r	TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
	Arrêt du 4 août 2010
Composition	M. Xavier Michellod, président;  MM. Bernard Jahrmann et Alain Maillard, assesseurs; Mme Magali Gabaz, greffière.

 

Recourante

X.________ SA, à représentée par Pierre-Alain GUILLAUME, Avocat, à Lausanne,

  

Autorité intimée

Administration cantonale des impôts,

  

Autorité concernée

Administration fédérale des contributions, Division principale DAT,

  

 

Objet	Impôt cantonal et communal (soustraction)' Impôt fédéral direct (soustraction)
	Recours X.________ SA c/ décision de l'Administration cantonale des impôts du 4 décembre 2008

 

Vu les faits suivants

A.                                X.________ SA (ci-après: X.________) est une société anonyme créée le 15 février 1990 et inscrite au Registre du commerce du canton de Vaud le 20 février de la même année. Son siège est à St-Sulpice. Son capital-actions se monte à 300'000 fr. et est entièrement libéré. Il est composé de 390 actions nominatives de 500 fr. et de 1'050 actions nominatives de 100 francs. Son but tel qu'inscrit au registre du commerce était d'abord la "conception, fabrication et commercialisation de produits informatiques". Il a par la suite été modifié le 22 juin 2006 et est défini actuellement comme suit: "services informatiques dans le domaine de la finance, notamment l'installation de systèmes et location d'espaces informatiques, service de bureau, conseils, gestion de projets, support et assistance, formation des utilisateurs."

Son conseil d'administration est composé de deux personnes, M. A.Y.________, administrateur président, et Mme B.Y.________, administratrice et secrétaire. A.Y.________ détient 197 actions à 500 fr. et 665 actions à 100 fr. de X.________. Son épouse en détient quant à elle 193 actions à 500 fr. et 385 actions à 100 francs. Ces deux personnes sont également domiciliées à St-Sulpice. X.________ a en fait ses locaux dans l'immeuble propriété des époux Y.________.

A.Y.________ a une formation de base dans le génie civil acquise dans son pays d'origine, la Roumanie. Après son arrivée en Suisse, il a entrepris des études post-grades en informatique, en statistiques et en génie civil. Il a également obtenu un MBA de la faculté des Hautes Etudes commerciales de l'Université de Lausanne.

Aux dires du prénommé, X.________ a été créée pour des raisons d'image dans l'optique de la vente de produits et pour couvrir le risque d'une éventuelle faillite. Au début de son activité, elle n'avait pas d'employés, ni de locaux. Ce n'est qu'en 1995 qu'A.Y.________ a acquis la propriété de St-Sulpice précitée, dans laquelle il a installé les locaux de X.________ et que, dès 1998 environ, la société a eu des employés. Toujours aux dires de l'intéressé, la société a encaissé son premier chiffre d'affaires en 1995.

Au départ, X.________ concluait des contrats avec des clients suisses ou internationaux, comme par exemple avec la société Z.________ (Luxembourg) SA selon un contrat signé le 15 août 1996.

B.                               Le 12 mars 1991, A.Y.________ a constitué la société X.________ Romania SA (ci-après: A.X.________) dont le siège est situé en Roumanie. M. A.Y.________ en détient quasiment l'entier du capital-actions (entre 98 et 99%).

Les relations entre X.________ et A.X.________ sont régies par un contrat du 10 février 1993. Ce contrat indique notamment ce qui suit:

"(…) Préambule

Les sociétés A.X.________ et X.________ conviennent:

-          de développer des programmes informatiques pour les milieux financiers et bancaires ci-après dénommés le PRODUIT (…)

Dans le cadre de ce projet:

-          X.________ est chargée de la commercialisation dans tous ses aspects et sera la seule responsable de la vente et de la distribution du PRODUIT ainsi que seul partenaire contractuelle du client.

-          A.X.________ s'occupe du développement, de la production, de l'installation, de la maintenance et du suivi technique, mais n'apparaîtra pas officiellement en tant que partenaire commercial ou fournisseur envers le client. (…)

OBLIGATIONS DE X.________ (…)

Logistique de fonctionnement

X.________ assure la prise en charge de tous les frais relatifs au déplacement, hébergement et formation des spécialistes nécessaires, aux développements, aux tests, à la mise en place, à la production et au support client du PRODUIT. (…)

X.________ prend en charge d'une manière intégrale tous les frais engendrés par l'utilisation des moyens logistiques par le personnel de A.X.________ en déplacement hors de Roumanie. (…)

OBLIGATIONS DE A.X.________

Ressources

A.X.________ met à disposition du projet les ressources humaines et techniques nécessaires au développement, aux tests, à la production et au support technique du PRODUIT. (…)

Personnel

A.X.________ emploie à ses frais des informaticiens/techniciens, pour le développement, l'installation, la maintenance et le support technique du PRODUIT sur les sites désignés par X.________. (…)

A.X.________ garantit, sur la base des invitations faites par X.________, la disponibilité du personnel nécessaire muni d'un visa pour tous les pays en question.

DISPOSITIONS GENERALES

Rémunération

A.X.________ établit ses factures à X.________ en fonction des prestations fournies sur une base mensuelle et/ou trimestrielle dans la monnaie de son choix. (…)

Visas

X.________ accepte de faire les invitations nécessaires pour le personnel A.X.________ provenant de Roumanie dans les pays où la présence de ses spécialistes est requise. (…)

Propriété du PRODUIT

X.________ est la seule responsable du PRODUIT et des programmes source afférents et elle déteint tous les droits qui relèvent de la protection de la propriété intellectuelle. (…)

D'une manière générale A.X.________ est responsable de la protection générale des données informatiques concernant le PRODUIT. (…)

Licence

X.________ est l'unique propriétaire du PRODUIT, elle est seule habilitée à distribuer des licences d'exploitation ou à céder tout autre droit qui relèvent de la propriété intellectuelle.

Durée du contrat

Le présent contrat prend effet le 10 février 1993 et est conclu pour une durée indéterminée. (…)

Résiliation

La résiliation de ce contrat peut se faire avec un préavis d'une année pour la fin d'une année calendaristique sous la forme d'une lettre recommandée avec avis de réception. (…)"

A.X.________ employait à ses débuts entre huit à dix personnes dont le salaire s'élevait à trente dollars américains par mois. Ce chiffre a par la suite augmenté à quarante, puis a encore progressé les années suivantes. Comme le prévoit le contrat précité, des employés de A.X.________ ont régulièrement été mis à disposition de X.________ que ce soit pour travailler en Suisse – ils venaient alors en principe au bénéfice d'un permis "étudiant" dont l'obtention se faisait plus rapidement qu'un visa – ou en France par exemple. Ce fut notamment le cas entre 1992 et 1997, années durant lesquelles six employés de A.X.________ ont travaillé à Paris au développement d'un programme pour la société Z.________ (France) Sàrl. Ces employés logeaient dans un appartement loué par X.________. La société Z.________ (France) Sàrl s'était portée garante du bail de cet appartement. En outre, tous les frais liés à ce personnel étaient assumés par X.________.

C.                               Le 3 novembre 1997, A.Y.________ a obtenu une licence de pilote. Le 19 juin 1998, X.________ a acquis un avion de type Piper Dakota PA 28-236 pour le prix de 67'000 francs. Cet achat a été partiellement réglé au moyen d'une somme de 50'000 fr. prélevée sur un compte bancaire (no 151803-91) détenu par X.________ auprès du Crédit Suisse. Dans les livres comptables de X.________, cet avion n'a jamais été porté à l'actif du bilan. Quant au montant de 50'000 fr., il trouve sa contre-partie au débit du compte courant de l'actionnaire.

Interrogé sur la différence entre le prix de vente et le montant de 50'000 fr. précité, ainsi que sur le règlement du prix de vente, A.Y.________ a indiqué que le prix mentionné sur le contrat était faux et qu'il avait déboursé en réalité 40'000 ou 50'000 fr. pour cet avion. Quant au règlement, il a exposé penser qu'il avait été fait avec l'argent du groupe, tout en précisant qu'il n'y avait pas de séparation entre son patrimoine et celui de la société à l'époque, son unique but étant de la faire fonctionner.

D.                               En 1999, A.Y.________ a créé plusieurs nouvelles entités juridiques, dont le détail est le suivant:

- 8 mars 1999: X.________ International SA (ci-après: B.X.________), dont le siège est à Ruggell (Liechstenstein). Cette société a été constituée et est représentée par A.________ et Partner Trust reg., à Ruggell également. Son capital-actions est de 50'000 fr. et a été entièrement versé par A.Y.________, qui est d'ailleurs membre de son conseil d'administration avec une signature individuelle. Ce conseil d'administration comporte en outre deux membres, avec signature collective à deux, A.________, et C.________, tous deux domiciliés à Ruggell. Le but social de cette société est "toutes activités en relation avec des produits informatiques, soit notamment la conception, le développement, la fabrication, la commercialisation et le service après-vente de matériel et de logiciels informatiques". Sur le plan fiscal, une telle société doit un impôt de base de 1'000 fr. par an, plus quatre pourcents sur les dividendes distribués.

Selon les explications d'A.Y.________, cette société a été créée dans le but de vendre les produits de A.X.________ aux clients étrangers, X.________ ne vendant plus uniquement qu'aux clients suisses.

Dès sa création, la gestion de B.X.________ s'est effectuée depuis la Suisse, soit depuis les locaux de X.________ à St-Sulpice. A.Y.________ a nié ce fait, mais a confirmé la présence des fichiers de gestion de B.X.________ dans les disques durs de X.________ en précisant qu'ils s'y trouvaient à titre de copie.

- 8 mars 1999: D.________ AG, dont le siège est à Ruggell. Cette société a le même capital-actions (aussi versé par A.Y.________) que B.X.________, les mêmes représentants et les membres du conseil d'administration, à l'exception d'A.Y.________ qui n'y siège pas et du fait que cette fois, les membres du conseil d'administration disposent d'une signature individuelle. Son but social est "toutes activités dans le domaine de l'aéronautique et du transport, notamment l'achat d'avions et la commercialisation de vols d'affaires".

Après la constitution de cette société, l'appareil Piper Dakota acquis en 1998 a été porté à l'actif de son bilan pour un montant de 63'593 fr. 50, montant comprenant une facture de la société E.________ Services SA par 13'593 fr. 50. La demande de modification de l'inscription dans le registre matricule suisse des aéronefs est quant à elle intervenue le 3 janvier 2000. Sur cette demande, on peut lire que le nouveau propriétaire est D.________ AG et que l'exploitant est X.________.

Dès sa création, la gestion de D.________ AG s'est également effectuée depuis la Suisse, soit depuis les locaux de X.________ à St-Sulpice. A.Y.________ a nié ce fait, mais a confirmé la présence des fichiers de gestion de D.________ AG dans les disques durs de X.________ en précisant qu'ils s'y trouvaient à titre de copie.

- 12 mai 1999: Fondation F.________, dont le siège est à Ruggell également. Son objet est de gérer sa fortune et de faire des prestations aux bénéficiaires désignés par le conseil de fondation, dont les membres sont A.________ et C.________, à Ruggell et G.________, à Pully. Ces membres ont une signature collective à deux. La fondation est représentée par A.________ et Partner Trust reg., à Ruggell. Quant à son capital de fondation, il se monte à 30'000 francs.

- 31 mai 1999: Etablissement H.________, dont le siège est à Vaduz (Liechtenstein). Son conseil d'administration est composé de Mes I________ et J.________, à Vaduz, et de Me G.________, à Lausanne. Son capital est de 30'000 fr. et son but est le placement et l'administration de la fortune de l'établissement et, seulement dans ce cadre en particulier, aussi des acquisitions, l'administration et l'exploitation de biens immobiliers, titre de participation et droit, ainsi que la mise en œuvre de toutes les affaires en relation avec ce but. Il est en outre précisé dans le but que l'activité menée ne sera pas exercée sous une forme commerciale.

Depuis le 9 juin 1999, cet établissement détient l'entier du capital-actions de B.X.________ grâce à un prêt consenti par la Fondation F.________.

Il convient encore de préciser ici qu'A.Y.________ est l'ayant droit économique de la fondation et de l'établissement précités.

- 25 juin 1999: K_______ SA, dont le siège est à Genève. Son capital-actions se monte à 250'000 francs. Quant à son but, il consiste dans l'achat, l'administration et la vente d'avions, l'activité dans le domaine de l'aéronautique et du transport aérien et le commerce avec des avions et commercialisation de vols d'affaires. A sa création, son administrateur était L_____, remplacé par la suite par M.________.

Aux dires d'A.Y.________, K_______ SA a été créée pour acquérir et exploiter l'avion qui appartenait auparavant à X.________ et pour acquérir un nouvel avion. Il a également indiqué ce qui suit au sujet de la création de cette société et de sa sœur liechtensteinoise:

"J'avais besoin d'un avion pour gérer mes affaires, c'est pourquoi j'ai constitué deux sociétés. M. N.________ m'a conseillé de procéder de la sorte, celui-ci étant d'avis que le fisc vaudois aurait refusé de passer par la société l'acquisition de l'avion et les frais inhérents. Ces sociétés font partie du groupe de mes sociétés et ne servent que celui-ci"

Ainsi, en juin 1999, le groupe X.________ se composait selon l'organigramme suivant:

C'est à une date indéterminée que l'Etablissement H.________ a acquis l'entier des capital-actions des sociétés D.________ AG et K_______ SA. Tout comme pour celui de B.X.________, les fonds servant à ces acquisitions lui ont été prêtés par la Fondation F.________.

A propos de la constitution de ces sociétés, le conseil de X.________ avait rédigé une note le 13 janvier 1999 dont il ressort ce qui suit:

"X.________ (const. sociétés)

Dangereux

Pas de double facturation pour services fournis par la suisse à des suisses

Société roumaine: à vendre en faisant un bénéfice

Noir?

Facturation aux étrangers; pas de problème

Brevets

Achet de royalties

Achat de services "bidon"→contrats de sociétés de pays de l'Est"

E.                               Le 7 mai 1999, K_______ SA a acquis un avion de type Pilatus PC-12/45 pour le prix de 2'953'315 dollars américains. Cet achat a été financé par deux prêts, l'un d'un montant de 3'400'000 fr. octroyé par la société de financement GEFA, selon une confirmation de prêt du 15 février 2000, et l'autre d'une somme de 1'560'000 fr. accordé par l'Etablissement H.________.

En ce qui concerne ces deux prêts, il convient de préciser ce qui suit:

Prêt GEFA: Aux dires de M. A.Y.________, cette société a accepté de lui accorder un prêt à la condition que la société acquérante soit suisse. C'est pourquoi il a été contraint de créer la société K_______ SA alors qu'il détenait déjà la société D.________ AG.

Prêt H.________: La convention de prêt entre les deux entités a formellement été signée le 20 mai 2001. Afin d'établir son contenu, l'avocat de X.________ a été consulté. Il ressort ainsi d'un fax qu'il a adressé à ce propos à X.________ ce qui suit:

"Mon cher,

Afin de renforcer le caractère vraisemblable du contrat de prêt H.________/K_______, je propose d'y apporter les modifications et/ou adjonctions suivantes (…)"

En outre, les fonds prêtés par l'Etablissement H.________ lui avaient préalablement été prêtés par la Fondation F.________.

F.                                Par convention du 15 janvier 2000, K_______ SA a cédé l'exploitation du Pilatus à D.________ AG pour le prix annuel de 600'000 fr., TVA en sus, payable par trimestre d'avance, à réception des factures adressées par K_______ SA. Dès 2001, le montant de la redevance a été augmenté à 720'000 fr. par an.

G.                               Dans le courant de l'année 2001, M. A.Y.________ a entrepris des démarches afin de transférer les droits de propriété intellectuelle de ses produits détenus jusqu'alors par X.________ selon le contrat du 10 février 1993 à l'Etablissement H.________. Dans cette optique, un projet de contrat de distribution et de licence pour logiciel a été établi entre les deux sociétés. Dans le fax accompagnant ce projet, le conseil de X.________ tient les propos suivant:

" (…) Par ailleurs, je t’informe ci-après du résultat de mon entretien téléphonique de cette semaine avec mon correspondant au Liechtenstein au sujet de ces contrats:

a. Registre du commerce : bien qu’il ne l’estime pas réellement indispensable, mon correspondant souhaiterait que le but social de H.________ mentionné au Registre du commerce soit modifié pour inclure une activité commerciale (ce qui n’est pas le cas actuellement), et ce notamment si les redevances envisagées devaient atteindre des montants importants; cela implique notamment que H.________ sera désormais astreinte à la révision de ses comptes, d’où des frais supplémentaires;

b. Provenance des droits sur les logiciels : comme je l’avais également relevé, mon correspondant considère qu’il est impératif de pouvoir établir de quelle manière H.________ est devenue titulaire des droits qu’elle prétend concéder à des tiers; il ne serait en effet pas crédible que H.________ puisse concéder des droits dont elle ne peut justifier l’acquisition ; j’ai évoqué la possibilité d’un contrat par lequel la société roumaine pourrait céder ces droits à H.________; cela lui paraît parfaitement acceptable, bien que l’identité des noms (X.________ Roumania/X.________ SA/X.________ International AG) soit susceptible de faire naître des soupçons sur la réalité de l’opération; si aucune autre solution ne peut être trouvée pour justifier la propriété, par H.________, des droits sur les logiciels, un contrat entre X.________ (Roumanie) et H.________ devrait donc être envisagé;

c. ainsi que je l’ai déjà fait à plusieurs reprises, mon correspondant attire ton attention sur le soupçon que pourra également faire naître auprès du fisc l’utilisation d’une structure qui permet à une société suisse (X.________ SA) de transférer à une entité “off-shore” des montants importants; il convient donc d’une part de rédiger les contrats de manière soigneuse et crédible et d’autre part de s’apprêter à répondre aux questions qui vont inévitablement être posées à ce sujet; sans doute faudrait-il également prévoir une documentation annexe (par exemple un échange de correspondances) susceptible d’étayer la réalité du contrat; comme discuté lundi dernier, je laisse à M. N.________ le soin de nous indiquer si, à son avis, le dossier est suffisamment complet et crédible du point de vue fiscal; (…)"

Toujours à ce sujet, le conseil de X.________ a rencontré M. N.________ au mois de juin 2001. Il ressort ce qui suit des notes prises par le conseil lors de cet entretien:

"X.________ – propriété intellectuelle

O.________ → H.________: non (trop évident)

prêt → dr. roumanie: non (pas poss. d'établir un contrat)

TSA (Romania)→ H.________: il va étudier et me redit"

Le 12 juin 2001, le conseil de X.________ a rencontré M. A.Y.________. La note de cet entretien indique ce qui suit:

"X.________ / Licence de propriété intellectuelle

Transfet Roumanie → H.________ (contrat non signé!)

→Tél. N.________ pour savoir si faisable que O.________ vende les dts de PI ou bien X.________ Roumanie ?"

Le 29 novembre 2001, le conseil de X.________ a encore adressé un fax à A.Y.________ au sujet des contrats de licence et la facturation des redevances de licence à X.________. Dans ce fax, il est proposé à A.Y.________ de constituer une société aux Etats-Unis, à laquelle H.________ aurait concédé une licence qu'elle-même aurait ensuite concédé à X.________ en lui facturant des redevances. Ces redevances seraient ensuite reversées par la société américaine à H.________.

Cependant, aucun des projets susmentionnés n'a abouti.

H.                               Entre 1995 et 2002, X.________ a régulièrement déposé sa déclaration d'impôts. Les périodes fiscales 1995 à 1999 ont fait l'objet d'une taxation définitive. Les périodes 2000 à 2002 sont quant à elles restées provisoires.

Le 12 décembre 1995, X.________ a déposé sa déclaration d'impôt 1995 portant sur les années de calcul 1993-1994. Elle y a déclaré un bénéfice net global de 9'214 fr. et un capital imposable de 300'000 francs. L'Administration cantonale des impôts (ci-après: ACI) a notifié le 19 novembre 1996 à X.________ deux décisions de taxation définitive. Celle concernant l'impôt cantonal et communal fixe le bénéfice imposable à 9'200 fr. et le capital imposable à 213'000 fr. compte tenu d'un capital global de 300'000 francs. Les chiffres retenus au niveau de l'impôt fédéral direct sont identiques.

Dans une nouvelle déclaration d'impôts 1995, datée du 12 novembre 1996, X.________ a déclaré un bénéfice imposable de 4'770 fr. et un capital imposable de 323'198 francs. Par décisions de taxation définitive du 26 juin 1997, l'ACI a arrêté, en matière d'impôt cantonal et communal, le bénéfice net imposable à 4'700 fr. et le capital imposable à 372'000 francs. En matière d'impôt fédéral direct, les mêmes chiffres ont été pris en compte.

Pour la période fiscale 1996, X.________ a déposé sa déclaration d'impôt le 12 mai 1997. Elle y déclare un bénéfice net imposable de 11'065 fr. et un capital total imposable de 383'264 francs. Dans ses décisions de taxation définitive, que ce soit pour l'impôt cantonal et communal ou l'impôt  fédéral, l'ACI a repris tels quels les chiffres annoncés par la contribuable.

X.________ a déposé sa déclaration d'impôt 1997 le 4 juin 1998. Cette année-là, elle a déclaré un bénéfice net imposable de 27'900 fr. et un capital total imposable de 411'223 francs. Une nouvelle fois, l'ACI a repris les chiffres annoncés tels quels dans ses décisions de taxation définitive.

La déclaration d'impôt 1998 a été déposée par X.________ le 1^er décembre 1998. Les chiffres annoncés par cette dernière à titre de bénéfice net imposable, soit 38'896 fr., et de capital imposable, soit 452'120 fr., ont à nouveau servi de base de calcul pour les décisions de taxation définitive de l'ACI, et cela sans modification.

Le 29 février 2000, X.________ a déposé sa déclaration d'impôt 1999. Elle y déclare un bénéfice net imposable de 20'575 fr. et un capital imposable de 470'695 francs. L'ACI n'a pas revu ces montants dans ses décisions de taxation définitive du 7 avril 2000.

En ce qui concerne les déclarations d'impôt 2000, 2001 et 2002, datées respectivement des 29 janvier 2001, 19 juillet 2002 et 10 septembre 2003, là encore, dans ses décisions de taxation provisoire, l'ACI a repris les chiffres annoncés par la contribuable, soit:

2000, bénéfice: 20'000 fr.; capital: 490'000 francs

2001, bénéfice: 166'500 fr.; capital: 657'000 francs

2002, bénéfice: 148'900 fr.; capital: 806'000 francs

I.                                   A la suite d'un contrôle périodique de l'ACI et d'une enquête préliminaire de la Division d'enquêtes fiscales spéciales (ci-après: DEF) de l'Administration fédérale des contributions, cette dernière a été autorisée le 26 juillet 2003 par le Chef du département fédéral des finances à mener une enquête sur X.________, A.Y.________ et B.Y.________, au motif qu'il existait un soupçon fondé de graves infractions fiscales.

Dans le cadre de cette enquête de nombreux documents ont été saisis lors de perquisitions qui se sont déroulées en septembre 2003 dans les locaux de X.________, au domicile du couple Y.________ et chez des tiers.

Le 7 septembre 2004, l'ACI a informé X.________ de l'ouverture à son encontre d'une procédure pour soustraction d'impôts et l'a invitée à collaborer au redressement des éventuelles taxations inexactes. Les conseils de la société ont manifesté le souhait de celle-ci de collaborer à la procédure menée par courrier adressé à l'ACI le 15 septembre 2004.

Par la suite, la DEF a procédé à trois reprises à l'audition d'A.Y.________, soit les 28 septembre 2004 et 28 janvier et 14 juin 2005.

La DEF a rendu son rapport le 21 septembre 2006. Sous un chapitre 3 – Résultats d'enquête, on peut notamment lire ceci:

"3.1 Constatations générales et observations

Les principales soustractions d’impôt ont été réalisées notamment au travers de trois procédés.

Le premier a consisté à intercaler entre X.________ SA, à St-Sulpice, et ses clients une société-écran, en l’occurrence X.________ International AG dont le siège social est au Liechtenstein, à Ruggell plus précisément. Cette société était chargée de traiter les affaires commerciales avec les clients sis en dehors du territoire suisse. L’activité effective de cette société n’a jamais été déployée au Liechtenstein bien au contraire, c’est X.________ SA, à St-Sulpice et son personnel qui a déployé cette activité en Suisse.

Le second procédé était lié à des frais de sous-traitance en relation avec des projets de dévelopement (sic) informatique. Ces projets sensés (sic) être effectués par X.________ Romania, à Bucarest étaient facturés à X.________ SA, à St-Sulpice et à X.________ International AG, à Ruggell. En réalité, les montants facturés par X.________ Romania n’ont jamais été encaissés par ladite société (voir à ce sujet le chapitre 3.3 ci-dessous).

Le troisième procédé était lié à l’utilisation d’un aéronef de type PC-12. Ces frais considérés comme commerciaux étaient facturés par D.________ AG, à Ruggell (qui fait également partie du groupe) à X.________ SA, à St-Sulpice et à X.________ International AG, à Ruggell. Or, il s’avère que la plus grande partie de ces frais relevait d’un usage strictement privé.

Finalement, les fonds dégagés par les deux premiers procédés ont en grande partie été versés sur des comptes numériques ainsi que sur des comptes dont le titulaire est la fondation de famille F.________, au Liechtenstein. Ces fonds ont notamment permis à cette fondation de détenir et de financer la holding, soit l’établissement H.________, au Liechtenstein qui à son tour a créé et financé X.________ International AG et D.________ AG, à Ruggell ainsi que K.________ SA, à Genève. Ces entités, bénéficiant d’un statut fiscal privilégié, ont donc acquitté un impôt dérisoire sur le revenu et la fortune en question alors même que M. A.Y.________ qui apparaît comme le seul et unique bénéficiaire économique n’a jamais acquitté d’impôt sur ces éléments (Durchgriff). (…)"

J.                                 Le 11 octobre 2007, l'ACI a adressé à la contribuable une décision de rappel d'impôts et de taxation définitive, ainsi qu'un prononcé d'amendes, concernant l'impôt cantonal et communal (périodes fiscales 1999, 2000, 2001 et 2002) et l'impôt fédéral direct (périodes fiscales 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001 et 2002). Le dispositif de cette décision a la teneur suivante:

"Par ces motifs,

vu, d’une part, les articles 109, 128 Loi du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (aLI) et les articles 207ss, 242, 243, 248, 249 alinéa 1, 250ss Loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI),

vu, d’autre part, les articles 151ss, 175, 176, 181 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l’impôt fédéral direct (LIFD),

l’Administration cantonale des impôts,

respectivement l’Administration cantonale de l’impôt fédéral direct:

A.           En matière d’impôt cantonal et communal

I.            procède au rappel de l’impôt cantonal et communal et à la taxation définitive suivants à l’endroit de X.________ SA, société contribuable 7’370/527:

Impôts sur le bénéfice

Compléments d’impôt correspondant à la différence entre les éléments imposables et les éléments imposés et déclarés

Années	Canton	Commune	Total
		St-Sulpice
	Fr.	Fr.	Fr.
1999	154'291.00	59'802.70	214'093.70
2000	171'891.90	66'624.80	238'516.70
2001	366'963.70	156'457.40	523'421.10
2002	357'049.45	166'069.50	523'118.95
Totaux	1'050'196.05	448'954.40	1'499'150.45

 

Récapitulation générale (canton et commune)	Totaux
	Fr.
Compléments d'impôt cantonal	1'050'196.05
Complément d'impôt communal	448'954.40
Total des compléments d'impôts	1'499'150.45

 

II.            prononce à l'encontre de X.________ SA, société contribuable 7'370/527, des peines d'amendes de

a) Fr. 321'100.-- (trois cent vingt et un mille cent francs) pour les soustractions d’impôt cantonal et communal commises durant la période fiscale 1999, à savoir:

Fr.        231'400.--          pour le canton et

Fr         89'700.--           pour la commune de St-Sulpice,

b) Fr. 238'500.-- (deux cent trente huit mille cinq cents francs) pour les soustractions d’impôt cantonal et communal tentées durant la période fiscale 2000, à savoir:

Fr.        171'900.--          pour le canton et

Fr         66'600.--           pour la commune de St-Sulpice,

c) Fr. 523'400.-- (cinq cent vingt trois mille quatre cents francs) pour les soustractions d’impôt cantonal et communal tentées durant la période fiscale 2001, à savoir:

Fr.        366'900.--          pour le canton et

Fr         156'500.--          pour la commune de St-Sulpice,

d) Fr. 523'100.-- (cinq cent vingt trois mille cent francs) pour les soustractions d’impôt cantonal et communal tentées durant la période fiscale 2002, à savoir: -

Fr.        357'000.--          pour le canton et

Fr         166'100.—        pour la commune de St-Sulpice,

Récapitulation des amendes cantonales et communales	Totaux
	Fr.
Amendes cantonales	1'127'200.00
Amendes communales	478'900.00
Total des amendes	1'606'100.00

 

B.           En matière d'impôt fédéral direct

III.           procède au rappel de l'impôt fédéral direct et à la taxation définitive suivants à l'endroit de X.________ SA, société contribuable 7'370/527:

Impôts sur le bénéfice

Compléments d’impôt correspondant à la différence entre les éléments imposables et les éléments imposés et déclarés

Années	Dus	Facturés	Complément à payer
	Fr.	Fr.	Fr.
1995	32'222.40	333.95	31'888.45
1996	44'198.00	399.30	43'798.70
1997	69'531.00	1'448.75	68'082.25
1998	98'625.50	3'298.00	95'327.50
1999	73'185.00	1'742.50	71'442.50
2000	81'413.00	1'700.00	79'713.00
2001	268'676.50	14'152.50	254'524.00
2002	260'304.00	12'656.50	247'647.50
Totaux	928'155.40	35'731.50	892'423.90

 

IV.          prononce à l'encontre de X.________ SA, société contribuable 7'370/527, des peines d'amendes de

a)         Fr. 47'800.-- (quarante sept mille huit cents francs) pour les soustractions d’impôt fédéral direct commises durant la période fiscale 1995,

b)         Fr. 65'600.-- (soixante cinq mille six cents francs) pour les soustractions d’impôt fédéral direct commises durant la période fiscale 1996,

c)         Fr. 102'100.-- (cent deux mille cent francs) pour les soustractions d’impôt fédéral direct commises durant la période fiscale 1997,

d)         Fr. 142'900.-- (cent quarante deux mille neuf cents francs) pour les soustractions d’impôt fédéral direct commises durant la période fiscale 1998,

e)         Fr. 107'100.-- (cent sept mille cent francs) pour les soustractions d’impôt fédéral direct commises durant la période fiscale 1999,

f)          Fr. 79'700.-- (septante neuf mille sept cents francs) pour les soustractions d’impôt fédéral direct tentées durant la période fiscale 2000,

g)         Fr. 254'500.-- (deux cent cinquante quatre mille cinq cents francs) pour les soustractions d’impôt fédéral direct tentées durant la période fiscale 2001 et

h)         Fr. 247’600.-- (deux cent quarante sept mille six cents francs) pour les soustractions d’impôt fédéral direct tentées durant la période fiscale 2002.

 

Récapitulation des amendes pour l'impôt fédéral direct	Totaux
	Fr.
Année 1995	47'800.00
Année 1996	65'600.00
Année 1997	102'100.00
Année 1998	142'900.00
Année 1999	107'100.00
Année 2000	79'700.00
Année 2001	254'500.00
Année 2002	247'600.00
Total des amendes	1'047'300.00

 

Total général (ICC et IFD)

Fr. 5'044'974.35

 

V.                      laisse les frais de l'enquête pénale fiscale à la charge de l'Etat;

VI.                    dit que l'exécution des la présente décision / du présent prononcé se fera ultérieurement par bordereau(x) d'impôts, de petites différences dues aux arrondis étant réservées;

VII.                   précise que les compléments d'impôts calculés ne tiennent pas compte des paiements effectués, mais correspondent à la différence entre les éléments imposables et les éléments imposés et déclarés."

Cette décision était notamment accompagnée d'un tableau des reprises de bénéfice libellé comme suit:

Tableau supprimé

Le 15 novembre 2007, X.________, par son conseil, a interjeté réclamation contre la décision précitée. Cette réclamation n'était pas motivée au motif qu'il en avait été convenu ainsi avec le responsable de la division de l'inspection fiscale selon un courriel échangé entre les parties le 11 octobre 2007.

Par courrier du 20 décembre 2007, l'ACI a accusé réception de la réclamation et a imparti un délai au 31 janvier 2008 à X.________ pour déposer sa réclamation motivée.

Compte tenu des pourparlers transactionnels entrepris, le conseil de la contribuable a proposé en date du 4 janvier 2008 à l'ACI que la motivation de la réclamation ne soit déposée que si les parties n'arrivaient pas à s'entendre et a dès lors requis que le délai imparti par courrier du 20 décembre 2007 soit suspendu.

Par courrier du 23 janvier 2008, le conseil de X.________ a notamment indiqué ce qui suit à l'ACI:

"Je fais suite à votre courrier du 20 décembre 2007 ainsi qu'à ma missive du 4 janvier 2008.

Mme P.________ m'a indiqué qu'une entrevue a été fixée au mardi 1^er avril 2008 aux fins de discuter de la suite à donner à la procédure dirigée contre notre mandante citée en marge.

J'en déduis que la proposition contenue dans mon courrier du 4 janvier 2008 a été acceptée par votre Administration. Partant, X.________ SA n'est pas requise de vous faire parvenir d'ici au 31 janvier 2008 la motivation de sa réclamation du 15 novembre 2007.

Vous m'obligeriez en me faisant savoir si ma compréhension à ce sujet n'est pas correcte."

Les parties se sont rencontrées lors d'un entretien qui a eu lieu le 1^er avril 2008. A cette occasion, les pourparlers transactionnels ont échoué.

K.                               Par décision du 4 décembre 2008, l'ACI a rejeté la réclamation formée par X.________ le 15 novembre 2007.

Par acte du 5 janvier 2009, X.________ a recouru contre cette décision et a conclu à ce qui suit:

1. A la forme

Déclarer bon et recevable le présent recours.

2. Au fond

a) Principalement

- Admettre le présent recours et annuler la décision sur réclamation rendue le 4 décembre 2008 par l’Administration cantonale des impôts.

- Dire que l’Administration cantonale des impôts doit convenir avec X.________ SA d’un délai raisonnable pour motiver la réclamation du 15 novembre 2007.

- Mettre les frais de la procédure à la charge de l’Administration cantonale des impôts.

- Accorder à X.________ SA un équitable émolument de procédure.

b) Subsidiairement

- Ordonner un second échange d’écritures.

- Admettre le présent recours et annuler la décision sur réclamation rendue le 4 décembre 2008 par l’Administration cantonale des impôts.

- Mettre les frais de la procédure à la charge de l’Administration cantonale des impôts.

- Accorder à X.________ SA un équitable émolument de procédure.

c) Plus subsidiairement encore

- Inviter X.________ SA à déposer auprès du Tribunal de Céans un mémoire complétif.

- Admettre le présent recours et annuler la décision sur réclamation rendue le 4 décembre 2008 par l’Administration cantonale des impôts.

- Mettre les frais de la procédure à la charge de l’Administration cantonale des impôts.

- Accorder à X.________ SA un équitable émolument de procédure.

L'ACI et l'AFC ont conclu au rejet du recours.

Lors d'un deuxième échange d'écritures, les parties ont maintenu leurs conclusions.

La cour a statué par voie de circulation, après que sa composition a été annoncée aux parties.

Les arguments de ces dernières seront repris ci-dessous dans la mesure utile. Il en va de même des éléments contenus dans la décision sur réclamation.

Considérant en droit

1.                                Interjeté en temps utile et en la forme, devant une autorité compétente pour en connaître, le présent recours est recevable (art. 140 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11], art. 3 de l'Arrêté d'application dans le Canton de Vaud de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (AVFLID, RSV 658.11.1) ainsi que 79 et 95 de la loi sur la procédure administrative du 28 octobre 2008 (ci-après: LPA-VD; RSV 173.36), applicables par renvoi de l'art. 199 de la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux [LI; RSV 642.11]).

Le litige a trait à l'impôt cantonal et communal, ainsi qu'à l'impôt fédéral direct. A l’instar de l’ACI, et comme la jurisprudence le lui permet, la cour de céans tranchera les recours aussi bien pour ce qui concerne l’impôt cantonal et communal, d’une part, que l’impôt fédéral direct, d’autre part (ATF 131 II 553 consid. 4.2 p. 559; 130 II 509 consid. 8.3 p. 511).

2.                                Le recours tend à l'annulation de la décision sur réclamation rendue le 4 décembre 2008. En ce sens, il conclut dès lors à ce qu'aucune reprise d'impôts ou amende ne soit prononcée à l'encontre de la recourante.

3.                                Préalablement à l'examen du fond du litige, il convient d'examiner la question de la prescription, quand bien même aucune des parties n'aurait soulevé cette exception, ce moyen devant être examiné d'office, lorsque l'Etat est le créancier dans le litige en cause (Commentaire romand de la LIFD [CR], Masmejan, n. 22 ad art. 120, p. 1185).

En l'espèce, deux prescriptions entrent en ligne de cause: la prescription du droit de taxer (3.1) et la prescription de la poursuite pénale (3.2).

a) Compte tenu des périodes fiscales en cause, la question du droit applicable se pose.

Concernant la prescription du droit de taxer, la jurisprudence a arrêté que ce sont les règles du droit en vigueur au moment de la naissance de la créance d'impôt qui sont applicables (RDAF 2000 II 212; ATF 2P.411/1998 et 2A.568/1998 du 23 novembre 2001; RDAF 2002 II 89; RDAF 2003 II 497).

En l'espèce, en ce qui concerne l'impôt fédéral direct, les reprises et amendes ont trait aux périodes fiscales 1995 à 2002. La LIFD étant entrée en vigueur le 1^er janvier 1995, elle s'applique à toute la période en cause.

Les reprises et amendes concernant l'impôt cantonal et communal portent quant à elles sur les périodes fiscales 1999-2002. L'actuelle LI est entrée en vigueur le 1^er janvier 2001 et a abrogé l'ancienne loi du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (ci-après: aLI). En l'occurrence, au vu des périodes fiscales litigieuses, les dispositions de l'aLI doivent s'appliquer aux années 1999 et 2000 y compris. En revanche, ce seront celles de l'actuelle LI qui s'appliqueront aux années 2001 et 2002.

3.1.1) En matière d'impôt fédéral direct, l'art. 120 LIFD dispose que le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale (al. 1). La prescription ne court pas ou est suspendue notamment pendant la durée des procédures de réclamation, de recours ou de révision (al. 2, let. a). Elle est interrompue notamment par tout acte de l'autorité tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt (al. 3, let. a). Elle est acquise, dans tous les cas, quinze ans après la fin de la période fiscale.

L'art. 120 LIFD réserve l'application de l'art. 152 LIFD relatif au rappel d'impôt. Selon cette dernière disposition, le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète (al. 1). Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (al. 3).

En l'espèce, les périodes fiscales 1995 à 1999 y compris ont fait l'objet d'une taxation définitive, de sorte que, pour les modifier, ce sont les dispositions sur le rappel d'impôts qui sont applicables. Dès lors que l'ACI a introduit une procédure de rappel d'impôt en notifiant à la recourante un avis d'ouverture d'une procédure pour soustraction fiscale le 7 septembre 2004, la prescription de dix ans de l'art. 152 LIFD n'était pas acquise pour la plus ancienne période fiscale en cause, soit 1995. Elle ne l'est ainsi également pas pour les autres périodes litigieuses. Il en va de même de la prescription absolue du droit de taxer.

En ce qui concerne les périodes fiscales 2000 à 2002, les taxations en cause ne sont que provisoires. C'est dès lors l'art. 120 LIFD qui trouve application dans ce cas. L'ACI ayant notifié l'avis d'ouverture d'une procédure pour soustraction fiscale le 7 septembre 2004 à la recourante, elle a valablement interrompu la prescription. La prescription absolue n'est en outre pas acquise.

3.1.2) En matière d'impôts cantonal et communal, l'art. 98a al. 1 aLI prévoyait que, sous réserve des art. 107 ss aLI (cas de révision) et 128 ss (cas de soustraction), le droit de procéder à une taxation se prescrivait quatre ans après la fin de la période de taxation. L'art. 98a al. 2 let. a aLI précisait que la prescription ne courrait pas ou était suspendue pendant la durée des procédures de réclamation, de recours et de révision. Enfin, aux termes de l'art. 98a al. 4 aLI, la prescription était acquise, dans tous les cas, douze ans après la fin de la période de taxation. Quant à la procédure de révision des décisions définitives, l’art. 109 aLI énonçait que l’autorité de taxation pouvait réviser la taxation dans les trois mois dès la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les quatre ans dès la communication de la décision en cause lorsqu’elle découvrait des faits nouveaux importants ou des preuves qu’elle n’avait pu invoquer dans la procédure de taxation, de réclamation ou de recours. Quand le motif de révision était lié à une soustraction, l'art. 133 aLI prévoyait un délai de prescription de quatre ans après la fin de la période de taxation (cf. TA, arrêt FI.1996.0053 du 2 septembre 1997, consid. 4).

Le droit actuellement en vigueur (art. 170 al. 1 LI) indique en revanche que le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale, les art. 208 (cas du rappel d'impôt) et 254 (prescription de la poursuite pénale) LI étant réservés.

En l'occurrence, en ce qui concerne l'impôt cantonal et communal, seule la période fiscale 1999 a fait l'objet d'une taxation définitive. L'examen de la prescription doit donc dans ce cas se faire à l'aune des dispositions sur la révision, soit les art. 109 et 133 aLI. Cependant, le motif de révision dans ce cas est lié à une soustraction. C'est donc le délai de l'art. 133 aLI qu'il convient d'appliquer. La prescription du droit de taxer concernant cette période fiscale arrivait donc à échéance à fin 2003. Dès lors que les mesures spéciales d'enquête au sens de l'art. 190 LIFD ne constituent pas encore l'ouverture d'une procédure en soustraction fiscale et ainsi, n'interrompent pas la prescription (CR, op. cit., Sansonetti, n. 11 ad art. 190, p. 1569), c'est à tort que l'ACI a, en l'espèce, procédé à une révision de la période fiscale 1999, cette dernière étant prescrite au moment de l'ouverture formelle de l'enquête en septembre 2004. La décision attaquée doit donc être modifiée sur ce point.

En revanche, en ce qui concerne la période fiscale 2000, tant le délai de prescription relatif que celui absolu de l'art. 98a aLI ont été respectés. Il en va de même des périodes fiscales 2001 et 2002 au regard de l'art. 170 al. 1 LI.

3.2) Les règles de droit transitoire en matière de prescription de la poursuite pénale divergent de celles du droit de taxer. Selon la jurisprudence, les dispositions nouvelles sur la prescription pénale sont applicables aux infractions commises avant l'entrée en vigueur et jugées après, à moins que l'ancien droit ne soit plus favorable à l'auteur de l'infraction (ATF 129 IV 49: principe de la lex mitior). Il conviendra donc pour les périodes fiscales litigieuses de comparer, lorsque cela est nécessaire, l'effet de l'ancien et du nouveau droit pour déterminer le droit le plus favorable.

3.2.1) En matière d'impôt fédéral direct, comme mentionné ci-dessus, toutes les périodes fiscales litigieuses sont soumises aux dispositions de la LIFD, car postérieures à son entrée en vigueur. En matière de prescription pénale, celle-ci indique à son art. 184 ce qui suit:

"¹ La poursuite pénale se prescrit:

a. en cas de violation des obligations de procédure par deux ans et en cas de tentative de soustraction d’impôt par quatre ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise;

b. en cas de soustraction d’impôt consommée, par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n’a pas été effectuée ou l’a été de façon incomplète, ou pour laquelle l’impôt à la source n’a pas été perçu conformément à la loi, ou par dix ans à compter de la fin de l’année civile au cours de laquelle une restitution d’impôt illégale ou une remise d’impôt injustifiée a été obtenue, ou des biens ont été dissimulés ou distraits dans la procédure d’inventaire.

² La prescription est interrompue par tout acte de procédure tendant à la poursuite du contribuable ou de l’une des personnes visées à l’art. 177. L’interruption est opposable tant au contribuable qu’à ces autres personnes. Un nouveau délai commence à courir à chaque interruption; la prescription ne peut toutefois être prolongée de plus de la moitié de sa durée initiale."

En l'espèce, pour les périodes fiscales 1995 à 1999, une décision de taxation définitive avait été rendue, avant que l'ACI ouvre une procédure pour soustraction fiscale. Pour ces périodes, on est donc en présence d'une soustraction consommée. En revanche, pour les périodes fiscales 2000 à 2002, seule une décision de taxation provisoire avait été rendue, de sorte que l'on n'est en présence que d'une tentative de soustraction. En notifiant en septembre 2004 un avis d'ouverture d'enquête, l'ACI a valablement interrompu la prescription de l'art. 184 al. 1 let. d LIFD concernant les années fiscales 1995 à 1999. De toute manière, la prescription relative de cet article arrivait à échéance, pour la plus ancienne période en cause, en 2005. En outre, la prescription absolue pour ces périodes ne sera atteinte au plus tôt qu'à fin 2010. Pour les périodes fiscales 2000 à 2002, conformément à l'art. 184 al. 1 let. a LIFD, la prescription n'a pas commencé à courir.

3.2.2) En ce qui concerne l'impôt cantonal et communal, la question du droit applicable se pose, les périodes fiscales litigieuses portant sur les années 1999 à 2002.

La LI règle la question de la prescription de la procédure pénale à son art. 254, dont la teneur est calquée sur le modèle de l'art. 184 LIFD.

Sous l'empire de l'ancien droit, l'art. 133 aLI prévoyait que la contravention était prescrite quatre ans après la période de taxation, la prescription pouvant toutefois être interrompue par tout avis informant le contribuable d'une enquête en cours (al. 1), sauf si aucune suite ne lui était donnée dans le délai d'une année. Selon la jurisprudence, l'art. 133 al. 2 aLI devait être interprété en ce sens que l'avis interruptif de la prescription devait être validé par une opération d'instruction dans le délai d'une année (arrêts FI.1996.0057 du 5 novembre 1996; FI.1996.0088 du 17 juin 1997). L'art. 133 aLI ne prévoyait aucun délai de prescription absolue. Selon la jurisprudence, l'art. 98a al. 4 aLI - qui prévoyait un délai de prescription absolue de douze ans - était applicable à la contravention (arrêts FI.1998.0009 du 14 décembre 2000 consid. 2; FI.1996.0088 du 17 juin 1997; FI.1996.0070 du 24 août 1999).

En résumé, les art. 133 aLI et 98a al. 4 aLI qui prévoyaient des délais plus courts que la nouvelle loi (quatre ans au lieu de dix et douze ans au lieu de quinze) se révèlent plus favorables au contribuable; ils s’appliqueront donc aux périodes fiscales 1999 et 2000. En ce qui concerne les périodes fiscales 2001 et 2002 se sont en revanche les dispositions de la nouvelle LI qui doivent être appliquées.

En l'espèce, comme déjà mentionné ci-dessus en relation avec la prescription du droit de taxer, l'autorité intimée n'était pas en droit de poursuivre la recourante pour la période fiscale 1999, celle-ci étant atteinte pas la prescription relative de l'art. 133 aLI au moment de l'ouverture de l'enquête. La décision devra donc être modifiée sur ce point. Pour le surplus, la période fiscale 2000 n'est quant elle pas prescrite, que ce soit de manière relative ou absolue, la prescription absolue étant atteinte en 2012. On précisera à ce propos que l'aLI ne faisait pas de distinction entre soustraction tentée ou consommée, de sorte que c'est bien l'art. 133 aLI qui s'applique également dans ce cas. En outre, en ce qui concerne les périodes fiscales 2001 et 2002, dès lors qu'elles n'avaient pas fait l'objet d'une taxation définitive, la prescription n'a pas commencé à courir.

4.                                La recourante, dans un premier grief, reproche à l'autorité intimée d'avoir violé son droit d'être entendue en la privant du droit de faire valoir ses arguments contre la décision du 11 octobre 2007 et du droit de produire des preuves à l'appui de ses arguments, dès lors qu'elle a rendu la décision sur réclamation sans attendre sa motivation.

4.1) Tel qu’il est garanti par l’art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (ci-après : Cst.; RS 101), le droit d’être entendu comprend le droit pour l’intéressé de s’expliquer avant qu’une décision ne soit prise à son détriment, celui de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision, celui d’avoir accès au dossier, de participer à l’administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 129 II 497 consid. 2.2 p. 504; 126 I 15; 124 I 49 et les réf. cit.). En outre, pour autant qu’elle ne soit pas d’une gravité particulière, une violation du droit d’être entendu en instance inférieure est réparée lorsque l’intéressé a eu la faculté de se faire entendre en instance supérieure par une autorité disposant d’un plein pouvoir d’examen en fait et en droit (ATF 130 II 530 consid. 7.3 p. 562; 127 V 431 consid. 3d/aa pp. 437 s.; 126 V 130 consid. 2b pp. 131 s. et les arrêts cités).

Aux termes de l'art. 132 al. 1 LIFD, le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les trente jours qui suivent sa notification. En matière d'impôt cantonal et commune, les art. 185 et 186 LI prévoient la même chose. Dès lors que la décision de taxation ne doit pas contenir une motivation, mais simplement indiquer les modifications apportées à la déclaration, il n'est pas exigé que la réclamation, qui doit néanmoins être formulée par écrit, soit motivée, sous réserve du cas particulier de la taxation d'office. Il suffit donc que le réclamant exprime – au moins implicitement – sa volonté d'attaquer la décision. Cela n'empêche pas que l'on puisse attendre du réclamant qu'il exprime, au cours de la procédure de réclamation, quels sont les points contestés et les griefs soulevés à l'encontre de la décision litigieuse (CR, op. cit., Casanova, n. 18 ad. art. 120 LIFD).

4.2) En l'espèce, il convient tout d'abord de relever que la motivation d'une réclamation n'est pas une condition de forme de sa recevabilité. Comme corollaire, on doit admettre qu'être en présence d'une réclamation écrite sans motivation ne signifie pas encore une violation du droit d'être entendu. Dès lors, dans l'absolu, l'autorité intimée était en droit de statuer sur la réclamation sans disposer d'une motivation écrite de celle-ci, si la recourante avait auparavant pu exposer son point de vue de telle manière à ce que son droit d'être entendu soit respecté. Et l'occurrence, tel est bien le cas. En effet, la recourante, dans le cadre de la procédure de réclamation, s'est entretenue avec l'autorité intimée, dans l'espoir de trouver une solution transactionnelle au litige les opposant. Il ne fait pas doute que, lors de cet entretien, elle a pu exposer son point de vue et motiver sa réclamation. Il est évident que sans expliciter les motivations d'une réclamation, on ne peut tenter une transaction. Par ailleurs, durant la procédure d'enquête pour soustraction, ainsi que pendant la période des mesures spéciales entreprises par l'AFC, la recourante a, à de nombreuses reprises, eu l'occasion de s'exprimer sur les griefs soulevés à son encontre. En particulier, elle a été auditionnée à trois reprises par l'AFC et l'ACI. Enfin, et bien qu'un tel droit lui ait été donné, elle a renoncé à se déterminer sur la rapport de l'AFC, rapport sur lequel l'ACI s'est ensuite basé pour rendre sa décision du 11 octobre 2007. En conséquence, le droit d'être entendu de la recourante a été largement respecté dans la cadre de la procédure de première instance et aucune violation à cet égard ne peut être constatée, de sorte que, mal fondé, ce premier grief doit être rejeté.

On relèvera en outre que, de toute manière, même si une telle violation avait dû être constatée, elle aurait pu être réparée en deuxième instance, la cours de céans disposant d'un plein pouvoir d'examen en fait et en droit.

5.                                Avant d'examiner le bien-fondé des reprises opérées par l'autorité intimée, il convient au préalable de rappeler quelques conditions juridiques déterminantes, étant à nouveau précisé qu'en matière d'impôt cantonal et commune, tant les dispositions de l'ancienne que de la nouvelle LI sont applicables au regard des périodes fiscales en cause.

5.1) En droit fiscal suisse, le bénéfice net ou le rendement net imposable de la société anonyme correspond au solde du compte de résultat, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent (58 al. 1 LIFD, 54 al. 1 aLI, 94 al. 1 LI). Il comprend notamment tous les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de pertes et profits qui ne servent pas à couvrir les frais généraux autorisés par l'usage commercial (58 al. 1 let. b LIFD, 54 al. 1 let. b aLI, 94 al. 1 let. b LI), ainsi que les amortissements et les provisions (54 al. 1 let. c LI). Une dépense dûment comptabilisée est justifiée par l’usage commercial lorsqu’il existe entre celle-ci et l’activité commerciale exercée par l’entreprise une connexité objective (CR, op. cit., Danon, n. 65 ad art. 57-58). Cette connexité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial (ATF 2A.473/2005 du 16 février 2006, consid. 3.2).

Ce texte exprime le choix du législateur de renvoyer, par principe, au droit comptable en ce qui concerne la détermination du bénéfice imposable. Le droit comptable constitue en ce domaine un "Massgeblichkeitsprinzip" ou "principe de la déterminance". Ce résultat comptable est celui qui ressort des comptes individuels établis conformément aux dispositions de droit commercial. Il s’agit en premier lieu des art. 957 ss. CO qui fixent les règles générales applicables à la comptabilité commerciale. Ce cadre législatif, qui date de 1936, s’applique à tous les sujets de droit astreints à tenir une comptabilité. Le droit de la société anonyme est toutefois régi par des règles spéciales (art. 662 à 673) plus récentes, qui complètent ou dérogent aux art. 957 ss. (CR, op. cit., Danon, n. 4 ad art. 57-58)

En principe, en l'absence de lacune matérielle ou d'irrégularité formelle permettant de mettre en doute la force probante d'une comptabilité, celle-ci bénéficie d'une présomption d'exactitude. Ainsi, le contribuable et l'autorité fiscale sont tous deux  liés par le bilan annuel et le compte de pertes et profits établis conformément aux principes comptables. En revanche, si les principes comptables sont violés et que le compte de pertes et profits ne reflète pas le bénéfice réel de la société anonyme, le résultat doit être corrigé en faveur, comme au détriment du contribuable (TF 2A.195/2005 du 16 février 2005, consid. 2.1 ; Francis Cagianut, Bedeutung der kaufmännischen Buchhaltung und Bilanz im Steuerrecht, Archives 37, 137, 142). Le fardeau de la preuve est alors renversé et il incombe au contribuable d'apporter d'une autre manière la preuve de l'exactitude de sa comptabilité, la seule vraisemblance n'étant pas suffisante. En revanche, la commission d'une soustraction fiscale doit être prouvée par l'autorité fiscale.

5.2) Pour les périodes fiscales 1995 à 2000, qui ont fait l’objet d’une taxation définitive et exécutoire, la reprise est soumise aux conditions du rappel, qui seule autorise la réouverture par l’autorité fiscale d’une taxation entrée en force.

Sur le plan procédural, on relève que le rappel d’impôt est notifié à l’issue d’une procédure de révision au détriment du contribuable. Il s’agit d’une voie de droit extraordinaire qui permet exceptionnellement de remettre en cause une décision entrée en force (v. arrêts FI 1995.0046 du 13 juin 1996, FI 1994.0065 du 18 août 1995, FI 1993.0053 du 20 décembre 1994, FI 1993.0016 du 10 mai 1994).

En matière d'impôt direct cantonal et communal, la procédure de révision était, jusqu’au 31 décembre 2000, réglée aux art. 107 à 109 aLI. L’art. 109 al. 1, première phrase, aLI permettait à l'autorité de taxation de réviser la taxation définitive en défaveur du contribuable dans les trois mois dès la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les quatre ans dès la communication de la décision, lorsqu'elle découvrait des faits nouveaux importants ou des preuves qu'elle n'avait pu invoquer dans la procédure de taxation, de réclamation ou de recours. Selon la jurisprudence du Tribunal administratif (arrêts FI 1993.0100 du 28 octobre 1994 et FI 1993.0101 du 15 mars 1995), cette règle exigeait seulement que la procédure de révision soit entamée dans le délai de trois mois dès la découverte du motif de révision, mais non pas que la décision arrêtant la taxation révisée soit prise à cette échéance. Toutefois, lorsque le motif de révision était lié à une soustraction, le délai unique de l'art. 133 aLI, soit quatre ans après la fin de la période de taxation, était seul applicable (cf. TA, arrêt FI.1996.0053 du 2 septembre 1997, consid. 4). Cette disposition a été remplacée par l’art. 207 al. 1 LI, qui dispose que lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation passée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant ses éléments imposables et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, un rappel d'impôt est exclu, même si cette évaluation était insuffisante.

Tant s’agissant de l’ancien que du nouveau texte, on entend par faits nouveaux des faits antérieurs à la décision de taxation, mais découverts après seulement. Ce motif de révision est admissible pour autant que l'autorité n'ait pas été en mesure, en faisant preuve de l'attention que l'on pouvait exiger d'elle compte tenu des circonstances, de les faire valoir déjà auparavant dans la procédure de taxation, de réclamation ou de recours (de manière générale, cf. les art. 136, notamment let. d, et 137, notamment let. b, OJF et, sur cette question, Jean-François Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Berne 1992, vol. V, ad art. 136 n° 5, p. 17 et ss, 137 nos 2.2 et 2.3, p. 26 ss. et les références citées; v. aussi, Pierre Moor, Droit administratif, II, Berne 1991, n° 2.4.4.1; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, 4ème édition, Bâle et Francfort-sur-le-Main 1991, nos 1300 et ss; v. aussi, Hugo Casanova, Le rappel d'impôt, in RDAF 1999 II 1 et ss). Entre autres conditions, il faudrait par conséquent, pour que la voie de la révision soit ouverte, que l'autorité se soit fondée, dans sa première décision, sur des indications erronées du contribuable ou qu'elle ait, postérieurement à cette dernière, découvert des faits nouveaux concluants, qui se sont produits avant la décision entrée en force, et qu'elle ait été empêchée sans sa faute, en ayant fait preuve de toute la diligence requise, de retenir dans sa décision. Les faits et preuves invoqués doivent être pertinents; selon Moor, ils le sont s'il y a lieu d'admettre qu'ils eussent amenés à une décision différente s'ils avaient été connus à temps (ibid., p. 230; v. en outre plus généralement sur cette question, Ursina Beerli-Bonorand, Die ausserordentliche Rechtsmittel in der Verwaltungsrechtspflege des Bundes und der Kantone, Zürich 1985, pp. 96-97).

En matière d'impôt fédéral direct, la LIFD prévoit à son art. 151 al. 1, le rappel d'impôt, notamment lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète. Contrairement à ce qui prévalait antérieurement sous le régime de l'AIFD, le rappel d'impôt ne dépend plus exclusivement de la commission d'une infraction fiscale (voir FI 1996.0053 consid. 4b du 2 septembre 1997; au surplus sur ce point Hugo Casanova, Änderungen rechtskräftiger Verfügungen und Entscheide, in Archives 61, 447 ss., spéc. p. 453 s.; v. aussi Thomas Meister, Rechtsmittelsystem der Steuerharmonisierung, Berne 1995, p. 234 ss; voir aussi Känzig/Behnisch, Die direkte Bundessteuer, no 26, dans lequel est rappelé le système mis en oeuvre par l'AIFD, et 33 s. ad art. 126 AIFD qui décrivent le nouveau régime de la LIFD).

5.3) On rappellera que la procédure de taxation est régie par la maxime inquisitoriale (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 255). Cette maxime est également applicable dans le cadre de la procédure de recours en matière fiscale (art. 142 al. 4 LIFD; art. 201 LI).

L'autorité doit vérifier la déclaration (cf. art. 123 et 126 LIFD, 172 et 176 LI). Elle doit déterminer d'office tous les éléments pertinents en vue de la taxation et ceci, même en cas de violation de son obligation de coopérer par le contribuable. Dès lors, si des indices précis rendent vraisemblable l'existence des conditions fondant l'obligation fiscale, l'autorité peut sans arbitraire exiger du contribuable qu'il apporte la preuve du contraire (cf. ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266; 92 I 253; Archives 64 493 consid. 3c; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, Bâle et Francfort s/Main 1998, n° 8 p. 393; Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse 3ème éd., Berne 1994, p. 58/59) ; dans sa jurisprudence, le Tribunal administratif a confirmé plusieurs fois ce principe (v. arrêts FI 2002.0043 du 10 mars 2003 ; FI 2000.0003 du 29 juin 2000 ; FI 1997.0049 du 15 avril 1999 ; FI 1992.0082 du 12 février 1993). En effet, les parties ont l'obligation de collaborer à l'établissement de la taxation (cf. art. 126 al. 1 LIFD, 90 al. 2 aLI et 176 al. 1 LI ; v. Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2e éd., Lausanne 1998, p. 142; Martin Zweifel, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, ad art. 42 LHID, n° 2, p. 496) ; cette obligation s’étend du reste à la procédure de rappel d’impôt (art. 153 al. 3 LIFD et 209 al. 3 LI ; cf. Klaus A. Vallender, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, ad art. 153 LIFD n° 4, p. 415). S’agissant du fardeau de la preuve, on retient dans la règle qu’il appartient à l'autorité de taxation d'établir les faits qui fondent la créance d'impôt ou qui l'augmentent (ATF 105 Ib 382) ; le contribuable, pour sa part, doit alléguer et prouver les faits qui suppriment ou réduisent cette créance (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 256/257). Ainsi, la justification commerciale des dépenses revendiquées en déduction d’une recette doit être établie par le contribuable; ce principe est issu de l'art. 8 CC selon lequel chaque partie doit alléguer et prouver les faits dont elle entend déduire son droit, disposition applicable par analogie en matière fiscale (v. Xavier Oberson, in: Les procédures en droit fiscal, OREF, 1997, pp. 136-137).

Le fisc et le contribuable sont donc tenus de collaborer dans l'administration des preuves, soit en précisant les allégations qu'il appartient à la partie chargée de la preuve de détruire, soit en apportant des preuves ou indices positifs contraires ; l'omission ou l'échec de ces preuves contraires peut être considéré comme un indice suffisant de la véracité des allégations de la partie adverse si celles-ci sont vraisemblables (v., outre Rivier, ibid., Walter Ryser / Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse, Berne 2001, 4e éd., p. 462). Le Tribunal administratif a les mêmes compétences que l'autorité de taxation (articles 142 al. 4 LIFD et 201 LI) et peut demander un complément d'instruction. Il apprécie les preuves apportées par les parties et a un large pouvoir d'appréciation dans ce domaine (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40 et les arrêts cités).

5.4) En droit fédéral, la soustraction fiscale est réalisée lorsqu'une taxation n'a pas été effectuée ou est demeurée insuffisante, parce qu'un contribuable a violé de manière fautive l'obligation qui lui est imposée par la loi de collaborer à la taxation et de renseigner l'autorité fiscale de manière exacte et complète sur tous les éléments nécessaires à une taxation correcte (Arch. 52, p. 454; Arch. 54, p. 660; Arch. 56, p. 345). La tentative de soustraction est réalisée dans les mêmes conditions, mais elle suppose que la taxation insuffisante ne soit pas encore entrée en force au moment de l'intervention du fisc; elle est réprimée par l'art. 176 LIFD.

La réalisation des éléments objectifs de la soustraction fiscale suppose, d’une part, que les montants non déclarés constituent des éléments imposables, d’autre part, que ces montants soient entrés dans la sphère de disposition du contribuable. Ainsi, selon le Tribunal fédéral, l'état de fait de la soustraction fiscale est notamment réalisé lorsqu'une société comptabilise comme frais généraux des dépenses privées de son actionnaire, alors qu'elle sait qu'une telle manière d'agir est illicite; il suffit que la société ait eu pour but d'obtenir une taxation insuffisante (ATF du 22 novembre 1992, Arch. 63, p. 208).

La condition subjective de la soustraction est réalisée lorsque le contribuable a agi de manière fautive, soit intentionnellement, soit par négligence. Contrairement à la soustraction consommée qui est déjà punissable lorsqu’elle est commise par négligence, la tentative de soustraction ne peut être punie que si elle est intentionnelle (RDAF 1987 p.15; ATF 100 Ib 480, consid. 2; Arch. 54, p. 662; Arch. 44, p. 55; ATF 85 I 259). La preuve du caractère intentionnel d'une soustraction incombe à l'autorité fiscale, celle-ci étant toutefois facilitée par la présomption que celui qui agit avec conscience agit aussi avec volonté (StE 1988 B 101.21 n°7, consid. 4). Le Tribunal fédéral considère que cette preuve est apportée lorsqu'il est établi de manière suffisamment certaine que le contribuable était conscient du caractère inexact ou incomplet de sa déclaration. Si cette conscience est établie, il faut alors partir de l'idée que le contribuable a aussi agi de manière intentionnelle, c'est-à-dire dans le but de tromper l'autorité fiscale et d'obtenir une taxation trop basse ou du moins, agissant par dol éventuel, qu'il a compté sérieusement avec cette possibilité (ATF 114 Ib 27; StE 1988 B 101.21 n°6). Lorsque des éléments imposables ne sont pas indiqués dans la déclaration, on peut admettre ordinairement qu'il y a intention de les soustraire à l'impôt (ATF du 7 octobre 1986, StE 1987 B. 101.2 n° 3). La jurisprudence admet également que celui qui déclare un revenu de loin inférieur à son revenu réel a conscience que les indications qu'il donne sont fausses ou incomplètes et, partant, qu'il agit intentionnellement (Arch. 56, p. 138). La négligence est définie par l’art. 18 CP. Ainsi, un contribuable commet une infraction par négligence lorsque, par une imprévoyance coupable, il agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L’imprévoyance est coupable quand l’auteur de l’acte n’a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle. Selon la jurisprudence, il faut poser des exigences sévères quant à la prévoyance requise: si un contribuable a des doutes sur ses droits et obligations, il doit faire en sorte de les lever ou, du moins, en informer l'autorité fiscale (StE 1989 B. 101.9 n° 6 et les références citées).

En droit cantonal, les conditions de la soustraction sont les mêmes, l’ancienne LI n'opérant toutefois pas de distinction entre la soustraction consommée et la tentative de soustraction suivant l'entrée en force ou non de la taxation. Ainsi, l'art. 128 aLI consacre uniquement une infraction de mise en danger qui est achevée lorsque le contribuable a accompli tous les actes nécessaires à la soustraction, même si les irrégularités commises n'ont pas abouti à une taxation définitive au préjudice de l'Etat.

6.                                Après ces quelques considérations générales, il convient d'examiner dans le détail les reprises effectuées par l'ACI et entièrement contestées par la recourante. On précisera d'ores et déjà ici que, en ce qui concerne l'impôt cantonal et communal, la période fiscale 1999, comme mentionné ci-dessus, est prescrite tant au niveau du droit de taxer qu'en matière de poursuite pénale. En conséquence, même si les reprises effectuées devaient être confirmées, elles ne pourraient concerner cette période fiscale.

Dans sa décision sur réclamation, l'ACI a déterminé deux groupes de reprises, les charges non justifiées commercialement et le chiffre d'affaires non comptabilisé.

6.1) Charges non justifiées commercialement.

6.1.1) Frais de sous-traitance non probants

6.1.1.1) Sous ce poste, l'ACI a repris le deux tiers des montants inscrits dans le compte no 4460 intitulé "sous-traitant" de X.________ de 1995 à 2002. Ce compte correspond aux factures émises par A.X.________ à l'égard de X.________ pour les prestations qu'elle aurait effectuées pour elle durant les années 1995 à 2002.

Ce compte 4460 présentait les montants suivants:

1995	1996	1997	1998	1999	2000	2001	2002
486'100 fr.	660'000 fr.	1'022'424 fr. 60	1'172'000 USD	470'000 USD	434'794 fr. 50	870'173 fr	709'086 fr.

 

6.1.1.2) L'ACI a repris deux tiers de ces montants au motif en substance que la facturation de ces frais de sous-traitant "était fictive et avait pour but de permettre à l'actionnaire ultime du groupe de prélever des liquidités sur les comptes de X.________ et de créditer ces montants sur des comptes dont il était l'ayant droit économique."

Selon l'ACI, la facturation de A.X.________ comportait deux volets. Un premier volet, non contesté, correspondant aux coûts de fonctionnement de A.X.________ et qui étaient facturés mensuellement à X.________ qui les payait par virement bancaire. Ce chiffre d'affaires de A.X.________ était comptabilisé dans le compte de charge de X.________ sous un poste 3000 intitulé "Fournitures". Le deuxième volet a trait au compte 4460 précité. Sous ce compte, X.________ comptabilisait des factures de A.X.________, établies a posteriori, mais qui ne figuraient pas en tant que recettes dans les comptes de A.X.________. Le montant des factures était bien prélevé du compte de X.________, mais en espèce ou sous forme de chèque, et n'était pas versé à A.X.________. L'ACI a résumé de la manière suivante le système de prélèvement de ces montants:

"a) comptabilisation de factures fictives (par tranche variant de CHF 100’000.- à CHF 400’000.-).

Ecriture de type “frais de sous-traitance à c/c X.________ Romania”.

b) Prélèvement en espèces de fonds sur les comptes bancaires en vue du règlement de ces factures contre remise d’une quittance fictive soi-disant établie par X.________ Romania (système pratiqué jusqu’en 2000)

Ecriture de type “c/c X.________ Romania à liquidités”

c) Dès 2000, une étape supplémentaire est ajoutée pour X.________ SA, M. A.Y.________ se substituant à X.________ SA à l’égard de X.________ Romania en reprenant à son nom et en partie les dettes correspondantes inscrites au bilan de la société suisse.

Ecriture de type “c/c X.________ Romania à c/c actionnaire”

d) L’actionnaire prélève les fonds en espèces sur les comptes bancaires de X.________.

Ecriture de type “c/c actionnaire à liquidités”.

Dès lors que A.X.________ n'avait pas enregistré de recettes, l'ACI a cherché à connaître la destination de ces fonds sortis des comptes de X.________. Selon l'ACI, seule une partie de la version d'A.Y.________ sur ce point est correcte en ce sens qu'une part de ces fonds, évaluée à un tiers par l'ACI, a servi à payer les employés roumains de A.X.________ au noir. Quant à l'autre partie, l'ACI a déterminé que, contrairement à ce qu'a soutenu A.Y.________, soit que ces fonds servaient pour le roulement du groupe, ils avaient en réalité été versés sur des comptes bancaires dont le seul ayant droit économique était A.Y.________, ce qui démontrait que ces charges n'étaient pas justifiées commercialement.

6.1.1.3) La recourante conteste ce point de vue à plusieurs titres:

Tout d'abord, elle considère que l'ACI a effectué sa reprise de deux tiers précitée en se fondant sur l'hypothèse que les droits de propriété intellectuelle sur les logiciels commercialisés par le groupe X.________ appartiennent à X.________. Or, selon elle, cette hypothèse est fausse. Elle appuie son raisonnement sur un avis de droit qu'elle avait requis de M. Cherpillod, professeur en droit à l'Université de Lausanne, en 2004. On peut en extraire les passages suivants:

"I. Faits

Les faits qui m’ont été exposés sont les suivants.

A. M. A.Y.________, citoyen roumain, et vivant en Suisse depuis les années 80, a eu l’idée d’une plate-forme et de logiciels notamment pour le traitement d’ordres en bourse et d’autres opérations au moyen d’une plate-forme utilisée par des courtiers.

B. Au début des années 90, les sociétés X.________ (ci-après S.________), à St-Sulpice, et X.________ Roumanie (ci-après A.X.________SA) ont été constituées.

C. A.X.________SA s’est chargée du développement des logiciels, avec un personnel assez nombreux en Roumanie (40 personnes aujourd’hui). S.________ se chargeait du contact avec la clientèle et du marketing. Il s’agit d’une petite société qui n’emploie que quelques employés.

D. Une société de droit du Liechtenstein, X.________, (ci-après B.X.________) a été constituée en 1999.

E. Suite à la constitution de B.X.________, le marketing à l’échelon international a été fait par l’entremise de celle société. En revanche, le développement informatique s’est poursuivi chez A.X.________SA.

F. Jusqu’à la fin des années 90, aucun document n’a été établi pour régir les relations entre les diverses sociétés mentionnées ci-dessus.

G. Par la suite, un projet de contrat entre X et B.X.________ prévoyait que X, titulaire des droits sur le logiciel, cédait ses droits à B.X.________ au Liechtenstein; la rémunération de cette cession n’était pas spécifiée. Un deuxième projet de contrat entre B.X.________ et A.X.________SA prévoyait une licence en faveur de A.X.________SA pour l’Europe. Un troisième projet prévoyait une sous-licence concédée par A.X.________SA à une société suisse pour la distribution sur un territoire non défini.

H. Il s’agissait seulement de projets, qui n’ont jamais été conclus formellement. Ils n’ont même jamais été suivi d’effets comme tels (en particulier, A.X.________SA ne s’est jamais occupée de la commercialisation ou du marketing du logiciel; en outre, aucune redevance n’a jamais été versée par A.X.________SA à B.X.________).

I. Les activités de vente ont été exécutées par S.________ (et également B.X.________ depuis 1999).

J. En ce qui concerne le développement du logiciel, il a été confié à des développeurs en Roumanie, qui sont devenus employés de A.X.________SA dès sa création. Tous les développeurs sont des employés de A.X.________SA. Le travail de développement est donc entièrement exécuté en Roumanie par des employés de A.X.________SA. C’est A.X.________SA qui les rémunère, à l’exception d’une rémunération additionnelle qui a été virée par S.________ sur des comptes de sociétés offshore.

K. La maintenance des logiciels est exécutée en Roumanie par des employés de A.X.________SA (par un système de remote access, et par détachement d’un employé on site si nécessaire le cas échéant).

L. A.X.________SA, n’ayant aucune activité de vente, a régulièrement été «alimentée» par des versements effectués par S.________. Ainsi, des montants importants ont été payés par S.________ à A.X.________SA, notamment pour lui rembourser des frais.

M. B.X.________, de son côté, a eu seulement des revenus provenant de la vente à des tiers, et n’a jamais reçu de versement de A.X.________SA ni de S.________.

N. Aucun apport de droits ni aucune cession n’ont été spécifiés.(…)

II. Question

La question qui m’est soumise est de savoir qui est titulaire des droits de propriété intellectuelle sur les logiciels commercialisés par S.________ et B.X.________.(…)

d) Conclusions

En résumé, on parvient aux conclusions suivantes:

a) A.X.________SA est titulaire originaire des droits d’auteur portant sur les logiciels;

b) en application du droit roumain, auquel renvoient les art. 117 et 122 LDIP, A.X.________SA est demeurée titulaire des droits sur les logiciels;

c) en application du droit suisse, les règles d’interprétation des contrats portant sur des droits d’auteur conduisent à admettre l’existence d’une licence par laquelle A.X.________SA a concédé à S.________ (et à B.X.________) le droit de distribuer les logiciels qu’elle avait créés. Ce droit s’analyse comme une licence de distribution. La licence n’impliquant qu’une simple autorisation d’exploiter à l’exclusion de toute cession proprement dite, il en résulte qu’en droit suisse également, on doit considérer que A.X.________SA est donc restée seule titulaire des droits d’auteur sur les logiciels."

Dès lors que, pour la recourante, elle ne détient pas les droits de propriété intellectuelle des produits du groupe, c'est sa rémunération dans le cadre de la distribution des produits X.________ qui sont taxés. Sur la base d'une expertise qu'elle a fait réaliser aussi en 2004 par une fiduciaire chargée d'examiner la répartition internationale des produits du secteur informatique du groupe X.________, la recourante prétend qu' "à supposer que les bénéfices nets de B.X.________ soient à [lui] imputer fiscalement (comme le soutient l'ACI dans la décision querellée), le principe de pleine concurrence qui doit être respecté entre proches [car l'actionnaire majoritaire des deux sociétés est A.Y.________] a pour effet que [son] bénéfice net "consolidé" n'est pas supérieur à celui qui a effectivement été comptabilisé et déclaré (…)".

Deuxièmement, la recourante, dans l'hypothèse où il serait admis que les droits de propriété intellectuelle lui appartiennent, allègue que les charges comptabilisées étaient justifiées commercialement. Pour ce faire, elle se fonde à nouveau sur deux expertises qu'elle a requises et qui ont été rendues en août 2009, respectivement par Silvio Munari, professeur honoraire à la Faculté des Hautes Etudes commerciales de Lausanne, et par la fiduciaire déjà mandatée en 2004. Selon elle, ces expertises "permettent de démontrer à satisfaction de droit que, d'une part, A.X.________SA a effectivement fourni des prestations considérables à S.________-B.X.________, ces prestations représentant un travail de plus de 1'000 années/hommes et que, d'autre part, les sommes passées en charges chez S.________-B.X.________ et payées à A.X.________SA pour ses prestations de développement sont inférieures au prix du marché pour des prestations comparables."

Enfin, la recourante soutient encore que, si l'on devait admettre qu'une partie des charges de sous-traitance est excessive, la procédure de rappel d'impôt ne serait pas ouverte au motif que cet excès serait le résultat d'une sous-évalutation des montants imposables. Or, selon la doctrine, ce cas ne saurait donner lieu à un rappel d'impôt, sauf si les éléments à la base de l'évaluation étaient faux ou incomplets.

6.1.1.4) En réponse aux arguments soulevés par la recourante, l'autorité intimée a relevé que l'expertise du Pr. Cherpillod reposait sur des faits erronés, dès lors qu'il n'était pas au courant qu'il existait un contrat du 10 février 1993 régissant les relations entre X.________ et A.X.________. Dès lors, elle considère que cette expertise n'est en l'espèce pas pertinente, tout comme celle de la fiduciaire qui s'était basée sur celle du Pr. Cherpillod. Sur ce point, l'autorité intimée souligne encore qu'en vertu du principe de "Massgeblichkeits", la recourante ne peut soutenir aujourd'hui que ces charges sont consécutives à des redevances de licence, alors qu'elle les a toujours comptabilisées dans un compte sous-traitant. En ce qui concerne l'application des règles sur le rappel d'impôt au cas d'espèce, l'ACI conteste le raisonnement de la recourante en ce sens qu'elle considère qu'il existe bien des faits nouveaux justifiant un rappel. Elle en voit ainsi notamment dans le fait que les charges litigieuses étaient fondées sur des fausses factures, fait qu'il n'était pas possible de vérifier pour un taxateur, ou encore dans sa découverte d'une entité off-shore au Liechtenstein, ou enfin dans la découverte du fait que la société D.________ AG était un société qui dépendait économiquement de l'actionnaire de X.________. Enfin, l'autorité intimée considère que l'expertise de la fiduciaire d'août 2009 ne peut être suivie pour démontrer que les charge étaient justifiées commercialement, dès lors que cette expertise a été rédigée en faisant fi des principes comptables et des règles fiscales suisses.

6.1.1.5) En l'espèce, sur la base des éléments mis en exergue par l'autorité intimée, il ne fait pas de doute que la recourante a augmenté de manière injustifiée, par des factures fictives, le compte no 4460 et a ainsi cherché à diminuer son bénéfice imposable.

Comme le démontre l'ACI, on ne peut suivre la recourante lorsqu'elle allègue que ce poste couvre sa rémunération dans le cadre de la distribution des produits X.________. A la lecture de l'expertise du Pr. Cherpillod, il est clair que ce dernier ne détenait pas tous les documents lui permettant d'établir à qui appartenaient les droits de propriété intellectuelle sur les logiciels du groupe X.________. Les pièces au dossier démontrent l'existence d'un contrat entre X.________ et A.X.________, signé le 10 février 1993, régissant leur relation et notamment la question de la propriété des logiciels du groupe X.________. Ce contrat indique très précisément que X.________ "est l'unique propriétaire du PRODUIT, elle est seule habilitée à distribuer des licences d'exploitation ou à céder tout autre droit qui relèvent de la propriété intellectuelle". Or, il n'est aucunement fait mention de cette pièce essentielle dans l'expertise du Pr. Cherpillod, produit par la recourante. Fondée sur un état de fait erroné et surtout, rédigée uniquement à la demande de la recourante, cette expertise ne peut être suivie dans le cas d'espèce. Ainsi, le contrat de 1993 n'ayant jamais été résilié – toutes les démarches entreprises dans ce sens en 2001 n'ont pas abouti – c'est à bon droit que l'ACI a considéré que X.________ était la propriétaire des droits de propriété intellectuelle sur les produits du groupe X.________.

En outre, cet argument de la recourante ne peut de toute manière être suivi pour un autre motif. L'art. 58 al. 1 let. a LIFD dispose que le bénéfice imposable correspond au solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent. Comme déjà mentionné, ce texte exprime le choix du législateur de renvoyer, par principe, au droit comptable en ce qui concerne la détermination du bénéfice imposable. Autrement dit, le droit comptable constitue en ce domaine un Massgeblichkeitsprinzip ou, si l'on préfère un "principe de déterminance" (CR, op. cit., Danon, n. 3 ad art. 57-58, p. 716). Matériellement, le renvoi au droit comptable a pour conséquence que l'ensemble des normes et principes comptables est repris par le droit fiscal (ibidem, n. 34, p. 727). Formellement, la détermination du résultat imposable se base sur le bilan commercial tel qu'établi concrètement par la personne morale assujettie (ibidem, n. 47, p. 730). Cette autorité formelle du droit comptable déploie un effet contraignant pour le contribuable en ce sens notamment qu'il est lié par son mode de comptabilisation (ibidem, n. 51, p. 731). Ainsi, dans le cas présent, la recourante ne peut prétendre que les sommes comptabilisées dans le compte litigieux seraient des redevances de licence, alors qu'elle les a toujours été comptabilisées à titre de frais de sous-traitance. Dès lors, même si l'on avait admis que X.________ n'était pas propriétaire des droits de propriété intellectuelle sur les logiciels créés par le groupe X.________, son explication aurait de toute manière dû être rejetée pour ce motif-ci.

Il n'en va pas autrement de l'autre argument soulevé par X.________ pour démontrer que ces charges étaient justifiées commercialement. Comme le relève à juste titre l'ACI, on ne peut se fier à l'expertise comptable de 2009 produite par la recourante. A nouveau, cette expertise n'est le fait que de la recourante et en outre, elle ne respecte aucunement les principes comptables suisses ou les règles fiscales suisses. Sa portée est donc nulle.

Enfin, le dernier argument de la recourante selon lequel la procédure de révision ne serait pas applicable au motif que l'on est uniquement en présence d'une sous-évaluation d'une charge, ce qui ne constitue pas un motif de révision, il doit à nouveau être écarté. En effet, c'est à bon droit que l'ACI a procédé à une révision des décisions de taxation entrées en force. Contrairement à ce que soutient la recourante, il existe bien des faits nouveaux justifiant une telle opération. L'autorité intimée, lorsqu'elle a procédé aux taxations litigieuses, l'a fait sur la base des documents que lui avait été remis par la recourante et sur lesquels elle était censée pouvoir se fier. Or, après les décisions de taxation, elle a découvert, ce qu'elle n'était pas en mesure de faire avant, que les factures justifiant les frais de sous-traitance étaient fictives et que la recourante avait mis en place tout un système de transfert de fonds à une entité off-shore.

En conclusion, c'est à bon droit que l'ACI a repris une partie des montants comptabilisés dans le compte "frais de sous-traitance". Son appréciation de la quotité de la reprise peut également être confirmée au vu des motifs complets et convaincants avancés et auxquels il convient d'adhérer. La décision attaquée doit donc être confirmée sur ce point.

6.1.2) Frais relatifs à un aéronef non justifiés commercialement

6.1.2.1) L'ACIa repris sous ce poste 80% des montants figurant dans le compte 4310 intitulé "Frais location d'avion" de X.________ pour les années 2000 à 2002 correspondant aux factures émises par D.________ AG pour les frais de location du Pilatus PC-12/45.

Ce compte 4310 présentait les montants suivants:

 

2000	2001	2002
151'200 fr.	339'624 fr. 16	186'732 fr.

 

6.1.2.2) L'ACI a justifié la reprise précitée en avançant que la plupart des vols effectués et facturés n'avaient aucun caractère commercial. Pour preuve, elle a relevé les éléments suivants en se référant tant au compte de X.________ que de S.________, ces deux sociétés usant de l'avion:

- tous les frais relatifs à l'utilisation du premier avion acquis, soit le Piper Dakota, de 1998 à 2000, ont été soit transférés, soit extournés, vers le compte privé de l'actionnaire A.Y.________, soit comptabilisés directement dans ce compte privé.

- A.Y.________, de son propre aveu, a constitué les sociétés D.________ AG et K_______ SA sur le conseil de sa fiduciaire qui doutait que l'autorité fiscale vaudoise accepte que les frais d'avion soit admis tels quels dans la société principale du groupe, soit X.________.

- Sur la base des données établies par le DEF, les clients du groupe se trouvent à Genève (11), Lausanne (4), Neuchâtel (2), St-Gall (1), Lugano (1), Luxembourg (2), Milan (1) et Neuilly-sur-Seine (1). Si l'on met en relation le siège de ces clients et celui de A.X.________, avec le nombre de vols à destination de ces sièges pour les années en cause, il appert qu'en 2000, sur 220 destinations, 185 n'avaient pas de lien avec les clients du groupe, en 2001, sur 123 destinations, 75 n'avaient aucun lien avec les clients du groupe et en 2002, sur 132 destinations, 111 n'avaient aucun lien avec un client, soit en moyenne près de 80% des destinations.

- S'agissant des déplacements en Suisse, la justification commerciale pour X.________ de prendre en charges des frais de location d'un avion pour des déplacements de St-Sulpice à Genève n'est pas avérée.

- M. A.Y.________ a admis que l'avion en cause a été utilisé à l'occasion de vacances familiales, mais les comptes de D.________ AG ne présentent aucune part privée compensant cet usage.

- Un tiers des vols ont été effectués le week-end.

- L'enquête menée a en outre permis de démontrer que la facturation des frais de location de l'avion était pour le moins fantaisiste.

6.1.2.3) Dans son recours, X.________ allègue que cette reprise de l'autorité intimée doit être annulée.

En premier lieu, l'ACI n'a pas démontré que les frais facturés ne lui auraient pas permis de réaliser son but statutaire. En ce sens, les charges comptabilisées sont donc justifiées commercialement.

Deuxièmement, la recourante considère que ces vols étaient justifiés car ils ont servi à transporter du matériel ou des employés, pour prendre part à des foires professionnelles en Europe, pour se déplacer auprès de clients en Suisse et en Europe ou encore pour transporter des clients potentiels ou pour des opérations de marketing.

Enfin, X.________ soutient qu'il est parfois nécessaire d'assurer un service de dépannage dans les locaux de ses clients, ce qui justifie l'usage d'un avion privé, le transport aérien public n'étant pas assez fiable au niveau de ses horaires.

6.1.2.4) En réponse aux arguments de la recourante, l'ACI a relevé dans des déterminations qu'aucune preuve n'a été apportée quant à l'utilité des vols en cause. En outre, les déclarations de la recourante ne sont pas du tout corroborées par les chiffres établis par le DEF en ce sens par exemple qu'il n'y aucun vol à destination du Liechtenstein entre 2000 et 2002, de sorte qu'il n'est pas plausible que X.________ ait transporté du matériel ou des employés dans ce pays, comme elle l'affirme.

Quant à l'utilisation de cet avion à des fins de marketing, l'autorité intimée rejette cette théorie dans la mesure où X.________ doit se voir imputer les frais tels qu'elle les a toujours comptabilisés, soit à titre de frais de location d'avion et non de frais publicitaires. De toute manière, même à titre de frais publicitaires, les montants en cause ne sauraient être admis, de telles dépenses avec un avion privé consistant généralement à soutenir financièrement le hobby d'une actionnaire, ce qui apparaît être le cas en l'espèce, la participation assidue d'A.Y.________ à des rallyes s'apparentant plutôt à un loisir.

Enfin, en ce qui concerne les dépannages à l'étranger, l'ACI considère que cette justification n'est pas plausible. En effet, ce n'est pas A.Y.________ qui aurait pu se charger de ces dépannages puisqu'il prétend ne rien connaître à l'informatique. Il aurait donc fallu aller chercher des employés qualifiés en Roumanie. Or, en 2000 par exemple, seul deux des vols litigieux ont été à destination de la Roumanie.

6.1.2.5) En l'occurrence, compte tenu des éléments au dossier, le tribunal fait sienne l'argumentation de l'autorité intimée qu'il juge complète et convaincante. On relèvera tout particulièrement sur ce point que l'enquête du DEF a permis d'établir qu'environ 80% des vols effectués entre 2000 et 2002 n'avaient pas pour destination le siège d'un des client du groupe X.________. Ce point permet d'établir qu'il y a eu surfacturation des frais de location d'un avion dans le cas d'espèce. De plus, aucun des arguments de la recourante n'est étayé sérieusement, de telle sorte qu'ils ne peuvent être que rejetés. Les reprises effectuées par l'autorité intimée sous ce poste doivent donc être confirmées.

6.2) Chiffre d'affaires non comptabilisé

6.2.1) Cette reprise a pour objet d'attribuer à la recourante le résultat comptabilisé dans les comptes de B.X.________ dès 1999, date de sa création, ainsi que les charges non justifiées commercialement de celle-ci, soit les frais de sous-traitance non probants et les frais d'avion. Cette reprise peut se résumer ainsi:

	1999	2000	2001	2002	Total
Résultat annuel B.X.________	27'922 fr.	10'004 fr.	1'770'359 fr.	1'255'632 fr.	3'063'917 fr.
Frais de sous-traitance non probants	513'500 fr.	224'562 fr.	0	700'000 fr.	1'438'062 fr.
./. Part admise de 1/3	- 171'167 fr.	- 74'854 fr.	-	- 233'333 fr	- 479'354 fr.
Frais d'avion non justifiés		459'050 fr.	465'230 fr.	711'345 fr.	1'635'625 fr.
./. Part admise de 20%		- 91'810 fr.	- 93'046 fr.	- 142'269 fr.	- 327'125 fr.
Total	370'255 fr.	526'952 fr.	2'994'357 fr.	2'142'543 fr.	5'331'125 fr.

 

6.2.2) En ce qui concerne le résultat annuel de B.X.________, l'autorité intimée considère, dans sa décision sur réclamation, que cette société n'a pas d'existence propre et qu'il est insolite qu'elle relève du droit liechtensteinois. En réalité, cette localisation de la société a permis à X.________ de réaliser une économie d'impôt indue puisqu'elle découlait de la seule existence de B.X.________. En outre, pour l'ACI, il existe une véritable perméabilité entre les deux structures, ce qui démontre également le caractère insolite de B.X.________. En résumé, l'autorité intimée estime qu'il convient de faire application du principe du "Durchgriff" et d'imputer les résultats de B.X.________ à son propriétaire économique. Pour fonder son raisonnement, l'ACI s'est basé sur les indices suivants recueillis par le DEF:

"- B.X.________ a été constituée au Liechtenstein, pays dont les règles juridiques favorisent la domiciliation fictive des sociétés (Revue fiscale 2006, p. 534);

- B.X.________, société sise au Liechtenstein, est détenue en cascade par un établissement liechtensteinois, lui-même détenu par une fondation liechtensteinoise (…), dont M. A.Y.________ est ayant droit économique mais qui ne figurent pas dans l’état des titres de ce dernier (…); cette structure permet à M. A.Y.________ de dissimuler qu’il est l’ayant droit économique de B.X.________;

- M. A.Y.________ est également l’ayant droit économique de X.________ SA dont il détient avec son épouse l’entier du capital-actions;

- Selon les extraits du registre du commerce, le but social de B.X.________ est identique à celui de X.________ SA (…);

- Jusqu’au 8 mars 1999, date de la création de B.X.________, les factures concernant les clients étrangers étaient comptabilisées dans les comptes de X.________ SA (…). Depuis cette date, ces mêmes transactions sont comptabilisées dans les comptes de B.X.________ et n’apparaissent plus dans les comptes de X.________ SA alors que les factures adressées par B.X.________ font encore référence au contrat signé en 1996 par X.________ SA (et non B.X.________) avec le client étranger (…); M. A.Y.________ a d’ailleurs confirmé en audition que “de manière générale, au début X.________ SA vendait pour des clients suisses et internationaux. A partir de 1999, X.________ International AG vendait aux clients internationaux” (…);

- Comme précisé ci-dessus, un contrat régissait les relations entre X.________ SA et X.________ Romania concernant les droits sur le logiciel développé par cette dernière pour le compte de X.________ SA qui, à teneur dudit contrat détenait tous les droits sur le PRODUIT développé par X.________ Romania (…); selon un projet de contrat entre X.________ International SA et X.________ Romania reproduisant le même schéma que pour la relation X.________ SA/X.________ Romania, les droits sur le logiciel 1******** étaient propriété de B.X.________ (…);

- M. A.Y.________ est administrateur de B.X.________ et signe individuellement pour la société; les autres administrateurs, MM. A.________ et C.________ ne sont que des hommes de paille et n’interviennent pas dans la gestion de la société (pièces … d’où il ressort que les administrateurs ne font que réceptionner les contrats conclus par la société ou donner de simples avis sur des questions de droit liechtensteinois sans participer à la gestion de la société);

- Tous les contrats signés entre B.X.________ et ses clients l’ont été de la main de M. A.Y.________. De plus, la plupart des contrats sont signés en Suisse et tous indiquent qu’en cas de litige, le droit suisse est applicable et le for juridique est à Lausanne; enfin, les contrats originaux sont conservés en Suisse, seules les premières et dernières pages étant envoyées au Liechtenstein ( …);

- M. A.Y.________ a, sous sa seule signature, fait ouvrir en date du 18 novembre 1999 la relation de compte no 244226 auprès du Crédit Suisse Morges au nom de B.X.________; selon le formulaire A de la convention de diligence des banques, M. A.Y.________ est le seul et unique ayant droit économique des valeurs patrimoniales déposées sur ce compte et lui seul prend les décisions en matière des placements des avoirs déposés sur le compte (…);

- Le travail administratif de B.X.________ est effectué depuis le bureau de St-Sulpice (…); ainsi, sur la base du programme de base de données Filemaker Pro saisi à St-Sulpice, la DAPE a imprimé une liste des adresses clients de X.________ et un double des factures établies par B.X.________ à ces mêmes clients depuis les locaux de X.________ SA en Suisse, (…);’

- Les doubles des factures de B.X.________, les lettres d’accompagnement et le logiciel de facturation FileMaker Pro ont été retrouvés dans les locaux de X.________ SA, à St Sulpice (…);

- Les factures de X.________ SA et de B.X.________ sont signées par Mme B.Y.________ (…);

- Les relevés de consommation du serveur S.________ pour le service 1********, serveur qui est localisé dans l’immeuble de X.________ SA à St-Sulpice, sont établis pour les clients de X.________ SA et de B.X.________ et indiquent le même site internet (www.X.________.com) et la même adresse Email (marketing@X.________.com) comme adresse de contact; le site internet ne fait aucune référence à des forces de vente ou une quelconque activité du groupe X.________ au Liechtenstein; tout apparaît comme étant dirigé depuis la Suisse (…);

- De nombreux documents sont signés au nom et pour le compte de B.X.________ par M. A.Y.________, par son épouse, Mme B.Y.________ ou par M. L.________, qui était le beau-frère des époux Y.________, tous trois étant domiciliés à l’époque en Suisse, à St-Sulpice (…); en 1999, Q.________, client étranger de X.________, qui jusqu’alors s’adressait à X.________ SA à St-Sulpice a, dans un premier temps, changé de destinataire dans ses courriers, s’adressant alors à B.X.________, mais toujours à St-Sulpice (…); dans sa demande en paiement contre Q.________ pour obtenir une indemnisation pour la localisation du serveur “R.________” dans ses locaux, X.________ a demandé une indemnité pour les années 1997 à 2000 alors que dès 1999, c’est X.________ International SA qui facturait le service S.________ à Q.________ (…);

- Les recettes ainsi que les dépenses courantes de B.X.________ ont toujours été encaissées respectivement décaissées des comptes ouverts auprès du Crédit Suisse à Morges, no ********. Aucun autre compte bancaire ne figure au bilan de B.X.________ (…);

- Les seuls frais payés par B.X.________ pour des prestations au Liechtenstein sont des frais de domiciliation. Tous les autres frais payés à des tiers et comptabilisés dans les comptes de B.X.________ sont des dépenses effectuées en Suisse ou en dehors du Liechtenstein à l’occasion de voyages. Les comptes ne font donc mention ni de salaires, ni de commissions; ni de loyers payés au Liechtenstein; par ailleurs, les comptes contiennent des frais de nourriture des employés roumains travaillant en Suisse (les achats répertoriés étant fait principalement à la Migros, Coop et à Aligro pour un montant d’environ 46'000.- pendant l’année 2000 (…);

- Les pièces comptables cohabitaient sans distinction les unes avec les autres dans les locaux de X.________ SA, et ce, jusqu’à leur comptabilisation. Ce n’est qu’après la comptabilisation que les pièces comptables étaient expédiées au Liechtenstein (…);

- Les comptabilités de B.X.________ et de S.________ ont été établies par T.________ SA à Epalinges et non pas par une fiduciaire sise au Liechtenstein (…);

- L’organe de révision de B.X.________ est U________ SA, une société sise à Genève (…);

- Les clients de B.X.________ utilisent le même serveur que les clients de X.________ SA, à savoir le serveur 1********, situé dans les locaux de X.________ SA, à St-Sulpice (…);

- Les comptes ont tenus en francs suisses (…); B.X.________ a réalisé un bénéfice de CHF 1’770’000.- en 2001 et de CHF 1’250’000.- en 2002; l’impôt annuel forfaitaire dû par B.X.________ au Liechtenstein est de CHF 1'000.-; en Suisse, l’impôt approximatif dû pour un tel bénéfice réalisé lors de ces deux exercices aurait été d’environ CHF 840’000.- (…);

- Le 23 juin 2003, B.X.________ a versé à son actionnaire, l’établissement H.________, un dividende de CHF 2'000’000.- grevé d’un impôt de 4%, soit une charge d’impôt de CHF 80’000.-; ce montant à été reversé à la fondation F.________ dont le bénéficiaire économique est également M. A.Y.________ (…); si le dividende avait été versé directement à M. A.Y.________ un impôt d’environ de CHF 700'000,- aurait été dû; la structure mise en place par M. A.Y.________ avait donc pour but de dévier les bénéfices vers une société étrangère alors que celle-ci n’avait aucune justification sur le plan économique pour le groupe X.________, permettant ainsi une économie d’impôt substantielle;

- Hormis le fait que le chiffre d’affaires encaissé provenait essentiellement de l’étranger chez B.X.________ alors qu’il était uniquement réalisé en Suisse pour X.________ SA, on retrouve chez B.X.________ le même système de facturation fictive de X.________ Romania (…) et de comptabilisation de frais d’avion non justifiés commercialement (…); B.X.________, sans disposer des infrastructures nécessaires à son activité, est donc uniquement la réplique liechtensteinoise de X.________ SA, sa seule raison d’être étant de permettre une économie substantielle d’impôt pour la société X.________ SA et partant, pour l’actionnaire ultime de la structure.

Quant aux frais de sous-traitance non probants et aux frais d'avion, le raisonnement de l'autorité intimée pour la reprise, respectivement d'un tiers et de 80% de ces montants, est le même que celui tenu pour X.________.

6.2.3) En l'espèce, cette fois encore, le tribunal fait siens les motifs de l'autorité intimée qu'il juge complets et convaincants. A la lumière de l'enquête menée par le DEF, dont l'ACI a repris les grandes lignes dans sa décision sur réclamation, il ne fait pas de doute que B.X.________ a été créée dans le seul but de permettre à la recourante de diminuer son bénéfice, et ainsi sa charge fiscale. Cette société, au contraire de ce que soutient la recourante, n'avait pas d'existence propre et aucun motif ne justifie qu'elle ait été créée au Liechtenstein. Dans ce contexte, il convient de confirmer, dans son ensemble, la reprise opérée par l'autorité intimée sous ce point, les éléments retenus pour les charges non justifiées commercialement de X.________ s'appliquant mutatis mutandi à cette reprise également.

7.                                Il reste à examiner le dernier objet du litige, soit les amendes prononcées à l'encontre de la recourante.

7.1) Il convient au préalable de déterminer le droit applicable pour la fixation des amendes. Selon la jurisprudence du Tribunal administratif, lorsqu'un contribuable a commis une infraction fiscale sous l'empire de l'ancienne loi et qu'il est jugé après l'entrée en vigueur de la nouvelle loi, il faut appliquer la loi la plus favorable, selon la règle de la lex mitior qui vaut en droit pénal (arrêts FI.2006.0065 du 29 novembre 2006; FI.1999.0016 et FI.1999.0020 du 19 décembre 2000, ainsi que les références citées).

7.1.1) En matière d'impôt fédéral direct, la question de la lex mitior ne se pose pas, dès lors que les périodes litigieuses sont toutes postérieures à l'entrée en vigueur de la LIFD.

7.1.2) En matière d'impôt cantonal et communal, le Tribunal administratif a déjà eu l'occasion de juger qu'en matière de soustraction consommée, l'art. 242 al. 4 LI était plus favorable que l'art. 128 al. 2 let. b aLI qui prévoit un plafond de l'amende beaucoup plus élevé (cinq fois le montant de l'impôt soustrait au lieu de trois fois; cf. arrêt FI.2005.0191 du 12 juillet 2006). En revanche, en matière de tentative de soustraction, il a considéré que l'art. 128 al. 2 let. a aLI était plus favorable que l'art. 243 LI, puisque la première de ces dispositions prévoit que la soustraction est réprimée par une majoration de 10% des éléments soustraits lorsqu'elle est constatée avant la fin de la période de taxation (cf. arrêt FI.2006.0065 du 29 novembre 2006). Dans le cas contraire, si l'infraction n'est constatée qu'après la fin de la période de taxation, l'art. 243 LI se révèle plus favorable.

En l'occurrence, l'amende pour la période 1999 sanctionne une soustraction consommée; les dispositions de la LI qui, comme on l'a vu, sont moins rigoureuses pour le contribuable devraient s'appliquer. Toutefois, comme mentionné, l'autorité intimée n'était pas en droit de poursuivre la recourante pour cette période fiscale, la prescription l'ayant atteinte. L'amende portant sur cette période doit donc simplement être annulée. L'amende pour la période 2000 sanctionne quant à elle une tentative de soustraction; il ne sera toutefois pas fait application de l'art. 128 al. 2 let. a aLI, étant donné que la soustraction a été constatée en 2004, soit après la fin des périodes de taxation, si bien qu'ici encore il sera fait application de l'art. 243 LI. En ce qui concerne finalement les périodes 2001 et 2002, dès lors que ces périodes sont postérieures à l'entrée en vigueur de la LI, la question du droit applicable ne se pose pas.

7.2) Tant en droit fédéral qu'en droit cantonal harmonisé, l’amende est fixée en règle générale au montant de l’impôt soustrait; si la faute est légère, elle peut être réduite jusqu’au tiers de ce montant; si elle est grave elle peut être au plus triplée (art. 175 al. 2 LIFD, 56 al. 1 LHID, 242 al. 2 LI). La tentative est réprimée de l’amende (art. 176 al. 1 LIFD, 243 al. 1 LI), fixée au deux tiers de la peine qui serait infligée si la soustraction avait été commise intentionnellement et consommée (art. 176 al. 2 LIFD, 56 al. 2 LHID, 243 al. 2 LI).

Conformément à l’art. 47 CP, la peine est fixée d’après la culpabilité de l’auteur, en tenant compte de ses antécédents, de sa situation personnelle ainsi que de l'effet de la peine sur son avenir. Le montant de l’amende est ainsi déterminé d’après la situation de l’auteur, de façon à ce que la perte à subir constitue une peine correspondant à sa culpabilité. Pour apprécier la situation de l’auteur, le juge tiendra compte notamment du revenu et du capital, de l’état civil et des charges de famille, de sa profession et du gain qu’elle lui procure, de son âge et de son état de santé (cf. art. 34 CP); il convient notamment d’éviter que l’amende frappe plus durement celui qui est économiquement faible que celui qui est économiquement fort (ATF 114 Ib 27 consid. 4a p. 30/31; 2P.237/2001 du 6 mars 2002, consid. 6.1, et les arrêts cités; arrêts FI.1993.0126 du 17 juillet 2000, consid. 2b; FI.1993.0103 du 1^er novembre 1999, consid. 8c; FI.1997.0158 du 2 juillet 1998, consid. 2b; cf. également la circulaire n°21 de l’Administration fédérale des contributions, relative au rappel d’impôt et au droit fiscal pénal selon la LIFD, reproduite in: Archives 64 p. 539 ss, ch. 2.4).

La peine "ordinaire" - qui correspond au montant de l'impôt soustrait - est généralement prononcée lorsque l’acte punissable a été commis intentionnellement, en l’absence de circonstances aggravantes ou de circonstances atténuantes (cf. Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Art. 1-82 / Art. 83-222, édité par Martin Zweifel et Peter Athanas, Bâle/Genève/Munich 2000, Sieber, n. 45 ad art. 175 LIFD). Par faute grave, il faut comprendre entre autres la récidive de même que l’attitude continuellement récalcitrante du contribuable vis-à-vis des autorités fiscales. Il y a également circonstance aggravante lorsque le contribuable dispose de connaissances fiscales particulières (cf. Circulaire AFC n° 21 du 7.4.1995; RDAF 1996, 32). Quant à la faute légère, elle peut exister dans les cas de circonstances atténuantes mentionnées à l’art. 48 CP (correspondant à l'ancien art. 64). L’attitude coopérative du contribuable lors de l’établissement des faits doit être appréciée sous l’angle d’une atténuation de la faute (cf. Agner/Digeronimo/Neuhaus/Steinmann, op.cit., p. 374 ch. 2.4).

7.3) 7.3.1) En l'occurrence, l'ACI a considéré que l'élément objectif de la soustraction fiscale était réalisé pour les trois reprises effectuées. En effet, en déviant sur une société off-shore une partie importante de son bénéfice et en comptabilisant à tort des charges non justifiées commercialement, la recourante a diminué indûment son bénéfice imposable. Elle a dès lors été taxée sur des montants trop bas et a violé son obligation de déclarer la totalité de ses revenus.

En ce qui concerne l'élément subjectif de l'infraction, l'ACI a retenu qu'il était manifestement réalisé en ce sens que la recourante, agissant par le biais de ses organes, a déposé des déclarations d'impôt inexactes dans le but d'obtenir une taxation trop basse. L'intention de la recourante de diminuer ses revenus pour obtenir une taxation à son avantage peut se lire selon l'autorité intimée dans les actes suivants:

- le système de facturation fictive de A.X.________ à la recourante avait pour but de diminuer son bénéfice imposable et de détourner des montants sur des comptes bancaires dont A.Y.________ était le détenteur économique.

- les frais de location d'avion étaient pour une grande part des frais privés, ce que la recourante ne pouvait ignorer.

- la création de B.X.________ avait pour but de dévier une partie des bénéfices de X.________ vers une entité off-shore.

Enfin, au moment de fixer le montant de l'amende, l'autorité intimée a retenu à décharge que la recourante  n'avait pas d'antécédents en matière pénale fiscale et, à charge, que l'infraction s'était déroulée sur une longue période (huit ans pour l'impôt fédéral, quatre ans pour l'impôt cantonal et communal), que le montant des éléments soustraits étaient conséquents, que la soustraction résultait d'un montage particulièrement astucieux, avec usage de structures étrangères, que des faux avaient été confectionnés, que l'activité incriminée avait notamment pour but de favoriser un actionnaire et que la recourante s'était adjoint les services de professionnels pour réaliser son montage. Considérant ces éléments, l'ACI a qualifié la faute de la recourante de grave et a fixé l'amende à une fois et demi le montant de l'impôt soustrait pour les années de soustraction consommée et a réduit cette quotité d'un tiers pour les années de soustraction tentée.

7.3.2) La recourante soutient en ce qui concerne le montant de l'amende que si elle devait être condamnée pour soustraction d'impôt consommée ou tentée, il conviendrait de tenir compte des circonstances atténuantes suivantes:

- l'influence de professionnels dans les décisions prises par X.________ lorsqu'elle a créé les personnes morales off-shore.

- l'absence d'antécédents pénaux fiscaux.

- l'écoulement du temps relativement long depuis la commission des actes.

Compte tenu de ce qui précède, la recourante estime que le montant de l'amende ne devrait pas être supérieur à une fois le montant de l'impôt soustrait pour la soustraction consommée et à 50% de ce montant pour la soustraction tentée.

7.3.3) Dans sa réponse, l'ACI a encore relevé ce qui suit sur les arguments de la recourante:

"M. A.Y.________, actionnaire et administrateur de X.________ SA, tente de minimiser sa responsabilité dans la présente affaire et de la reporter sur ses mandataires; D’une part, il faut noter que, de toute évidence, M. A.Y.________ n’est de loin pas aussi naïf et ignorant qu’il semble le prétendre. On rappelle qu’il est ingénieur, titulaire d’un MBA et un entrepreneur averti (toutes les coupures de journaux produites louent le succès exceptionnel de son entreprise X.________). D’autre part, notre administration relève que, de jurisprudence constante, les actes des mandataires doivent être imputés au contribuable. M. A.Y.________, qui s’est adjoint les services de professionnels de la fiscalité pour mettre sur pied les structures qui lui sont reprochées aujourd’hui, ne peut sérieusement soutenir qu’il n’avait pas compris, ni voulu les conséquences fiscales liées auxdites structures et aux moyens utilisés, notamment l’utilisation de fausses factures pour diminuer le résultat imposable de sa société suisse. Le fait de s’adjoindre les services de professionnels de la fiscalité dans le but de réaliser des économies d’impôt indues est plutôt un facteur aggravant qu’une circonstance atténuante. On s’aperçoit de plus, au cours de la procédure, que M. A.Y.________, animateur du groupe X.________, ne montre aucune volonté de régulariser sa situation et celle de ses sociétés sur le plan fiscal: d’une part la société n’a pas fourni de comptes définitifs pour les années qui ont suivi le contrôle et a présenté des résultats provisoires en chute libre malgré le succès auto-proclamé dans tous les journaux; d’autre part, la société liechtensteinoise, toujours existante, a engagé un responsable du marketing domicilié en Suisse, alors que pour justifier d’une réelle présence économique au Liechtenstein, elle aurait dû avoir de véritables ressources dans ce pays. Aussi, compte tenu de ce qui précède, notre administration ne peut que confirmer la quotité d’amendes prononcée à l’encontre de la société, cette quotité tenant d’ailleurs compte du temps écoulé depuis le début de l’enquête. Il est en effet rappelé que l’administration fiscale pourrait fixer une amende pouvant aller jusqu’à trois fois l’impôt soustrait et, dans le cas présent, l’autorité fiscale considère que, compte tenu de la gravité des faits incriminés, la fixation d’une quotité à une fois et demie tient déjà compte de toutes les circonstances et notamment de l’écoulement du temps."

7.4) En l'espèce, à l'exception de la période fiscale 1999, le montant des amendes prononcées par l'autorité intimée doit être confirmé. Ces amendes restent dans le cadre légal et elles ne sont pas fondées sur des critères étrangers à l'art. 47 CP. L'ACI a clairement exposé tant les éléments qui pouvaient être retenus à charge de la recourante que ceux pouvant s'avérer être à sa décharge. En cela, elle a opéré une juste application des principes décrits ci-dessus. En outre, compte tenu de l'importance des reprises résultant avant tout de la complexité du montage mis en œuvre par la recourante, la quotité de l'amende fixé à une fois et demi le montant de l'impôt soustrait est tout à fait justifiable et justifié.

8.                                En conclusion, le recours doit être très partiellement admis et la décision attaquée réformée.

Malgré l'admission très partielle du recours, la recourante succombe néanmoins sur tous les points qu'elle a relevés. Elle supportera donc l'entier des frais de justice.

Par ces motifs
 la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:

I.                                   Le recours est très partiellement admis.

II.                                 La décision sur réclamation du 4 décembre 2008 est réformée comme suit:

"I. admet très partiellement la réclamation.

II. La décision du 11 octobre 2007 de rappel d'impôt et de taxation définitive et le prononcé d'amendes concernant l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice des périodes fiscales 1999, 2000, 2001 et 2002, et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice des périodes fiscales 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001 et 2002 est réformée comme suit:

A.           En matière d’impôt cantonal et communal

I.            procède au rappel de l’impôt cantonal et communal et à la taxation définitive suivants à l’endroit de X.________ SA, société contribuable 7’370/527:

Impôts sur le bénéfice

Compléments d’impôt correspondant à la différence entre les éléments imposables et les éléments imposés et déclarés

 

Années	Canton	Commune	Total
		St-Sulpice
	Fr.	Fr.	Fr.
1999	SUPPRIMER
2000	171'891.90	66'624.8	238'516.70
2001	366'963.70	156'457.40	523'421.10
2002	357'049.45	166'069.50	523'118.95
Totaux	895'905.05	389'151.70	1'285'056.75

 

Récapitulation générale (canton et commune)	Totaux
	Fr.
Compléments d'impôt cantonal	895'905.05
Complément d'impôt communal	389'151.70
Total des compléments d'impôts	1'285'056.75

 

II.            prononce à l'encontre de X.________ SA, société contribuable 7'370/527, des peines d'amendes de

a) supprimer

b) Fr. 238'500.-- (deux cent trente huit mille cinq cents francs) pour les soustractions d’impôt cantonal et communal tentées durant la période fiscale 2000, à savoir:

Fr.        171'900.--          pour le canton et

Fr         66'600.--           pour la commune de St-Sulpice,

c) Fr. 523'400.-- (cinq cent vingt trois mille quatre cents francs) pour les soustractions d’impôt cantonal et communal tentées durant la période fiscale 2001, à savoir:

Fr.        366'900.--          pour le canton et

Fr         156'500.--          pour la commune de St-Sulpice,

d) Fr. 523'100.-- (cinq cent vingt trois mille cent francs) pour les soustractions d’impôt cantonal et communal tentées durant la période fiscale 2002, à savoir: -

Fr.        357'000.--          pour le canton et

Fr         166'100.—        pour la commune de St-Sulpice,

 

Récapitulation des amendes cantonales et communales	Totaux
	Fr.
Amendes cantonales	895'800.00
Amendes communales	389'200.00
Total des amendes	1'285'000.00

Elle est confirmée pour le surplus.

III.                                Les frais de justice sont arrêtés à 10'000 (dix mille) francs, à la charge de X.________ SA.

IV.                              Il n'y a pas lieu à l'allocation de dépens.

Lausanne, le 4 août 2010  

                                                          Le président:                                      
                                                                                                                 

Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.