TRIBUNAL CANTONAL

COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC

Arrêt du 6 juin 2012

Composition

M. Robert Zimmermann, président; M. Xavier Michellod et M. Pierre-André Berthoud, juges.

Recourante

Administration fédérale des contributions, Division principale DAT, à Berne,

Autorité intimée

Administration cantonale des impôts, à Lausanne,

Tiers intéressé

Z.________ SA, à 1********, représentée par Me Pierre Gillioz, avocat à Genève,

Objet	Impôt fédéral direct (sauf soustraction)
	Recours Administration fédérale des contributions c/ décision de l'Administration cantonale des impôts du 12 décembre 2011 (impôt fédéral direct sur le bénéfice de la société Z.________ SA - périodes 2007, 2008 et 2009)

Vu les faits suivants

A. La société brésilienne Y.________ (ci-après: Y.________) détient la société X.________ SA Celle-ci, inscrite au Registre du commerce depuis le 1^er mars 2006, a pour but social «acheter, détenir, gérer, et vendre des participations directes ou indirectes dans des sociétés ou entreprises principalement à l’étranger, notamment dans des sociétés et entreprises commerciales, industrielles ou financières; faire le commerce et distribuer les produits du groupe Z.________, développer des relations avec les clients et fournir une assistance technique, y compris le développement de produits et la planification de production, aux clients et aux sociétés du groupe dans le monde entier, soit directement, soit par l’intermédiaire de filiales du groupe; exercer des activités de recherches et développement dans les secteurs des minerais, de la logistique et de l’énergie; financer des sociétés et entreprises du groupe et rendre des services commerciaux, financiers, administratifs et légaux à d’autres sociétés et entreprises du groupe en Suisse ou à l’étranger; donner des garanties ou sûretés, constituer des nantissements ou tout autre type de sûretés ou garanties en faveur de ses actionnaires directs ou indirects, de ses filiales directes ou indirectes, d’autres sociétés dont ses actionnaires ou ses filiales détiennent des actions, ou en faveur de toutes tierces personnes, avec ou sans rémunération». X.________ SA est devenue par la suite Z.________ SA (ci-après: Z.________).

B. Le 11 mars 2005, le Département des finances du canton de Vaud a exonéré totalement X.________ SA de l’impôt sur le bénéfice et le capital, pour une période de dix ans, sous diverses charges et conditions. Le 1^er février 2006, le Département fédéral de l’économie (ci-après: le DFE) a exonéré X.________ SA de l’impôt fédéral direct dès le 1^er février 2006, pour une période de dix ans, à raison de 60%, sous diverses charges et conditions.

C. Le 12 décembre 2011, l’Office d’impôt des personnes morales de l’Administration cantonale des impôts (ci-après: l’ACI) a rendu trois décisions de taxation relatives aux périodes 2007, 2008 et 2009, concernant l’impôt fédéral direct dû par Z.________. Elle a fixé le montant de l’impôt à 132'577'554,65 fr. pour 2007, à 33'179'014,35 fr. pour 2008, et à 46'442'073,40 fr. pour 2009.

D. L’Administration fédérale des contributions (ci-après: l’AFC) a recouru contre les trois décisions du 12 décembre 2011. Elle conclut principalement à l’annulation de la décision relative à la période 2007, à la réforme de la décision relative à la période 2008, en ce sens que le montant dû soit fixé à 120'525'049,70 fr., ainsi qu’à la réforme de la décision relative à la période 2009, en ce sens que le montant dû soit fixé à 144'630'059,60 fr. A titre subsidiaire, l’AFC demande le renvoi de la cause à l’autorité intimée. Dans le délai qui lui avait été imparti pour répondre au recours, l’ACI, se référant à l’art. 83 de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD, RSV 173.36), a, le 22 mars 2012, rendu trois nouvelles décisions de taxation pour les périodes 2007, 2008 et 2009, remplaçant celles du 12 décembre 2011. Elle a fixé le montant de l’impôt à 265'155’109,30 fr. pour 2007, 66'358'028,70 fr. pour 2008, et à 92'884'146,80 fr. pour 2009. Le juge instructeur a, le 28 mars 2012, invité les parties à se déterminer sur le point de savoir si, à raison du prononcé des décisions du 22 mars 2012, le recours avait conservé son objet. Il les a invitées également à se prononcer sur le sort des frais et dépens, le 29 mars 2012. Pour la recourante, le recours aurait perdu son objet; elle s’en remet à justice s’agissant des frais. Z.________, attraite à la procédure comme tiers intéressé, a considéré que l’art. 83 LPA-VD ne s’appliquerait pas en l’occurrence; elle a conclu principalement à la poursuite de l’instruction de la cause; subsidiairement, elle a requis l’allocation de dépens en sa faveur, pour le cas où la cause serait rayée du rôle. Invitées à se déterminer sur cette prise de position, la recourante et l’ACI s’en remettent à justice. Z.________ a maintenu ses conclusions.

E. Le Tribunal a statué par voie de circulation.

Considérant en droit

1. La seule question à résoudre est de savoir si le prononcé des nouvelles décisions du 22 mars 2012 a privé de son objet le recours formé contre les décisions du 12 décembre 2011 (comme le soutiennent la recourante et l’ACI) - ou non (comme le soutient Z.________).

2. L’art. 83 LPA-VD a la teneur suivante:

« 1. En lieu et place de ses déterminations, l’autorité intimée peut rendre une nouvelle décision partiellement ou totalement à l’avantage du recourant.

2. L’autorité poursuit l’instruction du recours, dans la mesure où celui-ci n’est pas devenu sans objet».

a) Le recours produit un effet dévolutif, selon lequel l’autorité de recours hérite de toutes les compétences de l’instance prédédente relative à la cause. Ce principe est si évident que la LPA-VD n’en dit rien, contrairement à d’autres lois. Ainsi, par exemple l’art. 54 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA; RS 172.021) prend le soin de rappeler que dès le dépôt du recours, le pouvoir de traiter l’affaire, objet de la décision attaquée, passe à l’autorité de recours. Ayant perdu la maîtrise du litige, l’autorité qui a rendu la décision attaquée ne peut modifier ou révoquer celle-ci, ni ordonner des mesures d’instructions nouvelles ou complémentaires (ATF 136 V 2 consid. 2.5 p. 5; cf. arrêt FI.2003.0022 du 14 juin 2007, consid. 5b). Cette règle est toutefois tempérée par les dispositions qui, à l’instar de l’art. 83 LPA-VD (applicable devant le Tribunal cantonal par renvoi de l’art. 99 LPA-VD), permettent à l’autorité intimée de modifier la décision attaquée, à l’appui de sa réponse au recours (cf. notamment l’art. 58 al. 1 PA). Cette exception répond à l’intérêt lié à l’économie de la procédure: si, sur le vu du recours, l’autorité administrative découvre des faits nouveaux,ou s’aperçoit qu’elle s’est trompée dans l’application du droit, il se justifie qu’elle se ravise et change de fusil d’épaule, plutôt que de persister dans une position qu’elle-même considère comme erronée ou, du moins, contraire à la loi (ATF 127 V 228 consid. 2b/bb p. 232 /233, et les arrêts cités). Le réexamen de la décision attaquée par l’autorité intimée peut avoir pour conséquence de priver le recours de son objet (Regina Kiener, n. 19 ad art. 54 PA, in: Christoph Auer/Markus Müller/Benjamin Schindler (ed), Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Zurich/St Gall, 2008). Tel est le cas lorsque la nouvelle décision donne satisfaction au recourant, notamment lorsque l’autorité intimée adhère aux conclusions du recours. Lorsque la nouvelle décision ne donne que partiellement gain de cause au recourant, le recours n’est privé de son objet que dans la même mesure: pour les points encore litigieux, la décision initiale n’entre pas en force; l’instruction se poursuit (Kiener, op. cit., n.19 et 20 ad art. 54 PA). C’est ce principe qu’exprime l’al. 2 de l’art. 83 LPA-VD.

b) Les nouvelles décisions du 22 mars 2012 donnent partiellement gain de cause à la recourante. Alors que pour les périodes considérées, le montant de l’impôt mis à la charge de Z.________ a quasiment doublé, l’ACI n’a toutefois pas suivi la recourante s’agissant de la taxation pour les périodes 2008 et 2009. Les montants fixés restent en-deçà des conclusions du recours: pour 2008, l’ACI a fixé l’impôt à 66'358'028,70 fr. (au lieu de 120'525'049,70 fr., comme demandé par la recourante), pour 2009 à 92'884'146,80 fr. (au lieu de 144'630'059,60 fr., comme demandé par la recourante). Celle-ci, dans sa détermination du 20 avril 2012, a néanmoins tenu les nouvelles décisions du 22 mars 2012 pour conformes au droit, de sorte que le recours avait, selon elle, perdu son objet. Cela signifie que la recourante a admis, implicitement, que ses conclusions initiales étaient trop élevées. Dès lors qu’elle s’est déclarée entièrement satisfaite des nouvelles décisions du 22 mars 2012, il convient de retenir que, du point de vue de la recourante, le recours a perdu son objet. On pourrait même se demander si la détermination de la recourante du 20 avril 2012 équivaut matériellement à un retrait du recours, lequel n’est soumis à aucune condition, et lie le juge. Compte tenu de l’issue du litige, il n’est toutefois pas nécessaire d’approfondir ce point.

3. De l’avis de Z.________, l’art. 83 LPA-VD ne s’appliquerait pas en l’occurrence. Elle fait valoir que cette disposition exige que la nouvelle décision, remplaçant celle attaquée, soit rendue à l’avantage du recourant, par qui il faudrait entendre, au sens de l’art. 83 al. 1 LPA-VD, le destinataire de la décision attaquée. Dans le cas où, comme en l’espèce, le recours est formé par une autorité, la nouvelle décision rendue par l’autorité intimée ne pourrait se faire au détriment du contribuable qui en est le destinataire. Une solution contraire reviendrait à admettre, selon Z.________, que la nouvelle décision puisse produire un effet défavorable au contribuable, contrairement au sens de l’art. 83 al. 1 LPA-VD, et en violation de l’effet dévolutif du recours. La compétence de procéder à une réforme de la décision au détriment du recourant («reformatio in peius») serait réservée à l’autorité de recours, et non à l’autorité intimée.

a) La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre. Toutefois, si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il faut alors rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment les travaux préparatoires, le but et l'esprit de la règle, les valeurs sur lesquelles elle repose, ainsi que sa relation avec d'autres dispositions légales (ATF 137 II 297 consid. 2.3.1 p. 300; 137 III 344 consid. 5.1 p. 348; 137 IV 20 consid. 5.1 p. 26, 180 consid. 3.4 p. 184, et les arrêts cités).

b) Le texte de l’art. 83 al. 1 LPA-VD est limpide. Le terme de «recourant» désigne celui qui entreprend une décision (au sens de l’art. 74 LPA-VD) devant l’autorité de recours, soit par le moyen du recours administratif (art. 73ss LPA-VD), soit, comme en l’espèce, par celui du recours de droit administratif (art. 92ss LPA-VD). L’art. 75 LPA-VD, relatif à la qualité pour agir, s’applique également devant le Tribunal cantonal comme autorité de justice administrative (art. 5 et 92 LPA-VD), par renvoi de l’art. 99 de la même loi. Or, l’art. 75 LPA-VD reconnaît la qualité pour recourir non seulement aux personnes physiques ou morales (let. a), mais aussi à l’autorité que la loi autorise à recourir (let. b). Dans la mesure où tel est le cas de l’AFC (cf. consid. 6 ci-dessous), cette autorité doit être considérée comme partie recourante à la présente procédure. Il suit de là que peuvent perdre leur objet les recours formés par l’AFC lorsque l’autorité intimée retire la décision attaquée et la remplace par une nouvelle décision à l’avantage de l’AFC. Tel est bien le cas en l’occurrence. L’art. 83 al. 1 LPA-VD n’évoque pas d’autres parties à la procédure que le recourant. La thèse de Z.________, selon laquelle cette disposition viserait le destinataire de la décision attaquée, notion plus large que celle de recourant, ne trouve aucun appui dans le texte légal.

4. A l’appui de ses conclusions, Z.________ invoque les travaux préparatoires, ainsi que des arguments téléologiques.

a) Il n'y a lieu de déroger au sens littéral d'un texte clair par voie d'interprétation que lorsque des raisons objectives permettent de penser qu'il ne restitue pas le sens véritable de la norme. De tels motifs peuvent découler des travaux préparatoires, du but et du sens de la disposition, ainsi que de la systématique de la loi (ATF 137 IV 13 consid. 3.1 p. 18, 126 consid. 4.1 p. 129, 153 consid. 1.3 p. 155, 290 consid. 3.3 p. 293, et les arrêts cités).

b) L’art. 83 LPA-VD trouve son origine dans l’art. 84 de l’exposé des motifs et projet de loi n°81 de mai 2008. Les libellés des deux dispositions correspondent textuellement. A propos de l’art. 84 de son projet, le Conseil d’Etat a considéré ce qui suit (p.43/44):

« Dans certains cas, à la lecture du recours et d’éventuels nouveaux allégués ou moyens de preuve produits par le recourant, l’autorité de première instance se rendra compte que sa décision est erronée. Dans ces conditions, au lieu de se déterminer et de provoquer ainsi une décision de l’autorité de recours, elle pourra rapporter sa décision et en rendre une nouvelle, allant partiellement ou totalement dans le sens du recourant. Si le recours devient ainsi sans objet, l’autorité de recours raye la cause du rôle. S’il ne l’est pas, l’instruction se poursuit.»

Le Grand Conseil a adopté la proposition du Conseil d’Etat sans discussion. L’art. 84 du projet est devenu l’art. 83 de la loi.

Contrairement à ce que semble soutenir la recourante, il ne ressort pas des travaux préparatoires l’intention du législateur d’étendre la protection qu’offre l’art. 83 LPA-VD à d’autres parties que le recourant, ni de limiter la possibilité de l’autorité de première instance de modifier sa décision uniquement à raison de faits nouveaux. En l’occurrence, l’ACI s’est en partie rendue aux arguments soulevés par la recourante. Elle a modifié en conséquences les décisions du 12 décembre 2011. Pour le surplus, l’art. 83 LPA-VD n’imposait pas à l’ACI d’expliciter les motifs du revirement qui l’a conduite au prononcé des nouvelles décisions du 22 mars 2012. A supposer que celles-ci ne répondraient pas aux exigences de motivation des décisions administratives (art. 42 let. c LPA-VD; cf. ATF 136 II 266 consid. 3.2 p. 270; 136 I 184 consid. 2.2.1 p. 188, 229 consid. 5.2 p. 236, et les arrêts cités), Z.________ ne pourrait de toute façon pas s’en plaindre, car les décisions du 22 mars 2012 sont exorbitantes du présent litige. Cela n’exclut pas toutefois qu’elles puissent être soumises au juge, dans le cadre d’une autre procédure (cf. consid. 6b ci-dessous).

5. Du point de vue des objectifs de la loi, Z.________ se plaint que les nouvelles décisions du 22 mars 2012 alourdissent le poids de sa taxation, par rapport à ce que l’ACI avait décidé initialement le 12 décembre 2011. Z.________ y voit une réforme à son détriment («reformatio in peius»), qu’elle estime proscrite par l’art. 83 al. 1 LPA-VD.

Lorsqu’en cours de procédure, l’autorité de recours envisage de réformer la décision attaquée dans un sens défavorable au recourant, elle l’en avertit, afin qu’il puisse se déterminer en conséquence, notamment retirer le recours et garder l’avantage de la décision attaquée, laquelle entre en force (ATF 137 V 314 consid. 3.2.4 p. 320; 136 V 362 consid. 4.3 p. 367; 129 II 385 consid. 4.4.3 p. 395/396; art. 89 al. 2 LPA-VD; arrêt GE.2010.0088 du 1^er septembre 2011, consid. 6a). La faculté de procéder à une «reformatio in peius» n’appartient qu’à l’autorité de recours, comme cela ressort du fait que l’art. 83 LPA-VD fait partie du Chapitre VI de la LPA-VD, régissant la procédure du recours administratif, disposition applicable également dans la procédure devant le Tribunal cantonal, par renvoi de l’art. 99 LPA-VD. Il découle en revanche de l’art. 83 al. 1 LPA-VD que l’autorité de première instance ne saurait aggraver la situation du recourant dans la procédure de recours, en rendant une nouvelle décision, défavorable au recourant. On ne se trouve toutefois pas dans une telle situation en l’occurrence, puisque loin de déplaire à l’AFC – seule partie à considérer comme recourante (cf. consid. 3 et 4 ci-dessus) – les décisions du 22 mars 2012 la satisfont entièrement.

6. Selon Z.________, les décisions du 22 mars 2012 violeraient le droit fédéral.

a) La taxation et la perception de l’impôt fédéral direct sont effectuées par les cantons, sous la surveillance de la Confédération (art. 128 al. 4, première phrase, Cst.; art. 2 et 104 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l’impôt fédéral direct - LIFD; RS 642.11). Aux termes de l’art. 102 LIFD, le Département fédéral des finances (ci-après: le DFF) exerce la surveillance des autorités cantonales pour le compte de la Confédération (al. 1); l’AFC veille à l’application uniforme de la LIFD (al. 2). L’AFC est une unité administrative de l’administration fédérale centrale, rattachée au DFF (art. 12 et 13 de l’ordonnance fédérale du 17 février 2010 sur l’organisation du Département fédéral des finances – Org DFF; RS 172.215.1). Elle peut participer à la procédure de taxation (art. 103 al. 1 let. d LIFD). La décision de taxation rendue par l’autorité cantonale lui est notifiée (art. 131 al. 3 LIFD). L’AFC dispose du droit de recourir devant l’autorité cantonale de recours contre les décisons de taxation ou les décisions sur réclamation rendues par l’autorité cantonale de taxation (art. 141 al. 1 et 145 LIFD). En l’occurrence, l’ACI a rendu les décisions des 12 décembre 2011 et 22 mars 2012 en application de la LIFD. Ces décisions peuvent faire l’objet d’une réclamation auprès de l’autorité de taxation (art. 185 de la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux - LI, RSV 642.11). Lorsque celle-ci ne peut pas liquider le cas, elle transmet le dossier, avec son rapport, à l’ACI (art. 187 al. 3 LI), laquelle tranche la réclamation (art. 188 LI). Contre la décision de l’ACI est ouverte la voie du recours au Tribunal cantonal, comme instance cantonale unique (art. 199 LI et 92 al. 1 LPA-VD).

b) L’autorité cantonale de recours peut modifier la décision de taxation au détriment du contribuable («reformatio in peius»; art. 143 al. 1 LIFD; consid. 5 ci-dessus). Z.________ en déduit que cette compétence excluerait toute possibilité pour l’ACI de retirer la décision de taxation devant l’autorité cantonale de recours et d’en prononcer une nouvelle, comme le prévoit l’art. 83 al. 1 LPA-VD. Cette conception ne peut être partagée. Hormis les règles de procédure spéciales qu’il prévoit, le droit fiscal fédéral concède aux cantons une large autonomie dans l’organisation et la procédure des autorités administratives, y compris pour ce qui concerne les voies de droit (Hugo Casanova, Remarques introductives aux art. 140 à 144 LIFD, in: Danielle Yersin/Yves Noël, Commentaire de la LIFD, Bâle 2008). Rien n’empêche dès lors l’ACI de procéder selon l’art. 83 al. 1 LPA-VD. En outre, le fait que le recours cantonal puisse perdre son objet à cause de la modification de la décision de taxation n’a pas pour conséquence de priver de tout moyen de droit le contribuable touché par la nouvelle décision de taxation défavorable. Les décisions du 22 mars 2012 mentionnent expressément la voie de la réclamation, que Z.________ est libre d’emprunter. Il n’est partant pas exclu que le Tribunal cantonal ait un jour à se prononcer sur les questions litigieuses au fond, pour le cas où Z.________ aurait élevé contre les décisions du 22 mars 2012 une réclamation, que l’ACI rejetterait, dans l’hypothèse la plus défavorable à Z.________.

7. Pour Z.________, l’économie de la procédure commanderait que le Tribunal cantonal statue, dans le cadre du présent recours, sur les griefs qu’elle formule à l’encontre des décisions des 23 mars 2012.

a) Devant la juridiction administrative, ne peuvent être examinés et jugés, en principe, que les rapports juridiques à propos desquels l’autorité administrative s’est prononcée préalablement, d’une manière qui la lie sous forme de décision. Dans cette mesure, la décision détermine l’objet de la contestation qui peut être déférée en justice par la voie du recours. L’objet du litige peut être réduit devant l’autorité de recours, mais pas étendu, ni modifié (ATF 136 V 362 consid. 3.4.2 p. 365). Le juge administratif n’entre pas en matière sur des conclusions qui vont au-delà de l’objet du litige qui lui est soumis (ATF 134 V 418 consid. 5.2.1 p. 426; 125 V 413 consid. 1a p. 414, et les références citées).

b) Les décisions du 12 décembre 2011 forment l’objet du litige. Dès l’instant où l’ACI les a rapportées, le recours n’a plus de raison d’être. En demandant au Tribunal cantonal de revoir les décisions des 22 mars 2012, Z.________ entend soumettre au juge un litige dont il n’est pas saisi, en étendant les conclusions prises à l’appui de sa réponse au recours. Ce procédé n’est pas admissible. De surcroît, le fait de devoir entreprendre les décisions du 22 mars 2012 devant l’autorité de réclamation, voire de recours, ne va pas à l’encontre de l’économie de la procédure. Il est possible que, pour le cas où Z.________ aurait formé une réclamation auprès de l’autorité de taxation contre les décisions du 22 mars 2012 (point qu’il n’est pas nécessaire d’éclaircir à ce stade), ses arguments convainquent l’administration fiscale et amènent celle-ci à revoir sa position, ce qui éviterait une nouvelle procédure de recours.

8. Z.________ soutient que l’AFC n’avait pas qualité pour recourir contre les décisions du 12 décembre 2011. Elle fait valoir que le litige ne porterait pas sur une taxation au sens de la LIFD, mais sur un allègement fiscal, régi par des dispositions spéciales.

a) La décision rendue le 11 mars 2005 par le Département cantonal des finances l’a été en application de l’art. 91 LI, relatif à l’exonération temporaire des personnes morales. Pour sa part, le DFE a rendu la décision du 1^er février 2006 en application de l’arrêté fédéral du 6 octobre 1995 en faveur des zones économique en redéploiement, l’ordonnance fédérale du 10 juin 1996 sur l’aide en faveur des zones économiques en redéploiement, ainsi que l’ordonnance du 12 juin 2002 concernant la détermination des zones économiques en redéploiement. Cette législation a été remplacée, dès le 1^er janvier 2008, par la loi fédérale du 6 octobre 2006 sur la politique régionale (LPR; RS 901.0), l’ordonnance fédérale du 28 novembre 2007 sur la politique régionale (OPR; RS 901.201), l’ordonnance fédérale du 28 novembre 2007 concernant l’octroi d’allègements fiscaux en application de la politique régionale (l’ordonnance; RS 901.022) et l’ordonnance fédérale du 28 novembre 2007 concernant la détermination des zones d’application en matière d’allègements fiscaux (RS 901.022.1). Z.________ en déduit que le SECO n’aurait pas qualité pour agir contre les décisions de taxation rendues en application de la LIFD. L’AFC ne serait pas davantage habilitée à recourir contre les décisions de taxation prises sur la base des allègements fiscaux octroyés par le DFE.

b) La LPR vise à améliorer la compétitivité de certaines régions et à y générer de la valeur ajoutée, contribuant ainsi à la création et à la sauvegarde d’emplois dans ces régions, à l’occupation décentralisée du territoire et à l’élimination des inégalités régionales (art. 1 LPR). Parmi la panoplie des mesures prévues à cette fin, figurent les allègements fiscaux, qui peuvent être accordés aux entreprises, soit par les cantons, soit par la Confédération (art. 12 LPR). Aux termes de cette disposition, si un canton accorde un tel allègement, la Confédération peut en faire de même pour l’impôt fédéral direct (al. 1), à certaines conditions (al. 2); le Conseil fédéral détermine les zones dans lesquelles les entreprises peuvent bénéficier de ces allègements et règle les modalités de la surveillance financière (al. 3). L’art. 19 LPR prévoit que le canton qui octroie un allègement pour ses impôts, transmet la demande, accompagnée de ses décisions et propositions au SECO (al. 1), qui les examine et les transmet au DFE pour décision, relativement à l’impôt fédéral direct (al. 2); un éventuel l’allègement relève de la compétence du DFE, qui statue avec l’accord du DFF (al. 3). Les décisions des autorités administratives fédérales et les décisions cantonales de dernière instance sont attaquables devant le Tribunal administratif fédéral (art. 23 LPR). En application de l’art. 12 al. 3 LPR, le Conseil fédéral a édicté l’ordonnance, laquelle détermine les zones d’application, les conditions d’octroi et l’ampleur de l’allègement fiscal, fixe la procédure et règle la surveillance.

c) Les allègements fiscaux sont ainsi régis par la législation fédérale spéciale sur la politique régionale, et non par le droit fiscal fédéral. Cela ne change rien à la répartition des tâches entre les cantons et la Confédération pour ce qui concerne la taxation des personnes morales. Le principe de l’exonération découle, en droit harmonisé, de l’art. 23 al. 3 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), auquel renvoie l’art. 12 al. 1 LPR et sur lequel se fonde l’art. 91 LI. La décision du DFE octroyant un allègement fiscal lie l’autorité cantonale chargée de la taxation de l’impôt fédéral direct (cf. art. 104 LIFD). Celle-ci reste toutefois compétente pour taxer l’entreprise qui bénéficie de l’allègement fiscal, conformément aux décisions du DFE. Les décisions de l’autorité de taxation en matière d’impôt fédéral direct sont régies par les dispositions de la LIFD, y compris pour ce qui concerne la procédure et les voies de droit. Il suit de là que le droit de recours de l’AFC, au sens des art. 141 al. 1 et 145 LIFD, s’étend également aux décisions de taxation qui mettent en œuvre un allègement fiscal, quand bien même celui-ci a été accordé en application de la LPR et de ses ordonnances d’exécution.

d) Le SECO, comme autorité chargée de surveiller le respect des conditions et charges imposées pour l’allègement de l’impôt fédéral direct (art. 10 de l’ordonnance), n’a pas qualité pour agir contre les décisions rendues par l’autorité de taxation. De même, les décisions d’octroi, de refus ou de révocation de l’allègement fiscal, rendues en application de la LPR, ne sont pas attaquables devant l’autorité cantonale de recours (cf. art. 23 LPR). Ainsi, même si la taxation, au sens de la LIFD, et le contrôle des conditions de l’allègement fiscal, au sens de la LPR, peuvent se recouper en partie (notamment lorsque l’autorité de taxation doit examiner, préalablement à la taxation proprement dite, si les conditions déterminant l’ampleur de l’allègement fiscal sont remplies), il n’en demeure pas moins que ces deux domaines du droit fédéral sont séparés, notamment du point de vue de la procédure et de la protection juridique.

9. Le recours a ainsi perdu son objet. La cause est rayée du rôle. Il n’y a pas lieu de mettre des frais à la charge de la Confédération et du canton (art. 52 al. 1 LPA-VD), ni de leur octroyer des dépens (art. 56 al. 3 LPA-VD). Il se justifie en revanche de mettre des frais à la charge de Z.________, dont les conclusions relatives à l’art. 83 LPA-VD sont rejetées.

Par ces motifs
la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:

I. Le recours est sans objet.

II. La cause est rayée du rôle.

III. Un émolument de 2'000 fr. est mis à la charge de Z.________ SA

IV. Il n’est pas alloué de dépens.

Lausanne, le 6 juin 2012

Le président:

Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint. Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.