TRIBUNAL CANTONAL

COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC

Composition

M. Guillaume Vianin, président; MM. Bernard Jahrmann et Roger Saul, assesseurs; M. Patrick Gigante, greffier.

Recourante

X.________ Sàrl en liquidation, à 1********, représentée par
Me Christian Dénériaz, avocat à Lausanne.

Autorité intimée

Administration cantonale des impôts, à Lausanne.

Autorité concernée

Administration fédérale des contributions, Division principale DAT, à Berne.

Objet	Impôt cantonal et communal (soustraction), impôt fédéral direct (soustraction)
	Recours La Société c/ décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts du 22 avril 2014 (rappel d'impôts et prononcé d'amendes - périodes fiscales 2001 à 2009)

Vu les faits suivants

A. La Société à responsabilité limitée X.________ Sàrl (dont la raison sociale est actuellement "X.________ Sàrl en liquidation"; ci-après: la Société, la contribuable ou la recourante), sise à 1********, a été inscrite au registre du commerce du canton de Vaud le 15 décembre 1992. Son capital social se monte à vingt parts de 1'000 fr. chacune. Elle avait pour but: installation de plafonds suspendus, plâtrerie, peinture, stores et tout agencement intérieur. Elle avait pour associé gérant Y.________, lui-même époux de Z.________, lesquels ont successivement été domiciliés à 2********, puis à 3********. Selon décision de l’assemblée de ses associés du 8 octobre 2015, la Société a prononcé sa dissolution.

B. a) Le 3 septembre 2002, la Société a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2001; elle a annoncé un bénéfice imposable de 26’956 fr. et un capital imposable de 169’701 francs. Le 7 juillet 2006, l’Office d’impôt des personnes morales (ci-après: l’office d’impôt ou l’autorité de taxation) a arrêté le bénéfice imposable à 26’900 fr. et le capital imposable à 169’000 francs. Le 10 septembre 2003, la Société a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2002; elle a annoncé une perte de 5’701 fr. et un capital imposable de 164’090 francs. Le 7 juillet 2006, l’office d’impôt a retenu une perte de 5’700 fr. et arrêté le capital imposable à 164’000 francs. Le 28 septembre 2004, la Société a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2003; elle a annoncé une perte de 8'757 fr. et un capital imposable de 155’333 francs. Le 7 juillet 2006, l’office d’impôt a admis la perte déclarée et arrêté le capital imposable à 155’000 francs. Le 21 septembre 2005, la Société a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2004 ; elle a annoncé un bénéfice de 5’659 fr. et un capital imposable de 160’000 francs. Le 14 septembre 2009, l’office d’impôt a arrêté le bénéfice imposable à zéro franc, en raison du report de pertes, et le capital imposable à 160'000 francs. Le 26 septembre 2006, la Société a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2005; elle a annoncé un bénéfice imposable de 4'198 fr. et un capital imposable de 165’191 francs. Le 14 septembre 2009, l’office d’impôt a arrêté le bénéfice imposable à zéro franc, en raison du report de pertes, et le capital imposable à 165’000 francs. Le 25 octobre 2007, la Société a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2006; elle a annoncé un bénéfice de 42’014 fr. et un capital imposable de 207’205 francs. Le 14 septembre 2009, l’office d’impôt a arrêté le bénéfice imposable à 37'400 fr., en raison du report de pertes, et le capital imposable à 207’000 francs. Le 24 juin 2008, la Société a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2007; elle a annoncé un bénéfice de 78’227 fr. et un capital imposable de 285’433 francs. Le 14 septembre 2009, l’office d’impôt a arrêté le bénéfice imposable à 78'200 fr. et le capital imposable à 285’000 francs. Le 8 juin 2009, la Société a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2008; elle a annoncé un bénéfice de 29’098 fr. et un capital imposable de 314’531 francs. Le 14 septembre 2009, l’office d’impôt a arrêté le bénéfice imposable à 29’000 fr. et le capital imposable à 314’000 francs.

Les décisions de taxation portant sur les périodes fiscales 2001 à 2008 sont entrées en force.

Le 30 août 2010, la Société a déposé sa déclaration pour l’année 2009; elle a annoncé un bénéfice de 61'037 fr. et un capital imposable de 375'569 francs.

b) Le 9 mars 2010, une dénonciation anonyme, aux termes de laquelle La Société détiendrait plusieurs comptes bancaires non déclarés, est parvenue aux autorités fiscales.

Le 10 février 2011, l’Administration cantonale des impôts (ci-après: l’ACI) a ouvert une procédure en rappel d’impôt à l’encontre de la Société pour les périodes fiscales 2001 à 2008. Le 21 mars 2011, la Société, par la plume de son mandataire, A.________ SA, a produit un relevé du chiffre d’affaires qu’elle disait avoir encaissé sur un compte UBS et un compte BCV non déclarés, ajoutant qu’elle pensait de bonne foi que ces comptes l’avaient été; il s’agissait des montants suivants:

années	UBS	BCV	totaux
2001	84'491,40	0	84'491,40
2002	151'125,75	0	151'125,75
2003	260'097,60	63'332,80	323'430,20
2004	384'022,40	201'463,26	585'485,66
2005	195'523,10	105'717,46	301'240,56
2006	344'042,60	98'066,95	442'109,55
2007	551'953,45	136'831,06	688'784,51
2008	946'228,35	328'079.45	1'274'307,80
2009	711'987,75	364'822.90	1'076'810,65
Totaux	3'629'472,40	1'298'313,88	4'927'786,14

Le 12 avril/3 mai 2011, les comptes de la Société ont été contrôlés en ses bureaux.

Le 18 juillet 2011, un avis d’ouverture d’une procédure pour soustraction d’impôt a été notifié à la Société. Deux demandes successives de pièces lui ont été adressées les 18 juillet et 15 novembre 2011; la contribuable y a donné suite.

Le 21 juin 2012, l’ACI a notifié à la Société un avis de prochaine clôture de l’enquête, aux termes duquel elle se proposait de lui adresser, pour les périodes fiscales 2001 à 2009, des compléments d’impôt cantonal et communal (ICC) pour un montant total de 1'176'437 fr.60 et des compléments d’impôt fédéral direct (IFD) pour un montant total de 450'117 fr.50, soit au total 1'626'555 fr.10. Le 2 juillet 2012, Y.________ et un représentant de A.________ SA ont été entendus par des représentants de l’ACI, dans les bureaux de celle-ci. Le 23 août 2012, la Société a produit un classeur relatif aux sous-traitants, dont elle avait "retrouvé les adresses".

c) Le 31 janvier 2013, l’ACI a notifié à la Société une décision de rappels d’impôt (périodes 2001 à 2008), de taxation définitive (période 2009) et de prononcés d’amendes (2001 à 2009). Les reprises suivantes ont été opérées dans les comptes de la Société:

	Libellé	Années de calcul et de taxation
		2001	2002	2003	2004	2005	2006	2007	2008	2009	Totaux
	Reprises sur le bénéfice
1	Eléments soustraits
	Prestations appréciables en argent en faveur de l’associé Y.________
	CA non déclaré crédité en compte:
1.01	Chiffre d’affaires s/ UBS 320143.01L	84’491	151’126	260’098	391’394	195’523	344’043	551’953	1'171’829	748’489	3'898’946
1.02	Chiffre d’affaires s/ BCV T5061.80.23			63’333	181’463	105’717	98’067	136’831	328’079	375’552	1'289’043
	CA non déclaré encaissé au comptant
1.03	Regimo SA, facture n°3414 du 16.02.04				8’900						8’900
1.04	SC Perfecta Sàrl, facture n°3726 du 7.07.05					21’305					21’305
1.05	Pierre Kern, facture n°3628 du 5-08.05					11’000					11’000
1.05	Pierre Kern, facture n°3648 du 5.10..05					3’500					3’500
1.05	Pierre Kern, facture n°3649 du 5.10.05					9’500					9’500
1.05	Pierre Kern, facture n°3628 du 14.11.05					6’000					6’000
	./.. Charges justifiées commercialement
1.06	G.Fischer System payé le 07.01.09 par BCV									-106’354	-106’354
1.07	Masson & Cie payé le 07.01.09 par BCV									-47’452	-47’452
1.08	Haag Georg AG payé le 24.01.09 par UBS									-53’074	-53’074
1.09	Vali Sàrl payé le 7.01.09 par UBS									-35’409	-35’409
1.10	SC Perfecta payé le 20.10.08 au guichet UBS								-32’280		-32’280
1.11	Vali Sàrl payé le 26.11.08								-16’221		-16’221
1.12	Fischer Sysr. Technik (4'222,80) refusé								0		0
1.13	MetallPfister payé le 02.08.08 par UBS								-59’230		-59’230
	Charge non justifiée commercialement:
1.14	Griesser Stores et volets roulants							1’833			1’833
	Stock:
1.15	Variation stock:									400’000	400’000
	Charges sous-traitants non comptabilisées:
1.18	Silent Gliss SA									-89’302	-89’302
	Comptes bancaires non déclarés
1.16	Résultat de clôture BCV T5061.80.23			-74	-45	-55	-47	-37	-34	6	-286
1.17	Résultat de clôture UBS 320143.01L	-147	75	69	-4	-33	-25	-30	24	-56	-127
	Total des éléments soustraits	84’344	151’201	323’425	577’808	352’457	442’038	690’551	1'392’169	1'192’401	5'206’394
	Total des reprises sur le bénéfice	84’344	151’201	323’425	577’808	352’457	442’038	690’551	1'392’169	1'192’401	5'206’394

	Reprises sur le capital
1	Eléments soustraits
1.01	Stock de marchandises selon police ECA									400’000	400’000
1.02	Compte bancaire UBS 320143.01L	58’759	149’160	104’326	92’279	103’569	87’086	279’665	143’736	157’146	1'175’725
1.03	Compte bancaire BCV T5061.80.23			20’259	14’178	40’841	35’561	19’355	177’400	30’133	337’726
	Total des éléments soustraits	58’759	149’160	124’585	106’456	144’409	122’647	299’020	321’136	587’279	1'913’451
	Total des reprises sur le capital	58’759	149’160	124’585	106’456	144’409	122’647	299’020	321’136	587’279	1'913’451

Les éléments imposables de la Société ont dès lors été fixés comme suit:

Période de taxation	Bénéfice imposé/déclaré ICC	Bénéfice imposable ICC	Capital imposé/déclaré ICC	Capital imposable ICC	Bénéfice imposé/déclaré IFD	Bénéfice imposable IFD
2001	26’900	111’300	169’000	228’999	26’900	111’300
2002	0	145’500	164’000	313’000	0	145’500
2003	0	314’600	155’000	279’000	0	314’600
2004	0	583’400	160’000	267’000	0	583’400
2005	0	356’600	165’000	309’000	0	356’600
2006	37’400	484’000	207’000	329’000	37’400	464’000
2007	78’200	768’700	285’000	584’000	78’200	768’700
2008	29’000	1'421’200	314’000	635’000	29’000	1'421’200
2009	61’000	1'253’400	375’000	962’000	61’000	1'253’400

Sur cette base, des rappels d’impôt (années 2001 à 2008) et une taxation définitive (2009) ont été notifiés à la Société dans la mesure suivante:

Période de taxation	Bénéfice Canton	Bénéfice Communes	Bénéfice total ICC	Capital Canton	Capital Communes	Capital total ICC	Bénéfice IFD
2001	10'343,25	8'338,70	18'681,95	91,30	73,60	164,90	7’174,00
2002	17'831,00	14'375,40	32'208,40	230,65	185,95	416,60	12'367,50
2003	38'554,20	31'082,45	69'636,65	191,95	154,75	346,70	26'741,00
2004	83'965,80	45'169,70	129'135,50	194,55	104,65	299,20	49'589,00
2005	51'323,65	27'609,75	78'933,40	261,80	140,85	402,65	30'311,00
2006	64'276,95	34'578,05	98'855,00	221,80	119,35	341,15	37'961,00
2007	99'380,20	53'461,95	152'842,15	543,60	292,45	836,05	58'962,50
2008	200'372,40	107'791,10	308'163,50	583,55	313,95	897,50	118'337,00
2009	171'516,15	92'321,55	263'937,70	0	0	0	101'354,00
Totaux	737'663,60	414'728,65	1'152'392,25	2'319,20	1'385,55	3'704,75	442'527,00

En outre, les amendes suivantes ont été prononcées à l’encontre de la Société, pour soustraction (périodes 2001 à 2008), respectivement tentative de soustraction (période 2009), s'agissant de l’impôt cantonal et communal et de l’impôt fédéral direct:

Période de taxation	Canton	Communes	Total ICC	IFD
2001	8’300	6’700	15’000	5’700
2002	14’400	11’600	26’000	9’800
2003	31’000	24’900	55’900	21’300
2004	67’300	36’200	103’500	39’600
2005	41’200	22’22	63’400	24’200
2006	51’600	27’700	79’300	30’300
2007	79’900	43’000	122’900	46’900
2008	160’600	86’400	247’200	94’600
2009	91’500	49’200	140’700	54’000
Totaux	546’000	307’900	853’900	326’400

d) Le 4 mars 2013, la Société a formé une réclamation à l’encontre de cette décision. Le 5 février 2014, l’ACI a adressé au mandataire de la contribuable un courrier électronique afin de permettre à celle-ci de compléter son argumentation ; ni la contribuable, ni son mandataire n’ont répondu. Le 22 avril 2014, la réclamation a été rejetée par l’ACI.

C. Auparavant, le 31 janvier 2013, l’ACI a également notifié à X.________ et Y.________ une décision de rappels d’impôt et prononcés d’amendes, contre laquelle ces derniers ont formé une réclamation. Le 22 avril 2014, l’ACI a rejeté la réclamation.

D. La Société, d’une part (cause enregistrée sous n°FI.2014.0062), Y.________ et Z.________, d’autre part (cause enregistrée sous n°FI.2014.0061), ont recouru contre les décisions sur réclamation précitées. Ils ont conclu à l’annulation de la décision la/les concernant et au renvoi de la cause à l’autorité intimée pour qu'elle complète l’instruction et statue à nouveau. Ils ont requis la tenue d’une audience, l’audition de témoins et la mise en œuvre d’une expertise.

Les deux causes ont été jointes sous n°FI.2014.0061.

L’ACI a produit l’intégralité de ses dossiers; elle conclut au rejet des recours et à la confirmation des décisions attaquées.

La Société et les époux YZ.________ ont répliqué. Ils maintiennent leurs conclusions.

Dans sa duplique, l’ACI maintient les siennes.

Les recourants se sont déterminés par écrit.

E. Le 19 août 2015, les parties ont été informées de ce que la cause avait été attribuée à un nouveau juge instructeur.

Le 24 août 2015, les recourants ont été invités à indiquer s’ils optaient pour la procédure unifiée (dans laquelle la même section du Tribunal statue sur la taxation et l’amende) ou pour la procédure séparée (dans laquelle une section statue sur la taxation et une autre sur l’amende). Le 7 septembre 2015, ils ont déclaré opter pour une procédure unifiée.

F. Le Tribunal a tenu audience le 20 octobre 2015. Il a recueilli les explications des parties, soit pour les recourants Y.________ qui représentait tant la Société que son épouse et était assisté de l'avocat Christian Dénériaz. B.________, inspectrice fiscale, et C.________, juriste, représentaient, pour leur part, l’ACI. Le Tribunal a en outre procédé à l’audition du témoin amené D.________.

Postérieurement à l’audience, le procès-verbal a été communiqué aux parties et celles-ci ont été acheminées à se déterminer par écrit; dans leurs écritures; elles ont maintenu leurs conclusions respectives.

G. Y.________ est décédé le 29 octobre 2015. La faillite de sa succession, entre-temps répudiée, a été prononcée le 15 mars 2016 par le Président du Tribunal d’arrondissement de Lausanne et ouverte par l’Office des faillites de l’arrondissement de Lausanne, le 6 avril 2016.

L’Office des faillites a requis la suspension de la cause, conformément à l’art. 207 de la loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP; RS 281.1). L’ACI a requis la disjonction de la cause n°FI.2014.0062.

Le 9 mai 2016, le juge instructeur a rendu une décision incidente, aux termes de laquelle il a suspendu l’instruction de la cause n°FI.2014.0061, celle-ci pouvant être reprise à la requête de la partie la plus diligente (ch. I); la cause n°FI.2014.0062 a été disjointe de la cause n°FI.2014.0061, dont elle serait instruite et jugée séparément (ch. II).

Le 10 mai 2016, le juge instructeur a fixé aux parties un délai pour déposer leurs déterminations finales.

Le 18 mai 2016, l’ACI s’est référée à ses dernières écritures.

Le 15 juin 2016, la Société s’est déterminée; elle maintient sa réquisition tendant à la mise en œuvre d’une expertise et ses conclusions; elle a notamment fait valoir l’élément suivant:

« (…)

A titre d'explication finale, elle entend encore se référer aux déclarations des représentants de l'Administration cantonale des impôts lors de l'audience du 20 octobre 2015 lors de laquelle Mmes B.________ et C.________ ont évoqué un calcul interne permettant de dégager une marge de 15 % en faveur de la société. Même si ces déclarations de l'administration intimée n'ont pas été documentées en audience, ni protocolées au procès-verbal de cette dernière, elles démontrent à l'envi le caractère arbitraire de la décision attaquée et plaident tout naturellement pour la mise en œuvre d'une expertise neutre.»

Invitée à se prononcer sur le bien-fondé et la pertinence des allégations de la Société, l’ACI s’est déterminée, le 1^er juillet 2016, de la manière suivante:

« (…)

La recourante a soutenu dans son mémoire complémentaire du 19 janvier 2015 que les reprises de l'ACI faisaient apparaître une marge bénéficiaire de 92.2% en faveur de la recourante, laquelle était totalement exorbitante.

Dans son écriture du 9 février 2015, l'ACI a démontré que les calculs de la recourante n'étaient pas probants, dans la mesure où ils n'étaient pas établis sur une base consolidée. En annexe de sa détermination, l'ACI a remis une feuille de calcul, lequel faisait ressortir une marge bénéficiaire nette calculée sur le chiffre d'affaires total oscillant entre 13 et 34%, soit en moyenne 22%.

Cette détermination chiffrée constitue le seul calcul établi par l'ACI dans ce dossier, et il n'a été réalisé que pour démontrer le caractère fallacieux des chiffres avancés par la recourante.

L'ACI maintient que les charges de la recourante, pour lesquelles le fardeau de la preuve lui incombe, ne peuvent pas faire l'objet d'un calcul d'estimation. Dès lors, suivant cette approche, il n'y a pas lieu de procéder à des calculs de marge. L'ACI n'a effectué aucun calcul interne de marge comme le suggère la recourante.

Les représentantes de l'ACI, présentes à l'audience du 20 octobre 2015, n'ont pas de souvenir d'un chiffre de 15%. L'ACI relève qu'un chiffre de 14.3% avait été allégué par M. D.________ en audience, sur la base de ses propres calculs (voir procès-verbal d'audience, p. 2), lesquels sont contestés par l'ACI. En sus, les représentantes de l'ACI contestent toute allégation qui n'a pas été consignée dans le procès-verbal.

Compte tenu de ce qui précède, l'ACI maintient ses reprises.

(…)»

Bien qu’un délai au 11 juillet 2016 lui ait été imparti pour se déterminer sur cette dernière écriture, la Société n’a pas procédé.

H. Le Tribunal a statué à huis clos, par voie de circulation.

Considérant en droit

1. A teneur de l’art. 140 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), le contribuable peut s'opposer à la décision sur réclamation de l'autorité de taxation en s'adressant, dans les 30 jours à compter de la notification de la décision attaquée, à une commission de recours indépendante des autorités fiscales. Aux termes de l’art. 199 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RSV 642.11), le recours au Tribunal cantonal s'exerce conformément à la loi sur la procédure administrative. Le recours ayant été interjeté dans la forme prescrite (cf. art. 140 al. 2 LIFD et 79 de la loi cantonale du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD; RSV 173.36]) et le délai de trente jours (cf. art. 140 al. 1 LIFD et 95 LPA-VD), il y a lieu d’entrer en matière.

2. La recourante a requis la tenue d’une audience afin que ses représentants puissent s’exprimer oralement et faire entendre des témoins. Une audience a été convoquée à cet effet le 20 octobre 2015, au cours de laquelle le témoin D.________ a été entendu. Cette réquisition n'a dès lors plus d'objet. La recourante requiert toutefois aussi la mise en œuvre d’une expertise.

a) Devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal, la procédure est en principe écrite (art. 27 LPA-VD). Les parties participent à l'administration des preuves (art. 34 al. 1 LPA-VD). A cet effet, l’autorité peut, notamment, recourir aux moyens de preuve suivants (art. 29 al. 1 LPA-VD): audition des parties (let. a), inspection locale (let. b), expertise (let. c), documents, titres et rapports officiels (let. d); renseignements fournis par les parties, des autorités ou des tiers (let. e), témoignages (let. f). Elle n'est toutefois pas liée par les offres de preuves formulées par les parties (art. 28 al. 2 LPA-VD); elle doit examiner les allégués de fait et de droit et administrer les preuves requises, si ces moyens n'apparaissent pas d'emblée dénués de pertinence (art. 34 al. 3 LPA-VD).

Sans qu’il n’en résulte une violation du droit d’être entendu, garanti par les art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101) et 27 al. 2 de la Constitution du canton de Vaud, du 14 avril 2003 (Cst./VD; RSV 101.01), l'autorité peut renoncer au moyen de preuve offert par une partie, pour autant qu'elle puisse admettre sans arbitraire que ce moyen n'aurait pas changé sa conviction (ATF 131 I 153 consid. 3 p. 157; 130 II 425 consid. 2.1 p. 429; 124 I 241 consid. 2 p. 242, et les arrêts cités). Le droit de faire administrer des preuves, découlant du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., suppose que le fait à prouver soit pertinent, que le moyen de preuve proposé soit nécessaire pour constater ce fait et que la demande soit présentée selon les formes et délais prescrits par le droit cantonal. Cette garantie constitutionnelle n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 134 I 140 consid. 5.3).

b) En l’occurrence, la recourante s’est déterminée par écrit à quatre reprises et a produit de nombreuses pièces. L’autorité intimée a produit son dossier complet. Les parties se sont exprimées au cours de l’audience du 20 octobre 2015. Les faits sont établis. La recourante, ainsi qu’on le verra ci-dessous, offre de démontrer que la décision attaquée est entachée d’arbitraire et que les reprises fiscales sont disproportionnées. Selon ses explications, celles-ci reviendraient à lui imputer une marge bénéficiaire qu’elle serait dans l’impossibilité de réaliser. La recourante entend qu’une expertise soit mise en œuvre afin de démontrer ce qui précède. L’offre de preuve qui motive la réquisition de la recourante n’est toutefois pas déterminante pour la résolution du litige, comme on le verra ci-dessous. Ce dernier a en effet trait à des questions d’ordre exclusivement juridique, que le Tribunal examine avec un plein pouvoir d’examen (cf. art. 98 LPA-VD).

Dès lors, par appréciation anticipée des preuves, la cour s’estime en mesure de statuer en connaissance de cause, en se dispensant de donner suite à la réquisition tendant à ce qu’une expertise soit mise en œuvre.

3. Le litige a trait en l’espèce aux reprises opérées par l’autorité intimée dans les comptes de la recourante, afin de déterminer le bénéfice et le capital imposable de cette dernière durant les périodes de taxation 2001 à 2009. Il a trait aussi bien à l’impôt cantonal et communal sur le revenu et la fortune qu’à l’impôt fédéral direct. S’agissant de l’impôt cantonal et communal, la LI a abrogé la loi homonyme, du 26 novembre 1956 (aLI), dès son entrée en vigueur le 1^er janvier 2001 (art. 278 et 279 LI). Elle est donc applicable aux périodes ici en cause. S’agissant de l’impôt fédéral direct, la LIFD a abrogé l’arrêté du Conseil fédéral concernant la perception d’un impôt fédéral direct, du 9 décembre 1940 ([AIFD]; art. 201 LIFD), dès son entrée en vigueur le 1^er janvier 1995. Elle est donc également applicable. A l’image de l’autorité intimée et comme la jurisprudence lui permet de le faire, le Tribunal tranchera les recours aussi bien pour ce qui concerne l’impôt cantonal et communal, d’une part, et l’impôt fédéral direct, d’autre part (arrêt du Tribunal fédéral 2C_60/2013 et 2C_61/2013 du 14 août 2013 consid. 1; ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.; 131 II 553 consid. 4.2 p. 559; 130 II 509 consid. 8.3 p. 511).

4. a) En tant qu’il protège le droit de l’accusé de ne pas s’incriminer lui-même (selon l’adage « nemo tenetur se ipsum accusare vel procedere »), l’art. 6 CEDH s’applique à la procédure fiscale de caractère pénal; en revanche, le contentieux qui se rapporte à la taxation fiscale n’entre pas dans le champ d’application de cette disposition ; partant la maxime précitée ne vaut pas dans ce domaine (arrêts de la Cour européenne des droits de l’homme Ferrazzini c/Italie du 12 juillet 2001, Recueil 2001-VII p. 327, et J.B. c/Suisse du 3 mai 2001, Recueil 2001-III p. 455ss, RDAF 2001 II p. 1ss; ATF 121 II 257 consid. 4b p. 264; arrêt 2P.34/2004 et 2A.67/2004 du 17 février 2005, consid. 4.2). Afin d’éviter que les renseignements obtenus du contribuable dans la procédure de taxation, à laquelle il a le devoir de collaborer, puissent être utilisés pour les besoins de la procédure pénale dans laquelle l’accusé a le droit de se taire, le Tribunal statue en deux étapes: il rend un arrêt sur la taxation, avant de statuer, dans une autre section, dans une procédure séparée, sur les amendes (cf. arrêt FI.2005.0003 du 21 juin 2005). Avec l’accord des contribuables toutefois, il peut suivre une procédure unifiée et rendre un arrêt unique statuant aussi bien sur la taxation que sur les amendes (v. arrêt FI.2003.0022 et 2006.0001 du 14 juin 2007).

b) Avertie de cette possibilité, la recourante a expressément consenti à ce que la procédure soit conduite de manière unifiée, raison pour laquelle le Tribunal rendra un seul arrêt sur les taxations définitives, d’une part, et les prononcés d’amende, d’autre part.

5. La recourante se plaint à titre préliminaire d’une violation par l’autorité intimée de son droit d’être entendue.

a) Garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, d'avoir accès au dossier, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 135 II 286 consid. 5.1 p. 293; 135 I 279 consid. 2.3 p. 282). En matière d'imposition directe, ce principe est entre autres concrétisé par les art. 114 LIFD et 161 LI (arrêts 2C_980/2013 du 21 juillet 2014 consid. 4.1; 2C_160/2008 du 1^er septembre 2008 consid. 2.4; 2A.438/2006 du 14 décembre 2006 consid. 3.1). Le droit d'être entendu est une garantie de nature formelle, dont la violation entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (ATF 135 I 187 consid. 2.2 p. 190; 126 I 19 consid. 2d/bb p. 24). Selon la jurisprudence, la violation du droit d'être entendu peut cependant être réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un plein pouvoir d'examen. Toutefois, la réparation de la violation du droit d'être entendu doit rester l'exception et n'est admissible que dans l'hypothèse d'une atteinte qui n'est pas particulièrement grave aux droits procéduraux de la partie lésée. Si par contre l'atteinte est importante, il n'est en règle générale pas possible de remédier à la violation (cf. ATF 137 I 195 consid. 2.3 p. 197 s.; 135 I 279 consid. 2.6.1 p. 285; arrêt 8C_53/2012 du 6 juin 2012 consid. 6.1). Cela étant, une réparation de la violation du droit d'être entendu peut également se justifier, même en présence d'un vice grave, lorsque le renvoi constituerait une vaine formalité et aboutirait à un allongement inutile de la procédure ([en allemand: "formalistischer Leerlauf"] cf. ATF 137 I 195 consid. 2.3.2 p. 197 s.; 136 V 117 consid. 4.2.2.2 p. 126 s.; arrêts 2C_980/2013 du 21 juillet 2014 consid. 4.3; 2C_1043/2013 du 11 juin 2014 consid. 2.2).

b) Dans la réclamation du 4 mars 2013, le conseil de la recourante a indiqué à l’autorité intimée qu’il était à la disposition de ses représentants pour une entrevue. A réception de celle-ci, l’autorité intimée a répondu que le dossier ferait l’objet d’un nouvel examen et que les contribuables seraient entendus si cela s’avérait nécessaire ou s’ils le demandaient. On retire des explications de la recourante, dont les représentants n’ont pas été entendus par l’autorité intimée, que la décision attaquée est dès lors viciée et que ce vice doit conduire à son annulation. Il importe cependant d’objecter à ces explications que par courrier électronique du 5 février 2014, l’autorité intimée a offert à la recourante la faculté de se déterminer et de faire valoir des moyens complémentaires à l’appui de sa réclamation; or, celle-ci n’a pas répondu. Il y a lieu de considérer que, par son silence, la recourante a implicitement renoncé à faire usage de son droit de s’exprimer oralement devant l’autorité de réclamation. Quoi qu’il en soit, à supposer même que la décision attaquée fût entachée d’un vice sur ce plan, ce qui est plus que douteux, force serait d’admettre que celui-ci a été réparé devant le Tribunal, qui jouit à cet égard d’un plein pouvoir d’examen. En effet, la recourante s’est déterminée à trois reprises par écrit et ses représentants se sont exprimés oralement lors de l’audience du 20 octobre 2015 (cf. art. 29 al. 1 let. a LPA-VD). Il n’y a donc pas lieu de s’attarder davantage sur ce grief, qui est mal fondé.

6. a) Le contribuable, personne physique ou morale, a l'obligation de déposer une déclaration complète et exacte au début de chaque période fiscale ou au début de l'assujettissement (art. 124 al. 2 LIFD et 173 al. 1 LI). Cette obligation présente à la fois un côté formel et un côté matériel. D'un point de vue formel, la déclaration, faite sur un formulaire officiel, doit être complète et signée par le contribuable et déposée dans le délai imparti par la loi; en outre, elle doit être accompagnée des annexes. D'un point de vue matériel, le contribuable est tenu d'indiquer tous les éléments constitutifs de l'obligation fiscale (v. Denis Berdoz/Marc Bugnon, in: Les procédures en droit fiscal, OREF [éd.], 3^ème éd., Berne 2015, pp. 650 et 654). Selon la jurisprudence constante, la procédure de taxation est régie par la maxime inquisitoriale (ATF 92 I 253 consid. 2 p. 255), laquelle est également applicable dans le cadre de la procédure de recours (art. 142 al. 4 LIFD; 172 al. 1 LI). L’invocation de l'art. 6 CEDH, disposition dont la jurisprudence a, notamment, tiré le droit de tout prévenu de se taire durant son procès, est dénuée de pertinence, car cette disposition ne s'applique qu'aux procédures de droit pénal fiscal et non aux procédures purement fiscales, telles la procédure de taxation et le rappel d’impôt (ATF 132 I 140 consid. 2.1 pp.145/146; 121 II 257 consid. 4b p. 264, et les références citées). De façon générale, le contribuable a une obligation de collaboration; il doit renseigner l'autorité fiscale sur tous les faits pertinents; il doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte. Conformément aux articles 126 al. 2 LIFD et 176 LI, il doit en particulier produire, à la demande de l'autorité de taxation, les livres comptables, les documents et pièces justificatives en sa possession (ATF 133 II 114 consid. 3.2 et 3.3 p. 116/117; arrêt FI.2004.0038 du 18 avril 2006, consid. 4a).

b) L'autorité de taxation vérifie d'office le contenu de la déclaration; elle est tenue à cet égard par la maxime inquisitoire; il lui appartient d'établir tous les faits pertinents pour trancher la question qui lui est soumise pour aboutir à une taxation complète et exacte (arrêt 2C_76/2009 du 23 juillet 2009, in: Revue fiscale 2009 p. 834; cf. en outre Martin Zweifel, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2b, Martin Zweifel/Peter Athanas [éds], 2^ème édition, Bâle 2008, n° 2 ad 130 LIFD; Isabelle Althaus-Houriet, in: Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Danielle Yersin/Yves Noël [éds], Bâle 2008, nos 2 et 3 ad 130 LIFD, réf. citées). Lorsque la déclaration remise est dûment remplie et accompagnée des annexes requises, les éléments imposables peuvent en théorie être déterminés, sans qu'il soit nécessaire de procéder à d'autres recherches. L'autorité de taxation peut ainsi se fier aux indications figurant dans la déclaration ou aux renseignements fournis par le contribuable s'ils sont crédibles et complets et ne sont pas affectés de contradictions (Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 4^ème éd., Berne 2002, p. 397). Celui-ci est en effet censé connaître sa propre situation et la présenter de manière correcte; sa déclaration bénéficie en conséquence à cet égard d'une présomption naturelle d'exactitude (Berdoz/Bugnon, ibid.). Lorsqu'en revanche, l'autorité a des doutes quant à l'exactitude de la déclaration d'impôt, elle doit entreprendre des investigations; en vertu des articles 130 al. 1 LIFD et 172 al. 2 LI, elle peut élucider les faits et recueillir les preuves nécessaires (Heinz Masshardt, Kommentar zur direkten Bundessteuer, 2^ème éd., Zurich 1985, ad art. 88 AIFD n° 1; références citées). Il reste que la taxation doit reposer sur une appréciation consciencieuse et s’approcher le plus possible de la réalité (Berdoz/Bugnon, op. cit., p. 659).

c) L'autorité apprécie les preuves librement sur la base des éléments recueillis dans la procédure et selon son intime conviction. L'obligation faite au contribuable de collaborer à l'établissement de la taxation trouve cependant sa contrepartie dans le droit de participer à la procédure; l'occasion doit lui être procurée d'offrir des preuves et de participer à l'administration de celles qui seront ordonnées (Berdoz/Bugnon, p. 632). Quant au fardeau de la preuve, on retire de l'art. 8 CC, applicable par analogie en matière fiscale, qu'il appartient à l'autorité fiscale d'établir les faits qui fondent la créance d'impôt ou qui l'augmentent. Le contribuable doit, quant à lui, démontrer de façon générale que les indications figurant dans sa déclaration sont exactes; de même, il a la charge d'alléguer et prouver les faits qui suppriment ou réduisent la créance fiscale (ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266; 92 I 253; arrêts FI.2005.0206 du 12 juin 2006, consid. 8b; FI.2004.0038, précité, consid. 4d et e; FI.2002.0045 du 10 mars 2003, consid. 3a/bb). Ainsi, la justification commerciale des dépenses revendiquées en déduction d’une recette doit être établie par le contribuable; ce principe est issu de l'art. 8 CC, selon lequel chaque partie doit alléguer et prouver les faits dont elle entend déduire son droit, disposition applicable par analogie en matière fiscale (v. Xavier Oberson, in: Les procédures en droit fiscal, op. cit., p. 723).

L'autorité doit déterminer d'office tous les éléments pertinents en vue de la taxation et ceci, même en cas de violation de son obligation de coopérer par le contribuable (Ryser/Rolli, op. cit., p. 461-462; arrêt FI.2004.0038, précité, consid. 4b). Dès lors, si des indices précis rendent vraisemblable l'existence des conditions fondant l'obligation fiscale, l'autorité peut sans arbitraire exiger du contribuable qu'il apporte la preuve du contraire (cf. ATF 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266; 92 I 253; Archives 64 493 consid. 3c; v. en outre Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 4^ème éd., Bâle 2012, § 22/n° 11ss, pp. 513-514).

d) Le fisc et le contribuable sont donc tenus de collaborer dans l'administration des preuves, soit en précisant les allégations qu'il appartient à la partie chargée de la preuve de détruire, soit en apportant des preuves ou indices positifs contraires ; l'omission ou l'échec de ces preuves contraires peut être considéré comme un indice suffisant de la véracité des allégations de la partie adverse si celles-ci sont vraisemblables. Le Tribunal cantonal a sur ce point les mêmes compétences que l'autorité de taxation (art. 142 al. 4 LIFD, 63 et 89 al. 1 LPA-VD). Il peut demander un complément d'instruction et apprécie librement les preuves apportées par les parties (ATF 120 Ia 31 consid. 4b p. 40 et les arrêts cités). Confronté à des actes émanant du contribuable, le juge peut s'en tenir à la formulation utilisée par l'intéressé, celui-ci ayant toutefois la faculté de rapporter la preuve du contraire; par exemple, les rapports de droit et les actes juridiques doivent être attribués (sous réserve de preuve contraire) à celui au nom duquel ils sont établis, tels des versements effectués sur le compte d'une société, qui sont présumés constituer des recettes de celle-ci (cf. Archives de droit fiscal 58, 516; 47, 536; cf. en outre arrêts FI.2005.0003 du 21 juin 2005; FI.1991.0036 du 6 octobre 1993).

Il incombe cependant à celui qui fait valoir l'existence d'un fait de nature à éteindre ou à diminuer sa dette fiscale d'en apporter la preuve (arrêts 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 8.2; 2C_549/2012 du 16 mai 2013 consid. 3.1, RF 2013 p. 722). En revanche, il appartient en principe au fisc de prouver l'existence de prestations appréciables en argent faites par la Société, sans contre-prestation, à ses actionnaires. Le contribuable n'a donc pas à supporter les conséquences d'un manque de preuves, à moins qu'on ne puisse lui reprocher une violation de ses devoirs de collaboration (arrêts 2C_60/2013 du 14 août 2013 consid. 6.1; 2C_567/2012 du 15 mars 2013 consid. 6.3). Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale apportent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération (arrêts 2C_1201/2012 du 16 mai 2013 consid. 4.6; 2C_514/2009 du 25 mars 2010 consid. 3.2; 2C_47/2009 du 26 mai 2009 consid. 5.4, in RDAF 2009 II 489). Ces règles s'appliquent également aux procédures devant les autorités judiciaires (cf. arrêts 2C_1081/2013 du 2 juin 2014 consid. 5.5, in RF 69/2014 p. 720; 2A.105/2007 du 3 septembre 2007, consid. 4, in RDAF 2007 II 299).

e) En vertu de la maxime inquisitoire applicable à la procédure de taxation, l'autorité de taxation n'est pas liée par les éléments imposables reconnus ou déclarés par le contribuable. Elle doit apprécier les preuves avec soin et conscience. Sous cette réserve, elle forme librement sa conviction en analysant la force probante des preuves administrées, en choisissant entre les preuves contradictoires ou les indices contraires qu'elle a recueillis. Cette liberté d'appréciation, qui doit s'exercer dans le cadre de la loi, n'est limitée que par l'interdiction de l'arbitraire (arrêts 2C_986/2013 du 15 septembre 2014 consid. 5.1.3; 2C_1201/2012 du 16 mai 2013 consid. 4.5 et les références citées). Il n'est pas indispensable que la conviction de l'autorité de taxation confine à une certitude absolue qui exclurait toute autre possibilité; il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs (arrêts 2C_1201/2012 du 16 mai 2013 consid. 4.5; 2C_421/2010 du 2 novembre 2010 consid. 3.4). Il peut arriver que, même après l'instruction menée par l'autorité, un fait déterminant pour la taxation reste incertain. Ce sont alors les règles générales sur le fardeau de la preuve qui s'appliquent pour déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un tel fait (arrêts 2C_1021/2013 du 28 mars 2014 consid. 5.2; 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 10.2.2 et les références citées, non publié in ATF 140 I 68, mais in: Archives 82 p. 374; 2C_1201/2013 du 16 mai 2013 consid. 4.6).

7. Toujours sur le plan procédural, des rappels d’impôt ont été notifiés à la recourante pour les années 2001 à 2008, puisque les taxations de ces huit années étaient définitives au début du contrôle; la décision attaquée taxe en revanche de façon définitive la période fiscale 2009.

a) Les art. 151 al. 1 LIFD et 207 al. 1 LI permettent à l’autorité fiscale de procéder à un rappel d'impôt, notamment «lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète (...)». Lorsqu’en revanche, le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant ses éléments imposables et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, un rappel d'impôt est exclu, même si cette évaluation était insuffisante (al. 2). Une telle procédure est exclue lorsque l'autorité fiscale aurait dû se rendre compte de l'état de fait incomplet ou inexact au moment où elle a procédé à la taxation. L'objectif est d'éviter que le fisc revienne sur une première décision entrée en force, alors que celle-ci contenait indiscutablement des inexactitudes flagrantes qui ne pouvaient lui échapper (arrêts 2C_999/2014 du 15 janvier 2015 consid. 6; 2C_104/2008 du 20 juin 2008 consid. 3.3). Contrairement à ce qui prévalait antérieurement sous le régime de l'AIFD, le rappel d'impôt ne dépend plus exclusivement de la commission d'une infraction fiscale. Le rappel d'impôt n'est soumis qu'à des conditions objectives: il implique qu'une taxation n'a, à tort, pas été établie ou est restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale; il suppose aussi l'existence d'un motif de rappel. Ce motif peut résider dans la découverte de faits ou de moyens de preuve inconnus jusque-là, soit des faits ou moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation. Il n'est pas nécessaire que le contribuable ait commis une faute (arrêts 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 8.1, non publié in ATF 140 I 68; 2C_104/2008 du 20 juin 2008 consid. 3.3; 2A.300/2006 du 27 février 2007 consid. 3.3 et les références citées, RF 62/2007 p. 369).

b) On entend par faits nouveaux des faits antérieurs à la décision de taxation, mais découverts après seulement (nova reperta). Ce motif de révision est admissible pour autant que l'autorité n'ait pas été en mesure, en faisant preuve de l'attention que l'on pouvait exiger d'elle compte tenu des circonstances, de les faire valoir déjà auparavant dans la procédure de taxation, de réclamation ou de recours (de manière générale, cf. les articles 136, notamment lit. d, et 137, notamment lit. b, aOJF et, sur cette question, Jean-François Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Berne 1992, vol. V, ad art. 136 n° 5, p. 17 et ss, 137 nos 2.2 et 2.3, p. 26 et ss; références citées; v. aussi Hugo Casanova, Le rappel d'impôt, in: RDAF 1999 II 1 et ss). Entre autres conditions, il faudrait par conséquent, pour que la voie de la révision soit ouverte, que l'autorité se soit fondée, dans sa première décision, sur des indications erronées du contribuable ou qu'elle ait, postérieurement à cette dernière, découvert des faits nouveaux concluants, qui se sont produits avant la décision entrée en force, et qu'elle ait été empêchée sans sa faute, en ayant fait preuve de toute la diligence requise, de retenir dans sa décision. Les faits et preuves invoqués doivent être pertinents; ils le sont s'il y a lieu d'admettre qu'ils eussent amené à une décision différente s'ils avaient été connus à temps (v. plus généralement sur cette question, Ursina Beerli-Bonorand, Die ausserordentlichen Rechtsmittel in der Verwaltungsrechtspflege des Bundes und der Kantone, Zurich 1985, pp. 96-97).

c) Le rappel d'impôt ne représente pas une prétention fiscale de nature différente de la créance primitive d'impôt. En outre, la fixation de ce montant ne se fait pas selon des critères de calcul particuliers et ne fait pas l'objet d'une majoration. Le contribuable doit ainsi s'acquitter de l'impôt primitivement dû qui n'a pas été taxé correctement ou qui n'a pas été taxé du tout. Le rappel d'impôt n'a donc pas de caractère pénal ou de réparation; il porte uniquement sur l'obligation fiscale primitive qui ne s'est pas encore éteinte (ATF 121 II 257 consid. 4b p. 264 s. et les références citées; Casanova, op. cit., p. 9). Les droits et les obligations du contribuable sont les mêmes que lors de la procédure de taxation (art. 153 al. 3 LIFD). Les contribuables doivent notamment faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (art. 126 al. 3 LIFD). En d'autres termes, la procédure de rappel d'impôt sert à mettre le contribuable dans la situation qui aurait dû être la sienne si, lors de la procédure de taxation ordinaire, l'autorité avait eu connaissance de tous les faits et moyens de preuve pertinents (TF 2C_662/2014 du 25 avril 2015 consid. 6.3).

8. a) L’impôt sur le bénéfice frappe l’augmentation des fonds propres constatée durant la période fiscale (Robert Danon, in: Commentaire romand, op. cit., ad art. 57-58 LIFD n° 1, réf. citées). Le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l’exercice précédent (art. 58 al. 1 let. a LIFD; 94 al. 1 let. a LI), de même que tous les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de pertes et profits, qui ne servent pas à couvrir des frais généraux autorisés par l’usage commercial, tels que les amortissements et les provisions qui ne sont pas justifiés par l’usage commercial et les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l’usage commercial (art. 58 al. 1 let. b, 2^ème et 5^ème tirets, LIFD; 94 al. 2 let. b, 2^ème et 5^ème tirets, LI). Une dépense dûment comptabilisée est justifiée par l’usage commercial lorsqu’il existe entre celle-ci et l’activité commerciale exercée par l’entreprise une connexité objective (Danon, ibid., n° 65). Le bénéfice comprend en outre les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 (art. 58 al. 1 let. c, 1^ère phrase, LIFD et 94 al. 1 let. c, 1^ère phrase, LI). Les art. 64 LIFD et 101 LI ont trait au remploi des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation de la personne morale.

Aux articles 58 al. 1 let. a LIFD et 94 al. 1 let. a LI, le législateur a consacré le principe de périodicité de l’impôt. Selon celui-ci, le bénéfice réellement obtenu durant l’exercice commercial doit être soumis à l’impôt. Cela suppose que le bénéfice ne soit pas réduit par des charges autres que celles effectivement afférentes à la période fiscale concernée (ATF 137 II 353 consid. 6.4.4 et 6.4.5 pp. 364/365; 136 II 88 consid. 3.1 p. 92; arrêts 2C_272/2011 du 5 décembre 2011, in RF 2012, p. 127; 2C_429/2010 du 9 août 2011, in RF 2011 p. 865; cf. en outre Peter Brülisauer/Flurin Poltera, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2a, op. cit., ad art. 58 LIFD, n° 41; Danon, op. cit., n° 57; références citées). En outre, les comptes annuels de la Société anonyme sont dressés conformément aux principes généralement admis dans le commerce; ils doivent être complets, clairs et faciles à consulter (art. 958 al. 1 et 959 CO, dans leur teneur en vigueur jusqu’au 31 décembre 2012). Si ces principes ne sont pas respectés et que le compte de résultats ne reflète pas le bénéfice réel de la Société anonyme, le résultat doit être corrigé en faveur comme au détriment du contribuable (Francis Cagianut, Bedeutung der kaufmännischen Buchhaltung und Bilanz im Steuerrecht, in: Archives de droit fiscal 37 p. 137 ss, not. 142). On rappelle que la comptabilisation est soumise à un certain nombre de principes. Le principe de sincérité représente l'un des buts même des comptes annuels, comme cela ressort de l'exigence de transparence figurant à l'ancien art. 959 CO. En vertu de la sincérité matérielle, il est ainsi interdit d'omettre purement et simplement un actif dans les comptes pour créer une réserve latente (cf. Pierre-Marie Glauser, Apports et impôt sur le bénéfice, Zurich 2005, p. 55; Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 4^ème éd. Zurich 2009, § 8 n° 899; Brülisauer/Poltera, op. cit., n° 23 ad art. 58 LIFD). Le principe de l'intégralité découle du principe de sincérité. Il exige que tous les faits économiques qui ont un effet sur les capitaux engagés soient pris en compte, aussi bien dans le bilan que dans le compte de profits et pertes. Les comptes ne doivent ainsi ni taire, ni escamoter des éléments essentiels (cf. ancien art. 662a al. 2 ch. 1 CO; Glauser, op. cit., p. 56; Böckli, op. cit., § 8 n° 115). Le principe de prudence pousse à une approche pessimiste dans les différents aspects de la démarche comptable; en cas d'hésitation sur l'évaluation, c'est ainsi la valeur la plus basse qui doit être retenue (cf. ancien art. 662a al. 2 ch. 3 CO; Glauser, op. cit., p. 56; Brülisauer/Poltera, op. cit., n° 26 ad art. 58 LIFD).

En l’absence de lacune matérielle ou d’irrégularité formelle propre à mettre en doute la force probante d’une comptabilité, celle-ci bénéficie, en principe, d’une présomption d’exactitude à l’égard du fisc (ATF 137 II 353 consid. 6.2 pp. 359/360; 136 II 88 consid. 3.2/3.4 pp. 92-94; 134 II 207 consid. 3.3 p. 211; 106 Ib 311 consid. 3c et d p. 315ss). Cette exigence de conformité aux règles comptables présuppose toutefois que la loi fiscale y renvoie expressément, comme c’est en principe le cas pour l’estimation du bénéfice comptable des personnes morales (ATF 134 II 207 consid. 3.3 p. 211/212, et les arrêts cités). Suivant l’art. 58 al. 1 let. b LIFD en effet, les charges de l’entreprise doivent être réintégrées au bénéfice imposable lorsque celles-ci ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l’usage commercial (Danon, ibid., n° 64). Une connexité objective entre une dépense et l'activité commerciale exercée par l'entreprise existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial (ATF 136 II 88 consid. 3.1 p. 92). La dépense sans relation avec l’activité de l’entreprise ne sera dès lors pas déductible; il s’agira dans ce cas d’une prestation appréciable en argent (Glauser, op. cit., p. 100). L’art. 58 al. 1 let. c LIFD prescrit, pour sa part, d’intégrer au bénéfice imposable de la personne morale les produits ordinaires ou extraordinaires non comptabilisés dans le compte de résultats (Danon, ibid., n° 72). Parmi ces derniers figure la non-comptabilisation de produits extraordinaires provenant de la réalisation effective ou comptable de réserves latentes (ibid., nos 74-77).

b) On a vu plus haut que parmi les prélèvements opérés avant le calcul du solde du compte de pertes et profits et entrant en considération pour le calcul du rendement net imposable figurent les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (art. 58 al. 1 let. b, 5^ème tiret, LIFD; 94 al. 2 let. b, 5^ème tiret, LI). Il faut entendre par là toutes les libéralités spéciales faites aux porteurs de parts, aux membres de l'administration et aux organes de la direction, ainsi qu'à des tiers, si ces libéralités ont le caractère de distribution de bénéfice. Par porteur de parts, on entend toute personne physique ou morale disposant d’une prétention sociale fondée sur le rapport de participation, parmi lesquelles l’actionnaire de la Société anonyme et l’associé de la Société à responsabilité limitée (v. Danon, n° 124). Dans les relations entre la personne morale et les porteurs de part, certaines opérations conduisent ainsi à réduire, notamment par le biais d’obligations contractuelles, le bénéfice de la première. C’est dans ce contexte que s’inscrit la distribution dissimulée de bénéfice qui, selon la jurisprudence, doit répondre aux quatre conditions cumulatives suivantes: 1) la Société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la Société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 140 II 88, consid. 4.1, pp. 92/93; arrêt 2C_394/2013 du 24 octobre 2013 consid. 5.1; ATF 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 s.; 131 II 593 consid. 5.1 p. 607; 119 Ib 116 consid. 2 p. 119). Il convient ainsi d'examiner si la prestation aurait été accordée dans la même mesure à un tiers étranger à la Société, soit si la transaction a respecté le principe de pleine concurrence ("Dealing at arm's length"; ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92; 138 II 545 consid. 3.2 p. 549; 57 consid. 2.2 p. 60; arrêt 2C_644/2013 du 21 octobre 2013 consid. 3.1; et les références citées).

La mise en œuvre du principe de pleine concurrence suppose de déterminer la valeur vénale du bien transféré ou du service rendu. Lorsqu'il existe un marché libre, les prix de celui-ci sont déterminants et permettent une comparaison effective avec les prix appliqués entre sociétés associées (arrêt 2A.588/2006 du 19 avril 2007 consid. 4.2 et les références citées; Brülisauer/Poltera, op. cit., n° 102 ad art. 58 LIFD; Danon, op. cit., n° 110 ad art. 57-58; Reto Heuberger, Die verdeckte Gewinnausschüttung aus Sicht des Aktienrechts und des Gewinnsteuerrechts, Zurich 2001, p. 194). S'il n'existe pas de marché libre permettant une comparaison effective, il convient alors de procéder selon la méthode de la comparaison avec une transaction comparable (ou méthode du prix comparable), qui consiste à procéder à une comparaison avec le prix appliqué entre tiers dans une transaction présentant les mêmes caractéristiques (Brülisauer/Poltera, op. cit., n° 103 ad art. 58; Heuberger, op. cit. p. 195; Danon, op. cit., n° 111 ad 57-58 LIFD), soit en tenant compte de l'ensemble des circonstances déterminantes (ATF 138 II 57 consid. 2.2 p. 60 et les références citées). On doit ainsi admettre qu'il y a distribution de bénéfice dissimulée, en particulier lorsque la Société acquiert des éléments de fortune à un prix surfait ou en aliène à un prix anormalement bas (v. outre Danon, ibid., n° 158, Heinz Masshardt, Kommentar zur direkten Bundessteuer, Zurich 1985, p. 289 et ss., not. 291; Jean-Marc Rivier, La fiscalité de l'entreprise, société anonyme, Lausanne 1994, p. 265 et ss). Tel est notamment le cas lorsque la Société vend au gendre et à la fille de son actionnaire un actif immobilier à un prix inférieur à sa valeur vénale (arrêt FI.1996.0105 du 22 mars 2006 consid. 6b) ou lorsqu’une société aliène au fils de son actionnaire une part d'étage d’un immeuble en PPE qu’elle possède, en dessous du prix de revient (arrêt FI.1995.0126 du 26 septembre 1996, consid. 3), enfin dans le cas d’une vente d'un terrain constructible par une société à son actionnaire, à un prix inférieur à la valeur du marché (arrêt FI.2013.0096 du 20 mai 2014, consid. 4). Dans ces trois cas, la reprise effectuée dans les comptes de l’aliénatrice à hauteur de la différence de valeur a été confirmée (ibid.). En effet, en octroyant des avantages pécuniaires, la Société n'exécute pas les obligations qui lui incombent sous l'angle économique, mais utilise son bénéfice dans le seul intérêt de ses actionnaires (cf. art. 660 CO; v. Markus Reich, Verdeckte Vorteilzuwendungen zwischen verbundenen Unternehmen, in: Archives 54 p. 621 s.). De même, en aliénant à un actionnaire un actif à la valeur comptable, elle s’appauvrit à concurrence des réserves latentes transférées (Heuberger, op. cit., p. 297; Danon, op. cit., n° 158 ad 57-58 LIFD).

c) Les dépenses fictives, comptabilisées comme telles, doivent être reprises aussi bien dans le chef de la Société que chez l'actionnaire ou le porteur de parts bénéficiaire, car celui-ci est présumé avoir perçu ces montants, à titre de dividende dissimulé (arrêts FI.2014.0058 du 13 avril 2015; FI.2008.0130 du 31 mai 2010; FI.2006.0010 du 24 novembre 2006; FI.2004.0038 du 18 avril 2006; FI 1994.0106 du 5 octobre 1995; v. aussi Archives 30, p. 101 et ss notamment 104). Il s'agit là d'une conséquence de la distinction, sur le plan fiscal comme sur le plan civil, entre la Société et son actionnaire unique, qui conduit à une double imposition économique (cf. arrêt 2A.248/1994 et 2P.228/1994 du 4 avril 1995, publié in RDAF 1996, p. 172). Il en va de même s’agissant des associés d’une société à responsabilité limitée dont les dépenses commercialement non justifiées sont reprises (v. par exemple arrêts 2C_610/2012 du 1er février 2013; 2C_78/2012 du 10 octobre 2012).

9. En la présente espèce, la recourante ne nie pas avoir violé son devoir de collaboration en ne déclarant pas, de 2001 à 2009, une partie de son chiffre d’affaires. Elle se plaint, pour l’essentiel, de ce que les reprises opérées par l’autorité intimée du chef de ce qui précède seraient disproportionnées et aboutiraient à un résultat arbitraire. Elle fait valoir que les montants ainsi retenus par la décision attaquée au titre du bénéfice soustrait conduiraient en réalité à lui imputer une marge moyenne de 92,2% sur les travaux dont résulte le chiffre d’affaires non déclaré. Selon ses explications, la comptabilité de la Société laisserait apparaître une marge consolidée sur neuf exercices, de 1,33%. Or, en additionnant le bénéfice déclaré et imposé et le bénéfice soustrait, comme dans le tableau des reprises joint à la décision attaquée, l’on obtiendrait, toujours selon la recourante, une marge pondérée moyenne de 23,5% sur l’ensemble de ses travaux entre 2001 et 2009. Une marge d’une telle ampleur serait, selon la recourante, impossible à réaliser. Dès lors, celle-ci fait valoir que les reprises confirmées dans la décision attaquée auraient pour effet de la surtaxer de manière punitive, de même que son associé-gérant, ce lors même que la faute commise par ceux-ci est également sanctionnée d’une amende, laquelle s’ajoute aux rappels d’impôt.

a) Au préalable, il ne fait guère de doute – et la recourante en convient elle-même –, que les conditions du rappel d’impôt étaient réunies. La Société a volontairement tu, de façon crasse, certains faits pertinents en dissimulant la réalisation d’un chiffre d’affaires conséquent durant neuf années, visant à déclarer un bénéfice inférieur à ce qu’il était en réalité. Ce faisant, elle a au moins violé une règle impérative du droit commercial (cf. ancien art. 959 CO qui fonde le principe de la sincérité du bilan), permettant ainsi à l'autorité fiscale de s'écarter du principe de l'autorité du bilan commercial. Cette dernière, en présence d'un cas de rappel d'impôt, pouvait donc corriger le bilan commercial de la recourante, malgré le fait que les taxations en cause étaient déjà entrées en force (dans le même sens, arrêt 2C_662/2014, déjà cité, consid. 6.4).

b) L’autorité intimée a ajouté, sous chiffres 1.01 et 1.02 du tableau des reprises (cf. supra, p. 4), au bénéfice déclaré par la recourante durant les années 2001 à 2009, des montants totalisant 5'187'989 francs. Ces montants correspondent au chiffre d’affaires encaissé par la Société jusqu’en 2009 sur les comptes UBS et BCV, ouverts respectivement en 2001 et en 2003, et non déclarés. Elle a ajouté à ce total, sous chiffres 1.03 à 1.05, le chiffre d’affaires encaissé par la Société en espèces en 2004 et 2005, et non déclaré, soit 60'205 francs. L’autorité de taxation était consciente du fait que le total de 5'248'194 fr. ainsi obtenu constituait du chiffre d’affaires, soit un montant brut auquel il convenait d’imputer tous les frais commercialement justifiés pour obtenir le bénéfice net revenant à la Société, lequel est imposable conformément aux art. 58 al. 1 let. a LIFD et 94 al. 1 let. a LI. Durant la procédure de rappel d’impôt, la Société a du reste été requise de produire tous les éléments justifiant la prise en compte de dépenses commerciales au sens des art. 58 al. 1 let. b LIFD et 94 al. 1 let. b LI, a contrario. A cet égard, l'autorité intimée ne s'est pas limitée à constater l'absence de pièces (et ce alors que, d'après une note établie par un collaborateur de l'ACI ayant contrôlé la comptabilité de la recourante, Y.________ aurait lui-même affirmé à cette occasion que "toutes les charges ont déjà été comptabilisées", ce qui expliquait que les classeurs relatifs au chiffre d'affaires non déclaré, remis lors du contrôle, ne contenaient aucun justificatif de charges). Elle a par exemple proposé à la recourante "de demander aux sous-traitants une confirmation du CA", cela afin "d'amoindrir les reprises" (procès-verbal de l'entretien du 2 juillet 2012, p. 2).

Le 23 août 2012, la Société a produit un classeur relatif aux sous-traitants, dont elle avait "retrouvé les adresses". L'autorité intimée a relevé à cet égard que la recourante n'avait donné aucune explication sur la comptabilisation de ces charges ni sur leur paiement. Elle a admis en déduction seulement les charges qui avaient été payées par le biais de l'un des deux comptes bancaires non déclarés, en considérant que les autres avaient été enregistrées dans la comptabilité (cf. décision attaquée, p. 8 s.). Cela fait sens notamment au vu du fait que, selon la note citée plus haut, Y.________ a déclaré lors du contrôle que "toutes les charges ont déjà été comptabilisées". L'autorité intimée n'a ainsi admis comme charges que les factures prises en compte sous nos 1.06 à 1.13 du tableau des reprises, soit au total 350'020 fr., pour les exercices 2008 et 2009; à cela s’ajoute une somme de 89'302 fr. versée à un sous-traitant et déduite sous ch. 1.18. Cela représente une somme totale de 439'322 francs, déduite du chiffre d’affaires non déclaré et repris.

A l’appui de son recours au Tribunal de céans, la recourante n’a pas produit de nouvelles pièces probantes ni donné d'indications supplémentaires concernant ses charges. Elle le reconnaît elle-même dans ses dernières écritures: la seule raison pour laquelle d’autres pièces n’ont pas été produites est «tout simplement leur inexistence au moment déterminant». D.________, comptable indépendant, dont la déposition a été recueillie en audience, a du reste reconnu qu’il n’avait eu aucune pièce à sa disposition documentant les charges de l’entreprise pour tenter de reconstituer a posteriori la marge bénéficiaire de celle-ci. Il n’exclut pas du reste que, sur le chiffre d’affaires non déclaré, des montants ayant trait à des charges aient été payés de main à main par l’entreprise, donc sans aucune quittance. Pourtant, l’obligation faite au contribuable de collaborer à l’établissement de sa taxation a, comme on l’a dit plus haut, pour conséquence que le fardeau de la preuve des dépenses commerciales grevant le résultat de l’entreprise repose sur les seules épaules de la recourante. Or, celle-ci, qui se contente de généralités, ce qui n’est pas suffisant (v. sur ce point arrêt FI.2006.0111 du 23 mars 2007), n’a pas été en mesure de rapporter d’autres preuves que celles admises aux ch. 1.06 à 1.13 et 1.18 du tableau des reprises. En droit fiscal pourtant, le principe de l'art. 8 CC s'exprime dans le sens où il appartient à l'autorité fiscale de démontrer l'existence d'éléments créant ou augmentant la charge fiscale, alors que le contribuable supporte le fardeau de la preuve des éléments qui réduisent ou éteignent son obligation fiscale. Cela vaut en particulier pour des paiements qui n'ont pas été comptabilisés ou qui ne sont pas prouvés (cf. ATF 133 II 153 consid. 4.3 p. 158 ; v. en outre TF 2C_394/2013 du 24 octobre 2013 consid. 4.1).

Au vu de ce qui précède, le procédé adopté par l'autorité intimée dans la taxation querellée ne prête pas le flanc à la critique.

c) aa) La recourante reproche à l’autorité intimée de ne pas avoir procédé à une taxation par appréciation; elle explique que cette procédure était la seule permettant la détermination équitable de la matière imposable. Aux dires de la recourante, l’autorité intimée n'aurait pas procédé à une estimation consciencieuse de son bénéfice, en prenant en considération tous les éléments qu’elle avait à sa disposition. Elle évoque à cet égard la marge bénéficiaire qu'elle serait susceptible de réaliser dans le secteur d’activités qui est le sien: installation de plafonds suspendus, plâtrerie, peinture, stores et tout agencement intérieur.

bb) Il résulte des calculs de l'autorité intimée que les marges bénéficiaires suivantes ont été attribuées à la recourante:

Chiffre d’affaires	2001	2002	2003	2004	2005	2006	2007	2008	2009	Totaux
CA déclaré	835'582,05	942'558,35	903'175,35	1'134'091,80	1'338'680,75	2'008'831,95	2'393’339,20	3'596'861,00	4'317'076,63	17'470'178,08
CA non déclaré/repris	84'491,00	151'126,00	323’431,00	577'857,00	352'545,00	438'110,00	688'784,00	1'499'908,00	1'124'011,00	5'250'363.00
Total chiffre d’affaires	920'073,05	1'093'684,35	1'226'607,35	1'711'948,00	1'691'205,75	2'446'941,95	3'082'123,20	5'096'769,00	5'441'087,63	22'710'440,28
Charges
Charges déclarées	813'557,96	951'137,15	918'566,33	1'137'246,10	1'339'042,85	1'972'605,95	2'319'933,15	3'572'584,47	4'261'147,42	4'261'147,42
./.. amortissements à déduire	- 9'080,40	. 11'250,00	- 5'260,25	- 5'697,80	- 5'687,80	- 7'170,00	- 8'650,00	- 5'230,00	- 3'380,24	- 3'380,24
./.. charge non justifiée							-1'833,00			- 400'000,00
Charges non déclarées								107'731,00	331'591,00	439'322,00
Total charges admises	804'477,56	939'887,16	913'305,08	1'131'558,30	1'334'292,85	1'965'435,95	2'309'450,15	3'675'085,47	4'189'358,18	17'262'850,70
Pourcentage charges	87%	86%	74%	66%	79%	80%	75%	72%	77%	76%
Marge bénéficiaire	13%	14%	26%	34%	21%	20%	25%	28%	23%	24%

cc) La recourante ne saurait se plaindre de n'avoir pas fait l'objet d'une véritable taxation d'office, dans la mesure où les possibilités de former une réclamation puis un recours contre une telle taxation sont limitées, le contribuable devant établir – ou à tout le moins rendre vraisemblable – que celle-ci est manifestement inexacte (cf. art. 132 al. 3 LIFD et art. 186 al. 2 LI). En outre, la taxation d'office de l'art. 130 al. 2 LIFD suppose que l'autorité ne dispose pas des données suffisantes pour procéder à une taxation ordinaire. Elle n'est pas là pour suppléer aux règles sur le fardeau de la preuve et pour permettre au contribuable, à qui il incombe de prouver les faits de nature à éteindre ou à diminuer sa dette fiscale, d'échapper aux conséquences de l'échec de cette preuve en obtenant une déduction portant sur des éléments qu'il aurait pu et dû démontrer à temps (TF 2C_651/2012 du 28 septembre 2012 consid. 4.1), même si la question de savoir quand les règles sur le fardeau (objectif) de la preuve sont applicables et quand il y a lieu de procéder à une taxation d'office est controversée (Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 7^ème éd., Zurich 2016, p. 503, note de bas de page 16 et réf.).

Lorsqu’elle évoque la marge bénéficiaire de l’entreprise, la recourante paraît se référer aux coefficients expérimentaux, au sens des art. 130 al. 2 2^e phr. LIFD et 180 al. 2 2^e phr. LI. Le recours aux coefficients expérimentaux peut se faire non seulement en procédure de taxation d'office, mais aussi en procédure ordinaire (cf. Althaus-Houriet, op. cit., no 27 ad art. 130 LIFD). Ces coefficients permettent à l'autorité de taxation de contrôler et de vérifier les résultats ressortant des comptabilités présentées. Ils sont également utilisés comme moyens auxiliaires pour taxer par appréciation les contribuables qui ne tiennent pas de comptabilité ou dont la comptabilité ne peut être acceptée comme ayant une valeur probante suffisante (Berdoz/Bugnon, op. cit., p. 700; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 546; cf. aussi TF 2C_543/2012 du 12 novembre 2012 consid. 3.2). Le contribuable a le droit d'avoir connaissance des coefficients expérimentaux lorsque ceux-ci servent de moyens auxiliaires dans une taxation par appréciation, mais non quand ils sont utilisés comme moyens de contrôle (cf. TF 2A.651/2005 du 21 novembre 2006 consid. 2.7.2 [arrêt rendu en matière de TVA]; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 546; Peter Locher, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, III. Teil, Art. 102-222 DBG, Bâle/Therwil 2015, no 54 ad art. 130 LIFD).

Les art. 130 al. 2 2^e phr. LIFD et 180 al. 2 2^e phr. LI sont formulés de manière potestative (cf. "Elle peut prendre en considération les coefficients expérimentaux […]"), ce qui confère une certaine liberté d’appréciation à l’autorité fiscale. De manière générale, le contribuable n'a ainsi pas un droit à ce que la taxation d'office soit effectuée sur cette base. Il en va de même dans le cas d'une taxation ordinaire (cf. TF 2A.561/2005 du 22 février 2006 consid. 3). En outre, dans le cas particulier, la recourante n'a pas déclaré une partie de son chiffre d'affaires. Si elle avait le droit à ce que les charges y relatives soient déterminées (par appréciation) en appliquant les coefficients expérimentaux, sans égard au fardeau de la preuve qui lui incombe, elle se trouverait avantagée par rapport à d'autres contribuables ayant dûment rempli leurs obligations fiscales. Dans le même ordre d'idées, l'autorité intimée a exposé dans sa réponse au recours qu'il est exceptionnellement possible de ne pas appliquer les règles sur le fardeau de la preuve et de procéder à une estimation du bénéfice, lorsque le contribuable se trouve dans l'impossibilité de prouver les éléments permettant de réduire sa dette fiscale. Mais cette exception doit selon elle être appliquée de manière restrictive et ne saurait être retenue en l'espèce, la recourante n'alléguant pas qu'elle serait dans l'impossibilité de prouver ses charges.

La recourante explique par ailleurs que sa comptabilité laisserait apparaître une marge consolidée sur neuf exercices, de 1,33%. Cette explication ne peut toutefois être retenue, cela d’autant moins que la comptabilité de la recourante, qui n’est pas conforme au principe de sincérité, apparaît comme étant sujette à caution. En outre, une marge bénéficiaire aussi faible paraît fort peu réaliste; on peut douter sérieusement que les associés aient pu poursuivre l’exploitation de l’entreprise dans de telles conditions. Lors de son audition, D.________ a précisé avoir reconstitué a posteriori la marge bénéficiaire en se fondant sur quatre des chantiers de l’entreprise; après avoir pris en considération les charges directes générées par ces travaux, il a obtenu une marge de 14,3%, dont il y aurait lieu en outre de déduire les frais généraux. Comme il l’a lui-même indiqué, D.________ n’a toutefois disposé d’aucune pièce supplémentaire à celles que l’autorité intimée a pu recueillir durant la procédure de rappel d’impôt. Ce calcul ne peut appeler dès lors que les plus sérieuses réserves.

Quant à la marge de 15% qui résulterait, selon la recourante, d'un calcul interne de l'autorité intimée, ce pourcentage ne ressort d'aucune pièce du dossier et la Cour de céans n'a, pas davantage que l'autorité intimée, le souvenir qu'il aurait été évoqué lors de l'audience tenue le 20 octobre 2015.

d) Dans ces conditions, il convient de confirmer l’ensemble des reprises effectuées par rapport au bénéfice et au capital déclarés par la recourante. La décision attaquée ne peut toutefois être maintenue, dans la mesure où elle ne tient pas compte de la jurisprudence du Tribunal fédéral – qui lui est postérieure –, selon laquelle, pour chaque cas de reprise, il y a lieu d'augmenter en conséquence la provision pour les impôts y relatifs (cf. arrêt 2C_662/2014 du 25 avril 2015 consid. 6.5, qui renvoie à l’ATF 141 II 83 consid. 5 p. 87 s.). Il appartiendra dès lors à l’autorité intimée, au vu de ce qui précède, de recalculer les rappels d’impôts (périodes 2001 à 2008) et les montants d’impôts (période 2009) dus par la recourante. Une nouvelle décision devra être rendue en ce sens.

10. En second lieu, la recourante s’en prend aux amendes prononcées à son encontre dans la décision attaquée.

a) Lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende (art. 181 al. 1 LIFD et 248 al. 1 LI). Ces dispositions ne conçoivent pas la punissabilité de la personne morale comme subsidiaire, mais bien comme principale, tout en n’excluant pas en concurrence celle des personnes physiques impliquées dans l’infraction (Torrione, op. cit., p. 1092). En effet, la poursuite pénale des organes ou des représentants de la personne morale en vertu de l'art. 177 LIFD (resp. 244 LI) est réservée (cf. art. 181 al. 3 LIFD et 248 al. 3 LI). En droit pénal ordinaire toutefois, un crime ou un délit qui est commis au sein d'une entreprise dans l'exercice d'activités commerciales conformes à ses buts est imputé à l'entreprise s'il ne peut être imputé à aucune personne physique déterminée en raison du manque d'organisation de l'entreprise; dans ce cas, l'entreprise est punie d'une amende de cinq millions de francs au plus (art. 102 al. 1 CP). Néanmoins, les art. 181 LIFD et 248 LI sont seuls applicables, à l'exclusion de l’art. 102 CP, lorsque, comme en l'espèce, il ne s'agit pas de sanctionner un crime ou un délit, mais uniquement une soustraction d'impôt fédéral direct. Il s'agit d'une disposition particulière au sens de l'art. 333 al. 1 CP (Roman Sieber, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, vol. I/2b, op. cit., n° 1 ad art. 181 LIFD). Pour définir l'infraction de soustraction ou de tentative de soustraction et sa sanction, l'art. 181 LIFD renvoie à l'art. 175 LIFD et l’art. 248 LI, à l’art. 242 LI (ATF 135 II 86 consid. 4.2 p. 90).

b) En droit fédéral, comme en droit cantonal, la soustraction fiscale est réalisée lorsqu'une taxation n'a pas été effectuée ou est demeurée insuffisante, parce qu'un contribuable a violé de manière fautive l'obligation qui lui est imposée par la loi de collaborer à la taxation et de renseigner l'autorité fiscale de manière exacte et complète sur tous les éléments nécessaires à une taxation correcte (art. 175 LIFD et 242 LI; cf. en outre, Archives de droit fiscal 56, p. 345; 54, p. 660; 52, p. 454). La tentative de soustraction est réalisée dans les mêmes conditions, mais elle suppose que la taxation insuffisante ne soit pas encore entrée en force au moment de l'intervention du fisc; elle est réprimée par les art. 176 LIFD et 243 LI. Pour qu'il y ait tentative, l'autorité de taxation doit découvrir que les renseignements fournis sont inexacts, ceci avant que la décision de taxation ne soit entrée en force; postérieurement à cet événement, la soustraction sera au contraire considérée comme consommée (arrêts 2C_528/2011 du 17 janvier 2012 consid. 2; 2C_480/2009 du 16 mars 2010 consid. 5.1 et les références).

La soustraction d’impôt est réalisée lorsque les trois éléments constitutifs objectifs suivants sont réunis: un comportement illicite du contribuable, une perte financière pour la collectivité et l’existence d’un lien de causalité entre le comportement illicite et le résultat dommageable (Pietro Sansonetti, in: Commentaire romand, op. cit., ad art. 175 LIFD n°7; Diane Monti, Les contraventions fiscales en droit fiscal harmonisé, thèse Lausanne, 2001, p. 48). La réalisation des éléments objectifs de la soustraction fiscale suppose, d’une part, que les montants non déclarés constituent des éléments imposables, d’autre part, que ces montants soient entrés dans la sphère de disposition du contribuable. Ainsi, selon le Tribunal fédéral, l'énoncé de fait légal de la soustraction fiscale est notamment réalisé lorsqu'une société comptabilise comme frais généraux des dépenses privées de son actionnaire, alors qu'elle sait qu'une telle manière d'agir est illicite; il suffit que la Société ait eu pour but d'obtenir une taxation insuffisante (Archives 63, p. 208).

En tant qu'elle suppose des qualités psychiques dont sont dépourvues les personnes morales, la faute au sens des art. 175 et 181 LIFD, respectivement 242 et 248 LI, ne peut être qu'un attribut de la personne physique, en l'espèce d'un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci (ATF 135 II 86 consid. 4.2 pp. 90/91). L'imputation d'une contravention objective à la personne morale est contraire au principe de la culpabilité qui s'applique largement en droit fiscal (cf. Torrione, op. cit., p. 907 ss, p. 1024; Monti, op. cit., p. 197; Sieber, op cit., n° 5 ad art. 181 LIFD; Sansonetti, n° 10 ad art. 181 LIFD; contra Blumenstein/Locher, op. cit., p. 368 s. et les références citées, qui admettent toutefois qu'il s'agit d'une brèche dans le système du droit pénal, p. 370). La condition subjective de la soustraction est ainsi réalisée lorsque le contribuable a agi de manière fautive, soit intentionnellement, soit par négligence. Contrairement à la soustraction consommée qui est déjà punissable lorsqu’elle est commise par négligence, la tentative de soustraction ne peut être punie que si elle est intentionnelle (RDAF 1987 p.15; ATF 100 Ib 480, consid. 2; Archives 54, p. 662; 44, p. 55; ATF 85 I 259). La preuve du caractère intentionnel d'une soustraction incombe à l'autorité fiscale, celle-ci étant toutefois facilitée par la présomption que celui qui agit avec conscience agit aussi avec volonté (StE 1988 B 101.21 n°7, consid. 4). Le Tribunal fédéral considère que cette preuve est apportée lorsqu'il est établi de manière suffisamment certaine que le contribuable était conscient du caractère inexact ou incomplet de sa déclaration. Si cette conscience est établie, il faut alors partir de l'idée que le contribuable a aussi agi de manière intentionnelle, c'est-à-dire dans le but de tromper l'autorité fiscale et d'obtenir une taxation trop basse ou du moins, agissant par dol éventuel, qu'il a compté sérieusement avec cette possibilité (ATF 114 Ib 27; StE 1988 B 101.21 n°6). Lorsque des éléments imposables ne sont pas indiqués dans la déclaration, on peut admettre ordinairement qu'il y a intention de les soustraire à l'impôt (arrêt du TF du 7 octobre 1986, StE 1987 B. 101.2 n°3). La jurisprudence admet également que celui qui déclare un revenu de loin inférieur à son revenu réel a conscience que les indications qu'il donne sont fausses ou incomplètes et, partant, qu'il agit intentionnellement (Archives 56, p. 138). La négligence est définie par l’art. 12 al. 3 CP. Ainsi, un contribuable commet une infraction par négligence lorsque, par une imprévoyance coupable, il agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L’imprévoyance est coupable quand l’auteur de l’acte n’a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle. Pour retenir l'intention, à tout le moins par dol éventuel, il importe cependant que le contribuable ait pu reconnaître le caractère erroné de la déclaration fiscale s'il avait agi avec la diligence requise et qu'il ait ainsi été en mesure de la faire corriger (cf. Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Handkommentar zum DGB, 2^ème éd., Zurich 2009, N. 73 ad art. 175 LIFD). Selon la jurisprudence, il faut poser des exigences sévères quant à la diligence requise: si un contribuable a des doutes sur ses droits et obligations, il doit faire en sorte de les lever ou, du moins, en informer l'autorité fiscale (StE 1989 B. 101.9 n° 6 et les références citées).

c) La procédure réprimant la soustraction fiscale en matière d’impôts directs est une procédure à caractère pénal à laquelle l'art. 6 CEDH est applicable (ATF 121 Ib 257 consid. 4 p. 264; 119 Ib 311, consid. 2 p. 314; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 4^ème éd. Bâle 2012, § 26 n. 4 p. 505; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, op. cit., N. 12 ad art. 175 LIFD; Henri Torrione, Les infractions fiscales en matière d’impôts directs et dans le domaine de l’impôt anticipé, des droits de timbre et de la TVA, in: Les procédures en droit fiscal, op. cit., p. 911 et ss). Cela a notamment pour conséquence que l’autorité de taxation doit prouver que l’imposition est incomplète (arrêts 2C_63/2014 du 5 novembre 2014 consid. 3.1; 2P.215/2002 du 7 avril 2003, consid. 4; arrêt du TF du 8 février 1991, reproduit in: RDAF 1993 p. 32); à défaut de preuve matérielle, un faisceau d’indices concordants peut suffire (arrêt du TF 2P.215/2002, précité, consid. 4.2). Il s'ensuit que c'est la présomption d'innocence qui régit la matière (art. 32 al. 1 Cst. et 6 § 2 CEDH; arrêt 2C_242/2013 du 25 octobre 2013 consid. 3.1) et que le contribuable impliqué dans une procédure pénale n'est pas soumis au devoir de collaboration (arrêt 2C_76/2009 du 23 juillet 2009 consid. 2.2). La preuve d’un comportement intentionnel doit être considérée comme apportée, en matière de soustraction fiscale, lorsqu’il est établi à un degré suffisant que le contribuable était conscient que les informations qu’il a données étaient incorrectes ou incomplètes. Si l’intention est établie, il faut présumer que le contribuable a délibérément voulu tromper les autorités fiscales, ou du moins, qu’il a agi par dol éventuel, afin d’obtenir une taxation moins élevée; cette présomption ne se laisse pas facilement renverser, car l’on peine à imaginer quel autre motif pourrait conduire le contribuable à fournir au fisc des informations qu’il sait inexactes ou incomplètes (cf. ATF 114 Ib 27 consid. 3a p. 29/30; arrêts 2A.351/2002 du 5 novembre 2002 consid. 3.3; 2P.237/2001 du 6 mars 2002 consid. 5.2, et les arrêts cités; arrêt FI.1995.0013 du 31 août 2000, consid. 4a). Il incombe alors au contribuable d’infirmer ces éléments par la preuve du contraire, du moment que les faits, établis sur la base d’indices précis, sont hautement vraisemblables (arrêt 2P.215/2002, précité, consid. 4.2; arrêt FI.1992.0100 du 29 septembre 2000, consid. 4a). Lorsque des éléments imposables ne figurent pas dans la déclaration, on peut admettre ordinairement qu’il y a intention de les soustraire à l’impôt (arrêts FI.1992.0100, précité, consid. 4a; FI.1993.0126 du 17 juillet 2000, consid. 1a). On doit admettre que celui qui déclare un revenu de loin inférieur à son revenu réel a conscience que les indications qu’il donne sont fausses ou incomplètes et, partant, qu’il agit intentionnellement (arrêt FI.1992.0100, précité, consid. 4a). Le contribuable ne saurait à cet égard prétendre que l’insuffisance de taxation est due au comportement de l’autorité de taxation, laquelle aurait négligé de procéder aux vérifications propres à éviter l’erreur (ATF 100 Ib 480; cf. en outre Torrione, op. cit., p. 1025, et les références citées). Pour le surplus, le juge de l’amende est libre d’utiliser les documents et renseignements librement fournis par le contribuable dans le cadre de la procédure de taxation (Torrione, op. cit., p. 907ss, spéc. p. 1045).

d) Tant en droit fédéral qu'en droit cantonal harmonisé, l’amende est fixée en règle générale au montant de l’impôt soustrait (art. 175 al. 2, 1^ère phrase, LIFD et 242 al. 2, 1^ère phrase LI); si la faute est légère, elle peut être réduite jusqu’au tiers de ce montant (ibid., 2^ème phrase); si elle est grave elle peut être au plus triplée (ibid., 3^ème phrase). La tentative est réprimée de l’amende (art. 176 al. 1 LIFD et 243 al. 1 LI), fixée aux deux tiers de la peine qui serait infligée si la soustraction avait été commise intentionnellement et consommée (art. 176 al. 2 LIFD et 243 al. 2 LI).

Conformément à l’art. 47 du Code pénal suisse, du 21 décembre 1937 (CP; RS 311.0, disposition correspondant à l'art. 63 CP dans son ancienne teneur), la peine est fixée d’après la culpabilité de l’auteur, en tenant compte de ses antécédents, de sa situation personnelle ainsi que de l'effet de la peine sur son avenir. Le montant de l’amende est ainsi déterminé d’après la situation de l’auteur, de façon à ce que la perte à subir constitue une peine correspondant à sa culpabilité (ATF 114 Ib 27 consid. 4a p. 30/31; arrêt 2P.237/2001 du 6 mars 2002, consid. 6.1, et les arrêts cités; arrêts FI.2006.0068, consid. 8, FI.1993.0126 du 17 juillet 2000, consid. 2b; FI.1993.0103 du 1^er novembre 1999, consid. 8c; FI.1997.0158 du 2 juillet 1998, consid. 2b; cf. également la circulaire n°21 de l’Administration fédérale des contributions, relative au rappel d’impôt et au droit fiscal pénal selon la LIFD, reproduite in: Archives 64 p. 539 ss, ch. 2.4).

La peine "ordinaire" - qui correspond au montant de l'impôt soustrait - est généralement prononcée lorsque l’acte punissable a été commis intentionnellement, en l’absence de circonstances aggravantes et de circonstances atténuantes (cf. Roman Sieber, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, op. cit., N. 45 ad art. 175 LIFD). Par faute grave, il faut comprendre entre autres la récidive de même que l’attitude continuellement récalcitrante du contribuable vis-à-vis des autorités fiscales. Il y a également circonstance aggravante lorsque le contribuable dispose de connaissances fiscales particulières (cf. Circulaire AFC n° 21 du 7.4.1995; RDAF 1996, 32). Quant à la faute légère, elle peut exister dans les cas de circonstances atténuantes mentionnées à l’art. 48 CP (correspondant à l'ancien art. 64). A cet égard, l’attitude coopérative du contribuable lors de l’établissement des faits doit être appréciée sous l’angle d’une atténuation de la faute (cf. Peter Agner/Angelo Digeronimo/Hans-Jürg Neuhaus/Gotthard Steinmann, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, Complément, Zurich 2001, p. 374 ch. 2.4).

11. a) Sur le plan objectif tout d’abord, la recourante, par son ancien associé-gérant Y.________, a encaissé durant neuf ans des montants totalisant 5'250'363 fr., qu’elle a versés sur deux comptes, dont l’existence a été dissimulée aux autorités fiscales. Ce total représente plus de 23% du chiffre d’affaires encaissé par la Société de 2001 à 2009. La recourante a ainsi effectué plusieurs prestations appréciables en argent en faveur de son ancien associé-gérant Y.________; celles-ci sont répertoriées sous chiffres 1.01 à 1.05 et 1.15 du tableau des reprises. Cela représente une distribution dissimulée de bénéfice totale de 5'206'394 fr. comme le retient la décision attaquée. On rappelle à cet égard que selon la jurisprudence citée par l’arrêt 2C_394/2013 du 24 octobre 2013, consid. 5.1, il y a distribution dissimulée de bénéfice, lorsqu'une personne morale fait à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près, sans contre-prestation équivalente, une prestation appréciable en argent, qu'elle n'aurait pas consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607). Encore faut-il que les organes de la Société aient pu reconnaître le caractère insolite de cette prestation (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435). Subjectivement, les organes de la Société, soit avant tout feu Y.________, avaient conscience au demeurant de ce qu’en dissimulant aux autorités fiscales une partie du chiffre d’affaires ainsi réalisé, celle-ci prenait le risque de grever ses résultats comptables pour les exercices 2001 à 2009. Elle ne pouvait l’ignorer et s’est accommodée de ce risque. Il s’ensuit que c’est de manière intentionnelle qu’elle a soustrait, respectivement tenté de soustraire (année 2009) des montants d’impôts. La recourante ne peut se retrancher à cet égard derrière la responsabilité de son mandataire, lequel aurait omis, volontairement ou involontairement, de procéder à cette déclaration. Quoi qu’il en soit de la responsabilité éventuelle de celui-ci, qui relève sans doute des rapports internes, la recourante a profité de cette soustraction, ce dont elle s’est accommodée, comme on l’a dit plus haut.

b) S’agissant de la quotité des amendes, on relève que, pour les années 2001 à 2008, des pénalités équivalant au 80% de l’impôt soustrait durant ces périodes ont été prononcées à l’encontre de la Société. Or, un coefficient de 0,8 est en deçà de la peine ordinaire prévue par les art. 175 al. 2, 1^ère phrase, LIFD et 242 al. 2, 1^ère phrase LI, aux termes desquels l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Pour l’année 2009, durant laquelle une tentative de soustraction doit être reprochée à la Société, il ressort de la décision attaquée que l’autorité intimée a appliqué un taux de 0,5, soit en deçà de la peine qui aurait pu être prononcée en pareil cas (soit 0,66% de l’impôt soustrait), ceci conformément aux art. 176 al. 2 LIFD et 243 al. 2 LI. La recourante met en avant à cet effet la coopération dont elle a fait preuve avec les autorités fiscales durant l’enquête. On voit que l’autorité intimée a effectivement tenu compte de cette dernière circonstance dans la fixation des amendes. Toutefois, ce facteur d’atténuation de peine est en quelque sorte contrebalancé par la réalisation d’une autre circonstance qui, elle, est susceptible d’aggraver la peine: le concours réel. On doit en effet reprocher à la recourante d’avoir commis une soustraction sur plusieurs années; cela constitue effectivement un facteur d’aggravation de la sanction (cf. Sieber, op, cit., ad art. 175 LIFD n° 47), puisqu’à chaque nouvelle déclaration d’impôt, le contribuable commet une nouvelle soustraction fiscale (Monti, op. cit., p. 73). Au surplus, jusqu’à la notification de la décision attaquée, la recourante ne faisait état d’aucune difficulté financière ou d’ordre conjoncturel.

c) Dans ces conditions, les amendes prononcées à l’endroit de la recourante seront confirmées, tant dans leur principe que dans leur quotité. Néanmoins, pour les raisons exposées au chiffre 9d) ci-dessus, la décision attaquée n’en sera pas moins annulée, également sur ce volet. Il appartiendra à l’autorité intimée, après avoir recalculé les rappels d’impôts (périodes 2001 à 2008) et les montants d’impôts (période 2009) dus par la recourante, de procéder à un nouveau calcul desdites amendes et à notifier une nouvelle décision en ce sens.

12. Les considérants qui précèdent conduisent ainsi le Tribunal à admettre très partiellement le recours. La décision attaquée sera annulée et le dossier retourné à l’autorité intimée pour nouveau calcul des rappels et de l’impôt dus, conformément au considérant 9d) du présent arrêt et pour nouvelle détermination des amendes, conformément au considérant 11c). Dite décision sera au surplus confirmée.

La recourante succombe pour l'essentiel, le recours n'étant admis que sur la base d'une jurisprudence postérieure à la décision attaquée. Dès lors, un émolument judiciaire réduit, dans une mesure très modérée toutefois, sera mis à la charge de la recourante (cf. art. 49 al. 1, 91 et 99 LPA-VD). L’allocation de dépens n’entre en revanche pas en ligne de compte (cf. art. 55 al. 1, 91 et 99 LPA-VD).

Par ces motifs
la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:

I. Le recours est très partiellement admis.

II. La décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts, du 22 avril 2014, est annulée, tant s’agissant de l’impôt cantonal et communal que de l’impôt fédéral direct.

III. La cause est renvoyée à l'Administration cantonale des impôts pour qu'elle statue à nouveau dans le sens des considérants du présent arrêt.

IV. Un émolument judiciaire de 9'500 (neuf mille cinq cents) francs est mis à la charge de la Société X.________ Sàrl en liquidation.

V. Il n’est pas alloué de dépens.

Lausanne, le 15 juillet 2016

Le président: Le greffier:

Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.