TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
	Arrêt du 4 juin 2025
Composition	M. Raphaël Gani, président; M. Guillaume Vianin, juge; M. Cédric Stucker, assesseur; M. Jérôme Sieber, greffier.

 

Recourante

A.________, représentée par Me Serge MIGY, avocat à Lausanne,

  

Autorité intimée

Administration cantonale des impôts, à Lausanne.

  

 

Objet	Droit de mutation
	Recours A.________ c/ décision de l'Administration cantonale des impôts du 22 octobre 2024 (taxation concernant le droit de mutation 2015).

 

Vu les faits suivants:

A.                     B.________ a été inscrite au Registre du commerce du Canton de Berne le ******** 2002. Elle a déménagé son siège à Zoug en ******** 2009. Le ******** 2010, B.________ a fusionné (fusion par absorption) avec la société C.________, qui détenait les parcelles n^os ******** à ******** sur le territoire de la commune de Prilly. Ensuite de cette fusion, les actifs et les passifs de cette dernière société ont été transférés à B.________, qui a ainsi notamment repris les parcelles susmentionnées à Prilly. Le 7 décembre 2012, les bâtiments érigés sur les parcelles n^os ******** à ******** de Prilly ont été détruits et ces parcelles ont été remaniées, de sorte qu'il ne restait plus que les deux parcelles n^os ******** et ********. Le 2 mai 2013, la société propriétaire des parcelles en cause, B.________, a constitué une PPE, avec mention "PPE avant construction".

B.                     Par contrat du 25 juin 2014, B.________ a, dans un premier temps, transféré des actifs de 26'192'532 fr. 57 et des passifs (capitaux étrangers) de 22'709'634 fr. 31 à une autre société, soit D.________, à Zoug, en échange de 100 actions nominatives de 1'000 fr. chacune de D.________ et une créance de 3'382'898 fr. 26. Il ressort de la décision faisant l'objet de la présente procédure que c'est l'actionnaire et ayant droit économique unique de B.________ qui a constitué D.________.

Le même actionnaire a ensuite constitué une autre société, E.________, qui a été inscrite au Registre du commerce le ******** 2014 avec pour but l'achat, vente, courtage et gestion ainsi que participation à des biens immobiliers en Suisse et à l'étranger et la construction de bâtiments pour son propre compte ou pour le compte de tiers. Elle disposait d'un capital-actions de 100'000 francs. La reprise de biens envisagée avait été inscrite au Registre du commerce comme suit: "La société a l'intention de reprendre, après la fondation, les terrains n° ******** et n° ******** dans la commune de Prilly ainsi que les hypothèques et dettes y afférentes pour un prix maximal de 3'197'000.00".

Par contrat du 4 décembre 2014, réalisé en forme authentique, intitulé "Vermögensübertragungsvertrag", B.________ a transféré des actifs de 22'500'000 fr. et des passifs (capitaux étrangers) de 19'303'980 fr. 41 à E.________, en échange d'un prêt de 3'196'019 fr. 59. Dans ce contexte, les parcelles susmentionnées sises à Prilly ont été transférées. Ce transfert n'a été inscrit au Registre foncier que le ******** 2015. Auparavant cependant, l'actionnaire et ayant droit économique de E.________ a apporté les actions de cette dernière à A.________, à Freienbach, contre une participation minoritaire au capital de A.________, dans le cadre d'une opération datée du 12 décembre 2014. Finalement, la société E.________ a été absorbée par contrat de fusion du 30 juin 2021, avec effet rétroactif au 1^er janvier 2021, par la société A.________.

La construction des deux bâtiments sur les parcelles n^os ******** et ******** de Prilly a été terminée le 25 juillet 2016, date à laquelle le permis d'habiter a également été délivré.

C.                     Procédure de taxation relative aux impôts directs de la société B.________

B.________ n'a pas déposé de déclaration d'impôts pour la période fiscale 2014 dans le canton de Vaud. Le 24 août 2017, l'autorité fiscale compétente du Canton de Zoug a procédé à la taxation de cette société pour la période fiscale 2014 pour l'impôt cantonal et communal. Dite décision procédait à une répartition intercantonale des éléments imposables, notamment au bénéfice du canton de Vaud. Une copie en a été transmise à l'Office d'impôt des personnes morales (ci-après: l'OIPM).

Après avoir requis, le 17 décembre 2018, les comptes de B.________ auprès des autorités fiscales du Canton de Zoug, l'OIPM a notifié à cette société une décision de taxation d'office datée du 7 janvier 2019, dans laquelle il a retenu les éléments imposables ressortant de la répartition intercantonale, à savoir un bénéfice dans le Canton de Vaud de 0 fr. pour un bénéfice total de 64'900 fr. et capital imposable dans le Canton de Vaud de 6'213'000 francs. Cette décision est entrée en force.

Procédure de taxation relative aux impôts directs de E.________

E.________ a eu un premier exercice comptable long (clôture fin 2015) et a déposé sa déclaration d'impôt afférente à la période fiscale 2015 en octobre 2016.

L'OIPM a notifié la décision de taxation relative à la période fiscale 2015 le 20 avril 2018, en suivant principalement la décision de répartition intercantonale établie par le Canton de Zoug du 25 août 2017, à savoir un bénéfice imposable dans le Canton de Vaud de 0 fr. pour un résultat global en pertes de 50'700 francs. S'agissant du capital imposable dans le Canton de Vaud, il a été fixé à 95'000 fr. en lieu et place de 4'776'000 fr. (la reprise effectuée par le Canton de Zoug n'a pas été suivie). Cette décision est entrée en force.

Procédure de taxation et de réclamation relative au droit de mutation

Le Registre foncier du Canton de Vaud a informé la section LMSD de l'Administration cantonale des impôts (ci-après: l'ACI ou l'autorité intimée) le 22 décembre 2015 du transfert de B.________ à E.________ des parcelles n^os ******** et ******** sises à Prilly. Le contrat du 4 décembre 2014 (cf. supra lettre C) a été joint.

Le 13 janvier 2016, la section LMSD de l'ACI a notifié une demande de pièces à D.________ pour obtenir les états financiers de cette société après le transfert et ceux de B.________ avant le transfert. E.________ a répondu le 2 juin 2017 en transmettant son bilan au 1^er juillet 2014 après le transfert effectué et les états financiers des exercices 2014 et 2015. La société a par ailleurs indiqué ne pas être en possession de documents relatifs à B.________.

A la suite d'une demande de pièces, le Canton de Zoug a transmis à la section LMSD de l'ACI, le 1^er octobre 2020, les déclarations d'impôt et les états financiers 2014 et 2015 déposés par B.________.

La section LMSD de l'ACI a contacté le Canton de Zoug le 19 novembre 2021 pour s'enquérir d'un éventuel ruling déposé, en vue de se déterminer sur la neutralité des opérations effectuées. Le Canton de Zoug a informé la section LMSD de l'ACI qu'il n'y avait pas eu de ruling déposé mais que les décisions de taxation des années 2015 et 2016 avaient été faites sur la base des éléments déclarés, ce qui avait permis d'approuver indirectement la neutralité fiscale du transfert de patrimoine.

D.                     La section LMSD de l'ACI a notifié, le 6 décembre 2022, à A.________ (ensuite de son absorption par fusion avec la société E.________; cf. supra lettre C) une décision portant sur le droit de mutation 2015 perçu sur une assiette imposable de 22'500'000 fr. (valeur comptable au 1^er juillet 2014) pour un impôt de 742'500 francs.

A.________ a formé réclamation le 21 décembre 2022 contre cette décision, au motif d'un transfert réalisé dans le cadre de la loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (LFus; RS 221.301) à la valeur comptable et à l'intérieur d'un groupe. Le 4 janvier 2023, la section LMSD de l'ACI a notifié à A.________ une première proposition de règlement. A.________ a maintenu sa réclamation. Dans ce contexte, une valorisation des immeubles de Prilly de 32'610'000 fr. au 1^er août 2014 a été apportée. Le 4 avril 2023, le Centre de compétence Personnes Physiques de l'ACI a notifié à A.________ une deuxième proposition de règlement. A.________ s'est déterminée sur cette proposition le 28 juillet 2023. Le dossier a été transmis au Centre de compétence Entreprises de l'ACI, lequel a notifié à A.________ une dernière proposition de règlement en date 20 septembre 2024. A.________ a maintenu sa réclamation le 3 octobre 2024 et a requis l'émission d'une décision sur réclamation.

Par décision sur réclamation du 22 octobre 2024, l'ACI a décidé de rejeter la réclamation du 21 décembre 2022.

E.                     Le 21 novembre 2024, A.________ (ci-après: la recourante) a recouru contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: le tribunal ou la CDAP). Elle conclut à l'annulation de la décision sur réclamation du 22 octobre 2024 et à ce qu'il soit déclaré que le transfert des parcelles ******** et ******** sises à Prilly de B.________ à E.________ est exonéré du droit de mutation sur la base de l'art. 103 LFus et en vertu du parallélisme des conséquences fiscales des restructurations en matière d'imposition des entreprises voulu par le législateur. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de la décision attaquée, à ce qu'il soit déclaré que le transfert des parcelles ******** et ******** sises à Prilly de B.________ à E.________ est exonéré du droit de mutation sur la base de l'art. 103 LFus et en vertu du parallélisme des conséquences fiscales des restructurations en matière d'imposition des entreprises voulu par le législateur, ainsi qu'au renvoi de la cause à l'ACI et plus subsidiairement à la section LMSD de l'ACI pour nouvelle décision/taxation dans le sens des considérants de l'arrêt.

Dans sa réponse du 28 janvier 2025, l'ACI a conclu au rejet du recours. La recourante a répliqué le 27 février 2025, persistant dans son recours et confirmant ses conclusions. L'autorité intimée a brièvement dupliqué le 11 mars 2025.

 

Considérant en droit

1.                      Déposé dans le délai de trente jours fixé par l’art. 95 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; BLV 173.36), le recours est intervenu en temps utile. Il respecte au surplus les conditions formelles énoncées à l’art. 79 LPA-VD.

2.                      Le litige porte sur la question de savoir si le droit de mutation doit être perçu sur le transfert immobilier des parcelles n^os ******** et ******** sises à Prilly entre les sociétés B.________ et E.________ et induit par le contrat du 4 décembre 2014. Cette question impose d'examiner si ce transfert est intervenu dans le cadre d'une opération pouvant être qualifiée de restructuration neutre fiscalement ou pas.

Dans sa décision sur réclamation, l'autorité intimée a jugé que le transfert de patrimoine entre B.________ et E.________ ne constituait pas une restructuration au sens de l'art. 24 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14). En effet, l'ACI a estimé que l'opération intervenue entre les deux sociétés ne s'apparentait pas à une fusion puisque le transfert de patrimoine ne portait pas sur l'intégralité des actifs et passifs de B.________ et qu'elle n'avait pas entraîné sa dissolution. Elle a également considéré que l'on ne se trouvait pas en présence d'une transformation dès lors que le transfert de patrimoine concernait deux personnes morales qui avaient conservé leur forme juridique respective. En outre, l'ACI a estimé qu'il n'y avait pas eu de scission, dans la mesure où aucune part appropriée des fonds propres n'avait été transférée selon le bilan au 1^er juillet 2014 de E.________ et puisque le transfert d'immeubles isolés ne constitue jamais une exploitation ou une partie distincte d'exploitation. A ce propos, l'autorité intimée a aussi retenu que E.________ n'avait pas poursuivi une exploitation ou une partie d'exploitation après le transfert opéré en décembre 2014 puisque les immeubles n'étaient pas achevés ni loués à la fin de l'année 2014. Enfin, l'ACI a retenu que l'on ne se trouvait pas non plus en présence d'une restructuration au sens de l'art. 24 al. 3^quater LHID puisque les sociétés concernées n'étaient pas contrôlées par la même société de capitaux et que E.________ n'avait pas poursuivi une exploitation après le transfert. Pour toutes ces raisons, elle a retenu que l'art. 103 LFus ne trouvait pas à s'appliquer.

La recourante conteste ce point de vue et relève que deux conditions principales doivent être remplies pour bénéficier de l'exonération des droits de mutation de l'art. 103 LFus en lien avec l'art. 24 LHID, soit être en présence d'une restructuration et d'une exploitation. Elle estime que l'opération intervenue entre B.________ et E.________ doit être qualifiée de restructuration puisque, sous l'angle civil, le procédé choisi à l'époque par l'ayant-droit économique et unique actionnaire de B.________ pour procéder à cette opération est celui de la scission en deux étapes selon l'ancien droit, en lieu et place de la scission de l'art. 29 LFus. Elle est d'avis que le transfert d'un simple actif inscrit au bilan avec réserves latentes peut, à lui seul, être qualifié de scission, du moment que ces réserves latentes sont suffisantes pour couvrir, dans le chef de l'entité reprenante, le besoin d'une dotation suffisante en fonds propres, ce qui était le cas selon elle. S'agissant de l'exploitation, la recourante avance l'importance des revenus locatifs, soit environ 1'000'000 fr. de loyers annuels encaissés lors des trois dernières années, pour conclure à l'existence d'une exploitation. Elle relève en outre employer plus d'un ETP pour les travaux d'administration et de gestion des immeubles concernés.

3.                      a) Le droit de mutation est un impôt cantonal et communal perçu sur la base de la loi vaudoise du 27 février 1963 concernant le droit de mutation sur les transferts immobiliers et l'impôt sur les successions et donations (LMSD; BLV 648.11). Aux termes de l'art. 2 al. 1 LMSD, le droit de mutation est perçu sur les transferts entre vifs à titre onéreux de la propriété d'un immeuble ou d'une part d'immeuble situé dans le canton. Tant le Tribunal administratif que la CDAP (arrêts CDAP FI.2018.207 du 23 juillet 2020 consid. 3a; FI.2011.0026 du 27 avril 2012; FI.1994.0115 du 16 juin 1995; FI.1993.0134 du 27 juin 1994; FI.1993.0099 du 28 décembre 1993) ont précisé à réitérées reprises qu'il s'agissait d'un impôt formel frappant toute opération conclue qui réunit les deux conditions précitées. Les exceptions à cette imposition sont notamment listées à l'art. 3 LMSD. Suite à l’introduction de la LFus, l’art. 3 LMSD a été modifié pour être adapté au droit fédéral. Il prévoit dans sa nouvelle teneur, sous lettre i, que le droit de mutation n'est pas perçu sur les transferts d'immeubles lors de restructurations au sens des art. 22 al. 1 et 3 et 97 al. 1 et 3 de la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RS 642.11). L’art. 97 al. 1 et 3 LI auquel se réfère l’art. 3 let. i LMSD reprend textuellement l’art. 24 al. 3 et al. 3^quater LHID et définit aux mêmes conditions les cas dans lesquels la restructuration s’effectue en neutralité fiscale. Il correspond aussi à l'art. 61 al. 1 et 3 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11).

Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral (initiée déjà dans l'arrêt 2A.224/2004 du 26 octobre 2004 in: RDAF 2005 II 123, consid. 7.2, ainsi qu'aux Archives 75 p. 253), lorsqu'un canton reprend sans précision spécifique les dispositions de la LHID, il est dans l'intérêt de la transparence et de la simplification du droit fiscal suisse qu'il fasse siennes, dans la mesure la plus large possible, les solutions adoptées par la Confédération relativement à l'impôt fédéral direct. Ainsi, la doctrine et la jurisprudence développées dans le cadre de la LIFD peuvent également, conformément au principe de l'harmonisation verticale, être appliquées en matière de LHID (cf. ATF 142 II 182 consid. 3.2.1; 137 II 353 consid. 3.3; 2C_564/2020 du 14 avril 2021 consid. 4.5). Par conséquent, lorsqu'un canton a adopté dans sa loi fiscale des formulations semblables ou similaires à celles existant en droit fédéral, il y a lieu de considérer qu'il a voulu adapter sa réglementation à ce dernier et non pas adopter des règles juridiques différentes et en contradiction avec l'harmonisation fiscale (cf. aussi Martin Zweifel/Michael Beusch, in Zweifel/Beusch (éd.), Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG), 4^ème éd., 2022, N 41 ad art. 1). C’est très exactement ce qu’a fait, en l’espèce, le législateur cantonal pour l'art. 22 al. 1 et 3 LI. Il s’ensuit que l’art. 97 al. 1 et 3 LI doit être interprété à la lumière du droit fédéral (CDAP FI.2012.0071 du 22 décembre 2014 consid. 3b et les références).

Aux termes de l'art. 103 LFus, la perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8 al. 3 et 24 al. 3 et al. 3^quater LHID. L'art. 103 LFus est une norme fédérale d'application directe, qui ne nécessite aucune concrétisation par le droit cantonal. Les cantons restent cependant libres de prévoir un allégement supplémentaire, dès lors que les droits de mutation reposent en principe sur le droit cantonal (ATF 138 II 557 consid. 4.2). En revanche, l'art. 103 LFus fait obstacle à l'application de règles cantonales plus restrictives (2C_564/2020 du 14 avril 2021 consid. 4.2 et les réf.).

L'art. 24 al. 3 LHID auquel renvoie l'art. 103 LFus a la teneur suivante:

"Les réserves latentes d’une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d’une fusion, d’une scission ou d’une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l’impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l’impôt sur le bénéfice:

a. en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;

b. en cas de division ou séparation d’une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d’exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d’exploitation;

c. en cas d’échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;

d. en cas de transfert à une société fille suisse d’exploitations ou de parties distinctes d’exploitations ainsi que d’éléments qui font partie des biens immobilisés de l’exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social."

L'art. 24 al. 3^quater dispose ce qui suit:

"Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d’une autre société de capitaux ou d’une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d’exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l’exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l’impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d’espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d’une autre manière, sont réunies sous la direction unique d’une société de capitaux ou d’une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l’al. 3, let. d, est réservé."

Le Tribunal fédéral a eu cependant l'occasion, et on y reviendra encore, de préciser que s'agissant du droit de mutation et des conditions de neutralité d'une restructuration contenue dans le droit fédéral des impôts directs, seul le concept de "restructuration" devait être utilisé pour juger de l'exonération du droit de mutation, à l'exclusion des autres conditions établies par la LHID pour permettre l'exonération des impôts directs (ATF 138 II 557 consid. 5.2, qualifiant le renvoi de l'art. 103 LFus au droit des impôts directs de "maladroit"). Le Tribunal fédéral a rappelé que le droit de mutation était un impôt indirect frappant les transactions juridiques (respectivement les transferts d'immeubles), et non pas un impôt sur le revenu ou le bénéfice. La base de calcul du droit de mutation étant le prix de vente intégral, et non pas la plus-value réalisée comme en matière d'impôt direct, il a estimé que le transfert à la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice ne pouvait constituer une condition pour l'exonération du droit de mutation. Il a de même écarté les conditions de l'assujettissement à l'impôt sur le bénéfice et du maintien de l'assujettissement en Suisse de la société concernée, rappelant en particulier que le substrat fiscal dépend d'un immeuble situé en Suisse et reste toujours lié à celui-ci (cf. ATF 138 II 557 consid. 5.2; cf. encore récemment sur l'historique de l'adoption de l'art. 103 LFus l'ATF 148 II 121 consid. 8.6 s.). 

La reprise par le législateur cantonal dans la LMSD des conditions prévues à l'art. 97 LI, lesquelles sont calquées sur la LHID, ne signifie donc pas encore que l'exonération du droit de mutation ne puisse pas être admise à d'autres conditions que celles prévues par le droit des impôts directs. Ce sont donc les conditions spécifiques de l'exonération du droit de mutation qui doivent être examinées.

Comme on l'a vu, le renvoi à l'art. 24 al. 3 et al. 3^quater LHID contenu à l'art. 103 LFus doit être interprété de telle manière que seul le concept de "restructuration" soit utilisé en matière de droit de mutation, à l'exclusion des autres conditions établies par la LHID pour permettre l'exonération des impôts directs, en particulier celle du maintien de l'assujettissement de la société concernée à l'impôt en Suisse (ATF 138 II 557 consid. 5.2; TF 2C_564/2020 du 14 avril 2021 consid. 4.4; 2C_503/2017 du 8 octobre 2018 consid. 5.2). En outre, la condition de la reprise des éléments commerciaux à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, telle que prévue à l'art. 24 al. 3 LHID, ne saurait ainsi constituer une condition pour l'exonération du droit de mutation. Enfin, la question de savoir si la personne morale qui se prévaut de l'exonération du droit de mutation est assujettie à l'impôt sur le bénéfice ne saurait, pour les mêmes raisons, être déterminante non plus, quand bien même l'art. 24 LHID se trouve dans le chapitre consacré à cet impôt. Au regard de l'art. 24 al. 3 LHID, la notion de restructuration recouvre en principe la fusion, la scission et la transformation. Le terme de fusion de la clause générale de l'art. 24 al. 3 LHID comprend les fusions proprement dites effectuées selon les modalités des art. 3 ss LFus ainsi que les fusions improprement dites, à savoir les opérations économiquement équivalentes à des fusions, réalisées par le biais de l'institution du transfert de patrimoine (TF 2C_503/2017 du 8 octobre 2018 consid. 5.5). Elles impliquent en tous les cas le transfert de l'intégralité des actifs et passifs et la dissolution de l'entité transférante (ATF 138 II 557 consid. 6.2). Lors de la transformation envisagée par l'art. 24 al. 3 let. a LHID, qui se réfère aux art. 53 ss LFus, l'élément caractéristique réside dans le fait qu'une personne morale change de forme juridique tout en maintenant son activité (ATF 138 II 557 consid. 6.3).

Suite à l'ATF 138 II 557, il est devenu délicat de déterminer pour l'exonération du droit de mutation quelles sont les conditions de l'art. 24 LHID qui subsistent lors du renvoi introduit par l'art. 103 LFus. S'il apparaît clairement que l'exigence de la reprise des "éléments commerciaux" à leur dernière valeur déterminante pour l’impôt sur le bénéfice ne s'applique pas (cf. Stefan Oesterhelt, in: Martin Zweifel/Michael Beusch/Stefan Oesterhelt [Eds.], Immobiliensteuern, 2021, §9, N 20), ni d'ailleurs la condition du maintien de l'assujettissement à l'impôt en Suisse, la portée des autres conditions pour le droit de mutation n'est pas toujours claire. Ainsi, par exemple dans l'arrêt 2C_674/2018 du 18 décembre 2018, le Tribunal fédéral a examiné la question de l'existence d'une exploitation (consid. 3.5) s'agissant d'une transformation d'entreprise individuelle en société de capitaux. De même, dans l'arrêt 2C_564/2020 du 14 avril 2021 (consid. 6.2), le Tribunal fédéral a contrôlé, s'agissant d'un démembrement d'actif isolé de l'exploitation, qu'il s'agissait bien d'une filiale détenue à au moins 20% et que les actifs transférés étaient des immobilisations et pouvaient être rattachés à l'exploitation, en fonction de leur nature et de leur affectation dans l'entreprise.

b) En l'espèce, il sied de rappeler que le transfert immobilier litigieux est intervenu dans le cadre des opérations civiles qui peuvent être détaillées comme suit:

-       L'actionnaire, personne physique, de la société B.________, a constitué, en la fondant en espèces, la société E.________ à Zoug en date du ******** 2014;

-       Par contrat de transfert de patrimoine du 4 décembre 2014 B.________ a transféré, avec effet rétroactif fiscal au 1^er juillet 2014, à E.________ des actifs consistant uniquement dans les parcelles n° ******** et ******** pour une valeur de 22'500'000 fr., ainsi que des passifs consistant dans divers créanciers, des dettes hypothécaires et des passifs transitoires pour un total de 19'303'980.41 fr. (cf. Annexe 1 au contrat du 4 décembre 2014);

-       L'excédent d'actifs, soit 3'196'019 fr. 59 a été inscrit dans les comptes de E.________ comme dette vis-à-vis de B.________;

-       Par correspondance du 2 septembre 2015, B.________ a requis l'inscription du transfert immobilier précité au Registre foncier, dit transfert étant inscrit en date du ******** 2015.

c) Il convient dès lors de contrôler si ce transfert peut être qualifié de restructuration au sens de l'art. 103 LFus.

Il n'est pas contestable, ni d'ailleurs contesté que l'état de fait détaillé ci-avant ne remplit pas les conditions pour être qualifié de transformation. L'art. 8 al. 3 LHID ne trouve en effet pas application en l'espèce dès lors que cette disposition concerne les restructurations d'entreprises de personnes, ce que n'était ni la cédante ni la reprenante, toutes deux sociétés de capitaux, au moment du transfert litigieux. Au surplus, les deux personnes morales ont conservé leur forme juridique respective. Aucune exonération dans ce sens ne peut donc trouver à s'appliquer.

Il n'est pas non plus contestable que l'opération de transfert de patrimoine intervenue entre les deux sociétés ne peut être assimilée à une fusion – même improprement dite – puisqu'elle ne portait pas sur l'intégralité des actifs et des passifs de B.________ (cf. bilan de cette société au 31 décembre 2014, selon pièce 16 du bordereau de la recourante) et qu'elle n'a au demeurant pas entraîné sa dissolution (comp. ATF 138 II 557 consid. 6.2). Il n'est par ailleurs pas non plus question d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat au niveau des actionnaires, ni d'un transfert de participations à une société suisse, de sorte que l'art. 24 al. 3 let. c LHID ne trouve pas non plus application. Ces aspects ne semblent d'ailleurs pas être contestés entre les parties.

d) Reste ainsi pour l'essentiel à déterminer si cette opération, respectivement l'ensemble de ces opérations, peut être qualifiée soit de scission dans le sens que lui donne l'art. 24 al. 3 let. b LHID (ci-après consid. 4), soit de transfert d'exploitations, de parties distinctes d'exploitations ou d’éléments qui font partie des biens immobilisés de l’exploitation au sens de l'art. 24 al. 3 let. d LHID (démembrement, parfois appelée "scission horizontale": 2C_564/2020 du 14 avril 2021 consid. 4.5, 2^ème §) ou de l'art. 24 al. 3^quater LHID (transfert intra-groupe) (ci-après consid. 5). 

4.                      a) Le premier point litigieux est celui de savoir si l'opération en cause peut être qualifiée de scission. La recourante n'a incontestablement pas procédé par la voie de la scission selon la LFus, mais par un transfert de patrimoine entre deux sociétés détenues par le même actionnaire, personne physique, dont l'identité ne résulte au demeurant pas du dossier. En procédant en deux temps, c'est-à-dire en constituant d'abord une société sœur à celle devant être scindée, elle n'a pas eu besoin, sur un plan strictement du droit commercial, de transférer une part des capitaux propres lors du transfert de patrimoine. Elle soutient cependant que son procédé devrait être assimilé à une scission ("substitut fonctionnel", recours, ch. 70) et bénéficier dans ce sens de la neutralité fiscale, ce que l'autorité intimée conteste spécifiquement. D'autre part, l'autorité intimée conteste également que les deux parcelles transférées puissent être qualifiées d'exploitation. Pour ce motif également l'autorité intimée a refusé la neutralité fiscale du transfert immobilier en tant que scission neutre fiscalement.

Dans ce cadre, il faut admettre que l'exonération du droit de mutation en l'espèce ne pouvait être accordée, sous l'angle d'une restructuration par scission que si les conditions de l'art. 24 al. 3 let. b LHID étaient réunies. Doivent ainsi être contrôlé d'une part que la recourante ait transféré une part appropriée de ses fonds propres permettant de reconnaître une scission et d'autre part que l'exigence de la double exploitation soit satisfaite.

b) S'agissant de la question du transfert d'une part appropriée des fonds propres lors de la scission, il faut voir ce qui suit. Sur un plan comptable, il résulte clairement du bilan au 1^er juillet 2014 de E.________ qu'aucune part de fonds propres n'a été transférée par le biais du transfert de patrimoine (cf. au surplus supra consid. 4b). Le contrat de transfert de patrimoine du 4 décembre 2014 ne permet pas d'admettre autre chose. La cession des deux parcelles litigieuse a été effectuée à charge uniquement des fonds étrangers de la cédante, l'excédent de valeur des actifs étant au surplus comptabilisé comme une créance de la recourante contre sa sœur (divers créanciers, des dettes hypothécaires et des passifs transitoires pour un total de 19'303'980 fr. 41).

C'est le bilan de scission qui doit permettre de déterminer si une part appropriée des fonds propres a été transmise (Reto Heuberger/Dieter Grünblatt, Umstrukturierungen, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Zweifel/Beusch/Riedweg/Oesterhelt (Ed.), 2^ème éd., 2021, N 36 ad §6). Cette notion de fonds propres se réfère selon la doctrine à la personne morale elle-même, sans possibilité de se référer à des comptes consolidés (Reto Heuberger/Dieter Grünblatt, op. cit., N 37 ad §6).

La recourante soutient qu'il serait possible de prendre en compte des réserves latentes sur les actifs transférés comme tenant lieu de part au capital appropriée. Elle voudrait par ce raisonnement que soit reconnue la possibilité de procéder à un apport dissimulé. Elle montre d'ailleurs que les deux parcelles valaient – en valeur vénale – plus que les valeurs auxquelles elles ont été transférées. Toutefois, il n'en est rien.

La Circulaire n° 5a du 1^er février 2022 relative aux restructurations de l'Administration fédérale des contributions (AFC) précise à ce propos (ch. 4.3.2.4) que la part appropriée des fonds propres doit résulter du capital-actions et/ou des réserves ouvertes. Ces éléments sont par ailleurs illustrés dans l'exemple 12 (ad Annexe à la Circulaire AFC n° 5a, p. 35), selon lequel le transfert de l'exploitation doit être fait "à charge des fonds propres" de la société transférante. Ce critère vise d'ailleurs précisément, comme l'indique le titre du ch. 4.3.2.4 à délimiter une scission d'une "simple" vente.

En effet, contrairement à ce que soutient la recourante, la pratique a renoncé à remplacer la notion de "réserves ouvertes" par celle de "réserves" afin que le transfert d’un simple actif inscrit au bilan avec réserves latentes puisse également être qualifié de scission (Oesterhelt Stefan/Schreiber Susanne, La nouvelle circulaire no 5a de l’AFC concernant les restructurations, RDAF 2022 II p. 157 ss, 189 s.). Bien que cela soit partiellement admis dans la pratique de certains cantons lors de la taxation, l’AFC a renoncé à inscrire cette disposition dans la circulaire 5a. Selon ces auteurs, c'est la viabilité de la société qui est déterminante pour l’adéquation des fonds propres, c’est-à-dire qu’en fonction des perspectives de rendement, un faible capital propre peut suffire. Cela ne permet cependant pas d'admettre qu'une part appropriée soit transférée lorsque des réserves latentes sont transmises avec une exploitation. Par conséquent, seules les réserves ouvertes comptent (Reto Heuberger/Dieter Grünblatt, op. cit., N 38 ad §6), indépendamment de savoir s'il s’agit de capital action, de réserves issues d'apport en capital ou d'autres réserves ouvertes.

Admettre en effet le transfert d'une exploitation (ou partie distincte d'une exploitation) sans part appropriée aux fonds propres ouverts reviendrait à nier les spécificités de la scission et ses conditions particulières. Si le seul transfert d'une exploitation à une valeur inférieure à sa valeur vénale – c'est-à-dire incorporant des réserves latentes susceptibles d'être qualifiées de fonds propres – permettait déjà d'admettre que l'état de fait de la scission était rempli plus rien ne le distinguerait d'une simple vente, voire de la distribution d'une participation (opérationnelle) sous forme de dividende en nature (ce qui est controversé en doctrine, notamment à la lumière de l'arrêt 2C_34/2018 du 11 mars 2019 et de l'arrêt 9C_697/2022 du 9 juin 2023 consid. 4.3: cf. à ce sujet, Circulaire AFC n° 5a exemple n° 11, déjà cité; Reto Heuberger/Dieter Grünblatt, op. cit., N 89 ad §6; Stefan Oesterhelt, Aus der Rechtsprechung in den Jahren 2018/2019 [Teil 1], IFF Forum 2019 p. 166 f.). On ne peut ainsi pas admettre que le législateur ait voulu que la scission neutre fiscalement ait pu être réalisée sans attribution, lors du transfert, d'une part appropriée des fonds propres ouverts de la société transférante. Il en va ainsi même si, comme le souligne la recourante, les réserves latentes sur les actifs transférés sont suffisantes pour que la société reprenante ne puisse pas être considérée comme sous-capitalisée, malgré l'absence de transfert de fonds propres. Dès le moment où l'on admet que seul un transfert à charge des fonds propres "ouverts" est admissible (i.e. par le biais d'une réduction du capital-actions ou à charge des réserves ouvertes), il n'y a pas lieu de déterminer, comme le fait la recourante, si E.________ était suffisamment dotée de fonds propres sous formes de réserves latentes lors de l'exécution de l'opération litigieuse.

Pour ce motif, le tribunal ne peut que constater, déjà à ce stade, que les conditions d'application de l'art. 24 al. 3 let. b LHID ne sont pas remplies. Même s'agissant d'appréhender ces conditions en lien avec l'art. 103 LFus et conformément à la jurisprudence, on ne saurait reconnaître sans transfert d'une part appropriée des fonds propres une restructuration neutre pour le droit de mutation.

c) Par surabondance, une telle exonération aurait nécessité, en outre, qu'une autre condition soit remplie, à savoir celle dite de la double exploitation.

aa) Dans le droit des impôts directs, une scission peut s'effectuer en neutralité fiscale pour autant qu'après l'opération les deux parties issues de la scission poursuivent une exploitation ou une partie d'exploitation (cf. arrêt 2C_784/2008 du 7 juillet 2009 consid. 3.5). Cette condition découle directement de l'art. 24 al. 3 let. b LHID selon lequel la neutralité de la scission est conditionnée à ce "que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d’exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d’exploitation".

La jurisprudence (arrêt TF 2C_34/2018 du 11 mars 2019 consid. 4.1), se référant à la doctrine publiée à cette époque (notamment Peter Locher, Kommentar zum DBG, IIe partie, 2004, n° 74 ad art. 61 rev LIFD; Grünblatt/Riedweg, Umstrukturierungen, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Zweifel/Beusch/Riedweg/Oesterhelt (Ed.), 2016, p. 427 n° 41 et 43) et aux débats parlementaires (BO CE 2001 166; BO CN 2003 255), parle à cet égard de "double exigence d'exploitation" ("doppeltes Betriebserfordernis"), celle qui veut que la société transférante se sépare d'au moins une partie distincte d'exploitation et celle qui demande que les sociétés transférante et reprenante poursuivent l'exploitation d'au moins une partie distincte d'exploitation. Elle souligne que cette double exigence avait pour but, aux yeux des parlementaires, de délimiter une scission fiscalement neutre d'une réalisation d'actifs imposable et devait remplacer le délai de blocage de cinq ans après la scission interdisant toute aliénation des droits de participation octroyés par la société reprenante, initialement prévu par le projet de loi mais abandonné (cf. Loi fédérale sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine [Loi sur la fusion, LFus], FF 2000 4184, p. 4226). Seule demeure inscrite dans la loi la double exigence, qui fait office de règle objective destinée à éviter les abus en ce qu'elle a pour but d'exclure le transfert dans la société reprenante ou le maintien dans la société transférante de simples actifs et d'empêcher qu'au moyen d'une scission, les détenteurs de parts ne séparent d'une exploitation des actifs qui ne constituent pas par eux-mêmes une exploitation ou une partie distincte d'exploitation et transforment à l'occasion d'une aliénation ultérieure un bénéfice en capital potentiellement imposable en un gain en capital privé non imposable. En d'autres termes, cette condition du maintien d'une double exploitation s'explique par le souci d'éviter le transfert de toute une exploitation avec, chez le sujet transférant, seuls quelques actifs isolés qui resteraient et pourraient ensuite être vendus avec la société scindée.

Au surplus, dans l'ATF 138 II 557 déjà cité à plusieurs reprises, le Tribunal fédéral a clairement écarté, en présence d'un transfert d'immeubles d'une société de capitaux à une fondation, la possibilité d'une scission, expliquant qu'une scission ne pouvait s'effectuer en neutralité fiscale pour autant qu'après l'opération les deux parties issues de la scission poursuivent une exploitation ou une partie d'exploitation. Cette condition du maintien d'une double exploitation s'explique en particulier par le souci d'éviter des abus, notamment le transfert de toute une exploitation avec, chez le sujet transférant, seuls quelques actifs isolés qui resteraient et pourraient ensuite être vendus avec la société scindée. La jurisprudence ultérieure (cf. supra consid. 3a) a d'ailleurs continué à examiner, pour reconnaître une restructuration, si la condition de l'exploitation était remplie.

bb) Pour assurer la neutralité, le transfert doit donc porter sur une "exploitation ou une partie distincte d'exploitation" et cette exploitation doit se poursuivre après la scission. L'exigence de double exploitation implique qu'après l'opération, les deux parties issues de la scission contiennent une exploitation ou une partie distincte d'exploitation. L'administration examine cette condition au moment de la transaction et sous l'angle de la société scindée. Elle requiert donc à la fois que celle-ci conserve une exploitation et en transfère une à la nouvelle entité (Xavier Oberson/Pierre-Marie Glauser, in Yersin/Noël (éd.), Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2^e éd., Bâle 2017, ad art. 61 n. 41, ainsi que les références citées).

L'exploitation se caractérise par un degré élevé d'autonomie et constitue une organisation capable de subsister par elle-même. La partie d'exploitation représente quant à elle la plus petite entité capable de subsister de manière autonome (ATF 138 II 557 consid. 6.4 et les références citées). Cette notion d'exploitation, a été définie plus en détail dans l'ATF 142 II 283 en relation avec l'art. 19 al. 1 LIFD. Ainsi, constitue une exploitation tout complexe organisationnel et technique de valeurs patrimoniales qui représente une certaine indépendance. L'exploitation se caractérise par un degré élevé d'autonomie et se présente comme une organisation capable de subsister par elle-même. Dans une exploitation, le capital et le travail sont mis en œuvre dans le but de réaliser des bénéfices, étant toutefois précisé que l'engagement de la force de travail ne se limite pas au prélèvement des plus-values ou à la récupération de bénéfices (ATF 142 II 283 consid. 3.2 et les références; arrêt TF 2C_674/2018 du 18 décembre 2018 consid. 3.5). Le Tribunal fédéral a plus concrètement examiné l'existence d'une exploitation dans les cas d'administration de biens immobiliers (ATF 142 II 283 consid. 3.4.1), respectivement de commerce de tels biens (ATF 142 II 283 consid. 3.4.2). Il a tout d'abord jugé que l'administration de biens immobiliers ne présentait que rarement les caractéristiques d'une exploitation. Pour que tel soit le cas, il est nécessaire que l'activité dépasse la simple gestion de patrimoine et qu'elle porte sur un grand nombre d'immeubles (cf. ATF 142 II 283 consid. 3.4.1; 115 Ib 263 consid. 2c; arrêt 2C_107/2011 du 2 avril 2012 consid. 3.3 et les références). Quant au commerce de biens immobiliers, le Tribunal fédéral a considéré qu'il n'était pas possible d'admettre systématiquement l'existence d'une exploitation pour chaque activité indépendante relative à un tel commerce, mais qu'il fallait examiner dans chaque cas d'espèce si les conditions étaient remplies (ATF 142 II 283 consid. 3.4.2; arrêt TF 2C_674/2018 du 18 décembre 2018 consid. 3.5). La doctrine (cf. notamment les commentaires de Susanne Schreiber, RDAF 2017 II 50, Thierry Obrist, RDAF 2017 II 48 et de Thierry de Mitri, RDAF 2017 II 47) n'a pas critiqué l'ATF 142 II 283 sur ce point, regrettant cependant que la Haute cour ait laissé ouverte la question de savoir si, pour l'admission de l’existence d'une exploitation dans le domaine de l'immobilier, les conditions quantitatives de la Circulaire AFC No 5 devaient être remplies.

Dans sa circulaire no 5a du 1^er février 2022 relative aux restructurations, l'Administration fédérale des contributions (AFC) donne en effet des précisions sur les notions "exploitation" et "partie distincte d'exploitation" (étant rappelé que cette circulaire ne liait pas les tribunaux [cf. déjà, au sujet de la Circulaire N 5/2004, arrêt TF 2C_107/2011 du 2 avril 2012 consid. 3.3]), en énonçant les critères qui doivent être réalisés:

"4.3.2.4   Délimitation entre une scission et une vente

Il ne peut y avoir scission sans incidence fiscale que si une part appropriée des fonds propres (capital-actions et/ou réserves ouvertes) est transférée avec l’exploitation.

La vente d’une exploitation à une société sœur ne peut pas être qualifiée de scission fiscalement neutre pour l’impôt sur le bénéfice (exemple no 12 de l’annexe). Toutefois, un transfert de patrimoine à titre onéreux est possible en franchise d’impôt s’il est effectué entre des sociétés suisses d’un groupe (art. 61, al. 3, LIFD; cf. ch. 4.5; exemple no 21 de l’annexe).

4.3.2.5    Exploitation et partie distincte d'exploitation

Selon la pratique en vigueur, il faut interpréter les notions d’ « exploitation » et «partie distincte d’exploitation» comme suit:

• Exploitation: ensemble d’éléments patrimoniaux de nature organisationnelle et technique qui constitue une entité relativement autonome pour la production d’une prestation fournie par l’entreprise.

• Partie distincte d’exploitation: la plus petite unité d’une entreprise viable par elle-même.

Une exploitation ou une partie distincte d'exploitation n'est reconnue que si les exigences suivantes sont cumulativement remplies:

• l'entreprise effectue des prestations sur le marché ou à des entreprises apparentées;

• l'entreprise dispose de personnel;

• le coût du personnel est, par rapport aux recettes, conforme à l'usage.

Une exploitation peut aussi comporter des actifs non nécessaires à l'exploitation (p. ex. liquidités, immeubles), à condition que l'exploitation n'occupe pas de ce fait une position subalterne, qu'elle n'ait pas été créée uniquement dans le but d'obtenir une restructuration en neutralité fiscale et qu'elle soit poursuivie dans le futur (réserve générale en matière d'évasion fiscale).

[…]

4.3.2.8    Sociétés immobilières

La détention et l'administration de propres immeubles constituent une exploitation dans la mesure où les exigences suivantes sont cumulativement remplies:

a.                il y a une participation au marché ou des immeubles d'exploitation sont loués à des sociétés du groupe;

b.                l'entreprise occupe ou mandate au moins une personne pour la gérance des immeubles (un emploi à plein temps pour des travaux de gestion immobilière);

c.                les rendements locatifs sont au moins 20 fois supérieurs au coût du personnel conforme au marché pour la gérance des immeubles.

Une scission de sociétés immobilières en franchise d’impôt est uniquement possible pour autant que les conditions nécessaires d’une restructuration fiscalement neutre soient remplies et que

• les immeubles transférés constituent une exploitation;

• et que les sociétés immobilières existantes après la scission poursuivent une exploitation ou une partie distincte d’exploitation."

La doctrine de son côté définit une "exploitation" comme une unité organisée d'éléments patrimoniaux. Il s'agit, plus précisément, d'un complexe organisationnel et technique de valeurs patrimoniales qui représente une certaine indépendance. Peuvent être considérés comme des exploitations notamment les biens immobiliers, incorporels et financiers. La notion de partie distincte d'exploitation s'inspire par ailleurs de celle de "branche d'activité", visée à l'art. 2 let. i de la Directive CEE sur les fusions. Selon cette disposition, une branche d'activité est définie comme "l'ensemble des éléments d'actifs et de passifs d'une division d'une société qui constituent, du point de vue de l'organisation, une exploitation autonome, c'est-à-dire un ensemble capable de fonctionner de ses propres moyens". Il s'agit, en d'autres termes, de la plus petite unité viable de l'entreprise (Xavier Oberson/Pierre-Marie Glauser, in Yersin/Noël (éd.), Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2^e éd., Bâle 2017, ad art. 19 n. 25, ainsi que les références citées).  

Si une exploitation ou une partie distincte d’exploitation est transférée au moyen d’une scission, mais si l’entreprise de capitaux qui transfère l’exploitation ou la partie distincte d’exploitation ne respecte plus l’exigence de l’exploitation à l’issue de la scission, la neutralité fiscale est violée. Il s’ensuit un décompte des réserves latentes de l’entreprise de capitaux qui transfère l’exploitation ou la partie distincte d’exploitation et qui ne constitue plus une exploitation ou une partie distincte d’exploitation. Si même les actifs et les passifs transférés ne constituent pas une exploitation, les réserves latentes de ces actifs et passifs sont imposées dans l’entreprise de capitaux transférante dans le cas de la séparation et dans l’entreprise de capitaux reprenante dans le cas de la division, l’entreprise de capitaux reprenante ou les entreprises de capitaux reprenantes pouvant comptabiliser au bilan les valeurs comptables des actifs et passifs, majorées ou minorées des réserves latentes imposées (Meier-Mazzucato Giorgio, Théorie du triangle modifiée étendue pour l’amélioration des processus de succession d’entreprise au moyen d’une scission, TREX 2015 p. 164 ss, 167).

cc) En l'espèce, avec l'autorité intimée, il faut retenir que les conditions pour reconnaître une double exploitation font défaut.

Il faut voir en effet en premier lieu que le moment déterminant pour juger de l'existence d'une exploitation est bien celui du transfert immobilier. Cela découle déjà du texte légal qui prévoit que "le transfert" doit avoir pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d’exploitation. Le législateur a d'ailleurs lui-même précisé qu'une exploitation ou partie distincte d’exploitation devait être "poursuivie" ("soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen"; "nella misura in cui le persone giuridiche che sussistono dopo la scissione continuino un esercizio o un ramo d’attività"). Il n'est ainsi pas possible dans le cadre d'une scission de transférer un actif isolé de l'exploitation qui, développé pendant quelques années, deviendrait, dans le futur, lui-même une exploitation. La pratique de l'AFC va dans ce sens encore plus loin puisqu'elle estime comme constitutif d'une évasion fiscale le fait de créer une exploitation dans le but unique d’une scission en neutralité fiscale (Circulaire AFC n° 5a, ch. 4.3.2.5, dernier §). Ces aspects sont en partie critiqués en doctrine qui souligne que la scission peut avoir précisément pour but d'amener des changements opérationnels (Xavier Oberson/Pierre-Marie Glauser, in: Aubry-Girardin/Noël (Eds), Commentaire Romand, Impôt fédéral direct, 2^ème éd. 2017, N 42 ad art. 61). Certes, ce critère d'une date déterminante au jour de la restructuration peut apparaître comme restrictif si l'on considère une entreprise en développement. Il faut cependant souligner que le transfert en cause ici a été décidé par l'actionnaire des deux sociétés et qu'ainsi la rigueur de la règle est compensée par la possibilité pour les contribuables de décider du moment le plus opportun pour réaliser un tel transfert. En outre, prendre en compte des événements postérieurs reviendrait nécessairement à diminuer la sécurité juridique des réorganisations sous l'angle fiscal. Pour tous ces motifs, il convient d'en rester à ce que prévoit le texte légal à savoir que les conditions d'une neutralité fiscale doivent être réunies pour permettre un transfert en neutralité au moment de ce transfert.

La recourante relève que dès septembre 2016, E.________ a commencé à percevoir des loyers en lien avec les immeubles de Prilly, soit environ deux ans après le transfert des parcelles. Selon le dossier fiscal de cette société, E.________, produit dans le cadre de la présente procédure, l'exercice 2016 s'est soldé sur une perte d'exploitation et fait état de rendements locatifs pour 102'106 fr. et des charges salariales de 12'240 en lien avec la gestion des immeubles. Ce n'est que durant l'exercice 2017 que les rendements locatifs augmentent pour se monter à 610'403 fr. 75. Toutefois, il n'y a alors plus de salaire versé pour la gestion des immeubles. Il n'est par conséquent en l'espèce pas question d'un transfert d'actifs destinés à être directement exploités après la restructuration, mais uniquement d'un transfert de deux parcelles non bâties qui ne seront "exploitées" que plusieurs années après leur transfert. Il n'est donc pas déterminant que la recourante ait, par la suite dès 2017, encaissé des loyers importants ou encore qu'elle ait employé du personnel – en 2016 uniquement et dans une très faible mesure – pour les travaux d'administration et de gestion des immeubles, la notion d'exploitation devant être remplie au moment du transfert pour être reconnue comme une restructuration. Dans ce cadre, c'est donc à tort que la recourante soutient que les parcelles non bâties transférées en 2014, puis construites et mises en location à partir de fin 2016, rempliraient d'une certaine manière rétroactivement la condition d'exploitation.

Ce n'est donc que si le transfert des deux parcelles litigieuses non bâties peut par lui-même être reconnu comme un transfert d'une partie distincte d'exploitation qu'il pourra être exonéré. Seule la date du transfert est déterminante pour savoir si les parcelles transférées constituaient au moins une partie distincte d'exploitation et qu'au surplus, la société transférante a elle aussi poursuivi une exploitation.

Dans ce cadre, il faut cependant encore s'interroger pour savoir si deux parcelles transférées pour un prix de 22'000'000 fr et d'une valeur vénale globale supérieure remplirait le critère de l'exploitation en elles-mêmes. A cet égard, s'agissant de la reconnaissance de l'existence d'une partie distincte d'exploitation en présence d'immeuble, Thierry Obrist (dans le commentaire de l'ATF 142 II 283 précité in: RDAF 2017 II 48) mentionne la pratique de l'AFC selon laquelle à partir d'une valeur vénale de 20 millions de francs, des actifs immobiliers représentent une exploitation au sens de la Circulaire précitée, le calcul provenant du renvoi à l’intervention du Conseiller fédéral Villiger au Conseil des Etats du 21.3.2001 (BO 2001 p. 166 et retenant un salaire de pleine concurrence d’un gestionnaire de patrimoine immobilier qui s’élève à 100'000 fr. par an) Cet auteur explicite la pratique comme suit: les revenus locatifs des biens immobiliers doivent s’élever au moins à 2'000’000 fr. (20 x 100'000 fr. = 2'000'000 fr.), ce qui en capitalisant à 10%, représente une valeur vénale minimum des biens en question de 20'000'000 francs. Cela étant, même si en l'occurrence les parcelles transférées l'ont été pour une valeur supérieure à 20 millions de francs, on ne saurait admettre que la seule valeur des biens immobiliers puisse suffire pour les qualifier d'exploitation. Il faut en effet, en accord avec la circulaire N 5a, voir qu'une exploitation ne peut pas être reconnue si les immeubles transférés ne produisent pas un rendement locatif. Or, il n'est pas contesté que les deux parcelles transmises à la recourante, respectivement sa prédécesseuse, n'étaient pas bâties. Rien n'indique au dossier, et la recourante ne l'allègue pas, qu'il y aurait eu au moment de ce transfert des revenus ou toutes autres formes de rendements qui pourraient être attribués à ces parcelles. Au surplus, à cette date déterminante, les comptes de E.________ n'indiquaient aucune charge de salaires, tant au 31 décembre 2014 qu'au 31 décembre 2015. Par surabondance, l'art. IV du contrat de transfert du 4 décembre 2014 précise qu'aucun contrat de travail n'est transféré dans le cadre de ce transfert de patrimoine. Sous cet angle non plus, on ne peut donc voir dans le transfert de patrimoine en cause un transfert d'exploitation ou de partie distincte d'une exploitation. Il ne s'agit que d'un transfert isolé d'immeuble, qui ne peut constituer une exploitation ou une partie distincte d'exploitation.

Dans ces conditions, on ne saurait admettre que les actifs transférés par le contrat du 4 décembre 2014 aient représenté une exploitation ou partie d'exploitation au moment du transfert. On n'est par conséquent pas en présence d'une scission neutre au sens de l'art. 24 al. 3 let. b LHID. A ce stade, force est de constater que sous cet angle aussi aucune exonération du droit de mutation ne pouvait être prononcée.

d) En résumé sur ce point, le transfert de patrimoine intervenu entre B.________ et E.________ ne constitue par conséquent ni une fusion, ni une transformation, ni même une scission, de sorte que l'on n'est pas en présence d'une restructuration au sens de l'art. 24 al. 3 let. a à c LHID. S'agissant plus spécifiquement de la scission, il faut constater non seulement qu'il n'y a pas eu de transfert d'une part appropriée des fonds propres, mais en outre que les parcelles cédées ne peuvent pas être qualifiées de parties distinctes d'exploitation.  

5.                      Reste à contrôler que l'état de fait ne remplisse pas les conditions d'une autre forme de restructuration, en particulier celle du transfert d'une partie d'exploitation ou d'un actif isolé d'exploitation, soit par démembrement, au sens de l'art. 24 al. 3 let. d LHID, soit par transfert intra-groupe, au sens de l'art. 24 al. 3^quater, précité, LHID.

 Sous l'angle des impôts directs, l'application de l'art. 24 al. 3^quater LHID exige en principe pour admettre la neutralité d'un transfert d'"éléments qui font partie des biens immobilisés de l’exploitation" qu'il intervienne entre deux sociétés de capitaux (ou société coopérative) et que la filiale soit détenue à 20% au moins. Il y a lieu de relever cependant que le Tribunal fédéral a estimé que, en lien avec l'art. 103 LFus, le texte de l'art. 24 al. 3^quater LHID conduisait à un résultat que le législateur ne pouvait avoir voulu et qui heurtait le principe de l'égalité de traitement lorsqu'il a exigé que le transfert intervienne entre deux société de capitaux, excluant ainsi la forme de la fondation. Dès lors, il a retenu qu'un transfert de patrimoine qui intervient entre deux entreprises d'un même groupe devrait également être exempté de droits de mutation lorsque la partie reprenante revêt la forme d'une fondation. On peut se demander par ailleurs s'il ne devrait pas en aller de même lorsque, comme en l'espèce, un groupe est dominé par une personne physique (hypothèse que l'ATF 138 II 557 consid. 7.5 aborde sans trancher). Cette question peut cependant être laissée ouverte dès lors que même s'il fallait retenir avec la recourante que la jurisprudence autorisait, sous l'angle du l'exonération du droit de mutation, un transfert d'actif isolé de l'exploitation lorsque les deux sociétés impliquées sont détenues par une personne physique et ne sont donc pas contrôlées par la même société de capitaux, il n'y a quoi qu'il en soit en l'espèce aucune exploitation qui puisse être reconnue. En effet, le texte de l'art. 24 al. 3^quater LHID conditionne la neutralité du transfert à l'existence d'une exploitation, d'une partie distincte d’exploitation, ou à tout le moins d'un élément qui fait partie des biens immobilisés de l’exploitation. Ainsi, en toutes hypothèses, l'existence d'une exploitation est nécessaire dans la société transférante. Certes, dans l'ATF 138 II 557, un transfert d'immeubles a, comme on l'a vu, été admis en neutralité pour le droit de mutation entre une société de capitaux et une fondation de prévoyance.

Le Tribunal fédéral n'a cependant à cette occasion pas explicité les motifs pour lesquels la question de l'existence d'une exploitation avait été niée pour la scission, mais considérée dans le même arrêt comme remplie ou satisfaite pour le transfert d'un actif isolé de l'exploitation. Cette question n'a du reste pas été approfondie dans l'ATF précité, la Haute cour examinant si on pouvait mettre sur un pied d'égalité une fondation et une société de capitaux. Si la forme de "dissociation" par transfert de patrimoine n'a pas nécessairement à respecter la double exigence de l’exploitation et de poursuite de l'exploitation, puisque les entreprises de capitaux peuvent transférer sans incidence fiscale certains objets de leur actif immobilisé dans une filiale nationale et que l’entreprise de capitaux transférante n’est pas tenue de poursuivre une exploitation ou une partie distincte d’exploitation, et même en étendant énormément le sens de la loi pour renoncer, comme semble le faire le Tribunal fédéral à l'exigence d'une filiale détenue à 20%, rien ne permet d'admettre qu'un actif isolé pourrait être transféré entre deux sociétés sœurs sans que ces actifs ne fassent partie d'une exploitation. En effet, admettre qu'un transfert d'actif non lié à une exploitation puisse être effectué entre deux sociétés de capitaux détenues par une personne physique en neutralité fiscale pour le droit de mutation, reviendrait à exonérer pratiquement tout transfert immobilier entre deux personnes morales. Rien ne permettrait alors plus de distinguer une vente d'une véritable restructuration au sens de l'art. 103 LFus et tout transfert immobilier serait alors exonéré du droit de mutation. Que l'on soit dans l'hypothèse du démembrement, au sens de l'art. 24 al. 3 let. d LHID ou du transfert intra-groupe, au sens de l'art. 24 al. 3^quater LHID, on ne saurait admettre que le législateur fédéral ait voulu se passer entièrement de l'exigence de l'exploitation. Dans son arrêt postérieur à l'ATF 138 II 557, 2C_564/2020 du 14 avril 2022 (consid. 6.2), le Tribunal fédéral a d'ailleurs comme déjà mentionné, contrôlé, s'agissant d'un démembrement d'actif isolé de l'exploitation que les actifs transférés étaient des immobilisations et pouvaient être rattachés à l'exploitation, en fonction de leur nature et de leur affectation dans l'entreprise. On peut a contrario admettre qu'en l'absence d'un tel rattachement avec une exploitation dans l'entreprise transférante, l'exonération du droit de mutation aurait été refusée.

Or, on a vu qu'à la date déterminante les actifs transférés ne pouvaient pas être qualifiés d'exploitation ou de parties distinctes d'exploitation (cf. supra consid. 4b). Ils ne peuvent en outre pas être rattachés à une exploitation faute, pour les sociétés impliquées dans le transfert de constituer de telles exploitations. La Circulaire AFC 5a définit les actifs isolés d'exploitation comme ceux qui servent directement ou indirectement à l'exploitation (Circulaire, ch. 4.4.1.2.6), la doctrine précisant qu'il s'agit de biens corporels ou incorporels qui sont qualifiés d'immobilisations et qui peuvent être rattachés à l'exploitation, en fonction de leur nature et de leur affectation dans l'entreprise (Oberson/Glauser, op. cit., N 61 ad art. 61 LIFD et les références). L’appréciation des valeurs patrimoniales transférées doit être faite du point de vue de la société reprenante. Ainsi, il est nécessaire que la société filiale suisse reprenante poursuive une exploitation après le transfert (Circulaire, ch. 4.4.1.2.6). Or, comme on l'a vu également, la société reprenante E.________ n'avait pas d'exploitation à la date déterminante du transfert de patrimoine. Par conséquent, en toute hypothèse, il n'existait pas d'exploitation, telle qu'exigée pour qu'un démembrement ou un transfert intra-groupe puisse être reconnu.

Dans ces conditions, vu ce qui précède, la recourante ne peut ainsi prétendre à être exonérée du droit de mutation conformément à l'art. 103 LFus.

6.                      a) Pour finir, la recourante relève que, sous l'angle de l'imposition directe, tant l'autorité de taxation du siège de B.________ que l'OIPM ont considéré, à défaut de corrections fiscales effectuées au moment de la taxation, que les conditions d'une scission neutre fiscalement étaient réunies. Dès lors, pour la recourante, il ne serait pas admissible, au stade de la taxation du droit de mutation, de remettre en question la notion d'exploitation. La recourante invoque à ce propos la violation du principe de l'interdiction du dualisme des méthodes et du principe de la bonne foi.

L'autorité intimée souligne que l'autorité fiscale vaudoise n'a pas imposé deux fois le même substrat en adoptant tantôt une approche économique dans le cadre de la décision rendue en matière d'impôts directs 2014 par l'OIPM, tantôt une approche juridique et formaliste dans le cadre de la décision rendue en matière de droit de mutation 2015 par la section LSMD de l'ACI. Elle relève également que les autorités fiscales vaudoise et zougoise n'ont pas été renseignées sur l'identité de l'actionnaire, la structure générale, le contexte de la réorganisation, ainsi que sur les actifs concernés et leur valorisation pour appréhender cette opération et appliquer correctement la loi. Dès lors, en l'absence d'indices particuliers, l'OIPM pouvait considérer que la déclaration fiscale 2014 remise par le canton du siège était conforme à la vérité et il n'y avait aucune raison à ce moment-là de procéder à un contrôle ou de se mettre en quête de renseignements plus précis. Par ailleurs, cela ne dispensait pas B.________ de ses propres obligations, en particulier de collaborer avec les autorités pour s'assurer d'une taxation complète et exacte.  Au demeurant, l'autorité intimée relève qu'elle ne voit pas, sous l'angle de la protection de la bonne foi, quelles dispositions les sociétés en cause auraient prises sur la base de la décision en matière d'impôts directs qui ne saurait par ailleurs représenter une assurance quant à la reconnaissance de la neutralité fiscale de l'opération.

b) Découlant directement de l'art. 9 de la Constitution fédérale du 18 avril 1999 de la Confédération suisse (Cst.; RS 101) (cf. ég. art. 5 al. 3 Cst.) et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le droit à la protection de la bonne foi préserve la confiance légitime que le citoyen met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration. Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore que l'administré se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice, que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée et que l'intérêt à une correcte application du droit ne se révèle pas prépondérant sur la protection de la confiance (ATF 141 V 530 consid. 6.2 et la référence, 137 II 182 consid. 3.6.2; TF 1C_179/2016 du 10 mai 2017 consid. 7.1; CDAP AC.2020.0054 du 9 mars 2021 consid. 5a, FI.2018.0164 du 9 avril 2020 consid. 4a).

Le droit à la protection de la bonne foi peut aussi être invoqué en présence d'un simple comportement de l'administration, pour autant que celui-ci soit susceptible d'éveiller chez l'administré une attente ou une espérance légitime (cf. ATF 129 II 361 consid. 7.1, 129 I 161 consid. 4.1; TF 1C_307/2019 du 3 avril 2020 consid. 5.1). La précision selon laquelle l'attente ou l'espérance doit être "légitime" est une autre façon de dire que l'administré doit avoir eu des raisons sérieuses d'interpréter comme il l'a fait le comportement de l'administration et d'en tirer les conséquences qu'il en a tirées; tel n'est notamment pas le cas s'il apparaît, au vu des circonstances, qu'il devait raisonnablement avoir des doutes sur la signification du comportement en cause et se renseigner à ce propos auprès de l'autorité (cf. ATF 134 I 199 consid. 1.3.1; TF 2D_50/2019 du 17 janvier 2020 consid. 4.1, 2C_1013/2015 du 28 avril 2016 consid. 3.1).

En l'espèce, rien n'indique que la recourante aurait pris des dispositions auxquelles elle ne saurait renoncer dans le sens qu'exige la jurisprudence précitée pour une protection en application de la bonne foi. Par ailleurs, il faut admettre avec l'autorité intimée que l'actionnaire des deux sociétés concernées n'a fait preuve d'aucune transparence et que B.________ n'a déposé aucune déclaration d'impôts, ni demande de ruling en lien avec l'opération litigieuse auprès de l'autorité fiscale vaudoise. En particulier, les autorités n'ont été informées ni de l'identité de l'actionnaire, ni de la structure générale, ni du contexte de la réorganisation, ni sur les actifs concernés et leur valorisation. Enfin, la recourante ne pouvait inférer du comportement des autorités que le droit de mutation sur le transfert en cause ne serait pas perçu. Elle n'a en outre reçu aucune assurance en ce sens, l'OIPM ou l'ACI n'ayant jamais indiqué ou laissé entendre de quelque façon que ce transfert serait exempté du droit du mutation.

Le grief de violation du principe de la bonne foi doit donc être écarté.

c) Le principe de l'interdiction du dualisme de méthodes vise à empêcher l'adoption par l'autorité de deux points de vue mutuellement exclusifs dans une même affaire (cf. arrêt 2C_719/2021 du 7 décembre 2021 consid. 4.2) ou dans le cadre du même état de fait, étant précisé que l'interdiction du dualisme de méthodes s'impose également aux contribuables.

 Dans des arrêts anciens, le Tribunal fédéral a jugé que l'autorité fiscale n'était pas autorisée à appréhender un seul et même état de fait (ou une même cause) - ou encore des cas distincts pour lesquels la même question de droit se posait et qui concernaient les mêmes contribuables (ATF 103 Ia 20 consid. 4d) - une fois selon la forme juridique et une autre fois selon la réalité économique (ATF 103 Ia 20 consid. 4d; 93 I 689 consid. 6; 93 I 139 consid. 3). En effet, l'Etat n'avait pas le droit d'adopter unilatéralement le mode d'imposition à ses intérêts du moment, ce qui avait pour conséquence qu'il devait s'en tenir au procédé qu'il avait choisi (ATF 109 Ib 110 consid. 3; 103 Ia 20 consid. 4d; 93 I 689 consid. 5; arrêt du Tribunal fédéral du 9 juillet 1958 in Archives 28 p. 128 consid. 3; arrêt du Tribunal fédéral du 27 juin 1956 in Archives 26 p. 155 consid. 1b). La jurisprudence plus récente parle à cet égard d'interdiction du dualisme de méthodes ("Verbot des Methodendualismus"; cf. arrêts 2C_719/2021 du 7 décembre 2021 consid. 4.2 et les références; arrêt 2C_371/2013 et 2C_372/2013 du 18 juillet 2014 consid. 3.2.3; 2C_259/2008 du 6 novembre 2008 consid. 2.5.2; arrêt du Tribunal fédéral du 5 novembre 1996 consid. 5 in Archives 66 p. 87 consid. 5; arrêt du Tribunal fédéral du 28 février 1986 in Archives 56 p. 669 consid. 5).

En principe, l'interdiction du dualisme de méthode s'impose à une même autorité qui statue deux fois, et ce quand bien même il s'agit de deux services différents d'une même administration fiscale (cf. arrêt 2C_908/2019 du 20 octobre 2020 consid. 3 concernant des décisions prises séparément par la division des impôts spéciaux ["Abteilung Spezialsteuern"], d'une part, et la division de taxation, d'autre part). Dans un arrêt 2C_487/2022 du 5 septembre 2023, le Tribunal fédéral a par ailleurs confirmé la position de la juridiction cantonale qui avait eu à se prononcer sur des décisions successives rendues par deux autorités distinctes. Les juges cantonaux avaient considéré que la première décision de taxation en matière de gain immobilier rendue par le service cantonal des contributions - qui avait soumis le bénéfice provenant de la vente de parcelles à l'impôt sur les gains immobiliers -, entrée en force, s'imposait à la Commission cantonale d'impôt, de sorte que celle-ci ne pouvait plus ultérieurement soumettre la même opération à l'impôt cantonal sur le revenu. Le Tribunal fédéral a jugé cette approche conforme à la jurisprudence, en mettant en évidence les liens personnels étroits qui unissaient les deux autorités administratives concernées (consid. 6 et 7 de l'arrêt cité). Le principe de l'interdiction du dualisme de méthode n'est en revanche pas violé lorsque l'autorité de taxation en matière d'impôts directs apprécie différemment la situation que celle en matière d'impôts indirects (cf. TF 9C_176/2024 du 30 octobre 2024 consid. 6.3.2 et les références citées).

Le Tribunal fédéral a tantôt rattaché cette interdiction à l'égalité de traitement, tantôt à l'interdiction de l'arbitraire ou encore à l'interdiction d'un comportement contradictoire de la part de l'autorité (TF 9C_176/2024 du 30 octobre 2024 consid. 6.3.3 et les références citées). La doctrine récente l'assimile à un cas d'arbitraire devant la loi (Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 5e éd. 2022, n° 79 p. 59), d'arbitraire dans l'interprétation de la loi (Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 8e éd. 2023, p. 37) ou encore à un comportement contraire au principe de la bonne foi ancré à l'art. 9 Cst. (Thomas Gächter, Rechtsmissbrauch im öffentlichen Recht, 2005, p. 192).  

Le Tribunal fédéral a retenu un dualisme de méthodes prohibé lorsque, dans le cadre de la même procédure, un prêt était d'abord qualifié de participation puis, dans le cadre de déductions en lien avec un amortissement, était considéré ensuite comme un prêt (arrêt 2C_371/2013 et 2C_372/2013 du 18 juillet 2014 consid. 3.2.3). En outre, il a jugé que lorsque l'administration fiscale requalifiait un capital étranger en capital propre, elle devait accorder une compensation des pertes, sauf à adopter un dualisme de méthode prohibé (arrêt 2C_259/2008 du 6 novembre 2008 consid. 2.5.2). Le Tribunal fédéral a également considéré comme un dualisme de méthodes inadmissible le fait que la même autorité fiscale a prélevé des droits de mutation lors de la répartition d'immeubles d'une entreprise individuelle entre quatre sociétés anonymes nouvellement créées, mais que plus tard, après la vente d'immeubles par l'une de ces sociétés, elle a dénié aux autres sociétés la qualité de tiers lors de la taxation de l'impôt sur les gains immobiliers et n'a pas admis la déduction de la commission de courtage versée à l'une de ces sociétés (ATF 103 Ia 20 consid. 4d). En effet, dans la première affaire, une approche formaliste avait été soutenue par l'autorité et dans la seconde, une approche économique. Le Tribunal fédéral a également considéré que l'administration ne pouvait pas cumuler, pour la même matière fiscale, un impôt sur le revenu et un impôt sur les gains immobiliers et les prélever tous deux auprès du même contribuable, une fois sur la base d'une appréciation juridique de la situation et une autre fois en vertu de la réalité économique (cf. ATF 93 I 689 consid. 6). Enfin, le Tribunal fédéral a admis récemment (TF 9C_176/2024 du 30 octobre 2024) que le fait de traiter les avoirs d'une fondation panaméenne d'une manière différente en matière d'impôt successoral et en matière d'impôt sur le revenu, alors que les faits étaient les mêmes, en adoptant tantôt une approche économique dans le cadre du bordereau de taxation de l'impôt sur les successions, tantôt une approche juridique et formaliste dans le cadre de l'imposition de la contribuable à titre d'IFD et d'ICC, la même somme ayant constitué à la fois l'objet de l'imposition cantonale sur les successions (sur la base d'une approche économique) et celui des impôts directs (sur la base d'une approche formaliste), revenait pour l'autorité fiscale à procéder à un dualisme de méthode prohibé.

En l'occurrence, il est déjà douteux que la recourante puisse se prévaloir du principe de l'interdiction du dualisme de méthodes dans la mesure où l'appréciation de l'existence d'une exploitation au sein d'une entreprise peut varier selon les finalités fiscales poursuivies par l'imposition directe qui se fonde sur des indices économiques révélant une activité génératrice de revenus pour asseoir l'imposition des bénéfices, alors que, en matière de droit de mutation, l'administration applique des critères distincts visant à déterminer l'éligibilité à un régime de faveur à une opération spécifique. L'impôt sur les mutations est un impôt indirect frappant les transactions juridiques immobilières, c'est‑à‑dire le transfert de droits sur un immeuble d'un sujet de droit à un autre et non l'effet économique qui en résulte (CDAP FI.2018.0042 du 7 janvier 2019 consid. 3a).

D'ailleurs, contrairement à la situation à la base de l'arrêt du TF 9C_176/2024 susmentionné, la recourante en l'espèce n'a pas été imposée par l'autorité fiscale une première fois en adoptant une certaine méthode d'interprétation puis une seconde après une modification de cette méthode. Au contraire, en l'espèce, elle a, peut-être à tort, bénéficié d'une imposition erronée pour les impôts directs, ce qui ne saurait lier l'autorité fiscale lors de l'examen ultérieur des faits pour la taxation du droit de mutation, étant rappelé au surplus qu'il n'y a pas d'égalité dans l'illégalité (TF 2C_467/2019 du 24 janvier 2020 consid. 5.2-5.3). Comme on l'a largement vu d'ailleurs, le renvoi de l'art. 103 LFus peut être considéré comme maladroit de telle sorte que l'appréciation pour l'exonération du droit de mutation doit par nature relever non pas d'une autre "méthode" mais bien d'une interprétation différente de celle applicable aux impôts directs.

C'est donc à tort que la recourante invoque un dualisme de méthode en l'espèce.

7.                      Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours et à la confirmation de la décision attaquée du 22 octobre 2024.

Un émolument de 12'000 fr. est mis à la charge de la recourante, qui succombe (cf. art. 49 al. 1, 91 et 99 LPA-VD; art. 1 et 2 du tarif des frais judiciaires et des dépens en matière administrative, du 28 avril 2015 [TFJDA; BLV 173.36.5.1]). Il n'y a pas lieu d'allouer d'indemnité à titre de dépens (cf. art. 55 al. 1, 91 et 99 LPA-VD).

 

Par ces motifs
 la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:

 

I.                       Le recours est rejeté.

II.                      La décision sur réclamation du 22 octobre 2024 est confirmée.

III.                    Un émolument de 12'000 (douze mille) francs est mis à la charge de la recourante.

IV.                    Il n'est pas alloué de dépens.

 

Lausanne, le 4 juin 2025

 

Le président:                                                                                            Le greffier:


                                                                                                                 

 

 

 

Le présent arrêt est communiqué aux participants à la procédure.

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.