	CANTON DE VAUD TRIBUNAL ADMINISTRATIF
	Arrêt du 16 décembre 2004
Composition	M. Eric Brandt, président; Mme Lydia Masmejan et M. Antoine Thélin, assesseurs. Greffière: Mme Franca Coppe
recourant		X.________ SA, représenté par Yves NOEL, à Lausanne,

Administration cantonale des impôts, à Lausanne,

Objet	Reprises sur contributions de prévoyance professionnelle
	Recours X.________ SA c/ décisions de l'Administration cantonale des impôts du 23 janvier 1997 (impôt cantonal et communal) dossier joint FI 97/0071

Vu les faits suivants

A. La Société Fiduciaire A.________ SA (ci-après A.________) a été constituée le 30 novembre 1962 à Lausanne. Elle a pour but l'exécution de tous les mandats rentrant dans les limites de l'activité fiduciaire (notamment, tenue de comptes et établissement de bilans, constitution et liquidation de sociétés, organisations, expertises comptables et questions fiscales). La nouvelle société reprenait et poursuivait l'activité de la "Fiduciaire Heggli" à Lausanne. Joseph Heggli apparaît en qualité d'administrateur, directeur et secrétaire. Z.________ a d'emblée été nommé directeur adjoint. A la suite du décès de Joseph Heggli, Z.________ a été nommé directeur et secrétaire hors conseil le 15 mars 1966; Y.________ a été nommé directeur adjoint le 14 mai 1969, après avoir obtenu en 1964 une procuration pour signature collective à deux. Le 28 mai 1982 Z.________ quitte sa fonction de directeur qui est reprise par Y.________ : Le 23 décembre 1986, la société Fiduciaire A.________ SA a repris les actifs et passifs de la société ******** SA à Genève (ci-après B.________). La société X.________ SA est issue de cette fusion (ci-après : la société). Y.________ est alors nommé administrateur et secrétaire; il détient 368 actions (sur 1600) et devient l'actionnaire le plus important de la société jusqu'à sa retraite. Z.________ quitte le conseil d'administration et conserve deux actions sur les dix actions qu'il détenait.

B. a) A.________ a créé le 13 août 1976 le Fonds de prévoyance en faveur des collaborateurs de la Fiduciaire A.________ SA (ci-après : fonds ou fondation A.________). L'acte constitutif de la fondation prévoit qu'elle a pour but de venir en aide au personnel de la fondatrice, notamment en cas de vieillesse, maladie, invalidité, accident, difficulté financière, départ prématuré de l'entreprise ou manque à gagner non fautif et, en cas de décès, aux membres de la famille du travailleur décédé (art. 2). Selon l'art. 3, la fondation remplit son but notamment par la conclusion d'assurances appropriées ou la reprise de contrats déjà en cours (let. a), ainsi que par le versement de prestations bénévoles aux travailleurs ou à d'anciens travailleurs et à leurs survivants; l'attribution de telles prestations est décidée librement et exclusivement par le conseil de la fondation (let. b). L'art. 4 précise que le capital constitutif s'élève à 5'000.- fr. et que la fondation disposera notamment des contributions bénévoles de l'entreprise (let. a) et des contributions réglementaires éventuelles de la fondatrice et des bénéficiaires (let. b). L'art. 3 prévoit que le conseil de fondation édictera un règlement spécial en cas de conclusion de contrats d'assurance notamment.

b) Un contrat d'assurance a été conclu avec la K.________ (contrat n° ********) et un règlement a été adopté par le conseil de fondation en août 1976 pour fixer les conditions d'administration et de gestion du contrat (art. 1 et 2 du règlement). Tous les collaborateurs dont l'engagement auprès de l'entreprise est "définitif et n'est pas résilié" sont admis dans l'assurance s'ils ont accompli 6 mois de service et ont atteint l'âge de 20 ans sans avoir dépassé l'âge de 60 ans pour les hommes et 57 ans pour les femmes (art. 6). Les prestations assurées sont un capital-vie et un capital décès, des rentes d'invalidité, la libération de l'obligation de payer les contributions en cas d'incapacité de gain et des rentes d'orphelin (art. 7). Le montant des prestations est déterminé pour chaque personne, en tenant compte de l'âge et des primes annuelles fixées en pour-cent du traitement de base :

âge de l'assuré	contributions annuelles de l'assuré	contributions annuelles de la fondation
20 - 29 ans	3%	3%
30 - 39 ans	4%	4%
40 ans et plus	5%	5%

Le traitement de base est égal est égal à 13 fois le montant du salaire mensuel auquel l'assuré a droit au jour déterminant, fixé le 1er janvier. L'assuré a droit au capital vieillesse lorsqu'il atteint l'âge de la retraite (le 1er du mois qui suit le 65ème anniversaire pour les hommes et le 62ème anniversaire pour les femmes). Les survivants de l'assuré ont droit au capital-décès lorsque l'assuré décède avant l'âge de la retraite. L'assuré a droit à une rente d'invalidité d'au moins 25% en cas d'incapacité de gain survenant avant l'âge de la retraite; si l'incapacité de gain est supérieure à 75%, la rente d'invalidité est égale au 30% du traitement de base. La rente d'orphelin (2'400 pour l'orphelin de père et 4'800 pour l'orphelin de père et mère) est payable dès le décès de l'assuré jusqu'à l'âge de 20 ans et au-delà pour les enfants aux études ou en apprentissage et pour les enfants frappés d'incapacité de gain. La fondation prend à sa charge le coût de l'assurance d'orphelin. Enfin, la prestation de libre-passage comprend les contributions personnelles de l'assuré sans intérêts et une attribution complémentaire calculée en pourcent du solde de la valeur de rachat selon le nombre d'années de contribution (art. 16). Le règlement est entré en vigueur en juillet 1976 et il a d'emblée été modifié par un avenant n°1 précisant que le traitement de base était égal au salaire convenu entre l'assuré et la fondation, au jour déterminant.

c) B.________ a également créé en 1976 un fonds de prévoyance en faveur des collaborateurs de la société (ci après : fonds ou fondation B.________) qui a conclu une assurance avec la K.________ (contrat n° ********) et adopté en octobre 1976 un règlement semblable au règlement du fonds A.________ sous la réserve suivante: C'est l'entreprise qui participe directement avec les assurés au financement de l'assurance et non pas la fondation. Le contrat d'assurance a été modifié d'une part en novembre 1976 pour doubler le montant du capital-décès en cas de décès par accident et d'autre part en juillet 1980 pour porter la rente d'invalidité au 40% du traitement de base.

C. a) Le contrat de travail entre Z.________ et A.________ a été modifié les 4 et 7 février 1977. Il est précisé en préambule que Z.________ avait été à l'origine de la création de A.________, qui avait connu un "développement réjouissant" sous sa direction. L'avenant comportait les dispositions suivantes : Le taux d'activité était réduit à 50% dès le 1er janvier 1977 le nouveau traitement étant fixé à 3'500.- fr. pour une durée de cinq ans (art. 1). Le poste d'administrateur lui était toutefois assuré jusqu'à l'âge de 67 ans révolus (art. 2). Dès le 1er janvier 1982, Z.________ était autorisé à faire valoir son droit à la retraite. Une rente mensuelle de 900 fr. indexée à l'indice des prix à la consommation devait alors lui être versée dès le 1er janvier 1982 ou avant cette date dès qu'il arrêtait toute activité. En cas de décès avant l'une de ces échéances le montant serait versé soit à son épouse, soit à sa fille durant cinq ans. Il est précisé que cette condition tenait compte du fait qu'il "ne bénéficiera guère ou pas du second pilier"(art. 3). Il est enfin prévu que la rente sera versée par le fonds A.________, la fondatrice s'engageant à fournir mensuellement les fonds exigés par cette rente (art. 4).

b) Un contrat de collaboration entre Z.________ et B.________ a également été signé les 4 et 7 février 1977. Le préambule rappelle que Z.________ a été à l'origine de la création de B.________, qu'il faisait partie du conseil d'administration dès sa fondation et qu'il a assumé en plus les fonctions de directeur général dès 1975 sans recevoir aucune rémunération directe autre que celle de sa fonction de directeur de A.________. Il est aussi précisé que dès le 1er janvier 1977, Z.________ réduira son activité au sein de A.________ pour se consacrer plus à B.________. Le contrat prévoit ainsi d'accorder à Z.________ un salaire mensuel de 1000 fr. en sa qualité de directeur général (art. 1), une indemnité de 4000 fr. pour frais de transport et de représentation (art. 2) et des honoraires d'administrateur de B.________ fixés à 4000 fr. (art. 3). Z.________ est autorisé à prendre son droit à la retraite le 1er janvier 1982 et une rente mensuelle de 650 fr. indexée sur la base de l'indice des prix à la consommation lui sera versée (art. 5). B.________ se réservant de faire verser cette rente par une assurance ou par le fonds B.________. Il est encore précisé que la rente est personnelle et que ses héritiers ou ayants droit n'auront aucun droit à faire valoir (art. 6).

D. a) A la suite de l'entrée en vigueur de la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivant et invalidité du 25 juin 1982 (LPP), le 1er janvier 1985, les mesures suivantes ont été prises par les deux entreprises :

Les prestations obligatoires selon la LPP prises en charge par une adhésion à la Fondation collective LPP de la K.________ avec des améliorations concernant la rente d'invalidité et la rente de veuve.

Les fondations sont maintenues mais doivent assurer la fonction d'un troisième pilier; le caractère "facultatif" de l'adhésion à la fondation est aussi maintenu, mais avec des conditions plus restrictives (trois ans de service/trente ans). Le plan d'assurance est modifié pour comprendre une assurance mixte capital vie/décès, une rente d'invalidité complémentaire de 25 % du traitement et la libération des primes en cas d'invalidité.

Un fonds de réserve pour contributions futures est créé dans le fonds A.________, alimenté par les attributions bénévoles de l'entreprise à la fondation (avec un solde de 45'000 fr.).

b) En exécution de ces dispositions, un contrat d'affiliation à la Fondation collective LPP de la K.________ (********) a été signé par A.________ le 28 mai 1985, et le "Règlement de l'oeuvre de prévoyance de la Fiduciaire A.________ SA" a été adopté en août 1985. Les prestations correspondent au minimum LPP à l'exception de la rente d'invalidité, qui est fixée au 25 % du salaire annuel AVS limité à 60'000.- et la rente de veuve fixée au 18% du même salaire. Le règlement d'assurance extra obligatoire du fonds A.________ a été modifié en septembre 1986 avec une entrée en vigueur fixée au 1er janvier 1985. Les conditions d'admission à l'assurance ont été limitées "aux travailleurs faisant partie du personnel cadre", l'âge d'admission a été porté de 20 à 30 ans et la durée des rapports de service requise a passé de 6 mois à 3 ans; mais avec la possibilité d'accorder des dérogations pour admettre un travailleur dès son engagement. Le montant des prestations est déterminé pour chaque assuré en tenant compte de son âge, sur la base d'une prime annuelle de 3% de son traitement de base. La rente d'invalidité est réduite à 25% du traitement de base en cas d'incapacité de gain des deux tiers et plus. La rente d'orphelin est supprimée. Le financement est assuré par les contributions de la fondation et des assurés selon la répartition suivante :

âge de l'assuré		contribution annuelle
hommes	femmes	de l'assuré	de la fondation
jusqu'à 44	41 ans	1.50%	1.50%
dès 45	42 ans	0.75%	2.25%
dès 55	52 ans	-	3.00%

c) B.________ a pris des mesures semblables pour s'adapter au nouveau droit fédéral de la prévoyance professionnelle. Un contrat d'affiliation à la Fondation collective LPP de la K.________ (n° 1********) a été signée le 17 mai 1985 avec un règlement identique à celui de A.________, désigné "règlement de l'oeuvre de prévoyance de B.________"; il a été adopté en août 1985 avec une entrée en vigueur fixée au 1er janvier 1985. Le règlement lié au contrat d'assurance extra obligatoire du fonds B.________ a également été adapté; il diffère cependant du règlement du fonds A.________ sur les points suivants : La possibilité de déroger aux conditions d'admission dans des cas particuliers n'est pas reprise et le traitement de base est limité à 100'000.- fr. En outre, la contribution annuelle, fixée aussi au 3% au maximum du traitement de base, est financée pour moitié par le collaborateur et pour moitié par l'entreprise.

E. a) A la suite de la fusion de A.________ et B.________, la nouvelle société a maintenu les structures du plan de prévoyance professionnel. Les noms des parties aux contrats d'affiliation à la Fondation collective LPP de la K.________ ont été modifiés pour mentionner d'une part X.________ SA, siège de Lausanne (contrat 2********) et d'autre part, X.________, succursale de Genève (contrat 1********) et les règlements de l'oeuvre de prévoyance modifiés en conséquence. Le règlement de la succursale de Genève (contrat 1********) a ainsi été modifié en juin 1987; il a fait l'objet d'une nouvelle modification en septembre 1990 vraisemblablement pour s'adapter aux nouveaux règlements types de la K.________, puis le 1er janvier 1991 pour s'étendre au personnel de la succursale de Sierre. Le règlement du siège de Lausanne (contrat 2********) a été modifié en février 1993. Un nouveau règlement de l'oeuvre de prévoyance pour l'ensemble de l'entreprise, comprenant le siège de Lausanne et les succursales de Genève et de Sierre a été adopté en février 1994.

b) Les deux fondations autonomes créées en 1976 à Lausanne (A.________) et à Genève (B.________) ont été maintenues avec une adaptation de leur nom au nouveau statut juridique. Un nouveau règlement du fonds B.________ a été adopté le 12 septembre 1988 pour adopter le nom de la fondation, désignée "Fondation de prévoyance en faveur des collaborateurs de la succursale de Genève de X.________ SA" (ci-après fonds B.________). Ce nouveau règlement, entré en vigueur au 1er janvier 1988, est identique au règlement de 1985. Il a été modifié par la suite le 27 janvier 1989 pour porter la limite du traitement de base de 100'000.- fr. à 130'000.- fr. Une nouvelle modification est intervenue le 24 mai 1994 pour s'étendre au personnel de la succursale de Sierre et pour fixer le même mode de financement que celui du fonds A.________.

c) En ce qui concerne le fonds A.________, les statuts ont été modifiés le 30 janvier 1987. La fondation est désignée "Fondation de prévoyance en faveur des collaborateurs de X.________ S. A., siège de Lausanne" (ci après : fonds A.________). Les buts de la fondation sont précisés en ce sens que les biens de la fondation ne peuvent pas servir au versement de prestations résultant d'une obligation légale ou à faire des prestations ayant le caractère d'un complément de salaire. Il est en outre précisé à l'art. 3 que la fondation peut atteindre son but de prévoyance notamment par l'ouverture au nom de la fondation de livrets d'épargne prévoyance auprès d'un établissement bancaire et que ces livrets seront constitués au bénéfice de collaborateurs désignés par le conseil de fondation (let. b) et par le versement de rentes dont la contre valeur doit être couverte par des versements d'une compagnie d'assurance ou de la fondatrice (let. c).

Les statuts ont été approuvés par l'autorité de surveillance des fondations le 16 février 1987. Ils ont à nouveau été modifiés le 7 juin 1994 pour absorber au sein de la fondation six collaborateurs de la succursale de Genève et prendre le nouveau nom de "Fondation de prévoyance en faveur des collaborateurs de X.________ SA" (suppression de la mention du siège de Lausanne). Le nouveau règlement du fonds A.________ adopté le 1er juillet 1994 limite le traitement de base à 150'000.- fr. et modifie les conditions d'admission en abaissant la limite d'âge de 30 à 25 ans; en outre, le financement est partagé entre les assurés et l'entreprise et non plus par l'intermédiaire de la fondation. Un nouveau règlement a encore été adopté le 1er janvier 1996; il porte la limite du traitement de base à 200'000.- fr. Les dispositions sur les prestations de libre passage sont maintenues.

F. a) Lors de sa séance du 11 décembre 1986, le conseil de la fondation A.________ a constaté qu'elle bénéficiait d'un avoir de 112'350 fr. Elle a décidé de prélever sur ce montant une somme de 100'000.- fr. à répartir entre les collaborateurs, membres de la fondation; elle a fixé le critère de répartition en tenant compte exclusivement :

"- de l'importance des comptes individuels de cotisations personnelles

- des années de service."

La répartition du versement de 100'000.- fr. se présente comme suit :

Noms et prénoms	Comptes individuels de cotisations au 31. 12. 85	Années de servie fin 1986	Coefficient : (cotisations individuelles x années de service)	Coefficient en %	Montants
Y.________	43'944.30	22	966'744	53.06	53'060.-
C.________	25'103.90	18	451'870	24.80	24'800.-
D.________	12'692.50	11	139'618	7.66	7'660.-
E.________	9'640.90	14	134'973	7.41	7'410.-
F.________	4'100.80	24	98'419	5.40	5'400.-
G.________	6'100.40	5	30'502	1.67	1'670.-
Total :	101'582.80		1'822'156	100	100'000.-

b) Au cours de la même séance du 11 décembre 1986, le conseil a constaté que des attributions bénévoles totalisant 25'000.- fr. avaient été effectuées au profit de l'ancien directeur Z.________ et que si cette attribution avait été effectuée selon le même critère de répartition un montant complémentaire de 11'425.- fr. correspondant à une rente mensuelle de 948 fr. Il a alors été décidé que la rente payée par A.________ serait augmentée de ce montant dès le 1er janvier 1987.

c) Lors de la séance du 23 août 1989, le conseil a décidé de distribuer une somme de 125'000.- fr. entre les membres de la fondation avec une clé de répartition tenant compte :

"- de l'importance des valeurs mathématiques des polices conclues par la fondation (Système adopté par la fondation genevoise),

- des années de service."

Ce qui donne le résultat suivant :

Noms et prénoms	Valeurs mathématiques au 31. 12. 1988	Années de servie fin 1988	Coefficient : valeurs math. x années de service	Coefficient en %	Montants
Y.________	168'588.-	24	4'046'112	61.80	77'250.-
C.________	82'621.-	20	1'652'420	25.24	31'550-
D.________	32'853.-	13	427'089	6.52	8'150.-
F.________	11'310.-	26	294'060	4.49	5'613.-
G.________	16'826.-	7	117'782	1.80	2'250.-
H.________	2'510.-	4	10'040	-.15	187.-
Total :	314'708.-		6'547'503	100	125'000.-

d) En 1990, le conseil décide de répartir une somme de 60'000.- (prélevée sur l'exercice 1989) entre les membres de la fondation en utilisant le même critère de répartition :

Noms et prénoms	Valeurs mathématiques au 31. 12. 1989	Années de servie fin 1989	Coefficient : valeurs math. x années de service	Coefficient en %	Montants
Y.________	182'705.-	25	4'567'625	62.58	37'500.-
C.________	88'721.-	21	1'863'141	25.53	15'300.-
D.________	36'373.-	14	509'222	6.98	4'200.-
F.________	12'535.-	27	338'445	4.64	2'838.-
H.________	3'977.-	5	19'885	-.27	162.-
Total :	324'331.-		7'298'318	100	60'000.-

Le conseil a décidé en 1991 de répartir un montant de 58'000.- fr.(sur l'exercice 1990) entre les membres de la fondation en utilisant toujours le même critère :

Noms et prénoms	Valeurs mathématiques au 31. 12. 1990	Années de servie fin 1990	Coefficient : valeurs math. x années de service	Coefficient en %	Montants
Y.________	192'149.-	26	4'995'874	61.58	35'700.-
C.________	95'271.-	22	2'095'962	25.83	15'000.-
D.________	40'162.-	15	602'430	7.43	4'300.-
F.________	13'442.-	28	376'376	4.64	2'699.-
H.________	5'535.-	6	33'210	0.41	238.-
H.________n	3'543.-	1	3'543	0.04	23
I.________	1'499.-	4	5'996	0.07	40
Total :			8'113'391	100	58'000.-

e) En 1992, le conseil a décidé de répartir la somme de 75'000.- entre les membres de la fondation selon le tableau suivant :

Noms et prénoms	Valeurs mathématiques au 31. 12. 1991	Années de servie fin 1991	Coefficient : valeurs math. x années de service	Coefficient en %	Montants
Y.________	205'617.-	27	5'551'659	61.47	46'000.-
C.________	99'639.-	23	2'291'697	25.37	19'000.-
D.________	42'726.-	16	683'616	7.57	5'700.-
F.________	14'799.-	29	429'171	4.75	3'500.-
H.________	7'019.-	7	49'133	-.54	575.-
H.________	9'072	2	12'144	-.13	97.50
I.________	2'999.-	5	14'995	-.17	127.50
Total :	378'871.-		9'032'415	100	75'000

f) En 1993 le Conseil a réparti la somme de 80'000.- fr. entre les membres de la fondation :

Noms et prénoms	Valeurs mathématiques au 31. 12. 1992	Années de servie fin 1992	Coefficient : valeurs math. x années de service	Coefficient en %	Montants
Y.________	223'809.-	28	6'266'652	60.65	48'500.-
C.________	109'012.-	24	2'616'288	25.32	20'500.-
D.________	48'015.-	17	816'255	7.90	6'500.-
F.________	16'632.-	30	498'960	4.83	3'900.-
H.________	9'058.-	8	72'464	0.70	600.-
H.________	11'313.-	3	33'939	0.33	-.-
I.________	4'751.-	6	28'509	0.27	-.-
Total :	422'590.-		10'333'064	100	80'000.-

g) Ainsi, pendant la période allant de 1987 à 1992, les différents membres de la fondation ont touché les sommes suivantes qui ont été versées sur leurs comptes individuels "Epargne prévoyance" apurés de la Banque cantonale vaudoise.

Noms et prénoms	1986	1988	1989	1990	1991	1992	Total
Y.________	53'060.-	77'250.-	37'500.-	35'700.-	46'000.-	48'500.-	298'010.-
C.________	24'800.-	31'550-	15'300.-	15'000.-	19'000.-	20'500.-	126'150.-
D.________	7'660.-	8'150.-	4'200.-	4'300.-	5'700.-	6'500.-	36'510.-
E.________	7'410.-						7'410.-
F.________	5'400.-	5'613.-	2'838.-	2'699.-	3'500.-	3'900.-	23'900.-
H.________		187.-	162.-	238.-	575.-	600.-	1'762.-
H.________		-.-	-.-	23.-	97.50	-.-	120.50
I.________		-.-	-.-	40.-	127.50	-.-	167.50
G.________	1'670.-	2'250.-	-.-	-.-	-.-	-.-	3'920.-
Total :	100'000.-	125'000.-	60'000.-	58'000.-	75'000	80'000.-	498'000.-

h) Pendant la même période Z.________ a bénéficié des attributions bénévoles décidées par le conseil de fondation lors de la séance du 11 décembre 1986, auxquelles s'ajoutaient la rente de A.________ en vertu de la modification du contrat de travail de 1977 et celle de B.________ selon l'accord intervenu en 1977.

Contributions pour Z.________	1987	1988	1989	1990	1991	1992
Rente B.________			10'803.-	11'349.-	11'960.-	12'610.-
Rente A.________			15'015.-	15769.-	16'614.-	17'485.-
Attrib. du fonds A.________	13'320.-	13'560.-	13'860.-	14'556.-	15'336.-	16'140.-

i) Pendant cette période, la société X.________ SA a versé les contributions suivantes au fonds A.________.

Contributions de X.________	1987	1988	1989	1990	1991	1992
réglementaires	10'364.50	10'444.90	10'432.30	11'602.30	11'318.80	11'381.30
bénévoles	48'320.00	53'560.00	73'860.00	74'556.00	90'336.00	91'140.00

G. a) L'Administration cantonale des impôts (ci-après ACI ou l'administration) a notifié à la direction de X.________ un avis d'ouverture d'enquête pour soustraction le 26 octobre 1992. Elle signalait qu'elle avait obtenu des renseignements sur les bénéficiaires de ristournes et qu'elle allait procéder à un contrôle systématique des entreprises concernées. Un délai au 10 novembre 1992 était imparti à la société pour indiquer si ses déclarations d'impôts pour les périodes fiscales 1987-1988, 1989-1990 et 1991-1992 étaient bien exactes ou pour collaborer à un rétablissement de taxations exactes pour ces périodes. La société répondait le 4 novembre 1992 que les ristournes versées en faveur de son service de gérance étaient minimes et avaient toutes été enregistrées; elle confirmait dès lors que les déclarations déposées pour les périodes fiscales en cause étaient bien exactes et complètes.

b) La société a fait l'objet de taxations définitives pendant la période fiscale 1989-1990, notifiées respectivement les 29 novembre 1989 et 17 décembre 1990 pour l'impôt cantonal et communal, ainsi que le 28 février 1990 pour l'impôt fédéral. Pour les périodes fiscales 1991-1992 et 1993-1994 seules des taxations provisoires ont été notifiées en ce qui concerne tant l'impôt fédéral que l'impôt cantonal et communal.

c) L'administration a adressé le 25 août 1995 un avis de contrôle fiscal, qui s'est déroulé dans les bureaux de la société du 4 au 6 octobre 1995. Elle a demandé ensuite le 20 novembre 1995 des renseignements complémentaires en ce qui concerne la justification de certains frais forfaitaires et la production des éventuelles pièces justificatives, qui ont été fournis le 7 décembre 1995. L'administration a encore demandé le 28 juin 1996 des documents et renseignements complémentaires en ce qui concerne notamment les attributions au fonds de prévoyance autonome qui lui ont été adressés le 30 juillet 1996. A la suite d'une séance qui s'est déroulée dans les bureaux de l'ACI le 18 juin 1996, une copie du tableau des reprises envisagées a été adressée à la société le 16 août 1996. Ces reprises portent sur des frais forfaitaires non admis, des primes d'assurance-maladie versées en faveur de l'administrateur et actionnaire Y.________, les rentes versées à Z.________ par le siège de Lausanne et la succursale de Genève de 1991 à 1994, ainsi que la moitié des attributions au fonds de prévoyance en faveur de Y.________ pendant la même période.

d) La société a contesté les reprises envisagées par courrier du 27 août 1996, L'administration a notifié le 11 octobre 1996 un avis de prochaine clôture du contrôle fiscal en indiquant de manière précise les rectifications apportées aux montants imposés et les montants soustraits. Un délai de 20 jours était encore accordé à la société pour faire part de ses observations, laquelle a demandé une prolongation au 30 novembre 1996; elle a communiqué ses observations le 26 novembre 1996 en exposant de manière détaillée les motifs pour lesquels elle s'opposait aux reprises. Une nouvelle séance s'est déroulée dans les bureaux de l'ACI le 11 décembre 1996. Un avis d'interruption de la prescription a été adressé à la société le 13 décembre 1996 et une décision de taxation définitive fixant les montants imposables en capital et bénéfice pour l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 1991-1992 a été notifiée le 20 décembre 1996. La société a déposé une réclamation le 9 janvier 1997.

H. a) L'administration a notifié à la société une décision comprenant pour l'impôt cantonal et communal les rappels d'impôts des périodes fiscales 1987-1988 et 1989-1990, les taxations définitives des périodes fiscales 1991-1992 et 1992-1993 et les prononcés d'amendes concernant un montant total de 104'892.15 fr. Le tableau général des reprises sur le bénéfice se présente de la manière suivante :

Années de taxation	1987-1988		1989-1990		1991-1992		1993-1994
Années de calcul	1987	1987	1987	1988	1989	1990	1991	1992

Total des reprises effectuées	13'997	14'033	14'629	16'305	57'946	60'353	67548	70'200

1.- Primes d'assurance-maladie
- SVRSM "Y.________"	1'547	1'583	1'679
- FAMA "Y.________"				2'255	2'498	2'815	3'354	3'755

2.- Frais forfaitaires provisionnés
- M. Y.________e
- alloc. amortissement voiture	4'450	4'450	4'450	4'450	4'550	4'520	4'520	4'650
- M. G.________	2'500	2'500	3'000	3'000
- M. I.________						1'000	1'000	1'000
- M. D.________	2'000	2'000	2'000	2'000	2'000	2'000	2'000	2'000
- Feu M. C.________	3'500	3'500	3'500	3'500	4'000	4'000	4'000	4'000
- M. I.________				1'100	1'100	1'100	1'100	1'100

3.- Rente versée à M. A. Z.________
- Siège de Lausanne					15'015	15'769	16'614	17'485
- Succursale de Genève					10'083	11'349	11'960	12'610

4.- Attribution "Fonds de prévoyance"
- M. Y.________ (reprise de 50%)					18'700	17'800	23'000	24'200

b) En se basant sur le même tableau général des reprises, l'administration a notifié le 13 janvier 1997 également une décision concernant l'impôt fédéral comprenant les rappels d'impôts pour les périodes fiscales 1987-1988 et 1989-1990, la taxation définitive pour les périodes 1991-1992 et 1993-1994, ainsi que les prononcés d'amendes, ce qui représente un montant total à payer de 43'033.60 fr.

c) La société a recouru le 20 février 1997 auprès du Tribunal administratif contre la décision concernant l'impôt cantonal et communal par l'intermédiaire de Me Jean-Marc Rivier, avocat à Lausanne. Elle conteste uniquement les reprises effectuées sur les rentes allouées à Z.________ et les attributions au fonds A.________ en faveur de Y.________. Elle conclut principalement à l'annulation de la décision du 23 janvier 1987 et subsidiairement à ce que le complément d'impôt cantonal et communal dû pour les périodes fiscales 1987-1988 à 1993-1994 s'élève à 21'471.25 fr. pour l'impôt cantonal et à 17'919.70 fr. pour l'impôt communal. Un tableau récapitulatif des impôts qu'elle estime dus est joint au recours.

d) Agissant aussi par l'intermédiaire de Me Rivier, la société a déposé une réclamation contre la décision relative à l'impôt fédéral le 20 février 1997 avec une motivation comparable à celle du recours formé contre la décision concernant l'impôt cantonal et communal. Elle a demandé principalement l'annulation de la décision du 23 janvier 1997 et subsidiairement, que l'impôt fédéral soit fixé à 14'568.60 selon le détail récapitulatif annexé à sa réclamation. Par décision du 31 juillet 1997, l'administration a rejeté la réclamation. Elle estime que l'ancien directeur Z.________ a été avantagé par rapport aux autres employés qui n'ont pas bénéficié de la même prestation. En ce qui concerne les attributions au fonds de prévoyance, le critère de répartition arrêté par la fondation avantagerait Y.________.

e) La société a déposé le 29 août 1997 un recours au Tribunal administratif contre la décision sur réclamation (FI 97/071). Elle soutient que la rente versée à Z.________ correspondrait à l'obligation prévue par l'art. 339b CO de verser au travailleur de plus de 50 ans une indemnité pour longs rapports de travail. Pour les attributions à Y.________, elle estime que la situation est comparable au cas n° 54 de l'ouvrage publié par la Conférence des fonctionnaires fiscaux d'Etat intitulé : "Prévoyance professionnelle et impôts, Cas d'applications"; dans ce cas, un couple d'actionnaires recevait 77.5% des versements au fonds de prévoyance, mais la clef de répartition choisie ne paraissait pas choquante car elle favorisait les employés fidèles et ceux qui avaient des petits salaires. La société estime que l'égalité de traitement entre les membres de la fondation serait respectée. Elle conclut principalement à l'annulation de la décision sur réclamation et subsidiairement à ce que les compléments de l'impôt fédéral soient limités à 14'569.60 fr. Elle demande aussi la mise en oeuvre d'une expertise.

f) L'ACI s'est opposée à une telle mesure d'instruction. Elle estime qu'il appartenait à la société de prouver que d'autres employés faisant partie de la génération d'entrée bénéficiaient du même traitement qui celui accordé à Z.________. En ce qui concerne les attributions bénévoles en faveur de Y.________, le critère de répartition retenu le favoriserait de manière trop importante.

I. Le tribunal a ordonné une expertise et il a désigné ******** de la société ******** SA en qualité d'expert. La société et l'administration ont produit chacun une liste de questions. Après avoir requis des pièces et renseignements complémentaires auprès de la société, l'expert a déposé deux rapports; le premier répondant aux questions de la société et le second à celles de l'administration.

a) L'objectif du plan de prévoyance pour l'ensemble du personnel, assuré au minimum LPP par le contrat d'affiliation à la fondation collective LPP de la K.________, peut être considéré comme le 60% du dernier salaire en conjonction avec les prestations découlant du premier pilier. Cet objectif peut être atteint aux trois conditions suivantes : Une durée d'affiliation totale de 40 ans; des augmentations de salaires équivalentes à l'intérêt crédité sur l'avoir de vieillesse pendant la carrière; et la part du salaire considéré égale à trois fois la rente maximale simple de l'AVS (49'680 en 1985 et 71'640 en 1998).

b) Il n'est pas possible de déduire un objectif clair de prévoyance pour les employés qui bénéficient des plans extra obligatoires de l'entreprise; il s'agit d'assurance sous forme de capital dont la cotisation, limitée à 3%, n'est pas en rapport avec le salaire réel, mais avec le salaire annoncé à l'assureur. Ainsi, pour le fonds A.________, le salaire annoncé est le même au 1er janvier 1985, 1988 et 1993 pour les assurés D.________, C.________ (60'000.-fr.), F.________ (20'000.-fr.) et Y.________ (90'000.- fr.).

c) Le cercle des employés bénéficiant des prestations de la fondation ne sont pas nécessairement des cadres, et ce terme, qui apparaît la première fois dans le règlement de 1986, n'est pas défini. Seule une partie des employés ont bénéficié des mesures de prévoyance complémentaires prévues par le fonds A.________ et le fonds B.________, mais il n'est pas possible de déterminer les critères utilisés pour l'adhésion à la fondation. Certains assurés sont des cadres et d'autres non, certains sont des actionnaires et d'autres n'ont pas cette qualité; il n'existe en outre pas d'indication en ce qui concerne la proximité de ces assurés avec les actionnaires.

d) L'expert ne répond cependant pas clairement à la question de savoir si l'ensemble du personnel de l'entreprise a bénéficié de manière équitable des attributions de l'employeur destinées à combler les lacunes dues à l'introduction de la LPP en 1985. Il estime normal, sur un plan général, qu'une fondation répartisse ses avoirs entre ses membres car les montants répartis résultent de contributions bénévoles de la fondatrice et des bénéfices réalisés par la fondation et ne concerneraient donc pas les employés qui n'en font pas partie.

Avoir de vieillesse de la fondation collective LPP de la K.________ :	72'882.- fr.
Capital en cas de vie de l'assurance extra obligatoire du fonds A.________:	234'301.- fr.
Compte épargne résultant des attributions bénévoles de 1986 à 1993 :	401'446.- fr.
Capital retraite total :	708'629.- fr.

Il a utilisé 600'000.- pour l'achat de rentes viagères immédiates, qui s'élèvent à 42'420.- fr. par an, qui correspond à un taux de conversion moyen de 7.07%. S'il avait utilisé la totalité du capital pour l'achat d'une rente au même taux, on obtiendrait une rente de 50'100.- fr., qui ajoutée à la rente AVS permettrait d'obtenir une rente de 72'660 fr. correspondant au 46.2% de son dernier salaire AVS. La participation de Y.________ au financement de son capital retraite s'élève à 13.4%; la LPP prévoit une participation de l'assuré de 50% et l'assurance extra obligatoire du fonds A.________, une participation de 28%.

g) Les moyens d'améliorer les prestations de retraites de la génération d'entrée, c'est-à-dire des assurés qui ne bénéficient pas d'une durée d'affiliation complète, sont laissés à l'appréciation de chaque fondation et dépendent de leurs possibilités financières. A cet égard, l'art. 32 LPP pose le principe suivant :

"Chaque institution de prévoyance est tenue, dans les limites de ses possibilités financières, d'établir des dispositions spéciales pour la génération d'entrée en favorisant notamment les assurés d'un certain âge et plus particulièrement ceux d'entre eux qui ne disposent que de revenus modestes."

Cette disposition exige l'accumulation d'une réserve pour mesures spéciales et fixe des prestations de retraite minimales qui doivent être versées aux assurés de la génération d'entrée. Selon l'expertise, la meilleure façon d'améliorer les prestations des assurés qui n'ont pas quarante ans de prévoyance professionnelle (génération d'entrée) consiste à répartir régulièrement les fonds libres, bénéfices sur rendements, anciens versements bénévoles de l'employeur, etc. en favorisant les assurés les plus proches de l'âge de la retraite et ceux disposant de revenus modestes.

h) Le critère de répartition utilisé pour attribuer les versements bénévoles de la fondatrice (coefficient résultant de la multiplication des années de service avec tout d'abord - en 1986 - les montants des comptes individuels de cotisations personnelles, puis, - de 1988 à 1992, - avec les valeurs mathématiques) n'a pas permis d'assurer l'égalité de traitement entre Y.________ et les autres employés membres de la fondation. Selon le rapport d'expertise, le critère retenu favorise doublement les personnes qui ont beaucoup cotisé et sont là depuis longtemps. Or, Y.________, qui était l'un des plus anciens employés et aussi le plus proche de l'âge de la retraite, a été avantagé par rapport aux autres employés. L'expert a encore relevé que ce critère était souvent utilisé dans la pratique, mais qu'elle n'était pas favorable à cette méthode : Si l'un des critères doit bien se rapporter à l'âge ou à l'ancienneté, il serait préférable d'utiliser un second critère favorisant plutôt les revenus modestes.

i) Z.________ a pris sa retraite en 1982, avant l'entrée en vigueur de la LPP. Il a touché un capital de 143'723.- fr. de la K.________. La conversion de ce capital en rente lui aurait donné droit à une rente de l'ordre de 10'000 fr. par an. Selon les accords intervenus en 1977, il devait toucher une pension à indexer de 18'600.- fr. dès sa retraite le 1er janvier 1982 (900 fr. par mois de A.________ et 650 fr. de B.________). La réserve mathématique d'une assurance qui permettrait le versement d'une rente indexée de 30'000.- par an s'élèverait à 376'680.- fr. avec une indexation de 1 % et à 411'780.- fr. avec une indexation de 2%.

J. La société et l'ACI ont déposé leurs observations sur l'expertise et une audience a été fixée au tribunal le 10 février 2000, de laquelle il ressort les éléments suivants:

En 1976, lors de la création des fondations autonomes, il n'y avait pas d'obligation envers le personnel qui était libre ainsi de s'affilier ou non. Dans la succursale genevoise de B.________, les collaborateurs qui ne voulaient pas s'affilier signaient une décharge. La fondation lausannoise procédait probablement de la même manière. Il y avait cependant peu d'adhérents mais la fondation était ouverte à tous y compris aux temps partiels. A cette époque, M. Y.________ était encore employé mais pas encore directeur. Lors de l'adaptation des statuts de la fondation autonome après l'entrée en vigueur de la loi sur la prévoyance professionnelle, tous les employés qui étaient déjà membres de la fondation le sont restés; en outre, lorsqu'un collaborateur avait trois ans de service, on lui demandait s'il voulait s'affilier et, en cas de réponse négative, il signait une décharge; c'est en tous les cas ce qui se passait à la succursale genevoise de B.________ et il est probable que l'agence lausannoise procédait de même. La proposition d'affiliation était systématiquement faite aux collaborateurs qui remplissaient les conditions requises.

Le système des livrets d'épargne-prévoyance avait été abandonné en 1992-1993. Aujourd'hui il n'y a plus d'attributions, car les plafonds assurés ont augmenté. La société dispose donc d'un fonds LPP obligatoire et d'une fondation autonome pour l'assurance complémentaire depuis la fusion entre les fondations de Genève et de Lausanne.

L'expert précise que le système du 2e pilier vise à permettre de maintenir un niveau de vie antérieur correspondant à 60% du dernier revenu par l'addition du 1er et du 2e pilier pour les salaires s'élevant jusqu'à 70'000 fr. par année. Au-delà, pour les salaires plus élevés, le pourcentage baisse et c'est le 3e pilier qui permet d'atteindre les 60%. L'expert précise encore que les critères de répartition habituellement utilisés sont la durée future jusqu'à l'âge de la retraite, l'âge actuel, le montant du salaire et la durée des cotisations.

Le conseil de la recourante estime que ces critères sont respectés dès lors que la plupart des employés auront une retraite équivalente voire supérieure à celle de M. Y.________; il n'y aurait ainsi pas d'inégalité de traitement. Les représentants de l'ACI estiment au contraire que la répartition des attributions bénévoles de l'entreprise et la fondation favorisait doublement M. Y.________ en raison de sa position dans l'entreprise (montant de la réserve mathématique et montant du salaire).

Les parties ont eu la possibilité de se déterminer sur le compte-rendu mis au net à la suite de l'audience. A la demande du tribunal, la caisse AVS de la Fédération patronale vaudoise a transmis la liste nominative des salaires de la fiduciaire A.________ SA à Lausanne pour les années 1976, 1979, 1982 et 1985.

Considérant en droit:

1. Le recours formé le 29 août 1997 par la société X.________ SA contre la décision sur réclamation rendue le 31 juillet 1997 par l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct a été déposé dans le délai de trente jours fixé par les art. 132 et 140 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 (ci-après: LIFD). En outre, le recours déposé le 20 février 1997 par A.________ & B.________ SA contre la décision du 23 janvier 1997 de l'Administration cantonale des impôts en matière d'impôt cantonal et communal a également été déposé dans le délai de trente jours fixé par l'art. 104 de l'ancienne loi vaudoise sur les impôts directs cantonaux du 26 novembre 1958 (ci-après: aLI ou ancienne loi cantonale). Les deux recours répondent en outre aux exigences de forme requises par l'art. 31 de la loi fédérale sur la juridiction et la procédure administratives du 18 décembre 1989 (LJPA). Il y a donc lieu d'entrer en matière sur le fond.

A Recours concernant l'impôt cantonal et communal

2. Le tribunal est chargé d'appliquer le droit d'office sans être lié par les moyens des parties (art. 53 LJPA), ni par leurs conclusions (art. 104 al. 4 a LI). Il convient donc d'examiner d'office si les règles concernant la prescription sont respectées en raison du temps écoulé depuis la première période fiscale en cause (1991-1992).

a) Les décisions attaquées ont été rendues sous l'empire de l'ancienne loi cantonale qui réglemente la prescription selon la nature et les caractéristiques de l'acte soumis au délai. Il s'agit notamment des délais fixés pour procéder à une taxation définitive et pour engager une procédure en soustraction fiscale.

aa) Selon l'art 98 aLI l'autorité de taxation peut procéder à une taxation provisoire sur la base des éléments déclarés ou admis par le contribuable (al. 1). A défaut de taxation définitive à l'échéance d'un délai de six mois dès la fin de la période de taxation, la taxation provisoire devient définitive sous réserve des deux exceptions suivantes (al. 2): le contribuable a tardé à donner des renseignements qu'il était en mesure de fournir (let. a) ou des faits importants pour la taxation ne peuvent pas encore être établis (let. b). En pareil cas, l'autorité fiscale avise le contribuable (al. 3). Faute d'avoir été modifiée dans le délai de quatre ans dès la fin de la période de taxation, la taxation provisoire devient définitive (al. 4 ).

bb) L'art. 98a aLI traite de la prescription du droit de procéder à la taxation définitive. Selon cette disposition, le droit de procéder à une taxation définitive, sous réserve des cas de révision des décisions de taxation (art. 107 à 109 aLI) ou de soustraction fiscale (art. 128 aLI), se prescrit par quatre ans dès la fin de la période de taxation (al. 1); L'alinéa 2 prévoit que la prescription ne court pas (ou est suspendue) pendant les procédures de réclamation, de recours et de révision (let. a), lorsque l'impôt est garanti par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné (let b) ou encore si le contribuable - ou une personne solidairement responsable du paiement de l'impôt - n'a pas de domicile en Suisse. Selon l'alinéa 3, la prescription est interrompue par tout acte de l'autorité tendant à fixer ou à faire valoir la créance d'impôt, par toute reconnaissance de dette d'impôt par le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui ou encore par le dépôt d'une demande de remise et par l'introduction d'une poursuite de l'infraction fiscale. Un nouveau délai commence alors à courir dès l'interruption. L'alinéa 4 précise que la prescription du droit de taxer est acquise dans tous les cas, douze ans après la fin de la période de taxation.

cc) La prescription des contraventions fait l'objet d'une réglementation spéciale au chapitre IX de la loi cantonale, qui traite des infractions. Selon l'art. 128 aLI, le contribuable qui se soustrait à l'impôt en éludant intentionnellement ou par négligence les obligations qui lui incombent en vertu de la loi cantonale commet une contravention (al. 1), qui est réprimée par une majoration de 10% des éléments soustraits lorsqu'elle est constatée avant la fin de la période de taxation (al. 2 let. a) et par une amende pouvant atteindre pour chaque année en cause, cinq fois le montant de l'impôt soustrait, indépendamment de son montant (al. 2 let. b). Selon l'art. 129 aLI, la contravention prévue par l'art. 128 al 2. let. a aLI (majoration des éléments soustraits de 10%) est de la compétence de l'autorité de taxation (al. 1); quant à l'amende, pour les soustractions commises pendant les deux périodes précédentes, elle est prononcée par le Département des finances (ci-après : le département) après que l'administration a procédé aux investigations nécessaires (al. 2). L'art. 133 aLI prévoit que la contravention est prescrite quatre ans après la fin de la période de taxation, la prescription pouvant toutefois être interrompue par tout avis informant le contribuable qu'une enquête est en cours (al. 1), sauf si aucune suite ne lui est donnée dans le délai d'une année (al. 2).

dd) Enfin, la prescription liée aux procédures de révision des décisions de taxations définitives est réglementée par les art. 107 à 109 aLI. Selon l'art. 107 aLI, la taxation définitive peut être révisée sur demande du contribuable, dans les trois mois dès la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les quatre ans dès la communication de la décision attaquée. L'art. 109 aLI prévoit que l'autorité de taxation peut également réviser la taxation définitive dans les trois mois dès la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les quatre ans dés la communication de la décision en cause, lorsqu'elle découvre des faits nouveaux importants ou des preuves qu'elle n'avait pu invoquer dans la procédure de taxation, de réclamation ou de recours.

ee) Il convient encore de préciser que la soustraction d'impôt définie à l'art. 128 aLI constitue un motif de révision d'une décision de taxation définitive au sens de l'art. 109 aLI; cette dernière disposition constitue la base légale formelle qui permet à l'autorité de prononcer un rappel d'impôt. Les art. 128 et 129 aLI ne réglementent que la répression des contraventions, l'art. 129 aLI précisant la compétence des autorités pouvant prononcer soit la majoration de 10% (autorité de taxation), soit l'amende (département). Le tribunal a cependant jugé que dans la procédure concernant la poursuite des contraventions pour soustraction fiscale, le département (et sur délégation l'administration) pouvait arrêter à la fois les prononcés d'amendes et procéder aux rappels d'impôt sans qu'il soit nécessaire que l'autorité de taxation statue préalablement sur le cas de révision en ouvrant la voie de la réclamation (arrêt TA FI 1996/0057 du 5 novembre 1996 consid. 1); il a aussi admis que la prescription relative de quatre ans définie par l'art. 133 aLI était non seulement applicable aux contraventions mais également aux rappels d'impôt liés à la procédure de soustraction et que la prescription absolue des amendes et rappels d'impôt était régie par l'art. 98a al. 4 aLI même pour la révision de taxations définitives (arrêts TA FI 1996/0088 du 17 juin 1997 consid. 2 et FI 1996/0070 du 24 août 1999 consid. 2c).

b) La loi sur les impôts directs cantonaux du 4 juillet 2000 (LI) fixait de nouveaux délais de prescription. L'art. 169 LI permet à l'autorité de taxation de procéder à une taxation provisoire sur la base des éléments déclarés ou admis par le contribuable, laquelle devient alors définitive et l'échéance d'un délai de deux ans calculé dès la fin de la période fiscale pour les personnes physiques, sauf avis motivé contraire de l'autorité fiscale. Dans tous les cas, faute d'avoir été modifiée dans un délai de cinq ans dès la fin de la période fiscale, la taxation provisoire devient définitive. Selon l'art. 170 LI, le droit de procéder à la taxation définitive se prescrit par 5 ans à compter dès la fin de la période fiscale, sous réserve des dispositions concernant les rappels d'impôts et la poursuite pour soustraction fiscale. La prescription ne court pas ou est suspendue pour les décisions de taxation qui font l'objet de procédures de réclamation, de recours et de révision notamment. En outre, un nouveau délai de prescription commence à courir dès que l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou à faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable. Mais la prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas 15 ans après la fin de la période fiscale.

c) Avec le nouveau droit, la possibilité d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint 10 ans après la fin de la période fiscale concernée qui a donné lieu à une taxation en force incomplète. L'introduction d'une procédure de poursuite pénale à la suite d'une soustraction d'impôt ou d'un autre délit fiscal entraîne également l'ouverture de la procédure de rappel d'impôts. Le droit de procéder au rappel d'impôts s'éteint en tous les cas 15 ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (art. 208 LI). Enfin, l'art. 154 LI précise que la poursuite pénale se prescrit par 10 ans en cas de soustraction d'impôt consommée, à compter depuis la fin de la période fiscale en cause et par 4 ans en cas de tentative de soustraction d'impôts à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction a été commise. Mais la prescription est interrompue par tous actes de procédure tendant à la poursuite du contribuable; un nouveau délai commence à courir à chaque interruption, la prescription ne peut toutefois pas être prolongée de plus de la moitié de sa durée initiale.

d) Ainsi, il apparaît de manière générale que les délais de prescription prévus par la nouvelle loi cantonale sont plus longs que ceux de l'ancienne loi. En particulier, le délai pour procéder à la taxation définitive passe de 4 ans à 5 ans et le délai de la prescription absolue du droit de taxer passe de 12 à 15 ans (art. 98 a aLI et 170 LI). En outre, le droit d'ouvrir une procédure en rappel d'impôts était limité à 4 ans dès la communication de la décision de taxation à réviser (art. 109 aLI) alors que le droit d'introduire une telle procédure est maintenant fixé à 10 ans (art. 208 LI) à compter de la fin de la période fiscale en cause; enfin le délai de prescription absolu du droit de procéder au rappel d'impôts passe de 12 à 15 ans et le délai de prescription pour ouvrir une procédure en soustraction fiscale a été augmenté de 4 à 10 ans (art. 133 aLI et 254 b LI).

e) Le principe de la non rétroactivité des lois, déduit par la jurisprudence fédérale de l'art. 4 aCst fait obstacle à l'application d'une norme à des faits entièrement révolus avant son entrée en vigueur. Ce principe est relié au principe de la publicité qui interdit à l'administration de prendre des mesures défavorables aux administrés en vertu de règles dont ils ne pouvaient attendre l'adoption (ATF 122 V 405 consid. 3b p. 408). Il n'y a toutefois pas de rétroactivité proprement dite lorsque le législateur entend réglementer un état de fait qui, bien qu'ayant pris naissance dans le passé, se prolonge au moment de l'entrée en vigueur du nouveau droit. Cette rétroactivité dite impropre est en principe admissible sous réserve du respect des droits acquis (ATF 122 II 113 consid. 3 b p. 124). C'est ainsi qu'une créance soumise à prescription s'avère être un fait durable auquel le nouveau droit peut s'appliquer sans déployer d'effet rétroactif proprement dit; il est admissible de soumettre aux nouveaux délais de prescription des créances nées et devenues exigibles sous l'empire de l'ancien droit et qui ne sont pas prescrites ou périmées au moment de l'entrée en vigueur du nouveau droit; les délais prévus par ceux-ci commencent alors à courir qu'à partir de son entrée en vigueur. Le Tribunal fédéral a donc admis en matière d'impôt cantonal et communal que les délais de prescription prévus par le nouveau droit s'appliquaient aux procédures qui n'étaient pas encore prescrites selon l'ancien droit lors de l'entrée en vigueur du nouveau droit. (Voir RDAF 1998 II 179, cons. 7a). La jurisprudence fédérale a toutefois adopté une position différente en ce qui concerne l'impôt fédéral direct. Le Tribunal fédéral a jugé que les créances en matière d'impôt fédéral direct nées et interrompues sous l'empire de l'ancien arrêté sur l'impôt fédéral direct ne pouvaient être soumises aux règles relatives à la prescription de la nouvelle loi sur l'impôt fédéral direct, entrée en vigueur le 1er janvier 1995. Le Tribunal fédéral a considéré que la prescription était une institution de droit matériel et qu'il se justifiait d'examiner, l'application de ces règles d'après les dispositions de l'ancien droit en vigueur au moment où le délai a commencé à courir et a été interrompu (voir ATF non publié rendu le 23 novembre 2001 en la cause M. c/ Tribunal administratif du canton de Vaud, 2P.291/2000 consid. 5b p. 12).

f) En l'espèce, il n'est pas nécessaire de se déterminer s'il convient d'appliquer les règles de prescription du nouveau droit ou celles de l'ancien droit dès lors que les délais de prescription prévus par l'ancien droit sont respectés.

En effet, les périodes fiscales 1991-1992 ainsi que 1993-1994 ont fait l'objet de décisions de taxation provisoire et un avis d'ouverture d'enquête pour soustraction fiscale a été notifié à la société le 26 octobre 1992. En date du 30 mai et du 26 juin 1995 des renseignements complémentaires ont été recueillis auprès de la société concernant les attributions au fonds de prévoyance et l'inspecteur fiscal a effectué un contrôle dans les locaux de l'entreprise les 4 et 6 octobre 1995; il a en outre requis diverses pièces complémentaires le 20 novembre 1995 puis le 28 juin 1996 et une séance a été organisée dans les locaux de l'Administration cantonale des impôts le 18 juin 1996. Enfin, un avis de prochaine clôture a été notifié le 11 octobre 1996 et un avis d'interruption de la prescription a été adressé à la direction de la société sous pli recommandé le 13 décembre 1996. Ainsi, le délai de prescription de la taxation pour la première période fiscale 1991-1992 a valablement été interrompu de sorte que la décision comprenant les rappels d'impôt, et taxation définitive pour les périodes fiscales 1991-1992 et 1993-1994 est intervenue en temps utile le 23 janvier 1997[LM1] .

3. a) Selon l'art. 54 al. 1 aLI, le bénéfice imposable des personnes morales comprend notamment le solde du compte de pertes et profits (let. a) ainsi que tous les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de pertes et profits qui ne servent pas à couvrir les frais généraux autorisés par l'usage commercial, tels que les dépenses en vue de l'acquisition et de l'amélioration de biens, les prestations et avantages accordés aux actionnaires, les libéralités à des tiers etc. (let. b) ainsi que les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de pertes et profits (let. f). La jurisprudence fédérale qualifie de prestation appréciable en argent toute attribution faite par la société, sans contre-prestation équivalente, à ses actionnaires ou à toutes personnes les touchant de près et qu'elle n'aurait pas faite dans les mêmes circonstances à des tiers non participants; il faut aussi que le caractère insolite de cette prestation soit reconnaissable par les organes de la société (Archives 61 p. 541 consid. 2 et ATF 115 Ib 279 consid. 9b et les arrêts cités; voir aussi Walter Ryser et Bernard Rolli; Précis de droit fiscal suisse Berne 1994 p. 241). Le contribuable doit prouver le caractère de charge de la prestation insolite; en particulier démontrer que les prestations en question sont justifiées par l'usage commercial afin que les autorités fiscales puissent s'assurer que seules des raisons commerciales, et non les étroites relations personnelles et économiques entre la société et le bénéficiaire de la prestation, ont conduit à la prestation insolite (concernant l'impôt anticipé, voir Archives 60 p 564/565 consid. 3).

b) Les rentes qu'une société anonyme verse à son actionnaire-directeur après sa retraite ne peuvent en principe pas être considérées comme des frais autorisés par l'usage commercial lorsque la société n'alloue pas aussi des prestations correspondantes aux anciens employés ou qu'il n'existe pas de circonstances extraordinaires pouvant justifier d'une autre manière que ces prestations soient reconnues comme frais. Pour déterminer si l'on est en présence de circonstances particulières justifiant la déduction de la pension, l'autorité doit tenir compte de l'ensemble des circonstances qui ont conduit à la conclusion du contrat de rente (RDAF 1971 p. 226 ss).

c) En l'espèce, la société n'a versé à aucun autre employé une rente comparable à celle allouée à l'ancien directeur Z.________. Il convient donc de déterminer si des circonstances spéciales justifient la prise en considération de cette pension comme une charge grevant les résultats d'exploitation de l'entreprise. A cet égard, l'avenant au contrat de travail signé les 4 et 7 février 1977 entre A.________ SA et Z.________, ainsi que le contrat de collaboration passé entre B.________ SA et Z.________ les 4 et 7 février 1977 mettent en évidence les faits suivants: tout d'abord, Z.________ a été à l'origine de la création de la fiduciaire A.________ SA dont il a été adjoint-directeur dès 1962 puis directeur dès 1966. En outre, il a également été à l'origine de la création de la société B.________ SA auprès de laquelle il occupe la fonction de directeur général depuis le 1er janvier 1975, mais sans avoir reçu aucune rémunération pour cette activité au sein de cette société. Aussi Z.________ est à l'origine du développement important dont ont bénéficié ces deux sociétés. Il était enfin le seul collaborateur aussi âgé qui avait travaillé à plein temps aussi longtemps dans l'entreprise et qui avait atteint l'âge de 60 ans au moment de la constitution du premier fonds de prévoyance en faveur des collaborateurs de la fiduciaire A.________ SA. Le tribunal estime donc que l'on est en présence de circonstances particulières qui justifient la déduction de la rente comme un frais autorisé par l'usage commercial (voir art. 339d al. 2 CO).

4. La loi fédérale adaptant l'arrêté du Conseil fédéral concernant la perception d'un impôt fédéral direct à la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle, du 22 mars 1985 (RO 1985 p. 1222) précise les conditions applicables aux déductions. Selon l'art. 21 al. 1 let. fbis AIFD, les contributions de l'employeur à des institutions de prévoyance en faveur de son propre personnel sont déduites du revenu brut si leur affectation à ce but est assurée de telle sorte que tout emploi contraire soit impossible. Le message du Conseil fédéral relatif au projet de loi concernant l'adaptation de l'AIFD à la LPP (ci-après le message) précise que cette norme doit permettre à l'employeur d'adapter au résultat de chaque exercice annuel les contributions en faveur de la prévoyance de son personnel dans la mesure où celles-ci sont plus élevées que le minimum légal, et d'influencer de cette manière le revenu commercial imposable (FF 1984 II 758). En ce qui concerne les cotisations facultatives au 3ème pilier A, l'art. 21 al. 1 let. i AIFD précise que les montants, primes et cotisations versés en vue d'acquérir des droits contractuels dans une institution reconnue de prévoyance individuelle liée au sens de l'art. 82 LPP peuvent être déduits du revenu brut dans la mesure prévue à cet effet.

b) Les institutions de prévoyance sont exonérées des impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes dans la mesure où leurs revenus et leurs éléments de fortune sont exclusivement affectés à des fins de prévoyance professionnelle. Le message apporte encore les précisions suivantes :

"Il est toutefois indispensable que des mesures de prévoyance équivalentes soient prévues pour tout le personnel d'une entreprise pour que l'institution de prévoyance puisse être reconnue comme telle du point de vue fiscal.

(...) L'équivalence des mesures de prévoyance dans l'entreprise ne doit pas être comprise dans un sens absolu, mais relatif; cette notion sera respectée si, dans les diverses institutions, le pourcentage des prestations d'assurance par rapport au salaire effectif de l'assuré est le même, si la charge des primes est répartie de la même manière entre assuré et entreprise, si enfin, au vu des primes versées, les prestations d'assurance ne sont à aucun égard, plus favorables aux cadres de l'entreprise qu'aux autres employés" (FF 1984 II 754-755).

aa) L'employeur a la possibilité de constituer plusieurs fonds de prévoyance, groupant chacun une catégorie déterminée de personnel (ouvrier, employés, personnel supérieur) pour autant que l'ensemble du personnel bénéficie de mesures appropriées. Ainsi, les cadres dirigeants d'une entreprise et les directeurs actionnaires peuvent être affiliés à un fonds de prévoyance distinct, mais seulement si le reste du personnel bénéficie de mesures de prévoyance équivalentes (message précité in FF 1984 II 754). La prévoyance professionnelle prévue par la LPP assure en premier lieu la sécurité économique de l'employé en cas de vieillesse, de mort ou d'invalidité. Pour atteindre ces buts, tant le financement que l'exécution de la prévoyance doivent être fixés à l'avance dans des statuts et règlements selon des critères schématiques et objectifs.

bb) Les principes déterminants qui sont à la base de la prévoyance professionnelle sont la collectivité (solidarité), la planification et l'adéquation de la prévoyance et l'égalité de traitement entre les bénéficiaires. Dans sa jurisprudence, le tribunal a considéré que les attributions aux assurés décidées souverainement et unilatéralement par le conseil de fondation ne respectaient pas le principe de planification car le financement n'était pas arrêté à l'avance par des critères objectifs (arrêt TA FI 95/098 du 27 janvier 1997). La prévoyance professionnelle, contrairement à la prévoyance privée, doit aussi toujours comprendre l'ensemble des employés d'une entreprise. Le Tribunal fédéral a confirmé la jurisprudence rendue avant l'entrée en vigueur de la LPP selon laquelle les contributions versées à une fondation en faveur d'un seul employé qui est un actionnaire important de la société employeur ne respectait le principe de la collectivité et qu'il s'agissait plutôt d'une mesure de prévoyance individuelle (ATF rendu le 14 juillet 1994 publiée aux Archives 64, à la Revue fiscale 1995, 27 et traduit à la RDAF 1996, 397). Il y a donc lieu de distinguer la prévoyance collective et individuelle. A cet égard, la circulaire du Comité de la Conférence des fonctionnaires fiscaux d'Etat du 11 septembre 1986 sur la définition des mesures de prévoyance, précise que les plans d'assurance doivent être établis pour l'ensemble du personnel de l'entreprise ou pour certaines catégories du personnel. Le personnel doit avoir l'obligation d'adhérer dès son engagement à l'institution selon le règlement, même si l'institution peut proposer des plans de prévoyance différents selon les catégories de personnel; Mais l'obligation faite à l'employeur d'affilier son personnel à l'institution doit valoir pour tout le personnel, même si le règlement prévoit des prestations d'assurance différentes selon les groupes. Dans tous les cas, l'ensemble des prestations doit et des cotisations doit être clairement déterminé dans le règlement ainsi que les différentes catégories de personnel qui ont droit à l'un ou l'autre plan de prévoyance (Commission LPP de la Conférence des fonctionnaires d'Etat, Prévoyance professionnelle et impôts, Cas d'application p. 274)

c) En l'espèce, il faut se demander en premier lieu si la fondation A.________ répond aux exigences de la prévoyance professionnelle depuis la modification du règlement d'assurance en 1985 et de ses statuts en 1987. Il n'y a tout d'abord pas d'obligation d'adhérer à la fondation et le choix de ses membres semble laissé à la libre appréciation soit du conseil de fondation soit de la fondatrice. La fondation a exercé son activité par trois mesures différentes. Le premier moyen indiqué dans les statuts est la conclusion d'assurances appropriées (art. 3 let. a). En 1985 le règlement lié au contrat d'assurance avec la K.________ est modifié pour limiter les conditions d'admission. Ainsi, seule une partie des employés peut continuer à bénéficier de l'assurance complémentaire. Le second moyen est l'ouverture au nom de la fondation de "livrets d'épargne prévoyance" auprès d'établissements bancaires constitués au bénéfice de collaborateurs nommément désignés par le conseil de fondation (art. 3 let. b). Le cercle des bénéficiaires n'est dont pas déterminé et dépend de la libre appréciation du conseil de fondation. En outre, aucun critère n'est fixé pour l'éventuelle attribution de contributions sur ces livrets. Le versement de prestations bénévoles aux collaborateurs se trouvant au service de la fondatrice ou à d'anciens collaborateurs et leurs survivants est aussi décidé librement et exclusivement par le Conseil de fondation, qui tient compte des circonstances de chaque cas et des moyens financiers à disposition. Aucune de ces mesures de prévoyance ne répond au principe de la collectivité car elles ne s'appliquent pas à l'ensemble du personnel; en outre, le principe de la planification n'est pas respecté pour les attributions bénévoles, notamment celles faites sur les livrets d'épargne prévoyance.

a) Toutefois, l'ancien directeur Y.________ fait partie de la génération d'entrée pour laquelle des mesures spéciales de prévoyance peuvent être prises au sens des art. 31 et 32 LPP. Selon l'art. 31 LPP, les personnes qui ont plus de 25 ans lors de l'entrée en vigueur de la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle, vieillesse, survivant et invalidité (soit le 1er janvier 1985) font partie de la génération d'entrée lorsqu'ils n'ont pas encore atteint l'âge où ils auront le droit à la rente. L'art. 32 LPP précise que chaque institution de prévoyance est tenue, dans les limites de ses possibilités financières, d'établir des dispositions spéciales pour la génération d'entrée en favorisant notamment les assurés d'un certain âge et plus particulièrement ceux d'entre eux qui ne disposent que de revenus modestes (al. 1). L'institution de prévoyance pourra alors tenir compte des prestations auxquelles les assurés ont droit en vertu de mesures de prévoyance prises antérieurement à la présente loi (al. 2).

b) Des dispositions spéciales pour la génération d'entrée ont été prises par la recourante tout d’abord dans le cadre des attributions effectuées de 1996 à 1993 sur les comptes d'épargne pour un montant total de 401'446 fr. Le critère retenu pour l'attribution résultait d'un coefficient tenant compte de l'importance des comptes individuels de cotisations personnelles et des années de service. Plus le nombre d'années de service est élevé, plus le compte individuel de cotisations à l'entrée en vigueur de la législation fédérale sur la prévoyance professionnelle est important, et plus le coefficient d'attribution était élevé. C'est ainsi que Y.________ bénéficiait d'un coefficient de 53,06% avec 22 années de service et 43'944 fr. 30 de compte individuel alors qu'C.________, avec 18 années de service à fin 1986 et un compte individuel de 25'103 fr. 90 au 31 décembre 1985 bénéficiait d'un coefficient de 24.80%. Il convient donc de déterminer si ce mode de répartition s'écarte des principes qui doivent régir les dispositions spéciales applicables à la génération d'entrée. A cet égard, l'expert mandaté par le tribunal estime que ce système de répartition avantageait doublement l'ancien directeur Y.________ qui a bénéficié plus que les autres employés des attributions effectuées en 1986 et de 1989 à 1993. Cette situation résultait du fait que Y.________ était le plus ancien employé avec 22 ans de service lors de la première attribution et aussi le plus proche de l'âge de la retraite. Mais ce critère pour la répartition des fonds libres est souvent utilisé dans la pratique même si l'expert n'est pas personnellement favorable à cette méthode, en raison de l'absence d'un critère en favorisant plutôt les revenus modestes.

c) En l’espèce, le critère de répartition permet de tenir judicieusement compte du nombre d'années à disposition pour cotiser entre l'entrée en vigueur de la loi fédérale et l'âge de la retraite. C'est ainsi que l'ancien directeur Y.________, né en ********, a atteint l'âge de la retraite en 1993 et il ne pouvait bénéficier des dispositions transitoires spéciales organisées par l'attribution de fonds aux comptes d'épargne que pendant une période limitée de huit ans ; en revanche, C.________, né en 1936, atteignait l'âge de la retraite en 2001 et bénéficiait d'une période de cotisation du double de celle de Y.________ jusqu'à l'âge de la retraite en 2001 (16 ans au lieu de 8 ans). Ainsi, alors que le critère d'attribution permettait à Y.________ de doubler les versements en sa faveur par rapport à ceux effectués pour C.________, la période de cotisation à disposition de C.________ jusqu'à l'âge de la retraite permettait de compenser cette différence. En définitive, bien que le critère d'attribution ne prenne pas expressément en considération les revenus modestes, il n'a pas entraîné une inégalité telle entre les différents employés de la génération d'entrée qui nécessite la reprise de la moitié des sommes versées en faveur de l'ancien directeur Y.________. Dans ces conditions, le recours doit également être admis sur les reprises effectuées concernant les attributions effectuées en faveur de Y.________.

d) L'admission du recours concernant les reprises effectuées sur les pensions versées à l'ancien directeur Z.________ et les attributions effectuées au fonds de prévoyance en faveur de Y.________ a pour effet d'exclure les amendes et pénalités qui ont été fixées pour ces montants.

B Impôt fédéral direct

6. Les motifs qui justifient l'annulation des reprises en droit cantonal et communal sur les pensions versées à l'ancien directeur Z.________ et les attributions au fonds de prévoyance en faveur de Y.________ sont applicables également en droit fédéral. Pour les mêmes motifs, les reprises effectuées sur ces attributions dans le cadre de l’impôt fédéral direct doivent également être annulées, de même que toutes les contraventions se rapportant à ces reprises (v. ci-dessus consid. 3 et 4).

7. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être admis. La décision sur réclamation rendue le 31 juillet 1997 par l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct est réformée en ce sens que les rappels d'impôt et prononcés d'amende concernant les reprises effectuées sur les rentes versées à Z.________ et sur les attributions au fonds de prévoyance en faveur de Y.________ sont annulées ainsi que toutes amendes et pénalités concernant ces reprises. En outre, le recours formé contre la décision rendue le 23 janvier 1997 par l'Administration cantonale des impôts en matière d'impôt cantonal et communal est admis et la décision attaquée est réformée en ce sens que les rappels d'impôt et prononcés d'amende concernant les reprises effectuées sur les pensions versées à Z.________ et les attributions au fonds de prévoyance en faveur de Y.________ sont annulées. Les frais d'expertise, arrêtés à 7'669 fr. 25 (expertise du 1er octobre 1999: 6'390 fr. et participation de l'expert à l'audience du 10 février 2000: 1'279 fr. 25) sont mis à la charge de l'Administration cantonale des impôts qui est débitrice du recourant d'un montant de 1'500 fr. à titre de dépens. Il convient enfin de laisser les frais de justice à la charge de l'Etat.

Par ces motifs
le Tribunal administratif
arrête:

A Recours concernant l'impôt cantonal et communal

I. Le recours formé conte la décision de l'Administration cantonale des impôts du 23 janvier 1997 en matière d'impôt cantonal et communal est admis.

II. La décision est réformée en ce sens que les rappels d'impôt et pénalités concernant les reprises effectuées sur les pensions versées à l'ancien directeur Z.________ et les attributions au fonds de prévoyance en faveur de l'ancien directeur Y.________ sont annulées.

B Recours concernant l'impôt fédéral direct

III. Le recours formé contre la décision sur réclamation rendue le 31 juillet 1997 par l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct est admis.

IV. La décision attaquée est réformée en ce sens que les rappels d'impôt et prononcés d'amende concernant les reprises effectuées sur les pensions versées à l'ancien directeur Z.________ et les attributions au fonds de prévoyance en faveur de l'ancien directeur Y.________ sont annulées.

C Frais et dépens

V. Les frais de justice sont laissés à la charge de l'Etat.

VI. Les frais d'expertise, arrêtés à 7'669 fr. 25 (sept mille six cent soixante-neuf francs) sont mis à la charge de l'Administration cantonale des impôts.

VII. l'Administration cantonale des impôts est débitrice de la société recourante d'une indemnité de 1'500 (mille cinq cents) francs à titre de dépens.

mp/Lausanne, le 16 décembre 2004

Le président:

Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint

Le présent arrêt peut faire l'objet, dans les trente jours dès sa notification, d'un recours de droit administratif au Tribunal fédéral. Le recours s'exerce conformément aux art. 103 ss de la loi fédérale d'organisation judiciaire (RS 173.110)

Liste des pièces qui manquent :

Contributions pour André Dutoit	1987	1988	1989	1990	1991	1992
Attrib. du fonds Firel	13'320.-	13'560.-	13'860.-	14'556.-	15'336.-	16'140.-