TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
	Arrêt du 31 mars 2025
Composition	Mme Annick Borda, présidente; Mme Danièle Revey et M. Alain Thévenaz, juges; Mme Fabia Jungo, greffière.

 

Recourant

Office fédéral de l'environnement OFEV, à Berne,

  

Autorités intimées	1.	Municipalité de Noville, représentée par Me Daniel GUIGNARD, avocat à Lausanne,
	2.	Département des institutions, du territoire et du sport (DITS), représenté par la Direction générale du territoire et du logement (DGTL), à Lausanne,

 

Autorité concernée

Direction générale de l'environnement (DGE-BIODIV), à Lausanne,

  

Constructrice

A.________, à ********, représentée par Me Denis BETTEMS, avocat à Lausanne.

  

 

Objet

Permis de construire

Recours Office fédéral de l'environnement c/ décision de la Municipalité de Noville du 23 juillet 2015 et toute décision de la Synthèse CAMAC du 15 juillet 2015 autorisant la démolition du bâtiment ECA n° 220 et l'agrandissement du chantier naval sur la parcelle n° 883 (CAMAC 155057), ainsi que contre le PPA du "Port de plaisance et du chantier naval" approuvé le 17 avril 2007 par le Département des institutions et des relations extérieures.

 

Vu les faits suivants:

A.                     La société A.________ est propriétaire de la parcelle n° 883 du cadastre de la Commune de Noville (ci-après: la commune). Ce bien-fonds, d'une surface de 44'377 m², est situé dans la vaste zone des Grangettes formée par le delta du Rhône à l'endroit de son embouchure dans le Lac Léman.

Un chantier naval y est exploité, comprenant un bâtiment ECA n° 394 ainsi qu'un bassin - ou darse - dans lequel se trouve également un port privé communiquant avec un bras du Vieux-Rhône; cette rivière longe la parcelle à l'ouest et se jette dans le lac Léman environ 300 m plus au nord. Le chantier naval paraît être exploité depuis 1903. La partie nord de la parcelle accueille d'une part des places d'amarrage sur le Vieux-Rhône et d'autre part des bâtiments (ex ECA n° 220 et ECA n° 394) depuis respectivement 1955 et 1969 au plus tard, comme en attestent les photographies aériennes tirées du géoportail fédéral (carte SWISSIMAGE Voyage dans le temps); un bâtiment situé à l'emplacement de l'ancien ECA n° 220 est visible sur une photographie aérienne de 1935. Le port (darse) a été érigé au plus tard en 1986 dans sa partie sud et a été agrandi au plus tard en 1992. Le bâtiment ECA n° 394 a fait l'objet d'un agrandissement autorisé par permis de construire délivré le 4 mars 1981. La propriétaire est également au bénéfice d'une concession pour usage d'eau depuis le 4 avril 1990 et qui a été renouvelée jusqu'au 31 décembre 2049 par décision rendue le 8 janvier 2020 par le département compétent.

B.                     La parcelle n° 883 fait l'objet des mesures de protection suivantes:

-      inventaire fédéral des paysages, sites et monuments naturels d'importance nationale (ci-après: IFP), objet n° 1502: Les Grangettes;

-      inventaire fédéral des zones alluviales d'importance nationale (ci-après: IZA), objet n° 123: Les Grangettes (correspondant grosso modo à la partie située en aire forestière);

-      inventaire fédéral des sites de reproduction de batraciens d'importance nationale (ci-après: IBN), objet VD21: Les Grangettes (secteur A au sud de la parcelle et secteur B au nord de la parcelle);

-      inventaire fédéral des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale (ci-après: ISM), objet n° 289: Les Grangettes, depuis 1996;

-      inventaire fédéral des bas-marais d'importance nationale, objet VD 1382: Gros Brasset, pour son angle nord-ouest; 

-      inventaire fédéral des réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance internationale et nationale (ci-après: IROEM), objet n° 8: Les Grangettes;

-      inventaire cantonal des monuments naturels et sites (ci-après: IMNS), objet n° 183: Les Grangettes, les "Iles" du Rhône, forêts et bosquets du secteur Crebelly-Dézaley;

-      inventaire cantonal des zones alluviales d'importance nationale, régionale et locale, objet n° 123: Les Grangettes;

-       inventaire cantonal des sites de reproduction de batraciens d'importance nationale, régionale et locale, objet VD21 Les Grangettes.

C.                     a) La parcelle n° 883 s'inscrit à l'intérieur du périmètre du plan d'affectation cantonal n° 291 – Commune de Noville – Site marécageux de Noville, approuvé par le département compétent le 20 mai 1997 (ci-après: le PAC n° 291).

Le PAC n° 291, selon l'art. 1^er de son règlement, regroupe, coordonne et met en application l'ensemble des mesures de protection concernant les marais et le site marécageux d'une beauté particulière et présentant un intérêt national. Il a pour but de garantir la sauvegarde des biotopes, des zones tampons et des biocénoses qui les caractérisent, de favoriser l’amélioration des valeurs biologiques du site et la réparation des atteintes qu’il a subies, de maintenir un paysage proche de l’état naturel et enfin de permettre le maintien des activités humaines dans la mesure où celles-ci sont compatibles avec les buts de protection. A cet effet, le plan comprend plusieurs affectations distinctes du territoire, à savoir une zone des biotopes protégés, une zone des prairies tampon, deux zones lacustres, une zone agricole protégée, une zone de plage, une zone de port et du chantier naval, une zone du camping, une zone des Fourches, une zone du hameau des Grangettes, des Territoires occupés par les constructions isolées et leurs abords (ces six dernières affectations étant liées à des activités humaines), ainsi que l'aire forestière.

La parcelle n° 883 est concernée par l'art. 8 du règlement du PAC n° 291 (ci-après: le RPAC), qui réglemente la zone du port et du chantier naval qui occupe près de la moitié de sa surface, à l'ouest. Cette zone est destinée à permettre le maintien des bâtiments et installations existants tout en respectant le site marécageux (al. 1). Elle est soumise à l'élaboration d'un plan partiel d'affectation communal (PPA) dans un délai de trois ans après l'approbation du présent plan (al. 2). Le PPA prévoit notamment: (a) des places d'amarrage pour bateaux de plaisance sur une surface de 25'600 m², mais au maximum 125 places dont 25 pour les visiteurs; (b) des infrastructures nécessaires telles que pontons d'amarrage et d'accès, places de parc, petit bâtiment portuaire et installations sanitaires; (c) les installations du chantier naval, y compris huitante places d'amarrage aménagées dans la darse sur une surface de 6'450 m²; (d) l'aire forestière est préservée (al. 3).

En outre, près de la moitié est de la parcelle n° 883 est affectée à l'aire forestière au sens de l'art. 12 RPAC qui prévoit ce qui suit: l'aire forestière est soumise à la législation forestière. Elle est divisée en deux secteurs dont les limites peuvent légèrement varier au cours du temps: (a) le secteur de la forêt tampon est destiné à la restauration et la conservation de groupements forestiers proches de l'état naturel en bordure des biotopes protégés. L'aménagement de clairières conformes aux objectifs de protection est admis. (b) Le secteur de la forêt à vocation mixte est destiné à permettre le développement de peuplements caractéristiques des forêts alluviales dans leur composition et leur structure, tout en conservant ses fonctions de production et d'espace de détente (al. 1). Un plan d'aménagement forestier et des plans de gestion forestière sont élaborés en temps utile. Ils tiennent compte des buts du présent plan (al. 2).

Le PAC n° 291 bis, approuvé en parallèle le 20 juin 2002, règle les circulations dans le secteur du site marécageux de Noville.

b) Par arrêt du 7 mars 2000 (1A.14/1999), le Tribunal fédéral a rejeté le recours formé par les précédents propriétaires de la parcelle n° 883 contre l'arrêt rendu le 10 décembre 1998 par l'ancien Tribunal administratif (devenu le 1^er janvier 2008 la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal - CDAP; TA AC.98/0067) réformant très partiellement le RPAC de sorte à régler de manière moins restrictive l'affectation du port privé dans le bassin aménagé sur la parcelle. Dans cet arrêt également notifié à l'Office fédéral de l'environnement (OFEV), le Tribunal fédéral mentionnait que le nouvel art. 8 RPAC, tel que modifié par le Tribunal administratif, destinait la zone du port et du chantier naval au maintien des bâtiments et installations existants tout en respectant le site marécageux et en la soumettant à l'élaboration d'un PPA prévoyant notamment les installations du chantier naval, y compris huitante places d'amarrage aménagées dans la darse sur une surface de 6'450 m² (art. 8 al. 3 let. c RPAC) ainsi que des infrastructures nécessaires telles que pontons d'amarrage et d'accès, places de parc, petit bâtiment portuaire avec installations sanitaires (art. 8 al. 3 let. b RPAC).

c) Le Plan partiel d'affectation du "Port de plaisance et du Chantier naval" au lieu-dit "Vieux-Rhône" et son règlement ont été approuvés le 17 avril 2007 par l'ancien Département des institutions et des relations extérieures (désormais le Département des institutions, du territoire et du sport - DITS) (ci-après: le PPA et le RPPA) après avoir été mis à l'enquête publique du 25 novembre 2005 au 3 janvier 2006. Le rapport 47 OAT établi à l'occasion de l'adoption du PPA expose notamment que le Plan partiel d'affectation doit tenir compte à la fois des besoins du chantier naval visant à optimiser son fonctionnement, et des contraintes du PAC, qui prévoit le maintien de l'activité du chantier naval, dans la mesure où elle reste compatible avec la protection de la nature visée par le Plan d'affectation cantonal.

Le PPA prévoit une zone du chantier naval avec un périmètre de construction A englobant le bâtiment ECA n° 394 et permettant son extension en direction du nord et de l'est. La zone du chantier naval est régie par les art. 13 à 22 RPPA. En particulier, il est prévu ce qui suit:

"Art. 14   Bâtiments existants

¹ Le bâtiment existant n° 220 peut faire l'objet d'un entretien courant. Il devra être démoli en cas d'agrandissement du bâtiment n° 394 et du transfert des activités dans le périmètre de construction A. Seules subsisteront la pompe à matière fécale et la pompe hydraulique pour l'installation de mise à l'eau des bateaux, qui seront abritées dans un local technique de 20 m² - l'implantation de ces équipements étant imposée par leur destination.

² Le bâtiment existant n° 394 peut être remplacé ou agrandi dans la limite définie par le périmètre de construction A.

Art. 15    Possibilités de construire

Les constructions existante et nouvelle doivent totaliser au plus une surface au sol de 1'820 m².

Art. 16    Périmètre de construction A

La nouvelle construction doit être érigée à l'intérieur de son périmètre de construction.

(...)

Art. 18    Hauteur des constructions, nombre de niveaux et forme de la toiture

¹ La hauteur des constructions à la corniche est limitée à 9 mètres par rapport au niveau du terrain naturel ou aménagé en remblai (voir art. 21) et le nombre de niveaux n'est pas limité.

² La toiture des constructions est à 2 pans présentant une faible inclinaison.

(...)

Art. 22    Transition au secteur des bas-marais

¹ Une bande de terrain d'une largeur de 10 mètres assure la transition entre le chantier naval et le secteur des bas-marais. Elle permet de préserver la valeur écologique du secteur naturel. Elle doit garantir les alimentations en eau et permettre d'éviter les dérives de produits toxiques. Aucun dépôt, même temporaire, n'y sera toléré.

² Une bande de 3 mètres réalisée en matériaux pierreux et servant de surface de roulement peut être autorisée. En dehors de la surface de roulement, la bande définie restante doit être libre de toute infrastructure et gérée comme une prairie extensive. Les modifications du terrain naturel ne sont pas autorisées.

³ Une clôture délimitant le site naturel ou un autre moyen de délimitation peut être édifiée en bordure de l'aire de transition. Elle devra être intégrée au site et être perméable au passage de la faune."

D.                     Le 6 mars 2015, la propriétaire de la parcelle n° 883 a déposé auprès de la Municipalité de Noville (ci-après: la municipalité) une demande de permis de construire portant sur la démolition du bâtiment ECA n° 220 et l'agrandissement du bâtiment ECA n° 394 sur cette parcelle. Le bâtiment ECA n° 220, d'une surface de 699 m² et situé à moins de 10 m de la lisière forestière à l'ouest d'une part et du Vieux-Rhône au sud-ouest d'autre part, était démoli au profit de l'agrandissement, en direction du nord et dans le périmètre de construction A (art. 16 RPPA), du bâtiment ECA n° 394; une petite partie de celui-ci (appentis) était démolie afin de permettre son agrandissement, la partie faisant l'objet de la demande de permis occupant une surface de 994 m². La nouvelle partie du bâtiment ECA n° 394 atteignait une hauteur de 9 m à la corniche et de 10.90 m au faîte.

Le projet a été mis à l'enquête publique du 29 avril au 28 mai 2015.

Le 15 juillet 2015, la Centrale des autorisations en matière de construction (CAMAC) a délivré sa synthèse, dont il ressort essentiellement que tous les services de l'Etat consultés ont délivré les autorisations spéciales requises, à certaines conditions impératives. En particulier, la division Hors zone à bâtir du Service du développement territorial (SDT; désormais la Direction générale du territoire et du logement, DGTL) précisait que la parcelle n° 883 se trouvait à l'intérieur du PPA "Port de plaisance et chantier naval", destiné à préciser les modalités d'application du PAC n° 291 pour la zone du port et du chantier naval; étant destiné à une activité spécifique dont la localisation s'impose hors de la zone à bâtir, ce PPA devait être considéré comme une zone spéciale au sens de l'art. 50a de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; BLV 700.11) et donc situé hors de la zone à bâtir. Quant à la Direction générale de l'environnement, Direction des ressources et du patrimoine naturels, section Biodiversité et paysage (DGE/DIRNA/BIODI), il y a lieu de considérer qu'elle a délivré l'autorisation spéciale requise, dès lors que le projet a été modifié en date du 6 juillet 2015 pour réduire la surface construite de 1'848 m² à 1'820 m², conformément au PPA.

La municipalité a délivré le permis de construire le 23 juillet 2015 et le permis d'exploiter le 3 juillet 2017.

E.                     La société A.________ a repris par contrat du 22 juin 2016 les actifs et passifs de la raison individuelle B.________.

F.                     Le 26 septembre 2023, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: la CDAP ou la Cour) a communiqué à l'Office fédéral de l’environnement (ci-après: l'OFEV) un arrêt par lequel elle admettait un recours à l'encontre d’un ordre de la municipalité tendant à l'éradication de plantations invasives et l'élagage d'arbres sur la parcelle n° 401 notamment (arrêt AC.2023.0036 du 25 septembre 2023).

Les 4 et 9 octobre 2023, l'OFEV a adressé un courriel à la municipalité, demandant que lui soient transmises les autorisations concernées, qu'il a reçues les 9 et 10 octobre 2024.

Le 12 octobre 2023, l'OFEV a demandé à la municipalité de lui transmettre tous les permis de construire délivrés au cours des dix dernières années pour des constructions érigées au sein du site marécageux des Grangettes. La municipalité a répondu à cette demande le 2 novembre 2023 en y joignant dix permis de construire, dont celui délivré le 23 juillet 2015 objet de la présente affaire.

G.                     Le 4 décembre 2023, l'OFEV a déposé un recours à la CDAP à l'encontre de la décision d'octroi du permis de construire du 23 juillet 2015 et des autorisations cantonales spéciales délivrées dans le cadre de la synthèse CAMAC du 15 juillet 2015, ainsi qu'à l'encontre du PPA Port de plaisance et du Chantier naval adopté par la Commune de Noville le 15 novembre 2007 et approuvé par le département cantonal compétent le 17 avril 2007. Il a conclu à l'annulation de la décision municipale et des autorisations spéciales, au rétablissement de l'état conforme à la loi, ainsi qu'à l'annulation du PPA dans la mesure de sa non-conformité avec le droit fédéral.

Dans sa réponse du 5 mars 2024, la municipalité a conclu à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.

Dans sa réponse du 21 mars 2024, la propriétaire a conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.

Dans sa réponse du 22 mai 2024, la DGTL a conclu à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. La DGE s'est déterminée le même jour, s'en remettant à justice quant à la recevabilité du recours et concluant, au fond, à son rejet.

Le 12 août 2024, l'OFEV a déposé une réplique, confirmant les conclusions de son recours.

La municipalité a dupliqué le 26 septembre 2024 et la propriétaire le 8 novembre 2004. Dans sa duplique, celle-ci a requis la mise en œuvre d'une expertise relative à la protection des batraciens en lien avec l'éloignement du bâtiment de la lisière forestière et du chenal (suppression du bâtiment ECA n° 220 au profit de l'agrandissement du bâtiment ECA n° 394) et avec la couverture en gravier de la surface entourant les bâtiments.

La Cour a tenu audience avec inspection locale le 11 février 2025. On extrait les éléments suivants du compte rendu de cette séance:

"Le tribunal et les parties se déplacent sur la parcelle n° 883. La Cour visite le nouveau hangar, d'une taille importante et plus élevé que le bâtiment préexistant sur son flanc sud. Le nouveau hangar sert au stockage des bateaux durant la saison hivernale; il contient également une machine servant à mettre les bateaux à l'eau. La propriétaire explique que le radier a pu être aménagé sur le gravier existant, celui-ci étant suffisamment tassé sans qu'il n'ait été nécessaire de prévoir de pieux.

Au nord-ouest du hangar se trouve un tunnel agricole gris qui aurait été aménagé il y a environ 30 ans selon les déclarations de la propriétaire. Une étroite bande herbeuse sépare le tunnel et le nouveau hangar de la limite du bas-marais au nord.

La propriétaire explique que cette bande herbeuse est fauchée une fois par année, en automne; aucune barrière n'entrave la faune. La place située à l'ouest du hangar, gravillonnée, sert à l'entreposage hivernal des bateaux, soit de la fin de l'automne à Pâques environ. Un bateau à la fois peut être sorti de l'eau ou mis à l'eau et les mouvements sont donc peu nombreux.

Au sud-ouest de la place gravillonnée, à proximité du canal, se trouve encore un container abritant les locaux techniques et, au bord de l'eau, une grue.

La DGE précise que le secteur du biotope est recensé dans le PAC mais qu'aucune zone tampon n'a été prévue.

L'OFEV détaille les trois périodes importantes pour les batraciens: en premier lieu, en fin d'hiver et début de printemps, les adultes se déplacent vers les sites de reproduction (étangs) avant de retourner occuper l'ensemble de leur territoire; ensuite, vers le mois de juin, les jeunes quittent l'eau pour occuper l'ensemble de leur territoire; enfin, vers octobre et novembre, les batraciens s'abritent pour l'hiver, dans des cavités situées dans le sol. Le nouveau bâtiment (hangar) constitue à cet égard une barrière plus importante pour les déplacements des batraciens. Les conditions permettant une nouvelle construction selon l'ordonnance sur les batraciens ne sont pas remplies. S'agissant du site marécageux, le chantier naval constitue une atteinte existante, alors que la législation topique exige de supprimer les atteintes à chaque fois qu'une occasion se présente. Le nouveau bâtiment est par ailleurs implanté plus près du bas-marais; de ce fait, il peut réduire la surface disponible pour certains oiseaux, qui ne nichent par exemple pas à moins de 50 m d'un bâtiment. La lumière émanant du bâtiment constitue par ailleurs un dérangement pour les oiseaux. Enfin, certaines espèces peuvent être affectées par la hauteur du bâtiment.

La propriétaire précise n'avoir jamais observé de batraciens dans le hangar ou à proximité de celui-ci.

La DGTL explique qu'il a été considéré, lors de l'adoption du PPA, qu'une surface bâtie de 1'820 m² bénéficiait de la garantie de la situation acquise; la suppression de l'ancien hangar au profit de la construction du nouveau hangar était possible pour autant que la surface maximale soit respectée, ce qui était le cas en l'espèce. 

S'agissant de sa conclusion tendant à la remise en état, l'OFEV précise que la parcelle doit à terme être restituée au site marécageux. Cette échéance doit être fixée en tenant compte du principe de proportionnalité et conjointement à des mesures de valorisation du site."

Les parties se sont encore déterminées le 3 mars 2025 (OFEV et municipalité) et le 10 mars 2025 (constructrice, DGTL et DGE). L'OFEV recommande une modification du compte rendu en lien avec les périodes importantes pour les batraciens en ce sens que pour la période du mois de juin, il est important de noter que les jeunes batraciens sont particulièrement sensibles à un microclimat défavorable, comme celui des places asphaltées et recouvertes de gravier en plein soleil. La constructrice complète le compte rendu au sujet des conséquences financières liées à la démolition du hangar (perte sèche annuelle d'au minimum 200'000 fr. et risque de fermeture définitive d'une entreprise plus que centenaire), précise que ce n'est pas la bande herbeuse située entre le hangar et le tunnel qui est fauchée une fois l'an mais le grand terrain situé au nord du nouvel hangar, ajoute que ce nouvel hangar ne bénéficie d'aucun éclairage artificiel et rappelle sa réquisition de mise en œuvre d'une expertise au sujet de la problématique des batraciens, déjà formulée dans sa duplique.

Considérant en droit:

1.                      Le recours est formé par l'OFEV et dirigé à l'encontre de plusieurs actes distincts, à savoir la synthèse CAMAC comprenant les autorisations spéciales délivrées par les instances cantonales le 15 juillet 2015, dont l'ancien SDT et la DGE, l'autorisation de construire rendue par la municipalité le 23 juillet 2015 et le PPA "Port de plaisance et du Chantier naval" au lieu-dit "Vieux Rhône" approuvé par le département le 17 avril 2007. Il y a ainsi lieu d'examiner la recevabilité du recours, contestée tant par la municipalité que par la DGTL et la propriétaire de la parcelle litigieuse, et de la distinguer cas échéant en fonction des actes attaqués. La DGE s'en est remise à justice sur ce point.

2.                      En premier lieu, il convient d'examiner la qualité pour recourir de l'OFEV.

a) En vertu de l'art. 49 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101), la Confédération veille à ce que les cantons respectent le droit fédéral.

Afin d'assurer l'exécution correcte et uniforme du droit fédéral, le législateur a prévu, à l'art. 89 al. 2 let. a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110), qu'ont qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral notamment la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attribution. La doctrine précise à cet égard que, sur la base de cette disposition, les offices fédéraux sont habilités à recourir, mais que le droit fédéral doit le prévoir dans une loi ou dans une ordonnance (cf. Aubry Girardin, Commentaire LTF, 3^e éd., 2022, n. 75 ad art. 89). En vertu de l'art. 111 al. 2 LTF, si une autorité fédérale a la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, elle peut recourir devant les autorités cantonales précédentes ou, pour autant qu'elle le demande, participer à la procédure devant celles-ci.

Un office fédéral n'est admis à recourir que dans un domaine qui relève de sa compétence. Le Tribunal fédéral a en particulier considéré que le recours de l'Office fédéral de l’énergie (OFEN), qui intervient hors d'un cas d'application de la loi fédérale du 30 septembre 2026 sur l’énergie (LEne; RS 730.0), doit être déclaré irrecevable (TF 1A.124/2005 du 17 juin 2005 consid. 1.3-1.4). De même, l'Office fédéral du développement territorial (OFDT/ARE) n'a pas qualité pour recourir sur la base de l'art. 48 l’ordonnance du 28 juin 2000 sur l’aménagement du territoire (OAT; RS 700.1) lorsque c'est l'application du droit fédéral de la protection de l'environnement qui est en jeu (Tanquerel, Le recours des offices fédéraux en matière d'aménagement du territoire et d'environnement, in: Mélanges en l'honneur de Pierre Moor: théorie du droit, droit administratif, organisation du territoire, Berne 2005, p. 766).

b) D'après l'art. 12g al. 2 de la loi fédérale du 1^er juillet 1966 sur la protection de la nature et les paysages (LPN; RS 451), intitulé "Recours des cantons et de l'office fédéral compétent", l'office compétent a la qualité pour recourir contre les décisions cantonales au sens de l'art. 12 al. 1 LPN et peut faire usage des voies de droit fédérales et cantonales.

Cette disposition est entrée en vigueur le 1^er juillet 2007; il s'agit en réalité d'une reprise du texte de l'ancien art. 12b al. 2 LPN, introduit le 1^er février 1996 (FF 2005 5041, p. 5067). Elle confère à l'office compétent le droit de recourir en matière de LPN sur les décisions prises en exécution de tâches fédérales. Contrairement aux autres lois fédérales instaurant un droit de recours des offices fédéraux dans le domaine de l'environnement (voir art. 56 al. 1 de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l’environnement [LPE; RS 814.01], art. 67a de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux [LEaux; RS 814.20], art. 46 al. 2 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les forêts [LFo; RS 921.0] et art. 29 al. 1 de la loi fédérale du 21 mars 2003 sur l’application du génie génétique au domaine non humain [LGG; RS 814.91] qui prévoient que l'office compétent est habilité à user de toutes les voies de recours prévues par le droit fédéral et le droit cantonal contre les décisions rendues par des autorités cantonales en "application de la présente loi ou de ses dispositions [ou: actes] d’exécution"), l'art. 12g al. 2 LPN contient une formulation différente s'agissant des décisions concernées. Il renvoie en effet aux décisions cantonales au sens de l'art. 12 al. 1 LPN, ce qui indique que l'habilitation concerne exclusivement le recours contre les décisions prises dans l'accomplissement de tâches de la Confédération selon les art. 78 al. 2 Cst. et 2 LPN (Grodecki/Pfeiffer, in Moor/Favre/Flückiger (éd.), Loi sur la protection de l'environnement, Berne 2010, n. 9 ad art. 56 LPE).

L'art. 2 LPN définit ce qu'il faut entendre par l'accomplissement d'une tâche de la Confédération au sens de l'art. 78 al. 2 Cst. Cet article n'est toutefois pas exhaustif. Selon une jurisprudence constante, une tâche fédérale peut également exister lorsqu'une autorité cantonale a pris une décision, par exemple lors de l'octroi d'une dérogation au droit de l'aménagement du territoire selon l'art. 24 de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700) (ATF 112 Ib 70 consid. 4b). L'autorisation de défrichement est expressément mentionnée à l'art. 2 al. 1 let. b LPN (ATF 121 II 190 consid. 3c/cc). La protection des biotopes selon les art. 18 ss LPN est une tâche fédérale confiée aux cantons (ATF 133 II 220 consid. 2.2). Il en va de même pour l'autorisation d'interventions techniques dans un cours d'eau selon les art. 8 ss de la loi fédérale du 21 juin 1991 sur la pêche (LFSP; RS 923.0) ou l'octroi d'autorisations relevant du droit de la pêche (ATF 110 lb 160 consid. 2). Font également partie des tâches fédérales la protection des eaux et la garantie de débits résiduels convenables (TF 1C_262/2011 du 15 novembre 2012 consid. 1.1, non publié dans: ATF 139 II 28), la protection des marais et des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale (ATF 118 Ib 11 consid. 2e) ainsi que des mammifères et des oiseaux sauvages (ATF 136 II 101 consid. 1.1), même si ce sont les autorités cantonales ou communales qui décident. La condition pour l'existence d'une "tâche fédérale" est donc en premier lieu que la décision attaquée concerne une matière juridique qui relève de la compétence de la Confédération et qui est réglée par le droit fédéral.

Le droit de recours de l'OFEV est considéré comme abstrait: il n'est pas nécessaire pour l'office concerné de démontrer un intérêt particulier à contester la décision (ATF 136 II 359 consid. 1.2; Keller, Commentaire LPN, 2^ème éd. 2019, n. 5 ad art. 12g LPN, p. 359). Il permet par ailleurs à l'office de contester non seulement les décisions cantonales de dernière instance, mais également celles des instances inférieures. La qualité pour agir sur le plan cantonal n'est donc pas limitée à la dernière instance et existe pour toutes les autorités cantonales précédentes (Bovey, op. cit., n. 18 ad art. 111 LTF; Keller, op. cit., n. 7 ad art. 12g LPN, p. 359 s.; FF 1991 III 1151, p. 1157). Il s'agit toutefois d'une faculté donnée à l'autorité fédérale, qui n'est pas obligée d'épuiser les instances cantonales. Une renonciation à recourir devant une instance cantonale ne privera pas l'autorité fédérale de son droit de recourir devant les instances cantonales ultérieures ou devant le Tribunal fédéral. Par conséquent, l'office n'a pas non plus d'obligation de participer à la procédure antérieure (ATF 136 II 359 consid. 1.2; 116 Ib 418 consid. 3h; voir aussi arrêt TF 1C_184/2021 du 23 septembre 2021 consid. 2.3; Tanquerel, op. cit., p. 772; Bovey, op. cit., n. 22 ad art. 111).

Les art. 12g al. 2 et 12 al. 1 LPN ne mentionnent que les décisions des autorités cantonales. Chaque canton est toutefois libre d'organiser les compétences de ses autorités comme il l'entend. Dans le canton de Vaud, l'art. 114 LATC prévoit que la compétence de délivrer les permis de construire appartient à la municipalité. L'intervention de la commune dans ce domaine ne porte toutefois pas préjudice au droit des autorités fédérales de recourir contre les décisions des autorités inférieures, qu'elles soient communales ou cantonales (voir, pour la LPE: Grodecki/Pfeiffer, op. cit., n. 15 ad art. 56 LPE).

c) Au niveau cantonal, selon l'art. 75 let. b de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; BLV 173.36), a qualité pour former recours toute autre personne ou autorité que la loi autorise à recourir.

d) Il résulte de ce qui précède que l'OFEV, en tant qu'office fédéral compétent pour l'exécution de la LPN en matière de protection de la nature et du paysage (art. 23 al. 1 let. a et al. 2 de l'ordonnance du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature et du paysage [OPN; RS 451.1]), est l'office compétent au sens de l'art. 12g LPN pour se plaindre des décisions cantonales et communales en cette matière (cf. ég. TF 1C_86/2020 du 22 avril 2021 consid. 6.1; Tanquerel, op. cit., p. 772). La qualité pour recourir doit lui être reconnue même s'il n'a pas formé opposition dans la procédure préalable aux décisions litigieuses. L'office intervient par ailleurs dans des domaines recouvrant la définition de tâche de la Confédération, singulièrement la protection des marais et des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale, ainsi que des mammifères et des oiseaux sauvages. La qualité pour recourir à l'encontre des actes attaqués doit partant lui être reconnue.

3.                      Il convient ensuite d'examiner si l'OFEV pouvait encore contester dans son recours des actes qui étaient datés respectivement de plus de huit ans (permis de construire) et de plus de quinze ans (plan partiel d'affectation).  

A ce sujet, l'OFEV se prévaut de l'absence totale de notification des actes litigieux, qui ne lui auraient été communiqués qu'à sa demande le 2 novembre 2023, en violation en particulier des art. 24g LPN, 27 al. 2 let. e et f OPN et 46 OAT. Il convient dès lors de se pencher sur l'existence d'une obligation de notification, en distinguant, d'une part, le cas des autorisations cantonales spéciales et du permis de construire des 15 et 23 juillet 2015 et, d'autre part, le cas de l'approbation du PPA Port de plaisance et du Chantier naval. 

a) aa) Selon l'art. 95 al. 1 LPA-VD, le recours au Tribunal cantonal s'exerce dans les 30 jours dès la notification de la décision ou du jugement attaqués.

La question du respect du délai de recours et de ses conséquences dépend directement de l'existence d'une obligation des autorités de notifier leurs décisions. En l'absence d'obligation de communiquer les décisions cantonales des instances inférieures à l'OFEV, il ne serait pas admissible d'admettre un recours de l'OFEV après l'écoulement du délai de recours cantonal ordinaire, quand bien même l'office ne se serait pas vu notifier la décision (Grodecki/Pfeiffer, op. cit., n. 31 ad art. 56 LPE; Loretan, Kommentar zum Umweltschutzgesetz, 2^e éd., Zurich 1996, état mars 2002, n. 16 ad art. 56 LPE).

bb) Selon l'art. 112 al. 4 LTF, dans les domaines où les autorités fédérales ont qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, le Conseil fédéral détermine quelles décisions les autorités cantonales doivent leur notifier. Selon le Message concernant la révision totale de la procédure judiciaire fédérale du 28 février 2001, les décisions cantonales ne devront en principe pas être communiquées d'office aux autorités fédérales, sauf dans les cas spécifiés par une ordonnance du Conseil fédéral. Une obligation de communiquer toute décision aux autorités fédérales ne pourra être prévue que de manière très ponctuelle, par exemple lorsque la mise en œuvre de normes particulièrement délicates est en cause (FF 2001 4000, sp. 4147). Sur cette base, le Conseil fédéral a édicté l'ordonnance fédérale du 8 novembre 2006 concernant la notification des décisions cantonales de dernière instance en matière de droit public (RS 173.110.47), qui fait obligation aux autorité cantonales de notifier sans délai et gratuitement aux autorités fédérales ayant qualité pour recourir les décisions de dernière instance qui peuvent être attaquées devant le Tribunal fédéral, notamment par un recours en matière de droit public (art. 1 al. 1 let. c). Selon cette ordonnance, une obligation de notification n'existe que pour les décisions de dernières instance cantonale (voir aussi ATF 136 II 359 consid. 1.2). Le Message précité n'exclut toutefois pas d'obliger des autorités cantonales inférieures à communiquer leurs décisions aux autorités fédérales (Bovey, op. cit., n. 66-68 ad art. 112).

cc) L'art. 27 al. 1 et 2 OPN, intitulé "Communication des textes légaux et des décisions", prévoit que les cantons communiquent à l'OFEV, l'OFC (Office fédéral de la culture) ou à l'OFROU (Office fédéral des routes) leurs actes normatifs concernant la protection de la nature, la protection du paysage et la conservation des monuments historiques (al. 1). Les autorités compétentes communiquent en outre à l'OFEV les décisions suivantes (al. 2):

"a.          exceptions relatives aux dispositions de la protection des espèces (art. 22, al. 1 et 3, LPN; art. 20, al. 3);

b.            suppression de la végétation des rives (art. 22, al. 2 et 3, LPN);

c.            décisions de constatation dans le domaine de la protection des biotopes et des espèces (art. 14, al. 4);

d.            décisions concernant la remise en état (art. 24e LPN);

e.            décisions concernant les constructions, les installations et les modifications de la configuration du terrain dans les biotopes d’importance nationale (art. 18a LPN) ou les sites marécageux (art. 23b LPN);

f.            approbation de plans d’affectation (art. 26 de la loi du 22 juin 1979 sur l’aménagement du territoire) s’ils portent atteinte à des paysages, des sites naturels, des biotopes ou des sites marécageux d’importance nationale."

L'art. 27 al. 2 let. e OPN a été introduit par le ch. II 1 de l'ordonnance du 2 février 2000 relative à la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures de décision, et est entré en vigueur le 1^er mars 2000 (RO 2000 703). Cet article impose aux autorités cantonales de communiquer à l'OFEV une série de décisions relatives aux constructions dans les biotopes et sites marécageux. Quant à l'art. 27 al. 2 let. f OPN, qui porte sur l'approbation des plans d'affectation, il a été introduit par le ch. II de l’ordonnance du 2 avril 2014 et est entré en vigueur le 1^er mai 2014 (RO 2014 909).

L'objectif poursuivi par l'art. 27 al. 2 OPN est d'assurer un droit de recours effectif des offices fédéraux, dans le contexte d'un besoin d'amélioration de la surveillance fédérale dans le domaine de la protection du paysage et de la nature. Cet objectif trouve sa source dans le rôle de surveillance de la Confédération vis-à-vis des cantons, prévu à l'art. 24g al. 1 LPN depuis le 1^er septembre 2014 et, de manière générale, à l'art. 49 al. 2 Cst. (Martenet, in: Martenet/Dubey (éd.), Commentaire romand de la Constitution fédérale, 2021, n. 66 ss ad art. 49 Cst.; Biaggini, BV Kommentar, 2^e éd., Zurich 2017, n. 26 ad art. 49; cf. ég. TF 1C_672/2020 du 2 septembre 2021 consid. 2.2 et les références citées). L'obligation de notification découlant de l'art. 27 al. 2 OPN va plus loin que celle de l'ordonnance fédérale du 8 novembre 2006 concernant la notification des décisions cantonales de dernière instance en matière de droit public. Cet article s'adresse en effet à toutes les autorités compétentes, à savoir également aux autorités cantonales inférieures (Keller, op. cit., n. 8 ad art. 12g LPN; voir aussi Tanquerel, op cit., p. 773). Il en est ainsi également dans le domaine de l'aménagement du territoire, où le Tribunal fédéral est arrivé à la même solution s'agissant de l'obligation de notifier une décision d'approbation d'un plan d'affectation sur la base de l'art. 46 OAT (voir arrêt TF 1C_672/2020 du 2 septembre 2021 consid. 2.2, où le Conseil d'Etat tessinois avait omis de notifier à l'ARE un plan d'affectation n'ayant pas fait l'objet d'un recours cantonal).

b) En l'espèce, il convient de distinguer le cas des décisions en lien avec le permis de construire et l'adoption du plan partiel d'affectation.

S'agissant du plan partiel d'affectation du "Port de plaisance et du Chantier naval" adopté par le Conseil général de Noville le 26 septembre 2006 et approuvé par le département compétent le 17 avril 2007, ce plan est antérieur à l'entrée en vigueur, le 1^er mai 2014, de l'art. 27 al. 2 let. f OPN, qui prévoit une obligation de communication des plans d'affectation à l'OFEV. Il s'ensuit que, lors de l'adoption du plan litigieux, il n'existait, dans la législation fédérale, aucune obligation pour les autorités concernées de notifier leurs décisions à l'office. Par conséquent, à défaut d'une telle obligation, il ne peut être reproché au Conseil général de Noville et au département de n'avoir pas transmis leurs décisions respectives à l'OFEV et celui-ci, qui ne peut se prévaloir d'un défaut de notification, n'est plus en mesure de remettre en question les décisions portant sur le plan d'affectation dans le cadre du présent recours.

A cet égard, l'OFEV se méprend lorsqu'il se réfère à l'art. 46 OAT, dans son état en vigueur au 1^er janvier 2013, pour justifier d'un défaut de communication à son égard de la décision d'approbation du plan d'affectation. L'art. 46 OAT ne concerne que l'ARE et ne saurait fonder une obligation de communication des autorités concernées à l'OFEV, ni une obligation dérivée de communication de l'ARE à l'OFEV des décisions émanant des autorités cantonales potentiellement notifiées au premier cité. Chaque office n'exerce en effet sa surveillance sur les autorités cantonales qu'à l'intérieur de son domaine de compétence (arrêt du TF 1A.124/2005 du 17 juin 2005 consid. 1.3-1.4; voir aussi Tanquerel, op. cit., p. 766).

c) Cette situation doit être distinguée de celle des autorisations spéciales et du permis de construire datés des 15 et 23 juillet 2015. Lors de la reddition de ces décisions, l'art. 27 al. 2 let. e OPN était applicable et les autorités vaudoises étaient donc en principe tenues de notifier leurs décisions à l'OFEV. La municipalité et la DGE ont donc procédé en violation du droit fédéral et l'office est autorisé à se prévaloir d'un défaut de notification des décisions litigieuses lors de leur adoption.

aa) Selon l’art. 44 LPA-VD, les décisions sont en principe notifiées à leurs destinataires sous pli recommandé ou par acte judiciaire (al. 1). Si les circonstances l'exigent, notamment lors de décisions rendues en grand nombre, l'autorité peut notifier ses décisions sous pli simple ou sous une autre forme. La notification doit dans tous les cas intervenir par écrit (al. 2). L'autorité peut notifier ses décisions par voie de publication du dispositif dans la Feuille des avis officiels à une partie dont le lieu de séjour est inconnu (al.  3 let. a) ou à un grand nombre de participants qui ne peuvent pas être identifiés sans frais excessifs (al. 3 let. b).

Une notification irrégulière ne doit en principe entraîner aucun préjudice pour les parties (ATF 138 I 49 consid. 8.3.2; voir, en droit fédéral, art. 49 LTF et 38 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA; RS 172.021]). S'il s'agit d'un acte émanant d'une autorité, le fardeau de la preuve de la notification et de sa date incombe en principe à l'autorité qui entend en tirer une conséquence juridique (ATF 122 I 97 consid. 3b). L'autorité supporte ainsi les conséquences de l'absence de preuves en ce sens que si la notification ou sa date sont contestées, et qu'il existe effectivement un doute à ce sujet, comme cela peut se présenter lors de la notification d'un acte sous pli simple, il y a lieu de se fonder sur les déclarations du destinataire de l'envoi (ATF 103 V 63 consid. 2 et 3). Cela ne suffit pas encore au constat que le recours a été déposé en temps utile. Il y a donc lieu d’examiner, d’après les circonstances du cas concret, si la partie intéressée a réellement été induite en erreur par l’irrégularité de la notification et a, de ce fait, subi un préjudice. Il convient à cet égard de s’en tenir aux règles de la bonne foi qui imposent une limite à l’invocation du vice de forme. En vertu de ce principe, la partie intéressée est tenue de se renseigner sur l’existence et le contenu de la décision dès qu’elle peut en soupçonner l’existence, sous peine de se voir opposer l’irrecevabilité d’un éventuel moyen pour cause de tardiveté (ATF 139 IV 228 consid. 1.3; 111 V 149 consid. 4c; TF 1C_268/2021 du 26 novembre 2021 consid. 2.1; 2C_884/2019 du 10 mars 2020 consid. 7.2).

Selon la jurisprudence, un recours d'un office fédéral est recevable s'il a été déposé trente jours après la notification de la décision cantonale, elle-même notifiée à l'office fédéral recourant à sa demande avec deux mois de retard (TF 6A.75/2003 du 5 décembre 2003 consid. 1). L'ARE a également été admis à recourir en novembre 2019 contre une décision d'approbation d'un plan d'affectation datant de mars 2015 alors que cette décision ne lui avait pas été notifiée par le Conseil d'Etat (TF 1C_672/2020 du 2 septembre 2021 consid. 2 et 3). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a considéré qu'il n'appartenait pas à l'ARE de parcourir les feuilles officielles des différents cantons à la recherche d'éventuelles décisions relatives à la délimitation des zones à bâtir (consid. 3.2). Le fait que l'ARE s'était vu notifier des arrêts de la dernière instance de recours cantonale rendus à l'encontre du plan d'affectation concerné n'était pas déterminant car il s'agissait d'arrêts de renvoi, donc de décisions incidentes au sens de l'art. 93 LTF. L'ARE pouvait se limiter à prendre connaissance du dispositif de ces arrêts et, sans violer le principe de la bonne foi (art. 5 al. 3 Cst.) et sans s'exposer au reproche de grave négligence procédurale, n'était pas tenu d'examiner ces affaires plus avant, considérant qu'un recours au Tribunal fédéral paraissait d'emblée irrecevable au vu de la nature incidente de ces décisions (consid. 3.4). L'examen du bien-fondé du recours au regard du principe fondamental de la séparation du bâti et du non-bâti l'emporte sur la sécurité du droit (consid. 3.5).

bb) Dans le cas présent, rien ne permet de retenir que l'OFEV aurait eu connaissance des décisions entreprises, ou de leur contenu, avant leur communication le 2 novembre 2023. En particulier, le fait que divers arrêts aient été rendus précédemment par la CDAP concernant le secteur des Grangettes, mais en lien avec d'autres parcelles du site, ne peut pas fonder une violation de son devoir de se renseigner qui pourrait aujourd'hui être opposé à l'OFEV. On ne saurait attendre de l'office fédéral concerné qu'après notification d'un arrêt relatif à un secteur, il procède à un examen étendu des constructions de toutes les parcelles alentour afin de déterminer si celles-ci ont fait l'objet de décisions qui ne lui ont pas été notifiées.  

Il en est de même s'agissant de l'arrêt rendu par la CDAP le 24 décembre 2015 (AC.2015.0026) dont se prévaut la municipalité. Selon elle, l'OFEV aurait dû recourir contre les décisions litigieuses à la suite du prononcé de cet arrêt, qui portait sur d'autres parcelles du site des Grangettes. Cela étant, la municipalité perd de vue que, dans la mesure où la cause précitée concernait un cas d'assujettissement à la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR; RS 211.412.11), cette question n'entrait pas dans les compétences de l'OFEV qui ne s'est, à juste titre, pas vu notifier l'arrêt. Le simple fait que d'autres offices fédéraux ont été destinataires de l'arrêt ne permet pas de retenir automatiquement que l'OFEV en avait connaissance, ni que ces offices auraient dû le transmettre à l'OFEV qui n'était pas concerné par l'objet de l'affaire. On ne peut donc aujourd'hui reprocher à l'OFEV de n'avoir pas recouru à l'encontre des décisions litigieuses immédiatement après le prononcé de cet arrêt du 24 décembre 2015 par la CDAP.

Au demeurant, contrairement à ce qu'invoque la municipalité, les documents reçus régulièrement par l'OFEV en lien avec l'obligation qui incombe aux cantons de rendre compte de l'état de la protection des zones alluviales, des sites marécageux et des sites de reproduction de batraciens (cf. art. 3 al. 1, art. 5 et 10 de l'ordonnance fédérale du 28 octobre 1992 sur les zones alluviales [Ordonnance sur les zones alluviales; OZA; RS 451.31]; art. 3 al. 1, art. 5 et 10 de l'ordonnance fédérale du 1^er mai 1996 sur la protection des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale [OSM; RS 451.35]; art. 5 al. 1 et 2, art. 8 et 13 de l'ordonnance fédérale du 15 juin 2001 sur la protection des sites de reproduction de batraciens d'importance nationale [OBat; RS 451.34]) font uniquement état d'éléments généraux en lien avec la protection de ces sites et ne contiennent aucun détail relatif aux nouvelles constructions (cf. rapports des années 2018 et 2021 dans le cadre des enquêtes OFEV). Ils ne permettent dès lors pas non plus de fonder un devoir de l'OFEV de se renseigner plus avant, en tout cas s'agissant d'actes d'exécution tels qu'un permis de construire, sur le développement du secteur en question et de faire partir un délai de recours.

Le même constat s'impose s'agissant de l'arrêt du Tribunal fédéral relatif à la disposition du PAC 291 en lien avec le chantier naval exploité sur la parcelle n° 883 (TF 1A.14/1999 du 7 mars 2000): cet arrêt portait sur une disposition d'un plan d'affectation cantonal qui devait encore être concrétisée dans un plan d'affectation communal dans le délai prescrit par le PAC. Bien que l'OFEV ait été consulté dans le cadre de cette procédure et que l'arrêt du Tribunal fédéral lui ait été notifié, il n'en découle encore pas qu'il lui incombait de s'enquérir de l'adoption du PPA ni d'en vérifier la teneur.

Il s'ensuit que, bien que formé plusieurs années après leur prononcé, le recours contre les décisions des 15 et 23 juillet 2015 a été déposé en temps utile. L'importance des biens juridiques protégés, constatée par plusieurs inventaires fédéraux et cantonaux consacrant des objets d'importance nationale, voire internationale, a pour conséquence que leur protection l'emporte sur la sécurité du droit.

Il convient donc d'entrer en matière sur le fond dans le cadre du recours déposé à l'encontre du permis de construire et des autorisations cantonales y relatives.

4.                      L'OFEV s'oppose à la délivrance de l'autorisation de construire litigieuse au motif qu'elle serait contraire à la protection instaurée par plusieurs inventaires fédéraux, au périmètre desquels appartient la parcelle n° 883. Il invoque à cet effet l'inventaire des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale n° 289 (ISM), l'inventaire fédéral des sites de reproduction de batraciens d'importance nationale n° VD21 (IBN) et l'inventaire fédéral des réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance internationale et nationale n° 8 (IROEM), tous désignés sous l'appellation "Les Grangettes".

Pour la municipalité, la construction litigieuse ne porte pas atteinte au site marécageux et les travaux n'ont causé aucune atteinte au paysage ni aux éléments et structures caractéristiques du site. La DGTL relève en particulier que le PPA a été examiné par les instances cantonales compétentes pour la protection de la nature et que la Commission paritaire des Grangettes, chargée de la bonne application du PAC et composée notamment de spécialistes en matière d'environnement, a retenu dans le rapport OAT du PPA que la solution retenue diminuait la pression sur le milieu naturel; la DGTL considère que les travaux litigieux portent une atteinte modeste au droit fédéral. Enfin, la propriétaire estime que l'autorisation contestée respecte le PPA et a eu pour effet de concentrer les espaces bâtis en un seul endroit, créant une zone de transition et améliorant sensiblement la qualité du site.

5.                      a) Selon l'art. 78 al. 5 Cst., les marais et les sites marécageux d'une beauté particulière qui présentent un intérêt national sont protégés; il est interdit d'y aménager des installations ou d'en modifier le terrain; font exception les installations qui servent à la protection de ces espaces ou à la poursuite de leur exploitation à des fins agricoles. L'art. 78 al. 5 Cst. prévoit donc une interdiction absolue de modification, tant pour les marais que pour les sites marécageux, et n'autorise des exceptions que si elles servent à la protection ou à l'exploitation agricole actuelle.

Le législateur a concrétisé cette disposition par l'adoption des art. 23a ss LPN (en vigueur depuis le 1^er février 1996 [RO 1996 214]). Contrairement à l'art. 78 al. 5 Cst., selon ces dispositions, il convient de distinguer, d'une part, le régime applicable aux marais d'une beauté particulière et d'importance nationale, pour lesquels l'art. 23a LPN renvoie aux art. 18a, 18c et 18d LPN qui concernent les biotopes, et, d'autre part, les sites marécageux d'importance nationale régis par les art. 23b à 23d LPN.

L'art. 23b al. 1 LPN définit un site marécageux comme "un paysage proche de l'état naturel, caractérisé par la présence de marais. Une étroite relation écologique, visuelle, culturelle ou historique unit les marais au reste du site". L'al. 2 de cette disposition précise les conditions auxquelles un site marécageux est d'une beauté particulière et d'importance nationale. L'al. 3 prévoit que le Conseil fédéral désigne les sites marécageux répondant à ces conditions. Selon l'art. 23c LPN, la protection a pour but général de sauvegarder les éléments naturels et culturels des sites marécageux qui leur confèrent leur beauté particulière et leur importance nationale (al. 1). Les cantons veillent à la concrétisation et à la mise en œuvre des buts de la protection (al. 2).

Quant à l'art. 23d LPN, il est formulé ainsi:

"Aménagement et exploitation des sites marécageux

¹ L'aménagement et l'exploitation des sites marécageux sont admissibles, dans la mesure où ils ne portent pas atteinte aux éléments caractéristiques des sites marécageux.

² Sont en particulier admis à la condition prévue à l'al. 1:

a. l'exploitation agricole et sylvicole;

b. l'entretien et la rénovation de bâtiments et d'installations réalisés légalement;

c. les mesures visant à protéger l'homme contre les catastrophes naturelles;

d. les installations d'infrastructure nécessaires à l'application des let. a à c ci-dessus."

L'OSM a été édictée sur la base de ces dispositions. Selon l'art. 4 al. 1 de cette ordonnance, le paysage sera protégé contre les modifications qui portent atteinte à la beauté du site marécageux ou à son importance nationale (let. a); les éléments et les structures caractéristiques des sites marécageux seront sauvegardés, notamment les éléments géomorphologiques, les biotopes, les éléments culturels ainsi que les constructions et les structures traditionnelles de l'habitat (let. b); les espèces végétales et animales protégées en vertu de l'art. 20 OPN, ainsi que les espèces végétales et animales menacées et rares figurant dans les Listes rouges publiées ou approuvées par l'office fédéral seront particulièrement ménagées (let. c). Selon l'art. 5 al. 2 OSM, les cantons veillent notamment à ce que les plans et les prescriptions qui règlent le mode d’utilisation du sol au sens de la législation en matière d’aménagement du territoire soient conformes à la présente ordonnance (let. a), à ce que les biotopes au sens de l'art. 18 al. 1^bis LPN, qui se trouvent à l'intérieur d'un site marécageux soient désignés (let. b), à ce que l’aménagement et l’exploitation admissibles selon l’art. 23d, al. 2, LPN, ne portent pas atteinte aux éléments caractéristiques des sites marécageux (let. c) et à ce que des installations et constructions, autres que celles relatives à l’aménagement et l’exploitation réglés sous lettre c, qui ne servent ni à l’entretien des biotopes, ni au maintien des habitats typiques, ne soient érigées ou agrandies que si elles ont une importance nationale, ne puissent être réalisées qu’à l’endroit prévu et n’entrent pas en contradiction avec les buts visés par la protection (let. d).

b) Le Tribunal fédéral a relevé que les marais et sites marécageux d'une beauté particulière et d'un intérêt national bénéficient en vertu de la Constitution d'une protection absolue dans le sens d'une interdiction de toute modification, sous réserve de l'exception prévue à l'art. 78 al. 5 Cst. in fine. La jurisprudence et la doctrine considèrent que le législateur, en recourant aux termes "dans la mesure où ils ne portent pas atteinte" dans l'art. 23d LPN, est allé à la limite de la constitutionnalité, l'art. 78 al. 5 Cst. limitant les aménagements à ceux qui servent à la protection de l'objet ou à son exploitation agricole. De manière générale, il convient donc de donner une interprétation restrictive aux aménagements permis par l'art. 23d LPN, qui sera ainsi aussi proche que possible de l'esprit de l'art. 78 al. 5 Cst. (ATF 138 II 281 consid. 6.3; 138 II 23 consid. 3.3.; 1C_502/2016 du 21 février 2018 consid. 4 et les références citées).

Appliquant l'art. 23d LPN, le Tribunal fédéral a jugé que l'exploitation traditionnelle paysanne de la tourbe, effectuée à la main et destinée aux besoins personnels de l'exploitant, peut être maintenue dans un site marécageux à la condition qu'elle ne porte pas atteinte aux hauts-marais et aux bas-marais d'importance nationale compris dans le périmètre du site et que la couche de tourbe restante, ainsi que la forme des lieux à la fin de l'exploitation, permettent leur régénération (ATF 124 II 19 consid. 5c).

Le Tribunal fédéral a en revanche écarté toute possibilité d'agrandir une construction dans le périmètre d'un site marécageux, ce même sur la base de l’art. 23d al. 2 let. b LPN. Cela exclut a fortiori la construction de nouveaux bâtiments, sans qu'il soit nécessaire d'examiner de plus près la compatibilité avec les objectifs de protection (ATF 138 II 23). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a indiqué qu'il serait trop général d'affirmer qu'il aurait reconnu, dans son précédent arrêt 1C_43/2010 du 25 octobre 2010, que, dans un cas concret, on pourrait admettre avec retenue une atteinte à un site marécageux (par ex. en cas de brèche dans la continuité du tissu bâti, ce qu'il n'avait d'ailleurs pas retenu dans l'arrêt en question, qui concernait une zone attenante à la zone à bâtir). Cette jurisprudence a été confirmée en relation avec un projet d’infrastructure routière (ATF 138 II 281). Le Tribunal fédéral a également jugé que des maisons de vacances datant pour la plupart des années 1960 et construites de manière légale ne constituaient pas une occupation typique du paysage marécageux au sens des art. 4 al. 1 let. b et 5 al. 2 let. d OSM, pour la conservation de laquelle de nouvelles constructions et installations pourraient éventuellement être autorisées. Une reconstruction de telles maisons sur la base de l'art. 23d al. 2 let. b LPN n’a donc pas été admise. À cet égard, le tribunal précise que les termes "entretien" et "rénovation" au sens de la lettre b ne comprennent que les mesures de conservation et de modernisation des bâtiments existants dans le cadre de leur durée de vie normale. En revanche, la reconstruction donnerait lieu à un bâtiment entièrement neuf, dont la durée de vie (contrairement au bâtiment précédent) n'est pas encore (même partiellement) écoulée. Dans cette mesure, on ne peut considérer que l'état antérieur est rétabli car la durée de l'atteinte à l'objectif de protection est considérablement prolongée. En outre, l'expérience a montré que l'utilisation de nouvelles technologies et de nouveaux matériaux de construction permet de créer des bâtiments plus durables. De plus, la reconstruction s'accompagne de modifications du sol et de perturbations (dues aux engins de chantier, etc.) qui ne sont pas admissibles dans le paysage de tourbières. Pour toutes ces raisons, il semble justifié de ne pas autoriser la reconstruction d'un bâtiment détruit, même s'il existe d'autres maisons de vacances dans les environs (TF 1C_515/2012 du 17 septembre 2013 consid. 5).

Dans un arrêt récent 1C_601/2022 du 9 juillet 2024, le Tribunal fédéral s'est penché sur la conformité à l'art. 23d al. 2 let. b LPN du remplacement des lames de bois composant la terrasse d'un cabanon de vacances. Dans ce cadre, il a tout d'abord rappelé que la garantie constitutionnelle de la propriété (art. 26 Cst.) permet de conserver les constructions et installations légalement érigées - dans le cadre de leur durée de vie normale - et d'effectuer les travaux d'entretien nécessaires. Cette garantie inclut tous les travaux d'entretien (réparations) et de modernisation (rénovations), dans la mesure où l'étendue, l'apparence, la destination et la valeur de l'installation restent inchangées. En revanche, les mesures visant à accroître le confort ou à embellir les pièces, à améliorer l'éclairage ou à raccorder des équipements de bureau n'en font pas partie (consid. 5.3). Dans le cadre de l'art. 23d LPN, les notions d'entretien et de rénovation, qui sont expressément autorisées par la loi, doivent être interprétées de manière restrictive et limitées à l'essence des droits acquis garantis par la Constitution (consid. 5.4). Le Tribunal fédéral précise ensuite que, dans le cas d'une terrasse en bois, l'application d'un produit de protection du bois serait à qualifier de simple entretien. En revanche, le fait de remplacer ne serait-ce que quelques planches pourries par de nouvelles planches constitue une étape vers la rénovation. Le remplacement de l'entier des lames de la terrasse, même au-delà des simples planches pourries, constitue un renouvellement de la construction visant à exploiter sa durée de vie normale, qui peut être autorisé. La rénovation trouve ses limites en particulier lorsque les éléments porteurs d'une maison ou le toit sont renouvelés dans leur ensemble ou de manière ciblée en plusieurs étapes afin de prolonger l'utilisation du bâtiment au-delà de sa durée de vie normale (consid. 5.4).

A ce propos, selon l'aide à l'exécution de l'OFEV "Constructions et installations dans les sites marécageux" (L'environnement pratique n° 1610, 2016), la rénovation d'un bâtiment ou d'une installation équivaut à sa remise en état ou à son assainissement (énergétique p. ex.). Volume, apparence générale et affectation ne doivent subir aucune modification (p. 17).

Toujours selon la jurisprudence, l'interdiction constitutionnelle d'aménager des installations ou d'en modifier le terrain dans les sites marécageux d'importance nationale est immédiatement applicable (ATF 139 II 243 consid. 10.7; 127 II 184 consid. 5b/aa; 123 II 248 consid. 3a/aa) et impérative: elle n'autorise pas à procéder dans chaque cas particulier à une pesée des intérêts entre cette interdiction constitutionnelle et d'autres intérêts. Cela signifie que si un projet est contraire aux objectifs de protection, il est inadmissible indépendamment du poids des autres intérêts en jeu (ATF 138 II 281 consid. 6.2 et 6.5; 127 II 184 consid. 5b, et les références citées; 1C_515/2012 du 17 septembre 2013 consid. 5.4). La protection fédérale des sites marécageux prime le droit cantonal et les plans d'aménagement cantonaux (art. 49 al. 1 Cst.), même lorsque ceux-ci ont été adoptés sous l'empire de la LAT (ATF 127 II 184 consid. 5b/aa; cf. aussi arrêt 1C_489/2011 du 21 juin 2012 consid. 2.1). Ces règles du droit fédéral s'imposent donc aux cantons qui ne peuvent pas prévoir, dans leur réglementation (loi cantonale, plan d'affectation cantonal ou communal), d'autoriser des constructions dans un site marécageux qui ne correspondraient pas aux exigences de l'art. 23d LPN (art. 46 al. 1 Cst.; ATF 127 II 184 consid. 5b/aa).

De la comparaison avec les prescriptions de l'art. 24c al. 2 LAT, il ressort que, dans le cadre de l'art. 23d LPN, n'entrent en considération ni un changement partiel de la construction existante (agrandissement ou modification partielle de son but), ni une reconstruction. La protection des sites marécageux d'une beauté particulière prévoit donc une garantie de la situation acquise plus restreinte que celle de l'art. 24c al. 2 LAT et se limite à la conservation de la substance au moyen de l'entretien (régulier) et de la rénovation (sous forme des mesures nécessaires au maintien de la construction et à sa modernisation dans le cadre de sa durée de vie normale) (Keller, Commentaire LPN, op. cit., n. 14 ad art. 23d LPN).

c) En l'espèce, la parcelle litigieuse s'inscrit dans l'inventaire des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale des Grangettes (ISM, objet n° 289), dont la description est la suivante:

"Formé sur le delta du Rhône, à son embouchure dans le lac Léman, le site des Grangettes est le dernier témoin de l'immense paysage marécageux qui s'étendait autrefois dans la majeure partie de la vallée du Rhône. Il constitue néanmoins une des plus grandes régions marécageuses de ce type en Suisse et représente le dernier site d'importance nationale sur un delta lacustre au nord des Alpes. Une part importante figure à l'inventaire des zones alluviales d'importance nationale.

Les bas marais et les forêts riveraines occupent pratiquement toute la rive. Vers l'intérieur, ils sont remplacés par de vastes forêts alluviales, des bas marais et des cordons boisés signalant les anciens bras du fleuve. Le Vieux Rhône en est le principal exemple; traversant tout le site, il présente des stades d'atterrissement variables selon les secteurs. Ces bras morts rappellent l'ancienne dynamique naturelle du delta.

Les bas marais offrent une grande diversité : tous les types de végétation propres à ces milieux sont représentés, de la roselière au bas marais acide. Une partie des marais, notamment le vaste ensemble du Gros Brasset, est entretenu comme pré à litière. Durant ce siècle, les forêts humides, naturelles ou non (plantation de peupliers), se sont développées de manière importante, au détriment des marais. Le potentiel de revitalisation de la zone alluviale demeure cependant grand.

Les étangs, canaux et gouilles dispersés dans le site contribuent à sa diversité, tant au niveau paysager que biologique. Des bosquets, souvent humides, ponctuent certains terrains agricoles, de même que des restes de marais et forêts marécageuses, en particulier aux Saviez, à Perrausa et au Clos de la Delèze.

Des terres agricoles (production maraîchère, maïs, betteraves, etc.), quelques vergers, des pâturages, des friches et des étangs de gravières caractérisent le site. Le hameau des Grangettes et quelques constructions agricoles (ferme de Perrausa, ancienne ferme de l'Essert) participent à la structure du paysage.

Malgré les atteintes subies au cours du temps (endiguement du Rhône, drainage, boisements artificiels, extension des cultures, etc.), le site des Grangettes représente pour la flore et la faune un milieu unique, d'une valeur exceptionnelle. Il sert de refuge à de nombreuses espèces rares ou menacées, dont la survie dépend de la protection du site. C'est également une réserve d'importance nationale et internationale pour les oiseaux d'eau et les migrateurs (OROEM, convention de Ramsar)."

Il convient donc d'examiner si la construction litigieuse respecte les conditions de l'art. 23d LPN applicable aux sites inscrits dans l'ISM.

d) Le hangar litigieux ne poursuit pas un but d'exploitation agricole ou sylvicole ni ne constitue une mesure visant à protéger l'homme contre les catastrophes naturelles. Les cas prévus à l'art. 23d al. 2 let. a, c et d LPN ne sont donc manifestement pas applicables à la présente situation.

Le hangar à bateaux litigieux constitue une nouvelle construction, érigée entre 2015 et 2017, sur la base des décisions qui font l'objet du recours. On ne saurait considérer qu'il s'agit d'une rénovation ou de l'entretien d'une construction existante qui pourraient cas échéant être autorisés sur la base de l'art. 23d al. 2 let. b LPN au bénéfice de la situation acquise. Ce bâtiment ne peut par ailleurs pas être considéré comme un cas de reconstruction d'un bâtiment existant, puisqu'il a été érigé en remplacement d'un hangar de même dimension mais situé initialement à un autre endroit. Quoi qu'il en soit, le Tribunal fédéral a considéré que la reconstruction n'était pas couverte par le libellé de l'art. 23d al. 2 LPN, le législateur ayant voulu limiter la garantie de la situation acquise dans les sites marécageux à la conservation de la substance proprement dite dans le cadre de la durée de vie normale d'une construction (arrêt 1C_515/2012 précité, consid. 5.6). A cet égard, on observe que l'art. 23d LPN est plus restrictif que l'art. 24c al. 2 LAT. La construction litigieuse a été motivée par le but économique de la constructrice et ne sert pas à la protection du site marécageux (art. 23d LPN) ni ne poursuit un but d'importance nationale (art. 5 al. 2 let. d OSM). Le bâtiment ne correspond en outre pas à une occupation typique et traditionnelle du site marécageux des Grangettes. Si, selon le descriptif de l'ISM, le hameau participe avec les constructions agricoles présentes sur le site à la structure du paysage et qu'il résulte de l'IFP n° 1502 que seuls les petites granges ou chalets des anciens prés marécageux, où l'on fauchait l'herbe dure comme litière, sont mentionnés au titre de constructions traditionnelles du site (IFP, ch. 2.4), le site du chantier naval n'est pas même évoqué dans le descriptif de l'ISM ni dans celui de l'IFP. Or, selon le Tribunal fédéral, les constructions et installations qui ne servent pas à la protection des biotopes et qui ne font pas partie des éléments caractéristiques du paysage marécageux constituent en principe une atteinte à la beauté du paysage (art. 4 al. 1 let. a OSM; TF 1C_515/2012 du 17 septembre 2013 consid. 5.6). Tout au plus pourrait-on considérer que les bâtiments historiques du hameau, qui existaient au moment de l'inventaire de l'objet, contribuent à la structure caractéristique décrite. Le nouveau bâtiment du chantier naval n'en fait pas partie, bien que le chantier préexistât pourtant à l'ISM, dans lequel il n'a toutefois pas été mentionné.

Dans ces conditions, la construction litigieuse s'oppose à l'interdiction de bâtir consacrée par les art. 78 al. 5 Cst. et 23d LPN dans les sites marécageux d'importance nationale. Contraire aux objectifs de protection, elle n'aurait donc pas dû être autorisée, indépendamment des autres intérêts en jeu.

6.                      A cela s'ajoute que la construction litigieuse entre en conflit avec la protection découlant des autres inventaires régissant le périmètre, tel que cela découle des considérations qui suivent.

a) Selon l'art. 18 al. 1 LPN, "la disparition d'espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres mesures appropriées". La notion de biotope est ainsi juridiquement définie par cette disposition comme un "espace vital suffisamment étendu" (sur cette problématique, voir Karin Sidi-Ali, La protection des biotopes en droit suisse, thèse de l'Université de Lausanne, 2008, ch. 1.2 p. 8 ss et 1.3 p. 20 notamment). L'al. 1^bis de l'art. 18 LPN introduit - de manière exemplative - la notion plus restrictive de biotope "digne de protection" dans les termes suivants: "il y a lieu de protéger tout particulièrement les rives, les roselières et les marais, les associations végétales forestières rares, les haies, les bosquets, les pelouses sèches et autres milieux qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel ou présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses."

S'agissant des mesures générales de sauvegarde des biotopes dignes de protection, l'art. 18 al. 1^ter LPN dispose que si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d’éviter des atteintes d’ordre technique aux biotopes dignes de protection, l’auteur de l’atteinte doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat (voir aussi l'art. 14 al. 7 OPN). Selon la lettre de l'art. 18 al. 1^ter in fine LPN, la pesée des intérêts doit être effectuée sans prendre en compte les mesures de compensation prévues, celles-ci ne devant être décidées que si l'atteinte au biotope en question est inévitable. Le raisonnement s'articule en effet en trois étapes: l'art. 18 al. 1^ter LPN exige, une fois le caractère digne de protection reconnu au biotope (1^ère étape), qu'une pesée générale de tous les intérêts soit effectuée (2^e étape). Si, sur cette base, le biotope ne l'emporte pas, il peut être décidé de lui porter atteinte. Dans un tel cas, il faut en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou le remplacement adéquat (3^e étape) (arrêt TF 1C_182/2022 du 20 octobre 2023 consid. 11.1). Exceptionnellement, lorsque de nombreux intérêts entrent en ligne de compte, il peut être judicieux de prendre en considération, au stade de la pesée des intérêts déjà, les effets sur le long terme, à savoir la situation finale, après la mesure de reconstitution (arrêts TF 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.1; 1C_294/2017 du 4 mai 2018 consid. 5.6.2; Sidi-Ali, op. cit., p. 123).

La protection des biotopes n'a ainsi pas de caractère absolu: ils sont soumis à une pesée des intérêts qu'ils n'emportent pas aveuglément (Sidi-Ali, op. cit., ch. 3.1.4.2 p. 119 et la référence citée, soit Arnold Marti, Das Schutzkonzept des Natur- und Heimatschutzgesetzes auf dem Prüfstand, in RSJ 2008 p. 81 ss, spéc. p. 84 ss; Fahrländer, Commentaire LPN, 2^e éd., Zurich/Bâle/Genève 2019, n. 28 ad art. 18a LPN). Dans la pesée des intérêts, l'appréciation doit intégrer l'affectation planifiée du terrain en cause; l'issue de la pesée des intérêts n'est donc pas la même, pour des biotopes de valeur équivalente, selon que le milieu se trouve en zone à bâtir ou non, l'atteinte d'ordre technique pouvant donc plus facilement être admise sur une parcelle constructible (TF 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.1; Sidi-Ali, op. cit., p. 105).  

b) Si l'art. 18 LPN instaure une protection générale, l'art. 21 LPN introduit en sus une protection spéciale - accrue - en faveur de la végétation des rives. Cette disposition précise ainsi que la végétation des rives (roselières et jonchères, végétation alluviale et autres formations végétales naturelles riveraines) ne doit pas être essartée ni recouverte ou détruite d’une autre manière (al. 1). Dans la mesure du possible, les cantons veillent à ce que les rives soient couvertes d’une végétation suffisante ou du moins à ce que soient réalisées les conditions nécessaires à son développement (al. 2). S'agissant des exceptions possibles à l'interdiction de défrichement prévue à l'art. 21 al. 1 LPN, l'art. 22 LPN dispose notamment que l'autorité cantonale compétente peut autoriser la suppression de la végétation existant sur des rives dans le cas de projets qui ne peuvent être réalisés ailleurs et qui ne contreviennent pas à la législation en matière de police des eaux et de protection des eaux (al. 2).

c) La législation fédérale contient également des prescriptions spéciales pour les biotopes que le Conseil fédéral a désignés comme étant d'importance nationale (cf. art. 18a LPN, art. 16 et 17 OPN), les cantons devant cependant aussi veiller à la protection et à l'entretien des biotopes d'importance régionale et locale (art. 18b LPN).

Aux termes de l'art. 6 al. 1 LPN, l'inscription d'un objet d'importance nationale dans un inventaire fédéral indique que l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas d'être ménagé le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de remplacement adéquates.

Il ne peut être garanti à un propriétaire d'utiliser la totalité des possibilités de construire découlant du règlement communal des constructions en présence d'un biotope, même d'importance régionale (TF 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.2.3).

d) L'OBat a été adoptée en application des art. 18a al. 1 et 3 LPN. L'OBat distingue les objets fixes et les objets itinérants (art. 1 al. 2). Selon l'art. 2 OBat, les objets fixes comprennent le plan d'eau de reproduction et des surfaces naturelles et quasi naturelles attenantes (secteur A) ainsi que d'autres habitats terrestres et corridors de migration des batraciens (secteur B). Il appartient aux cantons de fixer les limites précises des objets fixes (art. 5 al. 1 OBat). Les cantons disposent d'un délai de sept ans pour s'exécuter (art. 9 OBat). Tant qu'ils n’ont pas pris de mesures de protection et d’entretien, ils veillent, par des mesures immédiates appropriées, à ce que l’état des objets fixes ne se détériore pas et à ce que la fonctionnalité des objets itinérants soit conservée (art. 10 OBat). Si la délimitation n'a pas encore eu lieu, l’autorité cantonale prend, sur demande, une décision de constatation de l’appartenance d’un bien-fonds à un objet protégé (art. 5 al. 3 OBat).

En vertu de l'art. 6 OBat, étant donné qu’ils constituent des sites de reproduction appropriés et de qualité pour les batraciens et qu’ils servent de points d’appui garantissant aux espèces de batraciens menacées une survie à long terme et une possibilité d’expansion future, les objets fixes doivent être conservés intacts et la fonctionnalité des objets itinérants doit être préservée (al. 1). La protection vise en particulier à conserver et à valoriser: l’objet en tant que site de reproduction de batraciens (let. a); les populations de batraciens qui donnent à l’objet sa valeur (let. b); l’objet en tant qu’élément du réseau de biotopes (let. c) (al. 2). Si la conservation et la valorisation des populations de diverses espèces de batraciens s’excluent, les priorités définies dans la description des objets sont applicables (al. 3). L'art. 7 OBat fixe les dérogations possibles aux buts de protection. Pour les objets fixes, de telles dérogations ne sont admises que pour des projets dont l’emplacement s’impose par leur destination et qui servent un intérêt public prépondérant d’importance nationale également. Celui qui déroge aux buts de la protection doit être tenu de prendre toutes mesures possibles pour assurer la protection, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat. L'art. 11 OBat prescrit que les cantons veillent, chaque fois que l’occasion se présente, à ce que les atteintes déjà portées à l’objet soient réparées dans la mesure du possible.

Les sites de reproduction des batraciens sont aussi considérés comme des biotopes. A ce titre, leur protection n'est pas absolue et est soumise à une pesée des intérêts en présence (Fahrländer, op. cit., n. 29 ad art. 18a LPN).

Selon le Guide d'application de l'IBN publié par l'OFEFP en 2002, dans le secteur A, la protection de la nature est strictement prioritaire par rapport aux autres utilisations (p. 14). Le secteur B correspond quant à lui essentiellement à des surfaces agricoles et forestières et remplit diverses fonctions, en particulier celles de premier habitat terrestre, de couloir de déplacement et de zone-tampon; il peut être inclus dans une zone de protection paysagère qui le préserve des atteintes consécutives à de nouvelles constructions (p. 14). Outre les plans d'eau, les habitats terrestres sont également importants; les surfaces inexploitées avec des cachettes, les surfaces agricoles extensives et les boisements naturels fournissent de bons habitats terrestres aux amphibiens (p. 23).

7.                      L'art. 1^er al. 1 let. a de la loi fédérale du 20 juin 1986 sur la chasse et la protection des mammifères et oiseaux sauvages (loi sur la chasse, LChP; RS 922.0) prévoit que la diversité des espèces et celle des biotopes des mammifères et oiseaux indigènes et migrateurs vivant à l'état sauvage doit être conservée. L'art. 11 LChP prescrit dans ce but que le Conseil fédéral, après avoir consulté les cantons, délimite des réserves de sauvagine et d’oiseaux migrateurs, d’importance internationale (al. 1). D’entente avec les cantons, il délimite des districts francs fédéraux ainsi que des réserves de sauvagine et d’oiseaux migrateurs, d’importance nationale (al. 2). Le Conseil fédéral édicte les dispositions concernant la protection dans les réserves de sauvagine et d’oiseaux migrateurs, d’importance internationale et nationale, ainsi que dans les districts francs fédéraux (al. 6).

Dans les réserves d'oiseaux d'eau et migrateurs, il s'agit notamment de ne pas déranger, traquer ou attirer hors de la zone les animaux, selon l'art. 5 al. 1 let. b de l'ordonnance du 21 janvier 1991 sur les réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance internationale et nationale (OROEM; RS 922.32). L'art. 6 OROEM prévoit que, dans l’accomplissement de leurs tâches, la Confédération et les cantons veillent à assurer la prise en compte de la protection visée par les réserves d’oiseaux d’eau et de migrateurs. Dans le cas particulier où d’autres intérêts sont en jeu, la décision sera prise sur la base d’une appréciation de tous les intérêts (al. 1). Les réserves d’oiseaux d’eau et de migrateurs doivent être prises en considération lors de l’élaboration de plans directeurs et de plans d’affectation (al. 2). D'autres dispositions visant en particulier la protection des biotopes prévue aux art. 18 ss LPN sont réservées (al. 3).

Selon la jurisprudence, la mise en œuvre de la protection des oiseaux d'eau et migrateurs doit faire l'objet d'une pesée d'intérêt (ATF 145 II 70 consid. 6.5-6.8). Les prescriptions applicables à un site constituant une réserve d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance internationale doivent être coordonnées avec d'autres mesures de protection fondées sur les art. 18 ss LPN, qu'elles n'excluent nullement (TF 1A.46/2005 du 23 juin 2005 consid. 4).

8.                      a) aa) Dans le cas présent, la parcelle n° 883 s'inscrit à l'intérieur du périmètre de l'inventaire fédéral des sites de reproduction de batraciens d'importance nationale (IBN, objet VD21: Les Grangettes; secteur A au sud de la parcelle et secteur B au nord de la parcelle) depuis 2001. La partie concernée par les constructions litigieuses se situe en secteur B. Selon cet inventaire, huit catégories d'amphibiens font l'objet d'un peuplement décrit comme allant d'une taille moyenne à une très grande taille dans la zone.

La municipalité semble vouloir tirer argument du fait que la parcelle litigieuse n'a été classée à l'inventaire cantonal des sites de reproduction de batraciens que le 1^er novembre 2017, de sorte que les limites précises des objets fixes protégés par l'inventaire fédéral n'auraient pas pu être définies avant cette date. En réalité, on observe que la délimitation des secteurs A et B de l'inventaire cantonal est identique à celle fixée par l'IBN et que la partie construite de la parcelle litigieuse se situe clairement à l'intérieur du secteur B, de sorte que le canton a confirmé le bien-fondé des délimitations posées par l'IBN. A ce sujet, le Tribunal fédéral a de toute façon jugé que l'absence de délimitation précise par le canton, alors que celui-ci était tenu de le faire au maximum dans les sept ans dès l'adoption de l'inventaire fédéral (délai que le canton de Vaud n'a au demeurant pas respecté en l'espèce), n'avait pas d'incidence sur le fait que l'examen de l'autorisation litigieuse devait se faire sous l'angle des buts de protection de l'art. 6 OBat puisque la parcelle se situait dans le périmètre de l'IBN (ATF 146 II 376 consid. 4.4-4.5).

Les autorités communale et cantonales et la constructrice considèrent que l'environnement naturel a dûment été pris en compte. La constructrice requiert par ailleurs la mise en œuvre d'une expertise tendant à démontrer d'une part qu'en éloignant un bâtiment de la lisière forestière et du chenal (Vieux-Rhône), elle n'avait en aucun cas pu péjorer la situation qui prévalait et avait au contraire amélioré le cheminement des batraciens, qui n'ont plus à traverser une zone de travail située entre deux bâtiments, et d'autre part que le fait que la surface entourant les bâtiments est presque entièrement recouverte de gravier est favorable au déplacement terrestre des batraciens.

bb) Le secteur protégé par l'IBN est ici caractérisé par de grandes populations d'amphibiens, notamment de crapauds communs, de grenouilles rousses, de tritons alpestres et de sonneurs à ventre jaune. Contrairement à ce que soutient la municipalité, les objets fixes ne sont pas constitués que des plans d'eau, mais aussi des surfaces naturelles et quasi naturelles attenantes (art. 2 OBat). La construction du hangar litigieux a réduit ou à tout le moins modifié la surface terrestre mise à disposition des amphibiens pour leurs déplacements, compte tenu de la suppression d'une surface identique à l'ouest, et ce même si la surface concernée était déjà recouverte de graviers et n'était donc plus entièrement naturelle. Cette modification est contraire au but de conservation intact des objets fixes prescrit par l'art. 6 al. 1 OBat. Qui plus est, la surface occupée par l'ancien hangar est restée artificielle. Or l'OFEV a relevé en audience que les jeunes batraciens sont particulièrement sensibles, lorsqu'ils quittent les zones de ponte vers le mois de juin, à un microclimat défavorable comme celui des places asphaltées et recouvertes de gravier en plein soleil. Au surplus, une fois de plus, la construction du hangar ne sert pas un intérêt public d'importance nationale de sorte qu'elle ne pourrait de toute façon pas être autorisée dans la pesée préstructurée des intérêts prescrite par l'art. 7 OBat.

cc) Vu que le recours doit de toute manière être admis pour les motifs développés ci-dessus sous consid. 4 et 5, il n'y a pas lieu de donner suite à la requête de la constructrice tendant à la mise en œuvre d'une expertise relative à la protection des batraciens en lien avec l'éloignement du bâtiment de la lisière forestière et du chenal (suppression du bâtiment ECA n° 220 au profit de l'agrandissement du bâtiment ECA n° 394) et avec la couverture en gravier de la surface entourant les bâtiments.

b) La parcelle litigieuse s'inscrit en outre dans le périmètre de l'inventaire fédéral des réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance internationale et nationale (IROEM, objet n° 8: Les Grangettes).

Le périmètre de cet inventaire fédéral s'étend sur toute la partie est du Haut Lac Léman jusqu'à hauteur de Saint-Gingolph au sud et de Saint-Saphorin au nord. Au sud, la réserve couvre également les terres émergées autour de l'embouchure du Rhône jusqu'à plusieurs centaines de mètres de la rive. Elle est caractérisée par une vaste surface d'eau, par des zones humides étendues et des forêts alluviales dans le delta du Rhône. De très nombreux oiseaux d'eau et limicoles passent chaque année l'hiver dans la zone. La réserve a pour objectif de protection la conservation de zones de tranquillité pour le séjour et l'alimentation de l'avifaune, en particulier pour les oiseaux d’eau migrateurs et les limicoles, et la conservation du site en tant que lieu de reproduction et de mue pour les oiseaux d'eau et en tant que biotope diversifié pour les oiseaux et les mammifères sauvages.

Comme l'a relevé l'OFEV lors de l'audience, le nouveau bâtiment est implanté plus près du bas-marais, situé juste au nord; de ce fait, il peut réduire la surface disponible pour certains oiseaux, qui ne nichent par exemple pas à moins de 50 m d'un bâtiment. La lumière et les activités émanant du bâtiment constituent par ailleurs un dérangement pour les oiseaux. Enfin, le vol de certaines espèces peut être affecté par la hauteur du bâtiment. Qui plus est, il ne ressort pas de la décision entreprise et de la synthèse CAMAC qu'une pesée des intérêts aurait été faite sur la base de l'art. 6 al. 1 OROEM. En particulier, ni l'une ni l'autre ne relève que la parcelle concernée est inscrite à l'inventaire IROEM.

9.                      La garantie de la propriété (art. 26 Cst.) n'est pas absolue et doit ici céder le pas devant les intérêts contraires à la sauvegarde du site marécageux, qui accueille notamment amphibiens et oiseaux d'eau. L'interdiction de construire un nouveau hangar dans le cadre de l'exploitation d'un chantier naval constitue par ailleurs une mesure appropriée, nécessaire et proportionnée pour remédier à l'aggravation de l'atteinte au site marécageux.

Au final, pour tous les motifs qui précèdent et en raison de la force dérogatoire du droit fédéral (art. 49 Cst.), l’existence d’une planification cantonale autorisant la construction sur la parcelle en question n’a pas d’incidence sur le résultat de l’examen des conditions légales applicables au site marécageux protégé et à ses biotopes. Il en résulte que les planificateurs communal et cantonal n'avaient pas adéquatement tenu compte des intérêts en présence pour élaborer le PPA du Port de plaisance et du Chantier naval. C'est ainsi en violation de l'art. 78 al. 5 Cst., de ses dispositions d'application, en particulier l'art. 23d LPN, et de celles régissant les inventaires fédéraux pertinents que le permis de construire contesté a été délivré. Il en résulte que la construction litigieuse est matériellement illégale, qu'elle n'aurait pas dû être autorisée et que le permis de construire doit être annulé.

10.                   En vertu de l'art. 7 al. 6 in fine LChP, lorsque des projets affectent des zones protégées d’importance internationale et nationale, il y a lieu de demander le préavis de l’Office fédéral de l’environnement. Selon l'OFEV, cette disposition ne s'adresse pas qu'aux autorités fédérales dans la mesure où cette obligation découle déjà de l'art. 62a al. 1 de la loi fédérale du 21 mars 1997 sur l’organisation du gouvernement et de l’administration (LOGA; RS 172.010). L'art. 6 al. 1^bis OROEM prévoit en outre que, lorsque des autorités fédérales autres que l'OFEV sont compétentes pour l’exécution, la collaboration de ce dernier est régie par les art. 62a et 62b LOGA. Les autorités communale et cantonale auraient donc violé l'obligation de consulter l'OFEV dans le cadre de la procédure d'autorisation de construire concernée. Au vu du sort du recours, la question de la violation de l'art. 7 al. 6 LChP peut toutefois rester ouverte.

11.                   L'OFEV conclut encore à ce que soit ordonné le rétablissement de l'état conforme à la loi. La municipalité, la DGE, la DGTL, ainsi que la propriétaire s'y opposent, arguant du fait que cela violerait le principe de la proportionnalité et de la bonne foi.

Le présent recours est dirigé contre les décisions spéciales cantonales du 15 juillet 2015 et l'autorisation de construire délivrée le 23 juillet 2015, dont on a vu qu'elles étaient illégales et doivent donc être réformées. Ces décisions, seuls objets du recours, ne portent pas sur la question de la remise en état des installations litigieuses. Selon le principe de l’unité de la procédure, ne peuvent être examinés et jugés par le Tribunal en principe que les rapports juridiques à propos desquels l’autorité administrative s’est prononcée préalablement, d’une manière qui la lie sous forme de décision. L’objet du litige peut être réduit devant l’autorité de recours, mais pas étendu, ni modifié (art. 79 LPA-VD applicable par renvoi de l'art. 99 LPA-VD; ATF 136 V 362 consid. 3.4.2 p. 365). Dans ces conditions, l'examen des conséquences de l’annulation du permis de construire, en particulier sous l'angle de la bonne foi des constructeurs et de la proportionnalité d'une remise en état sortent du cadre de la contestation et le Tribunal ne peut examiner cette question dans le présent arrêt. Contrairement à ce que semble soutenir l'OFEV, l'art. 8 OSM en particulier, qui prévoit que les cantons veillent à ce que les atteintes déjà portées à des objets soient réparées le mieux possible chaque fois que l’occasion s’en présente, ne permet pas de parvenir à une autre conclusion.

Par conséquent, la question de la remise en état devra être examinée ultérieurement par l'autorité cantonale compétente.

12.                   Il résulte des considérants qui précèdent que le recours est irrecevable s'agissant du plan partiel d'affectation. Concernant les décisions portant sur l'autorisation de construire, le recours est admis et conduit à la réforme des décisions attaquées en ce sens qu'aussi bien les autorisations cantonales spéciales que l'autorisation de construire municipale ne sont pas délivrées. La conclusion tendant à la remise en état est irrecevable.

Selon les art. 49 al. 1 et 55 al. 2 LPA-VD, les frais et les dépens sont en principe mis à la charge de la partie qui succombe. D'après la jurisprudence en la matière, lorsque la procédure met en présence, outre le recourant et l'autorité intimée, une ou plusieurs autres parties dont les intérêts sont opposés à ceux du recourant, c'est en principe à cette partie adverse déboutée, à l'exclusion de la collectivité publique dont la décision est annulée ou modifiée, d'assumer les frais et dépens (CDAP AC.2015.0296, AC.2015.0297 du 8 février 2017 consid. 9 et les références). Dans le cas présent, l'OFEV n'obtient que partiellement gain de cause puisque deux de ses conclusions sont déclarées irrecevables. Par conséquent, seul un émolument de justice réduit de moitié sera mis à la charge de la constructrice, qui succombe s'agissant de l'autorisation de construire. Le solde de l'émolument restera à la charge de l'Etat puisqu'aucuns frais ne peuvent être exigés de la Confédération (art. 52 al. 1 LPA-VD). Succombant partiellement, l'OFEV versera des dépens réduits à la constructrice. La municipalité, dont la décision est entièrement annulée, n'a pas droit à des dépens.

 

 

Par ces motifs
 la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:

I.                       Le recours déposé à l'encontre des décisions d'adoption du PPA "Port de plaisance et du chantier naval" par la Commune de Noville le 26 septembre 2006 et d'approbation par le Département des institutions et des relations extérieures le 17 avril 2007 est irrecevable.

II.                      Le recours déposé à l'encontre des décisions du Service du développement territorial et de la Direction générale de l'environnement, Biodiversité et paysage, du 15 juillet 2015 et de la décision de la Municipalité de Noville du 23 juillet 2015 est admis.  

III.                    Par conséquent, les décisions du Service du développement territorial et de la Direction générale de l'environnement, Biodiversité et paysage, du 15 juillet 2015 et la décision de la Municipalité de Noville du 23 juillet 2015 sont réformées en ce sens que les autorisations ne sont pas délivrées.

IV.                    La conclusion tendant à la remise en état est irrecevable dans la présente procédure.

V.                     Un émolument de 1'500 (mille cinq cents) francs est mis à la charge de A.________.

VI.                    L'Office fédéral de l'environnement versera à A.________ une indemnité de 1'500 (mille cinq cents) francs à titre de dépens.

Lausanne, le 31 mars 2025

La présidente:                                                                                          La greffière:

Le présent arrêt est communiqué aux participants à la procédure mentionnés en tête de ce document ainsi qu'à l'Office fédéral du développement territorial (ARE).

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, 1000 Lausanne 14). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.