de l'importance et de la destination de la construction. Les normes du RPPA, en tant qu'elles définissent les besoins en stationnement, ou le nombre de places de stationnement (art. 2.2 et art. 6.5 al. 1 RPPA), entrent en principe dans le cadre défini par les deux dispositions précitées du droit cantonal.

b) En vertu de la réglementation du PPA, il appartiendra à la municipalité, lors de l'examen des demandes de permis de construire pour un nouveau bâtiment ou l'agrandissement d'un bâtiment existant, de déterminer concrètement, dans chaque cas, quel est le nombre de places de stationnement admissible. Le calcul s'effectuera "selon la dernière version de la norme VSS applicable" (art. 2.2 al. 1 RPPA): il est donc prévu un renvoi dynamique aux normes adoptées par l'Association suisse des professionnels de la route et des transports VSS, ce qui n'est en soi pas contesté par la recourante. Dans ce domaine, le renvoi dynamique aux normes VSS est en principe admissible lorsqu'il est clairement prévu par la réglementation communale (cf. arrêt TF 1C_259/2012 du 12 avril 2013, consid. 2.3, et la référence à l'ATF 136 I 316 consid. 2.4.1).

La norme VSS SN 640 281 "Stationnement – Offre en cases de stationnement pour les voitures de tourisme" de 2006 a été remplacée, à partir du 1^er décembre 2013, par la norme SN 640 281 édition 2013-12 (elle porte le même titre). Dans les deux versions successives, la règle suivante est posée, au ch. 10.1, pour les affectations autres que le logement:

"L'offre en cases de stationnement à mettre à disposition dépend du genre d'affectation, de ses valeurs caractéristiques et du type de localisation (accessibilité en trafic lent et en transports publics).

La fourchette entre le nombre minimal et le nombre maximal de cases de stationnement nécessaires est estimée à partir des valeurs indicatives du tableau 1 pour l'offre en cases de stationnement en tenant compte du type de localisation selon le tableau 2 et des pourcentages correspondant au tableau 3."

Dans les normes 2006 et 2013, les "valeurs spécifiques indicatives pour l'offre en cases de stationnement" (tableau 1) sont identiques en ce qui concerne les bâtiments autorisés dans le périmètre du PPA litigieux. Ainsi, pour les bâtiments affectés à l'industrie ou à l'artisanat, il est prévu, par 100 m² de surface brute de plancher (SBP – notion équivalente à celle de surface de plancher déterminante [SPd]), 1 case pour le personnel et 0.2 case pour les visiteurs et clients. Pour les entreprises de prestations de service ne visant pas une nombreuse clientèle (laboratoires, administration d'industries, bureaux d'ingénieurs, etc.), il est prévu, pour la même surface de référence, 2 cases pour le personnel et 0,5 case pour les visiteurs et clients.

Dans les deux versions successives de la norme VSS, il est prévu une distinction entre cinq types de localisation (A, B, C, D et E). Le type de localisation dépend de la "part de la mobilité douce dans l'ensemble de la génération du trafic de personne" et de la "fréquence des transports publics pondérée selon la desserte des habitants pendant la période d'exploitation déterminante" (tableau 2, "distinction des types de localisation"). Pour chaque type de localisation, il est prévu dans le tableau 3 ("offre en cases de stationnement en % des valeurs indicatives selon le tableau 1") une fourchette, à savoir des pourcentages minimum et maximum. Les tableaux 2 et 3 sont identiques, dans les versions 2006 et 2013 de la norme.

Ainsi, par exemple, pour un projet de bâtiment industriel de 1'000 m² de SBP, les valeurs indicatives du tableau 1 prévoient 10 places de parc pour le personnel et 2 pour les visiteurs et clients, soit 12 cases au total. Si, à cet emplacement, 25 à 50 % des personnes se déplacent à pied ou à vélo (part de la mobilité douce) et si la desserte par les transports publics est fréquente (4 fois par heure ou plus), on retiendra le type de localisation B, selon le tableau 2. Puis, conformément au tableau 3, on retiendra que l'offre en cases de stationnement pour le nouveau bâtiment doit être comprise entre 40 et 60 % de la valeur indicative déterminée selon le tableau 1. Dans un tel cas, la norme VSS préconise donc la création de 5 à 7 cases.

c) Dans le cas de la recourante, le besoin en cases de stationnement pour un nouveau projet de bâtiment serait déterminé par la municipalité, dans le cadre de la procédure de permis de construire, en fonction des critères précités, pour autant que la norme VSS n'évolue pas dans l'intervalle (vu le renvoi dynamique à cette norme, à l'art. 2.2 al. 1 RPPA). Les autorités communales ont toutefois donné à la recourante l'assurance suivante, pour tenir compte du fait qu'un bâtiment industriel avec des places de stationnement a déjà été construit sur la parcelle n° 5231 (cf. p. 13 de la réponse au recours): "Même si le PPA fixe une surface de plancher déterminante par aire (en l'occurrence 22'000 m² pour l'aire constituée par les deux parcelles propriétés de la recourante), le nombre de places de stationnement est déterminé individuellement pour chaque parcelle, au pro rata de la surface de chacune des parcelles (et donc de la surface de plancher déterminante)".

Ainsi, dans l'hypothèse où la recourante déciderait de construire de nouvelles installations sur la parcelle n° 5304 (dans son rapport d'octobre 2014, le bureau B.________, renseigné par la recourante, a mentionné son intention de créer 50 nouveaux emplois entre 2014 et 2017, puis 100 autres entre 2017 et 2024, pour atteindre un effectif global de 230, ces projets d'agrandissement ayant toutefois été différés d'après les indications données à l'audience), le nombre de cases de stationnement pour automobiles dépendrait de la surface de plancher projetée, de la nature des activités prévues (du secteur secondaire ou tertiaire), et de l'application des autres critères de la norme VSS. Le règlement du PPA n'impose pas un "type de localisation" du tableau 2. Toutefois, selon le rapport d'impact, le type de localisation pour le secteur est B (p. 5 du "volet circulation" et p. 6 de la note complémentaire de C.________). Les explications suivantes sont données à ce propos par l'auteur du RIE: "Actuellement, le PPA est desservi par 3 bus par heure. Selon le projet AggloY, le secteur sera desservi par l'axe fort de transports publics "Grandson/Y-Parc" ainsi que par une ligne TP principale "CESSNOV/Y-Parc". Au niveau des modes doux, la topographie de la commune d'Yverdon-les-Bains est propice à leur utilisation". Il ressort du dossier – à savoir de la réponse du conseil communal et du rapport B.________ d'octobre 2014 – que dans la situation actuelle, pour la ligne de bus entre la gare CFF et le parc technologique, la fréquence est d'un bus toutes les 15 minutes aux heures diurnes, donc qu'elle a augmenté par rapport à ce qui était indiqué dans le RIE. Il convient de relever que sur la carte établie par l'Office fédéral du développement territorial (ARE) qui indique le niveau de qualité de la desserte par les transports publics, les terrains de la recourante sont classés dans un périmètre doté d'une "bonne desserte" (cf. http://map.are.admin.ch).

Le bureau d'ingénieurs mandaté par la recourante met cependant en doute, toujours à propos du "type de localisation", que l'on puisse considérer que la part de la mobilité douce dans l'ensemble de la génération du trafic de personnes soit comprise entre 25% et 50%; avec un ratio inférieur à 25%, le type de localisation du parc scientifique et technologique serait "C", ce qui aurait pour conséquence que le nombre de cases de stationnement correspondrait non pas à une fourchette de 40 à 60% de la valeur indicative du tableau 1 de la norme, mais à une fourchette de 50 à 80%; en d'autres termes, en cas de construction d'un nouveau bâtiment, la recourante devrait pouvoir être autorisée à créer un peu plus de places de stationnement que ce qui serait permis en fonction des critères retenus dans le RIE. Le bureau B.________ se réfère, pour estimer la part de la mobilité douce, à une étude de novembre 2012 réalisée par des instituts de l'EPFL et de l'Université de Genève (titre de cette étude: "Typologie et évolution des logiques de choix modal chez les actifs motorisés urbains/Etude comparée des agglomérations de Genève, Lausanne, Berne et Yverdon-les-Bains", http://www.unige.ch/ses/geo/oum/Choix%20modal%20-%20Rapport%20final.pdf). Il est vrai que d'après cette étude, qui portait sur les pratiques modales (choix du mode de déplacement) des actifs disposant d'une voiture, sur la base des réponses d'un échantillon de 300 personnes de l'agglomération d'Yverdon-les-Bains, la part régulière de la mobilité douce au sein des actifs motorisés yverdonnois n'atteignait pas 25% en 2011. Cependant, il résulte de l'expérience générale que les déplacements en vélo, notamment en vélo électrique, sont plus fréquents aujourd'hui qu'en 2011, et que l'estimation à 25% de la part de la mobilité douce, selon les données du RIE, est plausible pour les années à venir, étant précisé qu'il faut tenir compte dans cette estimation non seulement des "actifs motorisés", mais de toutes les catégories de personnes susceptibles de se rendre au parc scientifique et technologique (employés, visiteurs), même s'ils ne disposent pas d'une voiture. De ce point de vue, les données de l'étude universitaire précitée ne sont pas entièrement pertinentes pour l'application future de la norme VSS dans le périmètre du PST. On ne voit pas de raisons impérieuses de mettre en doute l'appréciation faite à propos de la mobilité douce dans le rapport d'impact, pour définir le type de localisation.

En résumé sur ce point, la réglementation du RPPA, en tant qu'elle renvoie à la norme VSS, ne prévoit pas un système insolite. Il est fréquent que des plans d'affectation ou d'autres prescriptions de droit public renvoient à la norme VSS 640'281 (dans la jurisprudence récente du TF, cf. par exemple arrêts 1C_335/2015 du 3 mars 2016 consid. 6.3; 1C_258/2012 du 14 août 2012, consid. 6). Dans un cas d'application concret, c'est-à-dire lors de l'examen d'une demande de permis de construire, cette norme laisse une certaine marge d'appréciation à l'autorité compétente, puisqu'elle propose des valeurs indicatives et des fourchettes, en fonction de certains critères objectifs. Suivant le type d'activités prévues dans le bâtiment et la localisation de la parcelle, le nombre de places de stationnement autorisées peut être plus ou moins élevé. Ce système est en définitive assez souple – en tout cas tant que le nombre maximal de 4'000 cases de stationnement fixé à l'art. 6.5 al. 1 RPPA n'aura pas été atteint (cf. infra, consid. 5). Pour un secteur d'une agglomération jouissant d'une bonne desserte par les transports publics, il n'est donc pas critiquable de fixer comme règle, dans le plan partiel d'affectation, l'application de la norme VSS précitée.

5. La recourante critique par ailleurs le plafond de 4'000 places de parc, qui ne devra à terme pas être dépassé dans le périmètre du PST.

a) Le renvoi de l'art. 2.2 al. 1 RPPA à la norme VSS, combiné avec le plafond de 4'000 places de parc (P+R non compris) dans le périmètre du PPA, tel qu'il est fixé à l'art. 6.5 al. 1 RPPA, pourrait le cas échéant amener la municipalité à apprécier de manière restrictive les besoins en cases de stationnement, lorsqu'elle devra se prononcer sur l'octroi de permis de construire pour des nouveaux bâtiments. Le rapport d'impact indique comment ce plafond de 4'000 places a été fixé, sur la base de la norme VSS et en fonction d'une utilisation de la totalité de la surface brute de plancher prévue par le PPA (utilisation de 100% des droits à bâtir avec une répartition de 80% d'activités secondaires et de 20% d'activités tertiaires; voir notamment la note complémentaire du 19 mars 2011 du bureau C.________, p. 6 et 8). Le préavis municipal retient un mode de calcul légèrement différent, qui aboutit au même résultat. La recourante demande que ce plafond soit relevé à 5'000 places, plus 150 places P+R, compte tenu de l'évolution de la desserte routière du secteur.

b) Le choix de l'autorité communale de planification de fixer un plafond de 4'000 places de stationnement, a été approuvé par l'autorité cantonale, qui a examiné spécialement cette question – comme cela ressort des déterminations déposées le 6 janvier 2015 par le département cantonal, qui a produit une prise de position de la Direction générale de la mobilité et des routes, Division planification (DGMR). Il y est exposé notamment ce qui suit:

"Type de localisation

Le type de localisation permet de définir la fourchette des taux de pondération applicables aux valeurs du besoin indicatif afin de définir l'offre en stationnement. Avec les mesures prévues par le projet d'agglomération AggloY ainsi que le plan de mobilité du site prévus dans le PST, la DGMR estime que l'attribution du type de localisation B utilisé par l'étude C.________ qui accompagne le dossier est adéquat. Le type B implique un facteur de pondération compris entre 40% et 60%.

En différenciant la provenance des employés, sur la base d'une hypothèse sur l'origine des déplacements, l'étude C.________ utilise un taux moyen de près de 60%, ce qui correspond à la fourchette haute du type de localisation B, et ce qui correspond par ailleurs aussi au type C préconisé par la recourante (le type C prévoit un taux de 50% à 80% - l'analyse mandatée par la recourante, dans ses propositions, utilise un taux de 70%).

Conformité au concept de stationnement de la ville d'Yverdon-les-Bains.

Le concept de stationnement de la ville d'Yverdon-les-Bains préconise un taux applicable au calcul de l'offre en stationnement de maximum 80%. Ce dernier prévoit en outre un "dimensionnement de l'offre en stationnement des entreprises conformément aux normes VSS, avec une pondération liée à la desserte en transports publics en tenant compte des coefficients situés au bas des fourchettes".

En arrondissant le nombre plafond de cases de stationnement de 4'390 (taux de 60%) à 4'000, le taux de pondération du besoin indicatif effectif utilisé par l'étude C.________ est de 54%. Ce taux est donc non seulement conforme au concept de stationnement de la ville d'Yverdon-les-Bains, mais témoigne d'une application de la norme qui n'est pas la plus restrictive qui soit.

[…]

Conclusion

Au vu de ce qui précède, la DGMR estime que l'offre en stationnement déterminée par l'étude C.________ et figurant au règlement du PPA "PST Y-Parc" est conforme aux normes VSS.

Le dimensionnement retenu, d'un maximum de 4'000 places, correspond à un taux de pondération de 54.3 %, se situant à l'intérieur de la fourchette correspondant au type de localisation B, retenu par l'étude C.________, et aussi à l'intérieur de la fourchette correspondant au type de localisation C, proposé par l'analyse produite par la recourante (bas de la fourchette).

Le taux de pondération retenu est en outre conforme aux objectifs du projet d'agglomération de maîtrise du trafic individuel motorisé – notamment par le développement de l'offre en transports publics, ainsi que l'attractivité, la continuité et la sûreté du réseau de mobilité douce dans l'agglomération, qui font l'objet de nombreuses mesures du projet d'agglomération – ainsi qu'aux objectifs du plan directeur cantonal (mesure A23). Il est aussi en cohérence avec le règlement du PPA "PST Y-Parc" (art. 5.2), qui prévoit un plan de mobilité de site destiné à encourager le report modal, conformément à la mesure A25 du plan directeur cantonal."

c) L'objectif de maîtrise du trafic individuel motorisé est un objectif important, surtout pour un secteur facilement accessible en automobile, à proximité directe d'une jonction autoroutière. La fixation d'un plafond plus élevé serait de nature à entraîner, à terme, un accroissement du trafic automobile, et par conséquent des immissions (bruit, pollution de l'air) liées au trafic. Or, dans un secteur bien desservi par les transports publics, une prescription d'un plan d'affectation consistant à fixer un plafond pour le nombre de places de stationnement peut être considérée comme une mesure préventive de limitation des émissions du trafic routier, qui doit être prise en application de l'art. 11 al. 2 de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01). La limitation de l'espace réservé au stationnement a un effet sur le trafic individuel motorisé car celui qui sait ne pas pouvoir compter sur une case pour son automobile, à son lieu de destination, sera encouragé à utiliser les transports publics (mesure indirecte d'orientation du trafic). Une telle restriction fait partie des prescriptions en matière de construction, d'équipement ou de trafic (cf. art. 12 al. 1 let. b et c LPE) à ordonner dans le cadre de la limitation préventive des émissions imposée par l'art. 11 al. 2 LPE (cf. ATF 124 II 272 consid. 3; Alain Griffel/Heribert Rausch, Kommentar zum Umweltschutzgesetz, 2^e éd. Zurich 2011, n. 9 ad art. 12 LPE). En d'autres termes, l'art. 6.5 al. 1 RPPA sert à la mise en œuvre du droit fédéral de la protection de l'environnement dans cette partie de l'agglomération.

d) A propos de la dimension des parkings, le plan d'affectation litigieux n'est pas non plus en contradiction avec les objectifs généraux de planification adoptés pour l'agglomération yverdonnoise. Il y a lieu de se référer au plan directeur cantonal (PDCn, 3^e adaptation, entrée en vigueur le 1^er janvier 2016), qui prescrit notamment aux régions et aux communes de mettre en œuvre, dans leurs planifications, une politique de stationnement coordonnée avec la qualité de desserte par les transports publics, et d'élaborer en parallèle des plans de mobilité en partenariat avec les entreprises privées et les institutions publiques (mesure A25, "Politique de stationnement et plans de mobilité"). En relation avec cette mesure générale (A25), le plan directeur cantonal renvoie à la mesure R12, consacrée au projet d'agglomération yverdonnoise, en précisant que ledit projet est conforme à la mesure A25 en matière de politique de stationnement et de plans de mobilité. Selon cette mesure R12, "le Canton soutient le projet d'agglomération yverdonnoise (AggloY) et sa mise en œuvre dans le sens des objectifs et principes de localisation arrêtés en partenariat avec la région et les communes". Parmi ces "principes de localisation", il y a lieu de citer les points suivants:

"Stationnement:

Le stationnement est en phase avec les autres concepts thématiques du projet d'agglomération. Il s'agit de satisfaire de manière volontariste les différents types d'usagers et de favoriser le report modal vers les mobilités douces et les transports publics.

Sites stratégiques:

Le projet d'agglomération AggloY identifie trois sites stratégiques d'agglomération qui constituent les nouvelles centralités pour le développement coordonné de l'urbanisation et des transports. Ils font l'objet de projets territoriaux aptes à maîtriser la qualité urbaine, garante de leur attractivité. Ils constituent également des sites d'intérêt cantonal de la politique des pôles de développement (mesures B31 à B34 et D11):

- Gare-Lac: […]

- Yverdon-Sud: ce secteur inclut le Parc scientifique et technologique Y-Parc, régi par un plan partiel d'affectation récemment révisé de manière à densifier le site tout en améliorant la qualité de ses espaces publics.

- Chamard-Châtelard […]."

Le "report modal vers les mobilités douces et les transports publics", encouragé par la limitation des parkings pour automobiles, est donc un objectif clair des autorités de planification au niveau cantonal et régional. Une concrétisation de cet objectif dans la réglementation du PPA n'est pas critiquable. Quand bien même les accès routiers au PST seraient améliorés et permettraient théoriquement d'envisager la création de plus de places de stationnement, sans risque d'engorgement des voies de circulation – donnée que l'expert de la recourante prend en compte pour proposer un plafond de 5'000 cases -, il est admissible de fixer une limitation plus stricte, qui repose sur des considérations objectives en matière d'urbanisation et de limitation des nuisances.

e) La recourante déclare craindre que le plafond de 4'000 places soit épuisé le jour où elle déciderait de réaliser un agrandissement de ses bâtiments. Le conseil communal rétorque que cette hypothèse est fort peu probable car elle supposerait une occupation à pratiquement 100 % du périmètre du PPA, avec davantage d'activités tertiaires que ce qui a été prévu dans les calculs du RIE (puisque d'après la norme VSS, les bâtiments d'entreprises du secteur tertiaire nécessitent davantage de cases de stationnement que les bâtiments d'entreprises du secteur secondaire, à surface de plancher égale). Quoi qu'il en soit, si la recourante était concrètement empêchée de disposer d'un nombre de places de stationnement correspondant à ce que prévoit la norme VSS, dans sa teneur en vigueur au moment où la demande de permis de construire sera examinée, la municipalité devrait se prononcer sur la possibilité d'octroyer une dérogation à la règle fixant le plafond de 4'000 places, dérogation que l'art. 11.1 RPPA n'exclut pas.

f) La recourante fait encore valoir qu'au vu de la provenance de ses employés et de leurs horaires particuliers, ce qui ne leur permettrait pas d'utiliser sans autre les transports publics, les restrictions en matière d'aménagement de places de stationnement – par l'application de la norme VSS et par la fixation d'un plafond à 4'000 places – seraient contraires à la liberté du commerce et de l'industrie, parce qu'elles compromettraient le bon fonctionnement de son entreprise.

Il n'est pas douteux que la réglementation du PPA serait moins restrictive si la recourante était autorisée à aménager, sur ses parcelles, autant de cases de stationnement qu'elle a d'employés souhaitant se rendre au travail avec leur propre automobile. Cela étant, les restrictions à ce propos sont fondées sur des motifs d'aménagement du territoire et de protection de l'environnement. Elles ne visent en rien des buts de politique économique (favoriser une branche ou un concurrent). Dans ces conditions, les prescriptions critiquées ne violent pas la liberté économique garantie à l'art. 27 de la Constitution fédérale (Cst.; RS 101 – anciennement: liberté du commerce et de l'industrie), au regard de leur véritable objectif, quand bien même elles produisent indirectement des effets économiques, qui n'empêchent toutefois pas l'activité industrielle (cf. notamment ATF 111 Ia 93 consid. 3; Raphaël Mahaim, Le principe de durabilité et l'aménagement du territoire, Fribourg 2014, p. 429).

6. La recourante critique la réglementation de l'art. 6.5 al. 2 RPPA, en vertu de laquelle la moitié des cases autorisées pourra être réalisée sur la parcelle, le solde (l'autre moitié) ne pouvant être localisé que dans un parking collectif centralisé. Elle qualifie cette solution d'excessivement onéreuse, et présentant des difficultés juridiques et pratiques non résolues. Selon elle, les grands parkings sont des bâtiments inesthétiques; des solutions ponctuelles et dispersées sur les parcelles permettraient d'éviter ce type d'aménagement inutilement coûteux et peu pratique pour les utilisateurs.

a) Les critiques de la recourante portent d'une part sur des aspects d'urbanisme ou d'architecture (les silos à voitures seraient inesthétiques et peu pratiques), et d'autre part sur des aspects relatifs au financement et à l'organisation de ces structures.

Sur le premier point, il y a lieu de renvoyer aux arguments développés dans le préavis municipal, qui sont convaincants. Les nouveaux choix d'urbanisme, pour ce secteur, sont liés à la volonté d'améliorer l'image du PST ainsi que ses structures, en créant une "interface de transports digne d'un parc technologique". Il n'y a aucune raison de retenir qu'un silo à voitures ne pourrait pas être bien intégré dans un environnement de bâtiments industriels, et qu'il ne pourrait pas être doté de qualités architecturales. Il n'y a pas non plus de motifs de douter qu'un parking collectif centralisé puisse être exploité d'une manière efficace (bonne gestion des flux de circulation, etc.). Il est certes moins "pratique", pour les employés d'une entreprise, de devoir garer leur automobile à quelques dizaines ou centaines de mètres de leur bureau ou atelier, plutôt que devant la porte des locaux de l'entreprise. Il ne s'agit toutefois pas d'un élément déterminant dans ce contexte, étant rappelé que la moitié de places de stationnement pourra être réalisée sur la parcelle (pour les employés à mobilité réduite, ou ceux qui doivent utiliser fréquemment leur automobile). En résumé, il n'y a pas de motifs de critiquer ces choix urbanistiques, vu la fonction du nouveau plan d'affectation, qui veut renforcer un site important pour l'économie de la région et qui pour cela non seulement augmente la densité des constructions, mais aussi règle plus précisément l'aménagement des espaces publics ainsi que les installations d'équipement et de stationnement. Cette réglementation répond à un des buts de l'aménagement du territoire, tels qu'ils sont exprimés à l'art. 1 LAT, à savoir créer et maintenir un milieu bâti favorable à l'exercice des activités économiques (art. 1 al. 2 let. b^bis LAT).

b) S'agissant du second aspect, à savoir les conséquences financières et juridiques d'une "mutualisation" d'une partie du stationnement, il convient de relever les éléments suivants. La révision du PPA a pour effet d'augmenter sensiblement la densité d'utilisation du sol. Dans chaque aire de construction, il est donc prévu de créer davantage de surfaces de plancher dans les bâtiments; avec un indice d'utilisation du sol de 1.5, l'espace disponible sur les parcelles pour les places de stationnement en surface est en définitive moins important. Cette augmentation des possibilités de construire représente une plus-value pour les propriétaires fonciers. Dans l'état actuel du droit cantonal, il n'est pas prévu de prélèvement d'une contribution financière, en compensation de cette plus-value (cf. actuellement, art. 5 al. 1 et 1bis LAT). Jusqu'à la mise en place d'un régime de compensation, on peut néanmoins concevoir des solutions particulières, dans certains cas, qui ont une fonction ou un effet analogue (cf. ATF 122 I 120 consid. 3, à propos d'une autre mesure ayant pour effet une certaine compensation de la plus-value). C'est notamment à la lumière de telles considérations qu'il faut évaluer une réglementation qui impose à un propriétaire foncier une forme de contre-prestation, après une augmentation sensible des possibilités d'utilisation du sol.

L'art. 6.6 al. 2 RPPA dispose que les places des parkings collectifs centralisés "y sont remises à titre onéreux". Il faut comprendre que le propriétaire d'un immeuble dans le PST devra, en cas de construction d'un nouveau bâtiment, payer à l'exploitant du parking collectif centralisé une contribution financière correspondant aux prix des places de stationnement qui lui seront attribuées. Le droit d’utiliser ces places de stationnement sera garanti: il ressort de l'art. 6.2 al. 2 RPPA qu'une clause ou condition du permis de construire, délivré par la municipalité, déterminera le nombre de cases concernées et que le droit d'utilisation sera mentionné au registre foncier (d'après le texte de cette disposition: garantie par un droit réel restreint inscrit au registre foncier). A ce stade, les modalités précises de cette "remise à titre onéreux" ne font pas l'objet d'une réglementation plus détaillée dans le PPA.

c) Le texte de l'art. 47 al. 2 ch. 6 LATC, aux termes duquel les plans d'affectation et leurs règlements peuvent contenir des dispositions relatives "à la création de garages et de places de stationnement et à la perception de contributions compensatoires, destinées à couvrir les frais d'aménagement de places de stationnement, à défaut de terrain privé disponible", ne mentionne pas expressément la possibilité d'obliger un propriétaire foncier à participer à une installation de stationnement commune, telle qu'elle est prévue non seulement par l'art. 6.5 al. 2 RPPA, mais aussi par l'art. 118 RPGA, déjà applicable depuis plusieurs années dans toutes les zones du territoire communal yverdonnois (donc aussi dans le périmètre du PPA litigieux, vu le renvoi de l'art. 11.2 al. 1 RPPA). Cela étant, si l'on exige dans ce cadre une contribution financière du propriétaire foncier, à l'occasion de l'octroi d'un permis de construire ("remise à titre onéreux" des places du parking collectif centralisé), cela s'apparente à la perception d'une contribution compensatoire au sens de l'art. 47 al. 2 ch. 6 LATC. Ce type de contribution est une contribution de remplacement. Selon la jurisprudence, les contributions de remplacement présupposent l'existence d'une obligation primaire, soit d'une obligation de faire qui, à certaines conditions, puisse être remplacée par une prestation pécuniaire. Elles doivent compenser l'avantage que représente pour l'assujetti la dispense de l'obligation primaire et appartiennent par conséquent aux contributions causales. S'agissant des contributions compensatoires pour places de stationnement manquantes, cet avantage équivaut aux coûts de construction économisés, moins la diminution de valeur résultant de la perte de l'avantage de disposer de ses propres places de stationnement (cf. arrêt TF 2P.338/2005 du 16 novembre 2006, publié in RDAF 2007 I 201, consid. 5.1).

Dans le cas particulier, le régime des parkings collectifs centralisés (ou de la mutualisation des places de parc) tient compte du fait que les propriétaires concernés sont dispensés de l'obligation de réaliser sur leur terrain 50 % des places de parc prescrites selon la norme VSS. Ils économisent ainsi des coûts de construction – le cas échéant de réalisation d'un garage souterrain, étant donné que l'important indice d'utilisation du sol permet de réserver une grande partie de la surface de la parcelle aux bâtiments abritant les activités de l'entreprise – mais aussi, contrairement à ce qui est prévu dans les réglementations usuelles sur les contributions compensatoires, les propriétaires pourront disposer de leurs propres places de stationnement dans les parkings centralisés. Cela justifie une contribution financière plus importante qu'en l'absence de cette contrepartie.

d) Les bâtiments des parkings collectifs centralisés (silos à voitures) ne devront pas être construits immédiatement après la mise en vigueur du PPA. Le conseil communal explique en effet dans sa réponse qu'un régime transitoire a été prévu, avec des cases provisoires à l'air libre, jusqu'à la réalisation du premier parking collectif. Tant que cette solution provisoire pourra être appliquée, les parkings collectifs seront aménagés et exploités sans frais notables. Il n'est pas exclu que cette situation dure plusieurs années.

L'obligation, pour le propriétaire d'une parcelle, de localiser la moitié des places de stationnement sur le terrain d'un tiers, dans un parking collectif centralisé (art. 6.5 al. 2 RPPA), constitue une restriction du droit de propriété. Mais cette restriction n'est à l'évidence pas grave, de sorte qu'elle ne nécessite pas une base légale plus claire ou plus précise, dans la LATC (cf. notamment, à propos de la base légale et de la nature des restrictions, Peter Hänni, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, Berne 2008, p. 36 s.). Aussi faut-il retenir que la clause de l'art. 47 al. 2 ch. 6 LATC est suffisante, de ce point de vue.

La fixation de la contribution causale devra tenir compte du principe de la proportionnalité. En l'état, le règlement du PPA ne définit pas le montant de cette contribution, ni les autres modalités de la "remise" des places de parking. La garantie par un droit réel restreint n'est pas non plus décrite précisément. Il incombera aux autorités communales d'adopter une réglementation plus détaillée à ce sujet, qui complétera les prescriptions des art. 6.5 et 6.6 RPPA. Il y a lieu de relever que comme la plus grande partie du terrain, dans le périmètre du PST, est détenue par des collectivités publiques (commune d'Yverdon-les-Bains, Établissement d'assurance contre l'incendie et les éléments naturels du Canton de Vaud [ECA]), il est probable que ces collectivités feront en sorte que les parkings collectifs soient concrètement disponibles – en surface dans un premier temps, ensuite dans des silos à voitures – au moment où il sera exigé des autres propriétaires fonciers du PST qu'ils utilisent ces installations et paient une contribution financière. La réglementation de détail, relative à ces contributions, ne doit donc pas nécessairement être adoptée immédiatement, car l'absence d'une telle réglementation ne devrait pas faire obstacle à l'installation de nouvelles entreprises et à l'aménagement des premières places de stationnement dans les aires de service. Dans l'intervalle, la réglementation générale des art. 118 et 119 RPGA pourra le cas échéant s'appliquer, qui fixe le montant de la contribution compensatoire (art. 119 al. 2 RPGA). Il n'y a donc pas, dans le RPPA, une lacune propre à justifier un refus d'approbation par l'autorité cantonale (art. 26 LAT).

En définitive, le système des parkings collectifs centralisés a été adopté pour des motifs d'aménagement du territoire et il est donc justifié par un intérêt public. Il repose sur une base légale suffisante en droit cantonal. En l'état, son application ne saurait être contraire au principe de la proportionnalité et la réglementation de détail à mettre en place devra tenir compte de ce principe. Dans ces conditions, le régime du PPA n'est contraire ni à la garantie de la propriété ni à la liberté économique (cf. art. 26, 27 et 36 Cst.).

7. Il résulte des considérants précédents que les griefs de la recourante sont mal fondés et que les prescriptions du RPPA relatives au stationnement ne doivent pas être annulées. Les conclusions tendant à la suppression des art. 2.2 al. 2 RPPA (calcul du besoin en stationnement en fonction de la SPd), 6.5 RPPA (nombre total de cases de stationnement) et 6.6 RPPA (réglementation relative aux parkings collectifs centralisés) doivent être rejetées.

8. La recourante demande encore l'annulation de l'art. 1.3 RPPA pour l'aire d'activités. Selon cette disposition (titre: capacité constructive), la SPd maximale par aire d'activités ou de services est indiquée sur le plan (al. 1). En cas de fractionnement, la SPd est répartie proportionnellement aux surfaces des nouvelles parcelles (al. 2). Cette conclusion de la recourante n'est pas motivée dans ses écritures. Quoi qu'il en soit, ni l'opposition ni le recours ne tendent à limiter l'indice d'utilisation du sol dans le PST. Il n'est par ailleurs pas concevable qu'un tel plan partiel d'affectation ne contienne aucune règle sur la capacité constructive (cf. art. 47 al. 1 LATC). Cette dernière conclusion de la recourante, dont la portée est difficilement compréhensible, doit être rejetée.

En tous points mal fondé, le recours doit donc être rejeté, ce qui entraîne la confirmation des décisions attaquées.

9. La recourante, qui succombe, doit supporter les frais de justice (art. 49 al. 1 LPA-VD). Elle aura en outre à verser des dépens à la Commune d'Yverdon-les-Bains, représentée par un avocat (art. 55 LPA-VD).

Par ces motifs
la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:

I. Le recours est rejeté.

II. La décision du Conseil communal d'Yverdon-les-Bains du 5 septembre 2013, adoptant le plan partiel d'affectation "PST - Parc scientifique et technologique", ainsi que la décision du Département du territoire et de l'environnement du 20 février 2014, approuvant préalablement ce plan, sont confirmées.

III. Un émolument judiciaire de 2'500 (deux mille cinq cents) francs est mis à la charge de la recourante.

IV. Une indemnité de 2'500 (deux mille cinq cents) francs, à payer à la Commune d'Yverdon-les-Bains à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.

Lausanne, le 27 octobre 2016

Le président: La greffière:

Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint, ainsi qu'à l'ARE et à l'OFEV.

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.