TRIBUNAL CANTONAL

COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC

Arrêt du 5 avril 2019

Composition

Mme Mélanie Pasche, présidente; M. Bernard Jahrmann et M. Alain Maillard, assesseurs; ; Mme Magali Fasel, greffière.

Recourante

A.________ à ******** représentée par Me Nicolas Urech, avocat à Lausanne,

Autorité intimée

Administration cantonale des impôts, à Lausanne,

Autorités concernées		1.		Administration fédérale des contributions, Division principale DAT, à Berne,
	2.		Office d'impôt des personnes morales, à Yverdon-les-Bains.

Objet	Impôt cantonal et communal (sauf soustraction)
	Recours A.________ c/ décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts du 26 août 2016 (décisions de taxation émises les 2 juin 2006, 10 juin 2009 et 2 septembre 2013 par l'Office d'impôt des personnes morales pour l'impôt cantonal et communal et l'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 2003 à 2010)

Vu les faits suivants:

A. A.________ (anciennement A.________; ci-après: la société) est inscrite au Registre du commerce du canton de Vaud depuis le 30 octobre 1974. Son siège est à ******** et elle a pour but depuis le 1^er mars 2011: l'organisation et la tenue de comptabilités, la gérance et l'administration d'immeubles ainsi que la prise de participations immobilières. Jusqu’alors, son but était: importation, exportation et le commerce de toute denrée alimentaire, notamment de poissons de mer, la production de toute denrée alimentaire, importation, exportation, la production et le commerce de tout produit, appareil et machine permettant la confection, le conditionnement, la conservation et la production des dites denrées; organisation et la tenue de comptabilité, travaux de gérance et mandats fiduciaires. Elle a pour administrateur avec signature individuelle B.________, qui est également l'actionnaire unique de la société.

B. La société tient un inventaire des véhicules qu'elle utilise dans le cadre de son activité. Il s'agit des véhicules suivants pour les périodes de 2003 à 2010:

- Mercedes SLK 200 1997 (immatriculé VD ********), de 2003 à 2005;

- Mercedes 307 D 1983 (immatriculé VD ********), de 2003 à 2008, mentionné comme étant hors d'usage depuis 2005;

- Mercedes 309 D 1989 (immatriculé VD ********), de 2003 à 2010, mentionné comme étant peu utilisé dès 2005, puis hors d'usage dès 2008;

- Mercedes 312 D 1998 (immatriculé VD ********, puis VD ******** dès 2008), de 2003 à 2010, dont il est précisé que le frigo était en panne en 2007 et 2008;

- Mercedes 100 MB 1990 (immatriculé VD ********, puis VD ******** dès 2009), de 2003 à 2010;

- Mitsubishi L 300 1995 (immatriculé VD ********), de 2003 à 2010, dont il est précisé que le moteur s'est cassé en 2007, le véhicule étant hors d'usage depuis 2008;

- Ford Escort 1993 (immatriculé VD ********), de 2003 à 2010, dont il est précisé qu'il n'est plus en circulation depuis 2009;

- Opel Omega break 1989 (immatriculé VD ********), de 2003 à 2005, hors d'usage dès 2005;

- Ford Courier 1.3 1999 (immatriculé VD ********), de 2006 à 2009;

- Mercedes 310 D 1995 (immatriculé VD ********), de 2009 à 2010;

- Mercedes Vito 113 (immatriculé VD ********), de 2009 à 2010.

Tous ces véhicules, hormis la Mercedes SLK et l'Opel Omega, sont des utilitaires. En sus de ces véhicules, la recourante utilise également un Ford transit 280 S (voiture de livraison avec fourgon frigorifique) depuis 2009, qui est mis à sa disposition par l'actionnaire en vertu d'un contrat de location. Entre 2003 et 2008, la société recourante a par ailleurs loué à l'épouse de l'actionnaire le véhicule Mercedes 310 D 1995 précité. Le montant de la location acquittée par la société s'élève annuellement à 9'600 fr. (respectivement 9'300 fr. pour la seule période 2005).

Selon les extraits du Service des automobiles et de la navigation, les plaques d'immatriculations VD ********, VD ******** et VD ******** (remorque) étaient établies au nom de la société A.________, les plaques d'immatriculation VD ********, VD ********, VD ******** et VD ******** au nom de C.________ (épouse de B.________), la plaque d'immatriculation VD ******** au nom de D.________ (fils de B.________), et les plaques d'immatriculation VD ********, VD ********, VD ******** et VD ******** au nom de B.________.

La plupart des véhicules mentionnés dans l'inventaire de la société bénéficient de plaques interchangeables avec des véhicules de tourisme, ne figurant pas à l'inventaire.

C. Le 30 septembre 2004, A.________ a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2003; elle a annoncé un bénéfice imposable de 19'931 fr. et un capital imposable de 153'903 francs. Le 19 avril 2005, l’Office d’impôt des personnes morales (ci-après: l’OIPM) a demandé des pièces à A.________. Le 2 juin 2005, l’OIPM a arrêté le bénéfice imposable de la société à 67'200 fr. et son capital imposable à 175'000 francs. La société a déposé le 30 juin 2005 une réclamation contre cette décision. Dans ce cadre, elle a notamment indiqué sous chiffre 3 "part privée sur véhicule" admettre les calculs de l’administration. Elle a toutefois précisé utiliser régulièrement les deux véhicules de B.________ portant la plaque VD ********, et avoir donc dû compter une location pour ces deux véhicules dans les comptes 2004. Par proposition de règlement du 3 novembre 2006, l’OIPM a estimé le bénéfice imposable à 59'800 fr. et le capital imposable à 173'000 francs. Sous chiffre 3 de sa proposition "part privée sur véhicule", l’OIPM a indiqué ce qui suit: "La reprise sur la part privée du véhicule ne faisant l’objet d’aucune contestation, nous la considérons comme acceptée pour CHF 3'120". Le 27 novembre 2006, la contribuable a indiqué maintenir sa réclamation.

D. Le 15 septembre 2005, A.________ a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2004; elle a annoncé un bénéfice imposable de 36'003 fr. et un capital imposable de 89'906 francs. Le 24 octobre 2006, A.________ a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2005; elle a annoncé un bénéfice imposable de 33'443 fr. et un capital imposable de 73'350 francs. Le 2 novembre 2007A.________ a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2006; elle a annoncé un bénéfice imposable de 5'917 fr. et un capital imposable de 79'267 francs. Le 4 novembre 2008, A.________ a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2007 ; elle a annoncé un bénéfice imposable de 31'607 fr. et un capital imposable de 101'541 francs.

Le 10 juin 2009, l’OIPM a notifié à A.________ les décisions de taxation pour les périodes fiscales 2004 à 2007. Il a arrêté pour l’année 2004 le bénéfice net à 44'200 fr. et le capital imposable à 109'000 francs. Pour 2005, l’OIPM a arrêté le bénéfice net à 40'200 fr. et le capital imposable à 93'000 francs. Pour 2006, l’OIPM a arrêté le bénéfice net à 16'900 fr. et le capital imposable à 99'000 francs. Pour 2007, l’OIPM a arrêté le bénéfice net à 44'600 fr. et le capital imposable à 130'000 francs.

A.________ a déposé des réclamations contre les décisions portant sur les années 2004 à 2007 le 9 juillet 2009. Dans ce cadre, elle a notamment relevé quant à la part privée sur véhicule que la voiture MB SLK 200 était désormais immatriculée au nom de B.________. Elle a joint une copie de la carte grise du véhicule selon laquelle le détenteur en était B.________ le 21 mars 2006. Elle a indiqué que l’utilisation d’une voiture de direction n’était pas justifiée et que c’était à tort que l’OIPM décomptait une part privée sur ce véhicule au-delà de 2006.

Le 15 octobre 2009, l’OIPM a établi une proposition de règlement pour les périodes fiscales 2004 à 2007, par laquelle elle a maintenu ses décisions du 10 juin 2009.

E. Le 5 novembre 2009, A.________ a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2008. Elle a annoncé un bénéfice imposable de 32'709 fr. et un capital imposable de 134'249 francs. Le 2 novembre 2010, A.________ a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2009. Elle a annoncé un bénéfice imposable de 10'716 fr. et un capital imposable de 154’298 francs. Le 23 décembre 2011, A.________ a déposé sa déclaration d’impôt pour l’année 2010; elle a annoncé un bénéfice imposable de 11'935 fr. et un capital imposable de 166’233 francs.

F. A la suite de la réclamation de la contribuable contre la décision du 2 juin 2005 relative à la période fiscale 2003, l’OIPM a transmis le dossier à l’Administration cantonale des impôts (ci-après l’ACI) qui, le 13 mai 2013, a maintenu les éléments retenus par l’OIPM dans sa proposition de règlement du 3 novembre 2006.

Le 13 mai 2013, l’ACI a demandé à la société de lui remettre un certain nombre de pièces relatives à la période fiscale 2004 à 2007. A la suite d’une entrevue qui s’est tenue le 19 juin 2013, l’ACI a encore demandé des pièces à la société le 16 juillet 2013 pour la période fiscale 2006-2007, en particulier concernant les véhicules et leurs frais.

La société a produit les documents demandés le 27 mars 2014.

Le 2 septembre 2013, l’OIPM a notifié à A.________ les décisions de taxation pour les périodes fiscales 2008 à 2010. Il a arrêté pour l’année 2008 le bénéfice net à 45’500 fr. et le capital imposable à 163'000 francs. Pour 2009, l’OIPM a arrêté le bénéfice net à 22’800 fr. et le capital imposable à 174’000 francs. Pour 2010, l’OIPM a arrêté le bénéfice net à 24’600 fr. et le capital imposable à 186’000 francs.

G. Le 30 avril 2015, l’ACI a établi une proposition de règlement portant sur les années 2003 à 2010. Elle a constaté, sur la base des comptes "véhicules", "frais d'exploitation véhicules" et "frais de réparation véhicules", que des frais relatifs à neuf véhicules avaient été comptabilisés dans la société. L'ACI a admis la déduction de 4/9 de l'ensemble des frais, considérant que quatre véhicules seulement étaient utilisés à des fins commerciales.

H. Sur la base de cette proposition, qu'elle a contestée, A.________ a requis de l'ACI l'aménagement d'une séance, qui a eu lieu le 20 août 2015. La société a contesté la méthode retenue par l'ACI pour comptabiliser la part privée, qui conduirait selon elle à un résultat excessif. Elle a remis à l'issue de cette entrevue l'inventaire de ses véhicules au 31 décembre en relation avec les périodes fiscales 2003 à 2010.

I. Le 26 août 2016, l'ACI a partiellement admis la réclamation du 30 juin 2006 portant sur la période fiscale 2003 et établi le bénéfice imposable de la société à 59'879 fr., son capital imposable à 173'000 fr. Elle a rejeté les réclamations du 9 juillet 2009 (périodes fiscales 2004 à 2007) et du 2 octobre 2013 (périodes fiscales 2008 à 2010). L'ACI a modifié les décisions de l'OIPM du 10 juin 2009 et du 2 septembre 2013 en retenant les éléments imposables suivants:

"Période fiscale 2004:

Bénéfice imposable: 80'960 fr.

Capital Imposable: 209'000 fr.

Période fiscale 2005:

Bénéfice imposable: 72'026 fr.

Capital imposable: 93'000 fr.

Période fiscale 2006:

Bénéfice imposable: 30'807 fr.

Capital imposable: 99'000 fr.

Période fiscale 2007:

Bénéfice imposable: 50'682 fr.

Capital imposable: 130'000 fr.

Période fiscale 2008:

Bénéfice imposable: 68'231 fr.

Capital imposable: 163'000 fr.

Période fiscale 2009:

Bénéfice imposable: 21'384 fr.

Capital imposable: 174'000 fr.

Période fiscale 2010:

Bénéfice imposable: 45'760 fr.

Capital imposable: 186'000 fr."

L'ACI a joint à sa décision sur réclamation divers tableaux des reprises effectuées dans le bénéfice de la société A.________, portant sur les provisions injustifiées, les intérêts en relation avec les prêts des actionnaires, la reprise de parts privées sur les frais de véhicule et les frais forfaitaires de représentation. S'agissant plus spécifiquement des frais de véhicules, l'ACI a constaté qu'à teneur des inventaires des véhicules fournis, plusieurs véhicules dont les propriétaires sont les époux B.________et C.________ et leur fils ont été activés dans les comptes de la société. L'ACI a admis que ces véhicules remplissaient une fonction utilitaire pouvant être nécessaire à la contribuable. Tous les véhicules inscrits n'avaient toutefois pas été mis en circulation ou n'étaient pas en état de l'être. L'ACI a dès lors établi un ratio (sur un total de neuf véhicules) pour calculer la part privée, en déterminant, pour chaque période fiscale, le nombre de véhicules immatriculés pouvant être considérés comme justifiés commercialement. Elle a, sur cette base, calculé une part privée correspondant à 3/9 de l'ensemble des frais de véhicules pour la période fiscale 2003, respectivement 5/9 pour la période fiscale 2004, 4/9 pour la période fiscale 2005, 3/9 pour la période fiscale 2006, 4/9 pour la période fiscale 2007, 5/9 pour la période fiscale 2008, 5/9 pour la période fiscale 2009 et 5/9 pour la période fiscale 2010 (cf. annexe 17).

J. Par acte de son mandataire du 26 septembre 2016, A.________ a recouru auprès de la Cour de droit administratif et public (CDAP) du Tribunal cantonal à l'encontre de la décision sur réclamation de l'ACI du 26 août 2016, en concluant à sa réforme, en ce sens que la part privée sur les frais de véhicule correspond à l'addition des frais de réparation et d'exploitation directement attribuables au véhicule privé et d'une quote-part des frais d'exploitation des véhicules non directement attribuables calculés proportionnellement aux kilomètres roulés à titre privé par rapport au total des kilomètres.

L'ACI s'est déterminée le 8 décembre 2016 et a conclu au rejet du recours. Subsidiairement, elle conclut à l'admission très partielle du recours dans l'hypothèse où le Tribunal cantonal, dans le cadre du recours pendant des actionnaires (cause FI.2016.0119), refusait la déduction des frais d'entretien d'immeubles invoqués.

Invité à répliquer, A.________ s'est déterminée le 6 mars 2017, maintenant ses conclusions. Elle a joint à son écriture diverses pièces, dont les livres de bord des véhicules figurant à l'inventaire (pièces 9 à 12), les notes de frais relatives au carburant pour les périodes 2003, 2006 et 2007 (pièces 18 à 20), ainsi que les documents de douane pour l'année 2004 (pièce 21).

L'ACI s'est encore déterminée le 14 juin 2017, de même que A.________ le 7 septembre 2017.

K. Le Tribunal a statué par voie de circulation.

Considérant en droit:

1. A teneur de l’art. 140 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), le contribuable peut s'opposer à la décision sur réclamation de l'autorité de taxation en s'adressant, dans les 30 jours à compter de la notification de la décision attaquée, à une commission de recours indépendante des autorités fiscales. Aux termes de l’art. 199 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; BLV 642.11), le recours au Tribunal cantonal s'exerce conformément à la loi sur la procédure administrative. Le recours ayant été interjeté dans la forme prescrite (cf. art. 140 al. 2 LIFD et 79 de la loi cantonale du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD; BLV 173.36]) et le délai de trente jours (cf. art. 140 al. 1 LIFD et 95 LPA-VD), il y a lieu d’entrer en matière.

2. a) Les tribunaux cantonaux, lorsqu’ils se prononcent sur une question relevant tant de l’impôt fédéral direct que de l’impôt cantonal et communal, comme en l’occurrence, doivent en principe rendre deux décisions – qui peuvent toutefois figurer dans le même arrêt -, l’une pour l’impôt fédéral direct et l’autre pour l’impôt cantonal et communal, avec des motivations séparées et des dispositifs distincts, ou du moins un dispositif distinguant expressément les deux impôts. Cette exigence se justifie par le fait qu’il s’agit d’impôts distincts, qui reviennent à des collectivités différentes et font l’objet de procédures et de taxations séparées (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262, et les références citées). Il y a lieu cependant de relativiser cette jurisprudence lorsque la question juridique à trancher par l’autorité cantonale de dernière instance est réglée de la même façon en droit fédéral et en droit cantonal harmonisé et peut, partant, être soumise à un raisonnement identique. Dans un tel cas, il est admissible de statuer sur le litige par un seul arrêt, sans que le dispositif ne distingue entre les deux catégories d’impôt; encore faut-il que la motivation de l’arrêt permette de saisir clairement que l’arrêt vaut aussi bien pour un impôt que pour l’autre (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262/263).

b) En l’espèce, les questions à trancher sont les mêmes pour les deux catégories d’impôt, les règles sur la prescription du droit de taxer et sur l'imposition du bénéfice étant similaires en droit fédéral et cantonal. Le Tribunal statuera dès lors en un seul arrêt, sans distinguer entre l’impôt fédéral direct, d’une part, et l’impôt cantonal et communal, d’autre part, comme la jurisprudence qui vient d’être rappelée lui permet de le faire (cf. arrêt FI.2016.0037 du 16 décembre 2016 consid. 2).

3. Bien que la recourante ne soulève pas expressément cette problématique, il convient d'examiner d'office la question de la prescription ou de la péremption, en particulier lorsqu'elle joue en faveur du contribuable (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.2 p. 171).

a) Intitulé "Prescription du droit de taxer", l'art. 120 LIFD a la teneur suivante:

"¹ Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.

² La prescription ne court pas ou est suspendue:

a. pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision;

b. aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné;

c. aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour.

³ Un nouveau délai de prescription commence à courir:

a. lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt;

b. lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt;

c. lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée;

d. lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.

⁴ La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale."

L'art. 47 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) retient pour sa part que le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.

En matière d'impôt cantonal et communal, l'art. 170 LI a un contenu identique à l'art. 120 LIFD.

b) En l'occurrence, le délai de prescription absolu est atteint en ce qui concerne la période fiscale 2003, la plus ancienne en cause, depuis le 31 décembre 2018, tant en ce qui concerne l'IFD que l'ICC. Il s'ensuit que le litige ne porte plus que sur les périodes fiscales 2004 à 2010, dont le délai de prescription a été suspendu durant les diverses procédures de réclamation et pour lesquelles la prescription absolue de quinze ans n'est pas atteinte.

4. Le litige a trait en l’espèce exclusivement à la reprise dans le bénéfice de la recourante des frais de véhicules privés, la recourante ne contestant plus les autres reprises effectuées par l'autorité intimée.

a) Aux termes de l'art. 57 LIFD, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable de la société comprend en particulier le solde du compte de résultats (let. a; cf. également art. 94 al. 1 let. a LI), ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let b; cf. également art. 94 al. 1 let. b LI). L'art. 58 al. 1 let. a LIFD énonce le principe de l'autorité du bilan commercial ("Massgeblichkeitsprinzip"), selon lequel le bilan commercial est déterminant en droit fiscal. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices spécifiques. L'autorité fiscale peut en revanche s'écarter du bilan remis par le contribuable lorsque des dispositions impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359; 132 I 175). Au nombre des prélèvements visés par l'art. 58 al. 1 let. b LIFD figurent notamment les amortissements et les provisions qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (let. b 2^ème tiret) et les distributions dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (let. b 5^ème tiret).

Il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque quatre conditions cumulatives sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (cf. par exemple ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 s.; 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 s.; 131 II 593 consid. 5.1 p. 607; 119 Ib 116 consid. 2 p. 119; arrêt 2C_394/2013 du 24 octobre 2013 consid. 5.1). Il convient ainsi d'examiner si la prestation aurait été accordée dans la même mesure à un tiers étranger à la société, soit si la transaction a respecté le principe de pleine concurrence ("Dealing at arm's length"; ATF 138 II 545 consid. 3.2 p. 549; 138 II 57 consid. 2.2 p. 60 et les références citées, in RDAF 2012 II p. 299; arrêts TF 2C_644/2013 du 21 octobre 2013 consid. 3.1; 2C_798 et 799/2015 du 26 septembre 2016).

b) La procédure de taxation est régie par la maxime inquisitoriale (ATF 92 I 253 consid. 2). Cette maxime est également applicable dans le cadre de la procédure de recours en matière fiscale, à défaut d'une disposition contraire de la loi fiscale
(cf. art. 142 al. 4 LIFD; art. 199 LI et 28 al. 1 LPA-VD; arrêts TF 2P.215/2002 et 2A.479/2002 du 7 avril 2003 consid. 4.1).

En matière fiscale, les règles générales du fardeau de la preuve ancrées à l'art. 8 CC, destinées à déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un fait, ont pour effet que l'autorité fiscale doit établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (ATF 133 II 153 consid. 4.3; 121 II 257 consid. 4c/aa; 92 I 253 consid. 2 p. 256 s.; arrêt TF 2C_722/2017 du 13 décembre 2017 consid. 5.2 et les références citées). Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale apportent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération (arrêt TF 2C_722/2017 du 13 décembre 2017 consid. 5.2 et les références citées). La justification commerciale des dépenses revendiquées en déduction d’une recette doit, en conséquence de ces principes, être établie par le contribuable (cf. arrêt TF 2C_1081/2013 et 2C_1164/2013 du 2 juin 2014 consid. 5.5 et les références).

5. Il convient d'examiner ci-après le bien-fondé de la reprise effectuée par l'autorité intimée dans le bénéfice de la recourante en relation avec les frais de véhicules.

a) Les frais de véhicules font partie des dépenses nécessaires pour la marche de l'entreprise; ils ne sont toutefois admis en déduction du résultat que s'ils sont justifiés par l'usage commercial, à l’exclusion de la couverture des besoins privés de l'actionnaire ou de proches de ce dernier (art. 58 al. 1 lit. b LIFD, a contrario; art. 94 al. 1 let. b LI, a contrario). Il appartient dans cette situation au contribuable de prouver que tous les frais comptabilisés ont effectivement été assumés à titre professionnel. La mise à disposition d’un véhicule de l’entreprise à l’actionnaire ou à un proche de celui-ci implique en contrepartie la comptabilisation d’une part privée. En pareil cas, lorsque la reprise dans les comptes de l’entreprise d'une part privée sur les frais de véhicules de l'entreprise se justifie, il a été admis que l’autorité fiscale puisse se conformer à sa pratique en reprenant un montant correspondant selon la norme TVA à 12% du prix d'achat des véhicules (arrêt FI.2014.0080 du 28 octobre 2015 consid. 7d et les références citées).

b) En l'occurrence, il n'est pas contesté par la recourante que des frais privés ont été comptabilisés, notamment pour ce qui concerne les frais de réparation des véhicules (compte 4240). Elle admet en effet spontanément que seuls 990 fr. 30 sont justifiés commercialement sur un total de 1'557 fr. 50 en 2003, respectivement 1'192 fr. 60 sur un total de 3'928 fr. 60 en 2004, 1'910 fr. 75 sur un total de 4'574 fr. 30 en 2005, 826 fr. 50 sur un total de 1'454 fr. 80 en 2006, 1'818 fr. 55 sur un total de 6'188 fr. 10 en 2007, 1'540 fr. 20 sur un total de 6'220 fr. 70 en 2008, 1'830 fr. 15 sur un total de 4'297 fr. 20 en 2009 et 1'649 fr. 40 sur un total de 3'958 fr. 95. L'ampleur de la confusion entre frais privés et frais justifiés par l'usage commercial permet déjà de mettre sérieusement en doute la valeur de la comptabilité de la recourante. On peut également s'étonner du fait que la recourante ait pris à sa charge les frais de réparation des véhicules qu'elle loue, ce qui ne paraît pas correspondre à l'usage commercial.

S'agissant des frais comptabilisés à titre de carburant et huile (compte 4210) et de pneumatique (compte 4220), la recourante ne conteste pas non plus le bien-fondé d'une reprise en relation avec des charges qui ne sont pas justifiées commercialement. Plutôt que l'application d'un ratio tel que calculé par l'autorité intimée, la recourante demande que les coûts y relatifs soient ventilés en fonction des kilomètres parcourus par les véhicules. La recourante a fourni à cet égard des indications permettant d'établir le nombre de kilomètres parcourus chaque année par les véhicules figurant à l'inventaire. Dès lors que tous les véhicules utilisés par la société disposent de plaques interchangeables avec des véhicules utilisés à titre privé, dont on ignore le kilométrage, il n'est pas possible de déterminer objectivement la part des frais privés et commerciaux. Compte tenu en outre de la faible valeur probante qu'il convient d'attribuer à la comptabilité de la recourante, on ne saurait retenir que l'intégralité des frais comptabilisés dans les comptes 4210 et 4220 est justifiée commercialement. Dans ces circonstances, l'application d'un ratio, comme l'a fait l'autorité intimée, paraît justifiée.

Le même raisonnement peut s'appliquer, s'agissant des assurances, ce que la recourante admet d'ailleurs, du fait de l'impossibilité d'évaluer le surcoût lié à l'interchangeabilité de la plaque.

Pour établir le ratio applicable, l'autorité intimée s'est référée au nombre total de plaques d'immatriculation apparaissant dans la comptabilité de la recourante, soit neuf. Elle a rapporté cette valeur au nombre d'immatriculations correspondant à des véhicules dont l'utilisation commerciale avait pu être démontrée. Cette manière de procéder, même si elle apparaît très schématique, doit être confirmée. On ne saurait, à l'instar de la recourante, faire grief à l'autorité intimée de s'être attachée aux immatriculations, plutôt qu'aux véhicules pris individuellement. Compte tenu de l'interchangeabilité de la majorité des plaques d'immatriculation avec des véhicules privés et en l'absence de toute indication fournie par la recourante en relation avec l'utilisation de ces véhicules privés, l'autorité intimée n'avait en effet d'autre choix, pour estimer le montant des parts privées à comptabiliser, que de s'appuyer sur les seules données dont elle avait connaissance.

c) Reste à examiner si le ratio retenu par l'autorité intimée est justifié, s'agissant des périodes fiscales qui font l'objet du présent litige.

Pour déterminer le nombre de véhicules présentant une utilité commerciale, l'autorité intimée s'est appuyée sur l'inventaire des véhicules fourni par la recourante dans le cadre de la procédure de réclamation. Ce document, qui répertorie la flotte de véhicules de l'entreprise et leur kilométrage au 31 décembre de chaque année, paraît constituer une base relativement fiable pour déterminer l'utilité commerciale des véhicules qui y figurent. Hormis la Mercedes SLK 200, exclusivement utilisée à des fins privées, tous les véhicules mentionnés dans l'inventaire sont en effet des utilitaires, avec caisse isothermique ou isolation thermique. Il convient dès lors de présumer qu'ils sont effectivement affectés au but de la société recourante, dont l'activité, durant les périodes fiscales litigieuses, portait majoritairement sur le transport de poisson. Le seul fait que ces véhicules soient immatriculés au nom de l'actionnaire de la société ou de l'un des membres de sa famille ne permet pas de renverser cette présomption. Il est en revanche exclu de prendre en considération les véhicules privés Opel Vectra et Opel Omega break, qui ne figurent pas à l'inventaire et dont l'utilité commerciale n'a nullement été démontrée. Ainsi que le relève à juste titre la recourante, il convient toutefois d'ajouter à cette liste le véhicule Mercedes 310 D (pour les périodes 2004 à 2008, avant son rachat par la société), et le véhicule Ford Transit 280 S (pour les périodes 2009 et 2010). Ces véhicules étant loués à l'actionnaire, respectivement à son épouse, il est normal qu'ils ne figurent pas à l'inventaire des véhicules dont la société est propriétaire. La recourante avait toutefois à en assumer les coûts de fonctionnement, de sorte qu'il apparaît justifié que leur utilisation grève le résultat de la recourante.

L'autorité intimée était en revanche fondée à retrancher de la liste des véhicules fournie par la recourante ceux qui n'ont pas circulé durant l'année prise en considération. Même s'il s'agissait, comme le soutient la recourante, de véhicules de dépannage conservant une utilité commerciale, le fait qu'ils bénéficient de plaques interchangeables avec des véhicules privés conforte dans l'idée que leur utilité commerciale était minime. On doit en revanche admettre la possibilité, pour la recourante, de démontrer que les indications figurant dans l'inventaire sont erronées et lui permettre de prouver l'effectivité de l'utilisation commerciale d'un véhicule.

Sur la base de ces précisions, il convient de déterminer, pour chaque période fiscale, le nombre d'immatriculations portant sur des véhicules utilisés à des fins commerciales.

Période fiscale 2004:

L'autorité intimée a exclu, pour cette période, la prise en compte des véhicules Mercedes 312 D (immatriculé VD ********) et Ford Escort (immatriculé VD ********), le kilométrage n'ayant, à teneur de l'inventaire, pas évolué entre le 31 décembre 2003 et le 31 décembre 2004. Sur les six immatriculations que compte l'inventaire, l'autorité intimée a ainsi considéré que quatre immatriculations seulement étaient justifiées commercialement. La recourante, en produisant le livre de bord de la Ford Escort, a pu établir que l'inventaire était erroné et démontrer que ce véhicule avait en réalité parcouru 47'363 km en 2004, ce dont il convient de tenir compte. La recourante n'a en revanche pas pu démonter qu'il en était de même s'agissant du véhicule Mercedes 312 D, le livre de bord remis ne contenant le détail des kilomètres parcourus qu'à compter de l'année 2006. Le nombre de kilomètres parcourus annuellement ne peut en outre se déduire d'une autre pièce du dossier. Son utilisation commerciale n'a ainsi pas été démontrée. On peut également l'exclure pour les véhicules Mercedes SLK 200 et Mercedes 307 D (partageant l'immatriculation VD ********), le premier étant affecté exclusivement à des fins privées, le second n'ayant effectué qu'un nombre très restreint de kilomètres en 2004. En tenant compte du véhicule en location Mercedes 310 D, le nombre d'immatriculations pouvant être rattachées à des véhicules dont l'utilité commerciale est démontrée se monte dès lors à cinq.

Période fiscale 2005:

L'autorité intimée a exclu, pour cette période, la prise en compte des véhicules Mercedes SLK 200 et Mercedes 307 D (tous deux immatriculés VD ********). Sur les six immatriculations que compte l'inventaire, l'autorité intimée a ainsi considéré que cinq immatriculations seulement étaient justifiées commercialement. Son raisonnement peut être confirmé pour les mêmes raisons qu'évoquées ci-dessus s'agissant de la période fiscale 2004. De l'inventaire, il ressort par ailleurs que le véhicule Mitsubishi L300 (immatriculé VD ********) n'a effectué aucun kilomètre en 2005. Son utilité commerciale peut dès lors être également exclue. En tenant compte du véhicule en location Mercedes 310 D, le nombre d'immatriculations pouvant être rattachées à des véhicules dont l'utilité commerciale est démontrée se monte dès lors à cinq.

Période fiscale 2006:

L'autorité intimée a exclu, pour cette période, la prise en compte du véhicule Mercedes 307 D (immatriculé VD ********), au motif qu'il n'avait parcouru aucun kilomètre en 2006. Elle a considéré que, sur les sept plaques d'immatriculation répertoriées à l'inventaire, six pouvaient être considérées comme étant justifiées commercialement.

La recourante n'est pas parvenue à démontrer que le véhicule Mercedes 307 D avait roulé en 2006, ni son utilisation en tant que frigo de dépannage, l'inventaire précisant expressément que le véhicule est hors d'usage. L'inventaire fait également ressortir que les véhicules Mercedes 309 D (immatriculé VD ********) et Mitsubishi L300 (immatriculé VD ********) n'ont effectué aucun kilomètre en 2006, de sorte que l'utilité commerciale de ces deux immatriculations peut également être niée.

En tenant compte du véhicule en location Mercedes 310 D, le nombre d'immatriculations pouvant être rattachées à des véhicules dont l'utilité commerciale est démontrée se monte dès lors à cinq, en lieu et place des six retenues par l'autorité intimée.

Période fiscale 2007:

L'autorité intimée a exclu, pour cette période, la prise en compte des véhicules Mercedes 307 D (immatriculé VD ********) et Mercedes 309 D (immatriculé VD ********), au motif qu'ils n'avaient parcouru aucun kilomètre en 2007. Elle a considéré que, sur les sept plaques d'immatriculation répertoriées à l'inventaire, cinq pouvaient être considérées comme étant justifiées commercialement. Cette appréciation peut être confirmée pour les mêmes raisons qu'évoquées ci-dessus, s'agissant de la période fiscale 2006. En outre, il convient de tenir également compte du fait que le véhicule Mitsubishi L300 (immatriculé VD ********) n'a effectué aucun kilomètre en 2007 et a été démoli.

En tenant compte du véhicule en location Mercedes 310 D, le nombre d'immatriculations pouvant être rattachées à des véhicules dont l'utilité commerciale est démontrée se monte dès lors à cinq, comme l'a retenu à juste titre l'autorité intimée.

Période fiscale 2008:

L'autorité intimée a exclu, pour cette période, la prise en compte des véhicules Mercedes 309 D (immatriculé VD ********) et Mitsubishi L300 (immatriculé VD ********), au motif qu'ils n'avaient parcouru aucun kilomètre en 2008. Elle a considéré que, sur les six plaques d'immatriculation répertoriées à l'inventaire, quatre pouvaient être considérées comme étant justifiées commercialement. Cette appréciation peut être confirmée, la recourante n'ayant pu démontrer que ces véhicules avaient effectivement roulé en 2008. En tenant compte du véhicule en location Mercedes 310 D, le nombre d'immatriculations pouvant être rattachées à des véhicules dont l'utilité commerciale est démontrée se monte dès lors à cinq.

Périodes fiscales 2009 et 2010:

L'autorité intimée a exclu, pour cette période, la prise en compte des véhicules Mercedes 309 D (immatriculé VD ********), Mitsubishi L300 (immatriculé VD ********) et Ford Escort (immatriculé VD ********) au motif qu'ils n'avaient parcouru aucun kilomètre en 2009 et 2010. Elle a considéré que, sur les huit plaques d'immatriculation répertoriées à l'inventaire, quatre pouvaient être considérées comme étant justifiées commercialement. La recourante ne remet pas en cause le fait que les véhicules Mercedes 309 D et Mitsubishi L300 n'ont pas circulé en 2009 et 2010. S'agissant du véhicule Ford Escort, elle soutient au contraire que le véhicule a effectué plusieurs milliers de kilomètres, sans toutefois être en mesure de prouver ses dires, le livre de bord qu'elle a remis s'arrêtant en 2007. Dans de telles circonstances, il convient de confirmer l'appréciation de l'autorité intimée, qui pouvait s'appuyer sur l'inventaire fourni par la recourante, mentionnant le fait que ce véhicule avait été retiré de la circulation.

En tenant compte du véhicule en location Ford Transit 280 S, dont le nombre de kilomètres parcourus est attesté par un livre de bord, le nombre d'immatriculations pouvant être rattachées à des véhicules dont l'utilité commerciale est démontrée se monte dès lors à cinq pour les périodes 2009 et 2010.

Il suit de ce qui précède que la part privée à comptabiliser pour l'ensemble des périodes fiscales doit correspondre à un ratio de 4/9. Cela revient à admettre que, pour toutes les années d'exploitation litigieuses, cinq véhicules étaient affectés au but de la société recourante. Cette dernière ne démontre pas que les livraisons effectuées nécessitaient simultanément plus de cinq chauffeurs.

d) La recourante conteste l'application de ce ratio à l'ensemble des frais de véhicules qu'elle a comptabilisés. Ses reproches concernent principalement les frais de réparation, qui, dès lors qu'ils peuvent être rattachés aisément à chaque véhicule figurant à l'inventaire, devraient être déduits des frais totaux. Ces remarques, certes non dénuées de fondement, ne sont pas déterminantes. A suivre la recourante, il faudrait en effet appliquer un ratio différent pour tenir compte des particularités inhérentes à chaque compte. La nécessité d'établir un ratio tient précisément au fait que la majorité des charges comptabilisées ne peuvent être identifiées comme étant privées ou commerciales. L'autorité intimée était fondée, par mesure de simplification, d'appliquer un ratio à l'ensemble des frais de véhicules comptabilisés. Si les parts privées ainsi établies, rapportées au nombre de kilomètres supposés parcourus, paraissent élevées, il ne faut pas perdre de vue que trois personnes au moins (soit l'actionnaire de la société, son épouse et leur fils) ont bénéficié de la comptabilisation de certains frais privés qu'ils avaient à assumer. Dans de telles circonstances, les montants calculés par l'autorité intimée n'apparaissent pas irréalistes.

Il importe peu enfin que l'autorité intimée ait retenu, s'agissant des frais de location des véhicules, un montant de 9'300 fr. plutôt que de 9'600 francs. Ces frais ne font en effet pas partie des montants auxquels sont appliqués les ratios.

e) Il n'est enfin pas contesté par la recourante que la prise en charge de certains frais privés a directement profité à son actionnaire ou à ses proches. La reprise doit dès lors être confirmée dans son principe, le dossier étant renvoyé à l'autorité intimée pour qu'elle établisse un nouveau calcul de l'impôt, tenant compte d'un ratio de 4/9 appliqué aux frais de véhicules à titre de part privée, 5/9 des frais comptabilisés étant considérés comme justifiés commercialement.

6. La société recourante a comptabilisé en déduction de ses charges les montants revendiqués par l'actionnaire et son épouse à titre de frais d'administration de leur immeuble par des tiers. Dans le cadre de l'affaire connexe FI.2016.0119, le Tribunal est parvenu à la conclusion que ces frais n'avaient pas été établis, faute de pièces justificatives attestant de l'activité déployée dans ce cadre par la société recourante. Dès lors que cette déduction est refusée à l'actionnaire et à son épouse, il convient de réduire le bénéfice imposable de la recourante à concurrence du montant des frais ainsi comptabilisés par la société recourante en déduction de ses charges.

7. Le recours doit ainsi être admis partiellement et la décision attaquée partiellement annulée, en ce sens que le droit de taxer la période fiscale 2003 est prescrit. Le dossier est renvoyé à l'autorité intimée pour qu'elle établisse un nouveau calcul de l'impôt, compte tenu d'une reprise des frais non justifiés par l'usage commercial correspondant à un ratio de 4/9 des charges comptabilisées à titre de "frais de véhicule" (cf. pièce 6 jointe au recours). Il lui appartiendra de réduire également le bénéfice imposable de la société recourante du montant des frais d'administration d'immeuble dont la déduction est refusée à l'actionnaire et à son épouse. Pour le surplus, la décision attaquée peut être confirmée. Un émolument réduit est mis à la charge de la recourante, qui n'obtient que partiellement gain de cause. La recourante, qui est intervenue en procédure avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens, également réduits pour tenir compte du fait qu'elle n'obtient que partiellement gain de cause.

Par ces motifs
la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:

I. Le recours est admis partiellement.

II. La décision du 26 août 2016 rendue sur réclamation par l'Administration cantonale des impôts est partiellement annulée en ce sens que le droit de taxer la période fiscale 2003 est prescrit.

III. La décision du 26 août 2016 rendue sur réclamation par l'Administration cantonale des impôts est également partiellement annulée en ce qui concerne les périodes fiscales 2004 à 2010, le dossier étant renvoyé à l'Administration cantonale des impôts pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle est confirmée pour le surplus.

IV. Un émolument réduit de 2'000 francs est mis à la charge de la recourante.

V. L'Administration cantonale des impôts est débitrice à l'égard de la recourante d'une indemnité de 1'000 francs à titre de dépens partiels.

Lausanne, le 5 avril 2019

La présidente: La greffière:

Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, 1000 Lausanne 14). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.