TRIBUNAL CANTONAL

COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC

Arrêt du 16 mars 2012

Composition

M. Robert Zimmermann, président; MM. Alain Maillard et Bernard Jahrmann, assesseurs; M. Patrick Gigante, greffier.

Recourante

X.________ SA, à Lausanne, représentée par Arthur Glanzmann, expert fiscal, à Lucerne.

Autorité intimée

Administration cantonale des impôts, à Lausanne.

Autorité concernée

Administration fédérale des contributions, Division principale DAT, à Berne.

Objet	Impôt cantonal et communal (sauf soustraction) - Impôt fédéral direct (sauf soustraction)
	Recours X.________ SA c/ décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts du 27 juin 2011

Vu les faits suivants

A. X.________ SA (ci-après: X.________) est inscrite au Registre du commerce depuis le 24 avril 1987; elle a pour but: «opérations immobilières». Y.________ en est l’administrateur unique. Le capital-actions de cette société est de 100'000 fr. divisé en 1'000 actions nominatives de 100 fr. chacune. Jusqu’en 2003, il était détenu par A. Z.________, A.________ et B.________ SA. Cette dernière société, dont le but était: «promotion, gestion et gérance dans le domaine immobilier, commercial et financier; opérations immobilières, gestion et surveillance de portefeuilles d'assurances», a été déclarée en faillite le 10 juin 2004. Sa liquidation ayant été suspendue faute d’actifs, elle a été radiée d’office. Depuis lors, les actions de X.________ ont été cédées à des tiers, soit C.________, à 1********, puis D.________, à 2********.

Le 2 octobre 2001, X.________ a acquis aux enchères forcées la parcelle n° 1*** du chapitre cadastral de 3******** au prix de 62'500 fr. Sur cet immeuble, d’une surface de 20'277 m², se dresse un bâtiment n° 2***, de 1'906 m². Son précédent propriétaire, A. Z.________, avait concédé à X.________ le 30 avril 1987 un droit de superficie sur cet immeuble, afin que celle-ci y réalise un musée. A l’époque de la vente forcée, l’estimation fiscale de cet immeuble se montait à 3'962'000 francs.

B. Le 22 décembre 2005, X.________ a déclaré, pour l’année 2003, un bénéfice imposable de 523'900 fr. et un capital imposable de 100'000 francs. Le même jour, elle a déclaré, pour l’année 2004, un bénéfice imposable de 2'310 fr. et un capital imposable de 102'310 francs. Le 16 mai 2006, l’Office d’impôt des personnes morales (ci-après: l’office d’impôt) a procédé à une demande de pièces.

Le 4 octobre 2006, X.________ a déclaré, pour l’année 2005, un bénéfice imposable de 1'311 fr. et un capital imposable de 103'796 francs. Le 2 octobre 2007, elle a déclaré, pour l’année 2006, un bénéfice imposable de 1'036 fr. et un capital imposable de 104'832 francs.

Le 23 juin 2008, l’office d’impôt a arrêté à 3'023'900 fr. le bénéfice imposable de X.________ et à 100'000 fr. son capital imposable pour l’année 2003. Plusieurs reprises ont été opérées dans les comptes de cette société, dont un amortissement sur mobilier de 100'000 fr. et le versement à A.________ d’une indemnité de 2'400'000 fr. à titre de dédommagement.

Le 24 juin 2008, l’office d’impôt a rendu trois autres décisions. Il a arrêté à 21'300 fr. le bénéfice imposable de X.________ et à 100'000 fr. son capital imposable; un amortissement sur mobilier de 30'000 fr. a été repris dans les comptes. Il a fixé le bénéfice imposable de la société pour l’année 2005 à 1'311 fr. et le capital imposable à 100'000 fr. Le bénéfice imposable pour 2006 a été fixé à 11'000 fr. et le capital imposable à 100'000 fr.; un amortissement de 10'000 fr. sur le mobilier a été repris dans les comptes.

X.________ a formé réclamation contre ces décisions de taxation. Ses représentants ont été auditionnés à plusieurs reprises à l’office d’impôt. Le 25 juin 2009, l’office d’impôt a formulé une proposition de règlement par laquelle les décisions de taxation étaient maintenues. X.________ ne s’étant pas déterminé, ses réclamations ont été transmises à l’Administration cantonale des impôts (ci-après: ACI), comme objet de sa compétence. Le 27 juin 2011, l’ACI a rejeté la réclamation et a arrêté, pour l’année 2003, le bénéfice imposable de X.________ à 3'323'900 fr, au lieu de 3'023'900 fr., et son capital imposable à 100'000 francs.

C. X.________ a recouru contre cette dernière décision, dont elle demande l’annulation.

L’ACI propose le rejet du recours et la confirmation de la décision attaquée.

Dans sa réplique, X.________ maintient ses conclusions.

D. Le Tribunal a statué à huis clos, par voie de circulation.

Considérant en droit

1. Le litige a trait en l’espèce aux reprises opérées par l’autorité intimée dans les comptes de la recourante, afin de déterminer le bénéfice imposable durant la période de taxation 2003. Il a trait aussi bien à l’impôt cantonal et communal sur le revenu et la fortune qu’à l’impôt fédéral direct. S’agissant de l’impôt cantonal et communal, la loi sur les impôts directs cantonaux, du 4 juillet 2000 (LI; RSV 642.11) a abrogé la loi homonyme, du 26 novembre 1956 (aLI), dès son entrée en vigueur le 1^er janvier 2001 (art. 278 et 279 LI). Elle est donc applicable à la période ici en cause. S’agissant de l’impôt fédéral direct, la loi fédérale y relative, du 14 décembre 1990 (LIFD; RS 642.11) a abrogé l’arrêté du Conseil fédéral concernant la perception d’un impôt fédéral direct, du 9 décembre 1940 – AIFD (art. 201 LIFD), dès son entrée en vigueur le 1^er janvier 1995. Elle est donc également applicable. A l’image de l’autorité intimée et comme la jurisprudence lui permet de le faire, le Tribunal tranchera les recours aussi bien pour ce qui concerne l’impôt cantonal et communal, d’une part, et l’impôt fédéral direct, d’autre part (ATF 131 II 553 consid. 4.2 p. 559; 130 II 509 consid. 8.3 p. 511).

2. La recourante requiert la convocation d’une audience afin de pouvoir exprimer verbalement ses arguments.

a) Les parties ont le droit d'être entendues (art. 29 al. 2 Cst. et 27 al. 2 Cst./VD). Cela inclut pour elles le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à leur détriment, de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur la décision, d'avoir accès au dossier, de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277; 132 II 485 consid. 3.2 p. 494; 132 V 368 consid. 3.1 p. 370/371, et les arrêts cités). Le droit d'être entendu s'exerce essentiellement en rapport avec les faits de la cause. Il n’implique pas que les parties se voient réserver la faculté de s’exprimer sur l’appréciation des faits ou sur l’argumentation juridique que l’autorité se propose de retenir à l’appui de la décision à prendre (ATF 132 II 257 consid. 4.2 p. 267, 485 consid. 3.4 p. 495; 129 II 497 consid. 2.2 p. 505). Il n’est fait exception à cette règle que lorsque l'autorité envisage de fonder sa décision sur une norme ou un motif juridique non évoqué dans la procédure antérieure et dont aucune partie en présence ne s'est prévalue et ne pouvait supputer la pertinence, que la situation juridique a changé ou que l'autorité dispose d'un pouvoir d'appréciation particulièrement étendu (ATF 129 II 497 consid. 2.2 p. 505). En outre, l'autorité peut renoncer au moyen de preuve offert par une partie, pour autant qu'elle puisse admettre sans arbitraire que ce moyen n'aurait pas changé sa conviction (ATF 131 I 153 consid. 3 p. 157; 130 II 425 consid. 2.1 p. 429; 124 I 241 consid. 2 p. 242, et les arrêts cités). Pour le surplus, les parties à la procédure de recours ont le droit de recevoir toutes les écritures déposées et disposent en principe du droit de répliquer aux arguments des parties adverses (ATF 133 I 98, 100; ATF 2C_688/2007 du 11 février 2008).

Devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal, la procédure est en principe écrite (art. 27 al. 1 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative – LPA-VD; RSV 173.36; en vigueur depuis le 1^er janvier 2009). Les parties participent à l'administration des preuves (art. 34 al. 1 LPA-VD). L’autorité peut recourir à l’audition des parties et aux témoignages (art. 29 al. 1 let. a et f LPA-VD). Elle n'est toutefois pas liée par les offres de preuves formulées par les parties (art. 28 al. 2 LPA-VD); elle doit examiner les allégués de fait et de droit et administrer les preuves requises, si ces moyens n'apparaissent pas d'emblée dénués de pertinence (art. 34 al. 3 LPA-VD). Les art. 29 al. 2 Cst. et 27 al. 2 Cst./VD n’accordent en effet pas à la partie dans la procédure devant la juridiction administrative le droit inconditionnel d’être entendu oralement, ni celui d’obtenir l’audition de témoins ou la mise en œuvre d’une expertise, à moins que soit en cause l’examen personnel de la partie en cause (ATF 134 I 140 consid. 5.3 p. 148; 122 II 464 consid. 4c p. 469/470).

b) En l’espèce, le Tribunal peut se dispenser de l’audience réclamée par la recourante et s’en tenir à une procédure exclusivement écrite. La recourante s’est exprimée par écrit à deux reprises; on ne retire pas de ses explications qu’une audience doive être tenue. Les faits sont établis et le litige a trait à des questions d’ordre exclusivement juridique, que le Tribunal examine avec un plein pouvoir d’examen (art. 98 LPA-VD). Dès lors, par appréciation anticipée des preuves, le Tribunal s’estime en mesure de statuer en connaissance de cause, en se dispensant de convoquer une audience aux fins de recueillir les explications orales des représentants de la recourante.

c) Toujours s’agissant du droit d’être entendu, la recourante se plaint en substance de ce que la possibilité de s’exprimer oralement ne lui aurait pas été offerte par l’autorité intimée avant que celle-ci ne statue. On doit lui objecter à cet égard qu’après le dépôt de la réclamation, ses représentants ont été reçus à plusieurs reprises par ceux de l’office d’impôt, conformément aux art. 182 al. 1 LI, qui confère à chaque contribuable la faculté d’être entendu par l'autorité de taxation, afin de fournir la justification complète et détaillée de sa déclaration, et 187 al. 1, 1^ère phrase, LI qui exige de l'autorité de taxation qu’elle entende le contribuable si celui-ci le demande ou si elle le juge nécessaire. Une fois la réclamation transmise à l’autorité intimée, celle-ci a adressé à la recourante, le 25 juin 2009, une proposition de règlement, conformément à l’art. 188 al. 1 LI, à laquelle celle-ci n’a pas daigné répondre. On rappelle sur ce point que les parties sont tenues de collaborer à la constatation des faits dont elles entendent déduire des droits (art. 30 al. 1 LPA-VD). Lorsque les parties refusent de prêter le concours qu'on peut attendre d'elles à l'établissement des faits, l'autorité peut statuer en l'état du dossier (ibid., al. 2). Dans ces conditions, la recourante ne s’étant pas manifestée après l’envoi de la proposition de règlement, l’autorité intimée pouvait se dispenser d’auditionner ses représentants, sans pour autant violer les garanties procédurales offertes au contribuable (v. au surplus, arrêt FI.2004.0118 du 17 mai 2005).

3. Avant d’aborder les questions d’ordre matériel soulevées par le recours, il importe de rappeler quelques principes procéduraux de la taxation en impôt direct.

a) Le contribuable, personne physique ou morale, a l'obligation de déposer une déclaration complète et exacte au début de chaque période fiscale ou au début de l'assujettissement (art. 124 al. 2 LIFD et 173 al. 1 LI). Cette obligation présente à la fois un côté formel et un côté matériel. D'un point de vue formel, la déclaration, faite sur un formulaire officiel, doit être complète et signée par le contribuable et déposée dans le délai imparti par la loi; en outre, elle doit être accompagnée des annexes. D'un point de vue matériel, le contribuable est tenu d'indiquer tous les éléments constitutifs de l'obligation fiscale (v. Denis Berdoz/Marc Bugnon, in: Les procédures en droit fiscal, 2^ème édition OREF, Berne/Stuttgart/Vienne 2005, pp. 628-629). Selon la jurisprudence constante, la procédure de taxation est régie par la maxime inquisitoriale (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 255), laquelle est également applicable dans le cadre de la procédure de recours (art. 142 al. 4 LIFD; 172 al. 1 LI). L’invocation de l'art. 6 CEDH, disposition dont la jurisprudence a, notamment, tiré le droit de tout prévenu de se taire durant son procès, est dénué de pertinence, car cette disposition ne s'applique qu'aux procédures de droit pénal fiscal et non aux procédures purement fiscales, telles la procédure de taxation et le rappel d’impôt (ATF 132 I 140 consid. 2.1 pp.145/146; 121 II 257 consid. 4b p. 264, et les références citées). De façon générale, le contribuable a une obligation de collaboration; il doit renseigner l'autorité fiscale sur tous les faits pertinents; il doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte. Conformément aux articles 126 al. 2 LIFD et 176 LI, il doit en particulier produire, à la demande de l'autorité de taxation, les livres comptables, les documents et pièces justificatives en sa possession (ATF 133 II 114 consid. 3.2 et 3.3 p. 116/117; arrêt FI.2004.0038 du 18 avril 2006, consid. 4a).

b) L'autorité de taxation vérifie d'office le contenu de la déclaration; elle est tenue à cet égard par la maxime inquisitoire; il lui appartient d'établir tous les faits pertinents pour trancher la question qui lui est soumise pour aboutir à une taxation complète et exacte (ATF 2C_76/2009 du 23 juillet 2009, in Revue fiscale 2009 p. 834; cf. en outre Martin Zweifel, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2b, 2^ème édition, Bâle 2008, n° 2 ad 130 LIFD; Isabelle Althaus-Houriet, in Commentaire de la loi sur l’impôt fédéral direct, Bâle 2008, nos 2 et 3 ad 130 LIFD, réf. citées). Lorsque la déclaration remise est dûment remplie et accompagnée des annexes requises, les éléments imposables peuvent en théorie être déterminés, sans qu'il soit nécessaire de procéder à d'autres recherches. L'autorité de taxation peut ainsi se fier aux indications figurant dans la déclaration ou aux renseignements fournis par le contribuable s'ils sont crédibles et complets et ne sont pas affectés de contradictions (Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 4^ème éd., Berne 2002, p. 397). Celui-ci est en effet censé connaître sa propre situation et la présenter de manière correcte; sa déclaration bénéficie en conséquence à cet égard d'une présomption naturelle d'exactitude (Berdoz/Bugnon, ibid.). Lorsqu'en revanche, l'autorité a des doutes quant à l'exactitude de la déclaration d'impôt, elle doit entreprendre des investigations; en vertu des articles 130 al. 1 LIFD et 172 al. 2 LI, elle peut élucider les faits et recueillir les preuves nécessaires (Heinz Masshardt, Kommentar zur direkte Bundessteuer, 2. Auflage, Zurich 1985, ad 88 AIFD n° 1; références citées). Il reste que la taxation doit reposer sur une appréciation consciencieuse et s’approcher le plus possible de la réalité (Berdoz/Bugnon, op. cit., p. 659).

c) L'autorité apprécie les preuves librement sur la base des éléments recueillis dans la procédure et selon son intime conviction. L'obligation faite au contribuable de collaborer à l'établissement de la taxation trouve cependant sa contrepartie dans le droit de participer à la procédure; l'occasion doit lui être procurée d'offrir des preuves et de participer à l'administration de celles qui seront ordonnées (Berdoz/Bugnon, pp. 624-625). Quant au fardeau de la preuve, on retire de l'art. 8 CC, applicable par analogie en matière fiscale, qu'il appartient à l'autorité fiscale d'établir les faits qui fondent la créance d'impôt ou qui l'augmentent. Le contribuable doit, quant à lui, démontrer de façon générale que les indications figurant dans sa déclaration sont exactes; de même, il a la charge d'alléguer et prouver les faits qui suppriment ou réduisent la créance fiscale (ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266; 92 I 253; arrêts FI.2005.0206 du 12 juin 2006, consid. 8b; FI.2004.0038, précité, consid. 4d et e; FI.2002.0045 du 10 mars 2003, consid. 3a/bb). Ainsi, la justification commerciale des dépenses revendiquées en déduction d’une recette doit être établie par le contribuable; ce principe est issu de l'art. 8 CC, selon lequel chaque partie doit alléguer et prouver les faits dont elle entend déduire son droit, disposition applicable par analogie en matière fiscale (v. Xavier Oberson, in: Les procédures en droit fiscal, 2^ème éd. OREF, 2005, p. 723).

L'autorité doit déterminer d'office tous les éléments pertinents en vue de la taxation et ceci, même en cas de violation de son obligation de coopérer par le contribuable (Ryser/Rolli, op. cit., p. 461-462; arrêt FI.2004.0038, précité, consid. 4b). Dès lors, si des indices précis rendent vraisemblable l'existence des conditions fondant l'obligation fiscale, l'autorité peut sans arbitraire exiger du contribuable qu'il apporte la preuve du contraire (cf. ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266; 92 I 253; Archives 64 493 consid. 3c; v. en outre Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 3^ème éd., Bâle/Genève/Munich 2007, § 22/n° 9, pp. 442-443).

d) Le fisc et le contribuable sont donc tenus de collaborer dans l'administration des preuves, soit en précisant les allégations qu'il appartient à la partie chargée de la preuve de détruire, soit en apportant des preuves ou indices positifs contraires ; l'omission ou l'échec de ces preuves contraires peut être considéré comme un indice suffisant de la véracité des allégations de la partie adverse si celles-ci sont vraisemblables. Le Tribunal cantonal a sur ce point les mêmes compétences que l'autorité de taxation (articles 142 al. 4 LIFD et 201 LI). Il peut demander un complément d'instruction et apprécie librement les preuves apportées par les parties (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40 et les arrêts cités). Confronté à des actes émanant du contribuable, le juge peut s'en tenir à la formulation utilisée par l'intéressé, celui-ci ayant toutefois la faculté de rapporter la preuve du contraire; par exemple, les rapports de droit et les actes juridiques doivent être attribués (sous réserve de preuve contraire) à celui au nom duquel ils sont établis, tels des versements effectués sur le compte d'une société, qui sont présumés constituer des recettes de celle-ci (cf. Archives de droit fiscal 58, 516; 47, 536; TA, arrêts FI.2005.0003 du 21 juin 2005; FI.1991.0036, du 6 octobre 1993).

4. L’impôt sur le bénéfice frappe l’augmentation des fonds propres constatée durant la période fiscale (Robert Danon, in Commentaire romand de la LIFD, Bâle 2008, ad art. 57-58 LIFD n° 1, réf. citées). Le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l’exercice précédent (art. 58 al. 1 let. a LIFD; 94 al. 1 let. a LI), de même que tous les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de pertes et profits, qui ne servent pas à couvrir des frais généraux autorisés par l’usage commercial, tels que les amortissements et les provisions qui ne sont pas justifiés par l’usage commercial et les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l’usage commercial (art. 58 al. 1 let. b, 2^ème et 5^ème tirets, LIFD; 94 al. 2 let. b, 2^ème et 5^ème tirets, LI). Une dépense dûment comptabilisée est justifiée par l’usage commercial lorsqu’il existe entre celle-ci et l’activité commerciale exercée par l’entreprise une connexité objective (Danon, ibid., n° 65).

Aux articles 58 al. 1 let. a LIFD, 54 al. 1 let. a aLI, 94 al. 1 let. a LI, le législateur a consacré par ailleurs le principe de périodicité de l’impôt. Selon celui-ci, le bénéfice réellement obtenu durant l’exercice commercial doit être soumis à l’impôt. Cela suppose que le bénéfice ne soit pas réduit par des charges autres que celles effectivement afférentes à la période fiscale concernée (ATF 137 II 353 consid. 6.4.4 et 6.4.5 pp.364/365; ATF 2C_272/2011 du 5 décembre 2011, in RF 2012, p. 127; ATF 2C_429/2010 du 9 août 2011, in RF 2011 p. 865; cf. en outre Peter Brülisauer/Flurin Poltera, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2a, 2ème éd., Bâle 2008, ad art. 58 LIFD, n° 41; Danon, op. cit., n° 57; références citées). En outre, les comptes annuels de la société anonyme sont dressés conformément aux principes généralement admis dans le commerce; ils doivent être complets, clairs et faciles à consulter (art. 662a et 959 CO). Si ces principes ne sont pas respectés et que le compte de résultats ne reflète pas le bénéfice réel de la société anonyme, le résultat doit être corrigé en faveur comme au détriment du contribuable (Francis Cagianut, Bedeutung der kaufmännischen Buchhaltung und Bilanz im Steuerrecht, in: Archives de droit fiscal 37 p. 137 ss, not. 142).

En l’absence de lacune matérielle ou d’irrégularité formelle propre à mettre en doute la force probante d’une comptabilité, celle-ci bénéficie, en principe, d’une présomption d’exactitude à l’égard du fisc (ATF 137 II 353 consid. 6 pp. 359/360; 136 II 88 consid. 3.2-3.4 pp. 92-94; 134 II 207 consid. 3.3 p. 211; 106 Ib 311 consid. 3c et d p. 315ss). Cette exigence de conformité aux règles comptables présuppose toutefois que la loi fiscale y renvoie expressément, comme c’est en principe le cas pour l’estimation du bénéfice comptable des personnes morales (ATF 134 II 207 consid. 3.3 p. 211/212, et les arrêts cités). Suivant l’art. 58 al. 1 let. b LIFD en effet, les charges de l’entreprise doivent être réintégrées au bénéfice imposable lorsque celles-ci ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l’usage commercial (Danon, ibid., n° 64). Une dépense dûment comptabilisée est justifiée par l’usage commercial lorsqu’il existe entre celle-ci et l’activité commerciale exercée par l’entreprise une connexité objective (ibid., n° 65). Cette connexité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial (ATF 136 II 88 consid. 3.1 p. 92). La dépense sans relation avec l’activité de l’entreprise ne sera dès lors pas déductible; il s’agira dans ce cas d’une prestation appréciable en argent (Pierre-Marie Glauser, Apports et impôt sur le bénéfice, Zurich 2005, p. 100).

5. La recourante s’en prend tout d’abord à la reprise par l’autorité intimée de la provision comptabilisée au titre d’amortissement sur du mobilier qui lui aurait été vendu par A. Z.________.

a) En droit commercial, les amortissements sont la constatation comptable de la perte subie par la valeur d'actifs immobilisés qui se déprécient avec le temps (ATF 136 II 88 consid. 3.2-3.4 pp. 92-94, considé 4.4 p. 96; v. Chambre fiduciaire, Manuel suisse d'audit 1998, tome 1, n° 2.3508 p. 261). Le poste d'actif concerné est diminué pour tenir compte de sa dépréciation. Des amortissements, corrections de valeur et provisions pour risques et charges sont effectués dans la mesure où ils sont nécessaires selon les principes généralement admis dans le commerce (art. 669 al. 1, 1^ère phrase, CO). Selon les art. 28 et 62 LIFD, 99 LI, les amortissements des actifs, justifiés par l'usage commercial, sont autorisés, à condition que ceux-ci soient comptabilisés ou, à défaut de comptabilité tenue selon l'usage commercial, qu'ils apparaissent dans un plan spécial d'amortissements. En général, les amortissements sont calculés sur la base de la valeur effective des différents éléments de fortune ou doivent être répartis en fonction de la durée probable d'utilisation de chacun de ces éléments (art. 28 al. 2, 62 al. 2 LIFD). Cet alinéa constitue une exception limitée au principe de périodicité selon lequel l'amortissement doit porter sur la diminution de valeur ayant lieu durant la période de calcul (ATF 137 II 353 consid. 6.4 p. 360; 132 I 175 consid. 2.2 pp. 177-179; cf. Markus Reich/Marina Züger, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2a, n° 14 ad art. 28 LIFD et les références de jurisprudence citées). Contrairement aux art. 665 et 667 al. 2 CO, le droit fiscal n’opère aucune distinction entre amortissement d’un actif immobilisé et correction de valeur d’un actif circulant; cette dernière qualification sera toutefois retenue lorsque la perte de valeur est temporaire, de sorte que les corrections de valeur effectuées sur des actifs circulant sont assimilées à des provisions (Danon, op. cit., ad art. 62 LIFD, n° 7). Le principe de l’évaluation individuelle de chaque poste du bilan a pour conséquence qu’un amortissement excessif doit être réintégré dans le bénéfice imposable (Danon, op. cit., ad 57-58 LIFD, n° 49).

Selon les art. 29 al. 1 let. b, 63 al. 1 let. b LIFD et 100 al. 1 let. b LI, des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour les risques de pertes sur des actifs circulants, notamment sur les marchandises et les débiteurs. Les provisions qui ne se justifient plus sont ajoutées au revenu commercial imposable (art. 29 al. 2, 63 al. 2 LIFD et 100 al. 2 LI), contrairement aux amortissements dont le caractère est définitif.

b) En l’occurrence, la recourante revendique la comptabilisation, dans ses charges, d’un amortissement de 100'000 fr. en relation avec l’acquisition pour 1'000'000 fr. de mobilier appartenant à la famille Z.________. La recourante a activé la valeur de ce mobilier à son bilan, pour la première fois durant l’exercice 2003. En outre c’est seulement en 2007 qu’elle a fait établir par l’Etablissement cantonal d’assurance contre l’incendie une couverture mobilière à hauteur de 900'000 fr. De ses explications, on retient cependant qu’elle aurait fait l’acquisition de ce mobilier antérieurement, mais à une date qu’elle ne peut établir. Des documents versés au dossier, il ressort qu’en 1985, A. Z.________ et A.________ avaient passé avec la Commune de 3******** une convention par laquelle ils s’engageaient à réhabiliter le bâtiment, inachevé et fortement endommagé, construit par le premier. A. Z.________ s’est alors associé à des promoteurs, avec lesquels il a constitué la société recourante, à laquelle il a concédé en 1987 un droit de superficie aux fins d’achever le musée qu’il projetait d’aménager. Durant les travaux, alors que le musée était sur le point d’être achevé, A. Z.________ détenait sans doute contre la recourante une créance de 1'211'580 fr. entièrement compensée par une créance de celle-ci à l’endroit de l’intéressé (cf. procès-verbal de l’assemblée générale du 24 août 1988). En outre, il est avéré que les consorts Z.________ ont réglé une somme de 1'000'000 fr. au moment de la cession de la parcelle n° 1***, par l’utilisation de l’acte de cautionnement du Crédit Suisse destiné à garantir les engagements pris à l’égard de la commune de 3********. A aucun moment cependant, il n’a été question entre les parties de cession de mobilier. Par la suite, la recourante est entrée en conflit avec les consorts Z.________, obtenant même leur évacuation pour défaut de paiement du loyer, le recours de ceux-ci ayant définitivement été rejeté par arrêt de la Chambre des recours du Tribunal cantonal du 25 octobre 1995. Or, à l’exception d’une correspondance du 22 novembre 1993 dans laquelle les consorts Z.________ font part de leurs prétentions ensuite de défauts de construction du bâtiment abritant le musée, ceux-ci n’ont jamais émis de prétention en compensation à l’égard de la recourante, en relation avec l’acquisition ou la détention de mobilier pour un montant de 1'000'000 fr. Il n’en est même nullement question dans la requête dont ils ont saisi le Tribunal des baux, le 20 mars 1995, pour s’opposer à leur expulsion. Quoi qu’il en soit, la recourante n’a produit aucun document probant à cet égard. Toutes les factures produites par elle ont du reste trait à des installations fixes liées à l’immeuble; aucune d’entre elles n’atteste de l’acquisition de mobilier ou de matériel. On l’a dit plus haut, la police ECA a été établie en 2007, soit plus de deux ans après le dépôt de la déclaration et postérieurement à la demande de pièces de l’autorité de taxation. Ce document, en vigueur depuis le 15 mai 2008, n’est donc pas déterminant. Il en va de même de l’attestation de F.________, ancien administrateur de la recourante, établie en 2009, dont le contenu est sans doute sommaire mais dont on retire qu’il ne s’agissait pas seulement de mobilier mais aussi d’aménagements intérieurs liés à l’immeuble. Quant à la déclaration d’impôt personnelle de A.________, elle n’est pas davantage déterminante. On gardera à l’esprit que ce dernier a été taxé d’office le 12 janvier 2005, pour défaut de déclaration durant l’année 2003, d’une part, et qu’il n’a rempli son obligation de collaboration en déposant sa déclaration que bien plus tard, le 18 mai 2009, d’autre part.

Par conséquent, à supposer même que l’actif correspondant à cette écriture fût réel et non fictif, aucun élément ne permet d’en documenter la contre-valeur. Dès lors, le recours ne peut, sur ce premier volet, qu’être rejeté.

6. En second lieu, la recourante conteste la reprise, dans ses comptes, de l’indemnité de 2'400'000 fr. versée à A.________ à titre de dédommagement. Pour l’autorité intimée, il s’agirait d’une prestation appréciable en argent qui s’expliquerait seulement par la relation qu’entretient la recourante avec son ancien actionnaire.

a) La notion de b¿éfice net imposable comprend notamment les prestations appréciables en argent faites par la société, sans contreprestation, à ses actionnaires, aux membres de l’administration ou à d’autres organes, ou encore à toute personne la ou les touchant de près et qu’elle n’aurait pas faites dans les mêmes circonstances à des tiers; entrent également en considération à ce titre les prestations faites par une société non seulement à une personne physique mais aussi à une personne morale qui lui est proche; de telles prestations ne sont pas justifiées par l’usage commercial et doivent être ajoutées au rendement de la société, car elles ne présentent pas le caractère de frais généraux (v. ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607; 119 Ib 116 consid. 2 p. 119; 115 Ib 111 consid. 5a p. 116/117 ; 113 Ib 23 consid. 2c p. 25, et les références citées; arrêt FI.1995.0017 du 23 juin 2000; v. en outre Brülisauer/Poltera, op. cit., nos 83 et ss ad art. 58 LIFD, Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Handkommentar zum DBG N. 91-95 ad art. 58 LIFD). Il importe en outre que le caractère insolite de cette prestation soit reconnaissable par les organes de la société (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; ATF 2C_421/2009, du 11 janvier 2010, consid. 3.1, 2C_199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.2, in RDAF 2009 II p. 560 et 2C_265/2009 du 1er septembre 2009 consid. 2.1, in Revue fiscale 64/2009 p. 915), ce qui implique une disproportion manifeste entre la prestation et la contre-prestation (Danon, op. cit., nos 105 et 106 ad art. 57-58 LIFD, p. 746).

Selon le Tribunal fédéral, il y a prestation appréciable en argent - également qualifiée de distribution dissimulée de bénéfice - qui devra être réintégrée dans le bénéfice imposable de la société, lorsqu'une attribution est faite par la société, sans contre-prestation équivalente, à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près et qui n'aurait pas été consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607). La comparaison avec les tiers est à cet égard déterminante; il y a prestation en argent lorsque et dans la mesure où pareilles prestations n’auraient pas été effectuées - ou dans une mesure sensiblement moindre - à un tiers ne détenant aucune participation dans la société (v. Archives 64 p. 644, cons. 2b et 3; ATF 119 Ib 116, cons. 2).

b) Dans les comptes 2003, la recourante a crédité le compte-courant actionnaire de A.________ d’un montant de 2'400'000 francs. Bien qu’il soit qualifié d’indemnité due à titre de réparation du tort moral, ce versement est en relation avec l’acquisition aux enchères forcées, le 2 octobre 2001, par la recourante, de la parcelle n° 1*** abritant le musée, au prix de 62'500 francs. Il ressort en effet du procès-verbal de vente que A.________ a offert, pour le compte de sa mère B. Z.________, un prix de 62'500 fr. pour l’acquisition de cet immeuble. Toutefois, la recourante ayant déclaré exercer son droit de préemption à hauteur dudit montant, l’immeuble lui a finalement été adjugé. Or, depuis la révision générale de 1994, l’estimation fiscale atteignait 3'962'000 francs. Aussi, la recourante explique que, du fait de cette acquisition, A.________ aurait subi un préjudice de l’ordre de 3'900'000 francs.

On relève en premier lieu que A.________ n’a subi aucun préjudice du chef de ce qui précède, dès lors qu’il n’était pas propriétaire de l’immeuble avant la vente forcée, d’une part, et qu’il enchérissait non pour son propre compte mais pour celui de sa mère B. Z.________, d’autre part. Tout au plus, le préjudice de A.________ a trait à ses expectatives successorales. Quoi qu’il en soit, cette prestation est intervenue d’une façon non conforme aux usages commerciaux. En premier lieu, les conditions inhabituelles dans lesquelles ce versement a été effectué soulèvent de nombreuses interrogations. On cherche en vain dans le dossier la trace d’une plainte que A.________ aurait adressée à la recourante, par laquelle il prétend à la réparation de son préjudice. En second lieu, aucune convention entre la recourante et A.________ par laquelle, en contrepartie de ce versement, les parties se seraient données quittance du solde de leurs prétentions réciproques n’a été produite. La recourante fait sans doute valoir que la situation urgente dans laquelle se trouvaient les parties, spécialement à l’égard des instituts bancaires, a eu pour conséquence que l’accord global d’assainissement n’aurait pas fait l’objet d’une convention écrite, ni même d’un procès-verbal. En effet, on ne trouve nulle trace au dossier d’un procès-verbal d’assemblée générale rappelant les accords prétendument conclus et les écritures passées; s’agissant tout de même d’une somme aussi importante que celle versée à A.________, cette absence suscite une certaine perplexité. Au demeurant, seuls auraient été formalisés les accords passés avec le Crédit Suisse et la Banque Migros; on voit mal cependant en quoi ces établissements auraient été concernés par les montants crédités à A.________, puisqu’ils avaient été, à cette époque, désintéressés. Quant au fond, la cause de la réparation du tort moral subi est à rechercher dans la commission d’un acte illicite au sens de l’art. 49 CO. Or, l’autorité intimée fait observer de manière convaincante que l’exercice par la recourante de son droit de préemption ne saurait être considéré comme illicite, ceci d’autant moins qu’à cette époque, A.________ faisait encore partie des actionnaires et, même s’il ne dominait pas la société, il en était incontestablement un proche. Dès lors, cette opération ne pouvait donner lieu à réparation. Il reste que les consorts Z.________ ont pu pâtir du refus du Crédit Suisse de libérer la cédule hypothécaire en premier rang, de 2'000'000 fr., afin d’obtenir un financement leur permettant de poursuivre l’exploitation du musée. Aucun élément ne permet cependant de corroborer les explications de la recourante selon laquelle elle se serait substituée en quelque sorte à cet établissement pour dédommager A.________ en 2003.

Dès lors que cette attribution n’aurait pas été concédée à un tiers dans les mêmes circonstances, il y a effectivement lieu de la qualifier de prestation appréciable en argent. C’est ainsi à juste titre que le montant de 2'400'000 fr. a été réintégré dans le bénéfice réalisé par la recourante en 2003.

7. Les autres reprises opérées par l’autorité intimée ne sont pas contestées. En revanche, la recourante revient, pour la première fois dans son recours, sur une correction portant sur l’extourne, avant détermination du bénéfice imposable, des intérêts sur les loyers à hauteur de 300'000 francs. Si l’on suit les explications de la recourante, ce montant est à mettre en relation avec le versement en faveur de A.________, dont il est question au considérant précédent. Les consorts Z.________, qui ne payaient plus le loyer dû pour l’exploitation du musée, ont excipé au demeurant de compensation compte tenu du retard et des malfaçons dans la construction, imputés à B.________ SA, entre-temps mise en faillite. La recourante explique avoir finalement réduit de 2'500'000 fr. ses prétentions initiales de 2'829'265 fr.35 à l’encontre des consorts Z.________. Elle a en conséquence passé dans ses comptes 2003 une extourne comptable des intérêts de retard à hauteur de 300'000 fr. Or, il est un principe cardinal en comptabilité que chaque écriture soit documentée (v. sur ce point, arrêt FI.2006.0015 du 15 juillet 2008, confirmé par ATF 2C_669/2008 du 2 décembre 2008). Si la preuve des loyers dus par les consorts Z.________ ne souffre en l’espèce d’aucune discussion, tel n’est en revanche pas le cas des intérêts qui, le cas échéant, auraient été facturés à ces derniers. Cette seule constatation exclut d’admettre la comptabilisation de cette écriture et confirme la reprise opérée. Au surplus, aucune raison ne commande d’extourner en faveur des consorts Z.________ des intérêts qui, visiblement, ne leur ont pas été débités.

8. Au vu de ce qui précède, le recours ne peut qu’être rejeté et la décision attaquée, confirmée. Vu l’issue de la procédure, la recourante supportera un émolument judiciaire (art. 49 et 91 LPA-VD). En outre, l’allocation de dépens ne saurait entrer en ligne de compte (art. 55 al. 1, a contrario, 56 al. 3 et 91 LPA-VD).

Par ces motifs
la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:

I. Le recours est rejeté.

II. La décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts du 27 juin 2011 est confirmée, tant en ce qu’elle a trait à l’impôt fédéral direct qu’en ce qui concerne l’impôt cantonal et communal.

III. Les frais d’arrêt, par 3'000 (trois mille) francs, sont mis à la charge de la recourante.

IV. Il n’est pas alloué de dépens.

Lausanne, le 16 mars 2012

Le président: Le greffier:

Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.