TRIBUNAL CANTONAL

COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC

Composition

M. Rémy Balli, président; M. Bernard Jahrmann et M. Alain Maillard, assesseurs; M. Patrick Gigante, greffier.

Recourante

X.________ SA, à 1********, représentée par Me Pierre-Alain Guillaume, avocat à Lausanne.

Autorité intimée

Administration cantonale des impôts, à Lausanne.

Autorité concernée

Administration fédérale des contributions, Division principale DAT, à Berne.

Objet	Impôt cantonal et communal (sauf soustraction) Impôt fédéral direct (sauf soustraction)
	Recours X.________ SA c/ décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts du 12 avril 2012 (ICC, IFD - périodes fiscales 2003 à 2006 - taxation d'office)

Vu les faits suivants

A. X.________ SA est inscrite au Registre du commerce depuis le 10 février 1990. Elle a pour but: services informatiques dans le domaine de la finance, notamment installation de systèmes et location d'espaces informatiques, service de bureau, conseils, gestion de projets, support et assistance, formation des utilisateurs. Elle a son siège à 1********. Son capital-actions se monte à 300'000 fr. et est entièrement libéré. Il est composé de 390 actions nominatives de 500 fr. et de 1'050 actions nominatives de 100 francs. Y.________ en préside le conseil d’administration, lequel est formé en outre de Z.________, secrétaire.

B. En 2004, une procédure pour soustraction à l’impôt fédéral direct (IFD) portant sur les périodes fiscales 1995 à 2002 et à l’impôt cantonal et communal (ICC), sur les périodes 1999 à 2002, a été ouverte à l’encontre de X.________ SA. Le 11 octobre 2007, une décision de rappel d’impôt et taxation définitive, ainsi qu’un prononcé d’amendes pour soustraction et tentative de soustraction a été notifiée à X.________ SA, qui a réclamé, puis recouru contre cette décision.

C. Dans le d¿ai prolongé par l’autorité de taxation, X.________ SA a déposé le 27 octobre 2007 ses déclarations d’impôt pour les périodes 2003 à 2006; elle a annoncé les résultats imposables suivants:

Année fiscale	2003	2004	2005	2006
Résultat de l’exercice	- 110'258 fr.	- 465'519 fr.	- 816'212 fr.	- 860'832 fr.
Capital imposable	696'057 fr.	340'796 fr.	300'000 fr.	300'000 fr.

A ses déclarations, la contribuable a joint des bilans et comptes de pertes et profits, non signés, qu’elle a présentés de la façon suivante:

«NOTE AU TAXATEUR
(…)

Des mesures spéciales ont été lancées contre X.________ SA pour les périodes fiscales 2002 et précédentes.

Les déclarations consécutives à ces mesures spéciales d’enquête ne sont pas encore définitives.

Par conséquent, nous sommes dans l’impossibilité d’arrêter de manière définitive les comptes(…) de X.________ SA.

Dans ces conditions, nous souhaiterions suspendre l’établissement de la présente déclaration fiscale. Toutefois, vu la sommation qui nous a été adressée par l’administration cantonale des impôts, nous n’avons pas d’autre choix que de déposer la présente déclaration, en nous réservant expressément de modifier les comptes(…) et la déclaration fiscale(…) de X.________ SA en fonction des décisions définitives qui seront rendues dans le cadre de ce dossier pour les périodes fiscales 2002 et précédentes.»

Le 18 février 2008, l’Office d’impôt des personnes morales (ci-après: OIPM) a requis de X.________ SA la production des «comptes définitifs du bilan, comptes de profits et pertes et annexe aux comptes» des exercices 2003 à 2006. Le 11 mars 2008, X.________ SA a indiqué à l’OIPM qu’en raison de la procédure portant sur les exercices antérieurs, les comptes 2003 à 2006 n’avaient pas encore été approuvés par l’assemblée générale. La contribuable a rappelé en outre ce qui suit:

«(…) Nous relevons par ailleurs que votre Administration ainsi que l’Administration fédérale des contributions ont mentionné au cours de la procédure dirigée contre notre mandante que le mode de comptabilisation appliqué par X.________ SA avant 2003 pourrait être constitutif d’un faux dans les titres au sens de l’art. 251 du Code pénal suisse. Dans ces conditions, vous comprendrez que les représentants de X.________ SA n’entendent pas finaliser les comptes de la société pour les exercices 2003 et suivants avant que les questions concernant les périodes fiscales antérieures ne soient tranchées (…)».

Pour toute réponse, l’OIPM a, le 3 avril 2008, notifié à X.________ SA une sommation, en l’invitant à lui faire parvenir dans les dix jours les éléments de la demande de pièce du 18 février 2008 et en l’informant qu’à défaut, les éléments imposables de la contribuable seraient évalués d’office. Aucune suite n’a été donnée à cette sommation. Le 4 décembre 2008, l’OIPM a évalué d’office les éléments imposables de X.________ SA dans la mesure suivante:

Année fiscale	2003	2004	2005	2006
Résultat de l’exercice	2'626'900 fr.	2'849'900 fr.	3'449'600 fr.	3'542'000 fr.
Capital imposable	300'000 fr.	300'000 fr.	300'000 fr.	300'000 fr.

X.________ SA a formé une réclamation contre ces décisions de taxation d’office; elle a requis la suspension de la procédure jusqu’à droit connu sur la procédure portant sur les périodes antérieures. Le 15 avril 2010, l’OIPM a établi une proposition de règlement pour les périodes 2003 à 2006 par laquelle il propose de déclarer irrecevables les réclamations. Dans sa réponse du 15 juin 2010, X.________ SA a déclaré maintenir ses réclamations, indiquant au surplus que les comptes joints aux déclarations devaient être considérés comme finaux. Les réclamations ont été transmises à l’Administration cantonale des impôts (ci-après: ACI) comme objet de sa compétence.

D. Par arrêt FI.2009.0001 du 4 août 2010, auquel on se réfère en tant que de besoin, tant en fait qu’en droit, le Tribunal cantonal a très partiellement admis le recours de X.________ SA contre la décision de réclamation portant sur les périodes 1995 à 2002 (IFD) et 1999 à 2002 (ICC), en tant qu’il avait trait à l’ICC et confirmé la décision sur réclamation pour le surplus. Le recours interjeté par X.________ SA au Tribunal fédéral contre cet arrêt a été partiellement admis s’agissant de l’IFD, en ce sens que le rappel d’impôt et l’amende relatifs à la période 1995 ont été supprimés ; le recours a été rejeté pour le surplus (ATF 2C_724/2010 & 2C_796/2010 du 27 juillet 2011). Au total, des compléments d’impôts de 1'285'056 fr.75, respectivement 860'535 fr.45 ont été réclamés à X.________ SA pour l’ICC et l’IFD, et des amendes de 1'285'000 fr., respectivement 999’500 fr. ont été prononcées à son encontre.

E. Par décision du 12 avril 2012, l’ACI a déclaré irrecevables les réclamations interjetées par X.________ SA contre les taxations d’office du 4 décembre 2008.

X.________ SA a recouru contre cette dernière décision, dont elle demande l’annulation.

L’ACI propose le rejet du recours et conclut à la confirmation de la décision attaquée.

Dans le cadre du second échange mis sur pied par le juge instructeur, chaque partie a persisté dans ses conclusions.

F. Le Tribunal a statué à huis clos, par voie de circulation.

Considérant en droit

1. La recourante requiert la convocation d’une audience afin de pouvoir exprimer verbalement ses arguments et l’audition de témoins.

a) Les parties ont le droit d'être entendues (art. 29 al. 2 Cst. et 27 al. 2 Cst./VD). Cela inclut pour elles le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à leur détriment, de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur la décision, d'avoir accès au dossier, de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277; 132 II 485 consid. 3.2 p. 494; 132 V 368 consid. 3.1 p. 370/371, et les arrêts cités). Le droit d'être entendu s'exerce essentiellement en rapport avec les faits de la cause. Il n’implique pas que les parties se voient réserver la faculté de s’exprimer sur l’appréciation des faits ou sur l’argumentation juridique que l’autorité se propose de retenir à l’appui de la décision à prendre (ATF 132 II 257 consid. 4.2 p. 267, 485 consid. 3.4 p. 495; 129 II 497 consid. 2.2 p. 505). Il n’est fait exception à cette règle que lorsque l'autorité envisage de fonder sa décision sur une norme ou un motif juridique non évoqué dans la procédure antérieure et dont aucune partie en présence ne s'est prévalue et ne pouvait supputer la pertinence, que la situation juridique a changé ou que l'autorité dispose d'un pouvoir d'appréciation particulièrement étendu (ATF 129 II 497 consid. 2.2 p. 505). En outre, l'autorité peut renoncer au moyen de preuve offert par une partie, pour autant qu'elle puisse admettre sans arbitraire que ce moyen n'aurait pas changé sa conviction (ATF 131 I 153 consid. 3 p. 157; 130 II 425 consid. 2.1 p. 429; 124 I 241 consid. 2 p. 242, et les arrêts cités). Pour le surplus, les parties à la procédure de recours ont le droit de recevoir toutes les écritures déposées et disposent en principe du droit de répliquer aux arguments des parties adverses (ATF 133 I 98, 100; ATF 2C_688/2007 du 11 février 2008).

Devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal, la procédure est en principe écrite (art. 27 al. 1 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative – LPA-VD; RSV 173.36; en vigueur depuis le 1^er janvier 2009). Les parties participent à l'administration des preuves (art. 34 al. 1 LPA-VD). L’autorité peut recourir à l’audition des parties et aux témoignages (art. 29 al. 1 let. a et f LPA-VD). Elle n'est toutefois pas liée par les offres de preuves formulées par les parties (art. 28 al. 2 LPA-VD); elle doit examiner les allégués de fait et de droit et administrer les preuves requises, si ces moyens n'apparaissent pas d'emblée dénués de pertinence (art. 34 al. 3 LPA-VD). Les art. 29 al. 2 Cst. et 27 al. 2 Cst./VD n’accordent en effet pas à la partie dans la procédure devant la juridiction administrative le droit inconditionnel d’être entendu oralement, ni celui d’obtenir l’audition de témoins ou la mise en œuvre d’une expertise, à moins que soit en cause l’examen personnel de la partie en cause (ATF 134 I 140 consid. 5.3 p. 148; 122 II 464 consid. 4c p. 469/470).

b) En l’espèce, le Tribunal peut se dispenser de l’audience réclamée par la recourante et s’en tenir à une procédure exclusivement écrite. La recourante s’est exprimée par écrit à deux reprises; on ne retire pas de ses explications qu’une audience doive être tenue. Les faits sont établis et le litige a trait à des questions d’ordre exclusivement juridique, que le Tribunal examine avec un plein pouvoir d’examen (art. 98 LPA-VD). Dès lors, par appréciation anticipée des preuves, le Tribunal s’estime en mesure de statuer en connaissance de cause, en se dispensant de convoquer une audience aux fins de recueillir les explications orales des représentants de la recourante et d’entendre d’éventuels témoins.

2. Le litige porte sur la recevabilité d'une réclamation contre des décisions de taxation d'office. En tant qu’elle a trait à l’impôt cantonal et communal, la décision attaquée est régie par la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RSV 642.11). S'agissant d'une matière harmonisée, la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), entrée en vigueur le 1^er janvier 1993, est également applicable. En droit fédéral, c’est la loi sur l’impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 (LIFD; RS 642.11), en vigueur depuis le 1^er janvier 1995, qui s'applique.

a) A teneur des art. 180 al. 1 LI, 46 al. 1 LHID et 130 al. 1 LIFD, l'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires. Elle effectue la taxation d'office sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou que les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue en l'absence de données suffisantes. Elle peut prendre en considération les coefficients expérimentaux, l'évolution de fortune et le train de vie du contribuable (art. 180 al. 2 LI, 130 al. 2 LIFD; cf. art. 46 al. 3 LHID). Selon la jurisprudence constante, la procédure de taxation est régie par la maxime inquisitoriale (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 255), laquelle est également applicable dans le cadre de la procédure de recours (art. 142 al. 4 LIFD; 172 al. 1 LI). L'autorité de taxation vérifie d'office le contenu de la déclaration; elle est tenue à cet égard par la maxime inquisitoire; il lui appartient d'établir tous les faits pertinents pour trancher la question qui lui est soumise pour aboutir à une taxation complète et exacte (v. Martin Zweifel, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2b, 2^ème édition, Bâle 2008, n° 2 ad 130 LIFD; Isabelle Althaus-Houriet, in Commentaire de la loi sur l’impôt fédéral direct, Bâle 2008, nos 2 et 3 ad 130 LIFD, réf. citées). Lorsque la déclaration remise est dûment remplie et accompagnée des annexes requises, les éléments imposables peuvent en théorie être déterminés, sans qu'il soit nécessaire de procéder à d'autres recherches. L'autorité de taxation peut ainsi se fier aux indications figurant dans la déclaration ou aux renseignements fournis par le contribuable s'ils sont crédibles et complets et ne sont pas affectés de contradictions (Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 4^ème éd., Berne 2002, p. 397).

De façon générale, le contribuable a une obligation de collaboration; il doit renseigner l'autorité fiscale sur tous les faits pertinents; il doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte. Aux termes de l’art. 126 al. 1 et 2 LIFD, le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (al. 1); à la demande de l’autorité de taxation, il doit notamment fournir des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et les autres attestations, ainsi que les pièces concernant ses relations d’affaires (al. 2). Les art. 42 LHID et 176 LI ont la même teneur. L’obligation de collaborer ne délie toutefois pas l’autorité de toute charge. Les organes de l’Etat et les particuliers doivent agir de manière conforme aux règles de la bonne foi (art. 5 al. 3 Cst.). L’autorité doit donc attirer l’attention de l’administré sur les faits qu’elle considère comme pertinents et les moyens de preuve qu’elle attend; elle doit également indiquer les sanctions éventuelles attachées à un défaut de collaboration (v. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3^ème éd., Berne 2011, n° 2.2.6.3, p. 295, références citées).

b) En droit cantonal comme en droit fédéral, le contribuable qui a été taxé d'office peut déposer une réclamation contre cette taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. La réclamation doit être motivée et indiquer, le cas échéant, les moyens de preuve (art. 186 al. 2 LI, 132 al. 3 LIFD; l'art. 48 al. 2 LHID a la même teneur). Le contribuable doit ainsi exécuter les obligations prévues aux articles 125 al. 1 et 2 et 175 LI et fournir toutes les pièces permettant à l’autorité de procéder à une taxation ordinaire. L’existence d'une motivation, accompagnée de l'indication des moyens de preuve, constitue une condition de recevabilité de la réclamation formée contre une taxation d'office, cela dans le cadre de l'art. 132 al. 3 LIFD (ATF 123 II 552, cons. 4c, spéc. p. 557 s.; ATF 2A.657/2005 du 9 juin 2006 in RF 62/2007, p. 44, consid. 2; 2A.277/2001 du 22 octobre 2001; 2A.453/2000 du 4 avril 2001). Il incombe au contribuable désireux de demander le réexamen de la décision par l'administration, de se soumettre lui-même, préalablement, aux exigences qu'il a éludées antérieurement et qui ont conduit à sa taxation d'office (dans le même sens, v. Peter Agner/Beat Jung/Gotthard Steinmann, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, Zurich 2001, § 7 ad art. 132, p. 424). Le contribuable ne peut, dans le cadre d'une réclamation contre une taxation d'office, se limiter à une contestation globale ou à une contestation partielle de positions uniques, car cela ne permet pas d'examiner d'emblée si la taxation d'office est manifestement inexacte (ATF 2A.39/2004 du 29 mars 2005, consid. 5.2, publié notamment in RF 60/2005 p. 520 et traduit in RDAF 2005 II p. 564). Il doit en tout cas être possible de reconnaître ce que le réclamant conteste dans la décision attaquée, par exemple le principe de la taxation d'office ou le montant de l'estimation opérée, ainsi que les arguments pertinents en fait et en droit sur lesquels il s'appuie (Hugo Casanova, in Commentaire romand, Bâle 2008, ad art 132 LIFD n° 23, p. 1277). Ainsi, le contribuable ne doit pas se contenter de mettre en doute la taxation d'office, mais doit prouver que celle-ci ne correspond pas à la situation réelle. Pour avoir une chance de succès, la contestation d'une taxation d'office nécessite que le contribuable lève toute incertitude sur les éléments fiscaux déterminants. Il doit prouver la réalité de l'état de fait matériel, dans son intégralité: les manquements aux obligations de procédure qui ont conduit à la taxation d'office seront rectifiés par le contribuable qui respectera spontanément et dûment les exigences formelles légales. La présentation des faits doit être détaillée de manière suffisante et les moyens de preuves adéquats doivent être, pour le moins, offerts (ATF 131 II 548, consid. 2.3; ATF 2A.39/2004 du 29 mars 2005, consid. 5.2, traduit in RDAF 2005 II 564). Pour le Tribunal fédéral, le contribuable ne doit pas se contenter de mettre en doute la taxation d'office, mais doit prouver que celle-ci ne correspond pas à la situation réelle. Si la production de la déclaration d'impôt non déposée n'est pas une condition de recevabilité de la réclamation (ATF 2C_463/2009 du 21 décembre 2009 consid. 4.1, qui confirme l'arrêt cantonal FI.2007.0103 du 10 juin 2009; 2C_579/2008 du 29 avril 2009, consid. 2.2 et les arrêts cités, publié in StE 2009 B 95.1 n°14), il appartient toutefois au réclamant de présenter les faits de manière suffisamment détaillée et de mentionner les moyens de preuve relatifs à cet état de fait (arrêt précité consid. 2.1).

c) De jurisprudence constante, il s'agit là d'exigences formelles (et non matérielles) dont le non-respect doit être sanctionné par un prononcé d'irrecevabilité de la réclamation, et non par son rejet. Ainsi, les législateurs fédéral et cantonal ont-ils expressément voulu que le contribuable qui désire que l'administration revoie sa propre décision de taxation se soumette lui-même, préalablement, aux exigences qu'il a éludées antérieurement et qui ont conduit à la taxation d'office. Il convient en effet d'éviter que le contribuable qui n'a pas rempli ses devoirs de collaboration puisse faire obstacle à la mission de l'administration en présentant une réclamation non motivée, pour obtenir ensuite le droit de produire les documents utiles à la taxation devant une autorité de recours qui devrait recommencer la procédure ab ovo, respectivement d'éviter qu'il puisse finalement obtenir d'être soumis à une procédure de taxation ordinaire au même titre que le contribuable qui a agi en temps utile (ATF 131 II 548, consid. 2.3; ATF 2A.39/2004 du 29 mars 2005, consid. 5.2, traduit in RDAF 2005 II 564; ATF 123 II 552 consid. 4c; ég. arrêt FI.2007.0103 du 10 juin 2009 consid. 2b, ainsi que les références citées).

d) Lorsque l'autorité de taxation n'est pas entrée en matière sur la réclamation, le Tribunal cantonal - qui a les mêmes compétences que l'autorité de taxation (art. 142 al. 4 LIFD) - doit d'abord examiner si les conditions formelles de recevabilité de la réclamation (forme écrite, délai, motivation, moyen de preuve, etc.) étaient, ou non, remplies. A cet égard, il doit uniquement examiner si l'autorité de réclamation a admis à bon droit que le réclamant n'avait pas établi le caractère manifestement inexact de la taxation. Si tel est le cas, il doit rejeter le recours déposé devant elle sans examiner lui-même le détail de la taxation. Si l'autorité de taxation n'est pas entrée en matière à tort sur la réclamation, l'autorité de recours peut alors, soit lui renvoyer la cause pour nouvelle décision, le cas échéant avec des instructions, soit procéder elle-même à une nouvelle taxation (art. 143 LIFD).

3. Ceci exposé, l’on doit maintenant se demander si, en l’occurrence, l'autorité intimée était en droit de déclarer irrecevable les réclamations dirigées contre les taxations d’office. Si tel devait être le cas, le tribunal devra rejeter le recours, sans examiner lui-même le détail des taxations. S’il apparaissait en revanche que c’est à tort que l'autorité inférieure n'est pas entrée en matière sur les réclamations, il y aurait lieu, dans ce cas, de lui renvoyer la cause pour nouvelle décision. La recourante invoque deux motifs principaux à l’appui de ses conclusions.

a) La recourante fait valoir en premier lieu que les conditions permettant à l’autorité de taxation de procéder à une évaluation d’office de ses éléments imposables n’étaient pas réunies en l’espèce.

A ses déclarations du 27 octobre 2007, la recourante a joint des comptes non signés et non encore approuvés par l’assemblée générale. Les articles 125 al. 2 LIFD et 175 al. 1 LI disposent à cet égard que les personnes physiques dont le revenu provient d’une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration les extraits de comptes signés (bilan, compte de résultats) de la période fiscale ou, à défaut d’une comptabilité tenue conformément à l’usage commercial, un état des actifs et des passifs, un relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés. Ces dispositions renvoient au Code des obligations, dont l’art. 957 prescrit que quiconque a l’obligation de faire inscrire sa raison de commerce au registre du commerce doit tenir et conserver, conformément aux principes de régularité, les livres exigés par la nature et l’étendue de ses affaires; ceux-ci refléteront à la fois la situation financière de l’entreprise, l’état des dettes et des créances se rattachant à l’exploitation, de même que le résultat des exercices annuels (al. 1). Les livres, les pièces comptables et la correspondance peuvent être tenus et conservés par écrit, par un moyen électronique ou par un moyen comparable, pour autant que la conformité avec la transaction de base soit garantie (al. 2). Le compte d’exploitation et le bilan doivent être conservés par écrit et signés. Les autres livres, les pièces comptables et la correspondance peuvent être conservés également par un moyen électronique ou par un moyen comparable, pour autant qu’ils puissent être rendus lisibles en tout temps (al. 3). Toute personne astreinte à tenir des livres doit dresser un inventaire et un bilan au début de son entreprise, ainsi qu’un inventaire, un compte d’exploitation et un bilan à la fin de chaque exercice annuel (art. 958 al. 1 CO). Le compte d’exploitation et le bilan annuel sont dressés conformément aux principes généralement admis dans le commerce; ils doivent être complets, clairs et faciles à consulter, afin que les intéressés puissent se rendre compte aussi exactement que possible de la situation économique de l’entreprise (art. 959 CO). Le compte d’exploitation et le bilan sont signés par le chef d’entreprise ou, le cas échéant, par tous les associés personnellement responsables; s’il s’agit de sociétés anonymes, de sociétés en commandite par actions, de sociétés à responsabilité limitée ou de sociétés coopératives, ils sont signés par les personnes chargées de la gestion (art. 961 CO).

Dès lors, l’art. 125 al. 2 LIFD implique que les personnes morales doivent soumettre à l’autorité fiscale les comptes approuvés par l'organe compétent, (v. Martin Zweifel, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, vol. II, 2^ème édition, Bâle 2008, ad 125 LIFD n° 26 p. 295). Ainsi, la société contribuable ne remplit pas son obligation de collaboration en remettant des comptes non signés ou non approuvés par l’organe compétent soit, s’agissant de la société anonyme, l’assemblée générale des actionnaires (cf. art. 698 al. 2 ch. 4 CO). Il en résulte que si cette informalité n’est pas corrigée, malgré sommation, la société contribuable s’expose à une évaluation d’office de ses éléments imposables, conformément à l’art. 130 al. 2 LIFD (Zweifel, ibid.). Il n’en demeure pas moins que l’obligation de signer les comptes ne constitue qu’une simple prescription d’ordre et non une condition de validité de ceux-ci; il importe de veiller à cet égard que les comptes ont bien été signés et approuvés (v. arrêt du Tribunal administratif du canton de Zurich du 27 octobre 1999, in StE 2000 B.92.3, n° 11, consid. 4). L'absence de signature au pied du bilan est du reste sans incidence sur son aptitude à servir de preuve, pour autant qu’il puisse être établi que ce document a été dressé par les personnes qui doivent le signer ou que celles-ci l'ont accepté (ATF 103 IV 140 consid. 1b p. 25). Ainsi, une taxation d’office pour absence de signature ne pourra intervenir que si l’autorité fiscale a des raisons sérieuses de douter de l’authenticité des comptes qui lui sont soumis par la société contribuable (Zweifel, ibid., p. 296).

En l’occurrence, se pose la question du bien-fondé de la taxation d’office, dès lors que l’autorité de taxation a estimé que la recourante n’avait pas rempli son devoir de collaboration, bien que ses déclarations fussent accompagnées de comptes correctement présentés, contenant une annexe fournie, certes non signés, le tout au surplus complété par une note d’information à l’attention du taxateur. L’autorité intimée estime, cela étant, que les comptes produits à l’appui de ses déclarations pour les années 2003 et 2006 souffrent de plusieurs informalités. Non seulement ils ne sont pas signés, mais par surcroît n’ont pas été approuvés par l’assemblée générale. Ces comptes ont du reste été présentés comme provisoires, la recourante se réservant même la possibilité de les modifier suivant le résultat de la procédure concernant les années 1995 à 2002. Dès lors, ces comptes ne sont pas simplement affectés d’un vice formel, comme la recourante paraît le soutenir; leur validité matérielle est surtout sujette à caution. La recourante elle-même le reconnaît, puisqu’elle a toujours expliqué se trouver dans l’incapacité de les finaliser, au moins jusqu’à droit jugé dans la procédure pour soustraction portant sur les périodes fiscales antérieures, dans la mesure où celle-ci pouvait affecter sa comptabilité. Sans doute, l’autorité de taxation avait la faculté, dans une situation de ce genre et au vu des explications de la recourante, de notifier dans un premier temps une taxation provisoire, conformément aux articles 162 al. 1 LIFD et 219 al. 1 LI, «sur la base de la déclaration ou sur celle de la taxation précédente ou encore selon une estimation du montant dû»; elle n’en avait toutefois nullement l’obligation. La recourante perd de vue qu’obligation est faite à l’administration de la société anonyme de convoquer une assemblée générale ordinaire chaque année, dans les six mois qui suivent la clôture de l’exercice (art. 699 al. 2 CO). Cela signifie que les comptes annuels doivent être approuvés dans ce délai (v. Peter Forstmoser/Arthur Meier-Hayoz/Peter Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, Berne 1996, § 51 N. 77, p. 696; Marc Bauen/Robert Bernet/Nicolas Rouiller, La société anonyme suisse, Zurich 2007, note 1 ad ch. 339 p. 127). A cela s’ajoute, sur le plan fiscal, la règle de l’art. 79 al. 3 LIFD: chaque année civile, l’année de fondation exceptée, les comptes doivent être clos et un bilan et un compte de résultats établis (v. sur ce point, Marc Bugnon, in Commentaire romand, ad 79 LIFD n° 3, p. 996). Quoi qu’elle en dise, la recourante avait donc l’obligation d’établir des comptes chaque année, y compris pour les exercices 2003 à 2006. Du dossier de pièces qu’elle a produit, il ressort du reste que les comptes 2003 à 2005 ont été audités le 6 août 2007. Cela signifiait que ces comptes étaient définitifs au moment où la déclaration d’impôt a été établie. Dès lors, la recourante ne pouvait se contenter de présenter ces comptes comme provisoires, puisque par définition de tels comptes ne sont pas susceptibles d’être approuvés par une assemblée générale.

Il résulte de ce qui précède que les comptes produits par la recourante, tels qu’ils ont été présentés à l’autorité de taxation, étaient affectés d’un vice aussi bien formel que matériel, auquel celle-ci n’a pas remédié après les sommations qui lui ont été adressées. Dans sa réplique, la recourante a annoncé que les comptes produits avaient en définitive été signés par les administrateurs et audités par l’organe de révision; on y reviendra plus loin. Or, ces signatures sont intervenues postérieurement à la réclamation, de sorte que la comptabilité produite demeure entachée d’un défaut rédhibitoire, qu’une signature à l’évidence tardive ne saurait réparer (v. sur ce point, ATF 2C_669/2008 du 8 décembre 2008, consid. 7.2). Les conditions permettant à l’autorité de taxation de procéder à une évaluation d’office des éléments imposables de la recourante étaient par conséquent réunies.

b) En second lieu, la recourante soutient que sa réclamation était recevable dès l’instant où, durant la procédure de réclamation, elle avait réparé le défaut initial de collaboration à la taxation.

Dans son acte du 5 janvier 2009, la recourante s’est d’abord limitée à contester les taxations d’office qui lui ont été notifiées. En outre, elle s’est simplement référée à l’argumentaire présenté devant le Tribunal cantonal dans le cadre de la cause FI.2009.0001, qui, faut-il le rappeler concerne les périodes fiscales antérieures. S’agissant des éléments imposables durant les périodes concernées par la présente procédure, soit les années 2003 à 2006, la recourante a simplement indiqué qu’il n’y avait pas lieu de réintégrer partiellement dans son bénéfice imposable les charges comptabilisées en relation avec la sous-traitance à A.________ SA et celles concernant la location d’avions privés, d’une part, et que son bénéfice imposable ne devait pas être augmenté «étant donné que la marge réalisée par la société est conforme au principe de la pleine concurrence», d’autre part. Cela s’avère à l’évidence insuffisant; la recourante n’a pas démontré, ce faisant, qu’elle entendait se prêter désormais à la collaboration qu'elle avait négligée jusqu'alors. Comme on l’a vu ci-dessus, la recourante n’avait toujours pas joint à sa réclamation une comptabilité définitive et approuvée par son assemblée générale, comme lui demandait l’autorité de taxation et ainsi qu’on pouvait l’attendre de sa part.

C’est seulement dans sa réponse négative du 15 juin 2010 aux propositions de règlement qui lui ont été adressées par l’autorité de taxation, que la recourante a finalement indiqué que les comptes joints aux déclarations, présentés jusqu’alors comme provisoires, devaient être considérés comme définitifs. Sans doute, les comptes 2003 à 2005, on l’a dit plus haut, avaient été audités le 6 août 2007; les comptes 2006 l’ont été le 20 octobre 2008. La recourante n’en avait pas moins présenté ceux-ci comme provisoires. Quoi qu’il en soit, l’essentiel est de relever que, lorsque la recourante a informé l’autorité de taxation de ce que ces comptes étaient définitifs, la procédure de réclamation était toujours pendante. En effet, l’autorité intimée, à laquelle la réclamation n’avait pas été transmise, n’avait pas encore statué. A cet égard, on rappelle que, parmi les principes constitutionnels applicables en matière fiscale à la procédure contentieuse, le droit du contribuable d'être entendu doit être respecté. Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., celui-ci comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier (ATF 126 I 7 consid. 2b p. 10), de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 127 III 576 consid. 2c p. 578 s.; 127 V 431 consid. 3a p. 436; 124 II 132 consid. 2b p. 137 et la jurisprudence citée). Le respect de ce droit a du reste conduit la jurisprudence à nuancer quelque peu la rigueur dont est empreinte la procédure de réclamation contre une taxation d’office (v. sur ce point, arrêts FI.2010.0080 du 11 mai 2011; FI.2003.0030 du 29 septembre 2003; FI.2002.0017 du 14 octobre 2002). En l’espèce, il s’avère que la recourante a satisfait, pendant la procédure de réclamation, à la sommation qui lui avait été adressée de produire des comptes «définitifs». La recourante avait ainsi offert de prouver à l’autorité que les taxations d’office qui lui avaient été notifiées ne correspondaient pas à sa situation réelle. Il s’ensuit que, dès cet instant, sa réclamation apparaissait comme suffisamment motivée au sens où les articles 132 al. 3 LIFD et 186 al. 2 LI le requièrent et partant, recevable. Par conséquent, en lui opposant l’irrecevabilité de sa réclamation, l’autorité intimée n’a pas respecté le droit de la recourante à être entendue, soit à ce que l’autorité entre en matière sur le contenu de sa réclamation.

4. Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal à admettre le recours et à annuler la décision attaquée. La cause est renvoyée à l’autorité intimée pour qu’elle entre en matière sur la réclamation et rende une nouvelle décision au sens des considérants qui précèdent. Vu le sort du recours, le présent arrêt sera rendu sans frais (art. 48, 52 al. 1 et 91 LPA-VD). En outre, des dépens seront alloués à la recourante, celle-ci obtenant gain de cause avec l’assistance d’un conseil (art. 55 et 91 LPA-VD).

Par ces motifs
la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:

I. Le recours est admis.

II. La décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts, du 12 avril 2012, est annulée, la cause lui étant renvoyée pour instruction et nouvelle décision au sens des considérants du présent arrêt.

III. Le présent arrêt est rendu sans frais.

IV. L’Administration cantonale des impôts, soit pour elle le Département des finances et des relations extérieures, versera à X.________ SA des dépens, arrêtés à 2'000 (deux mille) francs.

Lausanne, le 26 novembre 2012

Le président: Le greffier:

Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.