TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
	Arrêt du 8 mars 2019
Composition	M. Pierre Journot, président; Mme Renée-Laure Hitz, assesseur,  et Mme Pascale Fassbind-de Weck, assesseur; Mme Marie-Christine Bernard, greffière.

 

Recourants		A.________ et B.________, à ******** représentés par l'avocat Benoît BOVAY, à Lausanne,

  

	Autorités intimées		1.		Conseil communal de Nyon, représenté par l'avocat Jean-Michel HENNY, à Lausanne,
		2.		Département du territoire et de l’environnement (DTE), Secrétariat général,  représenté par Service du développement territorial (SDT), à Lausanne,

  

Propriétaire

COMMUNE DE NYON, à Nyon, représentée par l'avocat Jean-Michel HENNY, à Lausanne,

  

 

Objet
	Recours A.________ et B.________ c/ décisions du Conseil communal de Nyon du 4 septembre 2017 et du Département du territoire et de l’environnement (DTE) du 7 décembre 2017 approuvant préalablement le Plan de quartier Musée du Léman, parcelles 414 et 563 de Nyon

 

Vu les faits suivants:

A.                     Le territoire de la Commune de Nyon est régi par le règlement communal sur le plan d'extension et la police des constructions (ci-après: RPE) et son plan général d'affectation, intitulé "Plan des zones", tous deux adoptés le 13 juin 1983 par le Conseil communal et entrés en vigueur le 16 novembre 1984, après leur approbation par le Département compétent.

B.                     Le lieu dit "Bourg de Rive" est situé entre l'ancienne ville de Nyon et le bord du lac. Il est constitué de grandes plages de verdure disposées en majeure partie en pente, sur lesquelles sont situés quelques bâtiments anciens. L'ensemble du secteur était colloqué, selon le "Plan des zones", en partie en "zone urbaine de l'ancienne ville", en partie en "zone de construction d'utilité publique", et pour le reste en "zone de verdure".

Le chapitre 9 RPE, intitulé "Zone de verdure", est constitué des dispositions suivantes:

"Art. 62   Définition

Cette zone est destinée à sauvegarder les sites, créer des îlots de verdure et aménager des places de jeux.

Elle est caractérisée par l'interdiction de bâtir.

Article 63   Exceptions

La Municipalité, sur préavis de la Commission, peut autoriser l'édification de constructions publiques ou d'utilité publique de minime importance, à l'exclusion, notamment, d'habitations et de garages à voitures.

Ces constructions doivent s'intégrer à la zone de verdure.

Art. 64   Parcelles en partie en zone de verdure et/ou aire forestière

Dans une parcelle constructible comportant une partie en zone de verdure, la surface totale de la parcelle est prise en considération pour le calcul des droits à bâtir.

En revanche, les surfaces cadastrées en nature de forêt, au sens de la loi fédérale de 1902 sur les forêts, n'entrent pas en considération."

C.                     Le secteur de Bourg de Rive a par la suite fait l'objet d'un plan partiel d'affectation, intitulé "plan partiel d'affectation Bourg de Rive" (ci-après: PPA Bourg de Rive), qui a été adopté par le Conseil communal le 29 janvier 1996 et est entré en vigueur le 4 mars 1997 après son approbation par le Département compétent. L'art. 1^er du règlement du PPA Bourg de Rive (ci-après: RPPA Bourg de Rive) dispose ce qui suit:

"1.   Généralités

1.1 L'Etat de Vaud a instauré une zone réservée sur le lieu dit "BOURG DE RIVE". Il impose l'adoption d'un plan de quartier, d'un PPA, d'un plan d'affectation cantonal ou d'un plan de classement permettant d'assurer la protection du site caractéristique de l'ancienne ville et de ses dégagements sur l'ancienne muraille de la ville jusqu'à la rue de Rive.

1.2 Le présent PPA répond à cet objectif. Il développe la zone de verdure sur l'ensemble du périmètre et n'admet que de faibles possibilités de bâtir.

1.3 Le plan vise simultanément à permettre la réalisation d'un parking public entièrement souterrain de nature à répondre aux besoins du quartier de Rive et d'une partie de l'ancienne ville."

L'art. 3 RPPA Bourg de Rive, intitulé "Zone de verdure", a quant à lui la teneur suivante:

"3.1 Les articles 62 et 63 du règlement communal sur le plan d'extension et la police des constructions répondent parfaitement au Bourg de Rive, et doivent être appliqués.

– Article 62 – Définition

Cette zone est destinée à sauvegarder les sites, créer des îlots de verdure et aménager des places de jeux.

Elle est caractérisée par l'interdiction de bâtir.

– Article 63 – Exceptions

La Municipalité, sur préavis de la Commission, peut autoriser l'édification de constructions publiques ou d'utilité publique de minime importance, à l'exclusion, notamment, d'habitations et de garages à voitures.

Ces constructions doivent s'intégrer à la zone de verdure.

(...)"

Par ailleurs, l'art. 7 RPPA Bourg de Rive, intitulé "Protection contre le bruit", dispose que l'ensemble du périmètre est classé en degré de sensibilité III selon l'art. 44 de l'ordonnance du 15 décembre 1986 sur la protection contre le bruit (OPB; RS 814.41).

D.                     Le PPA Bourg de Rive a fait l'objet d'un addenda, qui a été approuvé le 10 octobre 2003, afin de permettre la construction du parking souterrain de La Duche (voir ci-après).

E.                     Régies par le PPA Bourg de Rive, les parcelles 414, 563 et 419 sont sises en contrebas de l'Esplanade des Marronniers et de la Promenade des Vieilles-Murailles, au bord de la route cantonale qui longe le lac. Elles sont propriété de la Commune de Nyon.

F.                     La parcelle 414, située à l'extrémité Sud-Ouest du PPA Bourg de Rive, présente une surface de 15'143 m². Elle est occupée dans sa quasi totalité par le parc public Bourg de Rive, excepté dans sa partie Est, où est sis le Musée du Léman. Elle est pour sa majeure partie colloquée en zone de verdure par le PPA Bourg de Rive, sauf sa partie Est (où est sis le Musée du Léman), qui est colloquée en zone d'extension de la zone de verdure.

Le Musée du Léman est constitué d'un bâtiment principal, le bâtiment ECA 761, qui présente une surface de 790 m². Il s'agit d'un ancien hopital datant de 1756. Son corps principal est inscrit à l'inventaire cantonal des monuments historiques non classés du 3 juillet 2002 au sens des art. 49 et suivants de la loi du 10 décembre 1969 sur la protection de la nature, des monuments et des sites (LPNMS; RSV 450.11) et sa façade principale et la toiture côté lac sont classées monuments historiques au sens des art. 52 ss LPNMS. La partie Est du bâtiment a, elle, reçu la note *3* au recensement architectural. Le bâtiment dans son ensemble a également reçu la note *2* lors du recensement architectural de la Commune de Nyon en 2010. À côté du bâtiment ECA 761, trois petits bâtiments font également partie du Musée du Léman: le bâtiment ECA 754, qui est un ancien local de désinfection, qui a reçu la note *4* au recensement architectural; le bâtiment ECA 755, qui est une ancienne maison d'habitation, qui a reçu la note *3* au recensement architectural; le bâtiment ECA 757, qui est un ancien pavillon d'isolement, qui a reçu la note *4* au recensement architectural.

La parcelle 563, située au Nord-Est de la parcelle 414, d'une surface de 3'348 m², supporte un autre parc public. Elle est colloquée en zone d'extension de la zone de verdure par le PPA Bourg de Rive. Elle supporte deux très petits bâtiments: le bâtiment ECA 3015, affecté comme toilettes publiques, et le bâtiment ECA 1901, qui est une petite dépendance.

G.                    Située au Nord-Est de la parcelle 563, la parcelle 419 est, elle, occupée par le parking souterrain de la Duche, qui est recouvert d'un parc public. Elle est colloquée en zone d'extension de la zone de verdure par le PPA Bourg de Rive.

H.                     Également régie par le PPA Bourg de Rive, la parcelle 418, située entre la parcelle 563 et la parcelle 419, est propriété de A.________ et B.________. Elle présente une surface de 1'375 m² et supporte une maison (ECA 752) recensée avec la note *2* au recensement architectural. Elle est colloquée en zone d'extension de la zone de verdure par le PPA Bourg de Rive.

I.                       Le PPA Bourg de Rive ne prévoit un périmètre de nouvelles constructions que sur la parcelle 414, limité à une surface de forme rectangulaire de 1'634 m² s'étendant sur le côté Nord du Musée du Léman.

J.                      En 2014, un concours d'architecture a été organisé par la municipalité de Nyon (ci-après: la municipalité) en vue de l'agrandissement du Musée du Léman et du réaménagement des espaces existants. Le lauréat en a été le projet "Noviodunum" du bureau d'architectes D.________, à Lausanne. Il consiste en un vaste bâtiment en forme de "L", qui prend place dans la partie Est de la parcelle 414 et sur la parcelle 563, et qui encercle l'actuel bâtiment ECA 761 (dont la partie Est est démolie). La toiture (plate) du projet, végétalisée, est accessible au public. Outre la destruction de la partie Est du bâtiment ECA 761, le projet implique la destruction complète des bâtiments ECA 754, 755 et 757. Est également prévue la création d'un jardin aquatique. Le total des nouvelles aires constructibles s'élève à 5'468 m² (aire du nouveau bâtiment: 3'646 m²; aire des constructions souterraines: 1'464 m²; aire du jardin aquatique: 358 m²). Le périmètre de nouvelles constructions prévu par le PPA Bourg de Rive n'étant pas suffisant pour permettre la réalisation de ce projet, la municipalité a élaboré un plan de quartier intitulé "Plan de quartier Musée du Léman" afin de modifier l'affectation du secteur. Ce plan de quartier prévoit qu'une partie de la parcelle 414 et l'entier de la parcelle 563 (soit un total de 11'071 m²), qui sont colloquées en zone d'extension de la zone de verdure par le RPPA Bourg de Rive, soient colloquées en zones d'installation (para-)publique. Le périmètre du plan de quartier est délimité au Nord par la muraille de la vieille ville, au Sud par la route cantonale qui longe le bord du lac, à l'Ouest par la limite Est de l'îlot central du parc public Bourg de Rive, et à l'Est par la limite parcellaire sur laquelle est plantée une haie d'arbres et d'arbustes.

K.                     En décembre 2015, la municipalité a soumis au Service du développement territorial (SDT), pour examen préalable, un dossier établi par le bureau E.________ (mandaté par la municipalité), à Lausanne, et composé des pièces suivantes: un plan intitulé "Plan de quartier Musée du Léman" daté du 20 novembre 2015, un règlement sur le plan de quartier daté du 20 novembre 2015, un rapport selon l'art. 47 de l'ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT; RS 700.1) au sujet du plan de quartier daté du 23 novembre 2015, ainsi que plusieurs annexes (une note technique intitulée "Accessibilité et impacts induits sur le réseau routier" établie par le bureau E.________ le 17 octobre 2016; une notice d'impact sur l'environnement établie le 18 novembre 2015 par le bureau F.________, à Lausanne; un concept paysager établi [à une date non indiquée] par le bureau D.________; une étude [provisoire] de variante pour l'enceinte de fouille établie le 8 octobre 2015 par le bureau G.________, à Lausanne).

Le 10 juin 2016, le SDT a adressé à la municipalité son rapport de synthèse d'examen préalable (en application de l'art. 56 de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions [LATC; RSV 700.11]), comprenant l'appréciation globale du dossier ainsi que les préavis des services cantonaux consultés. Il en ressort que le SDT et les services cantonaux ont préavisé favorablement le Plan de quartier Musée du Léman, sous réserve toutefois que les demandes formulées dans la synthèse et les préavis soient respectées. Le Service Immeubles, Patrimoine et Logistique (SIPAL), Division Patrimoine, notamment, a exigé que des précisions et modifications soient apportées au rapport selon l'art. 47 OAT et au règlement du "Plan de quartier Musée du Léman", et que le plan de quartier soit complété par la mention des murs protégés à maintenir.

Le 9 septembre 2016, la municipalité a adressé une lettre au SDT dans laquelle elle a relevé que le rapport selon l'art. 47 OAT énonçait des demandes qui allaient selon elle au-delà du contrôle de légalité auquel les services cantonaux étaient tenus.

Le 17 octobre 2016, le bureau E.________ a établi des versions définitives du "Plan de quartier Musée du Léman" (ci-après: PQ Musée du Léman) ainsi que de son règlement.

L.                      Le règlement du PQ Musée du Léman (ci-après: RPQ Musée du Léman) est ainsi rédigé:

"TITRE I GÉNÉRALITÉS

Article 1 Champ d'application

Le plan de quartier (PQ) s'applique au périmètre tel défini sur le plan "zones d'affectation" comprenant les parcelles 414 (partielle) et 563 du cadastre de Nyon.

Article 2 Contenu

¹Le PQ est composé des documents à valeur prescriptive suivants :

-  Le plan des zones d'affectation (échelle 1 :2500) ;

-  Le plan à l'échelle 1 :500 ;

-  Le présent règlement.

²Il est complété avec un document à valeur indicative suivant :

-  le rapport au sens de l'article 47 OAT du 20 novembre 2015 et de ses annexes.

TITRE II DISPOSITIONS APPLICABLES À LA ZONE

Chapitre 1 Affectation et degré d'utilisation du sol

Article 3 Affectation

La zone d'installations (para-)publiques, zone à bâtir au sens de l'article 15 LAT, est réservée à l'extension du Musée du Léman et à l'aménagement d'un parc public.

Article 4 Utilisation du sol en général

'La zone est divisée en six aires:

-  l'aire du bâtiment protégé ;

-  l'aire du nouveau bâtiment ;

-  l'aire des constructions souterraines ;

-  l'aire du parvis ;

-  l'aire du parc ;

-  l'aire du jardin aquatique.

AIRE DU BÂTIMENT PROTÉGÉ

Article 5 Aire du bâtiment protégé

¹Monument d'importance régionale, le bâtiment est protégé par des mesures cantonales découlant de la loi cantonale sur la protection de la nature, des monuments et des sites.

²Tout projet de travaux le concernant doit être soumis préalablement pour accord au département compétent.

³Le perron d'entrée peut être transformé pour retrouver sa structure et son apparence d'origine.

AIRE DU NOUVEAU BATIMENT

Article 6 Destination et implantation

¹Cette aire est destinée au nouveau bâtiment.

²Des bandes d'implantation circonscrivent le pourtour du bâtiment.

Article 7 Hauteur maximale

¹La hauteur maximale du bâtiment est définie par une cote d'altitude maximale indiquée sur le plan:

- dans le secteur A, la hauteur maximale est fixée à 394.50 mètres ;

- dans le secteur B, la hauteur maximale de l'arête sud est arrêtée à 399 mètres.

²Une transition architecturale douce doit être assurée entre les secteurs A et B, ainsi qu'entre le secteur A et le raccord au chemin existant du pied de la muraille.

³La couche de terre, les garde-corps, l'ouverture zénithale et les superstructures sont compris dans la hauteur maximale.

Article 8 Toiture

¹La toiture du nouveau bâtiment prolonge le parc existant et est rendue accessible sur toute sa surface.

²Elle est recouverte d'une couche de terre d'une épaisseur minimale de 0.40 mètres.

³Une emprise réduite le plus possible mais d'une surface maximale de 500 m2 est admise pour les ouvertures zénithales et les superstructures.

⁴Les garde-corps qui assurent la sécurité des promeneurs doivent se situer dans le prolongement des façades.

AIRE DES CONSTRUCTIONS SOUTERRAINES

Article 9 Aire des constructions souterraines

Les constructions souterraines doivent s'implantent à l'intérieur de l'aire définie dans le plan y relatif.

AIRE DU PARVIS

Article 10 Destination

¹Cette aire est destinée à l'aménagement de surfaces extérieures réservées à l'usage public.

²Elle englobe le secteur de la Cour historique.

³À l'exception des travaux d'entretien, des livraisons et des services d'urgence, elle est interdite à la circulation des véhicules motorisés.

Article 11 Constructions de minime importance

¹Seules des constructions de minime importance sont autorisées, pour autant qu'elles s'intègrent au cadre paysager et bâti.

²La fontaine doit être conservée, mais peut être déplacée,

Article 12 Aménagement

¹Cette aire fait l'objet d'un aménagement (notamment minéral) particulièrement soigné en relation avec la fonction historique de la cour, la rue, la qualité architecturale des constructions et l'environnement paysager.

²Un traitement architectural particulier est apporté au secteur de la Cour historique.

AIRE DU PARC

Article 13 Destination

¹Cette aire est destinée au maintien et au réaménagement du parc.

²Elle est accessible au public.

³ À l'exception des travaux d'entretien et des services d'urgence, la circulation des véhicules motorisés y est interdite.

Article 14 Utilisation du sol

Des constructions ou des aménagements de petite importance comme un biotope, une place de jeux, des bancs, des places pour vélos, des oeuvres d'art ou des cheminements y sont admis, pour autant qu'ils s'intègrent au site.

Article 15 Raccord avec le chemin existant

Le raccord entre le chemin existant du pied de la muraille et la toiture se fait de manière harmonieuse.

AIRE DU JARDIN AQUATIQUE

Article 16 Destination

¹L'aire du jardin aquatique est destinée au délassement et à des fins pédagogiques liées au parc ou au musée.

²Elle accueille un biotope humide en remplacement de celui existant.

Article 17 Utilisation

¹Des constructions ou des aménagements comme un bassin, des toilettes publiques ou des locaux techniques sont admis.

²Leur hauteur maximale est fixée par une cote d'altitude indiquée sur le plan (secteur C).

³Leur architecture est soignée, en relation avec les qualités historiques et paysagères du site.

DÉMOLITION DES BÂTIMENTS ET CONSTRUCTIONS MOBILIÈRES

Article 18 Démolition des bâtiments et constructions mobilières

¹Les bâtiments et les constructions mobilières existants à démolir sont indiqués sur le plan.

²Ils font au préalable l'objet d'une documentation photographique complète réalisée par un professionnel qui sera remise au département compétent.

Chapitre 2 Qualité architecturale et paysagère

Article 19 Arborisation

¹Le plan indique les arbres existants qui doivent être maintenus dans l'aire du parc.

²Les autres arbres peuvent être abattus, moyennant une demande d'abattage auprès de la commune.

³En dérogation à la réglementation communale en vigueur, seule une compensation qualitative est exigée, qui doit offrir une plus-value à la biodiversité du site et à sa valeur écologique.

Article 20 Cohérence architecturale et paysagère

L'architecture des bâtiments et les aménagements extérieurs doivent être étudiés et conçus de manière à former un ensemble cohérent et de qualité.

Article 21 Murs

¹Le mur séparant à l'ouest le secteur de la Cour historique de l'aire du jardin aquatique doit être maintenu dans son intégrité.

²Les murs situés au sud, partiellement dans les aires du parvis et du parc, sont préservés dans leur principe ; ils peuvent être réinterprétés moyennant l'accord du département compétent.

³Les autres murs, non indiqués sur le plan, peuvent être démolis.

Article 22 Aménagements extérieurs - concept et réalisation

¹Les aménagements extérieurs font l'objet d'un concept paysager dont les objectifs écologiques figurent dans la notice d'impact sur l'environnement.

²Ils doivent être réalisés avant la délivrance du permis d'utiliser.

Article 23 Plan des aménagements extérieurs

¹Le plan des aménagements extérieurs concrétise le concept paysager et précise l'aménagement détaillé des espaces extérieurs.

²Il doit être fourni au plus tard à la première demande de permis de construire dans les aires du parvis, du nouveau bâtiment, du parc et du jardin aquatique.

Chapitre 3 Stationnement et circulation

Article 24 Accès pour véhicules

Dans l'entier de la zone, seul l'accès pour les véhicules de livraison, les services d'urgences ou d'entretien est admis.

Article 25 Stationnement des vélos

¹Des places de stationnement pour vélos doivent être aménagées dans l'aire du parvis et dans l'aire du parc.

²Les besoins en stationnement sont définis par la norme VSS en vigueur.

Article 26 Liaisons piétonnes

¹Des liaisons piétonnes doivent être aménagées dans le périmètre du plan de quartier.

²Leur principe est obligatoire mais leur emplacement sur le plan est indicatif.

Chapitre 4 Energie renouvelable, environnement, équipement et archéologie

Article 27 Attribution des degrés de sensibilité

Le degré de sensibilité au bruit DS III est attribué à la zone d'installations (para-) publiques.

Article 28 Concept énergétique

¹Un concept énergétique doit être fourni au plus tard avec la première demande de permis de construire.

²Il doit s'appuyer sur les principes, les opportunités et les contraintes décrits dans la notice d'impact sur l'environnement, tout en assurant la prise en compte des intérêts découlant de la conservation du patrimoine bâti.

Article 29 Eaux

Le concept de gestion des eaux doit être conforme au PGEE de la commune au moment de la première demande de permis de construire.

Article 30 Sondages archéologiques

¹Afin d'évaluer l'atteinte du projet aux vestiges archéologiques présents dans le sous-sol, un diagnostic est effectué par une analyse préalable du bâti existant, par des sondages, et par le suivi des démolitions et des terrassements.

²Les sondages sont exécutés avant tout décapage de la terre végétale (y compris travaux d'équipement ou de sondages géotechniques).

TITRE 3 DISPOSITIONS FINALES

Article 31 Dispositions complémentaires

Sont applicables les dispositions de la législation fédérale cantonale et communale pour tout ce qui n'est pas prévu dans le présent règlement.

Article 32 Dérogations

Des dérogations peuvent être accordées au présent règlement par la Municipalité dans le cadre fixé par le droit cantonal.

Article 33 Abrogation

Sur le périmètre considéré, le présent plan de quartier abroge toutes dispositions contraires, notamment le plan partiel d'affectation Bourg de rive du 4 mars 1997.

Article 34 Entrée en vigueur

Le plan de quartier et son règlement entrent en vigueur après leur approbation par le département."

M.                    Par une lettre du 7 novembre 2016, le SIPAL, Division Patrimoine, a informé la municipalité qu'il prenait acte de sa décision du 9 septembre 2016, qu'il regrettait que ses demandes n'aient pas été entièrement prises en compte, et qu'il se réservait de requérir tous les moyens légaux dans le cadre de la demande d'autorisation de construire afin d'assurer la sauvegarde du bâtiment ECA 761 et de ses abords protégés.

N.                     Le PQ Musée du Léman a été soumis à enquête publique du 9 novembre au 8 décembre 2016. Il a fait l'objet d'une opposition, formée par A.________ et B.________.

O.                    Le 18 janvier 2017, une séance de conciliation a eu lieu entre A.________ et B.________ et des responsables du Service de l'urbanisme de la Commune de Nyon, à l'issue de laquelle il a été décidé qu'une étude de l'ombre portée du futur bâtiment du Musée du Léman serait réalisée afin d'évaluer son impact sur le bâtiment ECA 752 propriété d'A.________ et B.________.

Un rapport d'"Études énergétiques et physiques des bâtiments – Tracés d'ensoleillement de la maison avoisinant le Musée" a été déposé le 16 février 2017 par H.________, à Lausanne, dont il ressort que l'ombre portée du bâtiment du nouveau Musée du Léman n'aurait pas de conséquence sur la physique du bâtiment ECA 752 sis sur la parcelle 418.

Une seconde séance de conciliation a eu lieu entre A.________ et B.________ et des responsables du Service de l'urbanisme de la Commune de Nyon le 15 mars 2017.

Le 22 mai 2017, la municipalité a soumis au Conseil communal de Nyon (ci-après: le conseil communal) son préavis n°54/2017 en proposant l'adoption du plan de quartier et la levée de l'opposition d'A.________ et B.________.

P.                     Lors de sa séance du 4 septembre 2017, le conseil communal a levé l'opposition et adopté le plan de quartier.

Q.                    Par décision du 7 décembre 2017, le Département du territoire et de l'environnement (DTE) a approuvé préalablement, sous réserve des droits des tiers, le PQ Musée du Léman. Par courrier du 7 décembre 2017, le SDT a informé A.________ et B.________ de cette décision. Il leur en a adressé une copie, ainsi que des copies de l'extrait de la décision du conseil communal du 4 septembre 2017 et du préavis municipal n° 54/2017 (auquel était joint un document intitulé "Plan de quartier Musée du Léman – Synthèse de l'opposition et proposition de réponses" établi par le Service de l'urbanisme de la Ville de Nyon à une date non indiquée). La décision du DTE était ainsi libellée:

"Le plan de quartier Musée du Léman se trouve le long de la route suisse à proximité du bord du lac à Nyon. Le périmètre du plan de quartier s'étend sur les parcelles communales Nos 414 et 563 et totalise une surface de 18'491 m².

Ce secteur est actuellement régi par le plan partiel d'affectation Bourg de Rive, approuvé le 4 mars 1997 et par l'addenda de ce dernier approuvé le 10 octobre 2003.

Un concours d'architecture a été organisé pour agrandir le musée et aménager les espaces existants. Le projet qui a remporté le concours n'est pas conforme au plan partiel d'affectation en vigueur.

Ainsi, le plan de quartier Musée du Léman est élaboré pour modifier l'affectation du secteur et permettre ainsi la réalisation du projet lauréat. Par conséquent, une partie de la parcelle N° 414 et l'entier de la parcelle N° 563 passent de la zone d'extension de la zone de verdure et de la zone de verdure à la zone d'installation (para-)publique.

Considérant que le secteur est situé à l'intérieur du périmètre du territoire urbanisé, une compensation au sens de l'art. 38 de la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700) traitant des dispositions transitoires n'est pas exigée.

Le dossier a suivi la procédure prévue par la loi sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC), à savoir :

-  Examen préalable: 10 juin 2016.

-  Enquête publique: du 9 novembre au 8 décembre 2016. Elle a suscité une opposition.

-  Adopté par le Conseil communal: 4 septembre 2017.

Vu ce qui précède, la cheffe du Département du territoire et de l'environnement:

DECIDE

- d'approuver préalablement, sous réserve des droits des tiers, le plan de quartier Musée du Léman et son règlement, sis sur le territoire de la commune de Nyon."

R.                     Le 26 janvier 2018, A.________ et B.________ ont interjeté recours contre la décision du 4 septembre 2017 du conseil communal et celle du 7 septembre 2017 du DTE auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP), en concluant, avec suite de frais et dépens, à leur réforme, subsidiairement à leur annulation. Ils se sont plaints que la décision du DTE était lacunaire. Ils ont fait valoir que l'adoption du PQ Musée du Léman aurait pour effet qu'une partie de la parcelle 414 et l'entier de la parcelle 563, actuellement colloquées par le RPPA Bourg de Rive en zone d'extension de la zone de verdure et par conséquent inconstructibles, seraient colloquées en zone d'installations (para-)publiques et par conséquent constructibles au sens de l'art. 15 de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700). Or, les autorités communales n'avaient pas procédé à un examen des conditions de l'art. 15 al. 4 LAT, pour un tel classement. Les recourants ont fait valoir que ce changement d'affectation partiel en zone à bâtir constituait une violation de l'art. 66 LATC (qui n'autorisait que des modifications secondaires par rapport au plan d'affectation sur lequel se greffait un plan de quartier). Par ailleurs, les autorités communales auraient dû procéder à une compensation des surfaces situées hors zone à bâtir qui seraient colloquées en zone à bâtir, afin de répondre aux exigences de l'art. 15 LAT. Les recourants se sont également plaints d'un manque de coordination dans l'élaboration du plan de quartier. Ils ont aussi fait valoir que certains murs des bâtiments destinés à être détruits faisaient l'objet d'une protection. Par ailleurs, alors que le site était inscrit à l'ISOS, cet inventaire n'était toutefois pas mentionné dans le rapport selon l'art. 47 OAT, et aucune norme spécifique à cet égard ne figurait dans le RPQ Musée du Léman. Ils ont aussi reproché au bâtiment du nouveau Musée du Léman de ne pas s'intégrer. Ils ont également fait valoir que le périmètre du plan de quartier était délimité, à l'Est, uniquement par la limite parcellaire, ce qui n'était pas conforme à l'art. 65 LATC. Ils ont critiqué plusieurs points liés au trafic et à la mobilité. Ils ont reproché au projet de prévoir l'abattage de plusieurs arbres et de mettre en péril le développement de la faune, en particulier la population des lézards des murailles. Ils ont par ailleurs critiqué la disparition d'un bassin. Enfin, ils ont sollicité la tenue d'une inspection locale et d'une audience de débats publics.

Dans sa réponse du 28 mars 2018, le SDT, représentant le DTE, a conclu au rejet du recours.

Dans sa réponse du 12 avril 2018, le conseil communal, représenté par la municipalité, a conclu au rejet du recours.

Les recourants se sont encore déterminés le 29 mai 2018 et le 1^er juin 2018.

S.                     a) Le 5 juin 2018, le tribunal a tenu une audience avec inspection locale. Etaient présents: les recourants A.________ et B.________, assistés des avocats Benoît Bovay et David Contini; pour la municipalité: Maurice Gay, conseiller municipal, Bernard Woeffray, chef du Service de l'urbanisme, Anne-Lise Jacquet, chargée de projet, et Lionel Gauthier, conservateur du Musée du Léman, assistés de l'avocat Jean-Michel Henny; pour le SDT, représentant le DTE: Doris Matter, avocate, et Inès Faessler, urbaniste.

b) Lors de l'audience, les parties ont été entendues dans leurs explications et le recourant a produit des photomontages.

c) Le tribunal et les parties ont ensuite quitté la salle et se sont rendus au Musée du Léman en empruntant la Promenade des Vieilles-Murailles, puis des chemins qui traversent les jardins au-dessous desquels est sis le parking souterrain de la Duche. Ils se sont arrêtés à différents points de vue. Au Musée du Léman, ils se sont arrêtés sur la maquette du nouveau musée.

d) Dans leurs déterminations du 15 août 2018 sur le procès-verbal de l'audience, les recourants ont développé leur argumentation selon laquelle le nouveau plan de quartier allait à l'encontre de la règlementation qui régissait actuellement le secteur, en violation de l'art. 66 LATC. Ils ont également relevé que la création d'une nouvelle zone à bâtir dans cette surface inconstructible afin d'y bâtir était une tâche fédérale au sens de l'art. 2 de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage du 1^er juillet 1966 (LPN; RS 451), raison pour laquelle la Commission fédérale des monuments historiques (CFMH) devait rendre une expertise. Dès lors, ils requéraient que la CFMH soit invitée à se déterminer sur le projet. Ils ont également demandé la production du rapport selon l'art. 47 OAT relatif au PPA Bourg de Rive. Par ailleurs, soulignant qu'ils n'avaient pu prendre connaissance que postérieurement à l'audience du dossier complet de la cause, ils ont ont fait valoir que les dossiers produits par le SDT et par la Commune de Nyon étaient lacunaires. Ils ont ainsi relevé que le dossier produit par le SDT contenait une notice d'impact sur l'environnement établie par la société F.________ le 18 novembre 2015, mais que la version de la notice d'impact mise à l'enquête publique était datée du 17 octobre 2016. Ce document avait par ailleurs été modifié à deux reprises, le 19 août 2016 puis le 17 octobre 2016. Les recourants ont demandé que la société F.________ soit interpellée sur les raisons et la portée de ces modifications. Ils se sont également plaints de n'avoir pu prendre connaissance qu'à ce stade de la procédure du fait que le syndic de Nyon, qui  était membre fondateur et président du Conseil de fondation de la Fondation du Léman, était également membre du jury du concours d'architecture à l'issue duquel le projet "Noviodunum" avait été choisi.

Le 16 août puis le 31 août 2018, le SDT s'est déterminé au sujet de l'écriture du 1^er juin 2018 des recourants.

T.                     Le tribunal a adopté les considérants du présent arrêt par voie de circulation.

Considérant en droit:

1.                      Le recours est dirigé contre les décisions, respectivement, d'adoption par le conseil communal et d'approbation préalable par le DTE, d'un plan de quartier. Ce plan de quartier a été élaboré pour modifier l'affectation du secteur auquel il s'appliquerait et permettre ainsi la réalisation d'un projet (le nouveau Musée du Léman) qui n'est pas conforme à la zone actuellement en vigueur.

2.                      Les décisions litigieuses ayant été prises en application de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; RSV 700.11) dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 août 2018 (soit avant les modifications dont elle a fait l'objet et qui sont entrées en vigueur le 1^er septembre 2018), les articles cités dans le présent arrêt le sont dans leur teneur jusqu'à cette date.

3.                      Le plan de quartier est un plan d'affectation communal ou intercommunal limité à une portion déterminée du territoire et fixant des conditions détaillées d'urbanisme, d'implantation et de construction dans ce périmètre (art. 64 al. 1 LATC). Le contenu du plan de quartier peut comprendre toutes les règles qui sont mentionnées à l'art. 47 LATC (auquel renvoie notamment l'art. 64 al. 2 LATC), l'art. 69 LATC permettant un contenu encore plus détaillé. Cette disposition prévoit en effet à son alinéa 1 qu'en règle générale, le plan comprend le périmètre général, le cas échéant les sous-périmètres (let. a); le périmètre d'implantation des constructions, les dimensions minimales et maximales et la destination de celles-ci ainsi que leurs prolongements extérieurs (let. b); l'indication des bâtiments existants, à conserver ou à démolir (let. c); le cas échéant, les surfaces brutes de plancher, les cotes d'altitude et le nombre de niveaux (let. d); les aires de circulation des piétons et des véhicules, les garages et places de stationnement ainsi que leur accès (let. e); les autres équipements, en particulier les collecteurs et les conduites d'énergie, existants ou à créer, y compris leurs raccordements (let. f). Le plan peut imposer notamment des emplacements collectifs de jeux et de loisirs, des espaces de verdure et des plantations d'arbres ainsi que des dispositions concernant les étapes et les conditions de réalisation (art. 69 al. 2 LATC). La municipalité peut exiger une maquette ou un montage photographique ou la pose de gabarits en vue de l'enquête publique (art. 69 al. 3 LATC). L'art. 69 LATC ne fixe toutefois pas un contenu minimum contraignant du plan de quartier en précisant que: "En règle générale, le plan comprend les éléments suivants: ...". En définitive, ce sont les dispositions nécessaires pour définir les conditions détaillées d'urbanisme, d'implantation et de construction au sens de l'art. 64 al. 1 LATC qui font partie du contenu contraignant du plan de quartier (cf. CDAP AC.2012.0046 du 29 août 2012 consid. 3a/aa; AC.2009.0246 du 28 février 2011 consid. 2c), tout comme celles découlant de l'art. 47 al. 1 LATC auquel renvoie notamment l'art. 64 al. 2 LATC. Le contenu d'un tel plan doit, quoi qu'il en soit, être adapté aux objectifs d’aménagement et de développement poursuivis par la commune dans le secteur. Les mesures qui résultent du plan et du règlement doivent permettre d’atteindre ces objectifs, et si plusieurs mesures permettent d’obtenir le résultat recherché, l’autorité doit alors appliquer celle qui lèse le moins les intéressés (art. 4 LATC). Le tribunal doit donc examiner si le plan et ses dispositions règlementaires, qui forment un tout, sont propres à atteindre les objectifs recherchés, soit si elles sont en adéquation avec la concrétisation des objectifs de développement retenus pour le secteur considéré au niveau communal, régional et cantonal (cf. CDAP AC.2012.0046 du 29 août 2012 consid. 3a/bb; AC.2009.0246 du 28 février 2011 consid. 2d).

Le périmètre du plan de quartier est par ailleurs délimité autant que possible par des voies publiques ou privées existantes ou projetées, par des éléments construits importants ou par des obstacles naturels tels que forêts ou cours d'eau; il peut comprendre des terrains bâtis ou non (art. 65 LATC).

Le plan de quartier peut s'écarter des normes du plan d'affectation, à condition de respecter les objectifs d'aménagement de la ou des communes et les principes applicables à l'extension des zones à bâtir; il abroge dans le périmètre les règles générales du plan d'affectation qui lui sont contraires (art. 66 al. 1 LATC).

Le plan de quartier est en définitive un instrument de droit cantonal et aucune disposition du droit fédéral ne règle le degré de précision qu'il requiert (cf. TF 1C_163/2011 du 15 juin 2012 consid. 3.1; 1A.197/2001 du 18 avril 2002 consid. 4.2).

Le plan de quartier n'existe plus dans la LATC révisée en vigueur depuis le 1^er septembre 2018.

4.                      L'art. 33 LAT impose aux cantons d'instituer une protection juridique en matière de plans d'affectation et de prévoir "qu'une autorité de recours au moins ait un libre examen" (art. 33 al. 3 let. b LAT). Ce libre examen ne se réduit pas à un contrôle complet de la constatation des faits et de l'appréciation du droit; il comporte aussi un contrôle de l'opportunité. L'autorité doit vérifier que la planification contestée devant elle est juste et adéquate. Dans ce cadre, l'autorité cantonale de recours doit toutefois préserver la liberté d'appréciation dont les communes ont besoin dans l'accomplissement de leurs tâches, conformément à ce que prescrit l'art. 2 al. 3 LAT. Cette liberté d'appréciation implique qu'une mesure d'aménagement appropriée doit être confirmée; l'autorité de recours n'est pas habilitée à lui substituer une autre solution qui serait également appropriée. Le contrôle de l'opportunité s'exerce donc avec retenue sur des points concernant principalement des intérêts locaux, tandis que, au contraire, la prise en considération adéquate d'intérêts d'ordre supérieur, dont la sauvegarde incombe au canton, doit être imposée par un contrôle strict (cf. ATF 1C_424/2014, 1C_425/2014 du 26 mai 2015 consid. 4.1.1 et les arrêts cités). Sur le plan matériel, lors de l'adoption d'un plan de quartier, l'autorité communale bénéficie d'une liberté d'appréciation particulière que l'autorité de recours contrôle avec retenue. En dépit de son pouvoir d'examen complet, la seconde ne peut intervenir et, cas échéant, substituer sa propre appréciation à celle des autorités communales que si celle-ci n'est objectivement pas soutenable ou contrevient au droit supérieur (ATF 1C_424/2014, 1C_425/2014 du 26 mai 2015 consid. 4.1.1 et les arrêts cités). Ainsi, agit par exemple en violation de l'art. 2 al. 3 LAT l'autorité de recours qui, fondée sur son pouvoir d'appréciation en opportunité, annule un plan de quartier qui ne consacre pourtant aucune violation évidente des principes de l'aménagement du territoire (ATF 1C_82/2008 du 28 mai 2008 consid. 6).

Cela étant, la liberté d'appréciation des autorités en charge de l'aménagement du territoire n'est pas totale. L'autorité de planification doit en effet se conformer aux buts et aux principes d'aménagement du territoire tels qu'ils résultent de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101) (art. 75 Cst.) et de la loi (art. 1 et 3 LAT); elle doit également prendre en considération les exigences découlant de la législation fédérale sur la protection de l'environnement. Une appréciation correcte de ces principes implique une pesée globale de tous les intérêts en présence (art. 3 OAT) (cf. ATF 1C_352/2014 du 10 octobre 2014 consid. 3.1).

5.                      a) Les recourants considèrent la décision du DTE lacunaire. Ils font valoir que le DTE ne se prononce que sur la question de la modification de l'affectation des parcelles 414 et 563, mais n'indique pas les motifs démontrant que le projet de plan de quartier respecte les normes relatives à la protection de l'environnement, du paysage et des monuments historiques, sur les forêts, etc.

b) Une décision administrative doit notamment contenir "les faits, les règles juridiques et les motifs sur lesquels elle s'appuie" (art. 42 let. c de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD; RSV 173.36]). Cette exigence découle du droit d'être entendu, tel qu’il est garanti par l’art. 29 al. 2 Cst. ainsi que par l'art. 27 al. 2 de la Constitution du 14 avril 2003 du Canton de Vaud (Cst.-VD; RSV 101.01). Tel qu’il est garanti par l'art. 29 Cst., le droit d'être entendu comprend en particulier le devoir, pour l’autorité, de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre, la contester utilement s’il y a lieu et exercer son droit de recours à bon escient. Selon la jurisprudence, l'autorité doit mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (ATF 139 IV 179 consid. 2.2, 138 IV 81 consid. 2.2). L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais elle peut au contraire se limiter à ceux qui lui paraissent pertinents (ATF 137 II 266 consid. 3.2 p. 270; ATF 136 I 229 consid. 5.2 p. 236). La motivation peut être implicite et résulter des différents considérants de la décision (TF 1C_91/2015 du 9 septembre 2015 consid. 3.1 ; 2C_23/2009 du 25 mai 2009 consid. 3.1, publié in RDAF 2009 II p. 434 ; 2C_14/2014 du 27 août 2014 consid. 3.3, non publié in ATF 140 II 345). La violation du droit d'être entendu commise en première instance peut être guérie si le justiciable dispose de la faculté de se déterminer dans la procédure de recours, pour autant que l'autorité de recours dispose d'un plein pouvoir d'examen, en fait et en droit (ATF 135 I 279 consid. 2.6.1; 133 I 201 consid. 2.2; 132 V 387 consid. 5.1, et les arrêts cités; AC.2012.0160 du 25 juillet 2013 consid. 3a; AC.2012.0107 du 10 avril 2013 consid. 2a).

c) En l'espèce, il ressort du rapport de synthèse d'examen préalable établi par le SDT le 10 juin 2016 que le PQ Musée du Léman respecte les normes relatives aux différents aspects de l'aménagement du territoire. Ce rapport de synthèse comprend l'appréciation globale du dossier, ainsi que les préavis des différents services cantonaux consultés, dont il ressort que, sous réserve qu'il soit procédé aux modifications demandées dans la synthèse et les préavis, tous les services cantonaux ont préavisé favorablement le plan de quartier. Dans la mesure où la décision du DTE se réfère à ce rapport de synthèse d'examen préalable, elle apparaît suffisamment motivée. Le grief des recourants doit dès lors être rejeté.

6.                      a) Les recourants font valoir que l'adoption du PQ Musée du Léman aura pour effet qu'une partie de la parcelle 414 et l'entier de la parcelle 563, qui sont actuellement colloquées par le RPPA Bourg de Rive en zone d'extension de la zone de verdure et par conséquent inconstructibles, seront colloquées en zone d'installations (para-)publiques et par conséquent constructibles au sens de l'art. 15 LAT. Ils reprochent aux autorités communales de n'avoir pas procédé à un examen des conditions de l'art. 15 al. 4 LAT, pour un tel classement. Dans leurs déterminations du 15 août 2018 sur le procès-verbal de l'audience, les recourants développent leur argumentation selon laquelle ce changement d'affectation partiel en zone à bâtir constituerait une violation de l'art. 66 LATC (qui n'autorise que des modifications secondaires par rapport au plan d'affectation). Ils rappellent la teneur de l'art. 1 RPPA Bourg de Rive, selon lequel "l'Etat de Vaud a instauré une zone réservée sur le lieu dit Bourg de Rive", qu'"il impose l'adoption d'un plan de quartier, d'un PPA, d'un plan d'affectation cantonal ou d'un plan de classement permettant d'assurer la protection du site caractéristique de l'ancienne ville et de ses dégagements sur l'ancienne muraille de la ville jusqu'à la rue de Rive", que "le PPA répond à cet ob­jectif" et qu'"il développe la zone de verdure sur l'ensemble du périmètre et n'admet que de faibles possibilités de bâtir". Or, en prévoyant la construction d'un très grand bâtiment dans un périmètre inconstructible et la démolition de bâtiments en notes *2*, *3* et *4* au recensement architectural, dont certains sont classés et portés aux inventaires cantonal et fédéral, le PQ Musée du Léman irait à l'encontre des objectifs fixés par le canton et mis en œuvre par le PPA Bourg de Rive. Les recourants relèvent également que la création d'une nouvelle zone à bâtir dans cette surface inconstructible est une tâche fédérale au sens de l'art. 2 LPN, raison pour laquelle la CFMH devrait rendre une expertise. Ils se réfèrent par ailleurs à un arrêt du Tribunal fédéral (1C_361/2011 du 28 juin 2012), selon lequel une surface non bâtie au sein de la zone largement bâtie ou urbanisée ne peut être considérée comme une brèche dans le milieu bâti que jusqu'à un hectare (et dès lors être assimilée à la zone à bâtir); au-delà, toutefois, la conclusion inverse s'impose. Ils font enfin valoir qu'il est nécessaire de compenser les parcelles situées hors zone à bâtir qui seront colloquées en zone à bâtir.

Le DTE soutient quant à lui que le secteur régi par le PQ Musée du Léman, actuellement colloqué en zone d'extension de la zone de verdure, est déjà affecté en zone à bâtir au sens de l'art. 15 LAT.

b) L’art. 15 LAT est libellé comme il suit:

"¹ Les zones à bâtir sont définies de telle manière qu'elles répondent aux besoins prévisibles pour les quinze années suivantes.

² Les zones à bâtir surdimensionnées doivent être réduites.

³ L'emplacement et la dimension des zones à bâtir doivent être coordonnés par-delà les frontières communales en respectant les buts et les principes de l'aménagement du territoire. En particulier, il faut maintenir les surfaces d'assolement et préserver la nature et le paysage.

⁴ De nouveaux terrains peuvent être classés en zone à bâtir si les conditions suivantes sont réunies:

     a.  ils sont propres à la construction;

     b.  ils seront probablement nécessaires à la construction dans les quinze prochaines années même si toutes les possibilités d'utilisation des zones à bâtir réservées ont été épuisées et ils seront équipés et construits à cette échéance;

     c.  les terres cultivables ne sont pas morcelées;

     d.  leur disponibilité est garantie sur le plan juridique;

     e.  ils permettent de mettre en œuvre le plan directeur.

⁵ La Confédération et les cantons élaborent ensemble des directives techniques relatives au classement de terrains en zone à bâtir, notamment à la manière de calculer la surface répondant aux besoins."

c) Selon la doctrine et la jurisprudence, les zones à constructibilité restreinte - que le droit cantonal connaît et désigne sous différentes formes (p. ex. zone à laisser libre de construction, zone verte, zone de détente) - servent généralement des objectifs multiples. Elles visent notamment à structurer le milieu bâti, à séparer les zones habitées des zones industrielles, à maintenir des espaces verts dans le centre des localités et/ou à fournir à la population des espaces de loisirs et de détente. Autrement dit, elles concrétisent les buts et principes de l'aménagement du territoire en maintenant une qualité du milieu bâti et des territoires servant au délassement (art. 1 al. 2 let. a bis, et art. 3 al. 2 let. d et al. 3 let. b et e LAT). Même si aucun minimum n'est évidemment prévu, chacun doit pouvoir trouver à proximité raisonnable de son domicile un îlot naturel qui puisse constituer un lieu de délassement. Il n'est pas toujours facile de déterminer si les zones à laisser libre de construction ou à constructibilité restreinte représentent des catégories de zones à bâtir ou des zones de non bâtir. Comme la notion de zone à bâtir relève du droit fédéral, la nomenclature utilisée par le droit cantonal ou communal et la systématique de celui-ci ne sont pas à elles seules déterminantes. Pour juger si la zone à laisser libre de construction ou à constructibilité restreinte doit être considérée comme faisant partie de la zone à bâtir, il s'agit de déterminer sa fonction, d'examiner la règlementation et son emplacement par rapport à la zone à bâtir. Les zones à laisser libre de construction ou à constructibilité restreinte sont en tout cas des zones à bâtir si elles sont englobées dans une zone bâtie et servent à ménager des aires de verdure en son sein (Eloi Jeannerat/Pierre Moor, Commentaire pratique LAT: Planifier l'affectation, ad art. 14 LAT, p. 270 ss, nos 59 ss, et les références jurisprudentielles citées).

d) En l'espèce, l'examen des critères cités ci-dessus (fonction de la zone en question, sa règlementation et son emplacement par rapport à la zone à bâtir) permet de déterminer ce qui suit:

aa) L'art. 3 RPPA Bourg de Rive, intitulé "Zone de verdure", a la teneur suivante:

"3.1 Les articles 62 et 63 du règlement communal sur le plan d'extension et la police des constructions répondent parfaitement au Bourg de Rive, et doivent être appliqués.

– Article 62 – Définition

Cette zone est destinée à sauvegarder les sites, créer des îlots de verdure et aménager des places de jeux.

Elle est caractérisée par l'interdiction de bâtir.

– Article 63 – Exceptions

La Municipalité, sur préavis de la Commission, peut autoriser l'édification de constructions publiques ou d'utilité publique de minime importance, à l'exclusion, notamment, d'habitations et de garages à voitures.

Ces constructions doivent s'intégrer à la zone de verdure.

(...)"

bb) L'art. 64 RPE dispose ce qui suit:

"Art. 64   Parcelles en partie en zone de verdure et/ou aire forestière

Dans une parcelle constructible comportant une partie en zone de verdure, la surface totale de la parcelle est prise en considération pour le calcul des droits à bâtir.

En revanche, les surfaces cadastrées en nature de forêt, au sens de la loi fédérale de 1902 sur les forêts, n'entrent pas en considération."

cc) S'agissant du critère de la fonction de la zone, l'art. 3 RPPA Bourg de Rive renvoie aux art. 62 et 63 RPE. L'art. 62 RPE prévoit que la zone de verdure est destinée à sauvegarder les sites, créer des îlots de verdure et aménager des places de jeux. Il convient d'en déduire que cette zone de verdure a bien un usage urbain. Quant au fait que, comme les recourants le relèvent, la zone de verdure est, selon l'art. 62 al. 2 RPE, "caractérisée par l'interdiction de bâtir", cela n'exclut pas qu'il s'agisse d'une zone à bâtir au sens de l'art. 15 LAT. En effet, si l'on veut préserver des espaces verts dans un milieu urbain, il est normal de prévoir un caractère inconstructible de certaines zones à bâtir (comme les zones de verdure).

dd) S'agissant de la réglementation, celle-ci détermine la fonction de la zone, comme on le constate ci-dessus (cf. art. 3 RPPA Bourg de Rive et 62 RPE).

Il convient également de relever que l'art. 7 RPPA Bourg de Rive (mentionné. ci-dessus, partie Faits, lettre C, dernier §) attribue au secteur un degré de sensibilité III selon l'art. 44 OPB, ce qui va dans le sens d'une qualification de zone à bâtir. En effet, le degré de sensibilité III est appliqué dans les zones où sont admises des entreprises moyennement gênantes notamment dans les zones d'habitation et artisanales (zones mixtes), ainsi que dans les zones agricoles (cf. art. 43 al. 1 let. c OPB).

Enfin, l'art. 64 al. 1 RPE indique que, "dans une parcelle constructible comportant une partie en zone de verdure, la surface totale de la parcelle est prise en considération pour le calcul des droits à bâtir". Cette disposition est déterminante. En effet, il ressort de l'examen du "Plan des zones" entré en vigueur le 16 novembre 1984 (voir ci-dessus, partie Faits, lettre B, 1^er §) que le secteur était colloqué en partie en "zone urbaine de l'ancienne ville" et en "zone de construction d'utilité publique" et était pour le reste affecté en "zone de verdure". Cela signifie que l'art. 64 al. 1 RPE était applicable au secteur concerné par le PQ Musée du Léman et que la zone de verdure devait par conséquent être prise en considération dans le calcul des droits à bâtir. Le secteur était par conséquent bien considéré comme de la zone à bâtir au sens de l'art. 15 LAT. Autrement dit, les parcelles 414 et 563 étaient déjà colloquées en zone à bâtir par le plan général d'affectation communal de 1984. En effet, la zone de verdure ne compterait pas dans le calcul des droits à bâtir, si elle avait été considérée comme étant "hors zone à bâtir ".

ee) Quant à l'emplacement du secteur par rapport à la zone à bâtir, il ressort  de l'étude de vues aériennes au dossier que le PQ Musée du Léman est situé à l'intérieur du périmètre du territoire urbanisé, soit totalement englobé dans une zone bâtie. Cette analyse conduit également à considérer qu'il s'agit d'une zone à bâtir au sens de l'art. 15 LAT.

e) Au vu de ce qui précède, il convient de conclure que le secteur concerné par le PQ Musée du Léman était déjà affecté en zone à bâtir au sens de l'art. 15 LAT par le "Plan des zones" entré en vigueur le 16 novembre 1984 ainsi que par le PPA Bourg de Rive. L'autorité communale n'avait ainsi pas à procéder à l'examen des conditions de l'art. 15 al. 4 LAT dans le cadre du rapport selon l'art. 47 OAT relatif à l'adoption du PQ Musée du Léman. L'exigence de compenser les surfaces inconstructibles tombe également.

Partant, le grief de violation de l'art. 66 LATC invoqué par les recourants doit également être rejeté, dès lors qu'aucune zone à bâtir n'a été créée par la planification et que les objectifs d'aménagement de la Commune de Nyon ont été respectés.

f) Les recourants effectuent une comparaison avec l'affaire traitée dans l'arrêt 1C_361/2011 du 28 juin 2012, dans laquelle le Tribunal fédéral a jugé qu'un bien-fonds de 18'850 m² - soit de la même surface que dans le cas du PQ Musée du Léman (18'491 m²) - ne pouvait pas être qualifié de brèche dans le tissu bâti, et ne pouvait dès lors pas être assimilé à la zone à bâtir.

Or, il s'agissait, dans le cas de l'arrêt du Tribunal fédéral, d'une parcelle qui, même si elle se trouvait au milieu d'une "zone largement construite", était néanmoins située dans un secteur excentré de la commune de Montreux. Ici, les parcelles sont sises au centre-ville de Nyon.

g) Les recourants considèrent que les règles du RPQ Musée du Léman sont en contradiction avec le PPA Bourg de Rive par lequel le secteur est actuellement régi, d'une part parce que le PQ Musée du Léman crée une nouvelle zone à bâtir, d'autre part parce qu'il permettra d'accueillir un bâtiment d'une hauteur de beaucoup supérieure aux bâtiments environnants.

Or, au vu du considérant 5/e ci-dessus selon lequel le PQ Musée du Léman ne crée pas de nouvelle zone à bâtir, le grief y relatif tombe. Quant au fait que ce plan de quartier prévoit de nouvelles règles de hauteur, il n'est pas critiquable. En effet, comme on l'a relevé ci-dessus (consid. 3, 3^ème §), un plan de quartier peut s'écarter des normes du plan d'affectation, à condition de respecter les objectifs d'aménagement de la commune et les principes applicables à l'extension des zones à bâtir; il abroge dans le périmètre les règles générales du plan d'affectation qui lui sont contraires (art. 66 al. 1 LATC).

h) Les griefs des recourants doivent dès lors être rejetés, et leur demande que soit requise une expertise de la CFMH également.

7.                      a) Les recourants se plaignent d'une absence de coordination matérielle. Ils estiment en outre qu'il faudrait déjà déterminer les accès aux constructions prévues dans le cadre du plan de quartier; ils requièrent par conséquent qu'une étude de trafic soit effectuée à ce stade (et non lors du permis de construire).

b) L'art. 25a LAT énonce, à ses al. 1 à 3, des principes en matière de coordination lorsque l'implantation ou la transformation d'une construction ou d'une installation nécessite des décisions émanant de plusieurs autorités. Une autorité chargée de la coordination doit en particulier veiller à ce que toutes les pièces du dossier de demande d'autorisation soient mises simultanément à l'enquête publique (art. 25a al. 2 let. b LAT) et à ce qu'il y ait une concordance matérielle des décisions ainsi que, en règle générale, une notification commune ou simultanée (art. 25a al. 2 let. d LAT); ces décisions ne doivent pas être contradictoires (art. 25a al. 3 LAT). Ces principes ont été conçus pour être mis en oeuvre au stade de l'autorisation de construire; la loi prévoit cependant qu'ils sont applicables par analogie à la procédure des plans d'affectation (art. 25a al. 4 LAT). Enfin, la loi ne tend pas à une coordination maximale, mais doit assurer une coordination suffisante, ce que précisent les textes allemand et italien de l'art. 25a al. 1 LAT (cf. arrêts 1C_552/2016 du 15 janvier 2018 consid. 3.1; 1C_309/2013 du 4 juillet 2013 consid. 3.3.1; Arnold Marti, Commentaire LAT, 2010, n. 23 ad art. 25a LAT).

En principe la question de l’équipement routier doit être examinée au stade de l’autorisation de construire (AC.2015.0218 du 17 août 2016 consid. 3a). L’art. 22 al. 2 let. b LAT dispose en effet que l'autorisation de construire n'est délivrée que si le terrain est équipé. L'art. 104 al. 3 LATC a la même teneur. Aux termes de l'art. 19 al. 1 LAT, un terrain est réputé équipé lorsqu'il est desservi d'une manière adaptée à l'utilisation prévue par des voies d'accès et par des conduites auxquelles il est possible de se raccorder sans frais disproportionnés pour l'alimentation en eau et en énergie, ainsi que pour l'évacuation des eaux usées. Une voie d'accès est adaptée à l'utilisation prévue lorsqu'elle est suffisante d'un point de vue technique et juridique pour accueillir tout le trafic de la zone qu'elle dessert. Il faut aussi que la sécurité des usagers soit garantie sur toute sa longueur, que le revêtement soit adéquat en fonction des types de véhicules qui vont l'emprunter, que la visibilité et les possibilités de croisement soient suffisantes et que l'accès des services de secours et de voirie soit assuré (ATF 121 I 65 consid. 3a et les arrêts cités; TF 1C_221/2007 du 3 mars 2008 consid. 7.2; arrêt AC.2012.0300 du 12 juin 2013). Les infrastructures doivent ainsi être adaptées aux possibilités de construire offertes par le plan de zones. Un terrain ne peut dès lors être considéré comme équipé si, une fois construit conformément aux règles du plan d'affectation, son utilisation entraîne un accroissement du trafic qui ne peut pas être absorbé par le réseau routier. Il en va de même si l'accroissement du trafic provoque des atteintes nuisibles ou incommodantes dans le voisinage, contraires à la législation fédérale sur la protection de l'environnement (ATF 119 Ib 480 consid. 6a; 116 Ib 159 consid. 6b).

Au stade de la planification, l’aménagement des accès n’a pas à être étudié dans le détail (arrêts AC.2011.0193 du 24 mai 2012 consid. 3a; AC.2008.0138 du 31 juillet 2009 consid. 1c/bb). Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, ce n’est que lorsqu'un plan partiel d'affectation est à ce point précis qu'il permet d'appréhender les problèmes de trafic que la question de l'équipement en accès doit être résolue au stade de l'adoption du plan et non au stade ultérieur du permis de construire (TF 1C_298/2007 du 7 mars 2008 consid. 8.1; 1P.166/1999 et 1A.56/1999 du  31 mars 2000 consid. 5, résumé dans la RDAF 2000 I 427; ATF 120 Ib 436 consid. 2d/bb et 118 Ib 66 consid. 2a s'agissant du respect des prescriptions en matière d'environnement).

c) En l'espèce, le PQ Musée du Léman a fait l'objet d'un rapport selon l'art. 47 OAT, dans le cadre duquel ont été examinés les différents intérêts pris en compte dans le cadre de la planification. Les aspects en lien avec la protection de l'environnement ont en particulier été étudiés et exposés dans la notice d'impact sur l'environnement établie le 18 novembre 2015 par le bureau F.________, de même que dans un concept paysager établi par le bureau D.________ (voir ci-dessus, partie Faits, lettre K). Le SDT a effectué une synthèse et procédé à une pesée des différents intérêts (dans son rapport de synthèse d'examen préalable du 10 juin 2016). Il a par conséquent rempli son obligation de coordination.

Les questions d'accessibilité et d'impact induits sur le réseau routier ont quant à elles fait l'objet d'une note technique détaillée (du 17 octobre 2016) par le bureau E.________. Celle-ci consiste en une expertise de dix-sept pages comportant des données sur les visiteurs du musée (actuels – 22'000 par an - et hypothétiques – de 40'000 à 80'000 par an), leurs modes de transports, les besoins en stationnement générés par l'augmentation de leur nombre (besoins estimés en se référant à la norme VSS 640 281) et l'organisation du stationnement prévue, enfin l'accès des véhicules de livraison. Partant du constat que la majorité des visiteurs actuels du musée se déplace à pied ou en transports publics, les auteurs proposent plusieurs mesures pour maintenir, voire augmenter cette part modale. Par ailleurs, ils concluent que la capacité du réseau routier est largement suffisante pour absorber l'augmentation de trafic (inférieure à 2.2%) sur les axes routiers du secteur due à une augmentation de la fréquentation du Musée du Léman. De même, la capacité du parking souterrain de la Duche (situé sur la parcelle 419 voisine) est jugée satisfaisante pour permettre le stationnement lié à l'augmentation de la fréquentation du musée. Se fondant sur cette note technique, la Direction générale de la mobilité et des routes (DGMR) a préavisé favorablement le PQ Musée du Léman (à condition que soient prises en compte certaines de ses demandes au sujet de points secondaires). Il apparaît dès lors que les problèmes d'accessibilité et d'impact qu'un nouveau Musée du Léman induirait sur le réseau routier ont été suffisamment étudiés, et que les autorités de planification n'avaient pas à étudier davantage ces aspects au stade de la planification.

d) Les griefs des recourants doivents dès lors être rejetés, et leur demande qu'une étude de trafic soit effectuée, également.

8.                      a) Les recourants font valoir que certains murs des bâtiments destinés à être détruits font l'objet d'une protection.

b) aa) Il y a lieu de rappeler les diverses mesures à disposition des autorités en matière de protection des monuments (v. pour tout ce qui suit AC.2016.0043 du 21 mars 2017).

bb) L'art. 5 de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage du 1^er juillet 1966 (LPN; RS 451) prévoit ce qui suit:

"Art. 5 Inventaires fédéraux d'objets d'importance nationale

¹ Le Conseil fédéral établit, après avoir pris l'avis des cantons, des inventaires d'objets d'importance nationale; il peut se fonder à cet effet sur des inventaires dressés par des institutions d'Etat ou par des organisations oeuvrant en faveur de la protection de la nature, de la protection du paysage ou de la conservation des monuments historiques. Les critères qui ont déterminé le choix des objets seront indiqués dans les inventaires. En outre, ceux-ci contiendront au minimum:

a.    la description exacte des objets;

b.    les raisons leur conférant une importance nationale;

c.    les dangers qui peuvent les menacer;

d.    les mesures de protection déjà prises;

e.    la protection à assurer;

f.    les propositions d'amélioration.

² Les inventaires ne sont pas exhaustifs. Ils seront régulièrement réexaminés et mis à jour; le Conseil fédéral décide de l'inscription, de la modification ou de la radiation d'objets, après avoir pris l'avis des cantons. Les cantons peuvent, de leur propre chef, proposer un nouvel examen."

L’art. 6 al. 1 LPN dispose que "l'inscription d'un objet d'importance nationale dans un inventaire fédéral indique que l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas d'être ménagé le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de remplacement adéquates". En outre, selon l’art. 6 al. 2 LPN, "lorsqu'il s'agit de l'accomplissement d'une tâche de la Confédération, la règle suivant laquelle un objet doit être conservé intact dans les conditions fixées par l'inventaire ne souffre d'exception, que si des intérêts équivalents ou supérieurs, d'importance nationale également, s'opposent à cette conservation".

Cela étant, si l’art. 6 al. 1 LPN indique qu’un objet d’importance nationale mérite spécialement d’être conservé intact ou en tout cas d’être ménagé le plus possible, le droit fédéral ne règle pas directement la mise en œuvre de cette protection. Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral (en dernier lieu: 1C_488/2015 du 24 août 2016, consid. 4.5.3; ég. 1C_276/2015 du 29 avril 2016, consid. 3.1; 1C_545/2014 du 22 mai 2015, consid. 5.3), les inventaires fédéraux prévus à l'art. 5 LPN - au nombre desquels se trouve l'ISOS (art. 1 de l'ordonnance concernant l'Inventaire fédéral des sites construits à protéger en Suisse [OISOS; RS 451.12]) - sont assimilés matériellement à des conceptions et à des plans sectoriels au sens de l'art. 13 al. 1 LAT. Dans le cadre de leur obligation générale de planifier selon l'art. 2 LAT, les cantons doivent tenir compte, dans leur planification directrice, de ces inventaires en tant que forme spéciale des conceptions et plans sectoriels de la Confédération (art. 6 al. 4 LAT). En raison de la force obligatoire des plans directeurs pour les autorités (art. 9 LAT), les objectifs de protection figurant dans les inventaires fédéraux se retrouvent dans les plans d'affectation (art. 14 ss LAT). Cette transcription intervient en particulier par la désignation de zones protégées au sens de l'art. 17 al. 1 LAT et dans la mise en oeuvre des autres mesures de protection prévues à l'art. 17 al. 2 LAT. Ce n'est qu'une fois adoptée que cette planification de l'affectation est également contraignante pour les propriétaires (ATF 135 II 209 consid. 2.1 p. 213).

La jurisprudence fédérale retient ainsi (1C_545/2014 précité, consid. 5.3) qu'en principe, l'inventaire ISOS doit être transcrit dans les plans directeurs cantonaux, puis dans la planification locale au moyen des instruments prévus à l'art. 17 LAT. En raison de la variété des situations entrant en considération, un zonage au sens de l'art. 17 al. 1 LAT n'est pas toujours propre à atteindre le but de protection recherché. Font notamment partie des autres mesures réservées par l'art. 17 al. 2 LAT les inventaires et classements, les clauses générales de protection et les clauses d'esthétique, les contrats avec les particuliers, l'expropriation formelle ainsi que les mesures provisionnelles (ATF 135 I 176 consid. 3.1 p. 179). Une mesure de protection par le biais d'une simple décision est ainsi envisageable (arrêt 1C_536/2011 du 15 août 2012 consid. 2.2.3).

L'arrêt fédéral le plus récent souligne que l'ISOS entraîne pour la commune l'obligation de reprendre dans sa planification la protection de l'image de la localité. Dans le choix des mesures, elle dispose d'un large pouvoir d'appréciation. L'inventaire ISOS ne peut donc pas être considéré comme du droit directement applicable. Il convient bien plutôt, après avoir déterminé les mesures adéquates, de le transcrire dans les normes correspondantes. Ce n'est qu'après l'édiction de ces normes contraignantes pour les propriétaires que celles-ci trouvent application dans la procédure de permis de construire. Ainsi, l'ISOS n'est déterminant qu'au travers de la planification communale, mais pas directement dans la procédure de permis de construire (1C_488/2015, consid. 4.5.5). Les plans d'affectation (et les prescriptions qui leur sont étroitement liées) ne peuvent pas faire l'objet d'un contrôle accessoire qui viserait à contrôler s'ils sont conformes à l'ISOS (1C_488/2015 précité, consid. 4.6). Cet arrêt rappelle néanmoins, comme les précédents, que les inventaires fédéraux ont aussi une portée pour l'exécution des tâches cantonales et communales: le devoir de les respecter se répercute d'une part dans les plans d'affectation qui mettent en oeuvre les objectifs de protection, d'autre part dans les décisions d'espèce où les objectifs de protection interviennent dans les pesées d'intérêts et influencent l'interprétation des principes juridiques indéterminés du droit des constructions (1C_488/2015 précité, consid. 4.3 in fine et les références citées, notamment ATF 135 II 209, consid. 2.1 in fine).

cc) Cette conception théorique "pyramidale" (v. ATF 137 II 254, consid. 3) où sont censés intervenir successivement l'ISOS, le plan directeur cantonal et la planification communale, ne se retrouve pas nécessairement dans la pratique, où les divers instruments s'élaborent souvent dans un ordre différent.

dd) Dans le canton de Vaud, le Plan directeur cantonal (PDCn; adaptation 3, en vigueur le 1^er janvier 2016; http://www.vd.ch/themes/territoire/amenagement/plan-directeur-cantonal/) décrit une mesure C11 "Patrimoine culturel et développement régional" dont les éléments qui ont force obligatoire pour les autorités publiques (encadrés en gris dans le document, cf PDCn p. 5) prévoient notamment que "les inventaires relatifs à la protection du patrimoine culturel sont intégrés dans toutes les planifications et constituent des données de base pour les projets cantonaux, régionaux ou communaux". Le Plan directeur cantonal (p. 157 s.) distingue les inventaires selon qu'ils ont un "effet contraignant" ou un "effet d'alerte". Il précise que l'inventaire à effet contraignant induit des restrictions d’usage d’un bien‐fonds (directement opposable à un tiers) avec des effets directs sur l’affectation du sol; tel est le cas par exemple des inventaires des zones alluviales, des hauts‐marais, des bas marais, etc. L'inventaire à effet d'alerte "restreint les possibilités d'aménagement et de modification des objets qu’il protège, et pour certains les activités qui y sont pratiquées. Se traduit généralement par des dispositions permettant d'assurer leur protection". Cette dernière phrase signifie probablement que l'inventaire à "effet d'alerte" n'est contraignant qu'après sa mise en oeuvre dans une base légale formelle, ce qui correspond à la jurisprudence fédérale cité plus haut. C'est dans cette catégorie-là (effet d'alerte) qu'est mentionné notamment l'ISOS et l'inventaire des monuments historiques de l'art. 49 LPNMS.

ee) Le recensement architectural n'est pas prévu par la loi cantonale du 17 décembre 1969 sur la protection de la nature, des monuments et des sites (LPNMS; RSV 450.11), mais pas l'art. 30 de son règlement d'application du 22 mars 1989 (RLPNMS; RSV 450.11.1), qui dispose que le département "établit le recensement architectural des constructions en collaboration avec les communes concernées, selon les directives publiées à cet effet". Le recensement architectural, dont le processus est décrit dans une plaquette intitulée "Recensement architectural du canton de Vaud", éditée en novembre 1995 par la section monuments historiques et archéologie du Service des bâtiments et rééditée en mai 2002 (disponible sur le site internet cantonal à la page http://www.patrimoine.vd.ch/fileadmin/groups/60/pdf/MS_Brochure_Recensement_mai2002.pdf), est une mesure qui tend à repérer et à mettre en évidence des bâtiments dignes d'intérêt, de manière à permettre à l'autorité de prendre, le cas échéant, les mesures de protection prévues par la loi. Il comporte l'attribution de notes qui sont les suivantes: "1": Monument d'importance nationale; "2": Monument d'importance régionale; "3": Objet intéressant au niveau local; "4": Objet bien intégrés; "5": Objet présentant des qualités et des défauts; "6": Objet sans intérêt; "7": Objet altérant le site (v. détails sur les notes de recensement sur le site internet cantonal à la page http://www.patrimoine.vd.ch/fileadmin
/groups/60/pdf/MS_Brochure_Recensement_mai2002.pdf). Le recensement architectural couvre en principe tous les bâtiments (voir pour les détails la plaquette précitée, p. 6) et n'entraîne pas en soi de mesures de protection spéciale au sens des art. 16 et 17 LPNMS (objets à l'inventaire) ou des art. 23 et 54 LPNMS (objets classés). La note attribuée doit être indiquée dans la demande de permis de construire (art. 69 al. 1 let. h RLATC) et apparaître dans la publication relative à l'enquête (art. 72 al. 1 let. c RLATC).

Selon l'art. 31 RLPNMS, le recensement architectural sert de base à l'inventaire prévu à l'art. 49 LPNMS.

L'inventaire est prévu à l'art. 49 al. 1 LPNMS dans les termes suivants:

"Un inventaire sera dressé de tous les monuments de la préhistoire, de l'histoire, de l'art et de l'architecture et des antiquités immobilières situés dans le canton, qui méritent d'être conservés en raison de l'intérêt archéologique, historique, artistique, scientifique ou éducatif qu'ils présentent."

L'inventaire oblige le propriétaire à annoncer les travaux qu'il envisage au département, qui peut soit autoriser les travaux annoncés, soit ouvrir une enquête en vue du classement de l'objet (art. 16 et 17 LPNMS, par renvoi de l'art. 51 LPNMS).

Enfin, le classement a pour effet qu'aucune atteinte ne peut être portée à l'objet classé sans autorisation préalable du département cantonal compétent (art. 23 et 54 LPNMS).

La mise à l'inventaire et le classement sont les instruments de la "protection spéciale" des monuments historiques et des antiquités (v. le titre du chap. V de la LPNMS).

La LPNMS prévoit encore à son chapitre IV une "protection générale" des monuments historiques et des antiquités selon laquelle "sont protégés conformément à la présente loi tous les monuments de la préhistoire, de l'histoire, de l'art et de l'architecture et les antiquités immobilières situés dans le canton, qui présentent un intérêt archéologique, historique, artistique, scientifique ou éducatif" (art. 46 al. 1 LPNMS). La jurisprudence a constaté depuis longtemps (AC.2009.0209 du 26 mai 2010 consid. 2b; en dernier lieu AC.2016.0055 du 6 décembre 2016, consid. 3b; ég. AC.2015.0153 du 15 septembre 2016 consid. 2c; AC.2015.0135 du 22 mars 2016 consid. 3a) que la formule utilisée dans la plaquette précitée selon laquelle "les objets recensés en note *3* sont placés sous la protection générale prévue par la loi à ses art. 46 et ss" prête à confusion dans la mesure où elle laisse entendre que, du seul fait que la note *3* a été attribuée à un bâtiment, il en découlerait conformément à l'art. 46 al. 3 LPNMS "qu'aucune atteinte qui en altère le caractère ne peut y être portée". En réalité, un objet qui n'est ni classé ni porté à l'inventaire et pour lequel le département compétent a renoncé à prendre des mesures conservatoires, n'est pas protégé par la LPNMS. Maintes fois cité, l’arrêt AC 2009.0209 a relevé qu'en indiquant que "les bâtiments recensés en note *3* […] méritent d'être sauvegardés sans toutefois pouvoir, en principe, être classés comme monuments historiques" (plaquette précitée, p. 22) et en renonçant systématiquement, après 1987 (p.16; ég. http://www.patrimoine.vd.ch/monuments-et-sites/conservation/proteger-entre-planification-et-surveillance/inventaire/), à porter ces objets à l'inventaire, le département en charge de la protection du patrimoine bâti a introduit une contradiction irréductible dans l'application de la LPNMS: si l'objet mérite d'être sauvegardé, il doit être porté à l'inventaire, et la seule manière d'imposer sa sauvegarde contre la volonté du propriétaire est en définitive de le classer. Si le Conservateur n'est pas d'accord avec un projet de transformation ou de démolition et qu'il ne prend pas de mesures conservatoires (art. 47 LPNMS), il ne lui reste qu'à formuler des observations ou des recommandations durant l'enquête publique, sur lesquelles la municipalité statuera comme sur n'importe quelle opposition. A défaut de réglementation communale assurant une meilleure protection, sa décision ne pourra se fonder que sur l'art. 86 LATC.

En bref, les objets qui présentent de l'intérêt au sens de l'art. 46 LPNMS ne rentrent dans la catégorie de ceux qui "méritent d'être conservés" (comme le dit l'art. 49 LPNMS) que s'ils sont mis à l'inventaire prévu par cette dernière disposition.

On rappellera encore (v. p. ex. AC.2015.0335 du 19 octobre 2016, consid. 6) qu’à l'exception des notes *1* et *2* (qui impliquent une mise à l'inventaire), les notes attribuées dans le recensement architectural ont un caractère purement indicatif et informatif; elles ne constituent pas une mesure de protection (arrêts AC.2015.0153 du 15 septembre 2016 ; AC 2009.0209 du 26 mai 2010  consid. 2a; AC.2000.0026 du 4 juillet 2000; AC.2003.0216 du 23 juillet 2004 consid. 2b). Elles sont en revanche un élément d'appréciation important pour les autorités chargées de l'aménagement du territoire, notamment lors de l'adoption des zones à protéger prévues par l'art. 17 al. 1 LAT ou, dans la procédure de permis de construire, lorsque ces autorités appliquent les règles concernant l'intégration et l'esthétique des constructions ou statuent sur une autorisation cantonale spéciale (arrêts AC 2009.0209 précité consid. 2a ; AC.2008.0328 du 27 novembre 2009 consid. 4b et les arrêts cités).

c) En l'espèce, de tous les bâtiments qui sont situés sur le site du nouveau Musée du Léman, les seuls éléments qui sont classées monuments historiques au sens des art. 52 ss LPNMS sont la façade principale et la toiture côté lac du bâtiment ECA 761. Or, dans le cadre de la construction du nouveau Musée du Léman, celles-ci seront conservées. En effet, le nouveau grand bâtiment en forme de "L" encerclera le bâtiment ECA 761. Par ailleurs, le classement de ces objets implique le dépôt d'une demande préalable et l'octroi d'une autorisation cantonale pour entreprendre tous travaux, du plus minime au plus important (cf. art. 23 et 54 LPNMS). La protection du bâtiment ECA 761 fait du reste l'objet de l'art. 5 RPQ, qui a la teneur suivante:

"Article 5   Aire du bâtiment protégé

¹ Monument d'importance régionale, le bâtiment est protégé par des mesures cantonales découlant de la loi cantonale sur la protection de la nature, des monuments et des sites.

² Tout projet de travaux le concernant doit être soumis préalablement pour accord au département compétent.

³ Le perron d'entrée peut être transformé pour retrouver sa structure et son apparence d'origine."

La partie du bâtiment ECA 761 qui sera démolie est la partie Est, qui, elle, n'est pas classée et a reçu la note *3* au recensement architectural (ce qui n'interdit pas sa démolition).

Le règlement de la question de la protection du bâtiment ECA 761 apparaît dès lors conforme, à ce stade qui est celui de la planification, ce d'autant plus que la LPNMS a surtout vocation à s'appliquer lors de la demande de permis de construire. On rappelle du reste que le SIPAL s'est réservé le droit de requérir tous moyens légaux dans le cadre de la demande d'autorisation de construire afin d'assurer la sauvegarde du bâtiment ECA 761 (voir ci-dessus, partie Faits, lettre M).

S'agissant des autres constructions qui seront détruites (ECA n^os 754, 755 et 757), celles-ci ont reçu les notes *3* respectivement *4* au recensement architectural, ce qui n'interdit pas leur démolition.

Quant à l'argument des recourants selon lequel leur propre bâtiment a reçu la note *2* au recensement, il n'est pas pertinent, dès lors qu'il ne fera pas l'objet de mesures.

d) Les griefs des recourants doivent dès lors être rejetés.

e) Dans leurs déterminations du 15 août 2018, les recourants font valoir que, dans le préavis des services cantonaux du 10 juin 2016 (voir ci-dessus, partie Faits, lettre K), le SIPAL fait référence à une notice rédigée le 29 septembre 2015 suite à des discussions intervenues avec la Commune de Nyon au sujet des bâtiments protégés. Cette notice ne figurant pas au dossier, les recourants demandent que le SIPAL la produise, ainsi que toutes les correspondances que la Commune de Nyon a échangées avec les services cantonaux. Or, dans la mesure où cette notice est un document de travail, de surcroît antérieur au préavis du SIPAL du 10 juin 2016, sa production n'apparaît pas pertinente. La demande des recourants est par conséquent rejetée.

9.                      a) Les recourants font valoir que, alors que le site est inscrit à l'ISOS, cet inventaire n'est toutefois pas mentionné dans le rapport selon l'art. 47 OAT, et qu'aucune norme spécifique à cet égard ne figure dans le RPQ Musée du Léman. Par ailleurs, le bâtiment ECA 761 figure à l'ISOS comme objet individuel à protéger avec un objectif de sauvegarde "A". Est également inscrite à l'ISOS l'esplanade des Marronniers. Les recourants relèvent également que le bâtiment du nouveau Musée du Léman, qui sera d'une hauteur et d'un volume importants, empêchera toute vue depuis le lac sur le centre historique de Nyon et sur le château, et qu'il portera ainsi atteinte à ce site sensible inscrit à l'ISOS.

b) Des bâtiments dont la construction du nouveau Musée du Léman entraînera la démolition, seul le bâtiment ECA 761 est répertorié dans l'ISOS. Il y est décrit comme suit (0.0.2): "Musée du Léman dans une maison de maître ayant servi d'hôpital, façade symétrique dont l'entrée est soulignée par un escalier central, annexes et dépendances, 1756". Il constitue un objet individuel à protéger avec un objectif de sauvegarde "A" (qui préconise la "sauvegarde de la substance", soit la conservation intégrale de toutes les constructions et composantes du site ainsi que de tous les espaces libres, et la suppression des interventions parasites).

L'esplanade des Marronniers, qui est située à l'extrémité Sud de l'ancienne ville et surplombe le parc public Bourg de Rive, est décrite comme suit (0.0.1): "Esplanade des Marronniers avec fragment de colonnes d'ordre corinthien du forum romain, 1^er s., allée de platanes, remarquable panorama sur le lac."

L'ISOS relève par ailleurs que "Depuis le lac, la silhouette du château ne serait pas aussi bien mise en valeur sans la présence d'un parc public raccordant les rives du lac à la vieille ville" (ISOS, Nyon, p. 35).

c) Comme relevé ci-dessus (consid. 8/b/dd), l'ISOS constitue un inventaire ayant, non pas "un effet contraignant" mais "un effet d'alerte" selon le PDCn, ce qui se traduit généralement par des dispositions permettant d'assurer la protection des objets portés à cet inventaire. En l'occurrence, des dispositions spécifiques destinées à la protection de l'aire du bâtiment ECA 761 ont été intégrées dans le RPQ Musée du Léman, soit au stade de la planification. Ainsi, l'art. 5 RPQ Musée du Léman déjà cité ci-dessus (consid. 8/c) établit qu'en tant que "monument d'importance régionale", le bâtiment ECA 761 est protégé par des mesures cantonales découlant de la loi cantonale sur la protection de la nature, des monuments et des sites, et prescrit que tout projet de travaux le concernant soit soumis préalablement pour accord au département compétent. En outre, l'art. 20 RPQ Musée du Léman, applicable à toutes les aires comprises dans le plan, stipule que "L'architecture des bâtiments et les aménagements extérieurs doivent être étudiés et conçus de manière à former un ensemble cohérent et de qualité." Enfin, l'art. 31 RPQ Musée du Léman, intitulé "Dispositions complémentaires", dispose que "Sont applicables les dispositions de la législation fédérale, cantonale et communale pour tout ce qui n'est pas prévu dans le présent règlement"; l'ISOS sera applicable à ce titre.

De surcroît, cet aspect sera à nouveau examiné dans le cadre de la procédure d'octroi du permis de construire.

d) Les griefs des recourants doivent dès lors être rejetés.

10.                   a) Les recourants reprochent au bâtiment du nouveau Musée du Léman de ne pas s'intégrer.

b) S'agissant de la clause générale d'esthétique, il y a lieu de rappeler la teneur de l'art. 86 LATC:

"¹ La municipalité veille à ce que les constructions, quelle que soit leur destination, ainsi que les aménagements qui leur sont liés, présentent un aspect architectural satisfaisant et s'intègrent à l'environnement.

² Elle refuse le permis pour les constructions ou les démolitions susceptibles de compromettre l'aspect et le caractère d'un site, d'une localité, d'un quartier ou d'une rue, ou de nuire à l'aspect d'un édifice de valeur historique, artistique ou culturelle.

³ Les règlements communaux doivent contenir des dispositions en vue d'éviter l'enlaidissement des localités et de leurs abords."

Selon la jurisprudence, l'application d'une clause d'esthétique ne doit pas aboutir à ce que, de façon générale, la réglementation sur les zones en vigueur soit vidée de sa substance. Lorsqu'un plan de zones prévoit que des constructions d'un certain volume peuvent être édifiées dans tel secteur du territoire, une interdiction de construire fondée sur une clause d'esthétique, en raison du contraste formé par le volume du bâtiment projeté, ne peut se justifier que par un intérêt public prépondérant. Il faut que l'utilisation des possibilités de construire réglementaires apparaisse déraisonnable. Tel sera par exemple le cas s'il s'agit de protéger un site, un bâtiment ou un ensemble de bâtiments présentant des qualités esthétiques remarquables, qui font défaut à l'immeuble projeté ou que mettrait en péril sa construction (ATF 101 Ia 213 consid. 6c p. 222 s.; 115 Ia 114 consid. 3d p. 119).

Dès lors que l'autorité municipale dispose d'un large pouvoir d'appréciation, le Tribunal cantonal observe une certaine retenue dans l'examen de la question de l’esthétique, en ce sens qu'il ne substitue pas sans autre sa propre appréciation à celle de cette autorité, mais se borne à ne sanctionner que l'abus ou l'excès du pouvoir d'appréciation, la solution dépendant étroitement des circonstances locales (art. 98 LPA-VD; TF 1C_450/2008 du 19 mars 2009; AC.2011.0065 du 27 janvier 2012 et les références). Ainsi, le Tribunal cantonal s’assurera que la question de l’intégration d’une construction ou d’une installation à l’environnement bâti a été examinée sur la base de critères objectifs généralement reçus et sans sacrifier à un goût ou à un sens esthétique particulièrement aigu, de manière que le poids de la subjectivité, inévitable dans toute appréciation, n'influe que dans les limites de principes éprouvés et par référence à des notions communément admises (en dernier lieu: AC.2016.0096 du 17 février 2017; AC.2016.0055 du 6 décembre 2016; AC.2015.0307 du 22 novembre 2016; ég. p. ex AC.2012.0388 du 28 novembre 2013 consid. 6a et les références; AC.2013.0207 du 26 novembre 2013 consid. 3a; AC.2013.0258 du 19 novembre 2013 consid. 3a; AC.2012.0113 du 13 juillet 2012 et AC.2011.0065 précités).

c) En l'espèce, hormis le périmètre d'implantation et la hauteur maximale, le plan de quartier n'a pas vocation à traiter l'architecture du bâtiment. Il s'agit en effet d'une question qui sera traitée lors du permis de construire.

Le grief des recourants doit dès lors être rejeté.

11.                   a) Les recourants font valoir que le périmètre du plan de quartier est délimité, à l'Est, uniquement par la limite parcellaire, ce qui n'est pas conforme à l'art. 65 LATC.

b) Aux termes de l'art. 65 al. 1 LATC, le périmètre du plan de quartier est délimité autant que possible par des voies publiques ou privées existantes ou projetées, par des éléments construits importants ou par des obstacles naturels tels que forêts ou cours d'eau.

c) En l'espèce, s'il ressort effectivement du rapport selon l'art. 47 OAT que le périmètre du plan de quartier est délimité, à l'Est, seulement par la limite parcellaire, il ressort toutefois du document "Plan de quartier "Musée du Léman – Synthèse de l'opposition et proposition de réponses" (objection 3), qui a été adressé aux recourants avec les décisions du 7 décembre 2017 du DTE et du 4 septembre 2017 du Conseil communal, que la limite entre les parcelles 563 et 418 est marquée par une haie composée de différentes essences d'arbres et d'arbustes, et que c'est sur cette base – un obstacle naturel au sens de l'art. 65 al. 1 LATC - que le périmètre du plan de quartier a été défini.

d) Le grief des recourants doit dès lors être rejeté.

12.                   a) Les recourants critiquent plusieurs points liés au trafic et à la mobilité. Ils font valoir que, selon la note technique de E.________ du 17 octobre 2016, une part importante des visiteurs du musée utiliseront la voiture pour y accéder. Toutefois, selon les recourants, le musée étant éloigné des transports publics, le nombre de visiteurs qui emprunteront la voiture sera supérieur au nombre actuel ainsi qu'à celui estimé par E.________. Cette augmentation de trafic aura pour conséquence une augmentation des concentrations de poussières fines. Par ailleurs, la capacité du parking de la Duche étant trop faible pour accueillir les visiteurs du musée, et au vu du risque de stationnement illégal sur le parvis du musée, il sera nécessaire d'installer des potelets ou du mobilier urbain amovible sur les trottoirs pour éviter le stationnement sauvage. Or, selon le principe de coordination, une telle mesure devrait être examinée en même temps que l'élaboration du plan de quartier. Quant aux places de stationnement pour vélo, elles ne permettront pas de répondre à la totalité des besoins estimés. Enfin, la configuration des lieux ne permettra pas aux poids lourds de douze mètres ni aux semi-remorques de quinze mètres de manoeuvrer de façon adéquate. Par ailleurs, alors que, dans le secteur, les valeurs d'immissions sont dépassées en raison du bruit routier, le trafic des camions de livraisons et des visiteurs va péjorer encore la situation.

b) Sur ces différents points, le tribunal se réfère aux déterminations du SDT du 28 mars 2018, qui emportent sa conviction:

"a) La notice d'impact sur l'environnement (NIE) [réd.: établie par le bureau F.________ le 18 novembre 2015] utilise trois polluants atmosphériques comme indicateurs de l'impact du projet sur la qualité de l'air, soit les oxydes d'azote NO₂, les poussières fines (PM₁₀) et l'ozone (O₃).

S'agissant des oxydes d'azote NO₂, il est constaté que les valeurs mesurées restent inférieures à la valeur limite d'immissions de 30 ug/m₃ fixée dans l'Annexe 7 OPair, par renvoi de l'art. 2 al. 5 OPair.

Quant aux poussières fines (PM₁₀) et à l'ozone (O₃), la NIE met en évidence que les valeurs limites sont dépassées. Toutefois, il sied de relever que ce dépassement des valeurs limites n'est pas seulement remarqué dans le périmètre du secteur concerné par le plan de quartier litigieux mais dans l'ensemble des stations de mesures, à l'exception de Payerne pour les poussières fines. La NIE indique également que "le projet de PQ Musée du Léman montre un impact peu significatif en ce qui concerne les émissions de polluants atmosphériques dues au trafic. En effet, la petite taille du périmètre concerné a pour conséquence un impact relatif d'environ 1.5%. Ainsi, contrairement à ce que soutiennent les recourants, l'impact du projet sur la qualité de l'air dans le secteur reste ainsi limité et ne modifiera pas la qualité générale de l'air dans le secteur".

b) S'agissant de la desserte en transports publics, la cadence des bus est effectivement toutes les 30 minutes à l'arrêt de bus le plus proche. L'arrêt "Conservatoire" est desservi par les lignes urbaine 803 et régionale 811, qui ont toutes les deux une cadence de 30 minutes, aux heures de pointe. Cela signifie qu'en semaine, l'arrêt est desservi par quatre bus par heure et par sens, aux heures de pointe et à raison de trois bus par heure aux heures creuses. Le samedi, trois bus passent aux heures de pointe et deux aux heures creuses. Il y a en revanche un seul bus par heure le dimanche.

En ce qui concerne la capacité de stationnement les jours de marché aux puces ou de brocante, celle-ci est suffisante dès lors que le centre-ville dispose d'autres parkings que celui de la Duche. Les véhicules seront orientés, par une signalisation, vers ces parkings. Par ailleurs, les besoins complémentaires peuvent être estimés à 26 à 31 places en fonction du jour, ce qui représente un peu plus de 10% de l'offre du parking de la Duche. A cet effet, la note technique établie par E.________ démontre que le parking de la Duche dispose d'une capacité suffisante pour accueillir les visiteurs supplémentaires du musée.

c) Les recourants soulèvent la problématique du risque de stationnement illégal sur le parvis. Afin de palier à ce risque, des bordures hautes pour marquer le trottoir seront mises en place le long du parvis, à l'exception du passage pour piétons. Pour le cas où cette mesure n'est pas suffisante, la mise en place de potelets ou de mobilier urbain amovible est envisagée.

d) De manière générale, la capacité du réseau routier est largement suffisante pour absorber l'augmentation de trafic engendrée par le plan de quartier. Il ressort de la note technique que l'augmentation de la fréquentation du Musée du Léman est inférieure à 2.2% sur les axes routiers du secteur, qui peuvent l'absorber sans problème. En effet, les visiteurs du musée y accéderont principalement hors heures de pointe et particulièrement le samedi et le dimanche, soit des jours où le réseau routier est moins chargé. Par ailleurs, il sied de relever que la majorité des visiteurs actuels du musée se déplace à pied ou en transports publics et l'objectif est de maintenir, voire augmenter cette part modale.

e) La norme VSS tend à surestimer les besoins en places de stationnement pour les vélos, de sorte que des nouveaux emplacements seront trouvés uniquement si la fréquentation de ces installations le justifient. L'évaluation faite des besoins en l'état est largement satisfaisante.

f) Concernant les livraisons et déchargements, il est vrai que la giration des véhicules de 12 mètres ne sera pas évidente mais elle sera possible. Quant aux semi-remorques de plus de 12 mètres, ils devront manoeuvrer en partie sur la chaussée. Toutefois, il est établi que ce type de véhicule n'effectuera des livraisons que deux fois par an, ce qui est admissible.

S'agissant des éventuelles nuisances sonores, le rapport explicatif selon l'art. 47 OAT (p. 22) expose que le trafic induit par le plan de quartier génère une augmentation des nuisances sonores non perceptible (+ 0.2 dB(A) environ). L'impact des nuisances sonores dues au trafic sur les quais est nul pour le projet de construction. Les art. 9 et 31 OPB sont ainsi respectés. La DGE-DIREV-ARC a préavisé favorablement cette planification quant aux aspects de protection contre le bruit."

c) Les griefs des recourants doivent dès lors être rejetés.

13.                   a) Les recourants reprochent au projet de prévoir l'abattage de plusieurs arbres et de mettre en péril le développement de la faune, en particulier la population des lézards des murailles. Ils considèrent que c'est à tort que la notice d'impact sur l'environnement établie par F.________ qualifie de "moyen" l'impact du projet sur les milieux naturels et l'arborisation, et requièrent qu'une contre-expertise soit effectuée par un bureau paysagiste spécialisé. Ils font valoir que le futur espace vert créé sur la toiture du nouveau musée ne sera pas suffisant pour compenser l'abattage de nombreux arbres protégés. Enfin, ils critiquent la disparition d'un bassin ainsi que d'une partie du talus herbeux situé au Nord du périmètre (prairie sèche), de même que la prairie sèche existante dans ce talus.

b) La notice d'impact sur l'environnement (NIE) établie le 18 novembre 2015 par F.________ détaille les éléments naturels du secteur concerné par le PQ Musée du Léman (chapitre 6.6) et les atteintes à ces derniers (chapitre 6.6.4 intitulé "Impacts"), ainsi que les mesures de compensation à prévoir (chapitre 6.6.5 intitulé "Concept d'aménagement paysager et écologique du site"). Les objectifs du concept paysager sont les suivants: offrir une plus-value écologique au secteur, rétablir/renforcer les liaisons écologiques locales, et développer un concept d'aménagement sur trois strates (herbacée, arbustive et arborée) offrant une mixité de milieux (élément extensif, minéral, humide et séchard). Les auteurs qualifient l'impact du nouveau musée sur les milieux naturels et l'arborisation de "moyen".

c) Concernant l'abattage d'arbres que le projet entraînera, tout d'abord.

aa) Il ressort de la NIE que le secteur où prendra place le nouveau Musée du Léman comprend vingt-trois arbres majeurs. Le projet de plan de quartier prévoit l'abattage de douze d'entre eux, ainsi que de sept arbres fruitiers et d'arbustes.

bb) C'est le règlement de protection des arbres de la Commune de Nyon, adopté par le conseil communal le 20 novembre 1989 et approuvé par le Conseil d'Etat le 26 janvier 1990, actuellement en révision, qui régit le statut de protection des arbres non soumis au régime forestier. Selon son art. 2, sont protégés les arbres d'essence majeure, ainsi que les cordons boisés, boqueteaux et haies vives. Est considéré comme arbre d'essence majeure toute espèce ou variété à moyen ou grand développement, ayant atteint une hauteur de 6 m ou davantage, ou ayant une valeur dendrologique intéressante et reconnue (art. 3). L'abattage et les mesures de compensation sont fixés aux art. 4 à 6 dudit règlement: l'abattage doit faire l'objet d'une demande auprès de la commune, et une arborisation compensatoire peut être requise.

cc) En l'espèce, conformément au règlement communal de protection des arbres, les arbres à abattre devront faire l'objet d'une demande d'abattage auprès de la commune. À titre de compensation, les auteurs de la NIE proposent l'aménagement d'un talus herbeux au Nord du périmètre (NIE, p. 59, 1^er § et 2^ème §) et la création d'un plateau constitué d'espace en pleine terre et d'espace développés sur la toiture du nouveau Musée (NIE, p. 60, 6^ème §). S'il ne s'agit que de compensations partielles, on relève que, de toute façon, le secteur ne figure dans aucun inventaire paysager fédéral ou cantonal.

d) L'art. 18 LPN, intitulé "Protection d'espèces animales et végétales", dispose ce qui suit:

"1 La disparition d'espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres mesures appropriées. Lors de l'application de ces mesures, il sera tenu compte des intérêts dignes de protection de l'agriculture et de la sylviculture.

1bis Il y a lieu de protéger tout particulièrement les rives, les roselières et les marais, les associations végétales forestières rares, les haies, les bosquets, les pelouses sèches et autres milieux qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel ou présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses.1

1ter Si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d'éviter des atteintes d'ordre technique aux biotopes dignes de protection, l'auteur de l'atteinte doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat.

(...)"

aa) En ce qui concerne la population des lézards de murailles, la NIE (p. 57, 2^ème §) mentionne que celle-ci est présente vers le mur de soutènement en pierres jointoyées situé à la frontière Nord du périmètre du projet et partiellement végétalisé. En l'occurrence, le projet prévoit de maintenir ce mur, de sorte que l'impact du projet sur leur population peut être considéré comme très faible à nul moyennant des mesures de chantier préservant le secteur.

bb) S'agissant du petit bassin qui sera détruit, il sera remplacé par l'aménagement de noues et dépression alimentant un nouveau biotope humide (NIE, p. 60, 6^ème §). La destruction du biotope humide sera ainsi compensée conformément aux art. 18 LPN, 4a LPNMS et 22 de la loi du 28 février 1989 sur la faune (LFaune; RSV 922.03).

cc) S'agissant du talus herbeux situé au Nord du périmètre, on relève qu'en réalité, il sera créé et non pas détruit. Il s'agit là d'une zone de compensation partielle pour les abattages. Il sera composé d'une prairie maigre servant effectivement de zone de refuge pour le nourrissage d'insectes et d'oiseaux, laquelle sera accompagnée par des plantations aux extrémités du talus (NIE, p. 59).

e) L'ensemble des griefs des recourants doivent dès lors être rejetés, comme doit l'être, au vu des considérants qui précèdent, la demande des recourants qu'une contre-expertise soit effectuée par un bureau paysagiste spécialisé.

f) Dans leurs déterminations du 15 août 2018 (cf. ci-dessus, partie Faits, lettre S/d), les recourants ont relevé que la notice d'impact sur l'environnement avait été modifiée à deux reprises et ont demandé que la société F.________ soit interpellée sur les raisons et la portée de ces modifications. Or, au vu des considérants qui précèdent, cette demande n'apparaît pas utile et doit dès lors être refusée.

14.                   Au vu des considérants qui précèdent, la demande des recourants que soit produit le rapport selon l'art. 47 OAT relatif au PPA Bourg de Rive est rejetée.

15.                   Vu ce qui précède, le recours est rejeté et les décisions du 4 septembre 2017 du Conseil communal de Nyon et du 7 septembre 2017 du DTE confirmées aux frais des recourants (art. 49 LPA-VD). La municipalité, représentée par un mandataire professionnel, a droit à des dépens, à charge des recourants (art. 55 LPA-VD).

Par ces motifs
 la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:

I.                       Le recours est rejeté.

II.                      Les décisions rendues le 4 septembre 2017 par le Conseil communal de Nyon et le 7 septembre 2017 par le Département du territoire et de l'environnement sont confirmées.

III.                    Un émolument judiciaire de 7'000 (sept mille) francs est mis à la charge des recourants A.________ et B.________.

IV.                    Les recourants A.________ et B.________ doivent, solidairement entre eux, la somme 4'000 (quatre mille) francs à la Commune de Nyon à titre de dépens.

Lausanne, le 8 mars 2019

Le président:                                                                                             La greffière:

Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, 1000 Lausanne 14). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.