TRIBUNAL CANTONAL

COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC

Arrêt du 14 janvier 2022

Composition

M. Pascal Langone, président; Mme Claude Marie Marcuard et Mme Fabienne Despot, assesseures; Mme Liliane Subilia-Rouge, greffière.

Recourantes

PRO NATURA VAUD, à Lausanne,

PRO NATURA, à Bâle,

représentées par Me Laurent TRIVELLI, puis par Me Jean-Claude Perroud, avocats à Lausanne,

Autorité intimée

MUNICIPALITE D'ORON, à Oron-la-Ville, représentée par Me Jacques HALDY, avocat à Lausanne,

Autorité concernée

Direction générale de l'environnement (DGE-BIODIV), Unité droit et études d'impact, à Lausanne,

Constructrice

A.________ SA, à ********, représentée par Me Dominique RIGOT, avocat à Montreux,

Propriétaire

B.________ Sàrl, à ********.

Objet

Permis de construire

1. Recours Pro Natura Vaud et consort c/ décision de la Municipalité d'Oron du 16 septembre 2020 levant leur opposition et délivrant le permis de construire une halle industrielle sur les parcelles n^os 16049 et 16115 - CAMAC n° 190851 (AC.2020.0325).

2. Recours Pro Natura Vaud et consort c/ décision de la Municipalité d'Oron du 18 février 2021 levant leur opposition et délivrant le permis de construire un chemin routier notamment sur la parcelle n° 362 - CAMAC n° 196533 (AC.2021.0095).

Vu les faits suivants:

A. B.________ Sàrl est propriétaire et A.________ SA est promettante-acquéreuse des parcelles contigües n^os 16049 et 16115 de la commune d'Oron, sur le territoire de l'ancienne commune de Palézieux, au lieu-dit "Aux Léchaires". En pente, la parcelle n° 16049 jouxte, à l’ouest, la parcelle n° 691, qui se trouve à l’aval du terrain. Ces biens-fonds sont bordés au sud par une bande de terrain servant de chemin d’accès et bénéficient d’une servitude de passage à pied et pour tous véhicules (ID 03/4642) grevant la parcelle n° 362. Les parcelles précitées sont colloquées en zone industrielle, au sens des art. 28 ss du règlement de la commune de Palézieux sur le plan d'extension et la police des constructions, approuvé par le Conseil d’Etat le 24 mai 1985.

Propriété de C.________ Sàrl, la parcelle n° 691, d’une surface totale de 11'876 m², comporte un bas-marais d’importance régionale (biotope) situé à l’aval du terrain; le 14 juillet 2016, cette parcelle a fait l’objet d’une inscription au registre foncier d’une mention "Protection de biotope ID.009-2017/000072", motivée comme suit:

"Au sens de la Loi sur la protection de la nature, des monuments et des sites (LPNMS), la surface délimitée en bleu sur le plan établi par GEMETRIS SA, à Mézières, le 13 juin 2016, fait l'objet de restrictions particulières que doit respecter la propriétaire. Pour obtenir l'autorisation de fractionner la parcelle ci-dessous, comportant un biotope, en vue de créer des parcelles constructibles, la DGE-BIODIV a demandé que le biotope soit relevé et maintenu sur une seule parcelle et qu'une mention soit inscrite au registre foncier".

La mention pose les conditions suivantes:

"En application de la Loi sur la protection de la nature, des monuments et des sites (LPNMS), la propriétaire doit notamment assumer les obligations suivantes, à propos de la surface en cause:

- Maintien du bas-marais d'importance régionale (biotope) existant, à long terme.

- Maintien d'une bande-tampon de 4 mètres permettant d'entretenir et de protéger le biotope.

- Interdiction de drainage du biotope, même indirectement lors des aménagements sur la partie constructible environnante. Maintien de l'alimentation en eau du biotope.

- Déversement des eaux claires, non polluées, directement dans le biotope pour améliorer l'alimentation en eau atmosphérique.

- Obtention d'une autorisation préalable auprès de l'autorité compétente pour toute modification du terrain et de la végétation présente.

- L'entier des matériaux fauchés doit être exporté en dehors du site pour être valorisé ou recyclé.

- Interdiction de l'utilisation d'engrais naturels ou chimiques ainsi que l'emploi de produit phytosanitaire dans le biotope et sa bande tampon.

- Interdiction de l'utilisation de faucheuse-conditionneuse et de gyrobroyeur

- Fauchage maximum une fois par an dès le premier septembre, minimum une coupe triennale dès le premier septembre".

B. Un projet de construction sur les parcelles n^os16049 et 16115 (halle industrielle comprenant une menuiserie, un appartement de fonction, des bureaux ainsi que des surfaces de dépôt et des places de stationnement) a été mis à l'enquête du 25 janvier 2020 au 23 février 2020 et a suscité en particulier l'opposition de Pro Natura Vaud (indiquant représenter dans ce cadre aussi Pro Natura).

Une "note technique, calcul de rétention des eaux claires" du 16 janvier 2020 rédigée par D.________, concernant la parcelle n° 16115, était intégrée au dossier d'enquête (selon les indications figurant sur la note). Cette note retenait que la carte des potentiels d'infiltration indiquait une zone peu favorable et qu'il convenait donc de raccorder les eaux claires au réseau des canalisations existantes (réseau d'eaux claires). Elle donnait diverses indications sur le système de rétention à mettre en place.

C. Le 25 février 2020, le bureau E.________ a établi un rapport à propos de la parcelle n° 691, traitant de l'évaluation des contraintes constructives. Cette étude mentionne notamment ce qui suit:

"4.1 DESCRIPTION DU PROJET

Actuellement le projet définitif qui pourrait être réalisé sur cette parcelle n'est pas connu. Il consisterait en la création d'une usine type halle artisanale / industrielle combinant production et bureaux. Il est aujourd'hui prévu de réaliser cette usine sur deux niveaux hors-sol et sans sous-sol. L'implantation du bâtiment pourrait toutefois nécessiter un décaissage du terrain afin de créer une planie.

[...]

5.1 GÉOLOGIE ET GÉOTECHNIQUE

[...]

Toute réalisation de projet, dans ce type de terrain, devrait être précédée d'une étude géotechnique définissant les conditions géologiques et hydrogéologiques du site, et permettant ainsi de fournir de précieux renseignements quant aux techniques de terrassement et fondations à mettre en place dans ce type de sol.

A ce jour, sur la base du projet actuel et des sondages disponibles, il est d'ores et déjà certain que des travaux d'amélioration des terrains seront nécessaires. En effet, sans renforcement du terrain, le bâtiment serait exposé à des risques importants de tassements différentiels induits par les couches des dépôts palustres, facilement compressibles.

[...]

Finalement, seule une étude géotechnique du terrain, avec un projet connu, permettra de proposer une variante économique optimale. Cette étude devra vraisemblablement intégrer la réalisation de reconnaissance en profondeur. En effet, les sondages publics réalisés sur la parcelle ne permettent pas d'identifier le toit de la moraine sur l'ensemble de la parcelle.

5.2 HYDROGÉOLOGIE

La parcelle se situe en secteur üB de protection des eaux. Ce classement n'implique pas de restriction particulière au niveau législatif concernant un éventuel projet de construction. Cependant des venues d'eau sont signalées à faible profondeur (entre 1.20 et 2.00 m). En plus de ces venues d'eau, une zone humide à protéger et conserver se situe en aval immédiat de la parcelle. Le décaissage du terrain nécessaire à la création d'une planie pourrait couper certaines de ces venues d'eau. En phase de chantier et d'exploitation les eaux devraient être gérées de façon à garantir l'alimentation en eau de la zone humide située en contrebas.

La construction d'un bâtiment et les travaux spéciaux nécessaire à l'exécution de ce dernier devront également garantir l'alimentation en eaux de la zone humide. En cas de venues d'eau avérées, elles devraient être récoltées en amont et réinfiltrées dans le terrain en aval immédiat du projet. La pose d'un système de drainage pourrait alors être nécessaire.

Une fois de plus, seule une étude géotechnique du terrain comprenant des reconnaissances du terrain et la pose de piézomètre permettra d'établir les recommandations constructives à intégrer au projet d'usine.

5.3 DANGERS NATURELS

La parcelle n° 691 est concernée par un danger faible et moyen d'inondations par crue. La zone concernée par ce danger d'inondation se limite à la zone humide présente dans la partie avale de la parcelle. Etant donné que le projet devra à priori conserver la zone humide, l'emprise finale du projet ne devrait pas être concernée par ces dangers. Toutefois, une éventuelle mise à l'enquête devra être accompagné d'un formulaire ECA 43 INO réalisé par un bureau spécialisé.

Si d'aventure le projet final devait «toucher» la zone colloquée en danger moyen d'inondation, la réalisation d'une étude locale de risque (ELR) serait alors exigée. Cette étude impliquerait certainement des mesures constructives au projet.

[...]

5.6.4

[...]

D'un point de vue biologique, il s'agit d'une mégaphorbiaie marécageuse en mélange avec une parvocaricaie neutro-basophile. Ce sont des groupements de plantes influencés par une présence quasi permanente d'eau, notamment par des écoulements de surfaces. Les plantes dominantes sont des joncs, carex, massettes, reine des prés, etc. Cette végétation est associée à une entomofaune spécialisée (papillons, criquets et sauterelles notamment). Aucun relevé spécifique n'a été effectué dans le cadre de cette pré-étude.

Cette végétation est considérée comme rare au niveau national, et protégée par l'Ordonnance fédérale sur la protection de la nature (milieux naturels dignes de protection, art. 14 OPN).

[...]

Bien évidemment, tout drainage ou assèchement de la zone conduit à la disparition de cette végétation également.

[...]

5.6.6 Recommandations

Dans le développement du projet, les éléments suivants devront être pris en compte

Optimisation de l'emplacement, gabarit, volumétrie du projet

- Eloigner suffisamment la position du bâtiment et de ses infrastructures par rapport au marais en tenant compte des incidences ou besoins d'espaces en phase de chantier, de manière à ne pas prétériter la zone tampon de protection, même de manière temporaire

- Dans la conception architecturale, tenir compte des effets d'ombres portées sur le biotope. Favoriser des conceptions qui ne produisent pas d'ombre ou qui la limite (il est important que la zone marécageuse bénéficie d'un ensoleillement important)

- Implanter les constructions de manière à permettre la réalisation d'une bande verte de liaison écologique entre la noue de l'EDM (au Sud de la parcelle cantonale, le long de la route d'accès au parking) et la zone marécageuse de la parcelle 691, comme un élément de réseau écologique local (permettant le déplacement de la petite faune, notamment amphibiens)

Nuisances potentielles : éclairage, bruits

[...]

Gestion des eaux

- Les eaux pluviales doivent être gérées de manière à éviter toute perturbation de la zone marécageuse. Etant donné que le projet va rendre imperméable une partie du bassin d'alimentation en eau du biotope, une étude de détail doit être menée pour définir comment ces eaux météoriques peuvent être acheminées dans le biotope afin de maintenir son régime hydrologique actuel. Un dispositif de rétention (toitures plates végétalisées, aménagement d'une noue) doit être envisagé ; une vérification des capacités des ouvrages de collectes doit être faite.

- Le drainage du bâtiment ne doit pas avoir d'effet d'épuisement des eaux du marais

- On veillera à la qualité des eaux météoriques qui seraient renvoyées dans le biotope, notamment dans le cas où elles transitent sur des surfaces de dépôts, des voies de circulation. Les eaux qui s'écoulent sur des surfaces de toitures munies d'éléments en zinc ou en cuivre (substances biocides) ne doivent pas parvenir dans la zone marécageuse.

[...]

7 SYNTHÈSE ET CONCLUSION

L'étude réalisée dans le cadre de notre mandat a mis à jour un certain nombre de contraintes constructives liées à la situation de la parcelle.

Cependant moyennant des mesures constructives ainsi qu'une prise en compte par le projet final d'un certain nombre de recommandations constructives, la construction du bâtiment projeté sur la parcelle étudiée semble tout à fait réalisable.

Pour ce qui est des recommandations et mesures finales liées au projet, elles ne pourront être établies qu'une fois le projet définitif connu et les études précitées au chapitre 6 réalisées".

D. Le dossier a été soumis, dans le cadre de la circulation CAMAC à la Direction des ressources et du patrimoine naturels, division Biodiversité et paysage (DGE-BIODIV), qui a émis le préavis favorable suivant, repris dans la synthèse n° 190851 du 19 mars 2020:

"[...] préavise favorablement au présent projet dont l'exécution devra respecter les conditions impératives ci-dessous:

Le projet consiste à construire une halle industrielle comprenant une menuiserie, un appartement de fonction, des bureaux ainsi que des surfaces de dépôt et 13 places de parc extérieures plus 4 intérieures sur une parcelle affectée en zone industrielle sise sur le territoire d'Oron.

Un biotope protégé de valeur se situe à l'aval du projet. Ce biotope est principalement alimenté par les eaux d'écoulement du terrain amont.

Le projet prévoit le captage d'eaux claires et leurs déversements dans une canalisation.

La déviation des eaux risque de porter des atteintes à l'alimentation du biotope protégé, ce qui n'est pas admissible.

Considérant ce qui précède, la DGE-BIODIV préavise favorablement la réalisation du projet pour autant que les conditions suivantes et impératives soient prises en considération:

- l'évacuation des eaux claires superficielles et celles issues du drainage de la construction sera entièrement réétudiée par un hydrogéologue accompagné par un spécialiste en matière de protection des biotopes de manière à ne pas modifier le régime hydrique du biotope voisin.

[mention d'un bureau de biologistes situé sur le territoire de la commune]

La solution retenue sera transmise à la DGE-BIODIV".

E. Par décision du 16 septembre 2020, notifiée le 5 octobre 2020, la Municipalité d'Oron (ci-après: la municipalité) a délivré le permis de construire et levé les oppositions, avec deux précisions:

- le permis était lié à celui de l'élargissement de la route d'accès au projet, les travaux autorisés dans le permis ne pouvant débuter avant ceux relatifs au chemin, avec la précision que, si le permis pour l'élargissement du chemin n'était pas accordé, le permis de construire serait caduc;

- les rapports E.________ du 25 février 2020 et D.________ du 16 janvier 2020, outre un rapport CSD de 2009 concernant la parcelle n° 371, étaient intégrés au permis de construire, en ajoutant "Toutefois, la Municipalité a décidé que les conditions émises dans le rapport D.________ SA du 16.01.2020 sont à appliquer".

F. Par acte de leur conseil commun du 2 novembre 2020, Pro Natura et Pro Natura Vaud (ci-après: les recourantes) ont saisi la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: la CDAP) à l'encontre de la décision de levée d'opposition et d'octroi du permis de construire du 16 septembre 2020. Elles concluent à l'admission du recours, à l'annulation de la décision de la municipalité et à la correction de la décision de la DGE-BIODIV en ce sens que le rapport d'un hydrogéologue accompagné d'un spécialiste en matière de protection des biotopes, concernant l'évacuation des eaux claires superficielles et des eaux issues du drainage de la construction, sera déposé avant toute décision favorable de sa part, et avant la délivrance de tout permis de construire (cause AC.2020.0325).

Les recourantes estiment que la municipalité ne pouvait pas délivrer un permis de construire sur la base d'un document (rapport E.________) qui ne figurait pas à l'enquête publique et qui ne respectait pas le préavis de la DGE-BIODIV. De plus, la DGE-BIODIV ne pouvait pas délivrer un préavis positif avant qu'une étude hydrogéologique complète n'ait été réalisée. Elles ajoutent que les parcelles en cause devraient être dézonées. Celles-ci ne seraient au surplus pas équipées, le chemin d'accès, trop étroit, ne permettant pas aux véhicules de se croiser.

Le 26 janvier 2021, la DGE a demandé à pouvoir consulter le rapport du bureau E.________. Ayant pris connaissance de ce rapport, elle s'est déterminée en date du 9 mars 2021 et a indiqué qu'elle ne pouvait pas autoriser le projet de construction. Elle relève que le rapport E.________ confirme que le drainage conduira à la disparition de la végétation rare du bas-marais d'importance locale et que ni le constructeur ni la commune n'ont présenté une solution répondant à ses exigences. Elle formule ses objections comme suit:

"Ainsi, le projet prévoit le captage des eaux claires et leurs déversements dans une canalisation. La déviation des eaux risque de porter atteinte à l'alimentation du biotope protégé (et inscrit au RF) ce que nous ne pouvons pas admettre (voir notre préavis du 19.03.2020, annexe 1).

Par conséquent, DGE-BIODIV avait demandé de faire étudier l'évacuation des eaux (claires et issues du drainage) par un hydrogéologue et un biologiste et soumis l'octroi de l'autorisation spéciale à la condition que le projet ne modifie pas le régime hydrique du biotope.

Nous constatons que ni le constructeur ni la commune n'a présenté une solution répondant aux exigences de DGE-BIODIV alors que le rapport E.________ confirme que le drainage conduira à la disparition de la végétation rare du bas-marais d'importance locale.

Nous en déduisons qu'il n'y en a pas, du moins pour le moment. Par conséquent, DGE-BIODIV ne peut autoriser ce projet. Nous pourrions revoir notre position si une étude sérieuse est entreprise et aboutit à une solution permettant de ménager le plus possible le biotope".

La municipalité (ci-après aussi: l'autorité intimée) s'est déterminée le 18 mars 2021 et a conclu au rejet du recours déposé contre la levée de l'opposition et contre la délivrance de l'autorisation de construire les bâtiments projetés. Concernant la route d'accès, elle relève que ce point est réglé. Le permis de construire le chemin, qui constituait une condition sine qua non du permis relatif à la construction, a été délivré. Au sujet de l'affectation en zone agricole, elle expose qu'elle n'entend pas modifier l'affectation des parcelles concernées qui sont constructibles depuis 1985. Enfin pour ce qui concerne la protection du biotope, elle indique que, dès lors que la DGE-BIOV, soit le service spécialisé cantonal compétent en la matière, a donné son aval au projet moyennant des conditions qui devront être respectées, elle n'a pas de motif de ne pas suivre cet avis d'expert. Elle souligne que le fait que des études et un suivi soient nécessaires en raison de conditions posées par l'Etat n'empêche nullement la délivrance du permis.

A.________ SA (ci-après aussi: la constructrice) s'est déterminée le 7 avril 2021 et a conclu au rejet du recours. Se référant aux arguments de la municipalité, elle ajoute qu'un permis de construire une halle industrielle de haute technologie sur une parcelle voisine et encore plus proche du biotope avait été délivré en 2009. Elle ajoute qu'elle renonce par gain de paix à la construction de tout sous-sol, ce qui avait déjà été communiqué à la commune avant la délivrance du permis de construire. En outre, elle indique qu'il n'a jamais été question pour elle de ne pas respecter l'ensemble des conditions figurant dans le permis de construire.

G. Le dossier d'élargissement du chemin d'accès à la construction projetée a été mis à l'enquête du 3 octobre au 1^er novembre 2020. Il a suscité l'opposition de Pro Natura Vaud (indiquant représenter aussi dans ce cadre Pro Natura). Dans la synthèse CAMAC n° 196533 du 21 décembre 2020, la DGE-BIODIV a préavisé le projet comme il suit:

"Le projet consiste à élargir et à renforcer le chemin agricole existant.

A proximité de la desserte se situe un biotope humide de valeur, protégé en vertu de la législation en matière de protection des biotopes

Aucune atteinte au biotope ne sera tolérée. La zone protégée ne sera pas utilisée par les machines de chantier.

Considérant ce qui précède, la DGE-BIODIV préavise favorablement la réalisation du projet moyennant la prise en compte des conditions impératives suivantes:

- dans la mesure du possible on évitera de réaliser le drainage du coffre. Si ce drainage s'avère nécessaire, les eaux seront déversées dans la bassière. En aucun cas le drainage ne devra court-circuiter le biotope via un collecteur à construire ou existant. Les eaux de ruissellement de la bande de roulement seront infiltrées tout au long du chemin via un dévers latéral,

- avant le début des travaux, le secteur protégé situé à proximité du chantier sera visualisé sur le terrain par la pose d'une barrière".

Le permis de construire relatif au chemin d'accès a été délivré le 18 février 2021 par la municipalité.

Il a fait l'objet d'un recours devant la CDAP de la part de Pro Natura Vaud et Pro Natura (procédure AC.2021.0095) le 8 mars 2021.

Les recourantes ont conclu à l'admission du recours, à l'annulation de la décision de la municipalité et à l'annulation de la décision de la DGE-BIODIV. Subsidiairement, elles ont conclu à la correction de la décision de la DGE-BIODIV en ce sens qu'un rapport d'un hydrogéologue accompagné d'un spécialiste en matière de protection des biotopes soit déposé avant toute décision favorable de sa part et avant la délivrance de tout permis de construire.

Le 11 juin 2021 et les 21 juin 2021, l'autorité intimée et la constructrice se sont déterminées au sujet du recours déposé contre le permis de construire le chemin routier, renvoyant aux moyens développés dans le cadre de la première procédure et requérant la jonction des causes.

La DGE s'est déterminée le 17 septembre 2021 au sujet du chemin d'accès. Elle indique qu'elle a pris connaissance du rapport D.________ du 16 janvier 2020 et que ce rapport ne répond pas aux conditions impératives émises par la DGE-BIODIV et reprises dans la synthèse CAMAC n° 190851 du 19 mars 2020. Elle indique qu'elle ne peut dès lors pas autoriser les travaux et demande que le rapport D.________ soit complété en ce sens:

"La DGE-BIODIV a pris connaissance du rapport D.________ du 16 janvier 2020. Cette étude traite uniquement de l'évacuation des eaux claires de la parcelle n° 16115. On apprend que les eaux de ruissellement devront être raccordées aux eaux claires du réseau des canalisations existantes (chiffre 3) et qu'elles pourraient être déviées dans un bassin de rétention aménagé sur la parcelle (chiffre 4).

Ce rapport ne répond pas aux conditions impératives émises dans le préavis de DGE-BIODIV et reprises dans la synthèse CAMAC n° 190851.

La DGE-BIODIV redemande explicitement que l'évacuation des eaux claires superficielles et de celles issues du drainage de la construction soit entièrement réétudiée par un hydrogéologue, accompagné par un biologiste.

La DGE-BIODIV le répète, la déviation des eaux ne doit pas modifier le régime hydrique du biotope sis sur la parcelle n° 691.

Le rapport D.________ n'étudie pas les effets des mesures prévues sur le biotope existant. La DGE-BIODIV ne sait pas si les conditions émises dans son préavis sont respectées. Elle craint que l'évacuation des eaux de ruissellement par le réseau des canalisations mette en danger le biotope puisqu'une partie de l'eau sera détournée. Un biologiste et un hydrogéologue doivent examiner comment le biotope est alimenté en eau actuellement et estimer si la construction future, qu'il s'agisse de la halle ou de la route d'accès, perturbe cette alimentation.

En l'absence de ces informations, la DGE-BIODIV ne peut autoriser les travaux. Elle demande que le rapport D.________ soit complété selon les demandes de son préavis".

A.________ SA s'est déterminée au sujet des observations de la DGE concernant le chemin d'accès en date du 4 octobre 2021. Elle relève que la DGE ne remet nullement en question le permis de construire contesté, mais fait simplement dépendre l'autorisation de débuter les travaux du respect des conditions énoncées dans le permis de construire. Elle rappelle au surplus que, malgré l'autorisation contenue dans le permis de construire, elle renonce à la construction du sous-sol de la halle, afin de diminuer l'impact du bâtiment sur le biotope.

Le 22 octobre 2021, l'autorité intimée s'est référée aux écritures déjà déposées et aux synthèses CAMAC qui préavisent favorablement au projet (halle industrielle et chemin) moyennant des conditions que la constructrice s'est engagée à respecter. Elle confirme sur cette base ses conclusions en rejet des recours.

Les recourantes ont remis des observations le 4 novembre 2021. Elles indiquent que les exigences de la DGE sont si importantes qu'elles sont nécessaires à la délivrance des permis de construire; il ne s'agirait pas de simples modalités d'exécution. Il ne serait en effet nullement exclu que ces exigences s'opposent au principe même des travaux. Les recourantes réitèrent en outre leur demande d'inspection locale.

Considérant en droit:

1. Le juge instructeur peut, d'office ou sur requête, joindre en une même procédure des affaires qui se rapportent à une situation de faits identique ou à une cause juridique commune, en vertu de l’art. 24 al. 1 ss de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; BLV 173.36) en relation avec l'art. 94 al. 2 LPA-VD.

En l'espèce, il y a lieu de procéder à la jonction des causes AC.2020.0325 et AC.2021.0095, concernant les mêmes parcelles et impliquant les mêmes parties.

2. a) La décision d'une municipalité qui lève une opposition et délivre un permis de construire peut faire l'objet d'un recours de droit administratif au sens des art. 92 ss de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; BLV 173.36). Les présents recours ont été déposés en temps utile (art. 95 et 96 al. 1 let. b LPA-VD) et ils respectent les exigences légales de motivation (art. 76 et 79 LPA-VD, par renvoi de l'art. 99 LPA-VD).

b) Aux termes de l’art. 75 LPA-VD, a qualité pour former recours toute personne physique ou morale ayant pris part à la procédure devant l’autorité précédente ou ayant été privée de la possibilité de le faire, qui est atteinte par la décision attaquée et qui dispose d’un intérêt digne de protection à ce qu’elle soit annulée ou modifiée (let. a) et toute autre personne ou autorité qu’une loi autorise à recourir (let. b).

Dans le cas d'espèce, la qualité pour recourir de chacune des deux recourantes n'est pas contestée (art. 75 let. b LPA-VD, applicable par renvoi de l'art. 99 LPA-VD).

aa) La qualité pour recourir de Pro Natura se fonde sur l'art. 12 de la loi fédérale du 1^er juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451), prévoyant que la qualité pour recourir contre les décisions des autorités cantonales ou fédérales est reconnue aux organisations qui se vouent à la protection de la nature, à la protection du paysage, à la conservation des monuments historiques ou à des tâches semblables, pour autant que l’organisation soit active au niveau national et qu’elle poursuive un but non lucratif (al. 1 let. b). La légitimation donnée par l'art. 12 LPN se limite toutefois à la sauvegarde des intérêts inhérents à la protection de la nature et du paysage; elle ne s’étend pas à celle d’autres intérêts publics (ATF 112 Ib 548 consid. 1b; 109 Ib 342-343 consid. 2b; cf. AC.2018.0378 du 2 décembre 2019). Le Conseil fédéral a dressé la liste de ces organisations dans l'annexe de l'ordonnance du Conseil fédéral du 27 juin 1990 relative à la désignation des organisations habilitées à recourir dans les domaines de la protection de l'environnement ainsi que de la protection de la nature et du paysage (ODO; RS 814.076); Pro Natura en fait partie (cf. ATF 136 II 101 consid. 1). Un tel droit de recours ne peut cependant pas être invoqué à l'encontre de toute décision cantonale; il concerne exclusivement les décisions prises dans l’accomplissement de tâches de la Confédération selon les art. 78 al. 2 Cst. et 2 LPN et le simple fait d'affirmer que le projet litigieux concerne une tâche fédérale ne suffit pas (AC.2019.0278 du 7 juillet 2020 consid. 2b et les références citées).

La qualité pour agir de Pro Natura peut ainsi être admise dès lors que l’association recourante a fait valoir en cours de procédure que les projets de construction litigieux sont susceptibles de porter atteinte à un biotope d’importance régionale (cf. consid. 4b ci-dessous). Or la protection d’un biotope relève de l’accomplissement d’une d'une tâche fédérale; les projets de construction contestés ont d'ailleurs fait l'objet d'une autorisation cantonale spéciale.

bb) Quant à la section vaudoise de Pro Natura, elle peut fonder sa qualité pour agir sur l'art. 90 de la loi cantonale du 10 décembre 1969 sur la protection de la nature, des monuments et des sites (LPNMS; BLV 450.11), qui prévoit ce qui suit:

"Outre les propriétaires touchés, les communes, de même que les associations d'importance cantonale qui, aux termes de leurs statuts, se vouent à la protection de la nature, des monuments et des sites, ont qualité pour recourir contre les décisions prises en application de la présente loi et susceptibles de recours".

En effet, la LPNMS a pour objectif la protection de la nature et des sites, englobant spécifiquement la protection des biotopes au sens de l’art. 4a LPNMS (voir consid. 4b ci-dessous).

3. Les recourantes ont requis une inspection locale. Il n'y a pas lieu d'y donner suite, le recours devant de toute manière être admis sur la base du dossier pour le motif qui suit.

4. a) En vertu de l'art. 104 de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; BLV 700.11), avant de délivrer le permis de construire, la municipalité s'assure que le projet est conforme aux dispositions légales et réglementaires et aux plans d'affectation légalisés ou en voie d'élaboration (al. 1). Elle vérifie si les autorisations cantonales et fédérales préalables nécessaires ont été délivrées (al. 2). Selon l'art. 113 LATC, dans les cas prévus à l'art. 120 LATC et dans tous ceux où l'autorisation ou l'approbation cantonale est requise, la municipalité transmet la demande d'autorisation et les pièces annexes aux départements intéressés, avant l'ouverture de l'enquête publique (al. 1). D'après l'art. 75 du règlement du 19 septembre 1986 d'application de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (RLATC; BLV 700.11.1), le permis ne peut être délivré par la municipalité avant l'octroi de l'autorisation spéciale cantonale (al. 1). Le permis indique les autorisations spéciales délivrées par l'Etat et reprend les conditions particulières posées par celles-ci pour l'exécution de l'ouvrage (al. 2).

L'art. 120 al. 1 let. c LATC prévoit que ne peuvent, sans autorisation spéciale, être construits, reconstruits, agrandis, transformés ou modifiés dans leur destination:

"c. sous réserve de l'alinéa 2, les constructions, les ouvrages, les entreprises et les installations publiques ou privées, présentant un intérêt général ou susceptibles de porter préjudice à l'environnement ou créant un danger ou un risque inhérent à leur présence ou à leur exploitation, faisant l'objet d'une liste annexée au règlement cantonal; cette liste, partie intégrante de ce dernier, indique le département qui a la compétence d'accorder ou de refuser l'autorisation exigée. [...]".

L'annexe II RLATC énumère la liste des ouvrages, activités, équipements et installations qui doivent faire l'objet d'une autorisation ou d'une approbation par l'autorité cantonale. Sous les rubriques "Données générales", "Situation de la construction dans le terrain" figure la mention des "Constructions portant atteinte à un biotope", mentionnant comme département compétent "Sécurité et environnement sous réserve d’une délégation à la commune".

L'autorité cantonale statue sur les conditions de situation de la construction ainsi que sur les éventuelles mesures de surveillance, indépendamment des dispositions des plans et règlements communaux d'affectation. Elle impose, s'il y a lieu, les mesures propres à assurer la salubrité et la sécurité ainsi qu'à préserver l'environnement (art. 123 LATC).

Les autorisations spéciales cantonales présentent un caractère accessoire par rapport à la décision communale relative à la demande de permis de construire; elles viennent se greffer sur cette dernière, dans une procédure qui permet la coordination de l'examen successif par diverses autorités d'un seul et même projet de construction (AC.2015.0204 du 17 mars 2016 consid. 1, AC.2010.0325 du 4 janvier 2012 consid. 2c et la référence citée).

b) La protection des biotopes est régie par diverses normes du droit fédéral. Dans la LPN, les art. 18 ss règlent la protection de la faune et de la flore du pays. Les trois premiers alinéas de l'art. 18 LPN, qui expriment les principes de base en matière de protection des espèces animales et végétales, ont la teneur suivante:

"¹ La disparition d’espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d’un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d’autres mesures appropriées. Lors de l’application de ces mesures, il sera tenu compte des intérêts dignes de protection de l’agriculture et de la sylviculture.

^1bis Il y a lieu de protéger tout particulièrement les rives, les roselières et les marais, les associations végétales forestières rares, les haies, les bosquets, les pelouses sèches et autres milieux qui jouent un rôle dans l’équilibre naturel ou présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses.

^1ter Si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d’éviter des atteintes d’ordre technique aux biotopes dignes de protection, l’auteur de l’atteinte doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat".

La réglementation fédérale sur la protection des biotopes est complétée dans l'ordonnance du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature et du paysage (OPN; RS 451.1). L'art. 14 al. 6 OPN précise les critères pour autoriser des atteintes d'ordre technique aux biotopes:

"⁶Une atteinte d’ordre technique qui peut entraîner la détérioration de biotopes dignes de protection ne peut être autorisée que si elle s’impose à l’endroit prévu et qu’elle correspond à un intérêt prépondérant. Pour l’évaluation du biotope lors de la pesée des intérêts, outre le fait qu’il soit digne de protection selon l’al. 3, les caractéristiques suivantes sont notamment déterminantes:

a. son importance pour les espèces végétales et animales protégées, menacées et rares;

b. son rôle dans l’équilibre naturel;

c. son importance pour la connexion des biotopes entre eux;

d. sa particularité ou son caractère typique".

Certains biotopes sont d'importance nationale; ils sont spécialement désignés par le Conseil fédéral dans des ordonnances, qui précisent les buts visés par la protection; il incombe aux cantons d'en régler la protection et l'entretien (art. 18a LPN). Les autres biotopes dignes de protection sont d'importance régionale et locale; selon la loi fédérale, il appartient aux cantons de veiller à leur protection (art. 18b LPN).

Dans le canton de Vaud, l'art. 4a LPNMS relatif à la protection des biotopes dispose que toute construction ou installation portant atteinte à un biotope doit faire l'objet d'une autorisation spéciale du Département chargé de l'environnement (al. 2), cette autorisation pouvant être déléguée aux communes selon les circonstances (al. 3).

c) L’art. 89 LATC dispose que toute construction sur un terrain ne présentant pas une solidité suffisante ou exposé à des dangers spéciaux tels que l'avalanche, l'éboulement, l'inondation, les glissements de terrain, est interdite avant l'exécution de travaux propres, à dire d'experts, à le consolider ou à écarter ces dangers; l'autorisation de construire n'engage pas la responsabilité de la commune ou de l'Etat (al. 1). Les plans de constructions nécessitant des calculs de résistance doivent être établis par un ingénieur; il en est de même des plans de fondations et de toute autre partie de la construction lorsque celle-ci présente des dangers spéciaux (al. 2). Cette disposition ne s'applique pas uniquement lorsque la construction elle-même est exposée à des dangers spéciaux, mais également lorsqu'elle compromet la sécurité d'un immeuble voisin (arrêts AC.2016.0268 du 12 février 2018 consid. 3a/aa et les arrêts cités; AC.2016.0294 du 4 décembre 2017 consid. 11a). Il découle de cette disposition que le législateur cantonal laisse au propriétaire constructeur la responsabilité de prendre toutes les mesures propres à consolider le terrain ou à écarter les dangers de glissement. Ces mesures sont indépendantes des autorisations qui lui seraient délivrées par la commune ou par le canton, que le terrain soit situé en zone à bâtir ou hors des zones à bâtir.

En principe, les investigations et les travaux nécessaires à la réalisation d'une étude géotechnique (travaux de sondage, essais en laboratoire, établissement d'un rapport comprenant la synthèse des résultats des sondages et des essais, ainsi que les conclusions et propositions pour les fondations et fouilles) font partie des prestations relatives à l'établissement des plans d'exécution de l'ouvrage; ces travaux impliquent un investissement qu'il n'est pas raisonnable d'exiger avant que le droit de construire sur le terrain ne soit sanctionné par le permis de construire, attestant que toutes les prescriptions des plans et règlements d'affectation sont respectées et que les objections d'éventuels opposants ont été examinées. Il est ainsi contraire au principe de la proportionnalité d'exiger au stade de la procédure de demande de permis de construire l'établissement d'un rapport géologique et géotechnique complet (AC.2017.0365 du 28 décembre 2018 consid. 3a et les nombreux arrêts cités).

Dans l'affaire AC.2017.0365 précitée, l’ECA avait délivré son autorisation spéciale en vertu de l’art. 120 al. 1 LATC, à la condition que des mesures constructives visant à sécuriser les bâtiments soient définies par une personne spécialisée mandatée par le maître d'ouvrage. Sur cette base le Tribunal avait estimé qu'il n'y avait pas lieu, au stade du permis de construire à tout le moins, d’exiger de la constructrice la production d’un rapport géotechnique (consid. 3b). Il a précisé qu'il appartiendrait le cas échéant à la municipalité, dans le cadre de son devoir de surveillance pendant la phase d'exécution des travaux prévue aux art. 124 à 129 LATC, de s'assurer que toutes les conditions fixées par l'autorisation spéciale de l'ECA avaient bien été respectées, notamment au moment de l'avis de début des travaux, d’une part, et lorsqu'elle statuerait sur la demande de permis d'habiter, d’autre part (dans le même sens, arrêt AC.2016.0268 du 12 février 2018 consid. 3a/bb et les arrêts cités). On rappelle à ce propos que, en vertu de l'art. 128 LATC, le permis d'habiter ou d'utiliser ne peut être délivré que si les conditions fixées par le permis de construire ont été respectées et si l'exécution correspond au plan mis à l'enquête. Cette disposition constitue une base légale suffisante obligeant la municipalité à faire respecter les conditions du permis de construire sans qu'il ne soit encore nécessaire de le préciser dans le texte de celui-ci.

5. En l'espèce, il se pose la question du bien-fondé de l'autorisation spéciale délivrée par la DGE-BIODIV en lien avec la protection du biotope situé sur la parcelle n° 691. Autrement dit, il s’agit de déterminer si la DGE-BIODIV ne devait pas refuser de délivrer l’autorisation spéciale requise au lieu d’émettre un "préavis" favorable au projet assorti de diverses conditions impératives, dont le respect ne pouvait pas être garanti par la constructrice au moment où l’autorité cantonale compétente s’est prononcée. En effet, la constructrice n’avait produit aucune étude hydrogéologique et biologique indiquant quelles étaient les mesures concrètes à prendre pour que le régime hydrique du biotope voisin ne soit pas modifié par les projets de construction litigieux.

a) Au préalable, il convient de relever qu’il n’est pas contesté que les constructions projetées sur les parcelles les n^os 16049 et 16115 peuvent avoir des effets négatifs sur l'alimentation en eau du bas-marais d’importance régionale situé sur la parcelle n° 691, partant lui porter atteinte.

b) Appelée à vérifier la conformité du projet litigieux à la LPN, la DGE-BIODIV s'est contentée de remarques relativement générales dans ses préavis figurant dans les synthèses n° 190851 du 19 mars 2020 (reproduite sous let. D ci-avant) et n° 196533 du 21 décembre 2020 (reproduite sous let. G ci-avant). S'il va de soi qu'elle ne saurait fixer le détail des mesures constructives, il n'en demeure pas moins qu'il lui aurait appartenu d'examiner si le projet litigieux permettait réellement d'assurer la protection du biotope et de définir les mesures qui s'imposaient compte tenu des circonstances concrètes. Or la DGE-BIODIV ne s'est nullement prononcée sur le détail des mesures qui seraient exigibles de la part de la constructrice afin d'assurer au mieux la protection du site dans les circonstances du cas d'espèce. Certes, elle a prévu que ces mesures devaient être définies par un bureau spécialisé et que ces mesures devaient ensuite lui être soumises. Toutefois, l'avis d'un bureau privé ne saurait se substituer aux conditions qui doivent être fixées par l'autorisation cantonale requise. En outre, cette manière de procéder empêche le contrôle des mesures prises dans le cadre de la procédure de mise à l'enquête publique. Or le droit fédéral et le droit cantonal (art. 12 LPN; art. 90 LPNMS) reconnaissent expressément la qualité pour faire opposition et recourir aux organisations qui se vouent à la protection de la nature, à la protection du paysage, contre les décisions prises en application de ces lois. Si les mesures de protection peuvent être définies postérieurement à la délivrance du permis de construire sur la base d'un simple échange de vues entre l'autorité cantonale et la constructrice, le droit de recours des organisations cantonales et fédérales qui se vouent à la protection des biotopes serait en grande partie privé de la portée que la loi a voulu lui attribuer.

Le rapport E.________ produit en instance de recours ne permet pas la guérison du vice dont sont affectées les autorisations spéciales délivrées. En effet, selon ses propres termes (reproduits sous let. C), il s'agit d'une étude préliminaire qui définit quelles autres études doivent encore être réalisées (cf. notamment point 5.1 "Toute réalisation de projet, dans ce type de terrain, devrait être précédée d'une étude géotechnique définissant les conditions géologiques et hydrogéologiques du site, et permettant ainsi de fournir de précieux renseignements quant aux techniques de terrassement et fondations à mettre en place dans ce type de sol" et point 7 "Pour ce qui est des recommandations et mesures finales liées au projet, elles ne pourront être établies qu'une fois le projet définitif connu et les études précitées au chapitre 6 réalisées"). Ce caractère incomplet a d'ailleurs été relevé par la DGE-BIODIV dans le cadre de la procédure devant le tribunal de céans. Le rapport n'a au surplus pas été établi sur la base des plans mis à l'enquête (cf. point 4.1: "Actuellement le projet définitif qui pourrait être réalisé sur cette parcelle n'est pas connu. Il consisterait en la création d'une usine type halle artisanale / industrielle combinant production et bureaux. Il est aujourd'hui prévu de réaliser cette usine sur deux niveaux hors-sol et sans sous-sol") et indique concerner la parcelle n° 691. A ce propos, il convient de souligner que la DEG-BIODIV, comme d'ailleurs l'autorité municipale, ne peuvent se déterminer que sur des plans mis à l'enquête publique, et non sur des déclarations d'intention. Ainsi la déclaration de la constructrice du 7 avril 2021, rappelée le 4 octobre 2021, selon laquelle elle renonce par gain de paix à la construction de tout sous-sol, ce qui aurait déjà été communiqué à la municipalité avant la délivrance du permis de construire, n'est pas déterminante dans le cadre de la présente affaire. On rappelle en effet qu'en procédure administrative, l'objet du litige est circonscrit par la décision attaquée, à quoi s'ajoutent les questions qui auraient été soulevées par les parties mais que l'autorité aurait omis de trancher dans sa décision. Cela s'explique par le fait que l'autorité de recours ne peut contrôler que ce qui a été préalablement décidé ou qui aurait dû l'être (cf. art. 79 LPA-VD). C’est ainsi uniquement le projet qui fait l’objet de la décision attaquée qui peut examiné par la cour de céans, à l'exclusion de modifications présentées ultérieurement par la constructrice.

La présente situation se distingue de celle visée par l'art. 89 LATC. Cet article vise la prévention contre des dommages liés à des travaux, notamment de terrassement, qui relève de l'application des règles de l'art en matière de construction et n'a aucune incidence sur la délivrance du permis de construire (cf. les arrêts cités au consid. 3c ci-avant; voir aussi AC.2016.0027 du 10 mars 2017 consid. 5b/aa; AC.2010.0353 du 23 décembre 2011 consid. 10 et l'arrêt cité). Un éventuel litige portant sur cette question ressortit au droit privé (AC.2020.0240 du 10 février 2021 consid. 9; AC.2010.0228 du 12 janvier 2011 consid 5). Or la protection des biotopes relève des conditions de fond et non de l'application des règles de l'art. De plus, un litige ultérieur lié aux mesures de protection des biotopes n'est a priori pas justiciable civilement, contrairement à ce qui le cas pour les dommages liés aux travaux visés par l'art. 89 LATC. La jurisprudence développée en lien avec cet article selon laquelle il serait disproportionné d'exiger du constructeur des études techniques sans savoir si le permis est accordé n'est dès lors pas applicable en l'occurrence.

c) C'est en conséquence à juste titre que les recourantes se plaignent du caractère incomplet des autorisations spéciales délivrées par la DGE-BIODIV en lien avec la protection des biotopes, aussi bien dans le cadre du projet principal que dans celui de la route d'accès. On ne trouve pas dans les décisions de la municipalité ni dans les préavis de la DGE figurant dans les synthèses CAMAC le détail des mesures concrètes de protection des biotopes, ce qui empêche de contrôler valablement l'application du droit fédéral et cantonal de protection de la nature et justifie l'admission du recours (cf. art. 76 let. a et b LPA-VD, par renvoi de l'art. 99 LPA-VD). La DGE-BIODIV aurait dû refuser de délivrer une autorisation spéciale à défaut d’études hydrogéologique et biologique préconisant des mesures adéquates de protection du biotope sis sur la parcelle n° 691. Elle ne pouvait pas se borner à émettre un simple préavis favorable assorti de conditions impératives, dont l’exécution ne pouvait être garantie à ce stade. Le préavis favorable émis par la DGE-BIODIV est d’autant plus incompréhensible qu’elle avait elle-même indiqué que "l'évacuation des eaux claires superficielles et celles issues du drainage de la construction sera entièrement réétudiée par un hydrogéologue accompagné par un spécialiste en matière de protection des biotopes de manière à ne pas modifier le régime hydrique du biotope voisin".

Les indications données par les autorités et la constructrice dans leurs réponses aux recours ne permettent pas de combler cette lacune. En conséquence, le permis de construire aurait dû être refusé.

L'admission des recours entraîne l'annulation des décisions attaquées et le renvoi des causes à la municipalité pour nouvelles décisions sur les demandes de permis de construire. L'autorité intimée est la mieux à même de compléter l'instruction, en requérant de la constructrice le dépôt d'une expertise hydrogéologique et d’une expertise biologique, puis en soumettant le dossier à la DGE (cf. art. 90 al. 2 LPA-VD).

6. Vu l'annulation des permis de construire pour les motifs exposés ci-dessus, il ne se justifie pas d'examiner les autres griefs des recourantes.

7. Les considérants qui précèdent conduisent à l’admission des recours et à l’annulation des décisions de la Municipalité d’Oron du 16 septembre 2020 et du 18 février 2021 levant les oppositions et délivrant les permis de construire.

Selon les art. 49 al. 1 et 55 al. 2 LPA-VD, les frais et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe. D'après la jurisprudence toutefois, lorsque la procédure met en présence, outre le recourant et l'autorité intimée, une ou plusieurs autres parties dont les intérêts sont opposés à ceux du recourant, c'est en principe à cette partie adverse déboutée, à l'exclusion de la collectivité publique dont la décision est annulée ou modifiée, d'assumer les frais et dépens (arrêt AC.2017.0342 du 22 août 2018 consid. 4 et les arrêts cités). En l’espèce, les frais de justice seront supportés par la constructrice (art. 49 al. 1, 52 al. 1, 91 et 99 LPA-VD). Les recourantes, qui obtiennent gain de cause en ayant procédé avec l'assistance d'un mandataire professionnel, ont droit à des dépens, à la charge de la constructrice (art. 55 al. 1 et 2, 91 et 99 LPA-VD). La propriétaire n'ayant pas formulé de conclusions, elle n'est pas soumise au versement de frais et dépens comme débitrice solidaire avec la constructrice, mais n'a pas non plus droit à l'octroi de dépens. La commune, qui succombe, n'a pas droit non plus à des dépens (art. 55 al. 1, 91 et 99 LPA-VD).

Par ces motifs
la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:

I. Les recours sont admis.

II. Les décisions rendues la Municipalité d'Oron le 16 septembre 2020 et le 18 février 2021 sont annulées et les causes sont renvoyées à cette autorité pour nouvelles décisions.

III. Un émolument judiciaire de 3'000 (trois mille) francs est mis à la charge de A.________ SA.

IV. Une indemnité de 2'000 (deux mille) francs, à payer à Pro Natura et Pro Natura Vaud créancières solidaires, à titre de dépens, est mise à la charge de A.________ SA.

Lausanne, le 14 janvier 2022

Le président: La greffière:

Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint, ainsi qu’à l’Office fédérale de l’environnement (OFEV).

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, 1000 Lausanne 14). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.