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TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC |
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Arrêt du 7 mai 2024 |
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Composition |
M. Guillaume Vianin, président; M. Nicolas Perrigault et M. Roger Saul, assesseurs; Mme Magali Fasel, greffière. |
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Recourante |
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A.________, à ********, représentée par CENO Sàrl, à Lausanne, |
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Autorité intimée |
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Administration cantonale des impôts, à Lausanne, |
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Autorité concernée |
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Administration fédérale des contributions, à Berne. |
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Objet |
Impôt cantonal et communal, Impôt fédéral direct |
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Recours A.________ c/ décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts du 20 novembre 2023 (ICC et IFD périodes 2008 à 2017 et amendes). |
Vu les faits suivants:
A. A.________ (ci-après également: la société) est une société fondée le ******** 2005, ayant son siège à ******** et qui a pour but d'effectuer des travaux de plâtrerie et de peinture, ainsi que des nettoyages de villas, appartements et bureaux. De sa fondation jusqu'en février 2017, B.________ détenait une part sociale de 19'000 fr. et était associée de la société sans droit de signature. Durant cette même période, C.________ détenait une part sociale de 1'000 fr. et était associé gérant de la société avec signature individuelle. Depuis février 2017, C.________ détient l'intégralité des parts sociales de la société A.________.
B. A.________ a été définitivement taxée en lien avec les périodes fiscales 2008 à 2013, sur la base des éléments imposables suivants:
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2008 |
2009 |
2010 |
2011 |
2012 |
2013 |
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Bénéfice imposable (ICC/IFD) |
2'200 |
0 |
0 |
745 |
0 |
7'242 |
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Capital imposable |
24'000 |
20'000 |
20'000 |
20'572 |
20'000 |
31'234 |
C. Le 5 juin 2018, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: l'ACI) a adressé à A.________ un avis d'ouverture d'une procédure en rappel et soustraction d'impôt portant sur les périodes fiscales 2008 à 2013. Après avoir requis de la société la production de diverses pièces, l'ACI a informé A.________ que la période de contrôle s'étendait également aux périodes fiscales 2014 à 2017, pour lesquelles une décision de taxation n'avait pas encore été rendue.
La société a été invitée à prendre position au sujet des reprises envisagées par l'ACI, portant sur l'imposition de bénéfices supplémentaires en lien avec les périodes fiscales 2008 à 2017 pour un total de 1'726'550 fr. (après retraitement du report de pertes et déduction faite des impôts), ainsi que de capital supplémentaire imposable de 471'604 fr. (après déduction des impôts).
Une audition a eu lieu le 22 avril 2021. A l'issue de celle-ci, A.________ a contesté une partie des reprises envisagées par l'ACI.
Par décisions de rappel d'impôt et de taxation définitive, ainsi que de prononcé d'amende du 15 décembre 2021, l'ACI a fixé les compléments d'impôts dus par la société A.________ à 338'603,50 fr. en ce qui concerne l'impôt cantonal et communal (ICC) et à 132'625,50 fr. en ce qui concerne l'impôt fédéral direct (IFD). L'ACI a annexé à sa décision un tableau des reprises opérées dans le bénéfice de la société, incluant des chiffres d'affaires non déclarés, ainsi que des charges non justifiées commercialement. Les reprises opérées dans le bénéfice ont été fixées, après retraitement du report des pertes et après prise en compte des provisions pour impôt, à un total de 1'718'288 francs, répartis comme suit:
- 201'209 fr. pour la période fiscale 2008, considérés intégralement comme éléments soustraits;
- 168'963 fr. pour la période fiscale 2009, considérés intégralement comme éléments soustraits;
- 184'458 fr. pour la période fiscale 2010, dont 151'044 fr. d'éléments soustraits;
- 249'451 fr. pour la période fiscale 2011, dont 229'529 fr. d'éléments soustraits;
- 221'502 fr. pour la période fiscale 2012, dont 219'312 fr. d'éléments soustraits;
- 155'499 fr. pour la période fiscale 2013, dont 113'173 fr. d'éléments soustraits;
- 271'240 fr. pour la période fiscale 2014, considérés intégralement comme éléments soustraits;
- 138'773 fr. pour la période fiscale 2015, dont 129'461 fr. d'éléments soustraits;
- 74'473 fr. pour la période fiscale 2016, dont 59'465 fr. d'éléments soustraits;
- 52'719 fr. pour la période fiscale 2017, dont 52'425 fr. d'éléments soustraits.
L'ACI a par ailleurs prononcé une décision de non-lieu en lien avec la procédure en soustraction d'impôt ouverte à l'encontre de la société pour les périodes fiscales 2008 à 2010, compte tenu de la survenance de la prescription. Elle a prononcé des amendes pour un montant total de 178'350 fr. pour l'ICC et de 70'050 fr. pour l'IFD en lien avec les soustractions commises pour les périodes fiscales 2011 à 2017, tenant compte d'une faute qualifiée de moyenne, d'une soustraction consommée pour les périodes fiscales 2011 à 2013 et d'une tentative de soustraction pour les périodes fiscales 2014 à 2017.
Agissant par acte de son mandataire du 14 janvier 2022, A.________ a formé une réclamation à l'encontre des décisions de rappel d'impôt et de taxation définitive, ainsi que de prononcé d'amende.
Par propositions de règlement du 15 décembre 2022, l'ACI a informé A.________ de son intention de réformer très partiellement la décision attaquée, en lien avec la reprise calculée s'agissant des véhicules détenus par la société.
A la suite d'un entretien qui a eu lieu le 14 mars 2023, A.________ s'est déterminée le 15 mai 2023 et a déclaré maintenir sa réclamation.
D. Par décision rendue sur réclamation le 20 novembre 2023, l'ACI a très partiellement admis la réclamation, fixant les compléments d'impôt dus, tant pour l'ICC que pour l'IFD, à 466'905,75 fr., et modifiant très légèrement les amendes fixées pour tenir compte de la modification de l'assiette imposable.
E. Agissant par acte de sa mandataire daté du 19 décembre 2023, A.________ (ci-après: la recourante) a recouru à l'encontre de cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP), en concluant à son annulation et au renvoi de la cause à l'ACI pour nouvelle décision. Dans sa motivation, la recourante s'est limitée à se référer à sa réclamation du 14 janvier 2022 et à ses déterminations du 15 mai 2023, qu'elle a jointes à son recours, ainsi qu'en surlignant les points contestés de l'annexe à la décision sur réclamation, listant les reprises opérées par l'ACI à l'appui de sa décision sur réclamation du 20 novembre 2023.
Dans son avis du 27 décembre 2023, le juge instructeur a informé la recourante que la motivation contenue dans l'acte de recours était insuffisante. Il lui a imparti un délai échéant le 15 janvier 2024 pour régulariser son recours, sous peine d'irrecevabilité.
La recourante a complété son recours le 15 janvier 2024.
Dans sa réponse du 12 février 2024, l'ACI a conclu au rejet du recours, sous réserve de la prescription intervenue en relation avec la taxation de la période fiscale 2008.
Invitée à répliquer, la recourante ne s'est pas déterminée.
Considérant en droit:
1. Il convient d'examiner en premier lieu la recevabilité du recours.
a) En ce qui concerne l'impôt cantonal et communal, l'art. 199 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; BLV 642.11) dispose que le recours au Tribunal cantonal s'exerce conformément à la loi sur la procédure administrative. Selon l'art. 92 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD; BLV 173.36]), le Tribunal cantonal connaît des recours contre les décisions et décisions sur recours rendues par les autorités administratives, lorsque la loi ne prévoit aucune autre autorité pour en connaître. Le délai de recours est de trente jours (art. 95 LPA-VD). L'acte de recours doit être signé et indiquer les conclusions et motifs du recours (art. 79 al. 1 et 99 LPA-VD).
S'agissant de l'impôt fédéral direct, l'art. 140 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) dispose que le contribuable peut s’opposer à la décision sur réclamation de l’autorité de taxation en s’adressant, dans les 30 jours à compter de la notification de la décision attaquée, à une commission de recours indépendante des autorités fiscales. A teneur de l'art. 140 al. 2 LIFD, le contribuable doit indiquer, dans l’acte de recours, ses conclusions et les faits sur lesquels elles sont fondées, ainsi que les moyens de preuve; les documents servant de preuves doivent être joints à l’acte ou décrits avec précision. Lorsque le recours est incomplet, un délai équitable est imparti au contribuable pour y remédier, sous peine d’irrecevabilité.
b) D'après la jurisprudence, les conclusions et motifs du recours doivent manifester la volonté de recourir, c'est-à-dire de contester la décision attaquée et d'en obtenir la modification: c'est là l'élément constitutif central d'un recours. La jurisprudence fait preuve d'une relative souplesse en ce qui concerne tant la formulation des conclusions que la motivation des recours. Elle n’exige ainsi pas que les conclusions soient formulées explicitement, quand elles résultent clairement des motifs allégués. Il suffit qu'on puisse déduire de l'acte de recours sur quels points et pour quelles raisons la décision attaquée est contestée (cf. arrêts PS.2022.0077 du 20 janvier 2023 consid. 2a, et les références citées; PS.2018.0089 du 5 août 2019 consid. 1a; AC.2016.0216 du 8 février 2017 consid. 1c; PS.2014.0055 du 3 septembre 2014 consid. 1a). La simple allégation que la décision serait erronée et le seul renvoi global à des actes de procédure antérieurs sont en revanche insuffisants (ATF 113 Ib 287). Si elle ne doit pas nécessairement être pertinente, la motivation du recours doit à tout le moins se rapporter à l'objet de la décision attaquée et au raisonnement juridique qui la soutient, sous peine d'irrecevabilité (cf. arrêts PS.2022.0077 du 20 janvier 2023 consid. 2a; PS.2018.0089 du 5 août 2019 consid. 1a; PS.2015.0092 du 14 juin 2016 consid. 1; v. ég. Bovay/Blanchard/Grisel Rapin, Procédure administrative vaudoise – LPA-VD annotée, 2ème éd., Bâle 2021, n. 2.5.2 ad art. 79 LPA-VD).
c) En l'occurrence, la motivation contenue dans l'acte de recours du 19 décembre 2023 ne respectait pas les exigences décrites ci-dessus en matière de motivation, la recourante se limitant en effet à renvoyer à ses précédentes écritures, sans s'en prendre au raisonnement de la décision attaquée. La recourante, qui a été invitée à régulariser son acte de recours, a certes quelque peu développé son argumentation dans le cadre de son écriture complémentaire du 15 janvier 2024. Cet acte ne contient toutefois aucun argument dirigé spécifiquement contre la motivation de la décision attaquée, la recourante se limitant à reprendre certains des arguments exposés dans de précédentes écritures, sans les développer, alors que l'autorité intimée y a répondu de manière circonstanciée. Il est douteux que cette motivation satisfasse aux exigences de recevabilité des art. 79 LPA-VD et 140 LIFD. Cette question peut demeurer indécise, le recours devant quoi qu'il en soit être rejeté pour les motifs qui suivent.
2. Sur le fond, le litige porte, d'une part, sur certaines des reprises opérées par l'ACI dans le bénéfice de la recourante pour les périodes fiscales 2008 à 2017, et, d'autre part, sur le montant des amendes infligées pour soustraction et tentative de soustraction fiscale.
En tant qu’il protège le droit de l’accusé de ne pas s’incriminer lui-même (selon l’adage "nemo tenetur se ipsum accusare vel procedere"), l’art. 6 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101) s’applique à la procédure fiscale de caractère pénal. En revanche, le contentieux qui se rapporte à la taxation fiscale n’entre pas dans le champ d’application de cette disposition; partant, la maxime précitée ne vaut pas dans ce domaine (arrêts de la Cour européenne des droits de l’homme Ferrazzini c. Italie du 12 juillet 2001, Recueil 2001-VII p. 327, par. 29, et J. B. c. Suisse du 3 mai 2001, Recueil 2001-III p. 455; ATF 138 IV 47 consid. 2.6.1 p. 51; 132 I 140 consid. 2.1 p. 145/146 et les références citées). Afin d'éviter que les renseignements obtenus dans la procédure de taxation – à laquelle le contribuable a le devoir de collaborer – ne soient utilisés pour les besoins de la procédure pénale dans laquelle l’accusé a le droit de se taire, la cour statue en deux étapes: elle rend un arrêt partiel sur la taxation, avant de se prononcer, par un arrêt séparé, sur les amendes. Avec l’accord des contribuables toutefois, elle peut adopter une procédure unifiée et rendre un arrêt unique statuant aussi bien sur la taxation que sur les amendes (arrêts FI.2022.0089 du 21 septembre 2023 consid. 3a; FI.2011.0066 du 14 août 2012; FI.2003.0022 du 14 juin 2007).
Avertie de cette possibilité, la recourante a opté pour une procédure unifiée. Le présent litige portera dès lors tant sur la problématique de la taxation de la recourante relative aux périodes fiscales 2008 à 2017, que sur les amendes prononcées à son encontre.
3. a) Les tribunaux cantonaux, lorsqu'ils se prononcent sur une question relevant tant de l'impôt fédéral direct que de l'impôt cantonal et communal, comme en l'occurrence, doivent en principe rendre deux décisions − qui peuvent toutefois figurer dans le même arrêt −, l'une pour l'impôt fédéral direct et l'autre pour l'impôt cantonal et communal, avec des motivations séparées et des dispositifs distincts, ou du moins un dispositif distinguant expressément les deux impôts. Cette exigence se justifie par le fait qu'il s'agit d'impôts distincts, qui reviennent à des collectivités différentes et font l'objet de procédures et de taxations séparées (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1, et les références citées). Il y a lieu cependant de relativiser cette jurisprudence lorsque la question juridique à trancher par l'autorité cantonale de dernière instance est réglée de la même façon en droit fédéral et en droit cantonal harmonisé et peut, partant, être soumise à un raisonnement identique. Dans un tel cas, il est admissible de statuer sur le litige par un seul arrêt, sans que le dispositif ne distingue entre les deux catégories d'impôt; encore faut-il que la motivation de l'arrêt permette de saisir clairement que l'arrêt vaut aussi bien pour un impôt que pour l'autre (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1).
b) En l'espèce, les questions à trancher sont les mêmes pour les deux catégories d'impôt. La problématique est réglée de manière identique en droit fédéral, en droit harmonisé et en droit cantonal. La cour statuera dès lors en un seul arrêt, sans distinguer l'impôt fédéral direct, d'une part, et l'impôt cantonal et communal, d'autre part, ceci conformément à la jurisprudence de la Cour de céans (cf. entre autres CDAP FI.2018.0074 du 22 novembre 2018 consid. 2; FI.2016.0037 du 16 décembre 2016 consid. 2 et FI.2015.0069 du 11 juillet 2016 consid. 2).
4. La prescription ou la péremption sont des questions de droit matériel que le tribunal doit examiner d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.2), tant pour l'impôt fédéral direct (IFD) que les impôts cantonaux et communaux (ICC), lorsque celles-ci se fondent sur le droit fédéral (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.4; arrêts TF 2C_872/2021 du 2 août 2022 consid. 4 non publié in ATF 149 II 74; 2C_15/2021 du 27 mai 2021 consid. 4).
a) S'agissant en premier lieu de la taxation, plus particulièrement du rappel d'impôt, l'art. 53 al. 2 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) prévoit que le droit d’introduire une procédure de rappel d’impôt s’éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n’a pas été effectuée alors qu’elle aurait dû l’être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète. Le droit de procéder au rappel de l’impôt s’éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (al. 3; cf. aussi l'art. 152 al. 2 et 3 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11], dont la formulation est identique, et ATF 140 I 68 consid. 6.1). L'art. 208 al. 1 et 3 LI pose les mêmes principes.
En l'occurrence, il ressort du dossier qu'un avis d'ouverture de la procédure de rappel d'impôt a été notifié à la recourante le 5 juin 2018 pour l'entier des périodes fiscales 2008 à 2013, tant pour l'ICC que pour l'IFD. Le délai de prescription de dix ans des art. 208 al. 1 LI et 53 al. 2 LHID n'était ainsi pas échu lors de l'ouverture de la procédure. Le délai de quinze ans du droit de taxer est en revanche échu, en ce qui concerne la période fiscale 2008.
b) S'agissant des amendes, selon le droit en vigueur avant le 1er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction d'impôt consommée se prescrivait dans tous les cas par quinze ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'avait pas été effectuée ou l'avait été de façon incomplète, ce délai ne pouvant être prolongé (ancien art. 184 al. 1 let. b LIFD [RO 1991 1184] cum art. 333 al. 6 let. b CP [RS 311.0], en relation avec l'ATF 134 IV 328). La prescription était en outre interrompue par tout acte de procédure tendant à la poursuite du contribuable (ancien art. 184 al. 2 LIFD).
Depuis le 1er janvier 2017, la poursuite pénale se prescrit, au plus tôt, par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète (art. 184 al. 1 let. b ch. 1 LIFD). Selon l'art. 184 al. 2 LIFD, la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182 al. 1 LIFD) avant l'échéance du délai de prescription. Les art. 58 al. 1, al. 2 let. a et al. 3 LHID et 254 al. 1 let. b ch. 1 LI, en vigueur depuis le 1er janvier 2017, ont un contenu identique à celui de l'art. 184 LIFD.
En vertu des art. 205f LIFD et 78f LHID, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours des périodes fiscales précédant le 1er janvier 2017 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (principe de la lex mitior; cf. arrêt 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.3, non publié in ATF 144 IV 136). Dans la mesure où il empêche la prescription de courir, en particulier durant la procédure devant le Tribunal fédéral, le nouveau droit se révèle être en principe moins favorable aux contribuables que l'ancien droit. Il est en revanche plus favorable si aucune décision n'a été rendue dans les dix ans à compter de la fin de la période fiscale (arrêts TF 2C_872/2021 du 2 août 2022 consid. 4 non publié in ATF 149 II 74; 2C_1059/2020 du 17 août 2021 consid. 4.1 et les arrêts cités).
En l'occurrence, la décision rendue par l'autorité inférieure date du 15 décembre 2021. L'autorité intimée a par conséquent retenu à juste titre que les éventuelles amendes qui auraient pu être prononcées en lien avec les périodes fiscales 2008 à 2010 sont désormais prescrites. La prescription des amendes pour les périodes fiscales ultérieures a en revanche cessé de courir avec la notification de la décision du 15 décembre 2021.
5. Il convient en premier lieu d'examiner le bien-fondé du rappel d'impôt, s'agissant des périodes fiscales 2009 à 2013, qui ont fait l'objet d'une décision de taxation définitive.
a) Selon les art. 151 al. 1 LIFD, 53 al. 1 LHID, et 207 al. 1 LI, dont les teneurs sont identiques, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Le rappel d'impôt est le pendant, en faveur du fisc, de la révision en faveur du contribuable (cf. TF 2C_640/2010 du 11 décembre 2010 consid. 4.3). Cette procédure porte sur la perception d'impôts qui n'ont pas pu être prélevés par l'administration cantonale au cours de la taxation ordinaire (ATF 144 II 359 consid. 4.5.1; TF 2C_676/2016 du 5 décembre 2017 consid. 4.1; 2C_662/2014 du 25 avril 2015 consid. 6.3 et les références citées).
Selon la jurisprudence, l'autorité fiscale peut, en principe, considérer que la déclaration d'impôt est exacte et complète et elle n'est pas tenue, à défaut d'indices correspondants, de rechercher des informations complémentaires. En raison de la maxime inquisitoire, l'autorité doit cependant procéder à une analyse plus approfondie, lorsqu'il ressort manifestement du dossier que les faits déterminants sont incomplets ou peu clairs. Lorsque l'autorité fiscale aurait dû se rendre compte de l'état de fait incomplet ou inexact, le rapport de causalité adéquate entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante ou incomplète est interrompu et les conditions pour procéder ultérieurement à un rappel d'impôt font défaut (cf. ATF 144 II 359 consid. 4.5.1; TF 2C_676/2016 du 5 décembre 2017 consid. 4.1; 2C_632/2012 du 28 juin 2013 consid. 3.4 et les références citées). Il incombe au contribuable de démontrer que l'autorité de taxation aurait, le cas échéant, dû connaître l'élément nouveau qu'elle invoque à l'appui du rappel (Hugo Casanova/Claude-Emmanuel Dubey, in: Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Noël/Aubry Girardin [éds], 2ème éd., 2017, n°6 ad art. 153 LIFD; arrêt TF 2C_81 et 102/2022 du 25 novembre 2022 consid. 7.2).
b) En l'occurrence, au vu des déclarations d'impôt remplies par la recourante, l'autorité fiscale pouvait considérer que celles-ci étaient exactes et complètes. Il n'en ressort pas d'éléments sur la base desquels l'autorité intimée aurait raisonnablement dû rechercher des informations complémentaires. La société a en particulier attesté n'avoir procédé à aucune distribution dissimulée de bénéfice aux porteurs de parts et les prestations en question n'étaient pas comptabilisées. Ce n'est que sur la base des pièces versées ultérieurement à la procédure, notamment à la suite de la découverte de comptes bancaires non déclarés, que l'autorité intimée a été en mesure d'établir l'existence d'éléments factuels susceptibles d'impacter le calcul du bénéfice imposable de la recourante. Les conditions pour procéder à un rappel d'impôt étaient dès lors réunies.
6. Le litige a trait à diverses reprises opérées par l'autorité intimée dans le bénéfice imposable de la recourante.
a) Aux termes de l'art. 57 LIFD (cf. également l'art. 93 LI), l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD (cf. également l'art. 94 al. 1 LI, le bénéfice net imposable de la société comprend en particulier le solde du compte de résultats (let. a), ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let b), ainsi que les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultat (let. c). Ces dispositions énoncent le principe de l'autorité du bilan commercial ("Massgeblichkeitsprinzip"), selon lequel le bilan commercial est déterminant en droit fiscal. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices spécifiques. L'autorité fiscale peut en revanche s'écarter du bilan remis par le contribuable lorsque des dispositions impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices, telles que l'art. 58 al.1 let. b et c LIFD, l'exigent (ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359; 132 I 175; voir également les arrêts TF 2C_419/2015 du 3 juin 2016 consid. 4.1.2, non publié in ATF 142 II 355; 2C_520/2015 du 28 décembre 2015 consid. 3.1; 2C_768/2014 du 31 août 2015 consid. 11.1).
b) La procédure de taxation est régie par la maxime inquisitoriale (ATF 147 II 209 consid. 5.1.3; 92 I 253 consid. 2). Cette maxime est également applicable dans le cadre de la procédure de recours en matière fiscale, à défaut d'une disposition contraire de la loi fiscale (cf. art. 142 al. 4 LIFD; art. 199 LI et 28 al. 1 LPA-VD; arrêts TF 2P.215/2002 et 2A.479/2002 du 7 avril 2003 consid. 4.1).
En matière fiscale, les règles générales du fardeau de la preuve ancrées à l'art. 8 CC, destinées à déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un fait, ont pour effet que l'autorité fiscale doit établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (ATF 133 II 153 consid. 4.3; 121 II 257 consid. 4c/aa; 92 I 253 consid. 2 p. 256 s.; arrêt TF 2C_722/2017 du 13 décembre 2017 consid. 5.2 et les références citées). Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale apportent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération (ATF 147 II 338 consid. 3.2; arrêt TF 2C_722/2017 du 13 décembre 2017 consid. 5.2 et les références citées). La justification commerciale des dépenses revendiquées en déduction d’une recette doit, en conséquence de ces principes, être établie par le contribuable (cf. arrêt TF 2C_1081/2013 et 2C_1164/2013 du 2 juin 2014 consid. 5.5 et les références).
7. Il convient en premier lieu d'examiner le bien-fondé des reprises effectuées par l'autorité intimée en lien avec les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultat de la recourante (cf. art. 58 al. 1 let. c LIFD et 94 al. 1 let. c LI). Plusieurs reprises ne sont pas, ou plus, formellement contestées par la recourante dans le cadre de son recours; elles seront brièvement, dans la mesure utile, également examinées ci-après.
a) Les reprises 1.01 ont trait aux encaissements effectués sur le compte non déclaré ******** n° ******** au nom de C.________. Dans sa réclamation du 14 janvier 2022, la recourante avait admis l'intégralité des reprises opérées par l'ACI, se limitant à contester la nature de chiffre d'affaires non déclaré d'encaissements de 7'000 fr. (le 17 juillet 2013) et de 2'000 fr. (le 1er avril 2014). La recourante avait expliqué que ces montants consistaient en un prêt d'argent à C.________, respectivement un versement de C.________ provenant de sa trésorerie personnelle. La recourante a complété son argumentation le 15 mai 2023, relevant en outre que le montant de 7'600 fr. encaissé le 20 novembre 2015 avec le libellé "GENERALI ASS. GEN. 1260 Nyon" consistait en un dédommagement d'assurance suite à un accident sur le véhicule Renault Kangoo.
A l'appui de son recours, la recourante reproche à l'autorité intimée d'avoir présumé que l'ensemble des mouvements effectués sur le compte non déclaré devaient être considérés comme du chiffre d'affaires non déclaré. Elle a par ailleurs réitéré son argumentation en lien avec l'encaissement de 7'600 fr. du 20 novembre 2015.
D'emblée, on relèvera que les encaissements litigieux ont eu lieu sur un compte bancaire non déclaré, au nom de l'associé gérant de la recourante. La recourante, qui ne conteste d'ailleurs pas que la plupart des rentrées d'argent concerne une rémunération de son activité, n'a donné aucune explication quant à la nature des encaissements. Dans ces circonstances, on ne saurait reprocher à l'autorité intimée d'avoir présumé qu'il s'agissait de recettes financières liées à l'activité de la recourante. Si la recourante conteste toujours formellement que les versements de 7'000 et 2'000 fr. soient intégrés à son chiffre d'affaires, elle ne fournit aucune explication de nature à établir qu'il s'agirait de mouvements de fonds non imposables, tels que des prêts. S'agissant pour le surplus du versement de 7'600 fr., la recourante, qui reconnaît avoir acquis le véhicule Renault Kangoo le 23 novembre 2022, n'établit pas pour quelle raison elle aurait reçu un dédommagement de l'assurance en lien avec ce véhicule en 2015.
Les reprises opérées dans le bénéfice imposable de la recourante sous le chiffre 1.01 doivent dès lors être confirmées.
b) Les reprises 1.02 ont trait aux encaissements de montants cash sur des comptes bancaires non déclarés (au nom des détenteurs de parts de la recourante), l'ACI ayant considéré qu'ils devaient être également ajoutés au bénéfice imposable de la recourante. Dans sa réclamation, la recourante a contesté l'intégralité des reprises, se limitant toutefois à donner quelques explications sur l'origine des versements opérés en 2008, ainsi que des explications générales non documentées. A l'appui de ses déterminations complémentaires du 15 mai 2023, la recourante a notamment expliqué que plusieurs versements provenaient d'un prêt de 80'000 Euros octroyé par D.________. D'autres versements proviendraient en outre d'un prêt octroyé par E.________, soit 20'000 fr. versés le 25 juillet 2014, 20'000 fr. le 26 septembre 2014 et 34'000 fr. le 12 novembre 2014. Elle a produit à cet égard une attestation datée du 23 novembre 2017 établie par E.________.
La recourante, au travers de son recours, conteste l'appréciation de l'autorité intimée, qui a considéré que l'existence des prêts n'était pas établie et a dès lors retenu que ces rentrées financières devaient être considérées comme du chiffre d'affaires non déclaré.
D'une manière générale, l’appréciation des preuves est libre en ce sens qu’elle n’obéit pas à des règles de preuve légales prescrivant à quelles conditions l’autorité devrait admettre que la preuve est apportée et quelle valeur probante elle devrait reconnaître aux différents moyens de preuve les uns par rapport aux autres. Le tribunal de céans forme librement sa conviction en analysant la force probante des preuves administrées, en choisissant entre les preuves contradictoires ou les indices contraires qu’il a recueillis et en indiquant les motifs de son choix (cf. ATF 130 II 482 consid. 3.2; arrêts TF 2C_709/2017 du 25 octobre 2018 consid. 3.3 et 9C_55/2016 du 14 juillet 2016 consid. 3.2). En droit fiscal, les documents écrits revêtent une importance considérable, dès lors qu’ils sont les plus à même d’apporter une preuve précise et immédiate (cf. arrêts TF 2C_709/2017 précité consid. 3.3 et 2C_947/2014 du 2 novembre 2015 consid. 7.2.4). A contrario, les témoignages, en particulier lorsqu’ils émanent de personnes proches de l’administré, ont une faible valeur probante en droit fiscal. Il en va de même des preuves, certes écrites, mais établies après coup et des documents non contemporains aux faits sur lesquels porte le litige (cf. ATF 133 II 153 consid. 7.2; arrêts TF 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 3.4 et 2C_470/2007 du 19 février 2008 consid. 3.4; voir également arrêts FI.2022.0089 du 21 septembre 2023 consid. 4a/cc; FI.2021.0114 du 31 mars 2022 consid. 6b).
D'emblée, on relèvera que les opérations dont il est question résultent de dépôts d'argent liquide effectués sur des comptes bancaires non déclarés. Dans ces circonstances, il est impossible de suivre les flux monétaires et en particulier de déterminer sans équivoque la personne dont émanent les versements. Il n'est pas non plus contesté que, ni la recourante, ni les détenteurs de ses parts, n'ont déclaré ces prêts dans leur comptabilité, respectivement dans leur déclaration d'impôt.
S'agissant du prêt prétendument octroyé par D.________, il faut prendre en considération le fait que le contrat de prêt du 4 mars 2011 a été établi par une personne résidant à l’étranger. De ce fait, il n’implique pas de conséquence en Suisse pour la personne qui l'a établi. En outre, il n’est pas possible de contrôler si la personne qui a affirmé avoir prêté le montant en cause a également déclaré ces prêts à son autorité fiscale nationale. Or, lorsqu’une exonération est fondée sur des prêts ou des donations de l’étranger et que par conséquent les moyens d'investigation de l'autorité fiscale sont de ce fait restreints, il en découle un devoir de collaboration accru de la part du contribuable (cf. ATF 144 II 427 consid. 2.3.2). Puisque l’autorité ne peut pas contrôler matériellement ce qui est indiqué dans les attestations produites, la recourante devait corroborer ses indications par d’autres éléments comme un virement bancaire ou expliquer à tout le moins pourquoi et comment les espèces en francs suisses ont été transmises (cf. dans ce sens arrêt FI.2022.0063 du 8 août 2023 consid. 5b/cc).
En ce qui concerne le prêt prétendument octroyé par E.________, il faut relever que l'attestation du 23 novembre 2017 est postérieure aux versements litigieux. L'attestation précitée ne contient aucune indication quant au paiement d'intérêts, ainsi qu'en relation avec les modalités de remboursement, ce qui paraît pour le moins inhabituel au vu de l'ampleur des sommes en jeu. Les mêmes remarques valent s'agissant du prêt d'un montant de 23'000 fr. prétendument octroyé par F.________ le 23 août 2014, pour lequel la recourante a produit une attestation du 22 décembre 2017.
Force est ainsi de constater que la recourante n'a pas fourni les explications requises au vu des circonstances, étant précisé que les justifications fournies n'ont cessé de varier au cours de la procédure. Il convient partant d'admettre qu'une reprise dans son bénéfice est justifiée, la recourante ne fournissant aucune explication complémentaire à l'appui de son recours et se limitant à contester de manière générale l'appréciation de l'autorité intimée, sans se déterminer sur l'argumentation pourtant détaillée et convaincante de l'autorité inférieure, qui met notamment en évidence les incohérences entre les documents produits et les explications de la recourante.
Dans ces circonstances, les reprises 1.02 peuvent ainsi être intégralement confirmées.
c) Les reprises 1.03 ont trait à d'autres montants versés par des tiers, attestés par des pièces justificatives provenant de la comptabilité de la recourante, qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultat de la recourante. Dans sa réclamation, la recourante a contesté l'intégralité des reprises, se limitant toutefois à donner quelques explications sur les paiements de la famille G.________, en particulier au sujet du versement d'un montant de 24'600 fr. en 2012.
L'autorité intimée a mis en évidence, sur la base des pièces justificatives produites par la recourante, que la facture finale adressée à G.________ le 2 mars 2012, fixait le montant total des travaux à 54'694,28 francs. Après déduction des acomptes reçus, pour un total de 45'000 fr., le solde dû était de 9'694,28 fr., arrondi à 9'600 francs. L'analyse du compte 6000 de la comptabilité de la recourante a permis de mettre en évidence que seuls 30'000 fr. ont été comptabilisés par la recourante en relation avec ces travaux (5'000 fr. le 28 septembre 2011, 10'000 fr. le 23 novembre 2011 et 15'000 fr. le 6 février 2012). Sur la base de ces éléments, l'autorité intimée a rendu suffisamment vraisemblable l'existence d'un chiffre d'affaires non comptabilisé. Il appartenait dès lors à la recourante d'établir les raisons pour lesquelles il conviendrait de s'écarter de ces indices. La recourante soutient en substance qu'il ne faudrait pas se fier à la valeur du devis, les clients ayant renoncé à faire exécuter certains travaux. Elle s'appuie à cet égard sur une attestation de G.________, qui confirmerait cette version des faits. Or, l'attestation signée par G.________, qui n'est pas datée et qui contient de nombreuses incohérences au regard des éléments mis en évidence par l'autorité intimée, ne saurait revêtir une force probante déterminante, dès lors que l'autorité intimée s'est fiée au contenu de la facture finale, et non à la teneur d'un hypothétique devis, qui ne figure quoi qu'il en soit pas au dossier. L'autorité intimée a par conséquent repris à juste titre dans le bénéfice de la recourante un chiffre d'affaires de 24'600 fr., correspondant à la différence entre la facture finale (54'600 fr.) et les acomptes comptabilisés (30'000 fr.).
Les reprises opérées dans le bénéfice imposable de la recourante sous le chiffre 1.03 doivent dès lors être confirmées.
8. La recourante, sans développer toutefois son argumentation, reproche à l'autorité intimée d'avoir refusé la déduction de certaines charges, au motif qu'elles n'étaient pas justifiées commercialement.
a) Selon la jurisprudence, sont des charges justifiées par l'usage commercial les dépenses qui, du point de vue de l'économie de l'entreprise, sont en relation immédiate et directe (organique) avec le revenu acquis. Tout ce qui, d'un point de vue commercial, peut être considéré de bonne foi comme faisant partie des frais généraux doit être reconnu fiscalement comme justifié par l'usage commercial. Peu importe en revanche que la société ait pu se passer des dépenses en question ou que celles-ci aient été conformes à une gestion rationnelle et orientée vers le profit (cf. ATF 142 II 488 consid. 3.6.8 p. 503 s.;124 II 29 consid. 3c; arrêt TF 2C_400/2020 du 22 avril 2021 consid. 3.1.3; voir également Robert Danon, in Noël/Aubry Girardin [éds], Commentaire romand de la loi sur l'impôt fédéral direct [CR LIFD], 2ème éd., Bâle 2017, ad art. 59 LIFD N 3). La question de savoir si une dépense comptabilisée comme charge est justifiée par l'usage commercial ne se pose que si la réalité de cette dépense est établie (arrêt TF 2C_1113/2018 du 8 janvier 2019 consid. 2.2.4). Or, selon les règles usuelles relatives au fardeau de la preuve, c'est au contribuable qui fait valoir une dépense d'apporter la preuve de son existence ainsi que de sa justification commerciale (arrêt TF 9C_671/2022 du 16 août 2023 consid. 6.2.3).
Au nombre des prélèvements visés par l'art. 58 al. 1 let. b LIFD figurent notamment les distributions dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (let. b, 5ème tiret).
Il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque quatre conditions cumulatives sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (cf. par exemple ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 s.; 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 s.; 131 II 593 consid. 5.1 p. 607; 119 Ib 116 consid. 2 p. 119; arrêt TF 2C_394/2013 du 24 octobre 2013 consid. 5.1). Il convient ainsi d'examiner si la prestation aurait été accordée dans la même mesure à un tiers étranger à la société, soit si la transaction a respecté le principe de pleine concurrence ("Dealing at arm's length"; ATF 138 II 545 consid. 3.2 p. 549; 138 II 57 consid. 2.2 p. 60 et les références citées, in RDAF 2012 II p. 299; arrêts TF 2C_644/2013 du 21 octobre 2013 consid. 3.1; 2C_798 et 799/2015 du 26 septembre 2016).
b) L'autorité intimée a repris dans le bénéfice de la recourante, sous le chiffre 1.10, les factures de sous-traitants et de fournisseurs, pour lesquelles aucune pièce justificative n'a été fournie, celles qui ont fait l'objet d'une comptabilisation à double, ou celles pour lesquelles le paiement effectif n'a pas pu être établi.
D'emblée, on relèvera en l'occurrence que la recourante n'a manifestement pas été en mesure de justifier et documenter toutes les charges qu'elle a comptabilisées dans les comptes 3000 (achats, respectivement factures fournisseurs), 3010 (sous-traitants), 3020 (élimination déchets), 3050 (sous-traitant soumis), 3051 (sous-traitant non soumis). Elle n'a ainsi pas satisfait au principe de régularité, qui se déduit de l'art. 957a al. 2 CO (respectivement de l'art. 957 CO avant le 1er janvier 2013), et qui comprend notamment l’enregistrement intégral, fidèle et systématique des transactions et des autres faits nécessaires au sens de l’al. 1 (ch. 1), la justification de chaque enregistrement par une pièce comptable, par quoi il faut entendre tout document écrit, établi sur support papier, sur support électronique ou sous toute forme équivalente, qui permet la vérification de la transaction ou du fait qui est l’objet de l’enregistrement (ch. 2 en relation avec l'art. 957a al. 3 CO) et la traçabilité des enregistrements comptables (ch. 5). La recourante a expressément reconnu dans le cadre de ses déterminations du 15 mai 2023 qu'un nombre important de documents et de pièces justificatives n'étaient pas disponibles, pour des raisons qu'elle ignorait, et que la comptabilité était lacunaire.
Bien que la recourante n'ait pas été en mesure de prouver la réalité et la justification commerciale de plusieurs dépenses comptabilisées, l'autorité intimée a admis la justification commerciale des dépenses pour lesquelles les relevés bancaires faisaient mention du chantier concerné. Elle a également pu réconcilier certains paiements avec la comptabilité d'autres sous-traitants. Les reprises qui demeurent litigieuses concernent par conséquent uniquement des dépenses pour lesquelles aucune justification n'a été fournie par la recourante.
La recourante a certes transmis, dans le cadre de la procédure, l'attestation de E.________ du 21 décembre 2020, qui confirme avoir reçu divers paiements de la recourante. L'autorité intimée a toutefois exposé de manière détaillée les raisons qui l'ont conduite à restreindre la force probante de ce document, établi postérieurement à la survenue du litige et qui consiste uniquement à lister certains postes de la comptabilité de la recourante, sans explication concernant la nature du chantier et sans produire une quelconque pièce permettant d'établir que la dépense en question aurait été comptabilisée auprès du sous-traitant de la recourante. La recourante devait par conséquent, comme l'a retenu à juste titre l'autorité intimée, documenter ses charges au moyen de pièces justificatives et établir que les versements d'argent cash sont bien parvenus aux destinataires mentionnés dans les factures produites, ce qu'elle n'a manifestement pas été en mesure de faire. Dans ces circonstances et s'agissant d'éléments qu'il appartenait à la recourante d'établir, l'autorité intimée pouvait considérer que la recourante n'était pas parvenue à rendre à tout le moins vraisemblable l'existence des charges qu'elle entendait déduire de son bénéfice imposable. Il n'appartenait pas à l'autorité intimée de reconstituer les charges de la recourante, au regard des marges brutes et nettes usuellement réalisées dans le domaine d'activité de la recourante.
Les reprises sont dès lors confirmées.
c) Les reprises effectuées sous le chiffre 1.11 ont trait au loyer privé des associés enregistré dans les comptes de la société, ainsi qu'à une place de parc au sein du même bâtiment.
Selon la jurisprudence, il y a, notamment, distribution dissimulée de bénéfice lorsqu'une société prend à sa charge des frais personnels d'entretien ou de hobby de l'actionnaire (cf. notamment arrêt TF 2C_813/2017 du 17 septembre 2018 consid. 8.1.2). Dans l'arrêt 2C_795/2015 du 3 mai 2016, le Tribunal fédéral a notamment retenu que, pour qu'une personne morale puisse réduire son bénéfice imposable des charges liées à des locaux appartenant à son actionnaire, ces charges devaient être justifiées par l'usage commercial et le prix payé à l'actionnaire conforme au marché. En l'occurrence, il n'avait pas été démontré que le montant de loyer payé à l'actionnaire par la société, au motif que celui-ci travaillait pour elle à la maison (home office), constituait des frais justifiés par l'usage commercial déductibles. Il s'agissait bien plus de baux conclus pour la résidence d'habitation privée de l'actionnaire (arrêt TF 2C_795/2015 précité, consid. 4.5 et 4.6).
Il n’est en l’occurrence pas contesté que le logement privé constitue le domicile des détenteurs de parts de la recourante. Est litigieuse la question de savoir si le loyer payé par la société recourante, correspondant à une quote-part de 15% pour travail à domicile et à la location d'une place de parc, à ses associés correspond à l’usage qu’elle en fait. Sur ce point, l'autorité intimée a pu constater que la recourante disposait de locaux administratifs, ce qui n'est pas contesté. Compte tenu en outre de l'importance de l'activité de la recourante, qui emploie un maximum de 2,5 EPT, la nécessité de disposer d'autres locaux, ainsi qu'une place de parc, au domicile de l'associé ne semblait pas établie. La recourante, qui ne conteste pas cette argumentation, n'a fourni aucun élément de nature à attester de son besoin de disposer d'une partie du logement de l'associé. Tout porte ainsi à croire que l’affectation principale du logement loué par la recourante est bien de nature privée, la recourante n’étant en particulier pas parvenue à établir l’utilisation effective et la nécessité de disposer de cet espace de travail en sus de ses propres locaux (cf. dans le même sens arrêt FI.2020.0058 du 31 décembre 2020 consid. 6). Il en va de même s'agissant de la place de parc, dont la justification commerciale n'est pas établie, compte tenu notamment de sa proximité avec les locaux administratifs de la recourante.
Il convient par conséquent de retenir que la recourante a indûment grevé son résultat de frais d'entretien privé des détenteurs de ses parts. La reprise doit être intégralement confirmée.
d) Les reprises figurant sous les chiffres 1.12 et 1.13 ont trait à des charges de véhicules non admises commercialement.
Les frais de véhicules font partie des dépenses nécessaires pour la marche de l'entreprise; ils ne sont toutefois admis en déduction du résultat que s'ils sont justifiés par l'usage commercial, à l’exclusion de la couverture des besoins privés de l'actionnaire ou de proches de ce dernier. Il appartient dans cette situation au contribuable de prouver que tous les frais comptabilisés ont effectivement été assumés à titre professionnel.
L'autorité intimée a constaté que la recourante avait immatriculé quatorze véhicules à son nom entre 2008 et 2018, dont deux seulement étaient des véhicules utilitaires, ce qui paraissait excessif compte tenu du fait que la recourante employait au maximum 2,5 EPT. La recourante a reconnu qu'au moins quatre de ces véhicules (Audi Quattro RS4 immatriculée entre 2007 et 2012; Porsche Cayenne GTS immatriculée entre 2012 et 2016; Chevrolet Corvette C7 immatriculée entre 2016 et 2018; Jeep Cherokee 2.8 CRD immatriculée entre 2016 et 2018) étaient utilisés exclusivement à des fins privées. Il paraît pour le surplus douteux que la moto Honda VT1300CX, immatriculée entre 2011 et 2012, puisse avoir une quelconque utilité pour l'activité de la recourante. La recourante n'a en revanche fourni aucune explication relative à la nécessité de disposer d'autres véhicules que les utilitaires (Fiat Scudo 1.9TD immatriculée de 2005 à 2014 et Fiat Ducato 11Q immatriculée de 2010 à 2019) pour son activité, au regard notamment de sa masse salariale. Dans ces circonstances, l'autorité intimée pouvait considérer que l'utilisation effective des véhicules autres que les utilitaires à des fins commerciales n'était pas établie. En prenant à sa charge les frais privés de ses associés ou de leurs proches (frais d'acquisition, d'entretien, d'assurance et de leasing notamment) relatifs à ces véhicules, la recourante a ainsi grevé son résultat de dépenses manifestement étrangères à son activité. La recourante n'a fourni aucune autre explication à l'appui de son recours, se limitant à alléguer l'utilisation exclusivement professionnelle. Cela ne saurait à l'évidence suffire à remettre en cause le bien-fondé des montants repris à titre de part privée par l'autorité précédente.
Les reprises doivent dès lors être également confirmées, étant précisé que l'autorité intimée a déjà renoncé, en faveur de la recourante, à calculer une marge de location pour la mise à disposition des véhicules (alors que cela est en principe prévu au chiffre 1.5.3 de l'info TVA n°8, dont il est possible de s'inspirer pour le calcul de la reprise en matière d'impôt direct; cf. dans ce sens arrêt TF 2C_645 et 646/2012 du 13 février 2013 consid. 9.2; arrêt FI.2020.0058 du 31 décembre 2020 consid. 6a).
e) Les reprises effectuées sous le chiffre 1.14 ont trait à des charges de salaires comptabilisées, qui n'ont pas été justifiées. L'autorité intimée a en l'occurrence mis en évidence des divergences entre la comptabilité de la recourante et les pièces justificatives transmises par celle-ci. Bien que l'autorité intimée ait exposé en détail les motifs qui l'ont conduite à considérer que ces prétendus versements de salaire étaient injustifiés, la recourante n'a fourni aucune explication, de nature à préciser les motifs des versements en cause. Les reprises doivent dès lors être confirmées, dès lors qu'il appartient à la recourante d'apporter la preuve de la justification commerciale de telles dépenses.
f) Les reprises 1.15 concernent des retraits d'argent cash à des bancomats étrangers, comptabilisés comme charges. Comme l'a relevé l'autorité intimée, la recourante n'a aucune activité à l'étranger, qui pourrait justifier ces retraits. La recourante n'a en outre pas pu établir la nature commerciale des retraits, en l'absence de facture ou de quittance. Dans ces circonstances, les reprises ne peuvent qu'être confirmées.
g) Les reprises 1.16 concernent des frais privés de l'associé comptabilisés dans les comptes 3000 (Achats) et 3066 (Frais de déplacement et chantier). L'autorité intimée a mis en évidence que le libellé de plusieurs dépenses comptabilisées mentionnait des surfaces commerciales (Migros, Coop ou Jumbo). Avec l'autorité intimée et en l'absence de justifications fournies par la recourante, on doit partir de l'idée que ces dépenses ont un caractère privé. Les reprises sont ainsi confirmées.
h) Les reprises 1.17, qui concernent des charges comptabilisées à double, ne sont plus contestées par la recourante. Elles doivent être confirmées.
i) Les reprises 1.18 concernent enfin d'autres charges non justifiées commercialement. L'autorité intimée a en l'occurrence réuni suffisamment d'indices attestant du caractère privé des charges assumées par la recourante. Les explications fournies par la recourante ne permettent pas d'aboutir à une autre conclusion.
9. En définitive, il convient de constater que toutes les reprises opérées par l'autorité intimée dans le bénéfice imposable de la recourante doivent être confirmées. La recourante voit toutefois, dans l'imposition d'une marge nette oscillant entre 19 et 65 % découlant des reprises opérées par l'autorité intimée, une violation du principe de la capacité contributive (cf. art. 127 al. 2 Cst.). La recourante considère en effet que la marge usuelle dans sa branche se situe entre 3 et 4%. Cette argumentation n'est toutefois pas pertinente. Le Tribunal cantonal a en effet déjà jugé, dans des circonstances comparables, que la société recourante n'avait pas le droit à ce que les charges relatives à son chiffre d'affaires soient déterminées par appréciation, en appliquant des coefficients expérimentaux, sans égard au fardeau de la preuve qui lui incombe (cf. arrêt FI.2014.0062 du 15 juillet 2016 consid. 9c/cc). La prise en compte de tels coefficients reviendrait en effet à modifier les règles usuelles relatives au fardeau de la preuve, la recourante se trouvant dès lors avantagée par rapport à d'autres contribuables ayant dûment rempli leurs obligations fiscales. Or, comme on l'a vu ci-dessus, l'autorité intimée a établi à un degré de vraisemblance suffisant l'existence de chiffres d'affaires non déclarés par la recourante, tandis que la recourante n'a pas été en mesure d'établir, alors qu'elle a la charge de cette preuve, l'existence et la justification commerciale de certaines de ses dépenses.
Le grief de violation du principe de la capacité contributive doit par conséquent être rejeté.
10. Reste ainsi à examiner le bien-fondé des amendes prononcées à l'encontre de la recourante.
a) Selon l'art. 181 al. 1 LIFD (cf. également art. 248 al. 1 LI), lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende. La notion de soustraction d'impôt renvoie aux art. 175 al. 1 LIFD et 242 al. 1 LI (ATF 135 II 86 consid. 4.2), respectivement aux art. 176 al. 1 LIFD et 243 al. 1 LI en ce qui concerne la tentative de soustraction.
aa) Aux termes des dispositions réprimant la soustraction d'impôt, est puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète. Pour qu'il y ait soustraction au sens de l'art. 175 al. 1 LIFD, il faut une soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable, une faute de ce dernier et un lien de causalité entre le comportement illicite et la perte fiscale subie par la collectivité (arrêts TF 9C_678/2022 du 5 juin 2023 consid. 8.2.1; 2C_11/2018 du 10 décembre 2018 consid. 10.1; 2C_1018/2015 du 2 novembre 2017 consid. 9.2 et les références, in RF 73/2018 p. 255, RDAF 2017 II 630).
Comme le bénéfice imposable de l'entreprise résulte de sa comptabilité commerciale, qui lie en principe les autorités fiscales, les éléments constitutifs d'une soustraction d'impôt consommée sont réunis dès qu'il y a une irrégularité dans la comptabilité et qu'une taxation insuffisante est établie sur cette base (ATF 135 II 86 consid. 3.1; arrêts TF 9C_678/2022 du 5 juin 2023 consid. 8.2.2; 2C_1073/2018 du 20 décembre 2019 consid. 17.2.1, in RDAF 2020 II 200; en lien avec la comptabilisation de charges non justifiées par l'usage commercial: arrêt 2C_683/2018 du 3 octobre 2019 consid. 5.3).
bb) Selon l'art. 176 al. 1 LIFD, celui qui tente de se soustraire à l'impôt sera puni d'une amende. La tentative de soustraction (art. 176 LIFD et 243 LI) se situe entre les actes préparatoires d'une soustraction, qui ne sont pas punissables, et la soustraction consommée (art. 175 LIFD), qui l'est. Le comportement illicite réprimé correspond, sur le plan objectif, à celui de la soustraction fiscale au sens de l'art. 175 LIFD. Dans la procédure de taxation, il suffit que le contribuable donne à l'autorité fiscale des renseignements inexacts, en particulier en fournissant une déclaration d'impôt incomplète et qui n'est pas conforme à la vérité au sens de l'art. 124 al. 2 LIFD. Pour qu'il y ait tentative, l'autorité de taxation doit découvrir que les renseignements fournis sont inexacts avant que la décision de taxation ne soit entrée en force, car, ensuite, la soustraction est consommée (arrêts 2C_1052/2020 du 19 octobre 2021 consid. 3.2.2, in StE 2022 B 101.21 22; 2C_78/2019 du 20 septembre 2019 consid. 6.1 et les références).
b) Lorsque la soustraction d'impôt ou la tentative de soustraction est commise par une personne morale, la faute au sens des art. 175 al. 1 et 181 LIFD ne peut être qu'un attribut de la personne physique, en l'espèce d'un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci (ATF 135 II 86 consid. 4.2 et les références citées; arrêt 2C_298/2020 du 9 octobre 2020 consid. 4.2).
aa) La soustraction est punissable aussi bien lorsqu'elle est commise intentionnellement que lorsqu'elle l'est par négligence. En vertu de l'art. 12 al. 3 CP, applicable en matière fiscale (arrêt 2C_1052/2020 du 19 octobre 2021 consid. 3.2.4, in StE 2022 B 101.21 Nr. 22), fait preuve de négligence quiconque, par une imprévoyance coupable, agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L'imprévoyance est coupable quand l'auteur n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle. En matière de soustraction d'impôt, l'imprévoyance est coupable lorsque le contribuable ne fait pas preuve de la diligence requise par les circonstances et par sa situation personnelle, caractérisée par sa formation, ses capacités intellectuelles ainsi que son expérience professionnelle. Si le contribuable a des doutes sur ses droits ou obligations, il doit faire en sorte de lever ce doute ou, au moins, en informer l'autorité fiscale (ATF 135 II 86 consid. 4.3; arrêts TF 9C_678/2022 du 5 juin 2023 consid. 8.2.3; 2C_107/2020 du 17 juin 2020 consid. 2.2.4; 2C_37/2019 du 16 août 2019 consid. 3; sur les devoirs des membres du conseil d'administration d'une société anonyme, arrêt TF 2C_1052/2020 du 19 octobre 2021 consid. 3.3.1).
bb) Sur le plan subjectif, la tentative de soustraction suppose, contrairement à la soustraction consommée, qui peut être commise par négligence, un agissement intentionnel de l'auteur. Il faut donc que le contribuable ait agi avec conscience et volonté (cf. art. 12 al. 2 CP, applicable par renvoi combiné des art. 333 al. 1 et 104 CP; arrêts 2C_1052/2020 précité du 19 octobre 2021 consid. 3.2.2; 2C_78/2019 du 20 septembre 2019 consid. 6.2 et les références). Le dol éventuel suffit pour retenir l'intention. Il n'est toutefois pas aisé de distinguer le dol éventuel de la négligence consciente. Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins, même s'il ne le souhaite pas, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait (ATF 135 IV 152 consid. 2.3.2). La négligence consciente se distingue du dol éventuel par l'élément volitif. Alors que celui qui agit par dol éventuel s'accommode du résultat dommageable pour le cas où il se produirait, celui qui agit par négligence consciente escompte - ensuite d'une imprévoyance coupable - que ce résultat, qu'il envisage aussi comme possible, ne se produira pas (ATF 133 IV 9 consid. 4.1; arrêts TF 6B_418/2021 du 7 avril 2022 consid. 3.2.1 et les autres références citées; 2C_1052/2020 du 19 octobre 2021 consid. 3.2.5). S'agissant de savoir si une tentative de soustraction est intentionnelle ou procède d'une négligence non punissable, l'importance des montants en cause joue un rôle non négligeable, dès lors que l'absence d'un montant sur la déclaration d'impôt peut d'autant plus difficilement échapper au contribuable que la somme est élevée (arrêts TF 2C_81 et 102/2022 du 25 novembre 2022 consid. 10.2; 2C_78/2019 du 20 septembre 2019 consid. 6.2 et les références).
c) En l'espèce, il ressort des circonstances retenues ci-dessus que la comptabilité de la recourante était entachée de nombreuses irrégularités, certaines charges comptabilisées ne se justifiant pas commercialement et certains produits n'ayant pas été dûment enregistrés. Ces éléments factuels permettaient en l'occurrence à l'autorité intimée de retenir que les conditions objectives de la soustraction d'impôt, respectivement de la tentative de soustraction étaient réalisées.
D'un point de vue subjectif, l'associé gérant de la société recourante ne pouvait pas ignorer, compte tenu de sa position et de la nature des reprises litigieuses, qu'il grevait indument la comptabilité de la société recourante de charges étrangères à son activité, relatives à des frais de véhicule, à des loyers, ainsi qu'à divers frais d'entretien privé. L'associé gérant de la recourante, qui s'est en outre fait verser sur un compte bancaire non déclaré une rémunération liée à l'activité de la recourante, ne saurait soutenir qu'il ignorait l'illicéité de son comportement. Le contribuable qui mandate une fiduciaire pour remplir sa déclaration d'impôt n'est en outre pas déchargé de ses obligations et responsabilités fiscales et ne peut se libérer en faisant valoir qu'il s'est fait assister ou conseiller (cf. au surplus arrêt TF 2C_908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.5 et les références, in RDAF 2012 II 324; voir également arrêt FI.2018.0090 du 19 juin 2020 consid. 7b). L'associé gérant de la recourante a ainsi, au moins par dol éventuel, cherché à induire l'autorité fiscale en erreur afin d'obtenir une taxation moins élevée. La société recourante, à laquelle le comportement de ses organes doit être imputé, savait donc que les informations données à l'autorité fiscale n'étaient pas correctes.
L'amende infligée à la recourante est ainsi justifiée dans son principe.
11. Reste à examiner la quotité de l'amende prononcée.
a) En droit fédéral et en droit cantonal, l'amende est fixée en règle générale au montant de l'impôt soustrait; si la faute est légère, elle peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si elle est grave elle peut être au plus triplée (art. 175 al. 2 LIFD, 56 al. 1 LHID, 242 al. 2 LI). En vertu de l'art. 176 al. 2 LIFD, l'amende pour tentative de soustraction fiscale est en règle générale fixée aux deux tiers de la peine qui serait infligée si la soustraction avait été commise intentionnellement et consommée.
Les principes régissant la fixation de la peine prévus à l'art. 47 CP s'appliquent en droit pénal fiscal, à moins que la LIFD ne contienne des dispositions sur la matière (cf. art. 333 al. 1 CP; ATF 144 IV 136 consid. 7.2.2, 143 IV 130 consid. 3.2; arrêt TF 2C_851/2011 du 15 août 2012 consid. 3.2 et 3.3). Les éléments principaux à prendre en considération sont le montant de l'impôt éludé, la manière de procéder, les motivations, ainsi que les circonstances personnelles et économiques de l'auteur (ATF 144 IV 136 consid. 7.2.2; arrêts TF 2C_180/2013 du 5 novembre 2013 consid. 9.1, 2C_851/2011 précité consid. 3.3 et les références). Les circonstances atténuantes de l'art. 48 CP sont aussi applicables par analogie en droit pénal fiscal (cf. arrêts TF 2C_1157/2016 du 2 novembre 2017 consid. 6.2, 2C_180/2013 précité consid. 9.1, 2C_851/2011 précité consid. 3.3 et les références). Si l'infraction est commise par une personne morale (art. 181 al. 1 LIFD), l'amende infligée doit obéir aux critères qui sont applicables au degré de la faute des organes tandis que la situation économique dont il faut tenir compte est celle de la personne morale au profit de laquelle la soustraction a eu lieu et non pas celle de ses organes (ATF 135 II 86 consid. 4.4 p. 91 s.).
Selon les dispositions qui précèdent, le montant de l'impôt soustrait constitue le premier élément de fixation de la peine, qui doit ensuite être arrêtée selon la gravité de la faute commise. La peine "ordinaire" – qui correspond au montant de l'impôt soustrait – est généralement prononcée lorsque l'acte punissable a été commis intentionnellement, en l'absence de circonstances aggravantes ou atténuantes. Par faute grave, il faut comprendre entre autres la récidive de même que l'attitude continuellement récalcitrante du contribuable vis-à-vis des autorités fiscales. Il y a également circonstance aggravante lorsque le contribuable dispose de connaissances fiscales particulières ou encore lorsque la soustraction d'impôt s'étend sur plusieurs années et s'effectue selon différents procédés. Quant à la faute légère, elle peut exister dans les cas de circonstances atténuantes mentionnées à l'art. 48 CP. L'attitude coopérative du contribuable lors de l'établissement des faits doit être appréciée sous l'angle d'une atténuation de la faute (arrêt FI.2017.0052 du 10 octobre 2017 consid. 4b et les références citées; ég. Pietro Sansonetti / Danielle Hostettler, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2e éd., Bâle 2017, n° 46 ss ad art. 175 LIFD).
b) En l'occurrence, l'autorité intimée a retenu une faute moyenne et fixé l'amende à une fois l'impôt soustrait, s'agissant des soustractions commises en lien avec les périodes fiscales 2011 à 2013, respectivement à deux tiers de l'impôt soustrait, s'agissant des tentatives de soustraction commises en lien avec les périodes fiscales 2014 à 2017.
Force est en l'occurrence de constater que les soustractions d'impôt reprochées à la recourante portent sur une longue période et sur des montants conséquents (le bénéfice soustrait s'élevant à plus de 1'000'000 fr. pour les périodes fiscales faisant l'objet d'amendes pour soustraction). On ne voit ainsi pas de raison de s’écarter de l’appréciation de l’autorité intimée, qui a retenu qu’une faute moyenne pouvait être imputée à la recourante.
La décision attaquée doit ainsi être confirmée, en tant qu’elle porte sur les amendes prononcées en lien avec les périodes fiscales 2011 à 2017.
12. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être très partiellement admis, dans la mesure où il concerne la taxation de la période fiscale 2008, atteinte par la prescription en cours de procédure. La décision attaquée doit ainsi être annulée sur ce point. Elle est confirmée pour le surplus. Un émolument de 9'500 fr. est mis à la charge de la recourante, qui succombe dans une très large mesure (cf. art. 144 al. 1 et 5 LIFD, art. 49 al. 1, 91 et 99 LPA-VD; art. 1 et 2 du tarif des frais judiciaires et des dépens en matière administrative, du 28 avril 2015 [TFJDA; RSV 173.36.5.1]; cf. art. 51 al. 2 LPA-VD). Au vu des circonstances, soit en particulier du fait que le tribunal était tenu d'examiner d'office la question de la prescription, que la recourante ne s'est pas prononcée sur cette question et que les griefs soulevés à l'appui de son recours se sont pour le reste révélés infondés, il n'y a pas lieu d'allouer à l'intéressée une indemnité à titre de dépens (cf. art. 64 al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA; RS 172.021], applicable par renvoi de l'art. 144 al. 4 LIFD; art. 55 al. 1, 91 et 99 LPA-VD).
Par ces motifs
la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:
I. Le recours est très partiellement admis.
II. La décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts du 20 novembre 2023 est annulée en tant qu'elle concerne la taxation de la période fiscale 2008. Elle est confirmée pour le surplus.
III. Un émolument de 9'500 (neuf mille cinq cents) francs est mis à la charge de la recourante.
IV. Il n'est pas alloué de dépens.
Lausanne, le 7 mai 2024
Le président: La greffière:
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.